Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDB0018
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDB0018, 880 aa
1>>>pF1KSDB0018 880 - 880 aa - 880 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9867+/-0.00085; mu= 6.3730+/- 0.051
mean_var=234.4824+/-47.688, 0's: 0 Z-trim(116.0): 29 B-trim: 268 in 2/52
Lambda= 0.083757
statistics sampled from 16577 (16602) to 16577 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.788), E-opt: 0.2 (0.51), width: 16
Scan time: 5.480
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11298.1 GAS2L2 gene_id:246176|Hs108|chr17 ( 880) 6109 751.4 1.6e-216
CCDS74840.1 GAS2L1 gene_id:10634|Hs108|chr22 ( 681) 788 108.4 4.7e-23
CCDS63438.1 GAS2L1 gene_id:10634|Hs108|chr22 ( 454) 755 104.2 5.5e-22
CCDS7858.1 GAS2 gene_id:2620|Hs108|chr11 ( 313) 697 97.1 5.3e-20
CCDS9079.1 GAS2L3 gene_id:283431|Hs108|chr12 ( 694) 688 96.3 2.1e-19
CCDS76590.1 GAS2L3 gene_id:283431|Hs108|chr12 ( 590) 583 83.5 1.2e-15
>>CCDS11298.1 GAS2L2 gene_id:246176|Hs108|chr17 (880 aa)
initn: 6109 init1: 6109 opt: 6109 Z-score: 4000.8 bits: 751.4 E(32554): 1.6e-216
Smith-Waterman score: 6109; 100.0% identity (100.0% similar) in 880 aa overlap (1-880:1-880)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSQPAGGRRKPRTLGPPVCSIRPFKSSEQYLEAMKEDLAEWLRDLYGLDIDAANFLQVLE
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CCDS11 MSQPAGGRRKPRTLGPPVCSIRPFKSSEQYLEAMKEDLAEWLRDLYGLDIDAANFLQVLE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD TGLVLCQHANVVTDAALAFLAEAPAQAQKIPMPRVGVSCNGAAQPGTFQARDNVSNFIQW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TGLVLCQHANVVTDAALAFLAEAPAQAQKIPMPRVGVSCNGAAQPGTFQARDNVSNFIQW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD CRKEMGIQEVLMFETEDLVLRKNVKNVVLCLLELGRRAWRFGVAAPTLVQLEEEIEEEVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 CRKEMGIQEVLMFETEDLVLRKNVKNVVLCLLELGRRAWRFGVAAPTLVQLEEEIEEEVR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD RELALPPPDPSPPAPPRRQPCHFRNLDQMVQSLVSHCTCPVQFSMVKVSEGKYRVGDSNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RELALPPPDPSPPAPPRRQPCHFRNLDQMVQSLVSHCTCPVQFSMVKVSEGKYRVGDSNT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LIFIRILRNHVMVRVGGGWDTLGHYLDKHDPCRCTSLSHKPGSFLKPPAPPVQHEVRVQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LIFIRILRNHVMVRVGGGWDTLGHYLDKHDPCRCTSLSHKPGSFLKPPAPPVQHEVRVQD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD GPSQTQPTMTISRSQSPPPPVDWKTYTSSDRRLRPPTPSSPRPRRERGAGTGASREMAPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GPSQTQPTMTISRSQSPPPPVDWKTYTSSDRRLRPPTPSSPRPRRERGAGTGASREMAPF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD LRCQERSLIPSWRQPTAGDSPPSPQSSSTQKGRDPQCTSSGKREERYPPELPRGRIPTSW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LRCQERSLIPSWRQPTAGDSPPSPQSSSTQKGRDPQCTSSGKREERYPPELPRGRIPTSW
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD VHEETDSWGTDAGNPTPQRLRAIEATTKGISARGPSPLPRSFGPAECLGLRLPLRDEAKG
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CCDS11 VHEETDSWGTDAGNPTPQRLRAIEATTKGISARGPSPLPRSFGPAECLGLRLPLRDEAKG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD AFFQFREPESVRSPTPVQGLTKIPIRLPPARPPTPGRSFPGATSGSPRTELGRDPIPLRA
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CCDS11 AFFQFREPESVRSPTPVQGLTKIPIRLPPARPPTPGRSFPGATSGSPRTELGRDPIPLRA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD VTVDLAGSTHGDCSVEVRQEDQQLDIQVMAEARESWDLGLQEQEGRYTPLPLGGNKEQAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VTVDLAGSTHGDCSVEVRQEDQQLDIQVMAEARESWDLGLQEQEGRYTPLPLGGNKEQAI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD YCSLEEEILGNMKLLEVRSACPQGTRSGVIPRSGVYIPRLAGQWPEPGGPYDKAIQELAQ
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CCDS11 YCSLEEEILGNMKLLEVRSACPQGTRSGVIPRSGVYIPRLAGQWPEPGGPYDKAIQELAQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD GSPSLLKVDLEAWKAAPTGSPKPAVTPGPGSLKGKLGARQSGPRTKASLSAKGTHMRKVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GSPSLLKVDLEAWKAAPTGSPKPAVTPGPGSLKGKLGARQSGPRTKASLSAKGTHMRKVP
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD PQGGQDCSASTVSASPEAPTPSPLDPNSDKAKACLSKGRRTLRKPKRVPSIYKLKLRPRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PQGGQDCSASTVSASPEAPTPSPLDPNSDKAKACLSKGRRTLRKPKRVPSIYKLKLRPRI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD RPRRDHRPEKQPSRIPRPLAYVFLGPARQPPKDRLLRAVLGSKGGEASRVDGASVGEEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RPRRDHRPEKQPSRIPRPLAYVFLGPARQPPKDRLLRAVLGSKGGEASRVDGASVGEEEE
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880
pF1KSD EGKEEKEPAAPLESSPQPPEGLQPHWLNQAPLPPEEESWV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EGKEEKEPAAPLESSPQPPEGLQPHWLNQAPLPPEEESWV
850 860 870 880
>>CCDS74840.1 GAS2L1 gene_id:10634|Hs108|chr22 (681 aa)
initn: 1196 init1: 469 opt: 788 Z-score: 527.4 bits: 108.4 E(32554): 4.7e-23
Smith-Waterman score: 1187; 37.4% identity (54.6% similar) in 815 aa overlap (1-788:1-659)
10 20 30 40 50
pF1KSD MSQPAGGRRKPRTLGPPVCSIRPFKSSEQYLEAMKEDLAEWLRDLYGLDIDAAN--FLQV
:..:..: : . :.:::.::: :.::::::::::: :::: . ... ::
CCDS74 MADPVAG-----IAGSAAKSVRPFRSSEAYVEAMKEDLAEWLNALYGLGLPGGGDGFLTG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD LETGLVLCQHANVVTDAALAFLAEAPAQAQKIPMPRVGVSCNG-AAQPGTFQARDNVSNF
: :: .::::::.::.:: :. : ::. ::. .. .. ::.:.:::::..:
CCDS74 LATGTTLCQHANAVTEAARALAAARPAR---------GVAFQAHSVVPGSFMARDNVATF
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KSD IQWCRKEMGIQEVLMFETEDLVLRKNVKNVVLCLLELGRRAWRFGVAAPTLVQLEEEIEE
: ::: :.:. ::::::::::::::: :.:::::::..::. :.:. :: :::.:.:::.
CCDS74 IGWCRVELGVPEVLMFETEDLVLRKNEKSVVLCLLEVARRGARLGLLAPRLVQFEQEIER
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KSD EVRRELALPPPDPSP----------PAP------PRRQPCHFRNLDQMVQSLVSHCTCPV
:.: : :: .: ::: :: : .::::..:. ....::::
CCDS74 ELR---AAPPAPNAPAAGEDTTETAPAPGTPARGPRMTPSDLRNLDELVREILGRCTCPD
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KSD QFSMVKVSEGKYRVGDSNTLIFIRILRNHVMVRVGGGWDTLGHYLDKHDPCRCTSLSHKP
:: :.::::::::::::. :::.:.::.::::::::::::: :::::::::::.: .:.:
CCDS74 QFPMIKVSEGKYRVGDSSLLIFVRVLRSHVMVRVGGGWDTLEHYLDKHDPCRCSSTAHRP
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330
pF1KSD GSFLKPPAPPVQHEVRVQDGPSQTQPTMTISRSQSPPPPVDWKTYTSSDRR-LRPP-TPS
: : : .:....:: : : :: : .:.:: :: ::
CCDS74 ------PQPRV-----CTFSPQRVSPT-TSPRPASPVP--------GSERRGSRPEMTPV
290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KSD SPRPRRERGAGTGASREMAPFLRCQERSLIPSWRQPT-AGDSPPSPQSSSTQK-GRDPQC
: : .: : : : : : : : :. .::: : .:... : .
CCDS74 SLRSTKE---GP----ETPPRPRDQ---LPPHPRSRRYSGDSDSSASSAQSGPLGTRSDD
330 340 350 360 370
400 410 420 430 440 450
pF1KSD TSSGKREERYPPELPRGRIPTSWVHEETDSWGTDAGNPTPQRLRAIEATTKGISARGPSP
:..: :.:: : :. : :: : .:.: :... .. ::
CCDS74 TGTGPRRER-----PSRRLTT----------GTPA---SPRRPPALRSQSRDRLDRGR--
380 390 400 410
460 470 480 490 500 510
pF1KSD LPRSFGPAECLGLRLPLRDEAKGAFFQFREPESV---RSPTPVQGLTKIPIRLPPARPPT
:: : : .: . . :. : : :: ..: : : . .: :
CCDS74 -PR--GAPGGRGAQLSVPSPARRARSQSREEQAVLLVRRDRDGQH-SWVP------R---
420 430 440 450 460
520 530 540 550 560 570
pF1KSD PGRSFPGATSGSPRTELGRDPIPLRAVTVDLAGSTHGDCSVEVRQEDQQLDIQVMAEARE
::. :. ..:.: .:.: : : .
CCDS74 -GRGSGGSGRSTPQTPRARSPAAPRLSRV----------------------------SSP
470 480 490
580 590 600 610 620 630
pF1KSD SWDLGLQEQEGRYTPLPLGGNKEQAIYCSLEEEILGNMKLLE-VRSACPQGTRSGVIPRS
: .:: ::: : ..:: .. ::::.:.: . :: : :. : .: :
CCDS74 SPELGTTPASIFRTPLQLDPQQEQQLFRRLEEEFLANARALEAVASVTP----TGPAPD-
500 510 520 530 540
640 650 660 670 680 690
pF1KSD GVYIPRLAGQWPEPGGPYDKAIQELAQGSPSLLKVDLEAWKAAPTGSPKPAVTPGPGSLK
: : :.: .: :.: ...: :: . .. :.: :. .
CCDS74 ----PARA---PDPPAP-DSAYCSSSSSSSSLSVL------GGKCGQP--------GD-S
550 560 570 580
700 710 720 730 740 750
pF1KSD GKLGARQSGPRTKASLSAKGTHMRKVPPQGGQDCSASTVSASPEAPTPSPLDPNSDKAKA
:. . :::..: ::... . : .:: . .:: : : .:. :..
CCDS74 GRTANGLPGPRSQA-LSSSSDEGSPCPGMGGP----LDAPGSPLACT----EPSRTWARG
590 600 610 620 630
760 770 780 790 800 810
pF1KSD CLSKGRRTLRKPKRVPSIYKLKLRPRIRPRRDHRPEKQPSRIPRPLAYVFLGPARQPPKD
.. . :::.:.:. :: ::: :
CCDS74 RMDT--QPDRKPSRIPT-------PR-GPRRPSGPAELGTWHALHSVTPRAEPDSWM
640 650 660 670 680
820 830 840 850 860 870
pF1KSD RLLRAVLGSKGGEASRVDGASVGEEEEEGKEEKEPAAPLESSPQPPEGLQPHWLNQAPLP
>>CCDS63438.1 GAS2L1 gene_id:10634|Hs108|chr22 (454 aa)
initn: 1115 init1: 469 opt: 755 Z-score: 508.2 bits: 104.2 E(32554): 5.5e-22
Smith-Waterman score: 1114; 44.2% identity (61.7% similar) in 491 aa overlap (1-469:1-436)
10 20 30 40 50
pF1KSD MSQPAGGRRKPRTLGPPVCSIRPFKSSEQYLEAMKEDLAEWLRDLYGLDIDAAN--FLQV
:..:..: : . :.:::.::: :.::::::::::: :::: . ... ::
CCDS63 MADPVAG-----IAGSAAKSVRPFRSSEAYVEAMKEDLAEWLNALYGLGLPGGGDGFLTG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD LETGLVLCQHANVVTDAALAFLAEAPAQAQKIPMPRVGVSCNG-AAQPGTFQARDNVSNF
: :: .::::::.::.:: :. : ::. ::. .. .. ::.:.:::::..:
CCDS63 LATGTTLCQHANAVTEAARALAAARPAR---------GVAFQAHSVVPGSFMARDNVATF
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KSD IQWCRKEMGIQEVLMFETEDLVLRKNVKNVVLCLLELGRRAWRFGVAAPTLVQLEEEIEE
: ::: :.:. ::::::::::::::: :.:::::::..::. :.:. :: :::.:.:::.
CCDS63 IGWCRVELGVPEVLMFETEDLVLRKNEKSVVLCLLEVARRGARLGLLAPRLVQFEQEIER
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KSD EVRRELALPPPDPSP----------PAP------PRRQPCHFRNLDQMVQSLVSHCTCPV
:.: : :: .: ::: :: : .::::..:. ....::::
CCDS63 ELR---AAPPAPNAPAAGEDTTETAPAPGTPARGPRMTPSDLRNLDELVREILGRCTCPD
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KSD QFSMVKVSEGKYRVGDSNTLIFIRILRNHVMVRVGGGWDTLGHYLDKHDPCRCTSLSHKP
:: :.::::::::::::. :::.:.::.::::::::::::: :::::::::::.: .:.:
CCDS63 QFPMIKVSEGKYRVGDSSLLIFVRVLRSHVMVRVGGGWDTLEHYLDKHDPCRCSSTAHRP
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330
pF1KSD GSFLKPPAPPVQHEVRVQDGPSQTQPTMTISRSQSPPPPVDWKTYTSSDRR-LRPP-TPS
: : : .:....:: : : :: : .:.:: :: ::
CCDS63 ------PQPRV-----CTFSPQRVSPT-TSPRPASPVP--------GSERRGSRPEMTPV
290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KSD SPRPRRERGAGTGASREMAPFLRCQERSLIPSWRQPTAGDSP-PSPQSSSTQKGRDPQCT
: : .: : : : . . . :. ::. : : :. :... . :
CCDS63 SLRSTKE-GPETPPSSSSSSLSVLGGKCGQPGDSGRTANGLPGPRSQALSSSSDEGSPCP
330 340 350 360 370 380
400 410 420 430 440 450
pF1KSD SSGKREERYPPELPRGRIPTSWVHEETDSWGTDAGNPTPQRLRAIEATTKGISARGPSPL
. : : . : . . . : . .:. . :.: .. . :::
CCDS63 GMGG-----PLDAPGSPLACT---EPSRTWARGRMDTQPDR-----KPSRIPTPRGPR--
390 400 410 420
460 470 480 490 500 510
pF1KSD PRSFGPAECLGLRLPLRDEAKGAFFQFREPESVRSPTPVQGLTKIPIRLPPARPPTPGRS
: :::: ::
CCDS63 -RPSGPAE-LGTWHALHSVTPRAEPDSWM
430 440 450
>>CCDS7858.1 GAS2 gene_id:2620|Hs108|chr11 (313 aa)
initn: 547 init1: 293 opt: 697 Z-score: 472.5 bits: 97.1 E(32554): 5.3e-20
Smith-Waterman score: 697; 41.7% identity (69.4% similar) in 271 aa overlap (28-293:30-292)
10 20 30 40 50
pF1KSD MSQPAGGRRKPRTLGPPVCSIRPFKSSEQYLEAMKEDLAEWLRDLYGLDIDAANFLQV
: : :::::: :: .: : .: : .:..
CCDS78 MCTALSPKVRSGPGLSDMHQYSQWLASRHEANLLPMKEDLALWLTNLLGKEITAETFMEK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD LETGLVLCQHANVVTDAALAFLAEAPAQAQKIPMPRVGVSCNGAAQPGTFQARDNVSNFI
:..: .::: :... . . .: ....:. .. :. .: :.: ::::..::.
CCDS78 LDNGALLCQLAETMQEK-FKESMDANKPTKNLPLKKI--PCKTSAPSGSFFARDNTANFL
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD QWCRKEMGIQEVLMFETEDLVLRKNVKNVVLCLLELGRRAWRFGVAAPTLVQLEEEIEEE
.::: ..:..:. .::.: :::.:. ..: :::::::: : :.:: : :..::.:::.:
CCDS78 SWCR-DLGVDETCLFESEGLVLHKQPREVCLCLLELGRIAARYGVEPPGLIKLEKEIEQE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD VRRELALPPPDPSPPAPPRRQPCHFRNLDQMVQSLVSH--CTCPVQFSMVKVSEGKYRVG
. :. : :.::: . . ::. :. . : :: .: . ..:.:.::::
CCDS78 --ETLSAPSPSPSPSSKSSGKKSTGNLLDDAVKRISEDPPCKCPNKFCVERLSQGRYRVG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD DSNTLIFIRILRN-HVMVRVGGGWDTLGHYLDKHDPCRCTSLSHKPG--SFLKPPAPPVQ
.. ..:::.:.: ::::::::::.:.. :: :::::: ..:. : : .. .: ..
CCDS78 EK--ILFIRMLHNKHVMVRVGGGWETFAGYLLKHDPCRMLQISRVDGKTSPIQSKSPTLK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD HEVRVQDGPSQTQPTMTISRSQSPPPPVDWKTYTSSDRRLRPPTPSSPRPRRERGAGTGA
CCDS78 DMNPDNYLVVSASYKAKKEIK
300 310
>>CCDS9079.1 GAS2L3 gene_id:283431|Hs108|chr12 (694 aa)
initn: 570 init1: 167 opt: 688 Z-score: 462.0 bits: 96.3 E(32554): 2.1e-19
Smith-Waterman score: 707; 32.7% identity (58.2% similar) in 538 aa overlap (11-519:23-515)
10 20 30 40
pF1KSD MSQPAGGRRKPRTLGPP---VCSIRPFKS--SEQYLEAMKEDLAEWLR
:: :: ::. . . : : :.:::. ::
CCDS90 MQPAIQVWFGEDLPLSPRSPLTPRH-GPGLANVCQYDEWIAVRHEATLLPMQEDLSIWLS
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KSD DLYGLDIDAANFLQVLETGLVLCQHANVVTDAALAFLAEAPAQAQKIPMPRVGVSCNGAA
: :. . : ..:. :..:..::: .:. . . . .: .. ..:: .: :. :
CCDS90 GLLGIKVKAEKLLEELDNGVLLCQLIDVLQNMVKTCNSE---ESGNFPMRKV--PCKKDA
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KSD QPGTFQARDNVSNFIQWCRKEMGIQEVLMFETEDLVLRKNVKNVVLCLLELGRRAWRFGV
:.: ::::..::..::: ..:..:. .::.: :::.:. ..: :::::.:: . :.::
CCDS90 ASGSFFARDNTANFLHWCR-DIGVDETYLFESEGLVLHKDPRQVYLCLLEIGRIVSRYGV
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KSD AAPTLVQLEEEIEEEVRRELALPPPDPSPPAPPRRQPCHFRNLDQMVQSLVSH--CTCPV
:.::.::.::: : . : :. : : .. :. ..: . :. .. :.:
CCDS90 EPPVLVKLEKEIELE-ETLLNTSGPEDSISIP--KSCCRHEELHEAVKHIAEDPPCSCSH
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KSD QFSMVKVSEGKYRVGDSNTLIFIRILRN-HVMVRVGGGWDTLGHYLDKHDPCRC---TSL
.::. .:::.::.::. ..:::.:.. ::::::::::::: .: :.:::: ..:
CCDS90 RFSIEYLSEGRYRLGDK--ILFIRMLHGKHVMVRVGGGWDTLQGFLLKYDPCRILQFATL
240 250 260 270 280
280 290 300 310 320
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.: .: : :..: : :.:..: :: .... ..:. : : . :.
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