FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0443, 372 aa
1>>>pF1KB0443 372 - 372 aa - 372 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5125+/-0.00149; mu= 0.0701+/- 0.084
mean_var=290.3789+/-68.044, 0's: 0 Z-trim(106.2): 577 B-trim: 88 in 1/46
Lambda= 0.075265
statistics sampled from 8158 (8874) to 8158 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.639), E-opt: 0.2 (0.273), width: 16
Scan time: 2.290
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6879.1 CDK9 gene_id:1025|Hs108|chr9 ( 372) 2490 284.7 9e-77
CCDS45666.1 CDK12 gene_id:51755|Hs108|chr17 (1481) 979 121.3 5.4e-27
CCDS11337.1 CDK12 gene_id:51755|Hs108|chr17 (1490) 979 121.3 5.4e-27
CCDS5462.1 CDK13 gene_id:8621|Hs108|chr7 (1452) 976 121.0 6.7e-27
CCDS5461.1 CDK13 gene_id:8621|Hs108|chr7 (1512) 976 121.0 6.8e-27
CCDS10984.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16 ( 360) 790 100.1 3.3e-21
CCDS32514.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16 ( 272) 652 84.9 8.9e-17
CCDS83458.1 CDKL5 gene_id:6792|Hs108|chrX ( 960) 614 81.5 3.5e-15
CCDS14186.1 CDKL5 gene_id:6792|Hs108|chrX (1030) 614 81.5 3.6e-15
CCDS5628.1 CDK6 gene_id:1021|Hs108|chr7 ( 326) 600 79.4 5e-15
CCDS11206.1 MAPK7 gene_id:5598|Hs108|chr17 ( 816) 600 79.9 9e-15
CCDS75627.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 423) 578 77.1 3.1e-14
CCDS5619.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 451) 578 77.2 3.2e-14
CCDS75626.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 469) 578 77.2 3.3e-14
CCDS2350.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2 ( 384) 576 76.9 3.4e-14
CCDS58746.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2 ( 400) 576 76.9 3.5e-14
CCDS58747.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2 ( 429) 576 76.9 3.6e-14
CCDS8953.1 CDK4 gene_id:1019|Hs108|chr12 ( 303) 572 76.3 3.9e-14
CCDS75628.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7 ( 340) 571 76.3 4.5e-14
CCDS35060.1 CDK20 gene_id:23552|Hs108|chr9 ( 346) 568 75.9 5.8e-14
CCDS44043.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 770) 574 77.0 6.1e-14
CCDS81254.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 779) 574 77.0 6.2e-14
CCDS44042.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 780) 574 77.0 6.2e-14
CCDS81253.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1 ( 783) 574 77.0 6.2e-14
CCDS72682.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 ( 748) 570 76.6 8.1e-14
CCDS72684.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 ( 782) 570 76.6 8.4e-14
CCDS72683.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1 ( 795) 570 76.6 8.4e-14
CCDS42149.1 MAPK3 gene_id:5595|Hs108|chr16 ( 357) 556 74.7 1.4e-13
CCDS14276.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX ( 496) 558 75.0 1.5e-13
CCDS48101.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX ( 502) 558 75.1 1.6e-13
CCDS10672.1 MAPK3 gene_id:5595|Hs108|chr16 ( 379) 555 74.6 1.6e-13
CCDS55408.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX ( 570) 558 75.1 1.7e-13
CCDS13795.1 MAPK1 gene_id:5594|Hs108|chr22 ( 360) 550 74.0 2.3e-13
CCDS3999.1 CDK7 gene_id:1022|Hs108|chr5 ( 346) 549 73.9 2.4e-13
CCDS44408.1 CDK1 gene_id:983|Hs108|chr10 ( 297) 535 72.3 6.3e-13
CCDS9061.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12 ( 523) 535 72.6 9e-13
CCDS6409.2 MAPK15 gene_id:225689|Hs108|chr8 ( 544) 535 72.6 9.2e-13
CCDS53819.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12 ( 523) 533 72.4 1e-12
CCDS11736.1 CDK3 gene_id:1018|Hs108|chr17 ( 305) 521 70.8 1.8e-12
CCDS10147.1 MAPK6 gene_id:5597|Hs108|chr15 ( 721) 528 72.0 1.9e-12
CCDS44300.1 CDK18 gene_id:5129|Hs108|chr1 ( 474) 524 71.3 1.9e-12
CCDS1454.1 CDK18 gene_id:5129|Hs108|chr1 ( 504) 524 71.4 2e-12
CCDS42437.1 MAPK4 gene_id:5596|Hs108|chr18 ( 587) 522 71.2 2.6e-12
CCDS83002.1 CDK7 gene_id:1022|Hs108|chr5 ( 253) 507 69.2 4.6e-12
CCDS11224.2 NLK gene_id:51701|Hs108|chr17 ( 527) 495 68.2 1.8e-11
>>CCDS6879.1 CDK9 gene_id:1025|Hs108|chr9 (372 aa)
initn: 2490 init1: 2490 opt: 2490 Z-score: 1491.7 bits: 284.7 E(32554): 9e-77
Smith-Waterman score: 2490; 100.0% identity (100.0% similar) in 372 aa overlap (1-372:1-372)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MAKQYDSVECPFCDEVSKYEKLAKIGQGTFGEVFKARHRKTGQKVALKKVLMENEKEGFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 MAKQYDSVECPFCDEVSKYEKLAKIGQGTFGEVFKARHRKTGQKVALKKVLMENEKEGFP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 ITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTKASPYNRCKGSIYLVFDFCEHDLAGLLSNVLVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 ITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTKASPYNRCKGSIYLVFDFCEHDLAGLLSNVLVK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB0 FTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVLKLADFGLARAFSLAKNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 FTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVLKLADFGLARAFSLAKNS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 QPNRYTNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMWTRSPIMQGNTEQHQLAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 QPNRYTNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMWTRSPIMQGNTEQHQLAL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 ISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKGQKRKVKDRLKAYVRDPYALDLIDKLLVLDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 ISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKGQKRKVKDRLKAYVRDPYALDLIDKLLVLDP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 AQRIDSDDALNHDFFWSDPMPSDLKGMLSTHLTSMFEYLAPPRRKGSQITQQSTNQSRNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 AQRIDSDDALNHDFFWSDPMPSDLKGMLSTHLTSMFEYLAPPRRKGSQITQQSTNQSRNP
310 320 330 340 350 360
370
pF1KB0 ATTNQTEFERVF
::::::::::::
CCDS68 ATTNQTEFERVF
370
>>CCDS45666.1 CDK12 gene_id:51755|Hs108|chr17 (1481 aa)
initn: 695 init1: 345 opt: 979 Z-score: 598.1 bits: 121.3 E(32554): 5.4e-27
Smith-Waterman score: 979; 43.7% identity (72.1% similar) in 366 aa overlap (16-371:724-1079)
10 20 30 40
pF1KB0 MAKQYDSVECPFCDEVSKYEKLAKIGQGTFGEVFKARHRKTGQKV
:.:.. .. ::.::.:.:.::. . ::. :
CCDS45 PQQPYKKRPKICCPRYGERRQTESDWGKRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKAKDKDTGELV
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pF1KB0 ALKKVLMENEKEGFPITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTK--ASPYNRCKGSIYLVF
::::: ..::::::::::.::::::. : :..:::. :: : : ... ::..::::
CCDS45 ALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLIHRSVVNMKEIVTDKQDALDFKKDKGAFYLVF
760 770 780 790 800 810
110 120 130 140 150 160
pF1KB0 DFCEHDLAGLLSNVLVKFTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVL
.. .::: ::: . ::.:. ..:: :..:..:: : :....::::.: .:.:.. .: .
CCDS45 EYMDHDLMGLLESGLVHFSEDHIKSFMKQLMEGLEYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNSGQI
820 830 840 850 860 870
170 180 190 200 210 220
pF1KB0 KLADFGLARAFSLAKNSQPNRYTNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMW
::::::::: .. ...:.: :::.:.:::::::::::::. : : ::.:. :::..:..
CCDS45 KLADFGLARLYN-SEESRP--YTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELF
880 890 900 910 920 930
230 240 250 260 270 280
pF1KB0 TRSPIMQGNTEQHQLALISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKGQKRKVKDRLKAYV
:..::.:.: : :: :::.:::: : :::.: . .. .. : .:...... ...
CCDS45 TKKPIFQANLELAQLELISRLCGSPCPAVWPDVIKLPYFNTMKPKKQYRRRLREEF-SFI
940 950 960 970 980
290 300 310 320 330
pF1KB0 RDPYALDLIDKLLVLDPAQRIDSDDALNHDFF----WSDPMPSDLKGMLSTHLTSMFEYL
::::.:..:.:::..: ....:. ::. : : :: . : :
CCDS45 -PSAALDLLDHMLTLDPSKRCTAEQTLQSDFLKDVELSKMAPPDLPHWQDCH-----ELW
990 1000 1010 1020 1030 1040
340 350 360 370
pF1KB0 APPRRKGSQ----ITQQSTNQSRNPATTNQTEFERVF
. ::. : . . ... ::. : : :
CCDS45 SKKRRRQRQSGVVVEEPPPSKTSRKETTSGTSTEPVKNSSPAPPQPAPGKVESGAGDAIG
1050 1060 1070 1080 1090 1100
CCDS45 LADITQQLNQSELAVLLNLLQSQTDLSIPQMAQLLNIHSNPEMQQQLEALNQSISALTEA
1110 1120 1130 1140 1150 1160
>>CCDS11337.1 CDK12 gene_id:51755|Hs108|chr17 (1490 aa)
initn: 695 init1: 345 opt: 979 Z-score: 598.1 bits: 121.3 E(32554): 5.4e-27
Smith-Waterman score: 979; 43.7% identity (72.1% similar) in 366 aa overlap (16-371:724-1079)
10 20 30 40
pF1KB0 MAKQYDSVECPFCDEVSKYEKLAKIGQGTFGEVFKARHRKTGQKV
:.:.. .. ::.::.:.:.::. . ::. :
CCDS11 PQQPYKKRPKICCPRYGERRQTESDWGKRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKAKDKDTGELV
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50 60 70 80 90 100
pF1KB0 ALKKVLMENEKEGFPITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTK--ASPYNRCKGSIYLVF
::::: ..::::::::::.::::::. : :..:::. :: : : ... ::..::::
CCDS11 ALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLIHRSVVNMKEIVTDKQDALDFKKDKGAFYLVF
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110 120 130 140 150 160
pF1KB0 DFCEHDLAGLLSNVLVKFTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVL
.. .::: ::: . ::.:. ..:: :..:..:: : :....::::.: .:.:.. .: .
CCDS11 EYMDHDLMGLLESGLVHFSEDHIKSFMKQLMEGLEYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNSGQI
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170 180 190 200 210 220
pF1KB0 KLADFGLARAFSLAKNSQPNRYTNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMW
::::::::: .. ...:.: :::.:.:::::::::::::. : : ::.:. :::..:..
CCDS11 KLADFGLARLYN-SEESRP--YTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELF
880 890 900 910 920 930
230 240 250 260 270 280
pF1KB0 TRSPIMQGNTEQHQLALISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKGQKRKVKDRLKAYV
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CCDS11 TKKPIFQANLELAQLELISRLCGSPCPAVWPDVIKLPYFNTMKPKKQYRRRLREEF-SFI
940 950 960 970 980
290 300 310 320 330
pF1KB0 RDPYALDLIDKLLVLDPAQRIDSDDALNHDFF----WSDPMPSDLKGMLSTHLTSMFEYL
::::.:..:.:::..: ....:. ::. : : :: . : :
CCDS11 -PSAALDLLDHMLTLDPSKRCTAEQTLQSDFLKDVELSKMAPPDLPHWQDCH-----ELW
990 1000 1010 1020 1030 1040
340 350 360 370
pF1KB0 APPRRKGSQ----ITQQSTNQSRNPATTNQTEFERVF
. ::. : . . ... ::. : : :
CCDS11 SKKRRRQRQSGVVVEEPPPSKTSRKETTSGTSTEPVKNSSPAPPQPAPGKVESGAGDAIG
1050 1060 1070 1080 1090 1100
CCDS11 LADITQQLNQSELAVLLNLLQSQTDLSIPQMAQLLNIHSNPEMQQQLEALNQSISALTEA
1110 1120 1130 1140 1150 1160
>>CCDS5462.1 CDK13 gene_id:8621|Hs108|chr7 (1452 aa)
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Smith-Waterman score: 976; 46.0% identity (74.5% similar) in 337 aa overlap (16-349:702-1031)
10 20 30 40
pF1KB0 MAKQYDSVECPFCDEVSKYEKLAKIGQGTFGEVFKARHRKTGQKV
:.:.. .. ::.::.:.:.::: . ::. :
CCDS54 TQLHSKRRPKICGPRYGETKEKDIDWGKRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKARDKDTGEMV
680 690 700 710 720 730
50 60 70 80 90 100
pF1KB0 ALKKVLMENEKEGFPITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTK--ASPYNRCKGSIYLVF
::::: ..::::::::::.::::::. : :....:. :: : : ... ::..::::
CCDS54 ALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLTHQSIINMKEIVTDKEDALDFKKDKGAFYLVF
740 750 760 770 780 790
110 120 130 140 150 160
pF1KB0 DFCEHDLAGLLSNVLVKFTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVL
.. .::: ::: . ::.:. ..:: :..:..:: : :....::::.: .:.:.. : .
CCDS54 EYMDHDLMGLLESGLVHFNENHIKSFMRQLMEGLDYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNRGQI
800 810 820 830 840 850
170 180 190 200 210 220
pF1KB0 KLADFGLARAFSLAKNSQPNRYTNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMW
::::::::: .: ...:.: :::.:.:::::::::::::. : : ::.:. :::..:..
CCDS54 KLADFGLARLYS-SEESRP--YTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELF
860 870 880 890 900
230 240 250 260 270 280
pF1KB0 TRSPIMQGNTEQHQLALISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKGQKRKVKDRLKAYV
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CCDS54 TKKPIFQANQELAQLELISRICGSPCPAVWPDVIKLPYFNTMKPKKQYRRKLREE---FV
910 920 930 940 950 960
290 300 310 320 330 340
pF1KB0 RDPYA-LDLIDKLLVLDPAQRIDSDDALNHDFFWSDPMPSDLKGMLSTHLTSMFEYLAPP
: : :::.: .:.:::..: ...::. .:. : :: . . : .
CCDS54 FIPAAALDLFDYMLALDPSKRCTAEQALQCEFL-RDVEPSKMPPPDLPLWQDCHELWSKK
970 980 990 1000 1010 1020
350 360 370
pF1KB0 RRKGSQITQQSTNQSRNPATTNQTEFERVF
::. .:.
CCDS54 RRRQKQMGMTDDVSTIKAPRKDLSLGLDDSRTNTPQGVLPSSQLKSQGSSNVAPGEKQTD
1030 1040 1050 1060 1070 1080
>>CCDS5461.1 CDK13 gene_id:8621|Hs108|chr7 (1512 aa)
initn: 961 init1: 361 opt: 976 Z-score: 596.3 bits: 121.0 E(32554): 6.8e-27
Smith-Waterman score: 976; 46.0% identity (74.5% similar) in 337 aa overlap (16-349:702-1031)
10 20 30 40
pF1KB0 MAKQYDSVECPFCDEVSKYEKLAKIGQGTFGEVFKARHRKTGQKV
:.:.. .. ::.::.:.:.::: . ::. :
CCDS54 TQLHSKRRPKICGPRYGETKEKDIDWGKRCVDKFDIIGIIGEGTYGQVYKARDKDTGEMV
680 690 700 710 720 730
50 60 70 80 90 100
pF1KB0 ALKKVLMENEKEGFPITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTK--ASPYNRCKGSIYLVF
::::: ..::::::::::.::::::. : :....:. :: : : ... ::..::::
CCDS54 ALKKVRLDNEKEGFPITAIREIKILRQLTHQSIINMKEIVTDKEDALDFKKDKGAFYLVF
740 750 760 770 780 790
110 120 130 140 150 160
pF1KB0 DFCEHDLAGLLSNVLVKFTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVL
.. .::: ::: . ::.:. ..:: :..:..:: : :....::::.: .:.:.. : .
CCDS54 EYMDHDLMGLLESGLVHFNENHIKSFMRQLMEGLDYCHKKNFLHRDIKCSNILLNNRGQI
800 810 820 830 840 850
170 180 190 200 210 220
pF1KB0 KLADFGLARAFSLAKNSQPNRYTNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMW
::::::::: .: ...:.: :::.:.:::::::::::::. : : ::.:. :::..:..
CCDS54 KLADFGLARLYS-SEESRP--YTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVWSCGCILGELF
860 870 880 890 900
230 240 250 260 270 280
pF1KB0 TRSPIMQGNTEQHQLALISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKGQKRKVKDRLKAYV
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CCDS54 TKKPIFQANQELAQLELISRICGSPCPAVWPDVIKLPYFNTMKPKKQYRRKLREE---FV
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CCDS54 FIPAAALDLFDYMLALDPSKRCTAEQALQCEFL-RDVEPSKMPPPDLPLWQDCHELWSKK
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CCDS54 RRRQKQMGMTDDVSTIKAPRKDLSLGLDDSRTNTPQGVLPSSQLKSQGSSNVAPVKTGPG
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CCDS10 LAHRPLLPGTSEIHQIDLIVQLLGTPSENIWPGFSKLPLVGQYSLRKQPYNNLKHKFPWL
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CCDS10 SEGQSKRCKP
360
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CCDS32 KEVVVG-----NHLE-SIFLVMGYCEQDLASLLENMPTPFSEAQVKCIVLQVLRGLQYLH
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CCDS32 RNFIIHRDLKVSNLLMTDKGCVKTADFGLARAYGVP--VKP--MTPKVVTLWYRAPELLL
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CCDS32 GTTTQTTSIDMWAVGCILAELLAHRPLLPGTSEIHQIDLIVQLLGTPSENIWPGFSKLPL
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CCDS32 VGQYSLRKQPYNNLKHKFP-WLSEA-GLRLLHFLFMYDPKKRATAGDCLESSYFKEKPLR
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..:.
CCDS32 LPISGVCEGCREPG
260 270
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CCDS83 N---YTEYVATRWYRSPELLLGA-PYGKSVDMWSVGCILGELSDGQPLFPGESEIDQLFT
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pF1KB0 SRNPATTNQTEFERVF
: . :
CCDS83 SNSKDIQNLSVGLPRADEGLPANESFLNGNLAGASLSPLHTKTYQASSQPGSTSKDLTNN
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pF1KB0 ITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTKASPYNRCKGSIYLVFDFCEHDLAGLLSNVLVK
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CCDS14 ETTLRELKMLRTLKQENIVELKEAFRRR--------GKLYLVFEYVEKNMLELLEEMPNG
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pF1KB0 FTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVLKLADFGLARAFSLAKNS
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CCDS14 ADRYLTEQCLNHPTFQTQRLLDRSPSRSAKRKPYHVES--STLSNRNQAGKSTALQSHHR
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CCDS14 SNSKDIQNLSVGLPRADEGLPANESFLNGNLAGASLSPLHTKTYQASSQPGSTSKDLTNN
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CCDS56 PLSTIREVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTV--SRTDR-ETKLTLVFEHVDQDLTTYLDK
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CCDS56 VPEPGVPTETIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQNILVTSSGQIKLADFGLARIYS
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CCDS56 KCLTFNPAKRISAYSALSHPYFQDLERCKENLDSHLPPSQNTSELNTA
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372 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]