Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1831
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1831, 628 aa
1>>>pF1KSDA1831 628 - 628 aa - 628 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6713+/-0.000872; mu= 2.5146+/- 0.053
mean_var=289.8946+/-57.405, 0's: 0 Z-trim(116.6): 20 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.075328
statistics sampled from 17251 (17269) to 17251 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.803), E-opt: 0.2 (0.53), width: 16
Scan time: 4.530
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9603.1 JPH4 gene_id:84502|Hs108|chr14 ( 628) 4359 487.0 3.2e-137
CCDS10962.1 JPH3 gene_id:57338|Hs108|chr16 ( 748) 1544 181.2 4.5e-45
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CCDS13326.1 JPH2 gene_id:57158|Hs108|chr20 ( 129) 634 81.6 7.3e-16
>>CCDS9603.1 JPH4 gene_id:84502|Hs108|chr14 (628 aa)
initn: 4359 init1: 4359 opt: 4359 Z-score: 2577.0 bits: 487.0 E(32554): 3.2e-137
Smith-Waterman score: 4359; 100.0% identity (100.0% similar) in 628 aa overlap (1-628:1-628)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSPGGKFDFDDGGCYVGGWEAGRAHGYGVCTGPGAQGEYSGCWAHGFESLGVFTGPGGHS
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CCDS96 MSPGGKFDFDDGGCYVGGWEAGRAHGYGVCTGPGAQGEYSGCWAHGFESLGVFTGPGGHS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 YQGHWQQGKREGLGVERKSRWTYRGEWLGGLKGRSGVWESVSGLRYAGLWKDGFQDGYGT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD ETYSDGGTYQGQWQAGKRHGYGVRQSVPYHQAALLRSPRRTSLDSGHSDPPTPPPPLPLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 ETYSDGGTYQGQWQAGKRHGYGVRQSVPYHQAALLRSPRRTSLDSGHSDPPTPPPPLPLP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD GDEGGSPASGSRGGFVLAGPGDADGASSRKRTPAAGGFFRRSLLLSGLRAGGRRSSLGSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 GDEGGSPASGSRGGFVLAGPGDADGASSRKRTPAAGGFFRRSLLLSGLRAGGRRSSLGSK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 RGSLRSEVSSEVGSTGPPGSEASGPPAAAPPALIEGSATEVYAGEWRADRRSGFGVSQRS
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 NGLRYEGEWLGNRRHGYGRTTRPDGSREEGKYKRNRLVHGGRVRSLLPLALRRGKVKEKV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD DRAVEGARRAVSAARQRQEIAAARAADALLKAVAASSVAEKAVEAARMAKLIAQDLQPML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 DRAVEGARRAVSAARQRQEIAAARAADALLKAVAASSVAEKAVEAARMAKLIAQDLQPML
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD EAPGRRPRQDSEGSDTEPLDEDSPGVYENGLTPSEGSPELPSSPASSRQPWRPPACRSPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 EAPGRRPRQDSEGSDTEPLDEDSPGVYENGLTPSEGSPELPSSPASSRQPWRPPACRSPL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD PPGGDQGPFSSPKAWPEEWGGAGAQAEELAGYEAEDEAGMQGPGPRDGSPLLGGCSDSSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 PPGGDQGPFSSPKAWPEEWGGAGAQAEELAGYEAEDEAGMQGPGPRDGSPLLGGCSDSSG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD SLREEEGEDEEPLPPLRAPAGTEPEPIAMLVLRGSSSRGPDAGCLTEELGEPAATERPAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 SLREEEGEDEEPLPPLRAPAGTEPEPIAMLVLRGSSSRGPDAGCLTEELGEPAATERPAQ
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KSD PGAANPLVVGAVALLDLSLAFLFSQLLT
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS96 PGAANPLVVGAVALLDLSLAFLFSQLLT
610 620
>>CCDS10962.1 JPH3 gene_id:57338|Hs108|chr16 (748 aa)
initn: 1416 init1: 525 opt: 1544 Z-score: 922.7 bits: 181.2 E(32554): 4.5e-45
Smith-Waterman score: 1630; 47.4% identity (68.8% similar) in 625 aa overlap (1-591:1-605)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSPGGKFDFDDGGCYVGGWEAGRAHGYGVCTGPGAQGEYSGCWAHGFESLGVFTGPGGHS
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CCDS10 MSSGGRFNFDDGGSYCGGWEDGKAHGHGVCTGPKGQGEYTGSWSHGFEVLGVYTWPSGNT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KSD YQGHWQQGKREGLGVERKSRWTYRGEWLGGLKGRSGVWESV-SGLRYAGLWKDGFQDGYG
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CCDS10 YQGTWAQGKRHGIGLESKGKWVYKGEWTHGFKGRYGVRECAGNGAKYEGTWSNGLQDGYG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD TETYSDGGTYQGQWQAGKRHGYGVRQSVPYHQAALLRSPRRTSLDSGHSDPP--TPPPPL
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CCDS10 TETYSDGGTYQGQWVGGMRQGYGVRQSVPYGMAAVIRSPLRTSINSLRSEHTNGTALHPD
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD PLPGDEGGSPASGSRGGFVLAGPGDADGASSRKRTPAAGGFFRRSLLLSGL--RAGGRRS
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CCDS10 ASPA-VAGSPAV-SRGGFVLVAHSDSEILKSKKK-----GLFRRSLL-SGLKLRKSESKS
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KSD SLGSKRG---SLRSEVS-SEVGSTGPP-GSEASGPPAAAPPALIE----GSATEVYAGEW
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CCDS10 SLASQRSKQSSFRSEAGMSTVSSTASDIHSTISLGEAEAELAVIEDDIDATTTETYVGEW
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD RADRRSGFGVSQRSNGLRYEGEWLGNRRHGYGRTTRPDGSREEGKYKRNRLVHGGRVRSL
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CCDS10 KNDKRSGFGVSQRSDGLKYEGEWASNRRHGYGCMTFPDGTKEEGKYKQNILV-GGKRKNL
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD LPLALRRGKVKEKVDRAVEGARRAVSAARQRQEIAAARAADALLKAVAASSVAEKAVEAA
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CCDS10 IP--LRASKIREKVDRAVEAAERAATIAKQKAEIAASRTSHSRAKAEAALTAAQKAQEEA
360 370 380 390 400
410 420 430 440 450
pF1KSD RMAKLIAQDLQPMLE--APG---RRPRQDSEGSDTE------PLDEDSPGVYENGLTPSE
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CCDS10 RIARITAKEFSPSFQHRENGLEYQRPKRQTSCDDIEVLSTGTPLQQESPELYRKGTTPSD
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KSD GSPELPSSPASSRQPWRPPACRSPLPPGGDQ-GPFSSPKAWPEEWGG-AGAQAEELAGYE
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CCDS10 LTPD--DSPLQSF-PTSPAATPPPAPAARNKVAHFSRQVSVDEERGGDIQMLLEGRAGDC
470 480 490 500 510 520
520 530 540 550 560
pF1KSD AEDEAGMQGPGPRDG---SPLLGG--CSD--SSGSLREEEGEDEEPLPPLRAPAGTEPEP
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CCDS10 ARSSWGEEQAGGSRGVRSGALRGGLLVDDFRTRGSGRKQPGN---PKPRERR---TESPP
530 540 550 560 570 580
570 580 590 600 610 620
pF1KSD IAMLVLRGSSSRGPDAGCLTEELGEPAATERPAQPGAANPLVVGAVALLDLSLAFLFSQL
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CCDS10 VFTWTSHHRASNHSPGGSRLLELQEEKLSNYRMEMKPLLRMETHPQKRRYSKGGACRGLG
590 600 610 620 630 640
>>CCDS6217.1 JPH1 gene_id:56704|Hs108|chr8 (661 aa)
initn: 886 init1: 707 opt: 1492 Z-score: 892.9 bits: 175.5 E(32554): 2.1e-43
Smith-Waterman score: 1517; 41.8% identity (64.8% similar) in 679 aa overlap (4-623:3-656)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSPGGKFDFDDGGCYVGGWEAGRAHGYGVCTGPGAQGEYSGCWAHGFESLGVFTGPGGHS
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CCDS62 MTGGRFDFDDGGTYCGGWEEGKAHGHGICTGPKGQGEYSGSWSHGFEVVGGYTWPSGNT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KSD YQGHWQQGKREGLGVERKSRWTYRGEWLGGLKGRSGVWESV-SGLRYAGLWKDGFQDGYG
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CCDS62 YQGYWAQGKRHGLGVETKGKWMYRGEWSHGFKGRYGVRQSLCTPARYEGTWSNGLQDGYG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD TETYSDGGTYQGQWQAGKRHGYGVRQSVPYHQAALLRSPRRTSLDSGHSDPPTPPPPLPL
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CCDS62 VETYGDGGTYQGQWAGGMRHGYGVRQSVPYGMATVIRSPLRTSLASLRSEQ-SNGSVLHD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD PGDEGGSPASGSRGGFVLAGPGDADGASSRKRTPAAGGFFRRSLLLSG--LRAGGRRSSL
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CCDS62 AAAAADSPA-GTRGGFVLNFHADAELAGKKK-----GGLFRRGSLLGSMKLRKSESKSSI
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD GSKRGSLRSEVS-SEVGSTGPPGSEASGPPAA--AP-PALIEGSATEVYAGEWRADRRSG
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CCDS62 SSKRSSVRSDAAMSRISSSDANSTISFGDVDCDFCPVEDHVDATTTETYMGEWKNDKRNG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD FGVSQRSNGLRYEGEWLGNRRHGYGRTTRPDGSREEGKYKRNRLVHGGRVRSLLPLALRR
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CCDS62 FGVSERSNGMKYEGEWANNKRHGYGCTVFPDGSKEEGKYKNNILVRGIR-KQLIPI--RH
300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KSD GKVKEKVDRAVEGARRAVSAARQRQEIAAARAADALLKAVAASSVAEKAVEAARMAKLIA
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CCDS62 TKTREKVDRAIEGAQRAAAMARTKVEIANSRTAHARAKADAADQAALAARQECDIARAVA
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450
pF1KSD QDLQPMLEAPG-RRPRQD-SEGSDTE-----------PLDEDSPGVYENGLTPS---EGS
..:.: . :: .: .:: :.. : ..:: :..: :: :.:
CCDS62 RELSPDFYQPGPDYVKQRFQEGVDAKENPEEKVPEKPPTPKESPHFYRKGTTPPRSPEAS
410 420 430 440 450 460
460 470 480
pF1KSD PELPSSPASSRQPWR----------------------------PPACRSPLPPGG---DQ
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CCDS62 PKHSHSPASSPKPLKKQNPSSGARLNQDKRSVADEQVTAIVNKPLMSKAPTKEAGAVVPQ
470 480 490 500 510 520
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GPFSSPKAWPEEWGGAGAQAEELAGYEAEDEAGMQGP-GPRDGSPLLGGCSDSSGSLREE
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CCDS62 SKYSGRHHIPNP--SNGELHSQYHGYYVKLNAPQHPPVDVEDGD----GSSQSSSALVHK
530 540 550 560 570 580
550 560 570 580 590 600
pF1KSD EGEDE-EPLPPLRAPAGTEP--EPIAMLV-LRGSSSRGPDAGCLTEELGEPAATERPAQP
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CCDS62 PSANKWSPSKSVTKPVAKESKAEPKAKKSELAIPKNPASNDSC-------PA-LEKEANS
590 600 610 620 630
610 620
pF1KSD GAANPLVVGAVALLDLSLAFLFSQLLT
: : ... : ::...::.::
CCDS62 GP-NSIMIVLVMLLNIGLAILFVHFLT
640 650 660
>>CCDS13325.1 JPH2 gene_id:57158|Hs108|chr20 (696 aa)
initn: 870 init1: 509 opt: 1164 Z-score: 699.9 bits: 139.8 E(32554): 1.1e-32
Smith-Waterman score: 1560; 44.0% identity (65.4% similar) in 647 aa overlap (4-603:3-635)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSPGGKFDFDDGGCYVGGWEAGRAHGYGVCTGPGAQGEYSGCWAHGFESLGVFTGPGGHS
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CCDS13 MSGGRFDFDDGGAYCGGWEGGKAHGHGLCTGPKGQGEYSGSWNFGFEVAGVYTWPSGNT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KSD YQGHWQQGKREGLGVERKSRWTYRGEWLGGLKGRSGVWESVS-GLRYAGLWKDGFQDGYG
..:.:.::::.:::.: :.:: :.::: :.::: :. .: : : .: : :..:.:::::
CCDS13 FEGYWSQGKRHGLGIETKGRWLYKGEWTHGFKGRYGIRQSSSSGAKYEGTWNNGLQDGYG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD TETYSDGGTYQGQWQAGKRHGYGVRQSVPYHQAALLRSPRRTSLDS---GHSDPPTPPPP
::::.::::::::. : :::::::::::: .:...::: ::::.: ::. . :
CCDS13 TETYADGGTYQGQFTNGMRHGYGVRQSVPYGMAVVVRSPLRTSLSSLRSEHSNGTVAPDS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD LPLPGDEGG---SPASGSRGGFVLAGPGDADGASSRKRTPAAGGFFRRSLLLSGLRAGGR
:...: ::: ::::.:. ..:..:. :.: .::.:.:. ::. :: .
CCDS13 PASPASDGPALPSPAI-PRGGFALSLLANAEAAA---RAPKGGGLFQRGALLGKLRRAES
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KSD RSSLGSKRGS---LRSEVSS---EVGSTGPPGSEASGPPAAAP-PALIEGSATEVYAGEW
:.:.::.:. :.:..:: ...::. : : : ::: : :....::.: :::
CCDS13 RTSVGSQRSRVSFLKSDLSSGASDAASTASLGEAAEGADEAAPFEADIDATTTETYMGEW
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD RADRRSGFGVSQRSNGLRYEGEWLGNRRHGYGRTTRPDGSREEGKYKRNRLVHGGRVRSL
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CCDS13 KNDKRSGFGVSERSSGLRYEGEWLDNLRHGYGCTTLPDGHREEGKYRHNVLVKDTKRRML
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD LPLALRRGKVKEKVDRAVEGARRAVSAARQRQEIAAARAADALLKAVAASSVAEKAVEAA
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CCDS13 ---QLKSNKVRQKVEHSVEGAQRAAAIARQKAEIAASRTSHAKAKAEAAEQAALAANQES
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450
pF1KSD RMAKLIAQDLQPMLEAPG-----RRPRQDS-EGSDT--EPLDEDSPGVYENGLT-PSEGS
.:. .:..: : . :: :: :. :.:.. :: :. :. :: : . :
CCDS13 NIARTLARELAPDFYQPGPEYQKRRLLQEILENSESLLEPPDR---GAGAAGLPQPPRES
420 430 440 450 460
460 470 480 490 500
pF1KSD PEL-----PSSPASSRQPW-RPPACRSPLPPGGDQGPFSSPKAWPEEWGGAGAQA---EE
:.: : ..: .: :: . : : : .. . :: :: : .: :... :
CCDS13 PQLHERETPRPEGGSPSPAGTPPQPKRPRP-GVSKDGLLSPGAWNGEPSGEGSRSVTPSE
470 480 490 500 510 520
510 520 530 540 550
pF1KSD LAGYEAED---------EAGMQGPGPRDGSPLLGGCSDSSGSLREEEGE----DEEPLPP
:: .. :: . :.: . . : ..: : ...: :
CCDS13 GAGRRSPARPATERMAIEALQAPPAPSREPEVALYQGYHSYAVRTTPPEPPPFEDQPEPE
530 540 550 560 570 580
560 570 580 590 600 610
pF1KSD LRAPAGTEPEPI--AMLVLRGSSSRGPDAGCLTEELGEPAATERPAQPGAANPLVVGAVA
. .:.: : : :.. . :::. . : :: :.: :
CCDS13 V---SGSESAPSSPATAPLQAPTLRGPEPARETPAKLEPKPIIPKAEPRAKARKTEARGL
590 600 610 620 630 640
620
pF1KSD LLDLSLAFLFSQLLT
CCDS13 TKAGAKKKARKEAALAAEAEVEVEEVPNTILICMVILLNIGLAILFVHLLT
650 660 670 680 690
>>CCDS13326.1 JPH2 gene_id:57158|Hs108|chr20 (129 aa)
initn: 580 init1: 509 opt: 634 Z-score: 398.2 bits: 81.6 E(32554): 7.3e-16
Smith-Waterman score: 634; 63.2% identity (84.0% similar) in 125 aa overlap (4-127:3-127)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSPGGKFDFDDGGCYVGGWEAGRAHGYGVCTGPGAQGEYSGCWAHGFESLGVFTGPGGHS
::.::::::: : ::::.:.:::.:.:::: .:::::: : ::: ::.: :.:..
CCDS13 MSGGRFDFDDGGAYCGGWEGGKAHGHGLCTGPKGQGEYSGSWNFGFEVAGVYTWPSGNT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KSD YQGHWQQGKREGLGVERKSRWTYRGEWLGGLKGRSGVWESVS-GLRYAGLWKDGFQDGYG
..:.:.::::.:::.: :.:: :.::: :.::: :. .: : : .: : :..:.:::::
CCDS13 FEGYWSQGKRHGLGIETKGRWLYKGEWTHGFKGRYGIRQSSSSGAKYEGTWNNGLQDGYG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD TETYSDGGTYQGQWQAGKRHGYGVRQSVPYHQAALLRSPRRTSLDSGHSDPPTPPPPLPL
::::.:::
CCDS13 TETYADGGMC
120
628 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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