Result of FASTA (omim) for
pF1KSDB0010
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDB0010, 619 aa
1>>>pF1KSDB0010 619 - 619 aa - 619 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9720+/-0.000323; mu= 8.6383+/- 0.020
mean_var=183.8888+/-37.509, 0's: 0 Z-trim(122.3): 279 B-trim: 725 in 1/57
Lambda= 0.094579
statistics sampled from 39824 (40132) to 39824 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.779), E-opt: 0.2 (0.471), width: 16
Scan time: 12.770
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001104740 (OMIM: 610215) rho guanine nucleotide ( 619) 4203 585.8 1.5e-166
NP_891992 (OMIM: 610215) rho guanine nucleotide ex ( 580) 3700 517.1 6.5e-146
XP_016865292 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (2612) 1594 230.3 6.5e-59
XP_016865291 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (2880) 1594 230.3 6.9e-59
XP_011512412 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (3038) 1594 230.4 7.2e-59
XP_011512411 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (3048) 1594 230.4 7.3e-59
XP_011512410 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (3058) 1594 230.4 7.3e-59
XP_011512409 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (3076) 1594 230.4 7.3e-59
XP_016865290 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: trip (3093) 1594 230.4 7.3e-59
NP_009049 (OMIM: 601893,617061) triple functional (3097) 1594 230.4 7.3e-59
NP_001309930 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform ( 667) 1260 184.2 1.2e-45
NP_001309928 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform ( 668) 1260 184.3 1.2e-45
NP_001309929 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform ( 668) 1252 183.2 2.6e-45
NP_001309927 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform ( 669) 1252 183.2 2.6e-45
NP_001309926 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform ( 699) 1252 183.2 2.7e-45
NP_001309925 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform ( 700) 1252 183.2 2.7e-45
NP_001309924 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform ( 701) 1252 183.2 2.7e-45
XP_016862921 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2366) 1260 184.7 3.1e-45
XP_016862919 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2955) 1260 184.8 3.7e-45
NP_001309922 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform (1288) 1252 183.4 4.2e-45
NP_008995 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform 3 (1289) 1252 183.4 4.2e-45
XP_011511587 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2367) 1252 183.6 6.7e-45
NP_001309917 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform (2396) 1252 183.6 6.8e-45
XP_016862920 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2398) 1252 183.6 6.8e-45
XP_011511585 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2401) 1252 183.6 6.8e-45
XP_006713877 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2956) 1252 183.7 7.9e-45
XP_006713876 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2966) 1252 183.7 7.9e-45
XP_016862918 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2968) 1252 183.7 7.9e-45
XP_006713875 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2975) 1252 183.7 7.9e-45
XP_011511583 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2977) 1252 183.7 8e-45
XP_006713874 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2979) 1252 183.7 8e-45
NP_001019831 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform (2986) 1252 183.7 8e-45
XP_011511582 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2987) 1252 183.7 8e-45
XP_011511581 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2987) 1252 183.7 8e-45
XP_006713873 (OMIM: 604605,608901) PREDICTED: kali (2988) 1252 183.7 8e-45
NP_001309923 (OMIM: 604605,608901) kalirin isoform ( 709) 1101 162.6 4.3e-39
NP_001307746 (OMIM: 609499) guanine nucleotide exc ( 984) 658 102.2 8.6e-21
XP_016875988 (OMIM: 609499) PREDICTED: guanine nuc (1043) 658 102.3 9e-21
XP_016875987 (OMIM: 609499) PREDICTED: guanine nuc (1087) 658 102.3 9.3e-21
XP_016875986 (OMIM: 609499) PREDICTED: guanine nuc (1096) 658 102.3 9.4e-21
XP_016875985 (OMIM: 609499) PREDICTED: guanine nuc (1112) 658 102.3 9.5e-21
NP_079255 (OMIM: 609499) guanine nucleotide exchan (1123) 658 102.3 9.6e-21
NP_001106203 (OMIM: 609499) guanine nucleotide exc (1125) 658 102.3 9.6e-21
NP_001307745 (OMIM: 609499) guanine nucleotide exc (1129) 658 102.3 9.6e-21
XP_011535793 (OMIM: 609499) PREDICTED: guanine nuc (1143) 658 102.3 9.7e-21
NP_001307744 (OMIM: 609499) guanine nucleotide exc (1148) 658 102.3 9.7e-21
XP_011535792 (OMIM: 609499) PREDICTED: guanine nuc (1152) 658 102.3 9.7e-21
XP_011535790 (OMIM: 609499) PREDICTED: guanine nuc (1163) 658 102.3 9.8e-21
XP_011535789 (OMIM: 609499) PREDICTED: guanine nuc (1179) 658 102.3 9.9e-21
XP_011535787 (OMIM: 609499) PREDICTED: guanine nuc (1181) 658 102.3 9.9e-21
>>NP_001104740 (OMIM: 610215) rho guanine nucleotide exc (619 aa)
initn: 4203 init1: 4203 opt: 4203 Z-score: 3111.1 bits: 585.8 E(85289): 1.5e-166
Smith-Waterman score: 4203; 100.0% identity (100.0% similar) in 619 aa overlap (1-619:1-619)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MKPPDRPAPGRTDRILGVMGGMLRACALPGQEGPPRRSPLGLVGTEPESERTEGDHRRDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MKPPDRPAPGRTDRILGVMGGMLRACALPGQEGPPRRSPLGLVGTEPESERTEGDHRRDR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EHEVLAGALQPESYSIAGSEGSISASAASGLAAPSGPSSGLSSGPCSPGPPGPVSGLRRW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EHEVLAGALQPESYSIAGSEGSISASAASGLAAPSGPSSGLSSGPCSPGPPGPVSGLRRW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LDHSKHCLSVETEADSGQAGPYENWMLEPALATGEELPELTLLTTLLEGPGDKTQPPEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LDHSKHCLSVETEADSGQAGPYENWMLEPALATGEELPELTLLTTLLEGPGDKTQPPEEE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD TLSQAPESEEEQKKKALERSMYVLSELVETEKMYVDDLGQIVEGYMATMAAQGVPESLRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TLSQAPESEEEQKKKALERSMYVLSELVETEKMYVDDLGQIVEGYMATMAAQGVPESLRG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD RDRIVFGNIQQIYEWHRDYFLQELQRCLKDPDWLAQLFIKHERRLHMYVVYCQNKPKSEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RDRIVFGNIQQIYEWHRDYFLQELQRCLKDPDWLAQLFIKHERRLHMYVVYCQNKPKSEH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD VVSEFGDSYFEELRQQLGHRLQLNDLLIKPVQRIMKYQLLLKDFLKYYNRAGMDTADLEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VVSEFGDSYFEELRQQLGHRLQLNDLLIKPVQRIMKYQLLLKDFLKYYNRAGMDTADLEQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD AVEVMCFVPKRCNDMMTLGRLRGFEGKLTAQGKLLGQDTFWVTEPEAGGLLSSRGRERRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AVEVMCFVPKRCNDMMTLGRLRGFEGKLTAQGKLLGQDTFWVTEPEAGGLLSSRGRERRV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD FLFEQIIIFSEALGGGVRGGTQPGYVYKNSIKVSCLGLEGNLQGDPCRFALTSRGPEGGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FLFEQIIIFSEALGGGVRGGTQPGYVYKNSIKVSCLGLEGNLQGDPCRFALTSRGPEGGI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD QRYVLQAADPAISQAWIKHVAQILESQRDFLNALQSPIEYQRRESQTNSLGRPRGPGVGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QRYVLQAADPAISQAWIKHVAQILESQRDFLNALQSPIEYQRRESQTNSLGRPRGPGVGS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PGRIRLGDQAQGSTHTPINGSLPSLLLSPKGEVARALLPLDKQALGDIPQAPHDSPPVSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGRIRLGDQAQGSTHTPINGSLPSLLLSPKGEVARALLPLDKQALGDIPQAPHDSPPVSP
550 560 570 580 590 600
610
pF1KSD TPKTPPCQARLAKLDEDEL
:::::::::::::::::::
NP_001 TPKTPPCQARLAKLDEDEL
610
>>NP_891992 (OMIM: 610215) rho guanine nucleotide exchan (580 aa)
initn: 3700 init1: 3700 opt: 3700 Z-score: 2740.6 bits: 517.1 E(85289): 6.5e-146
Smith-Waterman score: 3700; 100.0% identity (100.0% similar) in 548 aa overlap (72-619:33-580)
50 60 70 80 90 100
pF1KSD LVGTEPESERTEGDHRRDREHEVLAGALQPESYSIAGSEGSISASAASGLAAPSGPSSGL
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_891 GGHKGGRCACPRVIRKVLAKCGCCFARGGRESYSIAGSEGSISASAASGLAAPSGPSSGL
10 20 30 40 50 60
110 120 130 140 150 160
pF1KSD SSGPCSPGPPGPVSGLRRWLDHSKHCLSVETEADSGQAGPYENWMLEPALATGEELPELT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_891 SSGPCSPGPPGPVSGLRRWLDHSKHCLSVETEADSGQAGPYENWMLEPALATGEELPELT
70 80 90 100 110 120
170 180 190 200 210 220
pF1KSD LLTTLLEGPGDKTQPPEEETLSQAPESEEEQKKKALERSMYVLSELVETEKMYVDDLGQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_891 LLTTLLEGPGDKTQPPEEETLSQAPESEEEQKKKALERSMYVLSELVETEKMYVDDLGQI
130 140 150 160 170 180
230 240 250 260 270 280
pF1KSD VEGYMATMAAQGVPESLRGRDRIVFGNIQQIYEWHRDYFLQELQRCLKDPDWLAQLFIKH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_891 VEGYMATMAAQGVPESLRGRDRIVFGNIQQIYEWHRDYFLQELQRCLKDPDWLAQLFIKH
190 200 210 220 230 240
290 300 310 320 330 340
pF1KSD ERRLHMYVVYCQNKPKSEHVVSEFGDSYFEELRQQLGHRLQLNDLLIKPVQRIMKYQLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_891 ERRLHMYVVYCQNKPKSEHVVSEFGDSYFEELRQQLGHRLQLNDLLIKPVQRIMKYQLLL
250 260 270 280 290 300
350 360 370 380 390 400
pF1KSD KDFLKYYNRAGMDTADLEQAVEVMCFVPKRCNDMMTLGRLRGFEGKLTAQGKLLGQDTFW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_891 KDFLKYYNRAGMDTADLEQAVEVMCFVPKRCNDMMTLGRLRGFEGKLTAQGKLLGQDTFW
310 320 330 340 350 360
410 420 430 440 450 460
pF1KSD VTEPEAGGLLSSRGRERRVFLFEQIIIFSEALGGGVRGGTQPGYVYKNSIKVSCLGLEGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_891 VTEPEAGGLLSSRGRERRVFLFEQIIIFSEALGGGVRGGTQPGYVYKNSIKVSCLGLEGN
370 380 390 400 410 420
470 480 490 500 510 520
pF1KSD LQGDPCRFALTSRGPEGGIQRYVLQAADPAISQAWIKHVAQILESQRDFLNALQSPIEYQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_891 LQGDPCRFALTSRGPEGGIQRYVLQAADPAISQAWIKHVAQILESQRDFLNALQSPIEYQ
430 440 450 460 470 480
530 540 550 560 570 580
pF1KSD RRESQTNSLGRPRGPGVGSPGRIRLGDQAQGSTHTPINGSLPSLLLSPKGEVARALLPLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_891 RRESQTNSLGRPRGPGVGSPGRIRLGDQAQGSTHTPINGSLPSLLLSPKGEVARALLPLD
490 500 510 520 530 540
590 600 610
pF1KSD KQALGDIPQAPHDSPPVSPTPKTPPCQARLAKLDEDEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_891 KQALGDIPQAPHDSPPVSPTPKTPPCQARLAKLDEDEL
550 560 570 580
>>XP_016865292 (OMIM: 601893,617061) PREDICTED: triple f (2612 aa)
initn: 1396 init1: 1103 opt: 1594 Z-score: 1178.7 bits: 230.3 E(85289): 6.5e-59
Smith-Waterman score: 1612; 47.6% identity (72.7% similar) in 582 aa overlap (51-606:1322-1893)
30 40 50 60 70
pF1KSD GMLRACALPGQEGPPRRSPLGLVGTEPESERTEGDHRRDREHEVLAGALQPESYSIAG--
: .: ... . :.. : :. :
XP_016 LTSPVRRLSSGKADGHVKKLAHKHKKSREVRKSADAGSQKDSDDSAATPQDETVEERGRN
1300 1310 1320 1330 1340 1350
80 90 100 110 120
pF1KSD ---SEGSISASAASGLAAPSGPSSGLSSGPCSPGPPGPVSGLRRWL-------DHSKHCL
: :..: :..::. . : : .. : :: :.. .. : :... :
XP_016 EGLSSGTLSKSSSSGMQS-CGEEEGEEGADAVPLPP-PMAIQQHSLLQPDSQDDKASSRL
1360 1370 1380 1390 1400
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SVE-TEADSGQAGPYENWMLEPALATGEELPELTLLTTLLEGPGDKTQP---PEEETL--
:. : ... .:. . .: . . : . ..:: ::...: : ...:
XP_016 LVRPTSSETPSAAELVS-AIEELVKSKMALEDRP--SSLLVDQGDSSSPSFNPSDNSLLS
1410 1420 1430 1440 1450 1460
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SQAPESE-EEQKKKALERSMYVLSELVETEKMYVDDLGQIVEGYMATMAAQGVPESLRGR
:..: .: ::.:...:.: :::.::::::. :: ::: .:::::: : .:::....:.
XP_016 SSSPIDEMEERKSSSLKRRHYVLQELVETERDYVRDLGYVVEGYMALMKEDGVPDDMKGK
1470 1480 1490 1500 1510 1520
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DRIVFGNIQQIYEWHRDYFLQELQRCLKDPDWLAQLFIKHERRLHMYVVYCQNKPKSEHV
:.::::::.:::.::::.:: ::..::.::. :..::.:::::::::..::::::::::.
XP_016 DKIVFGNIHQIYDWHRDFFLGELEKCLEDPEKLGSLFVKHERRLHMYIAYCQNKPKSEHI
1530 1540 1550 1560 1570 1580
310 320 330 340 350 360
pF1KSD VSEFGDSYFEELRQQLGHRLQLNDLLIKPVQRIMKYQLLLKDFLKYYNRAGMDTADLEQA
:::. :..::.:.:.:::::::.::::::::::::::::::::::: ..:..::..::.:
XP_016 VSEYIDTFFEDLKQRLGHRLQLTDLLIKPVQRIMKYQLLLKDFLKYSKKASLDTSELERA
1590 1600 1610 1620 1630 1640
370 380 390 400 410 420
pF1KSD VEVMCFVPKRCNDMMTLGRLRGFEGKLTAQGKLLGQDTFWVTEPEAGGLLSSRGRERRVF
:::::.::.::::::..:::.::.::..:::::: :::: ::. .:: : : ::::.:
XP_016 VEVMCIVPRRCNDMMNVGRLQGFDGKIVAQGKLLLQDTFLVTDQDAG--LLPRCRERRIF
1650 1660 1670 1680 1690 1700
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LFEQIIIFSEALGGGVRGGTQPGYVYKNSIKVSCLGLEGNLQGDPCRFALTSRGPEGGIQ
:::::.:::: : .: ..::...::::::::: :: :...:::.:::::: . ..
XP_016 LFEQIVIFSEPLDKK-KGFSMPGFLFKNSIKVSCLCLEENVENDPCKFALTSRTGDV-VE
1710 1720 1730 1740 1750 1760
490 500 510 520 530 540
pF1KSD RYVLQAADPAISQAWIKHVAQILESQRDFLNALQSPIEYQRRESQTNSLGRPRGPGVGSP
..:....:.. :.::... ::::.::.::::: ::::::: .: .. : : : :.
XP_016 TFILHSSSPSVRQTWIHEINQILENQRNFLNALTSPIEYQRNHSGGGGGGGSGGSG-GGG
1770 1780 1790 1800 1810 1820
550 560 570 580 590
pF1KSD GRIRLGDQAQGSTHT--PIN-GSLPSLLLSPKGEV---ARALLP-LDKQALGDIPQAPHD
: : . :: :. : . :. :: : ... .: : : ..: .. .: .
XP_016 GSGGGGAPSGGSGHSGGPSSCGGAPSTSRSRPSRIPQPVRHHPPVLVSSAASSQAEADKM
1830 1840 1850 1860 1870 1880
600 610
pF1KSD SPPVSPTPKTPPCQARLAKLDEDEL
: .: :. ::
XP_016 SGTSTPGPSLPPPGAAPEAGPSAPSRRPPGADAEGSEREAEPIPKMKVLESPRKGAANAS
1890 1900 1910 1920 1930 1940
>--
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::
XP_016 GLVPCGSLCIAHSRSSMEMEGIFNHKDSLSVSSNDASPPASVASLQPHMIGAQSSPGPKR
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pF1KSD ---PCQARLAKLDEDEL
::
XP_011 GLVPCGSLCIAHSRSSMEMEGIFNHKDSLSVSSNDASPPASVASLQPHMIGAQSSPGPKR
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