Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1917
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1917, 679 aa
1>>>pF1KSDA1917 679 - 679 aa - 679 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9099+/-0.000983; mu= 3.8710+/- 0.059
mean_var=210.0033+/-42.324, 0's: 0 Z-trim(112.4): 25 B-trim: 70 in 1/51
Lambda= 0.088504
statistics sampled from 13119 (13136) to 13119 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.736), E-opt: 0.2 (0.404), width: 16
Scan time: 4.400
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32740.1 RNF157 gene_id:114804|Hs108|chr17 ( 679) 4559 595.2 1e-169
CCDS82208.1 RNF157 gene_id:114804|Hs108|chr17 ( 657) 3785 496.3 5.7e-140
CCDS59256.1 MGRN1 gene_id:23295|Hs108|chr16 ( 554) 1922 258.4 2e-68
CCDS45401.2 MGRN1 gene_id:23295|Hs108|chr16 ( 530) 1918 257.9 2.8e-68
CCDS42115.1 MGRN1 gene_id:23295|Hs108|chr16 ( 576) 1765 238.4 2.3e-62
CCDS45402.1 MGRN1 gene_id:23295|Hs108|chr16 ( 552) 1752 236.7 6.9e-62
>>CCDS32740.1 RNF157 gene_id:114804|Hs108|chr17 (679 aa)
initn: 4559 init1: 4559 opt: 4559 Z-score: 3160.3 bits: 595.2 E(32554): 1e-169
Smith-Waterman score: 4559; 100.0% identity (100.0% similar) in 679 aa overlap (1-679:1-679)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGALTSRQHAGVEEVDIPSNSVYRYPPKSGSYFASHFIMGGEKFDSTHPEGYLFGENSDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MGALTSRQHAGVEEVDIPSNSVYRYPPKSGSYFASHFIMGGEKFDSTHPEGYLFGENSDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NFLGNRPVVFPYAAPPPQEPVKTLRSLVNIRKDTLRLVKCAEEVKSPGEEASKAKVHYNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NFLGNRPVVFPYAAPPPQEPVKTLRSLVNIRKDTLRLVKCAEEVKSPGEEASKAKVHYNV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EFTFDTDARVAITIYYQATEEFQNGIASYIPKDNSLQSETVQYKRGVCQQFCLPSHTVDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EFTFDTDARVAITIYYQATEEFQNGIASYIPKDNSLQSETVQYKRGVCQQFCLPSHTVDP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SEWAEEELGFDLDREVYPLVVHAVVDEGDEYFGHCHVLLGTFEKHTDGTFCVKPLKQKQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SEWAEEELGFDLDREVYPLVVHAVVDEGDEYFGHCHVLLGTFEKHTDGTFCVKPLKQKQV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VDGVSYLLQEIYGIENKYNTQDSKVAEDEVSDNSAECVVCLSDVRDTLILPCRHLCLCNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VDGVSYLLQEIYGIENKYNTQDSKVAEDEVSDNSAECVVCLSDVRDTLILPCRHLCLCNT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD CADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAMRKKLGPLSPTSFNPIISSQTSDSEEHPSSENI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 CADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAMRKKLGPLSPTSFNPIISSQTSDSEEHPSSENI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PPGYEVVSLLEALNGPLTPSPAVPPLHVLGDGHLSGMLPSYGSDGHLPPVRTISPLDRLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PPGYEVVSLLEALNGPLTPSPAVPPLHVLGDGHLSGMLPSYGSDGHLPPVRTISPLDRLS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD DSSSQGLKLKKSLSKSTSQNSSVLHEEEDEHSCSESETQLSQRPSVQHLGEECGVTPESE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DSSSQGLKLKKSLSKSTSQNSSVLHEEEDEHSCSESETQLSQRPSVQHLGEECGVTPESE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD NLTLSSSGAIDQSSCTGTPLSSTISSPEGPASSSLAQSVMSMASSQISTDTVSSMSGSYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NLTLSSSGAIDQSSCTGTPLSSTISSPEGPASSSLAQSVMSMASSQISTDTVSSMSGSYI
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD APGTEEEGEALSSPQPASRAPSEEGEGLPAESPDSNFAGLPAGEQDAEGNDVIEEEDGSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 APGTEEEGEALSSPQPASRAPSEEGEGLPAESPDSNFAGLPAGEQDAEGNDVIEEEDGSP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TQEGQRTCAFLGMECDNNNDFDIASVKALDNKLCSEVCLPGAWQADDNAVSRNAQRRRLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TQEGQRTCAFLGMECDNNNDFDIASVKALDNKLCSEVCLPGAWQADDNAVSRNAQRRRLS
610 620 630 640 650 660
670
pF1KSD SSSLEDSETRPCVWGPLAV
:::::::::::::::::::
CCDS32 SSSLEDSETRPCVWGPLAV
670
>>CCDS82208.1 RNF157 gene_id:114804|Hs108|chr17 (657 aa)
initn: 3785 init1: 3785 opt: 3785 Z-score: 2626.4 bits: 496.3 E(32554): 5.7e-140
Smith-Waterman score: 4355; 96.8% identity (96.8% similar) in 679 aa overlap (1-679:1-657)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGALTSRQHAGVEEVDIPSNSVYRYPPKSGSYFASHFIMGGEKFDSTHPEGYLFGENSDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MGALTSRQHAGVEEVDIPSNSVYRYPPKSGSYFASHFIMGGEKFDSTHPEGYLFGENSDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NFLGNRPVVFPYAAPPPQEPVKTLRSLVNIRKDTLRLVKCAEEVKSPGEEASKAKVHYNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 NFLGNRPVVFPYAAPPPQEPVKTLRSLVNIRKDTLRLVKCAEEVKSPGEEASKAKVHYNV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EFTFDTDARVAITIYYQATEEFQNGIASYIPKDNSLQSETVQYKRGVCQQFCLPSHTVDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 EFTFDTDARVAITIYYQATEEFQNGIASYIPKDNSLQSETVQYKRGVCQQFCLPSHTVDP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SEWAEEELGFDLDREVYPLVVHAVVDEGDEYFGHCHVLLGTFEKHTDGTFCVKPLKQKQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 SEWAEEELGFDLDREVYPLVVHAVVDEGDEYFGHCHVLLGTFEKHTDGTFCVKPLKQKQV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VDGVSYLLQEIYGIENKYNTQDSKVAEDEVSDNSAECVVCLSDVRDTLILPCRHLCLCNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 VDGVSYLLQEIYGIENKYNTQDSKVAEDEVSDNSAECVVCLSDVRDTLILPCRHLCLCNT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD CADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAMRKKLGPLSPTSFNPIISSQTSDSEEHPSSENI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 CADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAMRKKLGPLSPTSFNPIISSQTSDSEEHPSSENI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PPGYEVVSLLEALNGPLTPSPAVPPLHVLGDGHLSGMLPSYGSDGHLPPVRTISPLDRLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 PPGYEVVSLLEALNGPLTPSPAVPPLHVLGDGHLSGMLPSYGSDGHLPPVRTISPLDRLS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD DSSSQGLKLKKSLSKSTSQNSSVLHEEEDEHSCSESETQLSQRPSVQHLGEECGVTPESE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 DSSSQGLKLKKSLSKSTSQNSSVLHEEEDEHSCSESETQLSQRPSVQHLGEECGVTPESE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD NLTLSSSGAIDQSSCTGTPLSSTISSPEGPASSSLAQSVMSMASSQISTDTVSSMSGSYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 NLTLSSSGAIDQSSCTGTPLSSTISSPEGPASSSLAQSVMSMASSQISTDTVSSMSGSYI
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD APGTEEEGEALSSPQPASRAPSEEGEGLPAESPDSNFAGLPAGEQDAEGNDVIEEEDGSP
::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::
CCDS82 APGTEEEGEALSSPQPASRAPSEEGEG----------------------NDVIEEEDGSP
550 560 570
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TQEGQRTCAFLGMECDNNNDFDIASVKALDNKLCSEVCLPGAWQADDNAVSRNAQRRRLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TQEGQRTCAFLGMECDNNNDFDIASVKALDNKLCSEVCLPGAWQADDNAVSRNAQRRRLS
580 590 600 610 620 630
670
pF1KSD SSSLEDSETRPCVWGPLAV
:::::::::::::::::::
CCDS82 SSSLEDSETRPCVWGPLAV
640 650
>>CCDS59256.1 MGRN1 gene_id:23295|Hs108|chr16 (554 aa)
initn: 1586 init1: 997 opt: 1922 Z-score: 1341.9 bits: 258.4 E(32554): 2e-68
Smith-Waterman score: 1922; 56.2% identity (75.9% similar) in 564 aa overlap (1-546:1-550)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGALTSRQHAGVEEVDIPSNSVYRYPPKSGSYFASHFIMGGEKFDSTHPEGYLFGENSDL
::.. ::. ::::..:: .::.::::::::.::::::.:::::::. :::::::::: ::
CCDS59 MGSILSRRIAGVEDIDIQANSAYRYPPKSGNYFASHFFMGGEKFDTPHPEGYLFGENMDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NFLGNRPVVFPYAAPPPQEPVKTLRSLVNIRKDTLRLVKCAEEVKSPGEEASKAKVHYNV
::::.::: :::..: :.:::::::::::::::.::::. ... :: :...: .: :..
CCDS59 NFLGSRPVQFPYVTPAPHEPVKTLRSLVNIRKDSLRLVRYKDDADSPTEDGDKPRVLYSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EFTFDTDARVAITIYYQATEEFQNGIASYIPKDNSLQSETVQYKRGVCQQFCLPSHTVDP
:::::.::::::::: ::.::: :: : : ::. :::::::.::::: ::: ::: .:
CCDS59 EFTFDADARVAITIYCQASEEFLNGRAVYSPKSPSLQSETVHYKRGVSQQFSLPSFKIDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KSD SEWAEEELGFDLDREVYPLVVHAVVDEGD--EYFGHCHVLLGTFEKHTDGTFCVKPLKQK
::: ..::.::::: :.:.:..::::::: : :: ::::..:::: ::.: :::::::
CCDS59 SEWKDDELNFDLDRGVFPVVIQAVVDEGDVVEVTGHAHVLLAAFEKHMDGSFSVKPLKQK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD QVVDGVSYLLQEIYGIENKYNTQDSKVAEDEVSDNSAECVVCLSDVRDTLILPCRHLCLC
:.:: :::::::::::::: :.:..: ..:: :::: ::::::::.::::::::::::::
CCDS59 QIVDRVSYLLQEIYGIENK-NNQETKPSDDENSDNSNECVVCLSDLRDTLILPCRHLCLC
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD NTCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAMRKKLGPLSPTSFNPIISSQTSDSEEHPSSE
..:::::::::::::::::::::::::::.::: : :::.::.:... :. . .:: .:.
CCDS59 TSCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAVRKKPGALSPVSFSPVLA-QSLEHDEHSNSD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD NIPPGYEVVSLLEALNGPLTPSPAVPPLHVLGDGHLSGMLPSYGSDGHLPPVRTISPLDR
..::::: .:::::::: . :::.: . . ::. ::: .. .:.
CCDS59 SVPPGYEPISLLEALNGLRAVSPAIPSAPLYEEITYSGI-----SDGLSQASCPLAAIDH
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD LSDSSSQ-GLKLKKSLSKSTSQNSSVLHEEEDEHSCSESETQLSQRPSV--QHLGEECGV
. ::: : : .:. ... . :: .::: ::.. ::. .. : . .:. . .
CCDS59 ILDSSRQKGRPQSKAPDSTLRSPSSPIHEE-DEEKLSED---VDAPPPLGGAELALRESS
420 430 440 450 460
480 490 500 510 520
pF1KSD TPES---ENLTLSSSGAIDQSSCTGTPLSSTI--SSPEG-----PASSSLAQSVMSMASS
.::: :.. ::: :.. .. . ... :::: ::. : :: ..
CCDS59 SPESFITEEVDESSS---PQQGTRAASIENVLQDSSPEHCGRGPPADIYLPGRPTSMETA
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KSD Q---ISTDTVSSMSGSYIAPGTEEEGEALSSPQPASRAPSEEGEGLPAESPDSNFAGLPA
. .. : ..: :.. :
CCDS59 HGLATTSPTWPPLGGPSPDPSAAELTPL
530 540 550
>>CCDS45401.2 MGRN1 gene_id:23295|Hs108|chr16 (530 aa)
initn: 1612 init1: 997 opt: 1918 Z-score: 1339.4 bits: 257.9 E(32554): 2.8e-68
Smith-Waterman score: 1918; 59.5% identity (79.0% similar) in 518 aa overlap (1-508:1-504)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGALTSRQHAGVEEVDIPSNSVYRYPPKSGSYFASHFIMGGEKFDSTHPEGYLFGENSDL
::.. ::. ::::..:: .::.::::::::.::::::.:::::::. :::::::::: ::
CCDS45 MGSILSRRIAGVEDIDIQANSAYRYPPKSGNYFASHFFMGGEKFDTPHPEGYLFGENMDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NFLGNRPVVFPYAAPPPQEPVKTLRSLVNIRKDTLRLVKCAEEVKSPGEEASKAKVHYNV
::::.::: :::..: :.:::::::::::::::.::::. ... :: :...: .: :..
CCDS45 NFLGSRPVQFPYVTPAPHEPVKTLRSLVNIRKDSLRLVRYKDDADSPTEDGDKPRVLYSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EFTFDTDARVAITIYYQATEEFQNGIASYIPKDNSLQSETVQYKRGVCQQFCLPSHTVDP
:::::.::::::::: ::.::: :: : : ::. :::::::.::::: ::: ::: .:
CCDS45 EFTFDADARVAITIYCQASEEFLNGRAVYSPKSPSLQSETVHYKRGVSQQFSLPSFKIDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KSD SEWAEEELGFDLDREVYPLVVHAVVDEGD--EYFGHCHVLLGTFEKHTDGTFCVKPLKQK
::: ..::.::::: :.:.:..::::::: : :: ::::..:::: ::.: :::::::
CCDS45 SEWKDDELNFDLDRGVFPVVIQAVVDEGDVVEVTGHAHVLLAAFEKHMDGSFSVKPLKQK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD QVVDGVSYLLQEIYGIENKYNTQDSKVAEDEVSDNSAECVVCLSDVRDTLILPCRHLCLC
:.:: :::::::::::::: :.:..: ..:: :::: ::::::::.::::::::::::::
CCDS45 QIVDRVSYLLQEIYGIENK-NNQETKPSDDENSDNSNECVVCLSDLRDTLILPCRHLCLC
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD NTCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAMRKKLGPLSPTSFNPIISSQTSDSEEHPSSE
..:::::::::::::::::::::::::::.::: : :::.::.:... :. . .:: .:.
CCDS45 TSCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAVRKKPGALSPVSFSPVLA-QSLEHDEHSNSD
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD NIPPGYEVVSLLEALNGPLTPSPAVPPLHVLGDGHLSGMLPSYGSDGHLPPVRTISPLDR
..::::: .:::::::: . :::.: . . ::. ::: .. .:.
CCDS45 SVPPGYEPISLLEALNGLRAVSPAIPSAPLYEEITYSGI-----SDGLSQASCPLAAIDH
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD LSDSSSQ-GLKLKKSLSKSTSQNSSVLHEEEDEHSCSESETQLSQRPSV--QHLGEECGV
. ::: : : .:. ... . :: .::: ::.. ::. .. : . .:. . .
CCDS45 ILDSSRQKGRPQSKAPDSTLRSPSSPIHEE-DEEKLSED---VDAPPPLGGAELALRESS
420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KSD TPES---ENLTLSSSGAIDQSSCTGTPLSSTI--SSPEGPASSSLAQSVMSMASSQISTD
.::: :.. ::: :.. .. . ... ::::
CCDS45 SPESFITEEVDESSS---PQQGTRAASIENVLQDSSPEHCGRGPPADIYLPALGPDSCSV
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KSD TVSSMSGSYIAPGTEEEGEALSSPQPASRAPSEEGEGLPAESPDSNFAGLPAGEQDAEGN
CCDS45 GIDE
530
>>CCDS42115.1 MGRN1 gene_id:23295|Hs108|chr16 (576 aa)
initn: 1581 init1: 997 opt: 1765 Z-score: 1233.3 bits: 238.4 E(32554): 2.3e-62
Smith-Waterman score: 1872; 54.5% identity (73.2% similar) in 585 aa overlap (1-546:1-572)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGALTSRQHAGVEEVDIPSNSVYRYPPKSGSYFASHFIMGGEKFDSTHPEGYLFGENSDL
::.. ::. ::::..:: .::.::::::::.::::::.:::::::. :::::::::: ::
CCDS42 MGSILSRRIAGVEDIDIQANSAYRYPPKSGNYFASHFFMGGEKFDTPHPEGYLFGENMDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NFLGNRPVVFPYAAPPPQEPVKTLRSLVNIRKDTLRLVKCAEEVKSPGEEASKAKVHYNV
::::.::: :::..: :.:::::::::::::::.::::. ... :: :...: .: :..
CCDS42 NFLGSRPVQFPYVTPAPHEPVKTLRSLVNIRKDSLRLVRYKDDADSPTEDGDKPRVLYSL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EFTFDTDARVAITIYYQATEEFQNGIASYIPKDNSLQSETVQYKRGVCQQFCLPSHTVDP
:::::.::::::::: ::.::: :: : : ::. :::::::.::::: ::: ::: .:
CCDS42 EFTFDADARVAITIYCQASEEFLNGRAVYSPKSPSLQSETVHYKRGVSQQFSLPSFKIDF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230
pF1KSD SEWAEEELGFDLDREVYPLVVHAVVDEGD--EYFGHCHVLLGTFEKHTDGTFCVKPLKQK
::: ..::.::::: :.:.:..::::::: : :: ::::..:::: ::.: :::::::
CCDS42 SEWKDDELNFDLDRGVFPVVIQAVVDEGDVVEVTGHAHVLLAAFEKHMDGSFSVKPLKQK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD QVVDGVSYLLQEIYGIENKYNTQDSKVAEDEVSDNSAECVVCLSDVRDTLILPCRHLCLC
:.:: :::::::::::::: :.:..: ..:: :::: ::::::::.::::::::::::::
CCDS42 QIVDRVSYLLQEIYGIENK-NNQETKPSDDENSDNSNECVVCLSDLRDTLILPCRHLCLC
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD NTCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAMRKKLGPLSPTSFNPIIS-SQTSD-------
..:::::::::::::::::::::::::::.::: : :::.::.:... : :
CCDS42 TSCADTLRYQANNCPICRLPFRALLQIRAVRKKPGALSPVSFSPVLAQSLEHDEHSCPFK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
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