Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA2038
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA2038, 874 aa
1>>>pF1KSDA2038 874 - 874 aa - 874 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.5211+/-0.00104; mu= -9.2011+/- 0.062
mean_var=484.1422+/-99.984, 0's: 0 Z-trim(116.5): 41 B-trim: 167 in 1/53
Lambda= 0.058289
statistics sampled from 17098 (17132) to 17098 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.792), E-opt: 0.2 (0.526), width: 16
Scan time: 5.800
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS54336.1 GAREM2 gene_id:150946|Hs108|chr2 ( 874) 6016 520.9 4e-147
CCDS54337.1 GAREM2 gene_id:150946|Hs108|chr2 ( 664) 3334 295.2 2.6e-79
CCDS11905.1 GAREM1 gene_id:64762|Hs108|chr18 ( 875) 1148 111.5 6.9e-24
CCDS56057.1 GAREM1 gene_id:64762|Hs108|chr18 ( 876) 1143 111.1 9.2e-24
>>CCDS54336.1 GAREM2 gene_id:150946|Hs108|chr2 (874 aa)
initn: 6016 init1: 6016 opt: 6016 Z-score: 2754.8 bits: 520.9 E(32554): 4e-147
Smith-Waterman score: 6016; 100.0% identity (100.0% similar) in 874 aa overlap (1-874:1-874)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEKLAAGLAGLRWSMGAFPLDLIVSRCRLPTLACLGPGEYAEGVSERDILLIHSCRQWTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MEKLAAGLAGLRWSMGAFPLDLIVSRCRLPTLACLGPGEYAEGVSERDILLIHSCRQWTT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD VTAHTLEEGHYVIGPKIDIPLQYPGKFKLLEQARDVREPVRYFSSVEEVASVFPDRIFVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VTAHTLEEGHYVIGPKIDIPLQYPGKFKLLEQARDVREPVRYFSSVEEVASVFPDRIFVM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EAITFSVKVVSGEFSEDSEVYNFTLHAGDELTLMGQAEILCAKTTKERSRFTTLLRKLGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EAITFSVKVVSGEFSEDSEVYNFTLHAGDELTLMGQAEILCAKTTKERSRFTTLLRKLGR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD AGALAGVGGGGPASAGAAGGTGGGGARPVKGKMPCLICMNHRTNESLSLPFQCQGRFSTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 AGALAGVGGGGPASAGAAGGTGGGGARPVKGKMPCLICMNHRTNESLSLPFQCQGRFSTR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SPLELQMQEGEHTVRAIIERVRLPVNVLVPSRPPRNPYDLHPVREGHCYKLVSIISKTVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SPLELQMQEGEHTVRAIIERVRLPVNVLVPSRPPRNPYDLHPVREGHCYKLVSIISKTVV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LGLALRREGPAPLHFLLLTDTPRFALPQGLLAGDPRVERLVRDSASYCRERFDPDEYSTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LGLALRREGPAPLHFLLLTDTPRFALPQGLLAGDPRVERLVRDSASYCRERFDPDEYSTA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD VREAPAELAEDCASPRRARLCLPAPRAPGLARAPGPLAPAPAGEGDQEYVSPDWAAAPEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VREAPAELAEDCASPRRARLCLPAPRAPGLARAPGPLAPAPAGEGDQEYVSPDWAAAPEP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD AAPPAEIPYEELWAHQGPEGLVRPPPGLDLISFGAAGPPRREPEAPPPPVPPKSEAVKEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 AAPPAEIPYEELWAHQGPEGLVRPPPGLDLISFGAAGPPRREPEAPPPPVPPKSEAVKEE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD CRLLNAPPVPPRGGNGSGRLSSSPPVPPRFPKLQPVHSPSSSLSYYSSGLQDGAGSRSGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 CRLLNAPPVPPRGGNGSGRLSSSPPVPPRFPKLQPVHSPSSSLSYYSSGLQDGAGSRSGS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD GSPSPDTYSLYCYPCTWGDCKVGESSSRPAPGPLPSTTQPSQASRALTEPLSGRAASLLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GSPSPDTYSLYCYPCTWGDCKVGESSSRPAPGPLPSTTQPSQASRALTEPLSGRAASLLG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD ADTPVKTYHSCPPLFKPSHPQKRFAPFGALNPFSGPAYPSGPSAALSSGPRTTSGPVATS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ADTPVKTYHSCPPLFKPSHPQKRFAPFGALNPFSGPAYPSGPSAALSSGPRTTSGPVATS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD GPAYSPGPASPGQAYSAAPPSSCAPSSSSSSEWQEPVLEPFDPFELGQGSSPEPELLRSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GPAYSPGPASPGQAYSAAPPSSCAPSSSSSSEWQEPVLEPFDPFELGQGSSPEPELLRSQ
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD EPRAVGTPGPGPRLSPLGPSKAFEPEGLVLHQVPTPLSPAALQGPEAGGALFLTQGRLEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EPRAVGTPGPGPRLSPLGPSKAFEPEGLVLHQVPTPLSPAALQGPEAGGALFLTQGRLEG
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD PPASPRDGATGFGVRDASSWQPPADLSALSLEEVSRSLRFIGLSEDVVSFFARERIDGSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PPASPRDGATGFGVRDASSWQPPADLSALSLEEVSRSLRFIGLSEDVVSFFARERIDGSI
790 800 810 820 830 840
850 860 870
pF1KSD FVQLSEDILADDFHLTKLQVKKIMQFIKGWRPKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 FVQLSEDILADDFHLTKLQVKKIMQFIKGWRPKI
850 860 870
>>CCDS54337.1 GAREM2 gene_id:150946|Hs108|chr2 (664 aa)
initn: 3312 init1: 3312 opt: 3334 Z-score: 1537.4 bits: 295.2 E(32554): 2.6e-79
Smith-Waterman score: 4253; 83.2% identity (83.2% similar) in 791 aa overlap (84-874:7-664)
60 70 80 90 100 110
pF1KSD SCRQWTTVTAHTLEEGHYVIGPKIDIPLQYPGKFKLLEQARDVREPVRYFSSVEEVASVF
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MHRMPDPGKFKLLEQARDVREPVRYFSSVEEVASVF
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KSD PDRIFVMEAITFSVKVVSGEFSEDSEVYNFTLHAGDELTLMGQAEILCAKTTKERSRFTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PDRIFVMEAITFSVKVVSGEFSEDSEVYNFTLHAGDELTLMGQAEILCAKTTKERSRFTT
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KSD LLRKLGRAGALAGVGGGGPASAGAAGGTGGGGARPVKGKMPCLICMNHRTNESLSLPFQC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LLRKLGRAGALAGVGGGGPASAGAAGGTGGGGARPVKGKMPCLICMNHRTNESLSLPFQC
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KSD QGRFSTRSPLELQMQEGEHTVRAIIERVRLPVNVLVPSRPPRNPYDLHPVREGHCYKLVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QGRFSTRSPLELQMQEGEHTVRAIIERVRLPVNVLVPSRPPRNPYDLHPVREGHCYKLVS
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340 350
pF1KSD IISKTVVLGLALRREGPAPLHFLLLTDTPRFALPQGLLAGDPRVERLVRDSASYCRERFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 IISKTVVLGLALRREGPAPLHFLLLTDTPRFALPQGLLAGDPRVERLVRDSASYCRERFD
220 230 240 250 260 270
360 370 380 390 400 410
pF1KSD PDEYSTAVREAPAELAEDCASPRRARLCLPAPRAPGLARAPGPLAPAPAGEGDQEYVSPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PDEYSTAVREAPAELAEDCASPRRARLCLPAPRAPGLARAPGPLAPAPAGEGDQEYVSPD
280 290 300 310 320 330
420 430 440 450 460 470
pF1KSD WAAAPEPAAPPAEIPYEELWAHQGPEGLVRPPPGLDLISFGAAGPPRREPEAPPPPVPPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 WAAAPEPAAPPAEIPYEELWAHQGPEGLVRPPPGLDLISFGAAGPPRREPEAPPPPVPPK
340 350 360 370 380 390
480 490 500 510 520 530
pF1KSD SEAVKEECRLLNAPPVPPRGGNGSGRLSSSPPVPPRFPKLQPVHSPSSSLSYYSSGLQDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SEAVKEECRLLNAPPVPPRGGNGSGRLSSSPPVPPRFPKLQPVHSPSSSLSYYSSGLQDG
400 410 420 430 440 450
540 550 560 570 580 590
pF1KSD AGSRSGSGSPSPDTYSLYCYPCTWGDCKVGESSSRPAPGPLPSTTQPSQASRALTEPLSG
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 AGSRSGSGSPSPDTYSLYCYPCTWGDCK--------------------------------
460 470 480
600 610 620 630 640 650
pF1KSD RAASLLGADTPVKTYHSCPPLFKPSHPQKRFAPFGALNPFSGPAYPSGPSAALSSGPRTT
CCDS54 ------------------------------------------------------------
660 670 680 690 700 710
pF1KSD SGPVATSGPAYSPGPASPGQAYSAAPPSSCAPSSSSSSEWQEPVLEPFDPFELGQGSSPE
:::::::::::::::::::
CCDS54 -----------------------------------------EPVLEPFDPFELGQGSSPE
490 500
720 730 740 750 760 770
pF1KSD PELLRSQEPRAVGTPGPGPRLSPLGPSKAFEPEGLVLHQVPTPLSPAALQGPEAGGALFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PELLRSQEPRAVGTPGPGPRLSPLGPSKAFEPEGLVLHQVPTPLSPAALQGPEAGGALFL
510 520 530 540 550 560
780 790 800 810 820 830
pF1KSD TQGRLEGPPASPRDGATGFGVRDASSWQPPADLSALSLEEVSRSLRFIGLSEDVVSFFAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TQGRLEGPPASPRDGATGFGVRDASSWQPPADLSALSLEEVSRSLRFIGLSEDVVSFFAR
570 580 590 600 610 620
840 850 860 870
pF1KSD ERIDGSIFVQLSEDILADDFHLTKLQVKKIMQFIKGWRPKI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ERIDGSIFVQLSEDILADDFHLTKLQVKKIMQFIKGWRPKI
630 640 650 660
>>CCDS11905.1 GAREM1 gene_id:64762|Hs108|chr18 (875 aa)
initn: 1551 init1: 799 opt: 1148 Z-score: 542.4 bits: 111.5 E(32554): 6.9e-24
Smith-Waterman score: 2200; 44.3% identity (64.0% similar) in 959 aa overlap (4-874:7-875)
10 20 30 40 50
pF1KSD MEKLAAGLAGLRWSMGAFPLDLIVSRCRLPTLACLGPGEYAEGVSERDILLIHSCRQ
:. .: ..:: : ::::.:: ::: .: : :: .::. : : ::::::::
CCDS11 MDPAPSLGCSLKDVKWSSVAVPLDLLVSTYRLPQIARLDNGECVEGLRENDYLLIHSCRQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD WTTVTAHTLEEGHYVIGPKIDIPLQYPGKFKLLEQARDVREPVRYFSSVEEVASVFPDRI
:::.:::.::::::::::::.::..: :.:::::: ::..:::.::.::::::..::.:.
CCDS11 WTTITAHSLEEGHYVIGPKIEIPVHYAGQFKLLEQDRDIKEPVQYFNSVEEVAKAFPERV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD FVMEAITFSVKVVSGEFSEDSEVYNFTLHAGDELTLMGQAEILCAKTTKERSRFTTLLRK
.::: :::.:::.::: .::.::::.:: .::::::::::::: ::: ::.::..:...:
CCDS11 YVMEDITFNVKVASGECNEDTEVYNITLCTGDELTLMGQAEILYAKTFKEKSRLNTIFKK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD LGRAGALAGVGGGGPASAGAAGGTGGGGARPVKGKMPCLICMNHRTNESLSLPFQCQGRF
.:. .... .: :::::::::::::::::.::::::.:::
CCDS11 IGKLNSISKLG---------------------KGKMPCLICMNHRTNESISLPFQCKGRF
190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KSD STRSPLELQMQEGEHTVRAIIERVRLPVNVLVPSRPPRNPYDLHPVREGHCYKLVSIISK
::::::::::::::::.: :.:..:::::: ::: ::::::::: .:::: ::.:.: .:
CCDS11 STRSPLELQMQEGEHTIRNIVEKTRLPVNVTVPSPPPRNPYDLHFIREGHRYKFVNIQTK
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KSD TVVLGLALRREGPAPLHFLLLTDTPRFALPQGLLAGDPRVERLVRDSASYCRERFDPDEY
:::. .:: . :.:: : .:.:.::. :. :. : ::. . :.:.:: :::
CCDS11 TVVVCCVLRNNKILPMHFPLHLTVPKFSLPEHLVKGESWPETLVHHWLGICQEQFDIDEY
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390
pF1KSD STAVREAPAELAEDCASPRRARLCLPAPRAPG-LARA-----------------------
: :::.. .. :.: ::...: : ..:. :. :
CCDS11 SRAVRDVKTDWNEECKSPKKGR-CSGHNHVPNSLSYARDELTQSFHRLSVCVYGNNLHGN
340 350 360 370 380 390
400 410 420 430
pF1KSD -----------PGPLAPAP--------AGEGDQEYVSPDWAAAPEPAAPP--AEIPYEEL
: :: : .:.. ..:. :. :. : :. : .:.:::::
CCDS11 SEVNLHGCRDLGGDWAPFPHDILPYQDSGDSGSDYLFPE--ASEESAGIPGKSELPYEEL
400 410 420 430 440 450
440 450 460
pF1KSD WAHQG-P------------------EGLVR--------PPPGLDLISFGAAGPPRREPEA
: ..: : .: :: : :: ..::: .
CCDS11 WLEEGKPSHQPLTRSLSEKNRCDQFRGSVRSKCATSPLPIPG----TLGAA-VKSSDTAL
460 470 480 490 500 510
470 480 490 500 510 520
pF1KSD PPPPVPPKSEAVKEECRLLNAPPVPPRGGNGSGRLSSSPPVPPRF--PKLQPVHSPSSSL
::::::::::::.::::::::::::::... ::.:: .::: : : ..::: .:
CCDS11 PPPPVPPKSEAVREECRLLNAPPVPPRSAKP---LSTSPSIPPRTVKPARQQTRSPSPTL
520 530 540 550 560
530 540 550 560 570 580
pF1KSD SYYSSGLQDGAGSRSGSGSPSPDTYSLYCYPCTWGDCKVGESSSRPAPGPLPSTTQPSQA
:::::::.. . ... . .:: .: . ::::. .: ...: .:. : . . .
CCDS11 SYYSSGLHNIV-TKTDT-NPSEST-PVSCYPCN----RV-KTDSVDLKSPFGSPSAEAVS
570 580 590 600 610 620
590 600 610 620 630
pF1KSD SRALTEP--LSGRAASLLGAD---TPVKTYHSCPPLFKPSHPQKRF-APFGALNPFSGPA
:: :. : :: . : .: : ..: : : :. :.. ::: :.:
CCDS11 SR-LSWPNHYSGASESQTRSDFLLDPSRSY-SYPRQKTPGTPKRNCPAPFD----FDGCE
630 640 650 660 670
640 650 660 670 680 690
pF1KSD YPSGPSAALSSGPRTTSGPVATSGPAYSPGPASPGQAYSAAPPSSCAPSSSSSSEWQEPV
..:.. : :. ..:: : : . . .. .: : . ...: . :.
CCDS11 LLASPTS-----PVTAEFSSSVSG-----CPKSASYSLESTDVKSLAAGVTKQST-SCPA
680 690 700 710 720
700 710 720 730 740 750
pF1KSD LEPFDP----FELGQGSSPEPELLRSQE--PRAVGTPGPGPRLSPLGPSKAFEPEGLV-L
: : : .... .:: : . . : :.. :.: :. .. : .:. .
CCDS11 LPPRAPKLVEEKVASETSPLPLKIDGAEEDPKS-GSPD-------LSEDQYFVKKGMQDI
730 740 750 760 770
760 770 780 790 800
pF1KSD HQVPTPLS-PAALQGPEAGGALFLTQGRLEGPPASPRDGATGFGVRDASSWQPPADLSAL
.. :.: : :: .:: . : :.: ::::::::.:
CCDS11 FSASYPFSSPLHLQ-------------------LAPR--SCG----DGSPWQPPADLSGL
780 790 800 810
810 820 830 840 850 860
pF1KSD SLEEVSRSLRFIGLSEDVVSFFARERIDGSIFVQLSEDILADDFHLTKLQVKKIMQFIKG
:.::::.:::::::::::.:::. :.:::...:::.:.::..::.:.:::::::::::.:
CCDS11 SIEEVSKSLRFIGLSEDVISFFVTEKIDGNLLVQLTEEILSEDFKLSKLQVKKIMQFING
820 830 840 850 860 870
870
pF1KSD WRPKI
:::::
CCDS11 WRPKI
>>CCDS56057.1 GAREM1 gene_id:64762|Hs108|chr18 (876 aa)
initn: 1448 init1: 799 opt: 1143 Z-score: 540.1 bits: 111.1 E(32554): 9.2e-24
Smith-Waterman score: 2209; 44.3% identity (64.0% similar) in 959 aa overlap (4-874:7-876)
10 20 30 40 50
pF1KSD MEKLAAGLAGLRWSMGAFPLDLIVSRCRLPTLACLGPGEYAEGVSERDILLIHSCRQ
:. .: ..:: : ::::.:: ::: .: : :: .::. : : ::::::::
CCDS56 MDPAPSLGCSLKDVKWSSVAVPLDLLVSTYRLPQIARLDNGECVEGLRENDYLLIHSCRQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD WTTVTAHTLEEGHYVIGPKIDIPLQYPGKFKLLEQARDVREPVRYFSSVEEVASVFPDRI
:::.:::.::::::::::::.::..: :.:::::: ::..:::.::.::::::..::.:.
CCDS56 WTTITAHSLEEGHYVIGPKIEIPVHYAGQFKLLEQDRDIKEPVQYFNSVEEVAKAFPERV
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD FVMEAITFSVKVVSGEFSEDSEVYNFTLHAGDELTLMGQAEILCAKTTKERSRFTTLLRK
.::: :::.:::.::: .::.::::.:: .::::::::::::: ::: ::.::..:...:
CCDS56 YVMEDITFNVKVASGECNEDTEVYNITLCTGDELTLMGQAEILYAKTFKEKSRLNTIFKK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD LGRAGALAGVGGGGPASAGAAGGTGGGGARPVKGKMPCLICMNHRTNESLSLPFQCQGRF
.:. .... .: :::::::::::::::::.::::::.:::
CCDS56 IGKLNSISKLG---------------------KGKMPCLICMNHRTNESISLPFQCKGRF
190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KSD STRSPLELQMQEGEHTVRAIIERVRLPVNVLVPSRPPRNPYDLHPVREGHCYKLVSIISK
::::::::::::::::.: :.:..:::::: ::: ::::::::: .:::: ::.:.: .:
CCDS56 STRSPLELQMQEGEHTIRNIVEKTRLPVNVTVPSPPPRNPYDLHFIREGHRYKFVNIQTK
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KSD TVVLGLALRREGPAPLHFLLLTDTPRFALPQGLLAGDPRVERLVRDSASYCRERFDPDEY
:::. .:: . :.:: : .:.:.::. :. :. : ::. . :.:.:: :::
CCDS56 TVVVCCVLRNNKILPMHFPLHLTVPKFSLPEHLVKGESWPETLVHHWLGICQEQFDIDEY
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390
pF1KSD STAVREAPAELAEDCASPRRARLCLPAPRAPG-LARA-----------------------
: :::.. .. :.: ::...: : ..:. :. :
CCDS56 SRAVRDVKTDWNEECKSPKKGR-CSGHNHVPNSLSYARDELTQSFHRLSVCVYGNNLHGN
340 350 360 370 380 390
400 410 420 430
pF1KSD -----------PGPLAPAP--------AGEGDQEYVSPDWAAAPEPAAPP--AEIPYEEL
: :: : .:.. ..:. :. :. : :. : .:.:::::
CCDS56 SEVNLHGCRDLGGDWAPFPHDILPYQDSGDSGSDYLFPE--ASEESAGIPGKSELPYEEL
400 410 420 430 440 450
440 450 460
pF1KSD WAHQG-P------------------EGLVR--------PPPGLDLISFGAAGPPRREPEA
: ..: : .: :: : :: ..::: .
CCDS56 WLEEGKPSHQPLTRSLSEKNRCDQFRGSVRSKCATSPLPIPG----TLGAA-VKSSDTAL
460 470 480 490 500 510
470 480 490 500 510 520
pF1KSD PPPPVPPKSEAVKEECRLLNAPPVPPRGGNGSGRLSSSPPVPPRF--PKLQPVHSPSSSL
::::::::::::.::::::::::::::... ::.:: .::: : : ..::: .:
CCDS56 PPPPVPPKSEAVREECRLLNAPPVPPRSAKP---LSTSPSIPPRTVKPARQQTRSPSPTL
520 530 540 550 560
530 540 550 560 570 580
pF1KSD SYYSSGLQDGAGSRSGSGSPSPDTYSLYCYPCTWGDCKVGESSSRPAPGPLPSTTQPSQA
:::::::.. . ... . .:: .: . ::::. .: ...: .:. : . . .
CCDS56 SYYSSGLHNISVTKTDT-NPSEST-PVSCYPCN----RV-KTDSVDLKSPFGSPSAEAVS
570 580 590 600 610 620
590 600 610 620 630
pF1KSD SRALTEP--LSGRAASLLGAD---TPVKTYHSCPPLFKPSHPQKRF-APFGALNPFSGPA
:: :. : :: . : .: : ..: : : :. :.. ::: :.:
CCDS56 SR-LSWPNHYSGASESQTRSDFLLDPSRSY-SYPRQKTPGTPKRNCPAPFD----FDGCE
630 640 650 660 670
640 650 660 670 680 690
pF1KSD YPSGPSAALSSGPRTTSGPVATSGPAYSPGPASPGQAYSAAPPSSCAPSSSSSSEWQEPV
..:.. : :. ..:: : : . . .. .: : . ...: . :.
CCDS56 LLASPTS-----PVTAEFSSSVSG-----CPKSASYSLESTDVKSLAAGVTKQST-SCPA
680 690 700 710 720
700 710 720 730 740 750
pF1KSD LEPFDP----FELGQGSSPEPELLRSQE--PRAVGTPGPGPRLSPLGPSKAFEPEGLV-L
: : : .... .:: : . . : :.. :.: :. .. : .:. .
CCDS56 LPPRAPKLVEEKVASETSPLPLKIDGAEEDPKS-GSPD-------LSEDQYFVKKGMQDI
730 740 750 760 770
760 770 780 790 800
pF1KSD HQVPTPLS-PAALQGPEAGGALFLTQGRLEGPPASPRDGATGFGVRDASSWQPPADLSAL
.. :.: : :: .:: . : :.: ::::::::.:
CCDS56 FSASYPFSSPLHLQ-------------------LAPR--SCG----DGSPWQPPADLSGL
780 790 800 810
810 820 830 840 850 860
pF1KSD SLEEVSRSLRFIGLSEDVVSFFARERIDGSIFVQLSEDILADDFHLTKLQVKKIMQFIKG
:.::::.:::::::::::.:::. :.:::...:::.:.::..::.:.:::::::::::.:
CCDS56 SIEEVSKSLRFIGLSEDVISFFVTEKIDGNLLVQLTEEILSEDFKLSKLQVKKIMQFING
820 830 840 850 860 870
870
pF1KSD WRPKI
:::::
CCDS56 WRPKI
874 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 08:00:35 2016 done: Thu Nov 3 08:00:36 2016
Total Scan time: 5.800 Total Display time: 0.130
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]