Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDB0028
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDB0028, 555 aa
1>>>pF1KSDB0028 555 - 555 aa - 555 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.0949+/- 0.001; mu= -6.5389+/- 0.060
mean_var=315.7260+/-64.401, 0's: 0 Z-trim(114.6): 24 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.072180
statistics sampled from 15163 (15174) to 15163 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.771), E-opt: 0.2 (0.466), width: 16
Scan time: 3.930
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS607.1 DAB1 gene_id:1600|Hs108|chr1 ( 555) 3726 401.6 1.3e-111
CCDS58946.1 DAB2 gene_id:1601|Hs108|chr5 ( 749) 753 92.0 2.6e-18
CCDS34149.1 DAB2 gene_id:1601|Hs108|chr5 ( 770) 746 91.3 4.5e-18
>>CCDS607.1 DAB1 gene_id:1600|Hs108|chr1 (555 aa)
initn: 3726 init1: 3726 opt: 3726 Z-score: 2117.1 bits: 401.6 E(32554): 1.3e-111
Smith-Waterman score: 3726; 100.0% identity (100.0% similar) in 555 aa overlap (1-555:1-555)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSTETELQVAVKTSAKKDSRKKGQDRSEATLIKRFKGEGVRYKAKLIGIDEVSAARGDKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 MSTETELQVAVKTSAKKDSRKKGQDRSEATLIKRFKGEGVRYKAKLIGIDEVSAARGDKL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD CQDSMMKLKGVVAGARSKGEHKQKIFLTISFGGIKIFDEKTGALQHHHAVHEISYIAKDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 CQDSMMKLKGVVAGARSKGEHKQKIFLTISFGGIKIFDEKTGALQHHHAVHEISYIAKDI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TDHRAFGYVCGKEGNHRFVAIKTAQAAEPVILDLRDLFQLIYELKQREELEKKAQKDKQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 TDHRAFGYVCGKEGNHRFVAIKTAQAAEPVILDLRDLFQLIYELKQREELEKKAQKDKQC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD EQAVYQTILEEDVEDPVYQYIVFEAGHEPIRDPETEENIYQVPTSQKKEGVYDVPKSQPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 EQAVYQTILEEDVEDPVYQYIVFEAGHEPIRDPETEENIYQVPTSQKKEGVYDVPKSQPV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SAVTQLELFGDMSTPPDITSPPTPATPGDAFIPSSSQTLPASADVFSSVPFGTAAVPSGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 SAVTQLELFGDMSTPPDITSPPTPATPGDAFIPSSSQTLPASADVFSSVPFGTAAVPSGY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD VAMGAVLPSFWGQQPLVQQQMVMGAQPPVAQVMPGAQPIAWGQPGLFPATQQPWPTVAGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 VAMGAVLPSFWGQQPLVQQQMVMGAQPPVAQVMPGAQPIAWGQPGLFPATQQPWPTVAGQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD FPPAAFMPTQTVMPLPAAMFQGPLTPLATVPGTSDSTRSSPQTDKPRQKMGKETFKDFQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 FPPAAFMPTQTVMPLPAAMFQGPLTPLATVPGTSDSTRSSPQTDKPRQKMGKETFKDFQM
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD AQPPPVPSRKPDQPSLTCTSEAFSSYFNKVGVAQDTDDCDDFDISQLNLTPVTSTTPSTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 AQPPPVPSRKPDQPSLTCTSEAFSSYFNKVGVAQDTDDCDDFDISQLNLTPVTSTTPSTN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SPPTPAPRQSSPSKSSASHASDPTTDDIFEEGFESPSKSEEQEAPDGSQASSNSDPFGEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 SPPTPAPRQSSPSKSSASHASDPTTDDIFEEGFESPSKSEEQEAPDGSQASSNSDPFGEP
490 500 510 520 530 540
550
pF1KSD SGEPSGDNISPQAGS
:::::::::::::::
CCDS60 SGEPSGDNISPQAGS
550
>>CCDS58946.1 DAB2 gene_id:1601|Hs108|chr5 (749 aa)
initn: 964 init1: 701 opt: 753 Z-score: 442.1 bits: 92.0 E(32554): 2.6e-18
Smith-Waterman score: 764; 31.5% identity (58.2% similar) in 596 aa overlap (4-551:13-579)
10 20 30 40 50
pF1KSD MSTETELQVAVKTSAKKDSRKKGQDRSEATLIKRFKGEGVRYKAKLIGIDE
. . :.: :. .::. .::: .... :. ::::.::.:::::::::.
CCDS58 MSNEVETSATNGQPDQQAAPKAPSKKE-KKKGPEKTDEYLLARFKGDGVKYKAKLIGIDD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD VSAARGDKLCQDSMMKLKGVVAGARSKGEHKQKIFLTISFGGIKIFDEKTGALQHHHAVH
: :::::. :::::::::..:..::.:.:::.:...::..::::.:::::...:.: :.
CCDS58 VPDARGDKMSQDSMMKLKGMAAAGRSQGQHKQRIWVNISLSGIKIIDEKTGVIEHEHPVN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD EISYIAKDITDHRAFGYVCGKEGNHRFVAIKTAQAAEPVILDLRDLFQLIYELKQREELE
.::.::.:.::.:::::::: ::.:.: ::::.: :::...::.::::.::..:..:: .
CCDS58 KISFIARDVTDNRAFGYVCGGEGQHQFFAIKTGQQAEPLVVDLKDLFQVIYNVKKKEEEK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KSD KKAQK-DKQCEQAVYQTILEEDVEDPVYQYIVFEAGHEPIRDPETEENIYQVPTSQKK--
:: .. .: :.. .. .: . . . :. . : ..: . : ..
CCDS58 KKIEEASKAVENGSEALMILDDQTNKLKS----ESKDILLVDLNSEIDTNQNSLRENPFL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KSD -EGVYD--VPKSQPVSAVTQLELFG-DMSTPPDITSPP---TPATPGDAFIPSSSQTLPA
.:. . .:. : .. . :. ... : . : : : : ::: ..: .
CCDS58 TNGITSCSLPRPTPQASFLPENAFSANLNFFPTPNPDPFRDDPFTQPDQSTPSSFDSLKS
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KSD SADVFSSVPFGTAAVPSGYVAMGAVLPSFWGQQPLVQQQMVMGAQPPVAQVMP----GAQ
. . ... . .: . : : ...::: . : . : : : : .:
CCDS58 PDQKKENSSSSSTPLSNGPLN-GDV--DYFGQQ-FDQISNRTGKQEAQAGPWPFSSSQTQ
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KSD PIAWGQPGL-------FPATQQPWPTVAGQFPPAAFMPTQTVMPLPAAMFQGPLTPLATV
: . : :. : . ..: : : :. : . . . . . : ... ..: .: .
CCDS58 PAVRTQNGVSEREQNGFSVKSSPNPFV-GSPPKGLSIQNGVKQDLESSVQSSPHDSIAII
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440
pF1KSD PGTSDSTRSSPQTDKPRQ--KMGKETFKDFQMAQ--PPPVPSRKPDQPSLTCTSEAFSSY
: ::. :: . . .: . .:. .. ::: :. : : : :..
CCDS58 P--------PPQSTKPGRGRRTAKSSANDLLASDIFAPPV-SEPSGQASPTGQPTALQP-
420 430 440 450 460
450 460 470 480 490
pF1KSD FNKVGVAQDTDDCDDFDISQL-NLTPVTSTTPST----------NSPPTPAPRQ---SSP
: . . . . .. : .: :: : :.. :. :. :: ..:
CCDS58 -NPLDLFKTSAPAP---VGPLVGLGGVTVTLPQAGPWNTASLVFNQSPSMAPGAMMGGQP
470 480 490 500 510
500 510 520 530 540
pF1KSD SKSSAS--HASDPTTDDIFEEGFESPSKSEEQEAPD-----GSQASSNSDPFGE--PSGE
: : ...:... :...:: . : : .:: . .. : :.
CCDS58 SGFSQPVIFGTSPAVS-----GWNQPSPFAASTPPPVPVVWGPSASVAPNAWSTTSPLGN
520 530 540 550 560 570
550
pF1KSD PSGDNISPQAGS
: .:: :
CCDS58 PFQSNIFPAPAVSTQPPSMHSSLLVTPPQPPPRAGPPKDISSDAFTALDPLGDKEIKDVK
580 590 600 610 620 630
>>CCDS34149.1 DAB2 gene_id:1601|Hs108|chr5 (770 aa)
initn: 1062 init1: 701 opt: 746 Z-score: 438.0 bits: 91.3 E(32554): 4.5e-18
Smith-Waterman score: 808; 32.7% identity (57.0% similar) in 575 aa overlap (4-554:13-512)
10 20 30 40 50
pF1KSD MSTETELQVAVKTSAKKDSRKKGQDRSEATLIKRFKGEGVRYKAKLIGIDE
. . :.: :. .::. .::: .... :. ::::.::.:::::::::.
CCDS34 MSNEVETSATNGQPDQQAAPKAPSKKE-KKKGPEKTDEYLLARFKGDGVKYKAKLIGIDD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD VSAARGDKLCQDSMMKLKGVVAGARSKGEHKQKIFLTISFGGIKIFDEKTGALQHHHAVH
: :::::. :::::::::..:..::.:.:::.:...::..::::.:::::...:.: :.
CCDS34 VPDARGDKMSQDSMMKLKGMAAAGRSQGQHKQRIWVNISLSGIKIIDEKTGVIEHEHPVN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD EISYIAKDITDHRAFGYVCGKEGNHRFVAIKTAQAAEPVILDLRDLFQLIYELKQREELE
.::.::.:.::.:::::::: ::.:.: ::::.: :::...::.::::.::..:..:: .
CCDS34 KISFIARDVTDNRAFGYVCGGEGQHQFFAIKTGQQAEPLVVDLKDLFQVIYNVKKKEEEK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD KKAQKDKQCEQAVYQTILEEDVEDPVYQYIVFEAGHEPIRDPETEENIYQVPTSQKKEGV
:: . . .:: : : : . : . :.. : ::
CCDS34 KKIE---EASKAV-------------------ENGSEAL-------MILDDQTNKLKSGV
180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KSD YDVPKSQPVSAVTQLELFGDMSTPPDITSPPTPATPGDAFIPSSSQTLPASADVFSSVPF
:..::::::::::..:: . : .. . .. . .. . . ::
CCDS34 ------------DQMDLFGDMSTPPDLNSP---TESKDILLVDLNSEIDTNQNSLRENPF
220 230 240 250
300 310 320 330 340 350
pF1KSD GTAAVPSGYVAMGAVLPSFWGQQPLVQQQMVMGAQPPVAQVMPGAQPIAWGQPGLFPATQ
: .. : :: .: : ... : : .:. . :. : .
CCDS34 LTNGITS------CSLP-----RPTPQASFL----PENA---FSANLNFFPTPNPDPFRD
260 270 280 290
360 370 380 390 400 410
pF1KSD QPWPTVAGQFPPAAFMPTQTVMP-LPAAMFQGPLTPLATVPGTSDSTRSSPQTDKPRQKM
.:. : : :..: .. : .. :::.. : ..: . : :. ..
CCDS34 DPF-TQPDQSTPSSFDSLKS--PDQKKENSSSSSTPLSNGPLNGDVDYFGQQFDQISNRT
300 310 320 330 340 350
420 430 440 450 460
pF1KSD GKETFKDFQMAQPPPVP-SRKPDQPSLTCTSEAFSSYFNKVGVAQDTDDC-----DDFDI
:: : :: : : : . ::.. . . : .: .. . ..:
CCDS34 GK------QEAQAGPWPFSSSQTQPAVRTQNGVSEREQNGFSVKSSPNPFVGSPPKGLSI
360 370 380 390 400
470 480 490 500 510
pF1KSD S---QLNLTPVTSTTPSTNSPPTPAPRQSSPSK---SSASHASDPTTDDIFEEGFESPSK
. . .: ....: . : :....:.. .. : :.: ..::: ::
CCDS34 QNGVKQDLESSVQSSPHDSIAIIPPPQSTKPGRGRRTAKSSANDLLASDIFAPPVSEPSG
410 420 430 440 450 460
520 530 540 550
pF1KSD SEEQEAPDGSQASSNSDP---FGEPSGEPSGDNIS--------PQAGS
: .: :. .. . .: : . : : .. ::::
CCDS34 ---QASPTGQPTALQPNPLDLFKTSAPAPVGPLVGLGGVTVTLPQAGPWNTASLVFNQSP
470 480 490 500 510 520
CCDS34 SMAPGAMMGGQPSGFSQPVIFGTSPAVSGWNQPSPFAASTPPPVPVVWGPSASVAPNAWS
530 540 550 560 570 580
555 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 08:09:54 2016 done: Thu Nov 3 08:09:55 2016
Total Scan time: 3.930 Total Display time: 0.030
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]