Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB3323
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3323, 502 aa
1>>>pF1KB3323 502 - 502 aa - 502 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0156+/-0.000866; mu= 20.2911+/- 0.052
mean_var=74.8840+/-14.858, 0's: 0 Z-trim(107.4): 77 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.148211
statistics sampled from 9456 (9534) to 9456 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.665), E-opt: 0.2 (0.293), width: 16
Scan time: 2.820
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 3420 740.8 8.1e-214
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 2080 454.3 1.4e-127
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 1491 328.3 1.2e-89
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 1358 300.0 5.1e-81
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 479) 1323 292.4 7.4e-79
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 1314 290.5 3e-78
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 1285 284.3 2.1e-76
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 1285 284.3 2.2e-76
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 1202 266.6 4.8e-71
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 1157 256.9 3.5e-68
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 1128 250.7 2.5e-66
CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 468) 1115 247.9 1.8e-65
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 1019 227.4 2.8e-59
CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 531) 1000 223.4 4.9e-58
CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 482) 976 218.2 1.6e-56
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 949 212.4 8.8e-55
CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 ( 450) 907 203.4 4.2e-52
CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 502) 854 192.1 1.2e-48
CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 412) 735 166.6 4.7e-41
CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 ( 501) 732 166.1 8.4e-41
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 682 155.3 1.3e-37
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 682 155.4 1.4e-37
CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 ( 517) 662 151.1 2.8e-36
CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 517) 623 142.8 8.9e-34
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 608 139.6 8.2e-33
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 570 131.4 2.1e-30
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 471) 562 129.7 7e-30
CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 ( 493) 552 127.6 3.2e-29
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 537 124.3 2.7e-28
CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 321) 525 121.6 1.3e-27
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 519 120.5 4e-27
CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 441) 488 113.8 3.9e-25
CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 480 112.1 1.3e-24
CCDS58392.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 231) 432 101.6 9.7e-22
CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 482) 386 92.1 1.5e-18
CCDS76786.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 160) 321 77.8 1e-14
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 297 73.0 7.8e-13
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 297 73.1 8.5e-13
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 296 72.8 8.9e-13
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 288 71.1 3.1e-12
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 288 71.1 3.2e-12
CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 467) 286 70.7 4.1e-12
CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 467) 286 70.7 4.1e-12
CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 475) 286 70.7 4.1e-12
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 285 70.5 4.7e-12
CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 ( 462) 281 69.6 8.5e-12
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 281 69.6 8.5e-12
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 ( 456) 280 69.4 9.7e-12
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 289) 270 67.1 3.1e-11
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 271 67.5 3.8e-11
>>CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 (502 aa)
initn: 3420 init1: 3420 opt: 3420 Z-score: 3952.2 bits: 740.8 E(32554): 8.1e-214
Smith-Waterman score: 3420; 100.0% identity (100.0% similar) in 502 aa overlap (1-502:1-502)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MARRCGPVALLLGFGLLRLCSGVWGTDTEERLVEHLLDPSRYNKLIRPATNGSELVTVQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MARRCGPVALLLGFGLLRLCSGVWGTDTEERLVEHLLDPSRYNKLIRPATNGSELVTVQL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 MVSLAQLISVHEREQIMTTNVWLTQEWEDYRLTWKPEEFDNMKKVRLPSKHIWLPDVVLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MVSLAQLISVHEREQIMTTNVWLTQEWEDYRLTWKPEEFDNMKKVRLPSKHIWLPDVVLY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 NNADGMYEVSFYSNAVVSYDGSIFWLPPAIYKSACKIEVKHFPFDQQNCTMKFRSWTYDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NNADGMYEVSFYSNAVVSYDGSIFWLPPAIYKSACKIEVKHFPFDQQNCTMKFRSWTYDR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 TEIDLVLKSEVASLDDFTPSGEWDIVALPGRRNENPDDSTYVDITYDFIIRRKPLFYTIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TEIDLVLKSEVASLDDFTPSGEWDIVALPGRRNENPDDSTYVDITYDFIIRRKPLFYTIN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LIIPCVLITSLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTVFLLLISKIVPPTSLDVPLVGKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LIIPCVLITSLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTVFLLLISKIVPPTSLDVPLVGKY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 LMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPTTHTMAPWVKVVFLEKLPALLFMQQPRHHCARQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPTTHTMAPWVKVVFLEKLPALLFMQQPRHHCARQR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 LRLRRRQREREGAGALFFREAPGADSCTCFVNRASVQGLAGAFGAEPAPVAGPGRSGEPC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LRLRRRQREREGAGALFFREAPGADSCTCFVNRASVQGLAGAFGAEPAPVAGPGRSGEPC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 GCGLREAVDGVRFIADHMRSEDDDQSVSEDWKYVAMVIDRLFLWIFVFVCVFGTIGMFLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GCGLREAVDGVRFIADHMRSEDDDQSVSEDWKYVAMVIDRLFLWIFVFVCVFGTIGMFLQ
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KB3 PLFQNYTTTTFLHSDHSAPSSK
::::::::::::::::::::::
CCDS10 PLFQNYTTTTFLHSDHSAPSSK
490 500
>>CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 (498 aa)
initn: 2087 init1: 1763 opt: 2080 Z-score: 2403.8 bits: 454.3 E(32554): 1.4e-127
Smith-Waterman score: 2080; 64.8% identity (83.1% similar) in 486 aa overlap (11-489:7-489)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MARRCGPVALLLGFGLLRLCS--GVWGTDTEERLVEHLLDPSRYNKLIRPATNGSELVTV
:. : :. ::. . ...::.:.. ::. .:::.::::::..:.:...
CCDS10 MRRAPSLVLFFLVALCGRGNCRVANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATSSSQLISI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 QLMVSLAQLISVHEREQIMTTNVWLTQEWEDYRLTWKPEEFDNMKKVRLPSKHIWLPDVV
.:..::::::::.:::::::::::: ::: ::::::. ...... .:.:.:.:::::.:
CCDS10 KLQLSLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKRIWLPDIV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 LYNNADGMYEVSFYSNAVVSYDGSIFWLPPAIYKSACKIEVKHFPFDQQNCTMKFRSWTY
::::::: :::: :.: .: .::..::::::::::::::::.:::::::::.:::::::
CCDS10 LYNNADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTLKFRSWTY
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 DRTEIDLVLKSEVASLDDFTPSGEWDIVALPGRRNENPDDSTYVDITYDFIIRRKPLFYT
:.::::.:: . .::.::::::::::::::::::. ::.: .:::.::::::.:::::::
CCDS10 DHTEIDMVLMTPTASMDDFTPSGEWDIVALPGRRTVNPQDPSYVDVTYDFIIKRKPLFYT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 INLIIPCVLITSLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTVFLLLISKIVPPTSLDVPLVG
::::::::: : ::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::.:
CCDS10 INLIIPCVLTTLLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTFFLLLISKIVPPTSLDVPLIG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 KYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPTTHTMAPWVKVVFLEKLPALLFMQQPRHHCAR
::::::::::::::::::::::::::::.::::::::: ::.:::..:::..: .
CCDS10 KYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPSTHTMAPWVKRCFLHKLPTFLFMKRPGPDSSP
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 QR-LRLRRRQREREGAGALFFREAPGADSCTCFVNRASVQGLAGAFGAEPAPVAGPG---
: . . . : : . . ::: ::. :. : .::: :
CCDS10 ARAFPPSKSCVTKPEATATSTSPSNFYGNSMYFVNPASA---ASKSPAGSTPVAIPRDFW
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 -RSGEPCGCGLREAVDGVRFIADHMRSEDDDQSVSEDWKYVAMVIDRLFLWIFVFVCVFG
::. ..::..:: :::.::...:.:::: :::::::::.::::::.:.::::.:
CCDS10 LRSSGRFRQDVQEALEGVSFIAQHMKNDDEDQSVVEDWKYVAMVVDRLFLWVFMFVCVLG
420 430 440 450 460 470
480 490 500
pF1KB3 TIGMFLQPLFQNYTTTTFLHSDHSAPSSK
:.:.:: ::::.....
CCDS10 TVGLFLPPLFQTHAASEGPYAAQRD
480 490
>>CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 (494 aa)
initn: 1484 init1: 624 opt: 1491 Z-score: 1723.2 bits: 328.3 E(32554): 1.2e-89
Smith-Waterman score: 1491; 48.1% identity (75.2% similar) in 468 aa overlap (22-485:27-490)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MARRCGPVALLLGFGLLRLCSGVWGTDTEERLVEHLLDPSRYNKLIRPATNGSEL
: : ::::: ..:. :.::..:::. : :.
CCDS61 MLTSKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLF--SHYNQFIRPVENVSDP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 VTVQLMVSLAQLISVHEREQIMTTNVWLTQEWEDYRLTWKPEEFDNMKKVRLPSKHIWLP
:::.. :...:: .: : .::: ::.:: . :.::.: : : :.:... .:.:. .:: :
CCDS61 VTVHFEVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 DVVLYNNADGMYEVSFYSNAVVSYDGSIFWLPPAIYKSACKIEVKHFPFDQQNCTMKFRS
:.:::::: : ..: ..:...:.: : : ::::.::.: ... ::::.:::..:: :
CCDS61 DIVLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 WTYDRTEIDLVLKSEVASLDDFTPSGEWDIVALPGRRNE---NPDDSTYVDITYDFIIRR
::::..::::.. . ....:: ..::.:. : ... : . :.::::.: :::
CCDS61 WTYDKAEIDLLIIGSKVDMNDFWENSEWEIIDASGYKHDIKYNCCEEIYTDITYSFYIRR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 KPLFYTINLIIPCVLITSLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTVFLLLISKIVPPTSL
:.::::::::::..:. :..::::::::::::.::::::::.::::::.:.. .: :::
CCDS61 LPMFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTSL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 DVPLVGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPTTHTMAPWVKVVFLEKLPALLFMQQP
:::::.::.:::..::.:::..: :::.:.:.:::::: :::.:::. :: .:.:. :
CCDS61 VVPLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWP
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 RHHC-ARQRLRLRRRQREREGAGALFFREAPGADSCTCFVNRASVQGLAGAFGAEPAPVA
. . . : .: . : : . : :: . : . .. :.
CCDS61 LDKTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEP-RHLKECFHCHKSNELATSKRRLSHQPLQ
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 GPGRSGEPCGCGLREAVDGVRFIADHMRSEDDDQSVSEDWKYVAMVIDRLFLWIFVFVCV
...: .......:.:::..:.:... . : .::::::::.::.:::.:..:::
CCDS61 WVVENSEHSPE-VEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVFLWVFIIVCV
420 430 440 450 460 470
480 490 500
pF1KB3 FGTIGMFLQPLFQNYTTTTFLHSDHSAPSSK
::: :.:::::. :
CCDS61 FGTAGLFLQPLLGNTGKS
480 490
>>CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 (627 aa)
initn: 1594 init1: 660 opt: 1358 Z-score: 1568.1 bits: 300.0 E(32554): 5.1e-81
Smith-Waterman score: 1358; 51.8% identity (74.2% similar) in 419 aa overlap (7-420:14-422)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MARRCGPVALLLGFGLLRLCSGVWG-TDTEERLVEHLLDPSRYNKLIRPATNG
:. :::: :::: : : . .::::...:. : ::: ::..:
CCDS13 MELGGPGAPRLLPPLLLLLGTGLLRASSHVETRAHAEERLLKKLF--SGYNKWSRPVANI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 SELVTVQLMVSLAQLISVHEREQIMTTNVWLTQEWEDYRLTWKPEEFDNMKKVRLPSKHI
:..: :.. .:.::::.: :..:.::::::. :::.::.: : : ...:. ..:.::. :
CCDS13 SDVVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 WLPDVVLYNNADGMYEVSFYSNAVVSYDGSIFWLPPAIYKSACKIEVKHFPFDQQNCTMK
: ::.:::::::: . :. ..: . .:: . : :::::::.:.:.: :::::::::::
CCDS13 WRPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB3 FRSWTYDRTEIDLV-LKSEVASLDDFTPSGEWDIVALPGRRNENPDDST---YVDITYDF
: :::::...:::: ..:.: .:: : :::: :: : : . : :::: :
CCDS13 FGSWTYDKAKIDLVNMHSRVDQLD-FWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIYPDITYAF
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB3 IIRRKPLFYTINLIIPCVLITSLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTVFLLLISKIVP
.::: ::::::::::::.::. :..:::::::.::::.::::::::.::::::::..:.:
CCDS13 VIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIP
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB3 PTSLDVPLVGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPTTHTMAPWVKVVFLEKLPALLF
::: .::.:.::.:::..::.::: .: ::::::::: :::: ::. :::. .: ::.
CCDS13 STSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTHTMPTWVRRVFLDIVPRLLL
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
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:..: ... : .. .. ... :. : : : ...:.: . .
CCDS13 MKRPS--VVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPAT-----SGTQSLHPPSPSFCV
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410 420 430 440 450 460
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:. :.. : :
CCDS13 PLDVPAEPGPSCKSPSDQLPPQQPLEAEKASPHPSPGPCRPPHGTQAPGLAKARSLSVQH
420 430 440 450 460 470
>--
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350 360 370 380 390 400
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. :. .::: . .::. .: .
CCDS13 PRDDAAPEADGQAAGALASRNTHSAELPPPDQPSPCKCTCKKEPSSVS--PSATVKTRST
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410 420 430 440 450 460
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: : . : . .: .::.::..::::...:: : ::.::::::::::::.:::.:..:
CCDS13 KAPPPH--LPLSPALTRAVEGVQYIADHLKAEDTDFSVKEDWKYVAMVIDRIFLWMFIIV
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CCDS13 CLLGTVGLFLPPWLAGMI
610 620
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::::..::::.. . ....:: ..::.:. : ... : . :.::::.: :::
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CCDS56 VVPLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFLKLLPQVLLMRWP
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CCDS56 LDKTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEP-RHLKECFHCHKSNELATSKRRLSHQPLQ
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...: .......:.:::..:.:... . : .::::::::.::.:::.:..:::
CCDS56 WVVENSEHSPE-VEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMVVDRVFLWVFIIVCV
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pF1KB3 FGTIGMFLQPLFQNYTTTTFLHSDHSAPSSK
::: :.:::::. :
CCDS56 FGTAGLFLQPLLGNTGKS
470
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10 20 30 40 50
pF1KB3 MARRCGPVALLLGFGLLRLCSGVWGTDTEERLVEHLLDPSRYNKLIRPATNGSEL
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pF1KB3 DVVLYNNADGMYEVSFYSNAVVSYDGSIFWLPPAIYKSACKIEVKHFPFDQQNCTMKFRS
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CCDS60 DIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCKMKFGS
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240 250 260 270 280 290
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CCDS60 LPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSL
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CCDS60 VIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPSTHTMPHWVRGALLGCVPRWLLMNRP
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360 370 380 390 400
pF1KB3 R---HHCARQRLRLRRRQREREGAGALFFREA--PGADSCTCFVNRASVQGLAGAFGAEP
. : ::.: . :. ::. : .: . : : . :
CCDS60 PPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHVAPSVGTLCSHGHLH
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410 420 430 440 450 460
pF1KB3 APVAGPG-----RSGEPC-GCGLREAVDGVRFIADHMRSEDDDQSVSEDWKYVAMVIDRL
. ..:: . :: . ...:..::..::::.:::: :.::.::::::::::::.
CCDS60 SGASGPKAEALLQEGELLLSPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSSVKEDWKYVAMVIDRI
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470 480 490 500
pF1KB3 FLWIFVFVCVFGTIGMFLQPLFQNYTTTTFLHSDHSAPSSK
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CCDS60 FLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI
510 520
>>CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 (489 aa)
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CCDS53 PVIIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIWK
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pF1KB3 PDVVLYNNADGMYEVSFYSNAVVSYDGSIFWLPPAIYKSACKIEVKHFPFDQQNCTMKFR
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CCDS53 PDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKFG
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pF1KB3 SWTYDRTEIDLVLKSEVASLDDFTPSGEWDIVALPGRRNE---NPDDSTYVDITYDFIIR
::.::...::::: . .: :. :::: :. :: ... : . : ::::.. ::
CCDS53 SWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLYIR
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pF1KB3 RKPLFYTINLIIPCVLITSLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTVFLLLISKIVPPTS
: ::::::::::::.::. :..::::::::::::.::::::::.::::::.:.. .: ::
CCDS53 RLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTS
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pF1KB3 LDVPLVGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPTTHTMAPWVKVVFLEKLPALLFMQQ
: .::.:.::.:::..::.::: .: :::::.:.:::::: :::.:::. :: ..:: .
CCDS53 LVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMTR
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pF1KB3 PRHHCARQRLRLRRRQREREGAGALFFREAPGADSCTCFVNRASVQGLAGAFGAEPAPV-
: . . . . : :: . :.: : . .:. : . .
CCDS53 PTSNEGNAQ-----KPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGYPCQDGMCGYCHHRRIKIS
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pF1KB3 ---AGPGRSGEPCGCG-----------LREAVDGVRFIADHMRSEDDDQSVSEDWKYVAM
:. ::. . ..::...:..::..:.....
CCDS53 NFSANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEEQKAQEIQQL
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460 470 480 490 500
pF1KB3 VIDRLFLWIFVFVCVFGTIGMFLQPLFQNYTTTTFLHSDHSAPSSK
CCDS53 KRKEKSTETSDQEPGL
480
>>CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 (505 aa)
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pF1KB3 MARRCGPVAL----LLGFGLLRLCSGVWGTDTEERLVEHLLDPSRYNKLIRPATNGSE
:.:: :: . :: : . ....:.:: :.:.. ::..:::..: :.
CCDS10 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLLSLLPVARASEAEHRLFERLFED--YNEIIRPVANVSD
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pF1KB3 LVTVQLMVSLAQLISVHEREQIMTTNVWLTQEWEDYRLTWKPEEFDNMKKVRLPSKHIWL
: ... ::..::..: : .::: ::.:: : :.::.: :.: .. . . .:.:...::
CCDS10 PVIIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIWK
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pF1KB3 PDVVLYNNADGMYEVSFYSNAVVSYDGSIFWLPPAIYKSACKIEVKHFPFDQQNCTMKFR
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CCDS10 PDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKFG
120 130 140 150 160 170
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pF1KB3 SWTYDRTEIDLVLKSEVASLDDFTPSGEWDIVALPGRRNE---NPDDSTYVDITYDFIIR
::.::...::::: . .: :. :::: :. :: ... : . : ::::.. ::
CCDS10 SWSYDKAKIDLVLIGSSMNLKDYWESGEWAIIKAPGYKHDIKYNCCEEIYPDITYSLYIR
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240 250 260 270 280 290
pF1KB3 RKPLFYTINLIIPCVLITSLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTVFLLLISKIVPPTS
: ::::::::::::.::. :..::::::::::::.::::::::.::::::.:.. .: ::
CCDS10 RLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFLLVITETIPSTS
240 250 260 270 280 290
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pF1KB3 LDVPLVGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPTTHTMAPWVKVVFLEKLPALLFM--
: .::.:.::.:::..::.::: .: :::::.:.:::::: :::.:::. :: ..::
CCDS10 LVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKTVFLNLLPRVMFMTR
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pF1KB3 --------QQPRHHCARQRLRLRRRQR-EREGAGALFFREAPGADS-CT-CFVNRASVQG
:.:: . . : .: : .: . : :. : : : ....
CCDS10 PTSNEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAESKGCKEGY----PCQDGMCGYCHHRRIKISN
360 370 380 390 400 410
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pF1KB3 LAGAFG-AEPAPVAGPGRSGEPCGCGLREAVDGVRFIADHMRSEDDDQSVSEDWKYVAMV
... . . . . : . ..::...:..::..:..... . ...::::::::
CCDS10 FSANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQNEAKEIQDDWKYVAMV
420 430 440 450 460 470
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pF1KB3 IDRLFLWIFVFVCVFGTIGMFLQPLFQNYTTTTFLHSDHSAPSSK
:::.:::.:..::..:: :.:::::
CCDS10 IDRIFLWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA
480 490 500
>>CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 (514 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KB3 MARRCGPVALLLGFGLLRLCSGVWGTDTEERLVEHLLDPSRYNKLIRPATNGSEL
:.::.:: .::. ::. ::. : :.
CCDS64 GEEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQGGSHTETEDRLFKHLFRG--YNRWARPVPNTSD-
30 40 50 60 70 80
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pF1KB3 VTVQLMVSLAQLISVHEREQIMTTNVWLTQEWEDYRLTWKPEEFDNMKKVRLPSKHIWLP
: :..:.::::::: ::: ::.: :.: .: :. ..:.::. ::.:
CCDS64 --------------VDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLRVPSEMIWIP
90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 DVVLYNNADGMYEVSFYSNAVVSYDGSIFWLPPAIYKSACKIEVKHFPFDQQNCTMKFRS
:.:::::::: . :. ...: . :.. :.:::::::.:.:.: :::::::: ::: :
CCDS64 DIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCKMKFGS
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 WTYDRTEIDLVLKSEVASLDDFTPSGEWDIVALPGRRNENPDDST---YVDITYDFIIRR
::::...::: ....: :. :::: :: : : . : : :.:: :.:::
CCDS64 WTYDKAKIDLEQMEQTVDLKDYWESGEWAIVNATGTYNSKKYDCCAEIYPDVTYAFVIRR
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 KPLFYTINLIIPCVLITSLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTVFLLLISKIVPPTSL
::::::::::::.::. :..::::::::::::.::::::::.::::::::..:.: :::
CCDS64 LPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSL
250 260 270 280 290 300
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pF1KB3 DVPLVGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPTTHTMAPWVKVVFLEKLPALLFMQQP
.::.:.::.:::..::.::: .: :::::::::.:::: ::. ..: .: :.:..:
CCDS64 VIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPSTHTMPHWVRGALLGCVPRWLLMNRP
310 320 330 340 350 360
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pF1KB3 R---HHCARQRLRLRRRQREREGAGALFFREA--PGADSCTCFVNRASVQGLAGAFGAEP
. : ::.: . :. ::. : .: . : : . :
CCDS64 PPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHVAPSVGTLCSHGHLH
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB3 APVAGPG-----RSGEPC-GCGLREAVDGVRFIADHMRSEDDDQSVSEDWKYVAMVIDRL
. ..:: . :: . ...:..::..::::.:::: :.::.::::::::::::.
CCDS64 SGASGPKAEALLQEGELLLSPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSSVKEDWKYVAMVIDRI
430 440 450 460 470 480
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pF1KB3 FLWIFVFVCVFGTIGMFLQPLFQNYTTTTFLHSDHSAPSSK
:::.:..:: .::::.:: :..
CCDS64 FLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI
490 500 510
>>CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 (458 aa)
initn: 1283 init1: 632 opt: 1157 Z-score: 1337.6 bits: 256.9 E(32554): 3.5e-68
Smith-Waterman score: 1264; 41.9% identity (71.2% similar) in 472 aa overlap (27-496:27-458)
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pF1KB3 MARRCGPVALLLGFGLLRLCSGVWGTDTEERLVEHLLDPSRYNKLIRPATNGSELVTVQL
..:. :..::.. :.: .::. .... . : .
CCDS61 MLPDFMLVLIVLGIPSSATTGFNSIAENEDALLRHLFQG--YQKWVRPVLHSNDTIKVYF
10 20 30 40 50
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pF1KB3 MVSLAQLISVHEREQIMTTNVWLTQEWEDYRLTWKPEEFDNMKKVRLPSKHIWLPDVVLY
....::..: :..:.::::::: ::: :..: :.:... .......::. .::::.::.
CCDS61 GLKISQLVDVDEKNQLMTTNVWLKQEWTDHKLRWNPDDYGGIHSIKVPSESLWLPDIVLF
60 70 80 90 100 110
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