Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1904
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1904, 820 aa
1>>>pF1KSDA1904 820 - 820 aa - 820 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3937+/-0.000956; mu= 11.3572+/- 0.058
mean_var=136.0012+/-28.248, 0's: 0 Z-trim(109.6): 143 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.109977
statistics sampled from 10858 (11009) to 10858 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.681), E-opt: 0.2 (0.338), width: 16
Scan time: 4.540
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33642.1 ELFN2 gene_id:114794|Hs108|chr22 ( 820) 5447 876.3 0
CCDS59046.1 ELFN1 gene_id:392617|Hs108|chr7 ( 828) 1557 259.1 2.2e-68
>>CCDS33642.1 ELFN2 gene_id:114794|Hs108|chr22 (820 aa)
initn: 5447 init1: 5447 opt: 5447 Z-score: 4676.9 bits: 876.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5447; 99.8% identity (99.8% similar) in 820 aa overlap (1-820:1-820)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLRLGLCAAALLCVCRPGAVRADCWLIEGDKGYVWLAICSQNQPPYETIPQHINSTVHDL
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CCDS33 MLRLGLCAAALLCVCRPGAVRADCWLIEGDKGYVWLAICSQNQPPYETIPQHINSTVHDL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD RLNENKLKAVLYSSLNRFGNLTDLNLTKNEISYIEDGAFLGQSSLQVLQLGYNKLSNLTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RLNENKLKAVLYSSLNRFGNLTDLNLTKNEISYIEDGAFLGQSSLQVLQLGYNKLSNLTE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GMLRGMSRLQFLFVQHNLIEVVTPTAFSECPSLISIDLSSNRLSRLDGATFASLASLMVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GMLRGMSRLQFLFVQHNLIEVVTPTAFSECPSLISIDLSSNRLSRLDGATFASLASLMVC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD ELAGNPFNCECDLFGFLAWLVVFNNVTKNYDRLQCESPREFAGYPLLVPRPYHSLNAIIV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :
CCDS33 ELAGNPFNCECDLFGFLAWLVVFNNVTKNYDRLQCESPREFAGYPLLVPRPYHSLNAITV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LQAKCRNGSLPARPVSHPTPYSTDAQREPDENSGFNPDEILSVEPPASSTTDASAGPAIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LQAKCRNGSLPARPVSHPTPYSTDAQREPDENSGFNPDEILSVEPPASSTTDASAGPAIK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LHHVTFTSATLVVIIPHPYSKMYILVQYNNSYFSDVMTLKNKKEIVTLDKLRAHTEYTFC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LHHVTFTSATLVVIIPHPYSKMYILVQYNNSYFSDVMTLKNKKEIVTLDKLRAHTEYTFC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD VTSLRNSRRFNHTCLTFTTRDPVPGDLAPSTSTTTHYIMTILGCLFGMVIVLGAVYYCLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VTSLRNSRRFNHTCLTFTTRDPVPGDLAPSTSTTTHYIMTILGCLFGMVIVLGAVYYCLR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD KRRMQEEKQKSVNVKKTILEMRYGADVDAGSIVHAAQKLGEPPVLPVSRMASIPSMIGEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KRRMQEEKQKSVNVKKTILEMRYGADVDAGSIVHAAQKLGEPPVLPVSRMASIPSMIGEK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD LPTAKGLEAGLDTPKVATKGNYIEVRTGAGGDGLARPEDDLPDLENGQGSAAEISTIAKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LPTAKGLEAGLDTPKVATKGNYIEVRTGAGGDGLARPEDDLPDLENGQGSAAEISTIAKE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD VDKVNQIINNCIDALKLDSASFLGGGSSSGDPELAFECQSLPAAAAASSATGPGALERPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VDKVNQIINNCIDALKLDSASFLGGGSSSGDPELAFECQSLPAAAAASSATGPGALERPS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD FLSPSYKESSHHPLQRQLSADAAVTRKTCSVSSSGSIKSAKVFSLDVPDHPAATGLAKGD
:::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FLSPPYKESSHHPLQRQLSADAAVTRKTCSVSSSGSIKSAKVFSLDVPDHPAATGLAKGD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD SKYIEKGSPLNSPLDRLPLVPAGSGGGSGGGGGIHHLEVKPAYHCSEHRHSFPALYYEEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SKYIEKGSPLNSPLDRLPLVPAGSGGGSGGGGGIHHLEVKPAYHCSEHRHSFPALYYEEG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD ADSLSQRVSFLKPLTRSKRDSTYSQLSPRHYYSGYSSSPEYSSESTHKIWERFRPYKKHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ADSLSQRVSFLKPLTRSKRDSTYSQLSPRHYYSGYSSSPEYSSESTHKIWERFRPYKKHH
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820
pF1KSD REEVYMAAGHALRKKVQFAKDEDLHDILDYWKGVSAQQKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 REEVYMAAGHALRKKVQFAKDEDLHDILDYWKGVSAQQKL
790 800 810 820
>>CCDS59046.1 ELFN1 gene_id:392617|Hs108|chr7 (828 aa)
initn: 2061 init1: 1013 opt: 1557 Z-score: 1341.2 bits: 259.1 E(32554): 2.2e-68
Smith-Waterman score: 2348; 49.1% identity (71.3% similar) in 863 aa overlap (4-819:9-827)
10 20 30 40 50
pF1KSD MLRLGLCAAALLCVCRPGAVRADCWLIEGDKGYVWLAICSQNQPPYETIPQHINS
: .:.:: . : .::::::::::::.::::::::::::::.:::.:::
CCDS59 MAGRGWGALWVCVAAATLLHAGGLARADCWLIEGDKGFVWLAICSQNQPPYEAIPQQINS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD TVHDLRLNENKLKAVLYSSLNRFGNLTDLNLTKNEISYIEDGAFLGQSSLQVLQLGYNKL
:. :::::::....: :.::.:::::: ::::::::.::::::: :: .:::::::::.:
CCDS59 TIVDLRLNENRIRSVQYASLSRFGNLTYLNLTKNEIGYIEDGAFSGQFNLQVLQLGYNRL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD SNLTEGMLRGMSRLQFLFVQHNLIEVVTPTAFSECPSLISIDLSSNRLSRLDGATFASLA
:::::::::...:..:..: :::::: ..: :::....:::: ::...:...:::.::
CCDS59 RNLTEGMLRGLGKLEYLYLQANLIEVVMASSFWECPNIVNIDLSMNRIQQLNSGTFAGLA
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD SLMVCELAGNPFNCECDLFGFLAWLVVFNNVTKNYDRLQCESPREFAGYPLLVPRPYHSL
.: :::: .::: : :.:.::: ::..:.:.:..:::.::::: ..:: ::
CCDS59 KLSVCELYSNPFYCSCELLGFLRWLAAFTNATQTYDRMQCESPPVYSGYYLLGQGRRGHR
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280
pF1KSD NAIIVLQAKCRNGSLPARPVSHPTPYSTDAQ--REPDENSGFNP-------DEILSVE--
. . ::. : . : :. :. : : : .: : : .: :: .: .
CCDS59 SILSKLQSVCTEDSYAAEVVGPPRPASGRSQPGRSPPPPPPPEPSDMPCADDECFSGDGT
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KSD PP----ASSTTDASAGPAIKLHHVTFTSATLVVIIPHPYSKMYILVQYNNSYFSDVMTLK
: . .:.: : : ::....: .:::..: .: :. .:: : ..::: : : :
CCDS59 TPLVALPTLATQAEARPLIKVKQLTQNSATITVQLPSPFHRMYTLEHFNNSKASTVSRLT
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390
pF1KSD NKKEIVTLDKLRAHTEYTFCVTSLRNSRRFNHTCLTFTT-RDPVPGDLAPSTSTTTHYIM
. .: . : .: . :.::.::.: . : ::::::. : : : .:: ::.:::::
CCDS59 KAQEEIRLTNLFTLTNYTYCVVSTSAGLRHNHTCLTICLPRLPSPPGPVPSPSTATHYIM
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KSD TILGCLFGMVIVLGAVYYCLRKRRMQEEKQKSV-------NVKKTILEMRYGADVDAGSI
::::::::::.::::::::::.:: ::::.:.. ..::::.:..:: ...: ..
CCDS59 TILGCLFGMVLVLGAVYYCLRRRRRQEEKHKKAASAAAAGSLKKTIIELKYGPELEAPGL
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500
pF1KSD VHAAQKLGEPPVL-P--VSRMASIPSMIGEKLPTAKGLEAGLDTPKVATKGNYIEVRTGA
. :.. :.: : :.:. .:. :: . : .:.. :::: :.::.:.:::::
CCDS59 A----PLSQGPLLGPEAVTRIPYLPAA-GE-VEQYKLVESA-DTPK-ASKGSYMEVRTGD
490 500 510 520 530
510 520 530 540 550 560
pF1KSD GGDG----LARPEDDLPDLENGQGSAAEISTIAKEVDKVNQIINNCIDALKLDSASFLG-
. :.:: :: .:.:.::::::::::::::::::::::::: .:.:: :
CCDS59 PPERRDCELGRPG---PD---SQSSVAEISTIAKEVDKVNQIINNCIDALKSESTSFQGV
540 550 560 570 580
570 580 590 600 610 620
pF1KSD --GGSSSGDPELAFECQSLPAAAAASSATGPGALERPSFLSPSYKESSHHPLQRQLSADA
: : ..: :.. : : :: . .::.:.::.. : :::. :..:
CCDS59 KSGPVSVAEPPLVL--LSEPLAA------------KHGFLAPGYKDAFGHSLQRHHSVEA
590 600 610 620 630
630 640 650 660 670 680
pF1KSD AVTRKTCSVSSSGSIKSAKVFSLD-VPDHPAATGLAKGDSKYIEKGSPLNSPLDRLPLVP
: .. :.:::::..: ..: . : : ::.. ..:::::::: . . : ..:
CCDS59 AGPPRA-STSSSGSVRSPRAFRAEAVGVHKAAAA----EAKYIEKGSPAADAI--LTVTP
640 650 660 670 680
690 700 710 720 730
pF1KSD AGSGGGSGGGGGIHHLEVKPAYHCSEHRHSFPALYYEEGA-----------DSLSQRVSF
:.. . . :.. . . .:::::.:. . : ..:....:.
CCDS59 AAA---------VLRAEAEKGRQYGEHRHSYPGSHPAEPPAPPGPPPPPPHEGLGRKASI
690 700 710 720 730
740 750 760 770 780
pF1KSD LKPLTRSK-RDSTYSQLSPRHYYSGYSSSPEYSSESTHKIWERFR-PYKKHHREEVYMAA
:.:::: . :: .::::::... .:::::::. .....:::::: ..:..:: .:::
CCDS59 LEPLTRPRPRDLAYSQLSPQYHSLSYSSSPEYTCRASQSIWERFRLSRRRHKEEEEFMAA
740 750 760 770 780 790
790 800 810 820
pF1KSD GHALRKKVQFAKDEDLHDILDYWKGVSAQQKL
:::::::::::::::::::::::::::::.:
CCDS59 GHALRKKVQFAKDEDLHDILDYWKGVSAQHKS
800 810 820
820 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 07:41:11 2016 done: Thu Nov 3 07:41:11 2016
Total Scan time: 4.540 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]