Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDB1453
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDB1453, 465 aa
1>>>pF1KSDB1453 465 - 465 aa - 465 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.5736+/-0.00145; mu= -24.9602+/- 0.082
mean_var=444.0395+/-102.223, 0's: 0 Z-trim(106.1): 357 B-trim: 107 in 1/51
Lambda= 0.060864
statistics sampled from 8402 (8772) to 8402 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.622), E-opt: 0.2 (0.269), width: 16
Scan time: 2.260
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4822.1 STK38 gene_id:11329|Hs108|chr6 ( 465) 3106 288.1 1.4e-77
CCDS31761.1 STK38L gene_id:23012|Hs108|chr12 ( 464) 2707 253.0 4.8e-67
CCDS34551.1 LATS1 gene_id:9113|Hs108|chr6 (1130) 792 85.1 4.2e-16
CCDS9294.1 LATS2 gene_id:26524|Hs108|chr13 (1088) 787 84.6 5.5e-16
CCDS74400.1 DMPK gene_id:1760|Hs108|chr19 ( 530) 614 69.3 1.1e-11
CCDS46118.1 DMPK gene_id:1760|Hs108|chr19 ( 624) 614 69.3 1.3e-11
CCDS46117.1 DMPK gene_id:1760|Hs108|chr19 ( 625) 614 69.3 1.3e-11
CCDS12674.1 DMPK gene_id:1760|Hs108|chr19 ( 629) 614 69.3 1.3e-11
CCDS46119.1 DMPK gene_id:1760|Hs108|chr19 ( 639) 614 69.3 1.3e-11
CCDS31601.1 CDC42BPG gene_id:55561|Hs108|chr11 (1551) 622 70.2 1.7e-11
CCDS1559.1 CDC42BPA gene_id:8476|Hs108|chr1 (1638) 605 68.8 5e-11
CCDS1558.1 CDC42BPA gene_id:8476|Hs108|chr1 (1719) 605 68.8 5.2e-11
CCDS11870.2 ROCK1 gene_id:6093|Hs108|chr18 (1354) 599 68.2 6.1e-11
CCDS9978.1 CDC42BPB gene_id:9578|Hs108|chr14 (1711) 598 68.2 7.9e-11
>>CCDS4822.1 STK38 gene_id:11329|Hs108|chr6 (465 aa)
initn: 3106 init1: 3106 opt: 3106 Z-score: 1506.5 bits: 288.1 E(32554): 1.4e-77
Smith-Waterman score: 3106; 100.0% identity (100.0% similar) in 465 aa overlap (1-465:1-465)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAMTGSTPCSSMSNHTKERVTMTKVTLENFYSNLIAQHEEREMRQKKLEKVMEEEGLKDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 MAMTGSTPCSSMSNHTKERVTMTKVTLENFYSNLIAQHEEREMRQKKLEKVMEEEGLKDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EKRLRRSAHARKETEFLRLKRTRLGLEDFESLKVIGRGAFGEVRLVQKKDTGHVYAMKIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 EKRLRRSAHARKETEFLRLKRTRLGLEDFESLKVIGRGAFGEVRLVQKKDTGHVYAMKIL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RKADMLEKEQVGHIRAERDILVEADSLWVVKMFYSFQDKLNLYLIMEFLPGGDMMTLLMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 RKADMLEKEQVGHIRAERDILVEADSLWVVKMFYSFQDKLNLYLIMEFLPGGDMMTLLMK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD KDTLTEEETQFYIAETVLAIDSIHQLGFIHRDIKPDNLLLDSKGHVKLSDFGLCTGLKKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 KDTLTEEETQFYIAETVLAIDSIHQLGFIHRDIKPDNLLLDSKGHVKLSDFGLCTGLKKA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD HRTEFYRNLNHSLPSDFTFQNMNSKRKAETWKRNRRQLAFSTVGTPDYIAPEVFMQTGYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 HRTEFYRNLNHSLPSDFTFQNMNSKRKAETWKRNRRQLAFSTVGTPDYIAPEVFMQTGYN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD KLCDWWSLGVIMYEMLIGYPPFCSETPQETYKKVMNWKETLTFPPEVPISEKAKDLILRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 KLCDWWSLGVIMYEMLIGYPPFCSETPQETYKKVMNWKETLTFPPEVPISEKAKDLILRF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD CCEWEHRIGAPGVEEIKSNSFFEGVDWEHIRERPAAISIEIKSIDDTSNFDEFPESDILK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 CCEWEHRIGAPGVEEIKSNSFFEGVDWEHIRERPAAISIEIKSIDDTSNFDEFPESDILK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KSD PTVATSNHPETDYKNKDWVFINYTYKRFEGLTARGAIPSYMKAAK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 PTVATSNHPETDYKNKDWVFINYTYKRFEGLTARGAIPSYMKAAK
430 440 450 460
>>CCDS31761.1 STK38L gene_id:23012|Hs108|chr12 (464 aa)
initn: 2683 init1: 2493 opt: 2707 Z-score: 1317.1 bits: 253.0 E(32554): 4.8e-67
Smith-Waterman score: 2707; 86.9% identity (94.2% similar) in 466 aa overlap (1-465:1-463)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAMT-GSTPCSSMSNHTKERVTMTKVTLENFYSNLIAQHEEREMRQKKLEKVMEEEGLKD
:::: :.: :::::.::::..:.:::::::::: :::::: :::::: .:::::: :
CCDS31 MAMTAGTTTTFPMSNHTRERVTVAKLTLENFYSNLILQHEERETRQKKLEVAMEEEGLAD
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD EEKRLRRSAHARKETEFLRLKRTRLGLEDFESLKVIGRGAFGEVRLVQKKDTGHVYAMKI
:::.:::: ::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.:::::
CCDS31 EEKKLRRSQHARKETEFLRLKRTRLGLDDFESLKVIGRGAFGEVRLVQKKDTGHIYAMKI
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD LRKADMLEKEQVGHIRAERDILVEADSLWVVKMFYSFQDKLNLYLIMEFLPGGDMMTLLM
:::.::::::::.:::::::::::::. :::::::::::: :::::::::::::::::::
CCDS31 LRKSDMLEKEQVAHIRAERDILVEADGAWVVKMFYSFQDKRNLYLIMEFLPGGDMMTLLM
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD KKDTLTEEETQFYIAETVLAIDSIHQLGFIHRDIKPDNLLLDSKGHVKLSDFGLCTGLKK
::::::::::::::.:::::::.:::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
CCDS31 KKDTLTEEETQFYISETVLAIDAIHQLGFIHRDIKPDNLLLDAKGHVKLSDFGLCTGLKK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD AHRTEFYRNLNHSLPSDFTFQNMNSKRKAETWKRNRRQLAFSTVGTPDYIAPEVFMQTGY
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CCDS31 AHRTEFYRNLTHNPPSDFSFQNMNSKRKAETWKKNRRQLAYSTVGTPDYIAPEVFMQTGY
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KSD NKLCDWWSLGVIMYEMLIGYPPFCSETPQETYKKVMNWKETLTFPPEVPISEKAKDLILR
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CCDS31 NKLCDWWSLGVIMYEMLIGYPPFCSETPQETYRKVMNWKETLVFPPEVPISEKAKDLILR
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KSD FCCEWEHRIGAPGVEEIKSNSFFEGVDWEHIRERPAAISIEIKSIDDTSNFDEFPESDIL
:: . :.::: ::::::.. ::::::::::::::::: :::::::::::::.:::::::
CCDS31 FCIDSENRIGNSGVEEIKGHPFFEGVDWEHIRERPAAIPIEIKSIDDTSNFDDFPESDIL
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460
pF1KSD KPTVATSNHPETDYKNKDWVFINYTYKRFEGLTARGAIPSYMKAAK
.:. : : :::.:::::.::::::::::: ::.::.::::.:
CCDS31 QPV---PNTTEPDYKSKDWVFLNYTYKRFEGLTQRGSIPTYMKAGKL
430 440 450 460
>>CCDS34551.1 LATS1 gene_id:9113|Hs108|chr6 (1130 aa)
initn: 1205 init1: 731 opt: 792 Z-score: 402.6 bits: 85.1 E(32554): 4.2e-16
Smith-Waterman score: 1270; 43.7% identity (72.1% similar) in 444 aa overlap (24-448:640-1083)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAMTGSTPCSSMSNHTKERVTMTKVTLENFYSNLIAQHEEREMRQKKLEKVME
: .:. :.. .:..: :.:.::. :
CCDS34 ITTSPITVRKNKKDEERRESRIQSYSPQAFKFFMEQHVENVLKSHQQRLHRKKQLENEMM
610 620 630 640 650 660
60 70 80 90 100 110
pF1KSD EEGLKDEEKRLRRSAHARKETEFLRLKRTRLGLEDFESLKVIGRGAFGEVRLVQKKDTGH
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CCDS34 RVGLSQDAQDQMRKMLCQKESNYIRLKRAKMDKSMFVKIKTLGIGAFGEVCLARKVDTKA
670 680 690 700 710 720
120 130 140 150 160 170
pF1KSD VYAMKILRKADMLEKEQVGHIRAERDILVEADSLWVVKMFYSFQDKLNLYLIMEFLPGGD
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CCDS34 LYATKTLRKKDVLLRNQVAHVKAERDILAEADNEWVVRLYYSFQDKDNLYFVMDYIPGGD
730 740 750 760 770 780
180 190 200 210 220 230
pF1KSD MMTLLMKKDTLTEEETQFYIAETVLAIDSIHQLGFIHRDIKPDNLLLDSKGHVKLSDFGL
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CCDS34 MMSLLIRMGIFPESLARFYIAELTCAVESVHKMGFIHRDIKPDNILIDRDGHIKLTDFGL
790 800 810 820 830 840
240 250 260 270 280
pF1KSD CTGLKKAHRTEFYRNLNHSLPSDFTFQNM----NSKRKAETWK----RNRRQ----LAFS
:::.. .: ...:.. .: ... :.: .: : .. : : :: :: :
CCDS34 CTGFRWTHDSKYYQSGDHPRQDSMDFSNEWGDPSSCRCGDRLKPLERRAARQHQRCLAHS
850 860 870 880 890 900
290 300 310 320 330 340
pF1KSD TVGTPDYIAPEVFMQTGYNKLCDWWSLGVIMYEMLIGYPPFCSETPQETYKKVMNWKETL
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CCDS34 LVGTPNYIAPEVLLRTGYTQLCDWWSVGVILFEMLVGQPPFLAQTPLETQMKVINWQTSL
910 920 930 940 950 960
350 360 370 380 390 400
pF1KSD TFPPEVPISEKAKDLILRFCCEWEHRIGAPGVEEIKSNSFFEGVDWEH-IRERPAAISIE
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CCDS34 HIPPQAKLSPEASDLIIKLCRGPEDRLGKNGADEIKAHPFFKTIDFSSDLRQQSASYIPK
970 980 990 1000 1010 1020
410 420 430 440 450
pF1KSD IKSIDDTSNFDEFPESDILKPTVATSNHPETD---YKN---KDWVFINYTYKRFEGLTAR
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CCDS34 ITHPTDTSNFDPVDPDKLWSDDNEEENVNDTLNGWYKNGKHPEHAFYEFTFRRFFDDNGY
1030 1040 1050 1060 1070 1080
460
pF1KSD GAIPSYMKAAK
CCDS34 PYNYPKPIEYEYINSQGSEQQSDEDDQNTGSEIKNRDLVYV
1090 1100 1110 1120 1130
>>CCDS9294.1 LATS2 gene_id:26524|Hs108|chr13 (1088 aa)
initn: 1248 init1: 756 opt: 787 Z-score: 400.5 bits: 84.6 E(32554): 5.5e-16
Smith-Waterman score: 1305; 44.0% identity (72.8% similar) in 464 aa overlap (24-465:603-1065)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAMTGSTPCSSMSNHTKERVTMTKVTLENFYSNLIAQHEEREMRQKKLEKVME
: .:. :.: .... :. .::. :
CCDS92 IQTSPVPVRKNSRDEEKRESRIKSYSPYAFKFFMEQHVENVIKTYQQKVNRRLQLEQEMA
580 590 600 610 620 630
60 70 80 90 100 110
pF1KSD EEGLKDEEKRLRRSAHARKETEFLRLKRTRLGLEDFESLKVIGRGAFGEVRLVQKKDTGH
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CCDS92 KAGLCEAEQEQMRKILYQKESNYNRLKRAKMDKSMFVKIKTLGIGAFGEVCLACKVDTHA
640 650 660 670 680 690
120 130 140 150 160 170
pF1KSD VYAMKILRKADMLEKEQVGHIRAERDILVEADSLWVVKMFYSFQDKLNLYLIMEFLPGGD
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CCDS92 LYAMKTLRKKDVLNRNQVAHVKAERDILAEADNEWVVKLYYSFQDKDSLYFVMDYIPGGD
700 710 720 730 740 750
180 190 200 210 220 230
pF1KSD MMTLLMKKDTLTEEETQFYIAETVLAIDSIHQLGFIHRDIKPDNLLLDSKGHVKLSDFGL
::.::.. ... :. ..::::: .:::.:.:..:::::::::::.:.: ::.::.::::
CCDS92 MMSLLIRMEVFPEHLARFYIAELTLAIESVHKMGFIHRDIKPDNILIDLDGHIKLTDFGL
760 770 780 790 800 810
240 250 260 270 280
pF1KSD CTGLKKAHRTEFYRNLNH----SL-PSDFTFQNMNSKRKAETWK----RNRRQ----LAF
:::.. .: ...:.. .: :. :::. ...... : .. : : :.: ::
CCDS92 CTGFRWTHNSKYYQKGSHVRQDSMEPSDL-WDDVSNCRCGDRLKTLEQRARKQHQRCLAH
820 830 840 850 860 870
290 300 310 320 330 340
pF1KSD STVGTPDYIAPEVFMQTGYNKLCDWWSLGVIMYEMLIGYPPFCSETPQETYKKVMNWKET
: ::::.::::::... ::..::::::.:::..:::.: ::: . :: :: ::.::..:
CCDS92 SLVGTPNYIAPEVLLRKGYTQLCDWWSVGVILFEMLVGQPPFLAPTPTETQLKVINWENT
880 890 900 910 920 930
350 360 370 380 390
pF1KSD LTFPPEVPISEKAKDLILRFCCEWEHRIGAPGVEEIKSNSFFEGVDWEH-IRERPAAISI
: .: .: .: .:.::: ..:: .::.: :....:.. :: ..:. ::..::
CCDS92 LHIPAQVKLSPEARDLITKLCCSADHRLGRNGADDLKAHPFFSAIDFSSDIRKQPAPYVP
940 950 960 970 980 990
400 410 420 430 440 450
pF1KSD EIKSIDDTSNFD----EFPESDILK-PTVATSNHPETDYKNKDWVFINYTYKRF---EGL
:. :::::: : : .: . : : .. . :. . .: ..:..:: .:
CCDS92 TISHPMDTSNFDPVDEESPWNDASEGSTKAWDTLTSPNNKHPEHAFYEFTFRRFFDDNGY
1000 1010 1020 1030 1040 1050
460
pF1KSD TARGAIPSYMKAAK
: :: .:..
CCDS92 PFRCPKPSGAEASQAESSDLESSDLVDQTEGCQPVYV
1060 1070 1080
>>CCDS74400.1 DMPK gene_id:1760|Hs108|chr19 (530 aa)
initn: 933 init1: 379 opt: 614 Z-score: 323.0 bits: 69.3 E(32554): 1.1e-11
Smith-Waterman score: 906; 41.6% identity (68.0% similar) in 344 aa overlap (77-411:59-368)
50 60 70 80 90 100
pF1KSD KLEKVMEEEGLKDEEKRLRRSAHARKETEFLRLKRTRLGLEDFESLKVIGRGAFGEVRLV
.:::..:: .::: :::::::::.:: .:
CCDS74 LLGVHQELGASELAQDKYVADFLQWAEPIVVRLKEVRLQRDDFEILKVIGRGAFSEVAVV
30 40 50 60 70 80
110 120 130 140 150 160
pF1KSD QKKDTGHVYAMKILRKADMLEKEQVGHIRAERDILVEADSLWVVKMFYSFQDKLNLYLIM
. :.::.::::::. : :::.. .:. .: :::.::..: :.... ..:::. :::.:
CCDS74 KMKQTGQVYAMKIMNKWDMLKRGEVSCFREERDVLVNGDRRWITQLHFAFQDENYLYLVM
90 100 110 120 130 140
170 180 190 200 210 220
pF1KSD EFLPGGDMMTLLMK-KDTLTEEETQFYIAETVLAIDSIHQLGFIHRDIKPDNLLLDSKGH
:. :::..::: : . . : ..::.:: :.::::.:.::..::::::::.::: ::
CCDS74 EYYVGGDLLTLLSKFGERIPAEMARFYLAEIVMAIDSVHRLGYVHRDIKPDNILLDRCGH
150 160 170 180 190 200
230 240 250 260 270 280
pF1KSD VKLSDFGLCTGLKKAHRTEFYRNLNHSLPSDFTFQNMNSKRKAETWKRNRRQLAFSTVGT
..:.::: : :. .: : ... . :::
CCDS74 IRLADFGSCLKLR----------------ADGTVRSLVA------------------VGT
210 220 230
290 300 310 320 330
pF1KSD PDYIAPEVFMQTG-------YNKLCDWWSLGVIMYEMLIGYPPFCSETPQETYKKVMNWK
:::..::... .: :. ::::.:::. :::. : :: ... ::: :....:
CCDS74 PDYLSPEILQAVGGGPGTGSYGPECDWWALGVFAYEMFYGQTPFYADSTAETYGKIVHYK
240 250 260 270 280 290
340 350 360 370 380 390
pF1KSD ETLTFP-PEVPISEKAKDLILRFCCEWEHRIGAPGVEEIKSNSFFEGVDWEHIRERPAAI
: :..: . . :.:.:.: :. : : :.: :. ..... :: :.::. .:. .
CCDS74 EHLSLPLVDEGVPEEARDFIQRLLCPPETRLGRGGAGDFRTHPFFFGLDWDGLRDSVPPF
300 310 320 330 340 350
400 410 420 430 440 450
pF1KSD SIEIKSIDDTSNFDEFPESDILKPTVATSNHPETDYKNKDWVFINYTYKRFEGLTARGAI
. .... :: :::
CCDS74 TPDFEGATDTCNFDLVEDGLTAMETLSDIREGAPLGVHLPFVGYSYSCMALRDSEVPGPT
360 370 380 390 400 410
>>CCDS46118.1 DMPK gene_id:1760|Hs108|chr19 (624 aa)
initn: 933 init1: 379 opt: 614 Z-score: 322.0 bits: 69.3 E(32554): 1.3e-11
Smith-Waterman score: 906; 41.6% identity (68.0% similar) in 344 aa overlap (77-411:59-368)
50 60 70 80 90 100
pF1KSD KLEKVMEEEGLKDEEKRLRRSAHARKETEFLRLKRTRLGLEDFESLKVIGRGAFGEVRLV
.:::..:: .::: :::::::::.:: .:
CCDS46 LLGVHQELGASELAQDKYVADFLQWAEPIVVRLKEVRLQRDDFEILKVIGRGAFSEVAVV
30 40 50 60 70 80
110 120 130 140 150 160
pF1KSD QKKDTGHVYAMKILRKADMLEKEQVGHIRAERDILVEADSLWVVKMFYSFQDKLNLYLIM
. :.::.::::::. : :::.. .:. .: :::.::..: :.... ..:::. :::.:
CCDS46 KMKQTGQVYAMKIMNKWDMLKRGEVSCFREERDVLVNGDRRWITQLHFAFQDENYLYLVM
90 100 110 120 130 140
170 180 190 200 210 220
pF1KSD EFLPGGDMMTLLMK-KDTLTEEETQFYIAETVLAIDSIHQLGFIHRDIKPDNLLLDSKGH
:. :::..::: : . . : ..::.:: :.::::.:.::..::::::::.::: ::
CCDS46 EYYVGGDLLTLLSKFGERIPAEMARFYLAEIVMAIDSVHRLGYVHRDIKPDNILLDRCGH
150 160 170 180 190 200
230 240 250 260 270 280
pF1KSD VKLSDFGLCTGLKKAHRTEFYRNLNHSLPSDFTFQNMNSKRKAETWKRNRRQLAFSTVGT
..:.::: : :. .: : ... . :::
CCDS46 IRLADFGSCLKLR----------------ADGTVRSLVA------------------VGT
210 220 230
290 300 310 320 330
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. .... :: :::
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CCDS46 IRLADFGSCLKLR----------------ADGTVRSLVA------------------VGT
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pF1KSD ARGAIPSYMKAAK
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]