Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1917
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1917, 679 aa
1>>>pF1KSDA1917 679 - 679 aa - 679 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9171+/-0.000411; mu= -2.0115+/- 0.026
mean_var=242.8504+/-49.167, 0's: 0 Z-trim(120.2): 29 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.082301
statistics sampled from 35009 (35038) to 35009 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.739), E-opt: 0.2 (0.411), width: 16
Scan time: 13.040
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001135761 (OMIM: 607559) E3 ubiquitin-protein l ( 554) 1922 241.6 5.8e-63
XP_005255275 (OMIM: 607559) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 555) 1920 241.4 6.8e-63
XP_005255278 (OMIM: 607559) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 530) 1918 241.2 7.8e-63
NP_001135763 (OMIM: 607559) E3 ubiquitin-protein l ( 530) 1918 241.2 7.8e-63
XP_016878581 (OMIM: 607559) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 531) 1916 240.9 9.2e-63
NP_056061 (OMIM: 607559) E3 ubiquitin-protein liga ( 576) 1765 223.0 2.4e-57
XP_005255274 (OMIM: 607559) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 577) 1763 222.8 2.9e-57
XP_005255277 (OMIM: 607559) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 552) 1752 221.5 6.9e-57
NP_001135762 (OMIM: 607559) E3 ubiquitin-protein l ( 552) 1752 221.5 6.9e-57
XP_005255276 (OMIM: 607559) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 553) 1750 221.2 8.1e-57
XP_016878580 (OMIM: 607559) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 553) 1750 221.2 8.1e-57
XP_011520743 (OMIM: 607559) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 539) 1575 200.4 1.4e-50
XP_016878582 (OMIM: 607559) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 514) 1564 199.1 3.4e-50
XP_011520744 (OMIM: 607559) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 339) 532 76.5 1.9e-13
>>NP_001135761 (OMIM: 607559) E3 ubiquitin-protein ligas (554 aa)
initn: 1586 init1: 997 opt: 1922 Z-score: 1251.4 bits: 241.6 E(85289): 5.8e-63
Smith-Waterman score: 1922; 56.2% identity (75.9% similar) in 564 aa overlap (1-546:1-550)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGALTSRQHAGVEEVDIPSNSVYRYPPKSGSYFASHFIMGGEKFDSTHPEGYLFGENSDL
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NP_001 MGSILSRRIAGVEDIDIQANSAYRYPPKSGNYFASHFFMGGEKFDTPHPEGYLFGENMDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NFLGNRPVVFPYAAPPPQEPVKTLRSLVNIRKDTLRLVKCAEEVKSPGEEASKAKVHYNV
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NP_001 NFLGSRPVQFPYVTPAPHEPVKTLRSLVNIRKDSLRLVRYKDDADSPTEDGDKPRVLYSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EFTFDTDARVAITIYYQATEEFQNGIASYIPKDNSLQSETVQYKRGVCQQFCLPSHTVDP
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NP_001 EFTFDADARVAITIYCQASEEFLNGRAVYSPKSPSLQSETVHYKRGVSQQFSLPSFKIDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KSD SEWAEEELGFDLDREVYPLVVHAVVDEGD--EYFGHCHVLLGTFEKHTDGTFCVKPLKQK
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NP_001 SEWKDDELNFDLDRGVFPVVIQAVVDEGDVVEVTGHAHVLLAAFEKHMDGSFSVKPLKQK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD QVVDGVSYLLQEIYGIENKYNTQDSKVAEDEVSDNSAECVVCLSDVRDTLILPCRHLCLC
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NP_001 QIVDRVSYLLQEIYGIENK-NNQETKPSDDENSDNSNECVVCLSDLRDTLILPCRHLCLC
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD NTCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAMRKKLGPLSPTSFNPIISSQTSDSEEHPSSE
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NP_001 TSCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAVRKKPGALSPVSFSPVLA-QSLEHDEHSNSD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD NIPPGYEVVSLLEALNGPLTPSPAVPPLHVLGDGHLSGMLPSYGSDGHLPPVRTISPLDR
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NP_001 SVPPGYEPISLLEALNGLRAVSPAIPSAPLYEEITYSGI-----SDGLSQASCPLAAIDH
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD LSDSSSQ-GLKLKKSLSKSTSQNSSVLHEEEDEHSCSESETQLSQRPSV--QHLGEECGV
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NP_001 ILDSSRQKGRPQSKAPDSTLRSPSSPIHEE-DEEKLSED---VDAPPPLGGAELALRESS
420 430 440 450 460
480 490 500 510 520
pF1KSD TPES---ENLTLSSSGAIDQSSCTGTPLSSTI--SSPEG-----PASSSLAQSVMSMASS
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NP_001 SPESFITEEVDESSS---PQQGTRAASIENVLQDSSPEHCGRGPPADIYLPGRPTSMETA
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KSD Q---ISTDTVSSMSGSYIAPGTEEEGEALSSPQPASRAPSEEGEGLPAESPDSNFAGLPA
. .. : ..: :.. :
NP_001 HGLATTSPTWPPLGGPSPDPSAAELTPL
530 540 550
>>XP_005255275 (OMIM: 607559) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (555 aa)
initn: 1586 init1: 997 opt: 1920 Z-score: 1250.1 bits: 241.4 E(85289): 6.8e-63
Smith-Waterman score: 1920; 56.1% identity (75.8% similar) in 565 aa overlap (1-546:1-551)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGALTSRQHAGVEEVDIPSNSVYRYPPKSGSYFASHFIMGGEKFDSTHPEGYLFGENSDL
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XP_005 MGSILSRRIAGVEDIDIQANSAYRYPPKSGNYFASHFFMGGEKFDTPHPEGYLFGENMDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NFLGNRPVVFPYAAPPPQEPVKTLRSLVNIRKDTLRLVKCAEEVKSPGEEASKAKVHYNV
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XP_005 NFLGSRPVQFPYVTPAPHEPVKTLRSLVNIRKDSLRLVRYKDDADSPTEDGDKPRVLYSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EFTFDTDARVAITIYYQATEEFQNGIASYIPKDNSLQSETVQYKRGVCQQFCLPSHTVDP
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XP_005 EFTFDADARVAITIYCQASEEFLNGRAVYSPKSPSLQSETVHYKRGVSQQFSLPSFKIDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KSD SEWAEEELGFDLDREVYPLVVHAVVDEGD---EYFGHCHVLLGTFEKHTDGTFCVKPLKQ
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XP_005 SEWKDDELNFDLDRGVFPVVIQAVVDEGDAVVEVTGHAHVLLAAFEKHMDGSFSVKPLKQ
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KQVVDGVSYLLQEIYGIENKYNTQDSKVAEDEVSDNSAECVVCLSDVRDTLILPCRHLCL
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XP_005 KQIVDRVSYLLQEIYGIENK-NNQETKPSDDENSDNSNECVVCLSDLRDTLILPCRHLCL
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD CNTCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAMRKKLGPLSPTSFNPIISSQTSDSEEHPSS
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XP_005 CTSCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAVRKKPGALSPVSFSPVLA-QSLEHDEHSNS
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD ENIPPGYEVVSLLEALNGPLTPSPAVPPLHVLGDGHLSGMLPSYGSDGHLPPVRTISPLD
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XP_005 DSVPPGYEPISLLEALNGLRAVSPAIPSAPLYEEITYSGI-----SDGLSQASCPLAAID
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD RLSDSSSQ-GLKLKKSLSKSTSQNSSVLHEEEDEHSCSESETQLSQRPSV--QHLGEECG
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XP_005 HILDSSRQKGRPQSKAPDSTLRSPSSPIHEE-DEEKLSED---VDAPPPLGGAELALRES
420 430 440 450 460
480 490 500 510 520
pF1KSD VTPES---ENLTLSSSGAIDQSSCTGTPLSSTI--SSPEG-----PASSSLAQSVMSMAS
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XP_005 SSPESFITEEVDESSS---PQQGTRAASIENVLQDSSPEHCGRGPPADIYLPGRPTSMET
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KSD SQ---ISTDTVSSMSGSYIAPGTEEEGEALSSPQPASRAPSEEGEGLPAESPDSNFAGLP
.. .. : ..: :.. :
XP_005 AHGLATTSPTWPPLGGPSPDPSAAELTPL
530 540 550
>>XP_005255278 (OMIM: 607559) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (530 aa)
initn: 1612 init1: 997 opt: 1918 Z-score: 1249.1 bits: 241.2 E(85289): 7.8e-63
Smith-Waterman score: 1918; 59.5% identity (79.0% similar) in 518 aa overlap (1-508:1-504)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGALTSRQHAGVEEVDIPSNSVYRYPPKSGSYFASHFIMGGEKFDSTHPEGYLFGENSDL
::.. ::. ::::..:: .::.::::::::.::::::.:::::::. :::::::::: ::
XP_005 MGSILSRRIAGVEDIDIQANSAYRYPPKSGNYFASHFFMGGEKFDTPHPEGYLFGENMDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NFLGNRPVVFPYAAPPPQEPVKTLRSLVNIRKDTLRLVKCAEEVKSPGEEASKAKVHYNV
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XP_005 NFLGSRPVQFPYVTPAPHEPVKTLRSLVNIRKDSLRLVRYKDDADSPTEDGDKPRVLYSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EFTFDTDARVAITIYYQATEEFQNGIASYIPKDNSLQSETVQYKRGVCQQFCLPSHTVDP
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XP_005 EFTFDADARVAITIYCQASEEFLNGRAVYSPKSPSLQSETVHYKRGVSQQFSLPSFKIDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KSD SEWAEEELGFDLDREVYPLVVHAVVDEGD--EYFGHCHVLLGTFEKHTDGTFCVKPLKQK
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XP_005 SEWKDDELNFDLDRGVFPVVIQAVVDEGDVVEVTGHAHVLLAAFEKHMDGSFSVKPLKQK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD QVVDGVSYLLQEIYGIENKYNTQDSKVAEDEVSDNSAECVVCLSDVRDTLILPCRHLCLC
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XP_005 QIVDRVSYLLQEIYGIENK-NNQETKPSDDENSDNSNECVVCLSDLRDTLILPCRHLCLC
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD NTCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAMRKKLGPLSPTSFNPIISSQTSDSEEHPSSE
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XP_005 TSCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAVRKKPGALSPVSFSPVLA-QSLEHDEHSNSD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD NIPPGYEVVSLLEALNGPLTPSPAVPPLHVLGDGHLSGMLPSYGSDGHLPPVRTISPLDR
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XP_005 SVPPGYEPISLLEALNGLRAVSPAIPSAPLYEEITYSGI-----SDGLSQASCPLAAIDH
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD LSDSSSQ-GLKLKKSLSKSTSQNSSVLHEEEDEHSCSESETQLSQRPSV--QHLGEECGV
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XP_005 ILDSSRQKGRPQSKAPDSTLRSPSSPIHEE-DEEKLSED---VDAPPPLGGAELALRESS
420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KSD TPES---ENLTLSSSGAIDQSSCTGTPLSSTI--SSPEGPASSSLAQSVMSMASSQISTD
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XP_005 SPESFITEEVDESSS---PQQGTRAASIENVLQDSSPEHCGRGPPADIYLPALGPDSCSV
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KSD TVSSMSGSYIAPGTEEEGEALSSPQPASRAPSEEGEGLPAESPDSNFAGLPAGEQDAEGN
XP_005 GIDE
530
>>NP_001135763 (OMIM: 607559) E3 ubiquitin-protein ligas (530 aa)
initn: 1612 init1: 997 opt: 1918 Z-score: 1249.1 bits: 241.2 E(85289): 7.8e-63
Smith-Waterman score: 1918; 59.5% identity (79.0% similar) in 518 aa overlap (1-508:1-504)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGALTSRQHAGVEEVDIPSNSVYRYPPKSGSYFASHFIMGGEKFDSTHPEGYLFGENSDL
::.. ::. ::::..:: .::.::::::::.::::::.:::::::. :::::::::: ::
NP_001 MGSILSRRIAGVEDIDIQANSAYRYPPKSGNYFASHFFMGGEKFDTPHPEGYLFGENMDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NFLGNRPVVFPYAAPPPQEPVKTLRSLVNIRKDTLRLVKCAEEVKSPGEEASKAKVHYNV
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NP_001 NFLGSRPVQFPYVTPAPHEPVKTLRSLVNIRKDSLRLVRYKDDADSPTEDGDKPRVLYSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EFTFDTDARVAITIYYQATEEFQNGIASYIPKDNSLQSETVQYKRGVCQQFCLPSHTVDP
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NP_001 EFTFDADARVAITIYCQASEEFLNGRAVYSPKSPSLQSETVHYKRGVSQQFSLPSFKIDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KSD SEWAEEELGFDLDREVYPLVVHAVVDEGD--EYFGHCHVLLGTFEKHTDGTFCVKPLKQK
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NP_001 SEWKDDELNFDLDRGVFPVVIQAVVDEGDVVEVTGHAHVLLAAFEKHMDGSFSVKPLKQK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD QVVDGVSYLLQEIYGIENKYNTQDSKVAEDEVSDNSAECVVCLSDVRDTLILPCRHLCLC
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NP_001 QIVDRVSYLLQEIYGIENK-NNQETKPSDDENSDNSNECVVCLSDLRDTLILPCRHLCLC
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD NTCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAMRKKLGPLSPTSFNPIISSQTSDSEEHPSSE
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NP_001 TSCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAVRKKPGALSPVSFSPVLA-QSLEHDEHSNSD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD NIPPGYEVVSLLEALNGPLTPSPAVPPLHVLGDGHLSGMLPSYGSDGHLPPVRTISPLDR
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NP_001 SVPPGYEPISLLEALNGLRAVSPAIPSAPLYEEITYSGI-----SDGLSQASCPLAAIDH
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD LSDSSSQ-GLKLKKSLSKSTSQNSSVLHEEEDEHSCSESETQLSQRPSV--QHLGEECGV
. ::: : : .:. ... . :: .::: ::.. ::. .. : . .:. . .
NP_001 ILDSSRQKGRPQSKAPDSTLRSPSSPIHEE-DEEKLSED---VDAPPPLGGAELALRESS
420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KSD TPES---ENLTLSSSGAIDQSSCTGTPLSSTI--SSPEGPASSSLAQSVMSMASSQISTD
.::: :.. ::: :.. .. . ... ::::
NP_001 SPESFITEEVDESSS---PQQGTRAASIENVLQDSSPEHCGRGPPADIYLPALGPDSCSV
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KSD TVSSMSGSYIAPGTEEEGEALSSPQPASRAPSEEGEGLPAESPDSNFAGLPAGEQDAEGN
NP_001 GIDE
530
>>XP_016878581 (OMIM: 607559) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (531 aa)
initn: 1612 init1: 997 opt: 1916 Z-score: 1247.8 bits: 240.9 E(85289): 9.2e-63
Smith-Waterman score: 1916; 59.3% identity (78.8% similar) in 519 aa overlap (1-508:1-505)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGALTSRQHAGVEEVDIPSNSVYRYPPKSGSYFASHFIMGGEKFDSTHPEGYLFGENSDL
::.. ::. ::::..:: .::.::::::::.::::::.:::::::. :::::::::: ::
XP_016 MGSILSRRIAGVEDIDIQANSAYRYPPKSGNYFASHFFMGGEKFDTPHPEGYLFGENMDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NFLGNRPVVFPYAAPPPQEPVKTLRSLVNIRKDTLRLVKCAEEVKSPGEEASKAKVHYNV
::::.::: :::..: :.:::::::::::::::.::::. ... :: :...: .: :..
XP_016 NFLGSRPVQFPYVTPAPHEPVKTLRSLVNIRKDSLRLVRYKDDADSPTEDGDKPRVLYSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EFTFDTDARVAITIYYQATEEFQNGIASYIPKDNSLQSETVQYKRGVCQQFCLPSHTVDP
:::::.::::::::: ::.::: :: : : ::. :::::::.::::: ::: ::: .:
XP_016 EFTFDADARVAITIYCQASEEFLNGRAVYSPKSPSLQSETVHYKRGVSQQFSLPSFKIDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KSD SEWAEEELGFDLDREVYPLVVHAVVDEGD---EYFGHCHVLLGTFEKHTDGTFCVKPLKQ
::: ..::.::::: :.:.:..::::::: : :: ::::..:::: ::.: ::::::
XP_016 SEWKDDELNFDLDRGVFPVVIQAVVDEGDAVVEVTGHAHVLLAAFEKHMDGSFSVKPLKQ
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KQVVDGVSYLLQEIYGIENKYNTQDSKVAEDEVSDNSAECVVCLSDVRDTLILPCRHLCL
::.:: :::::::::::::: :.:..: ..:: :::: ::::::::.:::::::::::::
XP_016 KQIVDRVSYLLQEIYGIENK-NNQETKPSDDENSDNSNECVVCLSDLRDTLILPCRHLCL
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD CNTCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAMRKKLGPLSPTSFNPIISSQTSDSEEHPSS
:..:::::::::::::::::::::::::::.::: : :::.::.:... :. . .:: .:
XP_016 CTSCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAVRKKPGALSPVSFSPVLA-QSLEHDEHSNS
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD ENIPPGYEVVSLLEALNGPLTPSPAVPPLHVLGDGHLSGMLPSYGSDGHLPPVRTISPLD
...::::: .:::::::: . :::.: . . ::. ::: .. .:
XP_016 DSVPPGYEPISLLEALNGLRAVSPAIPSAPLYEEITYSGI-----SDGLSQASCPLAAID
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD RLSDSSSQ-GLKLKKSLSKSTSQNSSVLHEEEDEHSCSESETQLSQRPSV--QHLGEECG
.. ::: : : .:. ... . :: .::: ::.. ::. .. : . .:. . .
XP_016 HILDSSRQKGRPQSKAPDSTLRSPSSPIHEE-DEEKLSED---VDAPPPLGGAELALRES
420 430 440 450 460
480 490 500 510 520
pF1KSD VTPES---ENLTLSSSGAIDQSSCTGTPLSSTI--SSPEGPASSSLAQSVMSMASSQIST
.::: :.. ::: :.. .. . ... ::::
XP_016 SSPESFITEEVDESSS---PQQGTRAASIENVLQDSSPEHCGRGPPADIYLPALGPDSCS
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KSD DTVSSMSGSYIAPGTEEEGEALSSPQPASRAPSEEGEGLPAESPDSNFAGLPAGEQDAEG
XP_016 VGIDE
530
>>NP_056061 (OMIM: 607559) E3 ubiquitin-protein ligase M (576 aa)
initn: 1581 init1: 997 opt: 1765 Z-score: 1150.4 bits: 223.0 E(85289): 2.4e-57
Smith-Waterman score: 1872; 54.5% identity (73.2% similar) in 585 aa overlap (1-546:1-572)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGALTSRQHAGVEEVDIPSNSVYRYPPKSGSYFASHFIMGGEKFDSTHPEGYLFGENSDL
::.. ::. ::::..:: .::.::::::::.::::::.:::::::. :::::::::: ::
NP_056 MGSILSRRIAGVEDIDIQANSAYRYPPKSGNYFASHFFMGGEKFDTPHPEGYLFGENMDL
10 20 30 40 50 60
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pF1KSD NFLGNRPVVFPYAAPPPQEPVKTLRSLVNIRKDTLRLVKCAEEVKSPGEEASKAKVHYNV
::::.::: :::..: :.:::::::::::::::.::::. ... :: :...: .: :..
NP_056 NFLGSRPVQFPYVTPAPHEPVKTLRSLVNIRKDSLRLVRYKDDADSPTEDGDKPRVLYSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EFTFDTDARVAITIYYQATEEFQNGIASYIPKDNSLQSETVQYKRGVCQQFCLPSHTVDP
:::::.::::::::: ::.::: :: : : ::. :::::::.::::: ::: ::: .:
NP_056 EFTFDADARVAITIYCQASEEFLNGRAVYSPKSPSLQSETVHYKRGVSQQFSLPSFKIDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KSD SEWAEEELGFDLDREVYPLVVHAVVDEGD--EYFGHCHVLLGTFEKHTDGTFCVKPLKQK
::: ..::.::::: :.:.:..::::::: : :: ::::..:::: ::.: :::::::
NP_056 SEWKDDELNFDLDRGVFPVVIQAVVDEGDVVEVTGHAHVLLAAFEKHMDGSFSVKPLKQK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD QVVDGVSYLLQEIYGIENKYNTQDSKVAEDEVSDNSAECVVCLSDVRDTLILPCRHLCLC
:.:: :::::::::::::: :.:..: ..:: :::: ::::::::.::::::::::::::
NP_056 QIVDRVSYLLQEIYGIENK-NNQETKPSDDENSDNSNECVVCLSDLRDTLILPCRHLCLC
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD NTCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAMRKKLGPLSPTSFNPIIS-SQTSD-------
..:::::::::::::::::::::::::::.::: : :::.::.:... : :
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360 370 380 390
pF1KSD -SEEHPSS------------ENIPPGYEVVSLLEALNGPLTPSPAVPPLHVLGDGHLSGM
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NP_056 KSKPHPASLASKKPKRETNSDSVPPGYEPISLLEALNGLRAVSPAIPSAPLYEEITYSGI
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KSD LPSYGSDGHLPPVRTISPLDRLSDSSSQ-GLKLKKSLSKSTSQNSSVLHEEEDEHSCSES
::: .. .:.. ::: : : .:. ... . :: .::: ::.. ::.
NP_056 -----SDGLSQASCPLAAIDHILDSSRQKGRPQSKAPDSTLRSPSSPIHEE-DEEKLSED
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460 470 480 490 500
pF1KSD ETQLSQRPSV--QHLGEECGVTPES---ENLTLSSSGAIDQSSCTGTPLSSTI--SSPEG
.. : . .:. . . .::: :.. ::: :.. .. . ... ::::
NP_056 ---VDAPPPLGGAELALRESSSPESFITEEVDESSS---PQQGTRAASIENVLQDSSPEH
480 490 500 510 520
510 520 530 540 550 560
pF1KSD -----PASSSLAQSVMSMASSQ---ISTDTVSSMSGSYIAPGTEEEGEALSSPQPASRAP
::. : :: ... .. : ..: :.. :
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530 540 550 560 570
570 580 590 600 610 620
pF1KSD SEEGEGLPAESPDSNFAGLPAGEQDAEGNDVIEEEDGSPTQEGQRTCAFLGMECDNNNDF
>>XP_005255274 (OMIM: 607559) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (577 aa)
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Smith-Waterman score: 1870; 54.4% identity (73.0% similar) in 586 aa overlap (1-546:1-573)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGALTSRQHAGVEEVDIPSNSVYRYPPKSGSYFASHFIMGGEKFDSTHPEGYLFGENSDL
::.. ::. ::::..:: .::.::::::::.::::::.:::::::. :::::::::: ::
XP_005 MGSILSRRIAGVEDIDIQANSAYRYPPKSGNYFASHFFMGGEKFDTPHPEGYLFGENMDL
10 20 30 40 50 60
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pF1KSD NFLGNRPVVFPYAAPPPQEPVKTLRSLVNIRKDTLRLVKCAEEVKSPGEEASKAKVHYNV
::::.::: :::..: :.:::::::::::::::.::::. ... :: :...: .: :..
XP_005 NFLGSRPVQFPYVTPAPHEPVKTLRSLVNIRKDSLRLVRYKDDADSPTEDGDKPRVLYSL
70 80 90 100 110 120
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pF1KSD EFTFDTDARVAITIYYQATEEFQNGIASYIPKDNSLQSETVQYKRGVCQQFCLPSHTVDP
:::::.::::::::: ::.::: :: : : ::. :::::::.::::: ::: ::: .:
XP_005 EFTFDADARVAITIYCQASEEFLNGRAVYSPKSPSLQSETVHYKRGVSQQFSLPSFKIDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KSD SEWAEEELGFDLDREVYPLVVHAVVDEGD---EYFGHCHVLLGTFEKHTDGTFCVKPLKQ
::: ..::.::::: :.:.:..::::::: : :: ::::..:::: ::.: ::::::
XP_005 SEWKDDELNFDLDRGVFPVVIQAVVDEGDAVVEVTGHAHVLLAAFEKHMDGSFSVKPLKQ
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KQVVDGVSYLLQEIYGIENKYNTQDSKVAEDEVSDNSAECVVCLSDVRDTLILPCRHLCL
::.:: :::::::::::::: :.:..: ..:: :::: ::::::::.:::::::::::::
XP_005 KQIVDRVSYLLQEIYGIENK-NNQETKPSDDENSDNSNECVVCLSDLRDTLILPCRHLCL
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD CNTCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAMRKKLGPLSPTSFNPIIS-SQTSD------
:..:::::::::::::::::::::::::::.::: : :::.::.:... : :
XP_005 CTSCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAVRKKPGALSPVSFSPVLAQSLEHDEHSCPF
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KSD --SEEHPSS------------ENIPPGYEVVSLLEALNGPLTPSPAVPPLHVLGDGHLSG
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XP_005 KKSKPHPASLASKKPKRETNSDSVPPGYEPISLLEALNGLRAVSPAIPSAPLYEEITYSG
360 370 380 390 400 410
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pF1KSD MLPSYGSDGHLPPVRTISPLDRLSDSSSQ-GLKLKKSLSKSTSQNSSVLHEEEDEHSCSE
. ::: .. .:.. ::: : : .:. ... . :: .::: ::.. ::
XP_005 I-----SDGLSQASCPLAAIDHILDSSRQKGRPQSKAPDSTLRSPSSPIHEE-DEEKLSE
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460 470 480 490 500
pF1KSD SETQLSQRPSV--QHLGEECGVTPES---ENLTLSSSGAIDQSSCTGTPLSSTI--SSPE
. .. : . .:. . . .::: :.. ::: :.. .. . ... ::::
XP_005 D---VDAPPPLGGAELALRESSSPESFITEEVDESSS---PQQGTRAASIENVLQDSSPE
480 490 500 510 520
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pF1KSD G-----PASSSLAQSVMSMASSQ---ISTDTVSSMSGSYIAPGTEEEGEALSSPQPASRA
::. : :: ... .. : ..: :.. :
XP_005 HCGRGPPADIYLPGRPTSMETAHGLATTSPTWPPLGGPSPDPSAAELTPL
530 540 550 560 570
570 580 590 600 610 620
pF1KSD PSEEGEGLPAESPDSNFAGLPAGEQDAEGNDVIEEEDGSPTQEGQRTCAFLGMECDNNND
>>XP_005255277 (OMIM: 607559) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (552 aa)
initn: 1938 init1: 997 opt: 1752 Z-score: 1142.3 bits: 221.5 E(85289): 6.9e-57
Smith-Waterman score: 1868; 57.5% identity (75.9% similar) in 539 aa overlap (1-508:1-526)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGALTSRQHAGVEEVDIPSNSVYRYPPKSGSYFASHFIMGGEKFDSTHPEGYLFGENSDL
::.. ::. ::::..:: .::.::::::::.::::::.:::::::. :::::::::: ::
XP_005 MGSILSRRIAGVEDIDIQANSAYRYPPKSGNYFASHFFMGGEKFDTPHPEGYLFGENMDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NFLGNRPVVFPYAAPPPQEPVKTLRSLVNIRKDTLRLVKCAEEVKSPGEEASKAKVHYNV
::::.::: :::..: :.:::::::::::::::.::::. ... :: :...: .: :..
XP_005 NFLGSRPVQFPYVTPAPHEPVKTLRSLVNIRKDSLRLVRYKDDADSPTEDGDKPRVLYSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EFTFDTDARVAITIYYQATEEFQNGIASYIPKDNSLQSETVQYKRGVCQQFCLPSHTVDP
:::::.::::::::: ::.::: :: : : ::. :::::::.::::: ::: ::: .:
XP_005 EFTFDADARVAITIYCQASEEFLNGRAVYSPKSPSLQSETVHYKRGVSQQFSLPSFKIDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KSD SEWAEEELGFDLDREVYPLVVHAVVDEGD--EYFGHCHVLLGTFEKHTDGTFCVKPLKQK
::: ..::.::::: :.:.:..::::::: : :: ::::..:::: ::.: :::::::
XP_005 SEWKDDELNFDLDRGVFPVVIQAVVDEGDVVEVTGHAHVLLAAFEKHMDGSFSVKPLKQK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD QVVDGVSYLLQEIYGIENKYNTQDSKVAEDEVSDNSAECVVCLSDVRDTLILPCRHLCLC
:.:: :::::::::::::: :.:..: ..:: :::: ::::::::.::::::::::::::
XP_005 QIVDRVSYLLQEIYGIENK-NNQETKPSDDENSDNSNECVVCLSDLRDTLILPCRHLCLC
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD NTCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAMRKKLGPLSPTSFNPIIS-SQTSD-------
..:::::::::::::::::::::::::::.::: : :::.::.:... : :
XP_005 TSCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAVRKKPGALSPVSFSPVLAQSLEHDEHSCPFK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KSD -SEEHPSS------------ENIPPGYEVVSLLEALNGPLTPSPAVPPLHVLGDGHLSGM
:. ::.: ...::::: .:::::::: . :::.: . . ::.
XP_005 KSKPHPASLASKKPKRETNSDSVPPGYEPISLLEALNGLRAVSPAIPSAPLYEEITYSGI
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KSD LPSYGSDGHLPPVRTISPLDRLSDSSSQ-GLKLKKSLSKSTSQNSSVLHEEEDEHSCSES
::: .. .:.. ::: : : .:. ... . :: .::: ::.. ::.
XP_005 -----SDGLSQASCPLAAIDHILDSSRQKGRPQSKAPDSTLRSPSSPIHEE-DEEKLSED
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500
pF1KSD ETQLSQRPSV--QHLGEECGVTPES---ENLTLSSSGAIDQSSCTGTPLSSTI--SSPEG
.. : . .:. . . .::: :.. ::: :.. .. . ... ::::
XP_005 ---VDAPPPLGGAELALRESSSPESFITEEVDESSS---PQQGTRAASIENVLQDSSPEH
480 490 500 510 520
510 520 530 540 550 560
pF1KSD PASSSLAQSVMSMASSQISTDTVSSMSGSYIAPGTEEEGEALSSPQPASRAPSEEGEGLP
XP_005 CGRGPPADIYLPALGPDSCSVGIDE
530 540 550
>>NP_001135762 (OMIM: 607559) E3 ubiquitin-protein ligas (552 aa)
initn: 1938 init1: 997 opt: 1752 Z-score: 1142.3 bits: 221.5 E(85289): 6.9e-57
Smith-Waterman score: 1868; 57.5% identity (75.9% similar) in 539 aa overlap (1-508:1-526)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGALTSRQHAGVEEVDIPSNSVYRYPPKSGSYFASHFIMGGEKFDSTHPEGYLFGENSDL
::.. ::. ::::..:: .::.::::::::.::::::.:::::::. :::::::::: ::
NP_001 MGSILSRRIAGVEDIDIQANSAYRYPPKSGNYFASHFFMGGEKFDTPHPEGYLFGENMDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NFLGNRPVVFPYAAPPPQEPVKTLRSLVNIRKDTLRLVKCAEEVKSPGEEASKAKVHYNV
::::.::: :::..: :.:::::::::::::::.::::. ... :: :...: .: :..
NP_001 NFLGSRPVQFPYVTPAPHEPVKTLRSLVNIRKDSLRLVRYKDDADSPTEDGDKPRVLYSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EFTFDTDARVAITIYYQATEEFQNGIASYIPKDNSLQSETVQYKRGVCQQFCLPSHTVDP
:::::.::::::::: ::.::: :: : : ::. :::::::.::::: ::: ::: .:
NP_001 EFTFDADARVAITIYCQASEEFLNGRAVYSPKSPSLQSETVHYKRGVSQQFSLPSFKIDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KSD SEWAEEELGFDLDREVYPLVVHAVVDEGD--EYFGHCHVLLGTFEKHTDGTFCVKPLKQK
::: ..::.::::: :.:.:..::::::: : :: ::::..:::: ::.: :::::::
NP_001 SEWKDDELNFDLDRGVFPVVIQAVVDEGDVVEVTGHAHVLLAAFEKHMDGSFSVKPLKQK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD QVVDGVSYLLQEIYGIENKYNTQDSKVAEDEVSDNSAECVVCLSDVRDTLILPCRHLCLC
:.:: :::::::::::::: :.:..: ..:: :::: ::::::::.::::::::::::::
NP_001 QIVDRVSYLLQEIYGIENK-NNQETKPSDDENSDNSNECVVCLSDLRDTLILPCRHLCLC
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD NTCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAMRKKLGPLSPTSFNPIIS-SQTSD-------
..:::::::::::::::::::::::::::.::: : :::.::.:... : :
NP_001 TSCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAVRKKPGALSPVSFSPVLAQSLEHDEHSCPFK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KSD -SEEHPSS------------ENIPPGYEVVSLLEALNGPLTPSPAVPPLHVLGDGHLSGM
:. ::.: ...::::: .:::::::: . :::.: . . ::.
NP_001 KSKPHPASLASKKPKRETNSDSVPPGYEPISLLEALNGLRAVSPAIPSAPLYEEITYSGI
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KSD LPSYGSDGHLPPVRTISPLDRLSDSSSQ-GLKLKKSLSKSTSQNSSVLHEEEDEHSCSES
::: .. .:.. ::: : : .:. ... . :: .::: ::.. ::.
NP_001 -----SDGLSQASCPLAAIDHILDSSRQKGRPQSKAPDSTLRSPSSPIHEE-DEEKLSED
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500
pF1KSD ETQLSQRPSV--QHLGEECGVTPES---ENLTLSSSGAIDQSSCTGTPLSSTI--SSPEG
.. : . .:. . . .::: :.. ::: :.. .. . ... ::::
NP_001 ---VDAPPPLGGAELALRESSSPESFITEEVDESSS---PQQGTRAASIENVLQDSSPEH
480 490 500 510 520
510 520 530 540 550 560
pF1KSD PASSSLAQSVMSMASSQISTDTVSSMSGSYIAPGTEEEGEALSSPQPASRAPSEEGEGLP
NP_001 CGRGPPADIYLPALGPDSCSVGIDE
530 540 550
>>XP_005255276 (OMIM: 607559) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (553 aa)
initn: 1938 init1: 997 opt: 1750 Z-score: 1141.0 bits: 221.2 E(85289): 8.1e-57
Smith-Waterman score: 1866; 57.4% identity (75.7% similar) in 540 aa overlap (1-508:1-527)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGALTSRQHAGVEEVDIPSNSVYRYPPKSGSYFASHFIMGGEKFDSTHPEGYLFGENSDL
::.. ::. ::::..:: .::.::::::::.::::::.:::::::. :::::::::: ::
XP_005 MGSILSRRIAGVEDIDIQANSAYRYPPKSGNYFASHFFMGGEKFDTPHPEGYLFGENMDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NFLGNRPVVFPYAAPPPQEPVKTLRSLVNIRKDTLRLVKCAEEVKSPGEEASKAKVHYNV
::::.::: :::..: :.:::::::::::::::.::::. ... :: :...: .: :..
XP_005 NFLGSRPVQFPYVTPAPHEPVKTLRSLVNIRKDSLRLVRYKDDADSPTEDGDKPRVLYSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EFTFDTDARVAITIYYQATEEFQNGIASYIPKDNSLQSETVQYKRGVCQQFCLPSHTVDP
:::::.::::::::: ::.::: :: : : ::. :::::::.::::: ::: ::: .:
XP_005 EFTFDADARVAITIYCQASEEFLNGRAVYSPKSPSLQSETVHYKRGVSQQFSLPSFKIDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KSD SEWAEEELGFDLDREVYPLVVHAVVDEGD---EYFGHCHVLLGTFEKHTDGTFCVKPLKQ
::: ..::.::::: :.:.:..::::::: : :: ::::..:::: ::.: ::::::
XP_005 SEWKDDELNFDLDRGVFPVVIQAVVDEGDAVVEVTGHAHVLLAAFEKHMDGSFSVKPLKQ
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KQVVDGVSYLLQEIYGIENKYNTQDSKVAEDEVSDNSAECVVCLSDVRDTLILPCRHLCL
::.:: :::::::::::::: :.:..: ..:: :::: ::::::::.:::::::::::::
XP_005 KQIVDRVSYLLQEIYGIENK-NNQETKPSDDENSDNSNECVVCLSDLRDTLILPCRHLCL
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD CNTCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAMRKKLGPLSPTSFNPIIS-SQTSD------
:..:::::::::::::::::::::::::::.::: : :::.::.:... : :
XP_005 CTSCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAVRKKPGALSPVSFSPVLAQSLEHDEHSCPF
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