Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1963
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1963, 323 aa
1>>>pF1KSDA1963 323 - 323 aa - 323 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4581+/-0.000312; mu= 12.0066+/- 0.020
mean_var=117.8236+/-23.629, 0's: 0 Z-trim(119.0): 13 B-trim: 30 in 1/54
Lambda= 0.118157
statistics sampled from 32539 (32552) to 32539 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.729), E-opt: 0.2 (0.382), width: 16
Scan time: 5.970
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_542780 (OMIM: 607497) galactosylgalactosylxylos ( 323) 2195 384.7 1.4e-106
NP_473366 (OMIM: 151290) galactosylgalactosylxylos ( 334) 985 178.4 1.8e-44
XP_016873039 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylg ( 334) 985 178.4 1.8e-44
NP_061114 (OMIM: 151290) galactosylgalactosylxylos ( 334) 985 178.4 1.8e-44
XP_011541053 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylg ( 347) 985 178.4 1.9e-44
XP_005271563 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylg ( 347) 985 178.4 1.9e-44
XP_011541055 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylg ( 347) 985 178.4 1.9e-44
XP_016873040 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylg ( 347) 985 178.4 1.9e-44
XP_016873041 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylg ( 230) 843 154.1 2.6e-37
NP_001275650 (OMIM: 245600,606374) galactosylgalac ( 328) 578 109.0 1.4e-23
NP_036332 (OMIM: 245600,606374) galactosylgalactos ( 335) 578 109.0 1.4e-23
NP_001275651 (OMIM: 245600,606374) galactosylgalac ( 319) 513 97.9 2.9e-20
NP_001275652 (OMIM: 245600,606374) galactosylgalac ( 315) 503 96.2 9.4e-20
>>NP_542780 (OMIM: 607497) galactosylgalactosylxylosylpr (323 aa)
initn: 2195 init1: 2195 opt: 2195 Z-score: 2034.2 bits: 384.7 E(85289): 1.4e-106
Smith-Waterman score: 2195; 100.0% identity (100.0% similar) in 323 aa overlap (1-323:1-323)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MKSALFTRFFILLPWILIVIIMLDVDTRRPVPPLTPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 MKSALFTRFFILLPWILIVIIMLDVDTRRPVPPLTPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD HGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYSRPVQKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 HGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYSRPVQKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD ARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYKRPGLPRATEQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 ARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYKRPGLPRATEQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKVSVWPVGLVGGRRYERPLVENGKVVGWYTGWRADRPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 LFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKVSVWPVGLVGGRRYERPLVENGKVVGWYTGWRADRPF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD AIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFKRRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_542 AIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFKRRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWH
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KSD TRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
:::::::::::::::::::::::
NP_542 TRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
310 320
>>NP_473366 (OMIM: 151290) galactosylgalactosylxylosylpr (334 aa)
initn: 1022 init1: 363 opt: 985 Z-score: 919.3 bits: 178.4 E(85289): 1.8e-44
Smith-Waterman score: 997; 50.3% identity (70.5% similar) in 336 aa overlap (10-323:12-334)
10 20 30 40
pF1KSD MKSALFTRFFILLPWILIVII--------MLDV------DTRRPVPP-LTPRPYFSPY
.:.::: :.. . .: : : :: .:: :: : .
NP_473 MPKRRDILAIVLIVLPWTLLITVWHQSTLAPLLAVHKDEGSDPRRETPPGADPREYCTS-
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KSD AVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYSRPVQKAELTRLAN
: ... .: . .:: : . ::::...:::::::::::::::.::
NP_473 --DRDIVEV-VRT--------EYVYTRPPPWSDT-LPTIHVVTPTYSRPVQKAELTRMAN
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150
pF1KSD TFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYK------RPGLPRAT
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NP_473 TLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLLRDTGLNYTHLHVETPRNYKLRGDARDPRIPRGT
110 120 130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KSD EQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGVLFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKVSVWPVGLVGGRRY
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NP_473 MQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFADDDNTYSLELFEEMRSTRRVSVWPVAFVGGLRY
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KSD ERPLVEN-GKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFKRRGSQPGMQESDF
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NP_473 EAPRVNGAGKVVGWKTVFDPHRPFAIDMAGFAVNLRLILQRSQAYFKLRGVKGGYQESSL
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320
pF1KSD LKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
:....:...::::: ::::.::::::::: :.:: : . ..:.
NP_473 LRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRTEKPVLVNEGKKGFTDPSVEI
290 300 310 320 330
>>XP_016873039 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylgalac (334 aa)
initn: 1022 init1: 363 opt: 985 Z-score: 919.3 bits: 178.4 E(85289): 1.8e-44
Smith-Waterman score: 997; 50.3% identity (70.5% similar) in 336 aa overlap (10-323:12-334)
10 20 30 40
pF1KSD MKSALFTRFFILLPWILIVII--------MLDV------DTRRPVPP-LTPRPYFSPY
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XP_016 MPKRRDILAIVLIVLPWTLLITVWHQSTLAPLLAVHKDEGSDPRRETPPGADPREYCTS-
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KSD AVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYSRPVQKAELTRLAN
: ... .: . .:: : . ::::...:::::::::::::::.::
XP_016 --DRDIVEV-VRT--------EYVYTRPPPWSDT-LPTIHVVTPTYSRPVQKAELTRMAN
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150
pF1KSD TFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYK------RPGLPRAT
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XP_016 TLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLLRDTGLNYTHLHVETPRNYKLRGDARDPRIPRGT
110 120 130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KSD EQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGVLFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKVSVWPVGLVGGRRY
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XP_016 MQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFADDDNTYSLELFEEMRSTRRVSVWPVAFVGGLRY
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KSD ERPLVEN-GKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFKRRGSQPGMQESDF
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XP_016 EAPRVNGAGKVVGWKTVFDPHRPFAIDMAGFAVNLRLILQRSQAYFKLRGVKGGYQESSL
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320
pF1KSD LKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
:....:...::::: ::::.::::::::: :.:: : . ..:.
XP_016 LRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRTEKPVLVNEGKKGFTDPSVEI
290 300 310 320 330
>>NP_061114 (OMIM: 151290) galactosylgalactosylxylosylpr (334 aa)
initn: 1022 init1: 363 opt: 985 Z-score: 919.3 bits: 178.4 E(85289): 1.8e-44
Smith-Waterman score: 997; 50.3% identity (70.5% similar) in 336 aa overlap (10-323:12-334)
10 20 30 40
pF1KSD MKSALFTRFFILLPWILIVII--------MLDV------DTRRPVPP-LTPRPYFSPY
.:.::: :.. . .: : : :: .:: :: : .
NP_061 MPKRRDILAIVLIVLPWTLLITVWHQSTLAPLLAVHKDEGSDPRRETPPGADPREYCTS-
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KSD AVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYSRPVQKAELTRLAN
: ... .: . .:: : . ::::...:::::::::::::::.::
NP_061 --DRDIVEV-VRT--------EYVYTRPPPWSDT-LPTIHVVTPTYSRPVQKAELTRMAN
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150
pF1KSD TFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYK------RPGLPRAT
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NP_061 TLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLLRDTGLNYTHLHVETPRNYKLRGDARDPRIPRGT
110 120 130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KSD EQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGVLFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKVSVWPVGLVGGRRY
::: .: :::. .. .::::..:::::::::::::.:::.::.::::::..::: ::
NP_061 MQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFADDDNTYSLELFEEMRSTRRVSVWPVAFVGGLRY
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KSD ERPLVEN-GKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFKRRGSQPGMQESDF
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NP_061 EAPRVNGAGKVVGWKTVFDPHRPFAIDMAGFAVNLRLILQRSQAYFKLRGVKGGYQESSL
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320
pF1KSD LKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
:....:...::::: ::::.::::::::: :.:: : . ..:.
NP_061 LRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRTEKPVLVNEGKKGFTDPSVEI
290 300 310 320 330
>>XP_011541053 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylgalac (347 aa)
initn: 993 init1: 363 opt: 985 Z-score: 919.1 bits: 178.4 E(85289): 1.9e-44
Smith-Waterman score: 997; 50.3% identity (70.5% similar) in 336 aa overlap (10-323:25-347)
10 20 30
pF1KSD MKSALFTRFFILLPWILIVII--------MLDV------DTRRPV
.:.::: :.. . .: : : :: .
XP_011 MGNEEPWVQPALEMPKRRDILAIVLIVLPWTLLITVWHQSTLAPLLAVHKDEGSDPRRET
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KSD PP-LTPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYS
:: :: : . : ... .: . .:: : . ::::...:::::
XP_011 PPGADPREYCTS---DRDIVEV-VRT--------EYVYTRPPPWSDT-LPTIHVVTPTYS
70 80 90 100
100 110 120 130 140
pF1KSD RPVQKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYK-
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XP_011 RPVQKAELTRMANTLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLLRDTGLNYTHLHVETPRNYKL
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KSD -----RPGLPRATEQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGVLFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKV
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XP_011 RGDARDPRIPRGTMQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFADDDNTYSLELFEEMRSTRRV
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KSD SVWPVGLVGGRRYERPLVEN-GKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFK
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XP_011 SVWPVAFVGGLRYEAPRVNGAGKVVGWKTVFDPHRPFAIDMAGFAVNLRLILQRSQAYFK
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KSD RRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
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XP_011 LRGVKGGYQESSLLRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRTEKPVLVNEGKKGFTDPSVEI
290 300 310 320 330 340
>>XP_005271563 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylgalac (347 aa)
initn: 993 init1: 363 opt: 985 Z-score: 919.1 bits: 178.4 E(85289): 1.9e-44
Smith-Waterman score: 997; 50.3% identity (70.5% similar) in 336 aa overlap (10-323:25-347)
10 20 30
pF1KSD MKSALFTRFFILLPWILIVII--------MLDV------DTRRPV
.:.::: :.. . .: : : :: .
XP_005 MGNEEPWVQPALEMPKRRDILAIVLIVLPWTLLITVWHQSTLAPLLAVHKDEGSDPRRET
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KSD PP-LTPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYS
:: :: : . : ... .: . .:: : . ::::...:::::
XP_005 PPGADPREYCTS---DRDIVEV-VRT--------EYVYTRPPPWSDT-LPTIHVVTPTYS
70 80 90 100
100 110 120 130 140
pF1KSD RPVQKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYK-
::::::::::.:::. .: .:::..:::: :. :..:.: .:: ::::: ::: ::
XP_005 RPVQKAELTRMANTLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLLRDTGLNYTHLHVETPRNYKL
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KSD -----RPGLPRATEQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGVLFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKV
: .::.: ::: .: :::. .. .::::..:::::::::::::.:::.::.:
XP_005 RGDARDPRIPRGTMQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFADDDNTYSLELFEEMRSTRRV
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KSD SVWPVGLVGGRRYERPLVEN-GKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFK
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XP_005 SVWPVAFVGGLRYEAPRVNGAGKVVGWKTVFDPHRPFAIDMAGFAVNLRLILQRSQAYFK
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KSD RRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
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XP_005 LRGVKGGYQESSLLRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRTEKPVLVNEGKKGFTDPSVEI
290 300 310 320 330 340
>>XP_011541055 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylgalac (347 aa)
initn: 993 init1: 363 opt: 985 Z-score: 919.1 bits: 178.4 E(85289): 1.9e-44
Smith-Waterman score: 997; 50.3% identity (70.5% similar) in 336 aa overlap (10-323:25-347)
10 20 30
pF1KSD MKSALFTRFFILLPWILIVII--------MLDV------DTRRPV
.:.::: :.. . .: : : :: .
XP_011 MGNEEPWVQPALEMPKRRDILAIVLIVLPWTLLITVWHQSTLAPLLAVHKDEGSDPRRET
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KSD PP-LTPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYS
:: :: : . : ... .: . .:: : . ::::...:::::
XP_011 PPGADPREYCTS---DRDIVEV-VRT--------EYVYTRPPPWSDT-LPTIHVVTPTYS
70 80 90 100
100 110 120 130 140
pF1KSD RPVQKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYK-
::::::::::.:::. .: .:::..:::: :. :..:.: .:: ::::: ::: ::
XP_011 RPVQKAELTRMANTLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLLRDTGLNYTHLHVETPRNYKL
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KSD -----RPGLPRATEQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGVLFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKV
: .::.: ::: .: :::. .. .::::..:::::::::::::.:::.::.:
XP_011 RGDARDPRIPRGTMQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFADDDNTYSLELFEEMRSTRRV
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KSD SVWPVGLVGGRRYERPLVEN-GKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFK
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XP_011 SVWPVAFVGGLRYEAPRVNGAGKVVGWKTVFDPHRPFAIDMAGFAVNLRLILQRSQAYFK
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KSD RRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
:: . :.:::..:....:...::::: ::::.::::::::: :.:: : . ..:.
XP_011 LRGVKGGYQESSLLRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRTEKPVLVNEGKKGFTDPSVEI
290 300 310 320 330 340
>>XP_016873040 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylgalac (347 aa)
initn: 993 init1: 363 opt: 985 Z-score: 919.1 bits: 178.4 E(85289): 1.9e-44
Smith-Waterman score: 997; 50.3% identity (70.5% similar) in 336 aa overlap (10-323:25-347)
10 20 30
pF1KSD MKSALFTRFFILLPWILIVII--------MLDV------DTRRPV
.:.::: :.. . .: : : :: .
XP_016 MGNEEPWVQPALEMPKRRDILAIVLIVLPWTLLITVWHQSTLAPLLAVHKDEGSDPRRET
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KSD PP-LTPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYS
:: :: : . : ... .: . .:: : . ::::...:::::
XP_016 PPGADPREYCTS---DRDIVEV-VRT--------EYVYTRPPPWSDT-LPTIHVVTPTYS
70 80 90 100
100 110 120 130 140
pF1KSD RPVQKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYK-
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XP_016 RPVQKAELTRMANTLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLLRDTGLNYTHLHVETPRNYKL
110 120 130 140 150 160
150 160 170 180 190 200
pF1KSD -----RPGLPRATEQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGVLFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKV
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XP_016 RGDARDPRIPRGTMQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFADDDNTYSLELFEEMRSTRRV
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KSD SVWPVGLVGGRRYERPLVEN-GKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFK
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XP_016 SVWPVAFVGGLRYEAPRVNGAGKVVGWKTVFDPHRPFAIDMAGFAVNLRLILQRSQAYFK
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270 280 290 300 310 320
pF1KSD RRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
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XP_016 LRGVKGGYQESSLLRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRTEKPVLVNEGKKGFTDPSVEI
290 300 310 320 330 340
>>XP_016873041 (OMIM: 151290) PREDICTED: galactosylgalac (230 aa)
initn: 840 init1: 363 opt: 843 Z-score: 790.7 bits: 154.1 E(85289): 2.6e-37
Smith-Waterman score: 843; 56.5% identity (78.3% similar) in 230 aa overlap (101-323:1-230)
80 90 100 110 120 130
pF1KSD PQPQPEPQLPTIYAITPTYSRPVQKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFL
.:::. .: .:::..:::: :. :..:.:
XP_016 MANTLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLL
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140 150 160 170 180
pF1KSD ARAGLPSTHLHVPTPRRYK------RPGLPRATEQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGVLFFA
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XP_016 RDTGLNYTHLHVETPRNYKLRGDARDPRIPRGTMQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFA
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190 200 210 220 230 240
pF1KSD DDDNTYSLELFQEMRTTRKVSVWPVGLVGGRRYERPLVEN-GKVVGWYTGWRADRPFAID
:::::::::::.:::.::.::::::..::: ::: : :.. :::::: : . ::::::
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XP_016 MAGFAVNLRLILQRSQAYFKLRGVKGGYQESSLLRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRT
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310 320
pF1KSD EKVNLANEPKYHLDTVKIEV
:: :.:: : . ..:.
XP_016 EKPVLVNEGKKGFTDPSVEI
220 230
>>NP_001275650 (OMIM: 245600,606374) galactosylgalactosy (328 aa)
initn: 835 init1: 392 opt: 578 Z-score: 544.5 bits: 109.0 E(85289): 1.4e-23
Smith-Waterman score: 837; 52.3% identity (73.9% similar) in 264 aa overlap (65-313:52-314)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD TPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQ-LPTIYAITPTYSRPV
.: : :::. :::::..::::.: :
NP_001 QPCDCLPPLRAAAEQLRQKDLRISQLQAELRRPPPAPAQPPEPEALPTIYVVTPTYARLV
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pF1KSD QKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPR----RYK
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NP_001 QKAELVRLSQTLSLVPRLHWLLVEDAEGPTPLVSGLLAASGLLFTHLVVLTPKAQRLREG
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.:: ::..:::: .: ::: : .. : ::..::::::::: :::.:::
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: : . . : ::..:.... ..:::.: :::.:::::::::: .. .: .
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320
pF1KSD KIEV
NP_001 GSDPAIEV
323 residues in 1 query sequences
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Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]