Result of FASTA (ccds) for
pFN21AA0512
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0512, 632 aa
1>>>pF1KA0512 632 - 632 aa - 632 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.1281+/-0.0012; mu= -10.0615+/- 0.072
mean_var=419.5451+/-87.124, 0's: 0 Z-trim(112.2): 46 B-trim: 327 in 1/53
Lambda= 0.062616
statistics sampled from 12965 (13000) to 12965 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.704), E-opt: 0.2 (0.399), width: 16
Scan time: 4.320
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14490.1 ARMCX2 gene_id:9823|Hs108|chrX ( 632) 4056 381.0 2.6e-105
CCDS14487.1 ARMCX1 gene_id:51309|Hs108|chrX ( 453) 955 100.8 4.3e-21
CCDS14489.1 ARMCX3 gene_id:51566|Hs108|chrX ( 379) 875 93.5 5.7e-19
CCDS55146.1 ARMC10 gene_id:83787|Hs108|chr7 ( 308) 776 84.5 2.4e-16
CCDS5728.1 ARMC10 gene_id:83787|Hs108|chr7 ( 343) 770 84.0 3.8e-16
CCDS59170.1 ARMCX4 gene_id:100131755|Hs108|chrX (2290) 651 73.9 2.7e-12
>>CCDS14490.1 ARMCX2 gene_id:9823|Hs108|chrX (632 aa)
initn: 4056 init1: 4056 opt: 4056 Z-score: 2004.1 bits: 381.0 E(32554): 2.6e-105
Smith-Waterman score: 4056; 100.0% identity (100.0% similar) in 632 aa overlap (1-632:1-632)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MSRVRDAGCVAAGIVIGAGAWYCVYKYTRGRDQTKKRMAKPKNRAVAGTGARARAGLRAG
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CCDS14 MSRVRDAGCVAAGIVIGAGAWYCVYKYTRGRDQTKKRMAKPKNRAVAGTGARARAGLRAG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 FTIDLGSGFSPPTPVRAEAEDRAQDEASALDTVGAEAVAPAASSAEAQSGAGSQAQEADG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 FTIDLGSGFSPPTPVRAEAEDRAQDEASALDTVGAEAVAPAASSAEAQSGAGSQAQEADG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 AGVGPKAESVVGAAMASAIAPPPGVTEALGAAEAPAMAGAPKVAEAPREAETSRAAVPPG
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CCDS14 AGVGPKAESVVGAAMASAIAPPPGVTEALGAAEAPAMAGAPKVAEAPREAETSRAAVPPG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 TVVPTEAAAPTEVTEGPGVAAPTKVAEAPGVASPTEAAEAPVPATPTGAAAPTGAAESPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TVVPTEAAAPTEVTEGPGVAAPTKVAEAPGVASPTEAAEAPVPATPTGAAAPTGAAESPG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 TSGSPRTAVVPGTSAAKKATPGAHTGAIPKATSATGAVPKGGGKGVTRSRNGGKGKGKKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TSGSPRTAVVPGTSAAKKATPGAHTGAIPKATSATGAVPKGGGKGVTRSRNGGKGKGKKS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 KVEVDELGMGFRPGDGAAAAAAASANGGQAFLAEVPDSEEGESGWTDTESDSDSEPETQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KVEVDELGMGFRPGDGAAAAAAASANGGQAFLAEVPDSEEGESGWTDTESDSDSEPETQR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 RGRGRRPVAMQKRPFPYEIDEILGVRDLRKVLALLQKSDDPFIQQVALLTLSNNANYSCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RGRGRRPVAMQKRPFPYEIDEILGVRDLRKVLALLQKSDDPFIQQVALLTLSNNANYSCN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 QETIRKLGGLPIIANMINKTDPHIKEKALMAMNNLSENYENQGRLQVYMNKVMDDIMASN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 QETIRKLGGLPIIANMINKTDPHIKEKALMAMNNLSENYENQGRLQVYMNKVMDDIMASN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 LNSAVQVVGLKFLTNMTITNDYQHLLVNSIANFFRLLSQGGGKIKVEILKILSNFAENPD
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CCDS14 LNSAVQVVGLKFLTNMTITNDYQHLLVNSIANFFRLLSQGGGKIKVEILKILSNFAENPD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 MLKKLLSTQVPASFSSLYNSYVESEILINALTLFEIIYDNLRAEVFNYREFNKGSLFYLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MLKKLLSTQVPASFSSLYNSYVESEILINALTLFEIIYDNLRAEVFNYREFNKGSLFYLC
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KA0 TTSGVCVKKIRALANHHDLLVKVKVIKLVNKF
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TTSGVCVKKIRALANHHDLLVKVKVIKLVNKF
610 620 630
>>CCDS14487.1 ARMCX1 gene_id:51309|Hs108|chrX (453 aa)
initn: 1120 init1: 756 opt: 955 Z-score: 492.1 bits: 100.8 E(32554): 4.3e-21
Smith-Waterman score: 958; 42.0% identity (68.9% similar) in 421 aa overlap (215-632:45-453)
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 TEAAAPTEVTEGPGVAAPTKVAEAPGVASPTEAAEAPVPATPTGAAAPTGAAESPGTSGS
:...: : : :: . .::. . .:.
CCDS14 VIGAGACYCVYRLAWGRDENEKIWDEDEESTDTSEIGVE-TVKGAKTNAGAGSGAKLQGD
20 30 40 50 60 70
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 PRTAVVPGTSAAKKATPGAHTGAIPKATSATGAVPKGGGKGVTRSRNGGKGKGKKSKVEV
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CCDS14 --SEVKPEVSLGLEDCPGVKEKAHSGSHSGGGLEAKAKALFNTLKEQASAKAGKGARV--
80 90 100 110 120
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 DELGMGFRPGDGAAAAAAASANG-GQAFLAEVPDSEEGESGWTDTESDSDSEPETQRRGR
: :. . : . .: : . :. : : .. .: . .. .. :
CCDS14 -----GTISGNRTLAPSLPCPGGRGGGCHPTRSGSRAG--GRASGKSKGKARSKSTRAPA
130 140 150 160 170 180
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 GRRPVAMQKRPFPYEIDEILGVRDLRKVLALLQKSDDPFIQQVALLTLSNNANYSCNQET
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CCDS14 TTWPVRRGKFNFPYKIDDILSAPDLQKVLNILERTNDPFIQEVALVTLGNNAAYSFNQNA
190 200 210 220 230 240
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 IRKLGGLPIIANMINKTDPHIKEKALMAMNNLSENYENQGRLQVYMNKVMDDIMASNLNS
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CCDS14 IRELGGVPIIAKLIKTKDPIIREKTYNALNNLSVNAENQGKIKTYISQVCDDTMVCRLDS
250 260 270 280 290 300
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 AVQVVGLKFLTNMTITNDYQHLLVNSIANFFRLLSQGGGKIKVEILKILSNFAENPDMLK
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CCDS14 AVQMAGLRLLTNMTVTNHYQHLLSYSFPDFFALLFLGNHFTKIQIMKLIINFTENPAMTR
310 320 330 340 350 360
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 KLLSTQVPASFSSLYNSYVESEILINALTLFEIIYDNLRAEVF--NYREFNKGSLFYLCT
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CCDS14 ELVSCKVPSELISLFNKEWDREILLNILTLFENINDNIKNEGLASSRKEFSRSSLFFLFK
370 380 390 400 410 420
610 620 630
pF1KA0 TSGVCVKKIRALANHHDLLVKVKVIKLVNKF
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CCDS14 ESGVCVKKIKALANHNDLVVKVKVLKVLTKL
430 440 450
>>CCDS14489.1 ARMCX3 gene_id:51566|Hs108|chrX (379 aa)
initn: 1007 init1: 742 opt: 875 Z-score: 454.1 bits: 93.5 E(32554): 5.7e-19
Smith-Waterman score: 875; 42.9% identity (73.8% similar) in 347 aa overlap (294-632:29-369)
270 280 290 300 310 320
pF1KA0 HTGAIPKATSATGAVPKGGGKGVTRSRNGGKGKGKKSKVEVDELGMGFRPGDGAAAAAAA
.:. :..: .. : : : : :. ..:
CCDS14 MGYARKVGWVTAGLVIGAGACYCIYRLTRGR-KQNKEKMAEGGSG--DVDDAGDCSGA
10 20 30 40 50
330 340 350 360 370
pF1KA0 SANGGQAFLAEVPDSEEGES-----GWTDTESDSDSEPETQRRGRGRRPV-AMQKRPFPY
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CCDS14 RYND---WSDDDDDSNESKSIVWYPPWARIGTEAGTRARARARARATRARRAVQKRASPN
60 70 80 90 100 110
380 390 400 410 420 430
pF1KA0 EIDEILGVRDLRKVLALLQKSDDPFIQQVALLTLSNNANYSCNQETIRKLGGLPIIANMI
: .:. ..:.::: :.. :. :.: ..::..:.::: :. :.. :: ::::::.:...
CCDS14 SDDTVLSPQELQKVLCLVEMSEKPYILEAALIALGNNAAYAFNRDIIRDLGGLPIVAKIL
120 130 140 150 160 170
440 450 460 470 480 490
pF1KA0 NKTDPHIKEKALMAMNNLSENYENQGRLQVYMNKVMDDIMASNLNSAVQVVGLKFLTNMT
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CCDS14 NTRDPIVKEKALIVLNNLSVNAENQRRLKVYMNQVCDDTITSRLNSSVQLAGLRLLTNMT
180 190 200 210 220 230
500 510 520 530 540 550
pF1KA0 ITNDYQHLLVNSIANFFRLLSQGGGKIKVEILKILSNFAENPDMLKKLLSTQVPASFSSL
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CCDS14 VTNEYQHMLANSISDFFRLFSAGNEETKLQVLKLLLNLAENPAMTRELLRAQVPSSLGSL
240 250 260 270 280 290
560 570 580 590 600 610
pF1KA0 YNSYVESEILINALTLFEIIYDNLRAEVFN--YREFNKGSLFYLCTTSGVCVKKIRALAN
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CCDS14 FNKKENKEVILKLLVIFENINDNFKWEENEPTQNQFGEGSLFFFLKEFQVCADKVLGIES
300 310 320 330 340 350
620 630
pF1KA0 HHDLLVKVKVIKLVNKF
:::.:::::: :.. :.
CCDS14 HHDFLVKVKVGKFMAKLAEHMFPKSQE
360 370
>>CCDS55146.1 ARMC10 gene_id:83787|Hs108|chr7 (308 aa)
initn: 871 init1: 636 opt: 776 Z-score: 407.0 bits: 84.5 E(32554): 2.4e-16
Smith-Waterman score: 776; 45.9% identity (76.2% similar) in 281 aa overlap (358-631:28-307)
330 340 350 360 370 380
pF1KA0 GQAFLAEVPDSEEGESGWTDTESDSDSEPETQRRGRGRRPVAMQKRPFPYEI-----DEI
:. : :: : ..... .. :..
CCDS55 MGGPRGAGWVAAGLLLGAGACYCIYRLTRGRRRGDRELGIRSSKSAEDLTDGSYDDV
10 20 30 40 50
390 400 410 420 430 440
pF1KA0 LGVRDLRKVLALLQKSDDPFIQQVALLTLSNNANYSCNQETIRKLGGLPIIANMINKTDP
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CCDS55 LNAEQLQKLLYLLESTEDPVIIERALITLGNNAAFSVNQAIIRELGGIPIVANKINHSNQ
60 70 80 90 100 110
450 460 470 480 490 500
pF1KA0 HIKEKALMAMNNLSENYENQGRLQVYMNKVMDDIMASNLNSAVQVVGLKFLTNMTITNDY
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CCDS55 SIKEKALNALNNLSVNVENQIKIKIYISQVCEDVFSGPLNSAVQLAGLTLLTNMTVTNDH
120 130 140 150 160 170
510 520 530 540 550 560
pF1KA0 QHLLVNSIANFFRLLSQGGGKIKVEILKILSNFAENPDMLKKLLSTQVPASFSSLYNSYV
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CCDS55 QHMLHSYITDLFQVLLTGNGNTKVQVLKLLLNLSENPAMTEGLLRAQVDSSFLSLYDSHV
180 190 200 210 220 230
570 580 590 600 610 620
pF1KA0 ESEILINALTLFEIIYDNLRAE--VFNYREFNKGSLFYLCTTSGVCVKKIRALANHHDLL
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CCDS55 AKEILLRVLTLFQNIKNCLKIEGHLAVQPTFTEGSLFFL-LHGEECAQKIRALVDHHDAE
240 250 260 270 280 290
630
pF1KA0 VKVKVIKLVNKF
:: ::. .. :
CCDS55 VKEKVVTIIPKI
300
>>CCDS5728.1 ARMC10 gene_id:83787|Hs108|chr7 (343 aa)
initn: 882 init1: 636 opt: 770 Z-score: 403.4 bits: 84.0 E(32554): 3.8e-16
Smith-Waterman score: 774; 42.3% identity (70.2% similar) in 326 aa overlap (309-631:38-342)
280 290 300 310 320 330
pF1KA0 PKGGGKGVTRSRNGGKGKGKKSKVEVDELGMGFRPGDGAAAAAAASANGGQAFLAEVPDS
.:.: . .:.: ....: . :..
CCDS57 GWVAAGLLLGAGACYCIYRLTRGRRRGDRELGIRSSKSAGALEEGTSEGQLCGRSARPQT
10 20 30 40 50 60
340 350 360 370 380 390
pF1KA0 E-EGESGWTDTESDSDSEPETQRRGRGRRPVAMQKRPFPYEIDEILGVRDLRKVLALLQK
:: :. : :.:: : :..:....:.:.: ::..
CCDS57 GGTWESQWSKT-----SQPEDLTDGS---------------YDDVLNAEQLQKLLYLLES
70 80 90 100
400 410 420 430 440 450
pF1KA0 SDDPFIQQVALLTLSNNANYSCNQETIRKLGGLPIIANMINKTDPHIKEKALMAMNNLSE
..:: : . ::.::.::: .: :: ::.:::.::.:: ::... :::::: :.::::
CCDS57 TEDPVIIERALITLGNNAAFSVNQAIIRELGGIPIVANKINHSNQSIKEKALNALNNLSV
110 120 130 140 150 160
460 470 480 490 500 510
pF1KA0 NYENQGRLQVYMNKVMDDIMASNLNSAVQVVGLKFLTNMTITNDYQHLLVNSIANFFRLL
: ::: ....:...: .:.... ::::::..:: .:::::.:::.::.: . :...:..:
CCDS57 NVENQIKIKIYISQVCEDVFSGPLNSAVQLAGLTLLTNMTVTNDHQHMLHSYITDLFQVL
170 180 190 200 210 220
520 530 540 550 560 570
pF1KA0 SQGGGKIKVEILKILSNFAENPDMLKKLLSTQVPASFSSLYNSYVESEILINALTLFEII
:.:. ::..::.: :..::: : . :: .:: .:: :::.:.: .:::. .::::. :
CCDS57 LTGNGNTKVQVLKLLLNLSENPAMTEGLLRAQVDSSFLSLYDSHVAKEILLRVLTLFQNI
230 240 250 260 270 280
580 590 600 610 620 630
pF1KA0 YDNLRAE--VFNYREFNKGSLFYLCTTSGVCVKKIRALANHHDLLVKVKVIKLVNKF
. :. : . :..::::.: . :..:::::..::: :: ::. .. :
CCDS57 KNCLKIEGHLAVQPTFTEGSLFFL-LHGEECAQKIRALVDHHDAEVKEKVVTIIPKI
290 300 310 320 330 340
>>CCDS59170.1 ARMCX4 gene_id:100131755|Hs108|chrX (2290 aa)
initn: 809 init1: 520 opt: 651 Z-score: 334.1 bits: 73.9 E(32554): 2.7e-12
Smith-Waterman score: 723; 29.5% identity (62.1% similar) in 660 aa overlap (6-632:1664-2290)
10 20 30
pF1KA0 MSRVRDAGCVAAGIVIGAGAWYCVYKYTRGRDQTK
: .: ..: :::. ... .: ..
CCDS59 SWAGTGNQSSGRSWIGPGDQAVDCSKPEFEDQAC-GGGSWAGAGSQASGESWAGSRPGNE
1640 1650 1660 1670 1680 1690
40 50 60 70 80
pF1KA0 ----KRMAKPKNRAVAGTGAR----ARAGLRAGFTIDLGSGFSPPTPVRAEAEDRAQDEA
.::.. ...:..:. :: : . ....: .. . :: ..: . :
CCDS59 AIGGSRMGS-EDQATGGSWARSEDQASGRFQVSFEVEANEGFWFGPGAEAVIGSWCWTEE
1700 1710 1720 1730 1740 1750
90 100 110 120 130 140
pF1KA0 SALDTVGAEAVAPAASSAEAQSGAGSQAQ-----EADG-AGVGPKAESVVGAAMASAIAP
.: : :. :..: ..:::: .:. ::.. :. : .: : :.: ..
CCDS59 KA-DIVSRPDDKDEATTA-SRSGAGEEAMICSRIEAENKASSGSWIRSEEVAYMGSCVGA
1760 1770 1780 1790 1800
150 160 170 180 190 200
pF1KA0 PPGVTEALGA-AEAPAMAGAPKVAEAPREAETSRAAVPPGTVVPTEAAAPTEVTEGPGVA
:. :: ::: : ::: ::: . :.. ::: :..: .: ...
CCDS59 EAGAGAEAGAGAEAGAGAGAEAGAEAG-----AGAGAGPGT----ESGAGIWSWDGDATT
1810 1820 1830 1840 1850 1860
210 220 230 240 250
pF1KA0 APTKVA--EAPGVASPTEAA-----EAPVPATPTGAAAPTGA---AESPGTSGSPRTAVV
. .... : :: : : : : ..: . ::: . :.. :.
CCDS59 VESRLGAGEEAGVESWTLARNVGEDELSRESSPDIEEISLRSLFWAESEN-SNTFRSK--
1870 1880 1890 1900 1910
260 270 280 290 300
pF1KA0 PGTSAAKKATPGAHTGAIPKATSATGAVPKG-----GGKGVTRSRNGGKGKGKKSKVEVD
: .:. .. : .: .: :.:.: : :.......... :.:.:::. :
CCDS59 SGKDASFESGAGDNT-SIKDKFEAAGGVDIGSWFCAGNENTSEDKSAPKAKAKKSS-ESR
1920 1930 1940 1950 1960 1970
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 ELGMGFRPGDGAAAAAAASANGGQAFLAEVPDSEEGESGWTDTESDSDSEPETQRRGRGR
. . :: : . : .:.. . .:. ....:... ...:. .: : :.
CCDS59 GIYPYMVPGAGMG-----SWDGAMIW-SETKFAHQSEASFP---VEDESRKQT-RTGEKT
1980 1990 2000 2010 2020
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 RPVAMQKRPFPYEIDEILGVRDLRKVLALLQKSDDPFIQQVALLTLSNNANYSCNQETIR
:: . . . .: . . :::.:.. ... ..:: ....: .: :.:.:: ..:..:
CCDS59 RPWSCRCK---HEAN--MDPRDLEKLICMIEMTEDPSVHEIANNALYNSADYSYSHEVVR
2030 2040 2050 2060 2070 2080
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 KLGGLPIIANMINKTDPHIKEKALMAMNNLSENYENQGRLQVYMNKVMDDIMASNLNSAV
..::. .: ...:. : ...::: :.::.: ::. ....:.:.: .: .. ::: :
CCDS59 NVGGISVIESLLNNPYPSVRQKALNALNNISVAAENHRKVKTYLNQVCEDTVTYPLNSNV
2090 2100 2110 2120 2130 2140
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 QVVGLKFLTNMTITNDYQHLLVNSIANFFRLLSQGGGKIKVEILKILSNFAENPDMLKKL
:..::... ..:::..:::...: :..:.:::. :.:. : ..: .: ::..::.: : :
CCDS59 QLAGLRLIRHLTITSEYQHMVTNYISEFLRLLTVGSGETKDHVLGMLLNFSKNPSMTKDL
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