Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDB0060
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDB0060, 907 aa
1>>>pF1KSDB0060 907 - 907 aa - 907 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4856+/-0.00106; mu= 10.4331+/- 0.064
mean_var=105.4006+/-21.503, 0's: 0 Z-trim(106.0): 18 B-trim: 49 in 1/50
Lambda= 0.124926
statistics sampled from 8741 (8756) to 8741 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.62), E-opt: 0.2 (0.269), width: 16
Scan time: 3.830
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9525.1 TUBGCP3 gene_id:10426|Hs108|chr13 ( 907) 5980 1089.1 0
CCDS66584.1 TUBGCP3 gene_id:10426|Hs108|chr13 ( 824) 5384 981.7 0
CCDS73599.1 TUBGCP3 gene_id:10426|Hs108|chr13 ( 439) 2548 470.5 3.1e-132
CCDS58104.1 TUBGCP2 gene_id:10844|Hs108|chr10 ( 772) 355 75.3 5e-13
CCDS7676.1 TUBGCP2 gene_id:10844|Hs108|chr10 ( 902) 355 75.3 5.8e-13
CCDS58105.1 TUBGCP2 gene_id:10844|Hs108|chr10 ( 930) 355 75.3 5.9e-13
CCDS14087.1 TUBGCP6 gene_id:85378|Hs108|chr22 (1819) 319 68.9 1e-10
>>CCDS9525.1 TUBGCP3 gene_id:10426|Hs108|chr13 (907 aa)
initn: 5980 init1: 5980 opt: 5980 Z-score: 5825.2 bits: 1089.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5980; 100.0% identity (100.0% similar) in 907 aa overlap (1-907:1-907)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MATPDQKSPNVLLQNLCCRILGRSEADVAQQFQYAVRVIGSNFAPTVERDEFLVAEKIKK
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CCDS95 MATPDQKSPNVLLQNLCCRILGRSEADVAQQFQYAVRVIGSNFAPTVERDEFLVAEKIKK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ELIRQRREADAALFSELHRKLHSQGVLKNKWSILYLLLSLSEDPRRQPSKVSSYATLFAQ
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CCDS95 ELIRQRREADAALFSELHRKLHSQGVLKNKWSILYLLLSLSEDPRRQPSKVSSYATLFAQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD ALPRDAHSTPYYYARPQTLPLSYQDRSAQSAQSSGSVGSSGISSIGLCALSGPAPAPQSL
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CCDS95 ALPRDAHSTPYYYARPQTLPLSYQDRSAQSAQSSGSVGSSGISSIGLCALSGPAPAPQSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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CCDS95 LPGQSNQAPGVGDCLRQQLGSRLAWTLTANQPSSQATTSKGVPSAVSRNMTRSRREGDTG
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250 260 270 280 290 300
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CCDS95 GTMEITEAALVRDILYVFQGIDGKNIKMNNTENCYKVEGKANLSRSLRDTAVRLSELGWL
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310 320 330 340 350 360
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CCDS95 HNKIRRYTDQRSLDRSFGLVGQSFCAALHQELREYYRLLSVLHSQLQLEDDQGVNLGLES
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CCDS95 SLTLRRLLVWTYDPKIRLKTLAALVDHCQGRKGGELASAVHAYTKTGDPYMRSLVQHILS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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pF1KSD TSKYLLDVLNKKYSLLDHMQAMRRYLLLGQGDFIRHLMDLLKPELVRPATTLYQHNLTGI
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CCDS95 TSKYLLDVLNKKYSLLDHMQAMRRYLLLGQGDFIRHLMDLLKPELVRPATTLYQHNLTGI
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pF1KSD LETAVRATNAQFDSPEILRRLDVRLLEVSPGDTGWDVFSLDYHVDGPIATVFTRECMSHY
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CCDS95 LETAVRATNAQFDSPEILRRLDVRLLEVSPGDTGWDVFSLDYHVDGPIATVFTRECMSHY
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pF1KSD LRVFNFLWRAKRMEYILTDIRKGHMCNAKLLRNMPEFSGVLHQCHILASEMVHFIHQMQY
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CCDS95 LRVFNFLWRAKRMEYILTDIRKGHMCNAKLLRNMPEFSGVLHQCHILASEMVHFIHQMQY
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pF1KSD YITFEVLECSWDELWNKVQQAQDLDHIIAAHEVFLDTIISRCLLDSDSRALLNQLRAVFD
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CCDS95 YITFEVLECSWDELWNKVQQAQDLDHIIAAHEVFLDTIISRCLLDSDSRALLNQLRAVFD
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pF1KSD QIIELQNAQDAIYRAALEELQRRLQFEEKKKQREIEGQWGVTAAEEEEENKRIGEFKESI
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CCDS95 QIIELQNAQDAIYRAALEELQRRLQFEEKKKQREIEGQWGVTAAEEEEENKRIGEFKESI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD PKMCSQLRILTHFYQGIVQQFLVLLTTSSDESLRFLSFRLDFNEHYKAREPRLRVSLGTR
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CCDS95 PKMCSQLRILTHFYQGIVQQFLVLLTTSSDESLRFLSFRLDFNEHYKAREPRLRVSLGTR
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GRRSSHT
:::::::
CCDS95 GRRSSHT
>>CCDS66584.1 TUBGCP3 gene_id:10426|Hs108|chr13 (824 aa)
initn: 5384 init1: 5384 opt: 5384 Z-score: 5245.4 bits: 981.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5384; 100.0% identity (100.0% similar) in 816 aa overlap (1-816:1-816)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MATPDQKSPNVLLQNLCCRILGRSEADVAQQFQYAVRVIGSNFAPTVERDEFLVAEKIKK
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CCDS66 MATPDQKSPNVLLQNLCCRILGRSEADVAQQFQYAVRVIGSNFAPTVERDEFLVAEKIKK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ELIRQRREADAALFSELHRKLHSQGVLKNKWSILYLLLSLSEDPRRQPSKVSSYATLFAQ
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CCDS66 ELIRQRREADAALFSELHRKLHSQGVLKNKWSILYLLLSLSEDPRRQPSKVSSYATLFAQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD ALPRDAHSTPYYYARPQTLPLSYQDRSAQSAQSSGSVGSSGISSIGLCALSGPAPAPQSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 ALPRDAHSTPYYYARPQTLPLSYQDRSAQSAQSSGSVGSSGISSIGLCALSGPAPAPQSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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CCDS66 LPGQSNQAPGVGDCLRQQLGSRLAWTLTANQPSSQATTSKGVPSAVSRNMTRSRREGDTG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GTMEITEAALVRDILYVFQGIDGKNIKMNNTENCYKVEGKANLSRSLRDTAVRLSELGWL
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CCDS66 GTMEITEAALVRDILYVFQGIDGKNIKMNNTENCYKVEGKANLSRSLRDTAVRLSELGWL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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CCDS66 HNKIRRYTDQRSLDRSFGLVGQSFCAALHQELREYYRLLSVLHSQLQLEDDQGVNLGLES
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 SLTLRRLLVWTYDPKIRLKTLAALVDHCQGRKGGELASAVHAYTKTGDPYMRSLVQHILS
370 380 390 400 410 420
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CCDS66 RKVLLIGKSINFLHQVCHDQTPTTKMIAVTKSAESPQDAADLFTDLENAFQGKIDAAYFE
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CCDS66 TSKYLLDVLNKKYSLLDHMQAMRRYLLLGQGDFIRHLMDLLKPELVRPATTLYQHNLTGI
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610 620 630 640 650 660
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pF1KSD LRVFNFLWRAKRMEYILTDIRKGHMCNAKLLRNMPEFSGVLHQCHILASEMVHFIHQMQY
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CCDS66 LRVFNFLWRAKRMEYILTDIRKGHMCNAKLLRNMPEFSGVLHQCHILASEMVHFIHQMQY
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pF1KSD YITFEVLECSWDELWNKVQQAQDLDHIIAAHEVFLDTIISRCLLDSDSRALLNQLRAVFD
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CCDS66 YITFEVLECSWDELWNKVQQAQDLDHIIAAHEVFLDTIISRCLLDSDSRALLNQLRAVFD
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790 800 810 820 830 840
pF1KSD QIIELQNAQDAIYRAALEELQRRLQFEEKKKQREIEGQWGVTAAEEEEENKRIGEFKESI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 QIIELQNAQDAIYRAALEELQRRLQFEEKKKQREIEVEMCLYCV
790 800 810 820
850 860 870 880 890 900
pF1KSD PKMCSQLRILTHFYQGIVQQFLVLLTTSSDESLRFLSFRLDFNEHYKAREPRLRVSLGTR
>>CCDS73599.1 TUBGCP3 gene_id:10426|Hs108|chr13 (439 aa)
initn: 2548 init1: 2548 opt: 2548 Z-score: 2487.6 bits: 470.5 E(32554): 3.1e-132
Smith-Waterman score: 2548; 100.0% identity (100.0% similar) in 390 aa overlap (1-390:1-390)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MATPDQKSPNVLLQNLCCRILGRSEADVAQQFQYAVRVIGSNFAPTVERDEFLVAEKIKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MATPDQKSPNVLLQNLCCRILGRSEADVAQQFQYAVRVIGSNFAPTVERDEFLVAEKIKK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ELIRQRREADAALFSELHRKLHSQGVLKNKWSILYLLLSLSEDPRRQPSKVSSYATLFAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ELIRQRREADAALFSELHRKLHSQGVLKNKWSILYLLLSLSEDPRRQPSKVSSYATLFAQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD ALPRDAHSTPYYYARPQTLPLSYQDRSAQSAQSSGSVGSSGISSIGLCALSGPAPAPQSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ALPRDAHSTPYYYARPQTLPLSYQDRSAQSAQSSGSVGSSGISSIGLCALSGPAPAPQSL
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190 200 210 220 230 240
pF1KSD LPGQSNQAPGVGDCLRQQLGSRLAWTLTANQPSSQATTSKGVPSAVSRNMTRSRREGDTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LPGQSNQAPGVGDCLRQQLGSRLAWTLTANQPSSQATTSKGVPSAVSRNMTRSRREGDTG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GTMEITEAALVRDILYVFQGIDGKNIKMNNTENCYKVEGKANLSRSLRDTAVRLSELGWL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 GTMEITEAALVRDILYVFQGIDGKNIKMNNTENCYKVEGKANLSRSLRDTAVRLSELGWL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD HNKIRRYTDQRSLDRSFGLVGQSFCAALHQELREYYRLLSVLHSQLQLEDDQGVNLGLES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 HNKIRRYTDQRSLDRSFGLVGQSFCAALHQELREYYRLLSVLHSQLQLEDDQGVNLGLES
310 320 330 340 350 360
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pF1KSD SLTLRRLLVWTYDPKIRLKTLAALVDHCQGRKGGELASAVHAYTKTGDPYMRSLVQHILS
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SLTLRRLLVWTYDPKIRLKTLAALVDHCQGPTRVFPTHVFPTRDFPTRDFPTRDFPMHVF
370 380 390 400 410 420
>>CCDS58104.1 TUBGCP2 gene_id:10844|Hs108|chr10 (772 aa)
initn: 522 init1: 189 opt: 355 Z-score: 347.4 bits: 75.3 E(32554): 5e-13
Smith-Waterman score: 733; 25.7% identity (57.6% similar) in 712 aa overlap (241-893:76-742)
220 230 240 250 260
pF1KSD QPSSQATTSKGVPSAVSRNMTRSRREGDTGGTMEIT--EAALVRDILYVFQGIDGKNIKM
::. .. :.:.:.:.:::. :.::. ..
CCDS58 IFPAWVYERPALIGDFLIGAGISTDTALPIGTLPLASQESAVVEDLLYVLVGVDGRYVSA
50 60 70 80 90 100
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pF1KSD NNT--ENCYKVEGKANLSRSLRDTAVRLSELGWLHNKIRRYTDQRSLDRSFGLVGQSFCA
. .. ::. :.:. . :. .. .. . :. ...: . .: :.... :
CCDS58 QPLAGRQSRTFLVDPNLDLSIRELVHRILPVAASYSAVTRFIEEKS-SFEYGQVNHALAA
110 120 130 140 150 160
330 340 350 360 370 380
pF1KSD ALHQELREYYRLLSVLHSQLQLEDDQGVNLGLESSLTLRRLLVWTY-DPKIR----LKTL
:.. ..:. .: :::. ::. :.:..: : : .: .: : .:
CCDS58 AMRTLVKEHL----ILVSQLEQLHRQGL-------LSLQKL--WFYIQPAMRTMDILASL
170 180 190 200 210
390 400 410 420 430
pF1KSD AALVDHCQGRK-GGELASAVH--AYTKTGDPYMRSLVQHILSLVSHPVLSFLYRWIYDGE
:. :: .:. :: : .: ... ::: . : .. . .: : . : .::: :
CCDS58 ATSVD--KGECLGGSTLSLLHDRSFSYTGDSQAQELCLYLTKAASAPYFEVLEKWIYRGI
220 230 240 250 260
440 450 460 470 480 490
pF1KSD LEDTYHEFFVASDPTVK-------TDRLWHDKYTLRKSMIPSFMTMDQSRKVLLIGKSIN
..: : ::.: : .:. : ..::. ...::::. . .. :.: :: .:
CCDS58 IHDPYSEFMVEEHELRKERIQEDYNDKYWDQRYTIVQQQIPSFL-QKMADKILSTGKYLN
270 280 290 300 310 320
500 510 520 530 540 550
pF1KSD FLHQVCHDQT-PTTKMIAVTKSAESPQDAADLFTDLENAFQGKIDAAYFETSKYLLDVLN
... :: : :..: : ..: : :. .:. :. .:: ::: :
CCDS58 VVRECGHDVTCPVAKEI--------------IYTLKERAYVEQIEKAFNYASKVLLDFLM
330 340 350 360 370
560 570 580 590 600 610
pF1KSD KKYSLLDHMQAMRRYLLLGQGDFIRHLMDLLKPELVRPATTLYQHNLTGILETAVRATNA
.. :. :.....::.:. ::::. :.::: . :: .:. . : ..:: :.: ..:
CCDS58 EEKELVAHLRSIKRYFLMDQGDFFVHFMDLAEEELRKPVEDITPPRLEALLELALRMSTA
380 390 400 410 420 430
620 630 640
pF1KSD QFDS----------P-----EILRRLDVR------LLEVSPGD---TGWDVFSLDYHVDG
. : : ..:: : .. . ...: . .: ..::.:: :
CCDS58 NTDPFKDDLKIDLMPHDLITQLLRVLAIETKQEKAMAHADPTELALSGLEAFSFDYIVKW
440 450 460 470 480 490
650 660 670 680 690 700
pF1KSD PIATVFTRECMSHYLRVFNFLWRAKRMEYILTDIR-KGHMCNAKLLRNMPEFSGVLHQCH
:.. ...:. ...: .: .. :..: : .. ... . . :.. :.:..
CCDS58 PLSLIINRKALTRYQMLFRHMFYCKHVERQLCSVWISNKTAKQHSLHSAQWFAGAF----
500 510 520 530 540 550
710 720 730 740 750 760
pF1KSD ILASEMVHFIHQMQYYITFEVLECSWDELWNKVQQAQDLDHIIAAHEVFLDTIISRCLLD
: ..:..:....:::. :::.: .: : .....:...: ... : :::: .. :.:
CCDS58 TLRQRMLNFVQNIQYYMMFEVMEPTWHILEKNLKSASNIDDVLGHHTGFLDTCLKDCMLT
560 570 580 590 600 610
770 780 790 800 810 820
pF1KSD SDSRALLNQLRAVFDQIIELQNAQDAIYRAALEELQRRLQFEEKKKQREIEGQ--WGVTA
. .: ::.... . ... .... . .... . . .: . :. :
CCDS58 NP------ELLKVFSKLMSVC----VMFTNCMQKFTQSMKLDGELGGQTLEHSTVLGLPA
620 630 640 650 660
830 840 850 860 870
pF1KSD AEEEEENKRIG-----EFKESIPKMCSQLRILTHFYQGIVQQFLVLL-------TTSSDE
. ::. :... : ... . . ...: ... ..: :: :.. ..
CCDS58 GAEERARKELARKHLAEHADTVQLVSGFEATINKFDKNFSAHLLDLLARLSIYSTSDCEH
670 680 690 700 710 720
880 890 900
pF1KSD SLRFLSFRLDFNEHYKAREPRLRVSLGTRGRRSSHT
.. . ::::: : : ::
CCDS58 GMASVISRLDFNGFYTERLERLSAERSQKATPQVPVLRGPPAPAPRVAVTAQ
730 740 750 760 770
>>CCDS7676.1 TUBGCP2 gene_id:10844|Hs108|chr10 (902 aa)
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>>CCDS14087.1 TUBGCP6 gene_id:85378|Hs108|chr22 (1819 aa)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]