Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1895
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1895, 611 aa
1>>>pF1KSDA1895 611 - 611 aa - 611 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3770+/-0.00114; mu= 13.4643+/- 0.069
mean_var=76.9644+/-15.661, 0's: 0 Z-trim(102.2): 25 B-trim: 0 in 0/48
Lambda= 0.146194
statistics sampled from 6841 (6849) to 6841 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.566), E-opt: 0.2 (0.21), width: 16
Scan time: 2.960
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7973.1 FAM111A gene_id:63901|Hs108|chr11 ( 611) 4083 871.3 0
CCDS44611.1 FAM111B gene_id:374393|Hs108|chr11 ( 704) 884 196.6 9.3e-50
CCDS7972.1 FAM111B gene_id:374393|Hs108|chr11 ( 734) 884 196.6 9.7e-50
>>CCDS7973.1 FAM111A gene_id:63901|Hs108|chr11 (611 aa)
initn: 4083 init1: 4083 opt: 4083 Z-score: 4654.3 bits: 871.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4083; 100.0% identity (100.0% similar) in 611 aa overlap (1-611:1-611)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSCKKQRSRKHSVNEKCNMKIEHYFSPVSKEQQNNCSTSLMRMESRGDPRATTNTQAQRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 MSCKKQRSRKHSVNEKCNMKIEHYFSPVSKEQQNNCSTSLMRMESRGDPRATTNTQAQRF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD HSPKKNPEDQTMPQNRTIYVTLKVNHRRNQDMKLKLTHSENSSLYMALNTLQAVRKEIET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 HSPKKNPEDQTMPQNRTIYVTLKVNHRRNQDMKLKLTHSENSSLYMALNTLQAVRKEIET
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD HQGQEMLVRGTEGIKEYINLGMPLSCFPEGGQVVITFSQSKSKQKEDNHIFGRQDKASTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 HQGQEMLVRGTEGIKEYINLGMPLSCFPEGGQVVITFSQSKSKQKEDNHIFGRQDKASTE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD CVKFYIHAIGIGKCKRRIVKCGKLHKKGRKLCVYAFKGETIKDALCKDGRFLSFLENDDW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 CVKFYIHAIGIGKCKRRIVKCGKLHKKGRKLCVYAFKGETIKDALCKDGRFLSFLENDDW
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KLIENNDTILESTQPVDELEGRYFQVEVEKRMVPSAAASQNPESEKRNTCVLREQIVAQY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 KLIENNDTILESTQPVDELEGRYFQVEVEKRMVPSAAASQNPESEKRNTCVLREQIVAQY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PSLKRESEKIIENFKKKMKVKNGETLFELHRTTFGKVTKNSSSIKVVKLLVRLSDSVGYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 PSLKRESEKIIENFKKKMKVKNGETLFELHRTTFGKVTKNSSSIKVVKLLVRLSDSVGYL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD FWDSATTGYATCFVFKGLFILTCRHVIDSIVGDGIEPSKWATIIGQCVRVTFGYEELKDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 FWDSATTGYATCFVFKGLFILTCRHVIDSIVGDGIEPSKWATIIGQCVRVTFGYEELKDK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ETNYFFVEPWFEIHNEELDYAVLKLKENGQQVPMELYNGITPVPLSGLIHIIGHPYGEKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 ETNYFFVEPWFEIHNEELDYAVLKLKENGQQVPMELYNGITPVPLSGLIHIIGHPYGEKK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD QIDACAVIPQGQRAKKCQERVQSKKAESPEYVHMYTQRSFQKIVHNPDVITYDTEFFFGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 QIDACAVIPQGQRAKKCQERVQSKKAESPEYVHMYTQRSFQKIVHNPDVITYDTEFFFGA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD SGSPVFDSKGSLVAMHAAGFAYTYQNETRSIIEFGSTMESILLDIKQRHKPWYEEVFVNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS79 SGSPVFDSKGSLVAMHAAGFAYTYQNETRSIIEFGSTMESILLDIKQRHKPWYEEVFVNQ
550 560 570 580 590 600
610
pF1KSD QDVEMMSDEDL
:::::::::::
CCDS79 QDVEMMSDEDL
610
>>CCDS44611.1 FAM111B gene_id:374393|Hs108|chr11 (704 aa)
initn: 1073 init1: 501 opt: 884 Z-score: 1006.8 bits: 196.6 E(32554): 9.3e-50
Smith-Waterman score: 1126; 33.7% identity (60.1% similar) in 646 aa overlap (75-609:46-686)
50 60 70 80 90 100
pF1KSD SRGDPRATTNTQAQRFHSPKKNPEDQTMPQNRTIYVTLKVN-HRRNQDMKLKLTHSENS-
:. :. .: . :. : .. .... :
CCDS44 GIRKCSSTFKLKSEVNKHETALEMQNPNLNNKECCFTFTLNGNSRKLDRSVFTAYGKPSE
20 30 40 50 60 70
110 120 130 140 150 160
pF1KSD SLYMALNTLQAVRKEIETHQGQEMLVRGTEGIKEYINLGMPLSCFPEGGQVVITFSQSKS
:.: ::.. . ..:... .....: . : .:::::::.:.: .. :::.: ::
CCDS44 SIYSALSANDYFSERIKNQFNKNIIVYEEKTIDGHINLGMPLKCLPSDSHFKITFGQRKS
80 90 100 110 120 130
170 180 190 200 210 220
pF1KSD KQKEDNHIFGRQDKASTECVKFYIHAIGIGKCKRRIVKCGKLHKKGRKLCVYAFKGETIK
. :::.::. . .. . ::. : :...::. ...::: ..::.:: :::.::.:::::.
CCDS44 S-KEDGHILRQCENPNMECILF--HVVAIGRTRKKIVKINELHEKGSKLCIYALKGETIE
140 150 160 170 180 190
230 240 250 260 270
pF1KSD DALCKDGRFLSFLENDDWKLIENNDTILESTQPVDELEGRYFQVEVEKR-----------
:::::::: : . . .::: :.. : . . :::. :. ..... :.
CCDS44 GALCKDGRFRSDIGEFEWKLKEGHKKIYGKQSMVDEVSGKVLEMDISKKKALQQKDIHKK
200 210 220 230 240 250
280
pF1KSD ---------------MVPSAAASQNPESE--------------------------KRNT-
.. : ..:... :.:
CCDS44 IKQNESATDEINHQSLIQSKKKVHKPKKDGETKDVEHSREQILPPQDLSHYIKDKTRQTI
260 270 280 290 300 310
290 300
pF1KSD --------C-----------------------------------------VLREQIVAQY
: .: : :. ::
CCDS44 PRIRNYYFCSLPRKYRQINSQVRRRPHLGRRYAINLDVQKEAINLLKNYQTLNEAIMHQY
320 330 340 350 360 370
310 320 330 340 350
pF1KSD PSLKRESEKIIENFKKKMKVKN--GETLFELHRTTFGKVTKNSSSIKVVKLLVRLSDSVG
:..:.:.. . . :....: : :.... :::.: :: :. . . :. : :::
CCDS44 PNFKEEAQWVRKYFREEQKRMNLSPAKQFNIYKKDFGKMTANSVSVATCEQLTYYSKSVG
380 390 400 410 420 430
360 370 380 390 400 410
pF1KSD YLFWDS-ATTGYATCFVFKGLFILTCRHVIDSIVGDGIEPSKWATIIGQCVRVTFGYEEL
.. ::. ..:: ::::::.: .:.:::::. .:: . .:: : ::..:..::: : :.
CCDS44 FMQWDNNGNTGNATCFVFNGGYIFTCRHVVHLMVGKNTHPSLWPDIISKCAKVTFTYTEF
440 450 460 470 480 490
420 430 440 450 460 470
pF1KSD KDKETNYFFVEPWFEIHNEELDYAVLKLKENGQQVPMELYNGITPVPLSGLIHIIGHPYG
:.: .:::... ::.::::.:::::::. : :. :.: : .:::..:::: :
CCDS44 CPTPDNWFSIEPWLKVSNENLDYAILKLKENGNAFPPGLWRQISPQPSTGLIYLIGHPEG
500 510 520 530 540 550
480 490 500 510 520 530
pF1KSD EKKQIDACAVIPQGQRAKK----CQERVQSKKAESPEYVHMYTQRSFQKIVHNPDVITYD
. :.::.:.::: ..: :: ::. . . . . :.::::: . : : ...::
CCDS44 QIKKIDGCTVIPLNERLKKYPNDCQDGLVDLYDTTSNVYCMFTQRSFLSEVWNTHTLSYD
560 570 580 590 600 610
540 550 560 570 580 590
pF1KSD TEFFFGASGSPVFDSKGSLVAMHAAGFAYTYQNETRSIIEFGSTMESILLDIKQRHKPWY
: : :.::::::...:.:::.:. :. : .....:::: .:.::: :::. .. :
CCDS44 TCFSDGSSGSPVFNASGKLVALHTFGLFYQRGFNVHALIEFGYSMDSILCDIKKTNESLY
620 630 640 650 660 670
600 610
pF1KSD EEVFVNQQDVEMMSDEDL
. . :.. .: ...:
CCDS44 KSL--NDEKLETYDEEKGKQESSLQDHQIEPMEC
680 690 700
>>CCDS7972.1 FAM111B gene_id:374393|Hs108|chr11 (734 aa)
initn: 1073 init1: 501 opt: 884 Z-score: 1006.5 bits: 196.6 E(32554): 9.7e-50
Smith-Waterman score: 1126; 33.7% identity (60.1% similar) in 646 aa overlap (75-609:76-716)
50 60 70 80 90 100
pF1KSD SRGDPRATTNTQAQRFHSPKKNPEDQTMPQNRTIYVTLKVN-HRRNQDMKLKLTHSENS-
:. :. .: . :. : .. .... :
CCDS79 GIRKCSSTFKLKSEVNKHETALEMQNPNLNNKECCFTFTLNGNSRKLDRSVFTAYGKPSE
50 60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KSD SLYMALNTLQAVRKEIETHQGQEMLVRGTEGIKEYINLGMPLSCFPEGGQVVITFSQSKS
:.: ::.. . ..:... .....: . : .:::::::.:.: .. :::.: ::
CCDS79 SIYSALSANDYFSERIKNQFNKNIIVYEEKTIDGHINLGMPLKCLPSDSHFKITFGQRKS
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KSD KQKEDNHIFGRQDKASTECVKFYIHAIGIGKCKRRIVKCGKLHKKGRKLCVYAFKGETIK
. :::.::. . .. . ::. : :...::. ...::: ..::.:: :::.::.:::::.
CCDS79 S-KEDGHILRQCENPNMECILF--HVVAIGRTRKKIVKINELHEKGSKLCIYALKGETIE
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270
pF1KSD DALCKDGRFLSFLENDDWKLIENNDTILESTQPVDELEGRYFQVEVEKR-----------
:::::::: : . . .::: :.. : . . :::. :. ..... :.
CCDS79 GALCKDGRFRSDIGEFEWKLKEGHKKIYGKQSMVDEVSGKVLEMDISKKKALQQKDIHKK
230 240 250 260 270 280
280
pF1KSD ---------------MVPSAAASQNPESE--------------------------KRNT-
.. : ..:... :.:
CCDS79 IKQNESATDEINHQSLIQSKKKVHKPKKDGETKDVEHSREQILPPQDLSHYIKDKTRQTI
290 300 310 320 330 340
290 300
pF1KSD --------C-----------------------------------------VLREQIVAQY
: .: : :. ::
CCDS79 PRIRNYYFCSLPRKYRQINSQVRRRPHLGRRYAINLDVQKEAINLLKNYQTLNEAIMHQY
350 360 370 380 390 400
310 320 330 340 350
pF1KSD PSLKRESEKIIENFKKKMKVKN--GETLFELHRTTFGKVTKNSSSIKVVKLLVRLSDSVG
:..:.:.. . . :....: : :.... :::.: :: :. . . :. : :::
CCDS79 PNFKEEAQWVRKYFREEQKRMNLSPAKQFNIYKKDFGKMTANSVSVATCEQLTYYSKSVG
410 420 430 440 450 460
360 370 380 390 400 410
pF1KSD YLFWDS-ATTGYATCFVFKGLFILTCRHVIDSIVGDGIEPSKWATIIGQCVRVTFGYEEL
.. ::. ..:: ::::::.: .:.:::::. .:: . .:: : ::..:..::: : :.
CCDS79 FMQWDNNGNTGNATCFVFNGGYIFTCRHVVHLMVGKNTHPSLWPDIISKCAKVTFTYTEF
470 480 490 500 510 520
420 430 440 450 460 470
pF1KSD KDKETNYFFVEPWFEIHNEELDYAVLKLKENGQQVPMELYNGITPVPLSGLIHIIGHPYG
:.: .:::... ::.::::.:::::::. : :. :.: : .:::..:::: :
CCDS79 CPTPDNWFSIEPWLKVSNENLDYAILKLKENGNAFPPGLWRQISPQPSTGLIYLIGHPEG
530 540 550 560 570 580
480 490 500 510 520 530
pF1KSD EKKQIDACAVIPQGQRAKK----CQERVQSKKAESPEYVHMYTQRSFQKIVHNPDVITYD
. :.::.:.::: ..: :: ::. . . . . :.::::: . : : ...::
CCDS79 QIKKIDGCTVIPLNERLKKYPNDCQDGLVDLYDTTSNVYCMFTQRSFLSEVWNTHTLSYD
590 600 610 620 630 640
540 550 560 570 580 590
pF1KSD TEFFFGASGSPVFDSKGSLVAMHAAGFAYTYQNETRSIIEFGSTMESILLDIKQRHKPWY
: : :.::::::...:.:::.:. :. : .....:::: .:.::: :::. .. :
CCDS79 TCFSDGSSGSPVFNASGKLVALHTFGLFYQRGFNVHALIEFGYSMDSILCDIKKTNESLY
650 660 670 680 690 700
600 610
pF1KSD EEVFVNQQDVEMMSDEDL
. . :.. .: ...:
CCDS79 KSL--NDEKLETYDEEKGKQESSLQDHQIEPMEC
710 720 730
611 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 07:38:36 2016 done: Thu Nov 3 07:38:36 2016
Total Scan time: 2.960 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]