Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDF0258
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDF0258, 768 aa
1>>>pF1KSDF0258 768 - 768 aa - 768 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6941+/-0.000884; mu= 6.1486+/- 0.053
mean_var=174.1327+/-34.836, 0's: 0 Z-trim(112.5): 7 B-trim: 573 in 1/53
Lambda= 0.097193
statistics sampled from 13228 (13234) to 13228 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.734), E-opt: 0.2 (0.407), width: 16
Scan time: 4.170
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34274.1 AFAP1L1 gene_id:134265|Hs108|chr5 ( 768) 5125 731.0 1.7e-210
CCDS54932.1 AFAP1L1 gene_id:134265|Hs108|chr5 ( 725) 4800 685.4 8.7e-197
CCDS3397.1 AFAP1 gene_id:60312|Hs108|chr4 ( 730) 1460 217.0 8.4e-56
CCDS47010.1 AFAP1 gene_id:60312|Hs108|chr4 ( 814) 1455 216.4 1.5e-55
CCDS31287.1 AFAP1L2 gene_id:84632|Hs108|chr10 ( 814) 523 85.7 3.3e-16
CCDS31286.1 AFAP1L2 gene_id:84632|Hs108|chr10 ( 818) 523 85.7 3.3e-16
>>CCDS34274.1 AFAP1L1 gene_id:134265|Hs108|chr5 (768 aa)
initn: 5125 init1: 5125 opt: 5125 Z-score: 3892.4 bits: 731.0 E(32554): 1.7e-210
Smith-Waterman score: 5125; 100.0% identity (100.0% similar) in 768 aa overlap (1-768:1-768)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDRGQVLEQLLPELTGLLSLLDHEYLSDTTLEKKMAVASILQSLQPLPAKEVSYLYVNTA
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CCDS34 MDRGQVLEQLLPELTGLLSLLDHEYLSDTTLEKKMAVASILQSLQPLPAKEVSYLYVNTA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD DLHSGPSFVESLFEEFDCDLSDLRDMPEDDGEPSKGASPELAKSPRLRNAADLPPPLPNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DLHSGPSFVESLFEEFDCDLSDLRDMPEDDGEPSKGASPELAKSPRLRNAADLPPPLPNK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD PPPEDYYEEALPLGPGKSPEYISSHNGCSPSHSIVDGYYEDADSSYPATRVNGELKSSYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PPPEDYYEEALPLGPGKSPEYISSHNGCSPSHSIVDGYYEDADSSYPATRVNGELKSSYN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD DSDAMSSSYESYDEEEEEGKSPQPRHQWPSEEASMHLVRECRICAFLLRKKRFGQWAKQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DSDAMSSSYESYDEEEEEGKSPQPRHQWPSEEASMHLVRECRICAFLLRKKRFGQWAKQL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD TVIREDQLLCYKSSKDRQPHLRLALDTCSIIYVPKDSRHKRHELRFTQGATEVLVLALQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TVIREDQLLCYKSSKDRQPHLRLALDTCSIIYVPKDSRHKRHELRFTQGATEVLVLALQS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD REQAEEWLKVIREVSKPVGGAEGVEVPRSPVLLCKLDLDKRLSQEKQTSDSDSVGVGDNC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 REQAEEWLKVIREVSKPVGGAEGVEVPRSPVLLCKLDLDKRLSQEKQTSDSDSVGVGDNC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD STLGRRETCDHGKGKKSSLAELKGSMSRAAGRKITRIIGFSKKKTLADDLQTSSTEEEVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 STLGRRETCDHGKGKKSSLAELKGSMSRAAGRKITRIIGFSKKKTLADDLQTSSTEEEVP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD CCGYLNVLVNQGWKERWCRLKCNTLYFHKDHMDLRTHVNAIALQGCEVAPGFGPRHPFAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 CCGYLNVLVNQGWKERWCRLKCNTLYFHKDHMDLRTHVNAIALQGCEVAPGFGPRHPFAF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD RILRNRQEVAILEASCSEDMGRWLGLLLVEMGSRVTPEALHYDYVDVETLTSIVSAGRNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RILRNRQEVAILEASCSEDMGRWLGLLLVEMGSRVTPEALHYDYVDVETLTSIVSAGRNS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD FLYARSCQNQWPEPRVYDDVPYEKMQDEEPERPTGAQVKRHASSCSEKSHRVDPQVKVKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FLYARSCQNQWPEPRVYDDVPYEKMQDEEPERPTGAQVKRHASSCSEKSHRVDPQVKVKR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD HASSANQYKYGKNRAEEDARRYLVEKEKLEKEKETIRTELIALRQEKRELKEAIRSSPGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 HASSANQYKYGKNRAEEDARRYLVEKEKLEKEKETIRTELIALRQEKRELKEAIRSSPGA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD KLKALEEAVATLEAQCRAKEERRIDLELKLVAVKERLQQSLAGGPALGLSVSSKPKSGET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KLKALEEAVATLEAQCRAKEERRIDLELKLVAVKERLQQSLAGGPALGLSVSSKPKSGET
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760
pF1KSD ANKPQNSVPEQPLPVNCVSELRKRSPSIVASNQGRVLQKAKEWEMKKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ANKPQNSVPEQPLPVNCVSELRKRSPSIVASNQGRVLQKAKEWEMKKT
730 740 750 760
>>CCDS54932.1 AFAP1L1 gene_id:134265|Hs108|chr5 (725 aa)
initn: 4800 init1: 4800 opt: 4800 Z-score: 3646.4 bits: 685.4 E(32554): 8.7e-197
Smith-Waterman score: 4800; 100.0% identity (100.0% similar) in 719 aa overlap (1-719:1-719)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDRGQVLEQLLPELTGLLSLLDHEYLSDTTLEKKMAVASILQSLQPLPAKEVSYLYVNTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MDRGQVLEQLLPELTGLLSLLDHEYLSDTTLEKKMAVASILQSLQPLPAKEVSYLYVNTA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD DLHSGPSFVESLFEEFDCDLSDLRDMPEDDGEPSKGASPELAKSPRLRNAADLPPPLPNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DLHSGPSFVESLFEEFDCDLSDLRDMPEDDGEPSKGASPELAKSPRLRNAADLPPPLPNK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD PPPEDYYEEALPLGPGKSPEYISSHNGCSPSHSIVDGYYEDADSSYPATRVNGELKSSYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PPPEDYYEEALPLGPGKSPEYISSHNGCSPSHSIVDGYYEDADSSYPATRVNGELKSSYN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD DSDAMSSSYESYDEEEEEGKSPQPRHQWPSEEASMHLVRECRICAFLLRKKRFGQWAKQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DSDAMSSSYESYDEEEEEGKSPQPRHQWPSEEASMHLVRECRICAFLLRKKRFGQWAKQL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD TVIREDQLLCYKSSKDRQPHLRLALDTCSIIYVPKDSRHKRHELRFTQGATEVLVLALQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TVIREDQLLCYKSSKDRQPHLRLALDTCSIIYVPKDSRHKRHELRFTQGATEVLVLALQS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD REQAEEWLKVIREVSKPVGGAEGVEVPRSPVLLCKLDLDKRLSQEKQTSDSDSVGVGDNC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 REQAEEWLKVIREVSKPVGGAEGVEVPRSPVLLCKLDLDKRLSQEKQTSDSDSVGVGDNC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD STLGRRETCDHGKGKKSSLAELKGSMSRAAGRKITRIIGFSKKKTLADDLQTSSTEEEVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 STLGRRETCDHGKGKKSSLAELKGSMSRAAGRKITRIIGFSKKKTLADDLQTSSTEEEVP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD CCGYLNVLVNQGWKERWCRLKCNTLYFHKDHMDLRTHVNAIALQGCEVAPGFGPRHPFAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 CCGYLNVLVNQGWKERWCRLKCNTLYFHKDHMDLRTHVNAIALQGCEVAPGFGPRHPFAF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD RILRNRQEVAILEASCSEDMGRWLGLLLVEMGSRVTPEALHYDYVDVETLTSIVSAGRNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RILRNRQEVAILEASCSEDMGRWLGLLLVEMGSRVTPEALHYDYVDVETLTSIVSAGRNS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD FLYARSCQNQWPEPRVYDDVPYEKMQDEEPERPTGAQVKRHASSCSEKSHRVDPQVKVKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 FLYARSCQNQWPEPRVYDDVPYEKMQDEEPERPTGAQVKRHASSCSEKSHRVDPQVKVKR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD HASSANQYKYGKNRAEEDARRYLVEKEKLEKEKETIRTELIALRQEKRELKEAIRSSPGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 HASSANQYKYGKNRAEEDARRYLVEKEKLEKEKETIRTELIALRQEKRELKEAIRSSPGA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD KLKALEEAVATLEAQCRAKEERRIDLELKLVAVKERLQQSLAGGPALGLSVSSKPKSGET
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KLKALEEAVATLEAQCRAKEERRIDLELKLVAVKERLQQSLAGGPALGLSVSSKPKSGEW
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760
pF1KSD ANKPQNSVPEQPLPVNCVSELRKRSPSIVASNQGRVLQKAKEWEMKKT
CCDS54 EMKKT
>>CCDS3397.1 AFAP1 gene_id:60312|Hs108|chr4 (730 aa)
initn: 1785 init1: 679 opt: 1460 Z-score: 1115.3 bits: 217.0 E(32554): 8.4e-56
Smith-Waterman score: 2002; 44.6% identity (68.3% similar) in 796 aa overlap (7-766:1-727)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDRGQVLEQLLPELTGLLSLLDHEYLSDTTLEKKMAVASILQSLQPLPAKEVSYLYVNTA
.:.:. :: .: :::::::..:. ::: ....:: .: . .:. .
CCDS33 MEELIVELRLFLELLDHEYLTSTVREKKAVITNILLRIQSSKGFDVKDHAQKQE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD DLHSGPSFVESLFEEFDCDLSDLRDMPEDDGEPSKGASPELAKSPRLRNAADLPPPLPNK
.: :. : . ::. . : : . :::::..
CCDS33 TANSLPA-------------------------PPQMPLPEIPQ-PWLPPDSG-PPPLPTS
60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KSD PPPEDYYEEALPLGPGKSPEYISSHNGCSPSHSIVDGYYEDADSSYPATRVNGELKSSYN
:: :::::.::.:::.::::.:.
CCDS33 SLPEGYYEEAVPLSPGKAPEYITSNY----------------------------------
90 100 110
190 200 210 220 230 240
pF1KSD DSDAMSSSYESYDEEEEEGKSPQPRHQWPSEEASMHLVRECRICAFLLRKKRFGQWAKQL
:::::::::::::::::.::. . ::::::::::: ::.. .::::::::::::::.: :
CCDS33 DSDAMSSSYESYDEEEEDGKGKKTRHQWPSEEASMDLVKDAKICAFLLRKKRFGQWTKLL
120 130 140 150 160 170
250 260 270 280 290 300
pF1KSD TVIREDQLLCYKSSKDRQPHLRLALDTCSIIYVPKDSRHKRHELRFTQGATEVLVLALQS
::.. .:::::::::.::...: :. :.: :.::::..:.:::..:: .:. ::::.::
CCDS33 CVIKDTKLLCYKSSKDQQPQMELPLQGCNITYIPKDSKKKKHELKITQQGTDPLVLAVQS
180 190 200 210 220 230
310 320 330 340 350
pF1KSD REQAEEWLKVIREVSKPVGGAEGVEVPRSPVL-LCKLDLDKRLSQEKQTSDSDSVGVGDN
.::::.:::::.:. . .: : : : . : .:.:.::.:. .::...: : ..
CCDS33 KEQAEQWLKVIKEAYSGCSGPVDSECPPPPSSPVHKAELEKKLSSERPSSDGEGV-VENG
240 250 260 270 280 290
360 370 380 390 400 410
pF1KSD CSTLGRRETCDHGKGKKSSLAELKGSMSRAAGRKITRIIGFSKKKTLADDLQTSSTEEEV
.: . .: : :::: .: ::..:...:.:::.::...::: .:. ::::.::.:
CCDS33 ITTCNGKEQV---KRKKSSKSEAKGTVSKVTGKKITKIISLGKKKPSTDE-QTSSAEEDV
300 310 320 330 340
420 430 440 450 460 470
pF1KSD PCCGYLNVLVNQGWKERWCRLKCNTLYFHKDHMDLRTHVNAIALQGCEVAPGFGPRHPFA
: ::::::: :. :.:::::.: : : ::::. ::.::. .: :.:::: ::. .::..
CCDS33 PTCGYLNVLSNSRWRERWCRVKDNKLIFHKDRTDLKTHIVSIPLRGCEVIPGLDSKHPLT
350 360 370 380 390 400
480 490 500 510 520 530
pF1KSD FRILRNRQEVAILEASCSEDMGRWLGLLLVEMGSRVTPEALHYDYVDVETLTSIVSAGRN
::.::: ::::.:::: :::::::.:.::.: :: . ::::::::.::: .:.......
CCDS33 FRLLRNGQEVAVLEASSSEDMGRWIGILLAETGSSTDPEALHYDYIDVEMSASVIQTAKQ
410 420 430 440 450 460
540 550 560 570 580
pF1KSD SFL-----------YARSCQNQWPEPRV----YDDVP--YEKMQDEEPERPTGAQVKRHA
.: : . .: . .: ::::: ... ..: ... : ..
CCDS33 TFCFMNRRVISANPYLGGTSNGYAHPSGTALHYDDVPCINGSLKGKKPPVASNG-VTGKG
470 480 490 500 510 520
590 600 610 620 630 640
pF1KSD SSCSEKSHRVDPQVKVKRHASSANQYKYGKNRAEEDARRYLVEKEKLEKEKETIRTELIA
.. : . ...:: . ::: .:.: ::::::::.: ::.: ...:.: :.::..:..:
CCDS33 KTLSSQPKKADPAAVVKRTGSNAAQYKYGKNRVEADAKRLQTKEEELLKRKEALRNRLAQ
530 540 550 560 570 580
650 660 670 680 690 700
pF1KSD LRQEKRELKEAIRSSPGAKLKA-LEEAVATLEAQCRAKEERRIDLELKLVAVKERLQQSL
::.:...:. ::. . : : .: ::: . :: .:: :: .:..:::.:. ::: :...:
CCDS33 LRKERKDLRAAIEVNAGRKPQAILEEKLKQLEEECRQKEAERVSLELELTEVKESLKKAL
590 600 610 620 630 640
710 720 730 740
pF1KSD AGGPALGLSVSSKPKSGETA------------NKPQNSVP----EQPLPVNCVSELRKRS
::: .:::.. .:::: .. :.: .: : :.::: .. :.: .
CCDS33 AGGVTLGLAI--EPKSGTSSPQSPVFRHRTLENSPISSCDTSDTEGPVPVNSAAVLKKSQ
650 660 670 680 690 700
750 760
pF1KSD PSIVASN-QGRVLQKAKEWEMKKT
. .: .:.::.::::::.:
CCDS33 AAPGSSPCRGHVLRKAKEWELKNGT
710 720 730
>>CCDS47010.1 AFAP1 gene_id:60312|Hs108|chr4 (814 aa)
initn: 1897 init1: 679 opt: 1455 Z-score: 1110.8 bits: 216.4 E(32554): 1.5e-55
Smith-Waterman score: 1750; 41.9% identity (63.2% similar) in 799 aa overlap (7-703:1-733)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDRGQVLEQLLPELTGLLSLLDHEYLSDTTLEKKMAVASILQSLQPLPAKEVSYLYVNTA
.:.:. :: .: :::::::..:. ::: ....:: .: . .:. .
CCDS47 MEELIVELRLFLELLDHEYLTSTVREKKAVITNILLRIQSSKGFDVKDHAQKQE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD DLHSGPSFVESLFEEFDCDLSDLRDMPEDDGEPSKGASPELAKSPRLRNAADLPPPLPNK
.: :. : . ::. . : : . :::::..
CCDS47 TANSLPA-------------------------PPQMPLPEIPQ-PWLPPDSG-PPPLPTS
60 70 80
130 140 150 160 170 180
pF1KSD PPPEDYYEEALPLGPGKSPEYISSHNGCSPSHSIVDGYYEDADSSYPATRVNGELKSSYN
:: :::::.::.:::.::::.:. :
CCDS47 SLPEGYYEEAVPLSPGKAPEYITSN------------Y----------------------
90 100 110
190 200 210 220 230 240
pF1KSD DSDAMSSSYESYDEEEEEGKSPQPRHQWPSEEASMHLVRECRICAFLLRKKRFGQWAKQL
:::::::::::::::::.::. . ::::::::::: ::.. .::::::::::::::.: :
CCDS47 DSDAMSSSYESYDEEEEDGKGKKTRHQWPSEEASMDLVKDAKICAFLLRKKRFGQWTKLL
120 130 140 150 160 170
250 260 270 280 290 300
pF1KSD TVIREDQLLCYKSSKDRQPHLRLALDTCSIIYVPKDSRHKRHELRFTQGATEVLVLALQS
::.. .:::::::::.::...: :. :.: :.::::..:.:::..:: .:. ::::.::
CCDS47 CVIKDTKLLCYKSSKDQQPQMELPLQGCNITYIPKDSKKKKHELKITQQGTDPLVLAVQS
180 190 200 210 220 230
310 320 330 340 350
pF1KSD REQAEEWLKVIREVSKPVGGAEGVEVPRSPVL-LCKLDLDKRLSQEKQTSDSDSVGVGDN
.::::.:::::.:. . .: : : : . : .:.:.::.:. .::...: : ..
CCDS47 KEQAEQWLKVIKEAYSGCSGPVDSECPPPPSSPVHKAELEKKLSSERPSSDGEGV-VENG
240 250 260 270 280 290
360 370 380 390 400 410
pF1KSD CSTLGRRETCDHGKGKKSSLAELKGSMSRAAGRKITRIIGFSKKKTLADDLQTSSTEEEV
.: . .: : :::: .: ::..:...:.:::.::...::: .:. ::::.::.:
CCDS47 ITTCNGKEQV---KRKKSSKSEAKGTVSKVTGKKITKIISLGKKKPSTDE-QTSSAEEDV
300 310 320 330 340
420 430 440 450 460 470
pF1KSD PCCGYLNVLVNQGWKERWCRLKCNTLYFHKDHMDLRTHVNAIALQGCEVAPGFGPRHPFA
: ::::::: :. :.:::::.: : : ::::. ::.::. .: :.:::: ::. .::..
CCDS47 PTCGYLNVLSNSRWRERWCRVKDNKLIFHKDRTDLKTHIVSIPLRGCEVIPGLDSKHPLT
350 360 370 380 390 400
480 490 500 510 520 530
pF1KSD FRILRNRQEVAILEASCSEDMGRWLGLLLVEMGSRVTPEALHYDYVDVETLTSIVSAGRN
::.::: ::::.:::: :::::::.:.::.: :: . ::::::::.::: .:.......
CCDS47 FRLLRNGQEVAVLEASSSEDMGRWIGILLAETGSSTDPEALHYDYIDVEMSASVIQTAKQ
410 420 430 440 450 460
540 550
pF1KSD SFL-------------------YARS-----------CQN-QW-PE---PR---------
.: ::. : : .: :: :
CCDS47 TFCFMNRRVISANPYLGGTSNGYAHPSGTALHYDDVPCINGSWEPEDGFPASCSRGLGEE
470 480 490 500 510 520
560 570 580
pF1KSD -------VYDDVP-------Y------------EKMQDEEPERPTGAQVKRHASSC----
.::..: : .:..... . :..:: ..::
CCDS47 VLYDNAGLYDNLPPPHIFARYSPADRKASRLSADKLSSNHYKYPASAQSVTNTSSVGRAS
530 540 550 560 570 580
590 600 610
pF1KSD --------------------------SEKSHRVDPQVKVKRHASSANQYKYGKNRAEEDA
: . ...:: . ::: .:.: ::::::::.: ::
CCDS47 LGLNSQLKGKKPPVASNGVTGKGKTLSSQPKKADPAAVVKRTGSNAAQYKYGKNRVEADA
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