FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3260, 1615 aa
1>>>pF1KB3260 1615 - 1615 aa - 1615 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1962+/-0.00114; mu= 10.6894+/- 0.069
mean_var=189.6339+/-38.103, 0's: 0 Z-trim(109.9): 71 B-trim: 7 in 1/50
Lambda= 0.093136
statistics sampled from 11151 (11217) to 11151 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.666), E-opt: 0.2 (0.345), width: 16
Scan time: 4.570
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8181.1 LRP5 gene_id:4041|Hs108|chr11 (1615) 11265 1527.8 0
CCDS8647.1 LRP6 gene_id:4040|Hs108|chr12 (1613) 7863 1070.6 0
CCDS31478.1 LRP4 gene_id:4038|Hs108|chr11 (1905) 2995 416.6 3.9e-115
CCDS2182.1 LRP1B gene_id:53353|Hs108|chr2 (4599) 1416 204.7 5.7e-51
CCDS33626.1 LRP5L gene_id:91355|Hs108|chr22 ( 252) 1298 187.9 3.7e-47
CCDS8932.1 LRP1 gene_id:4035|Hs108|chr12 (4544) 974 145.3 4.2e-33
CCDS2232.1 LRP2 gene_id:4036|Hs108|chr2 (4655) 876 132.2 4e-29
CCDS6446.1 VLDLR gene_id:7436|Hs108|chr9 ( 873) 854 128.7 8.6e-29
CCDS54795.1 EGF gene_id:1950|Hs108|chr4 (1165) 856 129.0 8.9e-29
CCDS54794.1 EGF gene_id:1950|Hs108|chr4 (1166) 856 129.0 8.9e-29
CCDS3689.1 EGF gene_id:1950|Hs108|chr4 (1207) 856 129.0 9.1e-29
CCDS34979.1 VLDLR gene_id:7436|Hs108|chr9 ( 845) 847 127.7 1.6e-28
CCDS8436.1 SORL1 gene_id:6653|Hs108|chr11 (2214) 822 124.7 3.4e-27
CCDS579.1 LRP8 gene_id:7804|Hs108|chr1 ( 700) 775 118.0 1.1e-25
CCDS56084.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 692) 713 109.6 3.6e-23
CCDS580.1 LRP8 gene_id:7804|Hs108|chr1 ( 793) 714 109.8 3.7e-23
CCDS30720.1 LRP8 gene_id:7804|Hs108|chr1 ( 904) 714 109.9 4.1e-23
CCDS56085.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 819) 713 109.7 4.1e-23
CCDS578.1 LRP8 gene_id:7804|Hs108|chr1 ( 963) 714 109.9 4.3e-23
CCDS58651.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 858) 713 109.7 4.3e-23
CCDS12254.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 860) 713 109.7 4.3e-23
CCDS56083.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 682) 656 102.0 7.3e-21
CCDS1608.1 NID1 gene_id:4811|Hs108|chr1 (1247) 640 100.0 5.1e-20
CCDS9706.1 NID2 gene_id:22795|Hs108|chr14 (1375) 596 94.1 3.3e-18
CCDS31462.1 LDLRAD3 gene_id:143458|Hs108|chr11 ( 345) 406 68.1 5.6e-11
>>CCDS8181.1 LRP5 gene_id:4041|Hs108|chr11 (1615 aa)
initn: 11265 init1: 11265 opt: 11265 Z-score: 8187.0 bits: 1527.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 11265; 100.0% identity (100.0% similar) in 1615 aa overlap (1-1615:1-1615)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MEAAPPGPPWPLLLLLLLLLALCGCPAPAAASPLLLFANRRDVRLVDAGGVKLESTIVVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MEAAPPGPPWPLLLLLLLLLALCGCPAPAAASPLLLFANRRDVRLVDAGGVKLESTIVVS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 GLEDAAAVDFQFSKGAVYWTDVSEEAIKQTYLNQTGAAVQNVVISGLVSPDGLACDWVGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 GLEDAAAVDFQFSKGAVYWTDVSEEAIKQTYLNQTGAAVQNVVISGLVSPDGLACDWVGK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 KLYWTDSETNRIEVANLNGTSRKVLFWQDLDQPRAIALDPAHGYMYWTDWGETPRIERAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 KLYWTDSETNRIEVANLNGTSRKVLFWQDLDQPRAIALDPAHGYMYWTDWGETPRIERAG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 MDGSTRKIIVDSDIYWPNGLTIDLEEQKLYWADAKLSFIHRANLDGSFRQKVVEGSLTHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MDGSTRKIIVDSDIYWPNGLTIDLEEQKLYWADAKLSFIHRANLDGSFRQKVVEGSLTHP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 FALTLSGDTLYWTDWQTRSIHACNKRTGGKRKEILSALYSPMDIQVLSQERQPFFHTRCE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 FALTLSGDTLYWTDWQTRSIHACNKRTGGKRKEILSALYSPMDIQVLSQERQPFFHTRCE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 EDNGGCSHLCLLSPSEPFYTCACPTGVQLQDNGRTCKAGAEEVLLLARRTDLRRISLDTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 EDNGGCSHLCLLSPSEPFYTCACPTGVQLQDNGRTCKAGAEEVLLLARRTDLRRISLDTP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 DFTDIVLQVDDIRHAIAIDYDPLEGYVYWTDDEVRAIRRAYLDGSGAQTLVNTEINDPDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 DFTDIVLQVDDIRHAIAIDYDPLEGYVYWTDDEVRAIRRAYLDGSGAQTLVNTEINDPDG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 IAVDWVARNLYWTDTGTDRIEVTRLNGTSRKILVSEDLDEPRAIALHPVMGLMYWTDWGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 IAVDWVARNLYWTDTGTDRIEVTRLNGTSRKILVSEDLDEPRAIALHPVMGLMYWTDWGE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 NPKIECANLDGQERRVLVNASLGWPNGLALDLQEGKLYWGDAKTDKIEVINVDGTKRRTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 NPKIECANLDGQERRVLVNASLGWPNGLALDLQEGKLYWGDAKTDKIEVINVDGTKRRTL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 LEDKLPHIFGFTLLGDFIYWTDWQRRSIERVHKVKASRDVIIDQLPDLMGLKAVNVAKVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LEDKLPHIFGFTLLGDFIYWTDWQRRSIERVHKVKASRDVIIDQLPDLMGLKAVNVAKVV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 GTNPCADRNGGCSHLCFFTPHATRCGCPIGLELLSDMKTCIVPEAFLVFTSRAAIHRISL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 GTNPCADRNGGCSHLCFFTPHATRCGCPIGLELLSDMKTCIVPEAFLVFTSRAAIHRISL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 ETNNNDVAIPLTGVKEASALDFDVSNNHIYWTDVSLKTISRAFMNGSSVEHVVEFGLDYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 ETNNNDVAIPLTGVKEASALDFDVSNNHIYWTDVSLKTISRAFMNGSSVEHVVEFGLDYP
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 EGMAVDWMGKNLYWADTGTNRIEVARLDGQFRQVLVWRDLDNPRSLALDPTKGYIYWTEW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 EGMAVDWMGKNLYWADTGTNRIEVARLDGQFRQVLVWRDLDNPRSLALDPTKGYIYWTEW
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 GGKPRIVRAFMDGTNCMTLVDKVGRANDLTIDYADQRLYWTDLDTNMIESSNMLGQERVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 GGKPRIVRAFMDGTNCMTLVDKVGRANDLTIDYADQRLYWTDLDTNMIESSNMLGQERVV
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 IADDLPHPFGLTQYSDYIYWTDWNLHSIERADKTSGRNRTLIQGHLDFVMDILVFHSSRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 IADDLPHPFGLTQYSDYIYWTDWNLHSIERADKTSGRNRTLIQGHLDFVMDILVFHSSRQ
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB3 DGLNDCMHNNGQCGQLCLAIPGGHRCGCASHYTLDPSSRNCSPPTTFLLFSQKSAISRMI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 DGLNDCMHNNGQCGQLCLAIPGGHRCGCASHYTLDPSSRNCSPPTTFLLFSQKSAISRMI
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB3 PDDQHSPDLILPLHGLRNVKAIDYDPLDKFIYWVDGRQNIKRAKDDGTQPFVLTSLSQGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 PDDQHSPDLILPLHGLRNVKAIDYDPLDKFIYWVDGRQNIKRAKDDGTQPFVLTSLSQGQ
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB3 NPDRQPHDLSIDIYSRTLFWTCEATNTINVHRLSGEAMGVVLRGDRDKPRAIVVNAERGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 NPDRQPHDLSIDIYSRTLFWTCEATNTINVHRLSGEAMGVVLRGDRDKPRAIVVNAERGY
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB3 LYFTNMQDRAAKIERAALDGTEREVLFTTGLIRPVALVVDNTLGKLFWVDADLKRIESCD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LYFTNMQDRAAKIERAALDGTEREVLFTTGLIRPVALVVDNTLGKLFWVDADLKRIESCD
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB3 LSGANRLTLEDANIVQPLGLTILGKHLYWIDRQQQMIERVEKTTGDKRTRIQGRVAHLTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LSGANRLTLEDANIVQPLGLTILGKHLYWIDRQQQMIERVEKTTGDKRTRIQGRVAHLTG
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB3 IHAVEEVSLEEFSAHPCARDNGGCSHICIAKGDGTPRCSCPVHLVLLQNLLTCGEPPTCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 IHAVEEVSLEEFSAHPCARDNGGCSHICIAKGDGTPRCSCPVHLVLLQNLLTCGEPPTCS
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB3 PDQFACATGEIDCIPGAWRCDGFPECDDQSDEEGCPVCSAAQFPCARGQCVDLRLRCDGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 PDQFACATGEIDCIPGAWRCDGFPECDDQSDEEGCPVCSAAQFPCARGQCVDLRLRCDGE
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB3 ADCQDRSDEADCDAICLPNQFRCASGQCVLIKQQCDSFPDCIDGSDELMCEITKPPSDDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 ADCQDRSDEADCDAICLPNQFRCASGQCVLIKQQCDSFPDCIDGSDELMCEITKPPSDDS
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KB3 PAHSSAIGPVIGIILSLFVMGGVYFVCQRVVCQRYAGANGPFPHEYVSGTPHVPLNFIAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 PAHSSAIGPVIGIILSLFVMGGVYFVCQRVVCQRYAGANGPFPHEYVSGTPHVPLNFIAP
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KB3 GGSQHGPFTGIACGKSMMSSVSLMGGRGGVPLYDRNHVTGASSSSSSSTKATLYPPILNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 GGSQHGPFTGIACGKSMMSSVSLMGGRGGVPLYDRNHVTGASSSSSSSTKATLYPPILNP
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KB3 PPSPATDPSLYNMDMFYSSNIPATARPYRPYIIRGMAPPTTPCSTDVCDSDYSASRWKAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 PPSPATDPSLYNMDMFYSSNIPATARPYRPYIIRGMAPPTTPCSTDVCDSDYSASRWKAS
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610
pF1KB3 KYYLDLNSDSDPYPPPPTPHSQYLSAEDSCPPSPATERSYFHLFPPPPSPCTDSS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 KYYLDLNSDSDPYPPPPTPHSQYLSAEDSCPPSPATERSYFHLFPPPPSPCTDSS
1570 1580 1590 1600 1610
>>CCDS8647.1 LRP6 gene_id:4040|Hs108|chr12 (1613 aa)
initn: 6372 init1: 4592 opt: 7863 Z-score: 5716.5 bits: 1070.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 8020; 70.2% identity (87.9% similar) in 1612 aa overlap (19-1615:8-1613)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MEAAPPGPPWPLLLLLLLLLALCGCPAPAAASPLLLFANRRDVRLVDAGGVKLESTIVVS
::: :. . :.::::.:::::.::::: . : ..::::.
CCDS86 MGAVLRSLLA-CSFCVLLRAAPLLLYANRRDLRLVDATNGKENATIVVG
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 GLEDAAAVDFQFSKGAVYWTDVSEEAIKQTYLNQTGAAVQNVVISGLVSPDGLACDWVGK
:::::::::: ::.: .::.::::::::.: .:.: .:::::.:::.:::::::::.:.
CCDS86 GLEDAAAVDFVFSHGLIYWSDVSEEAIKRTEFNKT-ESVQNVVVSGLLSPDGLACDWLGE
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 KLYWTDSETNRIEVANLNGTSRKVLFWQDLDQPRAIALDPAHGYMYWTDWGETPRIERAG
::::::::::::::.::.:. :::::::.:::::::::::. :.::::::::.:.:::::
CCDS86 KLYWTDSETNRIEVSNLDGSLRKVLFWQELDQPRAIALDPSSGFMYWTDWGEVPKIERAG
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 MDGSTRKIIVDSDIYWPNGLTIDLEEQKLYWADAKLSFIHRANLDGSFRQKVVEGSLTHP
::::.: ::..:.::::::::.: ::::::::::::.:::..::::. :: ::.::: ::
CCDS86 MDGSSRFIIINSEIYWPNGLTLDYEEQKLYWADAKLNFIHKSNLDGTNRQAVVKGSLPHP
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 FALTLSGDTLYWTDWQTRSIHACNKRTGGKRKEILSALYSPMDIQVLSQERQPFFHTRCE
::::: : ::::::.:.:: :::: :: .:: : ..:::::...::.::: . :
CCDS86 FALTLFEDILYWTDWSTHSILACNKYTGEGLREIHSDIFSPMDIHAFSQQRQPNATNPCG
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 EDNGGCSHLCLLSPSEPFYTCACPTGVQLQDNGRTCKAGAEEVLLLARRTDLRRISLDTP
::::::::::.:: .::: :::::::.: .::.::: :: :.:::::::::::::::::
CCDS86 IDNGGCSHLCLMSPVKPFYQCACPTGVKLLENGKTCKDGATELLLLARRTDLRRISLDTP
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 DFTDIVLQVDDIRHAIAIDYDPLEGYVYWTDDEVRAIRRAYLDGSGAQTLVNTEINDPDG
::::::::..::::::::::::.:::.::::::::::::...::::.: .:...: :::
CCDS86 DFTDIVLQLEDIRHAIAIDYDPVEGYIYWTDDEVRAIRRSFIDGSGSQFVVTAQIAHPDG
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 IAVDWVARNLYWTDTGTDRIEVTRLNGTSRKILVSEDLDEPRAIALHPVMGLMYWTDWGE
:::::::::::::::::::::::::::: ::::.::::.:::::.: :..: ::::::::
CCDS86 IAVDWVARNLYWTDTGTDRIEVTRLNGTMRKILISEDLEEPRAIVLDPMVGYMYWTDWGE
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 NPKIECANLDGQERRVLVNASLGWPNGLALDLQEGKLYWGDAKTDKIEVINVDGTKRRTL
:::: : :::..: ::::.::::::::::: .:::.::::::::::::.:.::: ::.:
CCDS86 IPKIERAALDGSDRVVLVNTSLGWPNGLALDYDEGKIYWGDAKTDKIEVMNTDGTGRRVL
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 LEDKLPHIFGFTLLGDFIYWTDWQRRSIERVHKVKASRDVIIDQLPDLMGLKAVNVAKVV
.:::.:::::::::::..::::::::::::::: .: :.::::::::::::::.:: .:.
CCDS86 VEDKIPHIFGFTLLGDYVYWTDWQRRSIERVHKRSAEREVIIDQLPDLMGLKATNVHRVI
530 540 550 560 570 580
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 GTNPCADRNGGCSHLCFFTPHATRCGCPIGLELLSDMKTCIVPEAFLVFTSRAAIHRISL
:.::::..::::::::.. :.. ::.::::.::.:::::::::::::.:. :: :.::::
CCDS86 GSNPCAEENGGCSHLCLYRPQGLRCACPIGFELISDMKTCIVPEAFLLFSRRADIRRISL
590 600 610 620 630 640
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 ETNNNDVAIPLTGVKEASALDFDVSNNHIYWTDVSLKTISRAFMNGSSVEHVVEFGLDYP
:::::.::::::::::::::::::..:.:::::.:::::::::::::..:::::::::::
CCDS86 ETNNNNVAIPLTGVKEASALDFDVTDNRIYWTDISLKTISRAFMNGSALEHVVEFGLDYP
650 660 670 680 690 700
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 EGMAVDWMGKNLYWADTGTNRIEVARLDGQFRQVLVWRDLDNPRSLALDPTKGYIYWTEW
:::::::.::::::::::::::::..:::: ::::::.:::.::.:::::..:..:::::
CCDS86 EGMAVDWLGKNLYWADTGTNRIEVSKLDGQHRQVLVWKDLDSPRALALDPAEGFMYWTEW
710 720 730 740 750 760
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 GGKPRIVRAFMDGTNCMTLVDKVGRANDLTIDYADQRLYWTDLDTNMIESSNMLGQERVV
::::.: :: :::.. ::: .::::: :::::: .::::::::::.:::::::: .: :
CCDS86 GGKPKIDRAAMDGSERTTLVPNVGRANGLTIDYAKRRLYWTDLDTNLIESSNMLGLNREV
770 780 790 800 810 820
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 IADDLPHPFGLTQYSDYIYWTDWNLHSIERADKTSGRNRTLIQGHLDFVMDILVFHSSRQ
::::::::::::::.::::::::. .:::::.::::.:::.::::::.::::::::::::
CCDS86 IADDLPHPFGLTQYQDYIYWTDWSRRSIERANKTSGQNRTIIQGHLDYVMDILVFHSSRQ
830 840 850 860 870 880
910 920 930 940 950
pF1KB3 DGLNDCMHNNGQCGQLCLAIP-GGHRCGCASHYTLDPSSRNCSPPTTFLLFSQKSAISRM
.: :.: .::.:..::::.: :: ::: .::.:. ..:.:: :::::::::::::.::
CCDS86 SGWNECASSNGHCSHLCLAVPVGGFVCGCPAHYSLNADNRTCSAPTTFLLFSQKSAINRM
890 900 910 920 930 940
960 970 980 990 1000 1010
pF1KB3 IPDDQHSPDLILPLHGLRNVKAIDYDPLDKFIYWVDGRQN-IKRAKDDGTQPF-VLTSLS
. :.:.:::.:::.:.::::.::::::::: .::.:.::: :..:..::.: : :..:
CCDS86 VIDEQQSPDIILPIHSLRNVRAIDYDPLDKQLYWIDSRQNMIRKAQEDGSQGFTVVVSSV
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CCDS86 PPPSPCTDSS
1610
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