Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1869
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1869, 930 aa
1>>>pF1KSDA1869 930 - 930 aa - 930 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.6661+/-0.00103; mu= -1.7622+/- 0.062
mean_var=354.1466+/-72.789, 0's: 0 Z-trim(115.2): 67 B-trim: 262 in 2/51
Lambda= 0.068153
statistics sampled from 15713 (15778) to 15713 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.773), E-opt: 0.2 (0.485), width: 16
Scan time: 5.310
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS984.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1 ( 930) 6452 649.0 1.2e-185
CCDS53364.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1 ( 962) 4029 410.8 6.5e-114
CCDS53363.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1 ( 922) 2538 264.1 8.5e-70
CCDS32224.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 (1011) 2147 225.7 3.4e-58
CCDS32226.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 (1017) 2146 225.6 3.7e-58
CCDS32227.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 ( 998) 2038 215.0 5.7e-55
CCDS32228.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 ( 597) 2021 213.1 1.2e-54
CCDS32225.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 (1073) 2015 212.8 2.9e-54
CCDS12131.1 SEMA6B gene_id:10501|Hs108|chr19 ( 888) 1909 202.3 3.4e-51
CCDS47256.1 SEMA6A gene_id:57556|Hs108|chr5 (1030) 1851 196.6 2e-49
CCDS75288.1 SEMA6A gene_id:57556|Hs108|chr5 (1047) 1851 196.6 2e-49
CCDS32229.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 ( 476) 1718 183.3 9.8e-46
CCDS82779.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3 ( 754) 960 108.9 3.7e-23
CCDS82780.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3 ( 686) 953 108.2 5.6e-23
CCDS5599.1 SEMA3A gene_id:10371|Hs108|chr7 ( 771) 849 98.0 7.3e-20
CCDS2811.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3 ( 785) 817 94.9 6.6e-19
CCDS74995.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1057) 816 94.9 8.7e-19
CCDS35491.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1151) 816 94.9 9.3e-19
CCDS58848.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1205) 816 94.9 9.6e-19
CCDS3875.1 SEMA5A gene_id:9037|Hs108|chr5 (1074) 798 93.1 3e-18
CCDS74941.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3 ( 749) 774 90.6 1.2e-17
CCDS77744.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3 ( 748) 762 89.4 2.7e-17
CCDS6685.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9 ( 862) 735 86.8 1.9e-16
CCDS47991.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9 ( 738) 730 86.3 2.4e-16
CCDS55121.1 SEMA3E gene_id:9723|Hs108|chr7 ( 715) 691 82.4 3.3e-15
CCDS34674.1 SEMA3E gene_id:9723|Hs108|chr7 ( 775) 691 82.5 3.5e-15
CCDS2029.1 SEMA4C gene_id:54910|Hs108|chr2 ( 833) 686 82.0 5.2e-15
CCDS5596.1 SEMA3C gene_id:10512|Hs108|chr7 ( 751) 659 79.3 3e-14
CCDS1132.1 SEMA4A gene_id:64218|Hs108|chr1 ( 761) 649 78.3 6e-14
CCDS77743.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3 ( 754) 632 76.7 1.9e-13
CCDS34676.1 SEMA3D gene_id:223117|Hs108|chr7 ( 777) 589 72.4 3.7e-12
CCDS2856.1 SEMA3G gene_id:56920|Hs108|chr3 ( 782) 573 70.9 1.1e-11
>>CCDS984.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1 (930 aa)
initn: 6452 init1: 6452 opt: 6452 Z-score: 3446.3 bits: 649.0 E(32554): 1.2e-185
Smith-Waterman score: 6452; 100.0% identity (100.0% similar) in 930 aa overlap (1-930:1-930)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MPRAPHFMPLLLLLLLLSLPHTQAAFPQDPLPLLISDLQGTSPLSWFRGLEDDAVAAELG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 MPRAPHFMPLLLLLLLLSLPHTQAAFPQDPLPLLISDLQGTSPLSWFRGLEDDAVAAELG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LDFQRFLTLNRTLLVAARDHVFSFDLQAEEEGEGLVPNKYLTWRSQDVENCAVRGKLTDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 LDFQRFLTLNRTLLVAARDHVFSFDLQAEEEGEGLVPNKYLTWRSQDVENCAVRGKLTDE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD CYNYIRVLVPWDSQTLLACGTNSFSPVCRSYGITSLQQEGEELSGQARCPFDATQSNVAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 CYNYIRVLVPWDSQTLLACGTNSFSPVCRSYGITSLQQEGEELSGQARCPFDATQSNVAI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FAEGSLYSATAADFQASDAVVYRSLGPQPPLRSAKYDSKWLREPHFVQALEHGDHVYFFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 FAEGSLYSATAADFQASDAVVYRSLGPQPPLRSAKYDSKWLREPHFVQALEHGDHVYFFF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD REVSVEDARLGRVQFSRVARVCKRDMGGSPRALDRHWTSFLKLRLNCSVPGDSTFYFDVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 REVSVEDARLGRVQFSRVARVCKRDMGGSPRALDRHWTSFLKLRLNCSVPGDSTFYFDVL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD QALTGPVNLHGRSALFGVFTTQTNSIPGSAVCAFYLDEIERGFEGKFKEQRSLDGAWTPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 QALTGPVNLHGRSALFGVFTTQTNSIPGSAVCAFYLDEIERGFEGKFKEQRSLDGAWTPV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SEDRVPSPRPGSCAGVGGAALFSSSRDLPDDVLTFIKAHPLLDPAVPPVTHQPLLTLTSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 SEDRVPSPRPGSCAGVGGAALFSSSRDLPDDVLTFIKAHPLLDPAVPPVTHQPLLTLTSR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ALLTQVAVDGMAGPHSNITVMFLGSNDGTVLKVLTPGGRSGGPEPILLEEIDAYSPARCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 ALLTQVAVDGMAGPHSNITVMFLGSNDGTVLKVLTPGGRSGGPEPILLEEIDAYSPARCS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GKRTAQTARRIIGLELDTEGHRLFVAFSGCIVYLPLSRCARHGACQRSCLASQDPYCGWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 GKRTAQTARRIIGLELDTEGHRLFVAFSGCIVYLPLSRCARHGACQRSCLASQDPYCGWH
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD SSRGCVDIRGSGGTDVDQAGNQESMEHGDCQDGATGSQSGPGDSAYGVRRDLPPASASRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 SSRGCVDIRGSGGTDVDQAGNQESMEHGDCQDGATGSQSGPGDSAYGVRRDLPPASASRS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD VPIPLLLASVAAAFALGASVSGLLVSCACRRAHRRRGKDIETPGLPRPLSLRSLARLHGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 VPIPLLLASVAAAFALGASVSGLLVSCACRRAHRRRGKDIETPGLPRPLSLRSLARLHGG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD GPEPPPPSKDGDAVQTPQLYTTFLPPPEGVPPPELACLPTPESTPELPVKHLRAAGDPWE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 GPEPPPPSKDGDAVQTPQLYTTFLPPPEGVPPPELACLPTPESTPELPVKHLRAAGDPWE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD WNQNRNNAKEGPGRSRGGHAAGGPAPRVLVRPPPPGCPGQAVEVTTLEELLRYLHGPQPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 WNQNRNNAKEGPGRSRGGHAAGGPAPRVLVRPPPPGCPGQAVEVTTLEELLRYLHGPQPP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD RKGAEPPAPLTSRALPPEPAPALLGGPSPRPHECASPLRLDVPPEGRCASAPARPALSAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 RKGAEPPAPLTSRALPPEPAPALLGGPSPRPHECASPLRLDVPPEGRCASAPARPALSAP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD APRLGVGGGRRLPFSGHRAPPALLTRVPSGGPSRYSGGPGKHLLYLGRPEGYRGRALKRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 APRLGVGGGRRLPFSGHRAPPALLTRVPSGGPSRYSGGPGKHLLYLGRPEGYRGRALKRV
850 860 870 880 890 900
910 920 930
pF1KSD DVEKPQLSLKPPLVGPSSRQAVPNGGRFNF
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 DVEKPQLSLKPPLVGPSSRQAVPNGGRFNF
910 920 930
>>CCDS53364.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1 (962 aa)
initn: 6438 init1: 4009 opt: 4029 Z-score: 2158.6 bits: 410.8 E(32554): 6.5e-114
Smith-Waterman score: 6378; 96.7% identity (96.7% similar) in 962 aa overlap (1-930:1-962)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MPRAPHFMPLLLLLLLLSLPHTQAAFPQDPLPLLISDLQGTSPLSWFRGLEDDAVAAELG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MPRAPHFMPLLLLLLLLSLPHTQAAFPQDPLPLLISDLQGTSPLSWFRGLEDDAVAAELG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LDFQRFLTLNRTLLVAARDHVFSFDLQAEEEGEGLVPNKYLTWRSQDVENCAVRGKLTDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LDFQRFLTLNRTLLVAARDHVFSFDLQAEEEGEGLVPNKYLTWRSQDVENCAVRGKLTDE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD CYNYIRVLVPWDSQTLLACGTNSFSPVCRSYGITSLQQEGEELSGQARCPFDATQSNVAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 CYNYIRVLVPWDSQTLLACGTNSFSPVCRSYGITSLQQEGEELSGQARCPFDATQSNVAI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FAEGSLYSATAADFQASDAVVYRSLGPQPPLRSAKYDSKWLREPHFVQALEHGDHVYFFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 FAEGSLYSATAADFQASDAVVYRSLGPQPPLRSAKYDSKWLREPHFVQALEHGDHVYFFF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD REVSVEDARLGRVQFSRVARVCKRDMGGSPRALDRHWTSFLKLRLNCSVPGDSTFYFDVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 REVSVEDARLGRVQFSRVARVCKRDMGGSPRALDRHWTSFLKLRLNCSVPGDSTFYFDVL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD QALTGPVNLHGRSALFGVFTTQTNSIPGSAVCAFYLDEIERGFEGKFKEQRSLDGAWTPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QALTGPVNLHGRSALFGVFTTQTNSIPGSAVCAFYLDEIERGFEGKFKEQRSLDGAWTPV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SEDRVPSPRPGSCAGVGGAALFSSSRDLPDDVLTFIKAHPLLDPAVPPVTHQPLLTLTSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SEDRVPSPRPGSCAGVGGAALFSSSRDLPDDVLTFIKAHPLLDPAVPPVTHQPLLTLTSR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ALLTQVAVDGMAGPHSNITVMFLGSNDGTVLKVLTPGGRSGGPEPILLEEIDAYSPARCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ALLTQVAVDGMAGPHSNITVMFLGSNDGTVLKVLTPGGRSGGPEPILLEEIDAYSPARCS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GKRTAQTARRIIGLELDTEGHRLFVAFSGCIVYLPLSRCARHGACQRSCLASQDPYCGWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GKRTAQTARRIIGLELDTEGHRLFVAFSGCIVYLPLSRCARHGACQRSCLASQDPYCGWH
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580
pF1KSD SSRGCVDIRGSGGTDVDQAGNQESMEHGDCQDGATGSQSGPGDSAY--------------
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SSRGCVDIRGSGGTDVDQAGNQESMEHGDCQDGATGSQSGPGDSAYVLPGPGPSPGTPSP
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620
pF1KSD ------------------GVRRDLPPASASRSVPIPLLLASVAAAFALGASVSGLLVSCA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PSDAHPRPQSSTLGVHTRGVRRDLPPASASRSVPIPLLLASVAAAFALGASVSGLLVSCA
610 620 630 640 650 660
630 640 650 660 670 680
pF1KSD CRRAHRRRGKDIETPGLPRPLSLRSLARLHGGGPEPPPPSKDGDAVQTPQLYTTFLPPPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 CRRAHRRRGKDIETPGLPRPLSLRSLARLHGGGPEPPPPSKDGDAVQTPQLYTTFLPPPE
670 680 690 700 710 720
690 700 710 720 730 740
pF1KSD GVPPPELACLPTPESTPELPVKHLRAAGDPWEWNQNRNNAKEGPGRSRGGHAAGGPAPRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GVPPPELACLPTPESTPELPVKHLRAAGDPWEWNQNRNNAKEGPGRSRGGHAAGGPAPRV
730 740 750 760 770 780
750 760 770 780 790 800
pF1KSD LVRPPPPGCPGQAVEVTTLEELLRYLHGPQPPRKGAEPPAPLTSRALPPEPAPALLGGPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LVRPPPPGCPGQAVEVTTLEELLRYLHGPQPPRKGAEPPAPLTSRALPPEPAPALLGGPS
790 800 810 820 830 840
810 820 830 840 850 860
pF1KSD PRPHECASPLRLDVPPEGRCASAPARPALSAPAPRLGVGGGRRLPFSGHRAPPALLTRVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PRPHECASPLRLDVPPEGRCASAPARPALSAPAPRLGVGGGRRLPFSGHRAPPALLTRVP
850 860 870 880 890 900
870 880 890 900 910 920
pF1KSD SGGPSRYSGGPGKHLLYLGRPEGYRGRALKRVDVEKPQLSLKPPLVGPSSRQAVPNGGRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SGGPSRYSGGPGKHLLYLGRPEGYRGRALKRVDVEKPQLSLKPPLVGPSSRQAVPNGGRF
910 920 930 940 950 960
930
pF1KSD NF
::
CCDS53 NF
>>CCDS53363.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1 (922 aa)
initn: 4942 init1: 2513 opt: 2538 Z-score: 1366.5 bits: 264.1 E(32554): 8.5e-70
Smith-Waterman score: 6023; 92.5% identity (92.5% similar) in 962 aa overlap (1-930:1-922)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MPRAPHFMPLLLLLLLLSLPHTQAAFPQDPLPLLISDLQGTSPLSWFRGLEDDAVAAELG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MPRAPHFMPLLLLLLLLSLPHTQAAFPQDPLPLLISDLQGTSPLSWFRGLEDDAVAAELG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LDFQRFLTLNRTLLVAARDHVFSFDLQAEEEGEGLVPNKYLTWRSQDVENCAVRGKLTDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LDFQRFLTLNRTLLVAARDHVFSFDLQAEEEGEGLVPNKYLTWRSQDVENCAVRGKLTDE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD CYNYIRVLVPWDSQTLLACGTNSFSPVCRSYGITSLQQEGEELSGQARCPFDATQSNVAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 CYNYIRVLVPWDSQTLLACGTNSFSPVCRSYGITSLQQEGEELSGQARCPFDATQSNVAI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FAEGSLYSATAADFQASDAVVYRSLGPQPPLRSAKYDSKWLREPHFVQALEHGDHVYFFF
::: :::::::::::::::::
CCDS53 FAE----------------------------------------PHFVQALEHGDHVYFFF
190 200
250 260 270 280 290 300
pF1KSD REVSVEDARLGRVQFSRVARVCKRDMGGSPRALDRHWTSFLKLRLNCSVPGDSTFYFDVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 REVSVEDARLGRVQFSRVARVCKRDMGGSPRALDRHWTSFLKLRLNCSVPGDSTFYFDVL
210 220 230 240 250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KSD QALTGPVNLHGRSALFGVFTTQTNSIPGSAVCAFYLDEIERGFEGKFKEQRSLDGAWTPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 QALTGPVNLHGRSALFGVFTTQTNSIPGSAVCAFYLDEIERGFEGKFKEQRSLDGAWTPV
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SEDRVPSPRPGSCAGVGGAALFSSSRDLPDDVLTFIKAHPLLDPAVPPVTHQPLLTLTSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SEDRVPSPRPGSCAGVGGAALFSSSRDLPDDVLTFIKAHPLLDPAVPPVTHQPLLTLTSR
330 340 350 360 370 380
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ALLTQVAVDGMAGPHSNITVMFLGSNDGTVLKVLTPGGRSGGPEPILLEEIDAYSPARCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 ALLTQVAVDGMAGPHSNITVMFLGSNDGTVLKVLTPGGRSGGPEPILLEEIDAYSPARCS
390 400 410 420 430 440
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GKRTAQTARRIIGLELDTEGHRLFVAFSGCIVYLPLSRCARHGACQRSCLASQDPYCGWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GKRTAQTARRIIGLELDTEGHRLFVAFSGCIVYLPLSRCARHGACQRSCLASQDPYCGWH
450 460 470 480 490 500
550 560 570 580
pF1KSD SSRGCVDIRGSGGTDVDQAGNQESMEHGDCQDGATGSQSGPGDSAY--------------
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SSRGCVDIRGSGGTDVDQAGNQESMEHGDCQDGATGSQSGPGDSAYVLPGPGPSPGTPSP
510 520 530 540 550 560
590 600 610 620
pF1KSD ------------------GVRRDLPPASASRSVPIPLLLASVAAAFALGASVSGLLVSCA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PSDAHPRPQSSTLGVHTRGVRRDLPPASASRSVPIPLLLASVAAAFALGASVSGLLVSCA
570 580 590 600 610 620
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CCDS53 CRRAHRRRGKDIETPGLPRPLSLRSLARLHGGGPEPPPPSKDGDAVQTPQLYTTFLPPPE
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CCDS53 GVPPPELACLPTPESTPELPVKHLRAAGDPWEWNQNRNNAKEGPGRSRGGHAAGGPAPRV
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CCDS53 LVRPPPPGCPGQAVEVTTLEELLRYLHGPQPPRKGAEPPAPLTSRALPPEPAPALLGGPS
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CCDS53 PRPHECASPLRLDVPPEGRCASAPARPALSAPAPRLGVGGGRRLPFSGHRAPPALLTRVP
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930
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CCDS53 NF
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CCDS32 PPPHSPLSHGHIPSAIVLPNATHDYNTSFSNSNAHKAEKKLQNIDHPLTKSSSKRDHRRS
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pF1KSD S-RALLTQVAVDGMAGPHSNITVMFLGSNDGTVLKVLTPGGRSGGPEPILLEEIDAYSPA
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CCDS32 AKLNGLFDSPVKEYQQN--IDSPKLYSNLLTSRKELPPNGDTKSMVMDHRGQPPELAALP
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CCDS32 TPESTPVLHQKTLQAM-------KSHSEKAHGHGASRK------ETPQFFPSSPPPHSPL
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CCDS32 SHGHIPSAIVLPNATHDYNTSFSNSNAHKAEKKLQNIDHPLTKSSSKRDHRRSVDSRNTL
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CCDS32 LDFQLMLKIRDTLYIAGRDQVYTVNLNEMPKTE-VIPNKKLTWRSRQQDRENCAMKGKHK
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pF1KSD VLQALTGPVNLHGRSALFGVFTTQTNSIPGSAVCAFYLDEIERGFEGKFKEQRSLDGAWT
:::..: ....: .. :::::: ::::::::::: .:.::. :.:.::::.. :..::
CCDS32 VLQSITDIIQINGIPTVVGVFTTQLNSIPGSAVCAFSMDDIEKVFKGRFKEQKTPDSVWT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD PVSEDRVPSPRPGSCAGVGGAALFSSSRDLPDDVLTFIKAHPLLDPAVPPVTHQPLLTLT
: ::.::.:::: :: : : ...: :.::..:.:::.:::.: ::::.. .: .: :
CCDS32 AVPEDKVPKPRPGCCAKHGLAEAYKTSIDFPDETLSFIKSHPLMDSAVPPIADEPWFTKT
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD S-RALLTQVAVDGMAGPHSNITVMFLGSNDGTVLKVLTPGGRSGGPEPILLEEIDAYSPA
: :: ..:: :::..: ::.:.::. : :::::. . . . .:::::.::. :
CCDS32 RVRYRLTAISVDHSAGPYQNYTVIFVGSEAGMVLKVLAKTSPFSLNDSVLLEEIEAYNHA
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KSD RCSGKRTAQTARRIIGLELDTEGHRLFVAFSGCIVYLPLSRCARHGACQRSCLASQDPYC
.::.. . ...:.:.:: . : :.::::.::. .::::: :.:.:..::.::.::::
CCDS32 KCSAE--NEEDKKVISLQLDKDHHALYVAFSSCIIRIPLSRCERYGSCKKSCIASRDPYC
480 490 500 510 520 530
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pF1KSD GWHSSRGCVDIR-GSGGTDVDQAGNQESMEH-GDCQDGATGSQSGPGDSAYGVRRDLPPA
:: :. .: . : . .: . . : :::.: ..:.:
CCDS32 GWLSQGSCGRVTPGMLAEGYEQDTEFGNTAHLGDCHDMEVSSSSVTTMVYDGKSSLESPT
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KSD SASRSVPIPLLLASVAAAFALGASVSGLLVSCACRRAHRRRGKDIETPGLPRPLSLRSLA
CCDS32 RWST
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10 20 30 40 50 60
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CCDS32 MRVFLLCAYILLLMVSQLRAVSFPEDDEPLNTVDYHYSRQYPVFRG-RPSGNESQHR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KSD LDFQRFLTLNRTLLVAARDHVFSFDLQAEEEGEGLVPNKYLTWRS--QDVENCAVRGKLT
:::: .: . :: .:.::.:.. .:. . : ..::: ::::: :: ::::..::
CCDS32 LDFQLMLKIRDTLYIAGRDQVYTVNLNEMPKTE-VIPNKKLTWRSRQQDRENCAMKGKHK
60 70 80 90 100 110
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pF1KSD DECYNYIRVLVPWDSQTLLACGTNSFSPVCRSYGITSLQQEGEELSGQARCPFDATQSNV
:::.:.:.:.:: ... ...::::.:.:.:: : ...:. .:::.:: ::::::: :.::
CCDS32 DECHNFIKVFVPRNDEMVFVCGTNAFNPMCRYYRLSTLEYDGEEISGLARCPFDARQTNV
120 130 140 150 160 170
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:.::.:.:::::.::: :::::.:::.: ::. ::::::..::::..:.:.:..:::
CCDS32 ALFADGKLYSATVADFLASDAVIYRSMGDGSALRTIKYDSKWIKEPHFLHAIEYGNYVYF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD FFREVSVEDARLGRVQFSRVARVCKRDMGGSPRALDRHWTSFLKLRLNCSVPGDSTFYFD
::::..:: ::.. .:::::.:: ::::: :.:..::::::: :::::::::: ::::
CCDS32 FFREIAVEHNNLGKAVYSRVARICKNDMGGSQRVLEKHWTSFLKARLNCSVPGDSFFYFD
240 250 260 270 280 290
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pF1KSD VLQALTGPVNLHGRSALFGVFTTQTNSIPGSAVCAFYLDEIERGFEGKFKEQRSLDGAWT
:::..: ....: .. :::::: ::::::::::: .:.::. :.:.::::.. :..::
CCDS32 VLQSITDIIQINGIPTVVGVFTTQLNSIPGSAVCAFSMDDIEKVFKGRFKEQKTPDSVWT
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pF1KSD PVSEDRVPSPRPGSCAGVGGAALFSSSRDLPDDVLTFIKAHPLLDPAVPPVTHQPLLTLT
: ::.::.:::: :: : : ...: :.::..:.:::.:::.: ::::.. .: .: :
CCDS32 AVPEDKVPKPRPGCCAKHGLAEAYKTSIDFPDETLSFIKSHPLMDSAVPPIADEPWFTKT
360 370 380 390 400 410
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pF1KSD S-RALLTQVAVDGMAGPHSNITVMFLGSNDGTVLKVLTPGGRSGGPEPILLEEIDAYSPA
: :: ..:: :::..: ::.:.::. : :::::. . . . .:::::.::. :
CCDS32 RVRYRLTAISVDHSAGPYQNYTVIFVGSEAGMVLKVLAKTSPFSLNDSVLLEEIEAYNHA
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pF1KSD RCSGKRTAQTARRIIGLELDTEGHRLFVAFSGCIVYLPLSRCARHGACQRSCLASQDPYC
.::.. . ...:.:.:: . : :.::::.::. .::::: :.:.:..::.::.::::
CCDS32 KCSAE--NEEDKKVISLQLDKDHHALYVAFSSCIIRIPLSRCERYGSCKKSCIASRDPYC
480 490 500 510 520 530
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pF1KSD GWHSSRGCVDIR-GSGGTDVDQAGNQESMEH-GDCQD--------------GATGS----
:: :. .: . : . .: . . : :::.. : :..
CCDS32 GWLSQGSCGRVTPGMLAEGYEQDTEFGNTAHLGDCHEILPTSTTPDYKIFGGPTSDMEVS
540 550 560 570 580 590
580 590
pF1KSD ---------------------------------QSGPGDSAY---------GVRRDLPPA
:. :. : . ::: .. .
CCDS32 SSSVTTMASIPEITPKVIDTWRPKLTSSRKFVVQDDPNTSDFTDPLSGIPKGVRWEVQSG
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600 610 620 630 640 650
pF1KSD SASRSVPIPLLLASVAAAFALGASVSGLLVSC---ACRRAHRRRGKDIETPGLPRPLSLR
... : . .:.. : :::.::: ..:. : : : .:. :: :. . :
CCDS32 ESNQMVHMNVLITCVFAAFVLGAFIAGVAVYCYRDMFVRKNRKIHKDAES-AQSCTDSSG
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660 670 680 690
pF1KSD SLARLHGGGPEPPPPSKDGDAVQTPQLYTTFLP-----PPEGVP----------PPELAC
:.:.:.: : ... ...:.::...: ::.: :::::
CCDS32 SFAKLNGLFDSPVKEYQQN--IDSPKLYSNLLTSRKELPPNGDTKSMVMDHRGQPPELAA
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700 710 720 730 740 750
pF1KSD LPTPESTPELPVKHLRAAGDPWEWNQNRNNAKEGPGRSRGGHAAGGPAPRVLVRPPPPGC
:::::::: : : :.: ..... .: : :: .:. . :::
CCDS32 LPTPESTPVLHQKTLQAM-------KSHSEKAHGHGASRK------ETPQFFPSSPPPHS
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760 770 780 790 800 810
pF1KSD PGQAVEVTTLEELLRYLHGPQPPRKGAEPPAPLTSRALPPEPAPALLGGPSPRPHECASP
:
CCDS32 PLSHGHIPSAIVLPNATHDYNTSFSNSNAHKAEKKLQNIDHPLTKSSSKRDHRRSVDSRN
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CCDS12 MQTPRASPPRPALLLLLLL-LGGAHGLFPEEPPPLSVAPRDYLNHYPVFVGSGPGRLTPA
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CCDS12 HFYFNVLQAVTGVVSLGGRPVVLAVFSTPSNSIPGSAVCAFDLTQVAAVFEGRFREQKSP
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.. :::: ::.:: :::: ::. : ...: ::::.:.:.:.:::.: ::: . : :
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.: : ::.:::: ::: .: ::.::::. ::::: :. :.. ..: ..::
CCDS12 WILRTLMRHQLTRVAVDVGAGPWGNQTVVFLGSEAGTVLKFLVRPNASTSGTSGLSVFLE
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:...: : ::. ..:..:...::::. . :..:: :.: .:..:: ....:...:
CCDS12 EFETYRPDRCGRPGGGETGQRLLSLELDAASGGLLAAFPRCVVRVPVARCQQYSGCMKNC
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..:::::::: . .:. . . :.. ..: :: . .: :: :: . .:
CCDS12 IGSQDPYCGWAPDGSCIFL---------SPGTRAAFE----QDVSGASTSGLGDCTGLLR
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.: :. : . ::..: .:::..:: :::. .:. :: ::. :. : .
CCDS12 ASLSEDRAGL-VSVNLLVTSSVAAFVVGAVVSGFSVGWFVGLRERRELARRKDKEAILAH
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: . ::. :.. . ::: :: . . .:. .:.: .: :
CCDS12 GAGEAVLSVSRLGERRAQGPGGRGGGGGGGAGVPPEALLAPLMQNGWAKATLL---QGGP
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pF1KSD PP-ELACLPTPESTP----ELPVKHLRA-AGDPWEWNQNRNNAKEGPGRSRGGHAAGGPA
. . :::::.:: .::. : . : : :.... :. . .. .::
CCDS12 HDLDSGLLPTPEQTPLPQKRLPTPHPHPHALGPRAWDHGHPLL---PASASSSLLLLAPA
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:. .:: :: : .. . . : :: : :. . . ... . : .:: :
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pF1KSD LGGPSP-RPHECAS---PLRLDVPPEGRC------ASAPARPALSAPA--PRLGVGGGRR
: : : : .: :: .:: . :. :::. . : :. ..
CCDS12 DGLPRPWSPPPTGSLRRPLGPHAPPAATLRRTHTFNSGEARPGDRHRGCHARPGTDLAHL
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pF1KSD LPFSG--HRAPPALLTRVPSGGPSRYSGGPGKHLLYLGRPEGYRGRALKRVDVEKPQLSL
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CCDS12 LPYGGADRTAPPVP
880
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pF1KSD MPRAPHFMPLLLLLLLLSLPH-TQAAFPQDPLPLLISDLQGTSPLSWFRGLEDDAVAAEL
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CCDS47 MRSEALLLYFTLLHFAGAGFPEDSEPISISHGNYTKQYPVFVGHKPGRNTTQR
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pF1KSD G-LDFQRFLTLNRTLLVAARDHVFSFDLQAEEEGEGLVPNKYLTWRSQ--DVENCAVRGK
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CCDS47 HRLDIQMIMIMNGTLYIAARDHIYTVDIDTSHTEE-IYCSKKLTWKSRQADVDTCRMKGK
60 70 80 90 100 110
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pF1KSD LTDECYNYIRVLVPWDSQTLLACGTNSFSPVCRSYGITSLQQEGEELSGQARCPFDATQS
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CCDS47 HKDECHNFIKVLLKKNDDALFVCGTNAFNPSCRNYKMDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKHA
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pF1KSD NVAIFAEGSLYSATAADFQASDAVVYRSLGPQPPLRSAKYDSKWLREPHFVQALEHGDHV
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CCDS47 NVALFADGKLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDYI
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pF1KSD YFFFREVSVEDARLGRVQFSRVARVCKRDMGGSPRALDRHWTSFLKLRLNCSVPGDSTFY
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CCDS47 YFFFREIAVEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHFY
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CCDS47 FNILQAVTDVIRINGRDVVLATFSTPYNSIPGSAVCAYDMLDIASVFTGRFKEQKSPDST
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:::: ..:::.:::: ::: .. ...: ..:::.:.:::.:::.: ::: . ..: .:
CCDS47 WTPVPDERVPKPRPGCCAGSSSLERYATSNEFPDDTLNFIKTHPLMDEAVPSIFNRPWFL
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: ::..::: :::..: ::.::::. : .:: :. : :: . ..:::...:
CCDS47 RTMVRYRLTKIAVDTAAGPYQNHTVVFLGSEKGIILKFLARIGNSGFLNDSLFLEEMSVY
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. .:: . .::.:..:: . :.:::: :.. .::.:: ::: :...:.::.:
CCDS47 NSEKCS--YDGVEDKRIMGMQLDRASSSLYVAFSTCVIKVPLGRCERHGKCKKTCIASRD
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pF1KSD PYCGWHSSRG-CVDIRGSGGTDVDQA---GNQESMEHGDCQD------GATGS---QSGP
::::: . : : . .. .: :: ... :::.. : ..: ..
CCDS47 PYCGWIKEGGACSHLSPNSRLTFEQDIERGNTDGL--GDCHNSFVALNGHSSSLLPSTTT
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pF1KSD GDSA----YGVRR---------DLP----PASASRS---------------------VPI
.::. : : : : : .: : ::.
CCDS47 SDSTAQEGYESRGGMLDWKHLLDSPDSTDPLGAVSSHNHQDKKGVIRESYLKGHDQLVPV
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pF1KSD PLLLASVAAAFALGASVSGLLVSCACRRAHRRRG------KDIETPGLPRPLSLRSLARL
:: .: ::..:: ::. : :.: :::. :. : : :. :...:
CCDS47 TLLAIAVILAFVMGAVFSGITVYCVC--DHRRKDVAVVQRKEKELTHSRRG-SMSSVTKL
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660 670 680 690 700
pF1KSD HG--GGPEPPPPSKDGDAVQTPQLYTTFLPPPEGVPPP---------ELACLPTPESTPE
: : . :. .:. :: ... : : .. .:. ::::::::
CCDS47 SGLFGDTQSKDPKP--EAILTPLMHNGKLATPGNTAKMLIKADQHHLDLTALPTPESTPT
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: :. . :. :: ::: :: :. : :.:. : : .: : :. .
CCDS47 LQQKRKPSRGSREWERNQNLINACTKDMP-------PMGSPVIPTDLPLRASPSHIPS-V
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770 780 790 800 810
pF1KSD VEVTTLEELLRYLHGPQPPRKGAEPPAPLTSRA--LPPEPAPALLGGPSPRPHECASPLR
: . .. .. . :: . . : : ..: : . :.. :: :
CCDS47 VVLPITQQGYQHEYVDQPKMSEVAQMA-LEDQAATLEYKTIKEHLSSKSPN-HGVNLVEN
820 830 840 850 860 870
820 830 840 850 860 870
pF1KSD LD-VPPEGRCASAPARPA-LSAPAPRLG-VGGGRRLPFSGHRAPPALLTRVPSGGPSRYS
:: .::. .: : : :. :. :. .: ..::
CCDS47 LDSLPPK-----VPQREASLGPPGASLSQTGLSKRLEMHHSSSYGVDYKRSYPTNSLTRS
880 890 900 910 920
880 890 900 910 920 930
pF1KSD GGPGKHLLYLGRPEGYRGRALKRVDVEKPQLSLKPPLVGPSSRQAVPNGGRFNF
CCDS47 HQATTLKRNNTNSSNSSHLSRNQSFGRGDNPPPAPQRVDSIQVHSSQPSGQAVTVSRQPS
930 940 950 960 970 980
930 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 07:33:29 2016 done: Thu Nov 3 07:33:30 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]