Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB4222
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4222, 1007 aa
1>>>pF1KB4222 1007 - 1007 aa - 1007 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5683+/-0.0012; mu= 19.8080+/- 0.072
mean_var=67.3792+/-13.714, 0's: 0 Z-trim(100.8): 51 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.156247
statistics sampled from 6229 (6278) to 6229 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.531), E-opt: 0.2 (0.193), width: 16
Scan time: 3.860
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3637.1 GRID2 gene_id:2895|Hs108|chr4 (1007) 6726 1526.2 0
CCDS68758.1 GRID2 gene_id:2895|Hs108|chr4 ( 912) 5565 1264.4 0
CCDS31236.1 GRID1 gene_id:2894|Hs108|chr10 (1009) 3955 901.5 0
CCDS43910.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 885) 620 149.7 2.4e-35
CCDS7032.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 901) 620 149.8 2.5e-35
CCDS7031.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 938) 620 149.8 2.5e-35
CCDS43274.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 ( 883) 613 148.2 7.2e-35
CCDS43275.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 ( 836) 605 146.4 2.4e-34
CCDS3797.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 ( 883) 605 146.4 2.5e-34
CCDS58986.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 826) 604 146.1 2.8e-34
CCDS58989.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 837) 604 146.1 2.8e-34
CCDS14604.1 GRIA3 gene_id:2892|Hs108|chrX ( 894) 604 146.1 3e-34
CCDS4322.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 906) 604 146.1 3e-34
CCDS58987.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 916) 604 146.1 3e-34
CCDS41706.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 ( 884) 603 145.9 3.4e-34
CCDS14605.1 GRIA3 gene_id:2892|Hs108|chrX ( 894) 596 144.3 1e-33
CCDS47318.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 906) 596 144.3 1.1e-33
CCDS58988.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 916) 596 144.3 1.1e-33
CCDS8333.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 ( 902) 592 143.4 2e-33
CCDS55355.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 906) 590 143.0 2.7e-33
CCDS55354.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 943) 590 143.0 2.8e-33
CCDS45407.1 GRIN2A gene_id:2903|Hs108|chr16 (1281) 520 127.3 2e-28
CCDS10539.1 GRIN2A gene_id:2903|Hs108|chr16 (1464) 520 127.3 2.3e-28
CCDS12719.1 GRIN2D gene_id:2906|Hs108|chr19 (1336) 512 125.5 7.4e-28
CCDS8662.1 GRIN2B gene_id:2904|Hs108|chr12 (1484) 504 123.7 2.8e-27
CCDS62330.1 GRIN2C gene_id:2905|Hs108|chr17 ( 873) 491 120.7 1.4e-26
CCDS32724.1 GRIN2C gene_id:2905|Hs108|chr17 (1233) 492 121.0 1.6e-26
CCDS6758.1 GRIN3A gene_id:116443|Hs108|chr9 (1115) 443 109.9 3e-23
CCDS32861.1 GRIN3B gene_id:116444|Hs108|chr19 (1043) 426 106.0 4.1e-22
CCDS33530.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 905) 393 98.6 6.2e-20
CCDS42913.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 918) 393 98.6 6.3e-20
CCDS82658.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 920) 393 98.6 6.3e-20
CCDS82656.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 934) 393 98.6 6.4e-20
CCDS82659.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 949) 393 98.6 6.5e-20
CCDS5049.1 GRIK2 gene_id:2898|Hs108|chr6 ( 869) 390 97.9 9.6e-20
CCDS55045.1 GRIK2 gene_id:2898|Hs108|chr6 ( 892) 390 97.9 9.9e-20
CCDS5048.1 GRIK2 gene_id:2898|Hs108|chr6 ( 908) 390 97.9 1e-19
CCDS416.1 GRIK3 gene_id:2899|Hs108|chr1 ( 919) 387 97.2 1.6e-19
CCDS12595.1 GRIK5 gene_id:2901|Hs108|chr19 ( 980) 355 90.0 2.5e-17
CCDS77305.1 GRIK5 gene_id:2901|Hs108|chr19 ( 981) 355 90.0 2.5e-17
CCDS8433.1 GRIK4 gene_id:2900|Hs108|chr11 ( 956) 351 89.1 4.6e-17
>>CCDS3637.1 GRID2 gene_id:2895|Hs108|chr4 (1007 aa)
initn: 6726 init1: 6726 opt: 6726 Z-score: 8185.8 bits: 1526.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6726; 99.9% identity (99.9% similar) in 1007 aa overlap (1-1007:1-1007)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MEVFPFLLVLSVWWSRTWDSANADSIIHIGAIFDESAKKDDEVFRTAVGDLNQNEEILQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 MEVFPFLLVLSVWWSRTWDSANADSIIHIGAIFDESAKKDDEVFRTAVGDLNQNEEILQT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 EKITFSVMFVDGNNPFQAVQEACELMNQGILALVSSIGCTSAGSLQSLADAMHIPHLFIQ
::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 EKITFSVTFVDGNNPFQAVQEACELMNQGILALVSSIGCTSAGSLQSLADAMHIPHLFIQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 RSTAGTPRSGCGLTRSNRNDDYTLSVRPPVYLHDVILRVVTEYAWQKFIIFYDSEYDIRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 RSTAGTPRSGCGLTRSNRNDDYTLSVRPPVYLHDVILRVVTEYAWQKFIIFYDSEYDIRG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 IQEFLDKVSQQGMDVALQKVENNINKMITTLFDTMRIEELNRYRDTLRRAILVMNPATAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 IQEFLDKVSQQGMDVALQKVENNINKMITTLFDTMRIEELNRYRDTLRRAILVMNPATAK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 SFITEVVETNLVAFDCHWIIINEEINDVDVQELVRRSIGRLTIIRQTFPVPQNISQRCFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 SFITEVVETNLVAFDCHWIIINEEINDVDVQELVRRSIGRLTIIRQTFPVPQNISQRCFR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 GNHRISSTLCDPKDPFAQNMEISNLYIYDTVLLLANAFHKKLEDRKWHSMASLSCIRKNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 GNHRISSTLCDPKDPFAQNMEISNLYIYDTVLLLANAFHKKLEDRKWHSMASLSCIRKNS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 KPWQGGRSMLETIKKGGVSGLTGELEFGENGGNPNVHFEILGTNYGEELGRGVRKLGCWN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 KPWQGGRSMLETIKKGGVSGLTGELEFGENGGNPNVHFEILGTNYGEELGRGVRKLGCWN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 PVTGLNGSLTDKKLENNMRGVVLRVVTVLEEPFVMVSENVLGKPKKYQGFSIDVLDALSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 PVTGLNGSLTDKKLENNMRGVVLRVVTVLEEPFVMVSENVLGKPKKYQGFSIDVLDALSN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 YLGFNYEIYVAPDHKYGSPQEDGTWNGLVGELVFKRADIGISALTITPDRENVVDFTTRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 YLGFNYEIYVAPDHKYGSPQEDGTWNGLVGELVFKRADIGISALTITPDRENVVDFTTRY
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 MDYSVGVLLRRAEKTVDMFACLAPFDLSLWACIAGTVLLVGLLVYLLNWLNPPRLQMGSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 MDYSVGVLLRRAEKTVDMFACLAPFDLSLWACIAGTVLLVGLLVYLLNWLNPPRLQMGSM
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 TSTTLYNSMWFVYGSFVQQGGEVPYTTLATRMMMGAWWLFALIVISSYTANLAAFLTITR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 TSTTLYNSMWFVYGSFVQQGGEVPYTTLATRMMMGAWWLFALIVISSYTANLAAFLTITR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 IESSIQSLQDLSKQTEIPYGTVLDSAVYEHVRMKGLNPFERDSMYSQMWRMINRSNGSEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 IESSIQSLQDLSKQTEIPYGTVLDSAVYEHVRMKGLNPFERDSMYSQMWRMINRSNGSEN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 NVLESQAGIQKVKYGNYAFVWDAAVLEYVAINDPDCSFYTIGNTVADRGYGIALQHGSPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 NVLESQAGIQKVKYGNYAFVWDAAVLEYVAINDPDCSFYTIGNTVADRGYGIALQHGSPY
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 RDVFSQRILELQQNGDMDILKHKWWPKNGQCDLYSSVDTKQKGGALDIKSFAGVFCILAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 RDVFSQRILELQQNGDMDILKHKWWPKNGQCDLYSSVDTKQKGGALDIKSFAGVFCILAA
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 GIVLSCFIAMLETWWNKRKGSRVPSKEDDKEIDLEHLHRRVNSLCTDDDSPHKQFSTSSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 GIVLSCFIAMLETWWNKRKGSRVPSKEDDKEIDLEHLHRRVNSLCTDDDSPHKQFSTSSI
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 DLTPLDIDTLPTRQALEQISDFRNTHITTTTFIPEQIQTLSRTLSAKAASGFTFGNVPEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 DLTPLDIDTLPTRQALEQISDFRNTHITTTTFIPEQIQTLSRTLSAKAASGFTFGNVPEH
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000
pF1KB4 RTGPFRHRAPNGGFFRSPIKTMSSIPYQPTPTLGLNLGNDPDRGTSI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 RTGPFRHRAPNGGFFRSPIKTMSSIPYQPTPTLGLNLGNDPDRGTSI
970 980 990 1000
>>CCDS68758.1 GRID2 gene_id:2895|Hs108|chr4 (912 aa)
initn: 6077 init1: 5562 opt: 5565 Z-score: 6772.0 bits: 1264.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5891; 90.5% identity (90.5% similar) in 1007 aa overlap (1-1007:1-912)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MEVFPFLLVLSVWWSRTWDSANADSIIHIGAIFDESAKKDDEVFRTAVGDLNQNEEILQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 MEVFPFLLVLSVWWSRTWDSANADSIIHIGAIFDESAKKDDEVFRTAVGDLNQNEEILQT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 EKITFSVMFVDGNNPFQAVQEACELMNQGILALVSSIGCTSAGSLQSLADAMHIPHLFIQ
::::::: :::::::::::::
CCDS68 EKITFSVTFVDGNNPFQAVQE---------------------------------------
70 80
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pF1KB4 RSTAGTPRSGCGLTRSNRNDDYTLSVRPPVYLHDVILRVVTEYAWQKFIIFYDSEYDIRG
::::
CCDS68 --------------------------------------------------------DIRG
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pF1KB4 IQEFLDKVSQQGMDVALQKVENNINKMITTLFDTMRIEELNRYRDTLRRAILVMNPATAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 IQEFLDKVSQQGMDVALQKVENNINKMITTLFDTMRIEELNRYRDTLRRAILVMNPATAK
90 100 110 120 130 140
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 SFITEVVETNLVAFDCHWIIINEEINDVDVQELVRRSIGRLTIIRQTFPVPQNISQRCFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 SFITEVVETNLVAFDCHWIIINEEINDVDVQELVRRSIGRLTIIRQTFPVPQNISQRCFR
150 160 170 180 190 200
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 GNHRISSTLCDPKDPFAQNMEISNLYIYDTVLLLANAFHKKLEDRKWHSMASLSCIRKNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 GNHRISSTLCDPKDPFAQNMEISNLYIYDTVLLLANAFHKKLEDRKWHSMASLSCIRKNS
210 220 230 240 250 260
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 KPWQGGRSMLETIKKGGVSGLTGELEFGENGGNPNVHFEILGTNYGEELGRGVRKLGCWN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 KPWQGGRSMLETIKKGGVSGLTGELEFGENGGNPNVHFEILGTNYGEELGRGVRKLGCWN
270 280 290 300 310 320
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pF1KB4 PVTGLNGSLTDKKLENNMRGVVLRVVTVLEEPFVMVSENVLGKPKKYQGFSIDVLDALSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 PVTGLNGSLTDKKLENNMRGVVLRVVTVLEEPFVMVSENVLGKPKKYQGFSIDVLDALSN
330 340 350 360 370 380
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pF1KB4 YLGFNYEIYVAPDHKYGSPQEDGTWNGLVGELVFKRADIGISALTITPDRENVVDFTTRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 YLGFNYEIYVAPDHKYGSPQEDGTWNGLVGELVFKRADIGISALTITPDRENVVDFTTRY
390 400 410 420 430 440
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 MDYSVGVLLRRAEKTVDMFACLAPFDLSLWACIAGTVLLVGLLVYLLNWLNPPRLQMGSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 MDYSVGVLLRRAEKTVDMFACLAPFDLSLWACIAGTVLLVGLLVYLLNWLNPPRLQMGSM
450 460 470 480 490 500
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pF1KB4 TSTTLYNSMWFVYGSFVQQGGEVPYTTLATRMMMGAWWLFALIVISSYTANLAAFLTITR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 TSTTLYNSMWFVYGSFVQQGGEVPYTTLATRMMMGAWWLFALIVISSYTANLAAFLTITR
510 520 530 540 550 560
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 IESSIQSLQDLSKQTEIPYGTVLDSAVYEHVRMKGLNPFERDSMYSQMWRMINRSNGSEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 IESSIQSLQDLSKQTEIPYGTVLDSAVYEHVRMKGLNPFERDSMYSQMWRMINRSNGSEN
570 580 590 600 610 620
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 NVLESQAGIQKVKYGNYAFVWDAAVLEYVAINDPDCSFYTIGNTVADRGYGIALQHGSPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 NVLESQAGIQKVKYGNYAFVWDAAVLEYVAINDPDCSFYTIGNTVADRGYGIALQHGSPY
630 640 650 660 670 680
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 RDVFSQRILELQQNGDMDILKHKWWPKNGQCDLYSSVDTKQKGGALDIKSFAGVFCILAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 RDVFSQRILELQQNGDMDILKHKWWPKNGQCDLYSSVDTKQKGGALDIKSFAGVFCILAA
690 700 710 720 730 740
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 GIVLSCFIAMLETWWNKRKGSRVPSKEDDKEIDLEHLHRRVNSLCTDDDSPHKQFSTSSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 GIVLSCFIAMLETWWNKRKGSRVPSKEDDKEIDLEHLHRRVNSLCTDDDSPHKQFSTSSI
750 760 770 780 790 800
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 DLTPLDIDTLPTRQALEQISDFRNTHITTTTFIPEQIQTLSRTLSAKAASGFTFGNVPEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 DLTPLDIDTLPTRQALEQISDFRNTHITTTTFIPEQIQTLSRTLSAKAASGFTFGNVPEH
810 820 830 840 850 860
970 980 990 1000
pF1KB4 RTGPFRHRAPNGGFFRSPIKTMSSIPYQPTPTLGLNLGNDPDRGTSI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 RTGPFRHRAPNGGFFRSPIKTMSSIPYQPTPTLGLNLGNDPDRGTSI
870 880 890 900 910
>>CCDS31236.1 GRID1 gene_id:2894|Hs108|chr10 (1009 aa)
initn: 3838 init1: 1339 opt: 3955 Z-score: 4810.0 bits: 901.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3955; 56.2% identity (83.8% similar) in 1010 aa overlap (10-1007:4-1009)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MEVFPFLLVLSVW---WSRTWDSANADSIIHIGAIFDESAKKDDEVFRTAVGDLNQNEEI
:..: : :. :::::::::::.:.: :::.::. ::.::. :..:
CCDS31 MEALTLWLLPWICQCVSVRADSIIHIGAIFEENAAKDDRVFQLAVSDLSLNDDI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 LQTEKITFSVMFVDGNNPFQAVQEACELMNQGILALVSSIGCTSAGSLQSLADAMHIPHL
::.::::.:. ...:::::::::::.::.:::::::.: ::.::..::::.::::::::
CCDS31 LQSEKITYSIKVIEANNPFQAVQEACDLMTQGILALVTSTGCASANALQSLTDAMHIPHL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 FIQRSTAGTPRSGCGLTRSNRNDDYTLSVRPPVYLHDVILRVVTEYAWQKFIIFYDSEYD
:.::. .:.::..: :. : .. :::. :::: :.::.::.::: ::::..:::::::
CCDS31 FVQRNPGGSPRTACHLNPSPDGEAYTLASRPPVRLNDVMLRLVTELRWQKFVMFYDSEYD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 IRGIQEFLDKVSQQGMDVALQKVENNINKMITTLFDTMRIEELNRYRDTLRRAILVMNPA
:::.: :::..:. :.::.::::..::....:.:: ::. :::::::::::::::...:
CCDS31 IRGLQSFLDQASRLGLDVSLQKVDKNISHVFTSLFTTMKTEELNRYRDTLRRAILLLSPQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 TAKSFITEVVETNLVAFDCHWIIINEEINDVDVQELVRRSIGRLTIIRQTFPVPQNISQR
:.:::.:.:::::.. : ::...::::.: .. .::. ..::.:..:: :: .. .:.
CCDS31 GAHSFINEAVETNLASKDSHWVFVNEEISDPEILDLVHSALGRMTVVRQIFPSAKD-NQK
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300 310 320 330 340 350
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. : : : ...: . . : :. .: :...... :.:. : :.: ... :
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CCDS37 NPSSSQNSQNFATYKEGYNVYGIESVKI
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