Result of FASTA (omim) for
pFN21AB0984
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0984, 452 aa
1>>>pF1KB0984 452 - 452 aa - 452 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7960+/-0.000477; mu= 11.0672+/- 0.029
mean_var=143.8268+/-31.943, 0's: 0 Z-trim(114.1): 209 B-trim: 1054 in 1/50
Lambda= 0.106943
statistics sampled from 23408 (23709) to 23408 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.639), E-opt: 0.2 (0.278), width: 16
Scan time: 6.690
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_065091 (OMIM: 606124) tripartite motif-containi ( 452) 3185 503.6 4.4e-142
XP_016873516 (OMIM: 606124) PREDICTED: tripartite ( 375) 1472 239.2 1.4e-62
NP_003132 (OMIM: 109092) E3 ubiquitin-protein liga ( 475) 808 136.9 1.1e-31
NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein liga ( 468) 805 136.4 1.6e-31
XP_016857901 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 467) 794 134.7 5e-31
NP_742013 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 488) 689 118.5 3.9e-26
NP_057186 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein liga ( 477) 678 116.8 1.2e-25
XP_011542511 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 678 116.8 1.2e-25
XP_011542512 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 678 116.8 1.2e-25
NP_001020111 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 477) 678 116.8 1.2e-25
XP_006711842 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 678 116.8 1.2e-25
XP_011542513 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 450) 603 105.2 3.6e-22
NP_067629 (OMIM: 605684) tripartite motif-containi ( 488) 501 89.5 2.1e-17
NP_001003827 (OMIM: 605684) tripartite motif-conta ( 488) 501 89.5 2.1e-17
NP_001008275 (OMIM: 613288) tripartite motif-conta ( 477) 494 88.4 4.4e-17
NP_477514 (OMIM: 607564) tripartite motif-containi ( 488) 460 83.2 1.7e-15
NP_001003818 (OMIM: 607564) tripartite motif-conta ( 516) 460 83.2 1.8e-15
NP_001186502 (OMIM: 606559) E3 ubiquitin-protein l ( 494) 457 82.7 2.3e-15
NP_001128327 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 343) 454 82.1 2.5e-15
NP_006501 (OMIM: 602165) zinc finger protein RFP [ ( 513) 445 80.9 8.7e-15
XP_016856908 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 436 79.3 1.4e-14
XP_016856907 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 436 79.3 1.4e-14
XP_016873951 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 300) 435 79.2 1.7e-14
NP_149084 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 326) 435 79.2 1.8e-14
XP_005253241 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 326) 435 79.2 1.8e-14
NP_149083 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 347) 435 79.2 1.9e-14
NP_149023 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 493) 435 79.4 2.5e-14
XP_005253240 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 493) 435 79.4 2.5e-14
NP_067076 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 518) 432 78.9 3.5e-14
XP_016873952 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 265) 410 75.2 2.3e-13
XP_006718421 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 265) 410 75.2 2.3e-13
XP_011518728 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 310) 410 75.3 2.5e-13
XP_016873950 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 310) 410 75.3 2.5e-13
NP_006065 (OMIM: 606559) E3 ubiquitin-protein liga ( 498) 406 74.9 5.5e-13
XP_016873949 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 314) 402 74.1 6.1e-13
XP_011518729 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 271) 397 73.3 9.3e-13
NP_569074 (OMIM: 605684) tripartite motif-containi ( 270) 395 72.9 1.1e-12
NP_439893 (OMIM: 605701) tripartite motif-containi ( 395) 371 69.4 2e-11
NP_003440 (OMIM: 600830) tripartite motif-containi ( 539) 373 69.8 2e-11
XP_006715243 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 373 69.8 2e-11
XP_005249435 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 373 69.8 2e-11
XP_005249433 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 373 69.8 2e-11
XP_005249432 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 373 69.8 2e-11
XP_005249434 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 373 69.8 2e-11
XP_005249431 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 373 69.8 2e-11
NP_001229712 (OMIM: 600830) tripartite motif-conta ( 539) 373 69.8 2e-11
NP_006769 (OMIM: 605701) tripartite motif-containi ( 481) 371 69.5 2.3e-11
NP_060543 (OMIM: 613184) E3 ubiquitin-protein liga ( 485) 366 68.7 3.9e-11
XP_011512567 (OMIM: 609316) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 421) 364 68.3 4.4e-11
NP_008959 (OMIM: 609316) E3 ubiquitin-protein liga ( 425) 364 68.3 4.4e-11
>>NP_065091 (OMIM: 606124) tripartite motif-containing p (452 aa)
initn: 3185 init1: 3185 opt: 3185 Z-score: 2671.9 bits: 503.6 E(85289): 4.4e-142
Smith-Waterman score: 3185; 100.0% identity (100.0% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 YRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 YRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB0 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
430 440 450
>>XP_016873516 (OMIM: 606124) PREDICTED: tripartite moti (375 aa)
initn: 1459 init1: 1459 opt: 1472 Z-score: 1244.6 bits: 239.2 E(85289): 1.4e-62
Smith-Waterman score: 2503; 83.0% identity (83.0% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-375)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWK-----------
130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP
XP_016 ------------------------------------------------------------
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ------AFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI
170 180 190 200 210 220
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM
230 240 250 260 270 280
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 YRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV
290 300 310 320 330 340
430 440 450
pF1KB0 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
350 360 370
>>NP_003132 (OMIM: 109092) E3 ubiquitin-protein ligase T (475 aa)
initn: 647 init1: 317 opt: 808 Z-score: 689.6 bits: 136.9 E(85289): 1.1e-31
Smith-Waterman score: 808; 34.0% identity (62.2% similar) in 447 aa overlap (6-447:7-446)
10 20 30 40 50
pF1KB0 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKST
: .. :. ::.:.. :..::.:.::::::. :. . . : : .
NP_003 MASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECISQVGKGGGSV--CPVCRQRF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB0 EQINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQ
::. : .: .:.. ...: ... . :..: : ..::: : . :: .:..:.
NP_003 LLKNLRPNRQLANMVNNLKEISQEAREGTQGERCAVHGERLHLFCEKDGKALCWVCAQSR
60 70 80 90 100 110
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pF1KB0 EHRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRC-WKDYVNLRLEA
.:: : :.: ::.:..::: . : .: : ..:.:: . : :: :. .
NP_003 KHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQ-ELAEKLEVEIAIKRADWKKTVETQKSR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 IRAEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCH
:.::. .. : :::...:. :.: .: .. : ..::.:.. . :. . ::.. ::
NP_003 IHAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELISELDRRCH
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 KPDVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPEL-SAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEAN
. .:::: .:.:::: :. . .::: :. . ::. : ::::: . ::
NP_003 SSALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSVCHVPGLKKMLRTCAVHITLDPDTAN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 NDIFLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSF-LAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFG
..: : :.. .: .:..: :. .. :.: : :::.:::: : . : .:
NP_003 PWLILSEDRRQVRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWEVDVTGKEAWDLG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 VCNMYRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCV-KNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDC
:: ..:.. ...:.:.. . :. . . . .:: :: : .::.:::
NP_003 VCRDSVRRKGH-FLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEAGTYPQTPLHLQV---PPCQVGIFLDY
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450
pF1KB0 EAKTVSFVDV-NQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
:: ::: .. ...::::.. .:.:. ::::.:
NP_003 EAGMVSFYNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRPFFSPGFNDGGKNTAPLTLCPLNIGSQGST
420 430 440 450 460 470
NP_003 DY
>>NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein ligase T (468 aa)
initn: 692 init1: 269 opt: 805 Z-score: 687.1 bits: 136.4 E(85289): 1.6e-31
Smith-Waterman score: 805; 34.2% identity (59.6% similar) in 448 aa overlap (9-447:10-442)
10 20 30 40 50
pF1KB0 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKST
.: : : .:..:: ::: ::::.::: :. : . : :: . .
NP_660 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRRCWGQPEGPYACPECRELS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB0 EQINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQ
: ::. : : ::: .::. : . .: .::: :: . ::: : :
NP_660 PQRNLRPNRPLAKMAEMARR--LHPPSPVPQGVCPAHREPLAAFCGDELRLLCAACERSG
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB0 EHRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRC--WKDYVNLRLE
:: :: ::.. :::. . :: .... : .: .. ..... .: : :. .:. . .
NP_660 EHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHL-RKQMQDALLFQAQADET-CVLWQKMVESQRQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB0 AIRAEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMC
. .:.... . :::.. :. :... :.. ::. . :..... : . ::. :
NP_660 NVLGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAELEGRC
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB0 HKPDVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPEL-SAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEA
. : . ::: . : :.: ..: :. :. . :: .. . :: . : .:: .:: . :
NP_660 QLPALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLVETLRRFRGDVTLDPDTA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB0 NNDIFLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSF----LAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWN
: ...: : ::. : .: .: .:. : . : . ::::..::::.::: .
NP_660 NPELILSEDRRSVQRGDLRQALP---DSPERFDPGPCVLGQERFTSGRHYWEVEVGDRTS
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB0 WAFGVC--NMYRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVG
::.::: :. ::::.. .: : .:: : ...: : . : :::
NP_660 WALGVCRENVNRKEKGELSAGNGFWILVFLG--------SYYNSSERALAPLRDPPRRVG
360 370 380 390 400
420 430 440 450
pF1KB0 LFLDCEAKTVSFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF
.::: :: .:: .....::.. .:. :: :::.:
NP_660 IFLDYEAGHLSFYSATDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSSSPTPMTICRPKGGSGDTL
410 420 430 440 450 460
NP_660 APQ
>>XP_016857901 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (467 aa)
initn: 711 init1: 236 opt: 794 Z-score: 678.0 bits: 134.7 E(85289): 5e-31
Smith-Waterman score: 794; 34.2% identity (59.6% similar) in 448 aa overlap (9-447:10-441)
10 20 30 40 50
pF1KB0 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKST
.: : : .:..:: ::: ::::.::: :. : . : :: . .
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pF1KB0 EQINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQ
: ::. : : ::: .::. : . .: .::: :: . ::: : :
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XP_016 EHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHL-RKQMQDALLFQAQADET-CVLWQ-MVESQRQ
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pF1KB0 AIRAEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMC
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XP_016 NVLGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAELEGRC
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XP_016 QLPALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLVETLRRFRGDVTLDPDTA
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pF1KB0 NNDIFLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSF----LAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWN
: ...: : ::. : .: .: .:. : . : . ::::..::::.::: .
XP_016 NPELILSEDRRSVQRGDLRQALP---DSPERFDPGPCVLGQERFTSGRHYWEVEVGDRTS
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XP_016 WALGVCRENVNRKEKGELSAGNGFWILVFLG--------SYYNSSERALAPLRDPPRRVG
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.::: :: .:: .....::.. .:. :: :::.:
XP_016 IFLDYEAGHLSFYSATDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSSSPTPMTICRPKGGSGDTL
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XP_016 APQ
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10 20 30 40
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NP_742 DQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEEKKPG
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: :. : . : :.... ::.. : :... ..:..::. . :... . . :
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:.:. . .:: : :. .. : : .:. . .:.: ::: : . ...
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NP_742 RKNAAPLTIRPPTDWE
480
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]