Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1802
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1802, 812 aa
1>>>pF1KSDA1802 812 - 812 aa - 812 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 20.3165+/-0.00053; mu= -48.6496+/- 0.033
mean_var=1036.3223+/-220.852, 0's: 0 Z-trim(125.3): 91 B-trim: 0 in 0/59
Lambda= 0.039841
statistics sampled from 48534 (48690) to 48534 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.812), E-opt: 0.2 (0.571), width: 16
Scan time: 17.650
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_115812 (OMIM: 616327,616579) chromosome alignme ( 812) 5689 342.9 3.3e-93
NP_001157617 (OMIM: 616327,616579) chromosome alig ( 812) 5689 342.9 3.3e-93
NP_001157616 (OMIM: 616327,616579) chromosome alig ( 812) 5689 342.9 3.3e-93
XP_016855492 (OMIM: 208250,604283) PREDICTED: prot (1270) 525 46.2 0.0011
NP_001121182 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 (1270) 525 46.2 0.0011
NP_001121181 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 (1311) 525 46.3 0.0011
XP_016855491 (OMIM: 208250,604283) PREDICTED: prot (1311) 525 46.3 0.0011
NP_001290161 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 (1361) 525 46.3 0.0011
NP_001121180 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 (1363) 525 46.3 0.0011
NP_005798 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 iso (1404) 525 46.3 0.0011
XP_011536691 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2078) 528 46.6 0.0014
XP_006719477 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 528 46.6 0.0014
XP_006719476 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 528 46.6 0.0014
XP_006719475 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 528 46.6 0.0014
>>NP_115812 (OMIM: 616327,616579) chromosome alignment-m (812 aa)
initn: 5689 init1: 5689 opt: 5689 Z-score: 1794.4 bits: 342.9 E(85289): 3.3e-93
Smith-Waterman score: 5689; 100.0% identity (100.0% similar) in 812 aa overlap (1-812:1-812)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEAFQELRKPSARLECDHCSFRGTDYENVQIHMGTIHPEFCDEMDAGGLGKMIFYQKSAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 MEAFQELRKPSARLECDHCSFRGTDYENVQIHMGTIHPEFCDEMDAGGLGKMIFYQKSAK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LFHCHKCFFTSKMYSNVYYHITSKHASPDKWNDKPKNQLNKETDPVKSPPLPEHQKIPCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 LFHCHKCFFTSKMYSNVYYHITSKHASPDKWNDKPKNQLNKETDPVKSPPLPEHQKIPCN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SAEPKSIPALSMETQKLGSVLSPESPKPTPLTPLEPQKPGSVVSPELQTPLPSPEPSKPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 SAEPKSIPALSMETQKLGSVLSPESPKPTPLTPLEPQKPGSVVSPELQTPLPSPEPSKPA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SVSSPEPPKSVPVCESQKLAPVPSPEPQKPAPVSPESVKATLSNPKPQKQSHFPETLGPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 SVSSPEPPKSVPVCESQKLAPVPSPEPQKPAPVSPESVKATLSNPKPQKQSHFPETLGPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SASSPESPVLAASPEPWGPSPAASPESRKSARTTSPEPRKPSPSESPEPWKPFPAVSPEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 SASSPESPVLAASPEPWGPSPAASPESRKSARTTSPEPRKPSPSESPEPWKPFPAVSPEP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD RRPAPAVSPGSWKPGPPGSPRPWKSNPSASSGPWKPAKPAPSVSPGPWKPIPSVSPGPWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 RRPAPAVSPGSWKPGPPGSPRPWKSNPSASSGPWKPAKPAPSVSPGPWKPIPSVSPGPWK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PTPSVSSASWKSSSVSPSSWKSPPASPESWKSGPPELRKTAPTLSPEHWKAVPPVSPELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 PTPSVSSASWKSSSVSPSSWKSPPASPESWKSGPPELRKTAPTLSPEHWKAVPPVSPELR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD KPGPPLSPEIRSPAGSPELRKPSGSPDLWKLSPDQRKTSPASLDFPESQKSSRGGSPDLW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 KPGPPLSPEIRSPAGSPELRKPSGSPDLWKLSPDQRKTSPASLDFPESQKSSRGGSPDLW
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD KSSFFIEPQKPVFPETRKPGPSGPSESPKAASDIWKPVLSIDTEPRKPALFPEPAKTAPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 KSSFFIEPQKPVFPETRKPGPSGPSESPKAASDIWKPVLSIDTEPRKPALFPEPAKTAPP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ASPEARKRALFPEPRKHALFPELPKSALFSESQKAVELGDELQIDAIDDQKCDILVQEEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 ASPEARKRALFPEPRKHALFPELPKSALFSESQKAVELGDELQIDAIDDQKCDILVQEEL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD LASPKKLLEDTLFPSSKKLKKDNQESSDAELSSSEYIKTDLDAMDIKGQESSSDQEQVDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 LASPKKLLEDTLFPSSKKLKKDNQESSDAELSSSEYIKTDLDAMDIKGQESSSDQEQVDV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD ESIDFSKENKMDMTSPEQSRNVLQFTEEKEAFISEEEIAKYMKRGKGKYYCKICCCRAMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 ESIDFSKENKMDMTSPEQSRNVLQFTEEKEAFISEEEIAKYMKRGKGKYYCKICCCRAMK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD KGAVLHHLVNKHNVHSPYKCTICGKAFLLESLLKNHVAAHGQSLLKCPRCNFESNFPRGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 KGAVLHHLVNKHNVHSPYKCTICGKAFLLESLLKNHVAAHGQSLLKCPRCNFESNFPRGF
730 740 750 760 770 780
790 800 810
pF1KSD KKHLTHCQSRHNEEANKKLMEALEPPLEEQQI
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_115 KKHLTHCQSRHNEEANKKLMEALEPPLEEQQI
790 800 810
>>NP_001157617 (OMIM: 616327,616579) chromosome alignmen (812 aa)
initn: 5689 init1: 5689 opt: 5689 Z-score: 1794.4 bits: 342.9 E(85289): 3.3e-93
Smith-Waterman score: 5689; 100.0% identity (100.0% similar) in 812 aa overlap (1-812:1-812)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEAFQELRKPSARLECDHCSFRGTDYENVQIHMGTIHPEFCDEMDAGGLGKMIFYQKSAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MEAFQELRKPSARLECDHCSFRGTDYENVQIHMGTIHPEFCDEMDAGGLGKMIFYQKSAK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LFHCHKCFFTSKMYSNVYYHITSKHASPDKWNDKPKNQLNKETDPVKSPPLPEHQKIPCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LFHCHKCFFTSKMYSNVYYHITSKHASPDKWNDKPKNQLNKETDPVKSPPLPEHQKIPCN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SAEPKSIPALSMETQKLGSVLSPESPKPTPLTPLEPQKPGSVVSPELQTPLPSPEPSKPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAEPKSIPALSMETQKLGSVLSPESPKPTPLTPLEPQKPGSVVSPELQTPLPSPEPSKPA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SVSSPEPPKSVPVCESQKLAPVPSPEPQKPAPVSPESVKATLSNPKPQKQSHFPETLGPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SVSSPEPPKSVPVCESQKLAPVPSPEPQKPAPVSPESVKATLSNPKPQKQSHFPETLGPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SASSPESPVLAASPEPWGPSPAASPESRKSARTTSPEPRKPSPSESPEPWKPFPAVSPEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SASSPESPVLAASPEPWGPSPAASPESRKSARTTSPEPRKPSPSESPEPWKPFPAVSPEP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD RRPAPAVSPGSWKPGPPGSPRPWKSNPSASSGPWKPAKPAPSVSPGPWKPIPSVSPGPWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RRPAPAVSPGSWKPGPPGSPRPWKSNPSASSGPWKPAKPAPSVSPGPWKPIPSVSPGPWK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PTPSVSSASWKSSSVSPSSWKSPPASPESWKSGPPELRKTAPTLSPEHWKAVPPVSPELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PTPSVSSASWKSSSVSPSSWKSPPASPESWKSGPPELRKTAPTLSPEHWKAVPPVSPELR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD KPGPPLSPEIRSPAGSPELRKPSGSPDLWKLSPDQRKTSPASLDFPESQKSSRGGSPDLW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KPGPPLSPEIRSPAGSPELRKPSGSPDLWKLSPDQRKTSPASLDFPESQKSSRGGSPDLW
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD KSSFFIEPQKPVFPETRKPGPSGPSESPKAASDIWKPVLSIDTEPRKPALFPEPAKTAPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KSSFFIEPQKPVFPETRKPGPSGPSESPKAASDIWKPVLSIDTEPRKPALFPEPAKTAPP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ASPEARKRALFPEPRKHALFPELPKSALFSESQKAVELGDELQIDAIDDQKCDILVQEEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ASPEARKRALFPEPRKHALFPELPKSALFSESQKAVELGDELQIDAIDDQKCDILVQEEL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD LASPKKLLEDTLFPSSKKLKKDNQESSDAELSSSEYIKTDLDAMDIKGQESSSDQEQVDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LASPKKLLEDTLFPSSKKLKKDNQESSDAELSSSEYIKTDLDAMDIKGQESSSDQEQVDV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD ESIDFSKENKMDMTSPEQSRNVLQFTEEKEAFISEEEIAKYMKRGKGKYYCKICCCRAMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ESIDFSKENKMDMTSPEQSRNVLQFTEEKEAFISEEEIAKYMKRGKGKYYCKICCCRAMK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD KGAVLHHLVNKHNVHSPYKCTICGKAFLLESLLKNHVAAHGQSLLKCPRCNFESNFPRGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KGAVLHHLVNKHNVHSPYKCTICGKAFLLESLLKNHVAAHGQSLLKCPRCNFESNFPRGF
730 740 750 760 770 780
790 800 810
pF1KSD KKHLTHCQSRHNEEANKKLMEALEPPLEEQQI
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KKHLTHCQSRHNEEANKKLMEALEPPLEEQQI
790 800 810
>>NP_001157616 (OMIM: 616327,616579) chromosome alignmen (812 aa)
initn: 5689 init1: 5689 opt: 5689 Z-score: 1794.4 bits: 342.9 E(85289): 3.3e-93
Smith-Waterman score: 5689; 100.0% identity (100.0% similar) in 812 aa overlap (1-812:1-812)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEAFQELRKPSARLECDHCSFRGTDYENVQIHMGTIHPEFCDEMDAGGLGKMIFYQKSAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MEAFQELRKPSARLECDHCSFRGTDYENVQIHMGTIHPEFCDEMDAGGLGKMIFYQKSAK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LFHCHKCFFTSKMYSNVYYHITSKHASPDKWNDKPKNQLNKETDPVKSPPLPEHQKIPCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LFHCHKCFFTSKMYSNVYYHITSKHASPDKWNDKPKNQLNKETDPVKSPPLPEHQKIPCN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SAEPKSIPALSMETQKLGSVLSPESPKPTPLTPLEPQKPGSVVSPELQTPLPSPEPSKPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAEPKSIPALSMETQKLGSVLSPESPKPTPLTPLEPQKPGSVVSPELQTPLPSPEPSKPA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SVSSPEPPKSVPVCESQKLAPVPSPEPQKPAPVSPESVKATLSNPKPQKQSHFPETLGPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SVSSPEPPKSVPVCESQKLAPVPSPEPQKPAPVSPESVKATLSNPKPQKQSHFPETLGPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SASSPESPVLAASPEPWGPSPAASPESRKSARTTSPEPRKPSPSESPEPWKPFPAVSPEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SASSPESPVLAASPEPWGPSPAASPESRKSARTTSPEPRKPSPSESPEPWKPFPAVSPEP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD RRPAPAVSPGSWKPGPPGSPRPWKSNPSASSGPWKPAKPAPSVSPGPWKPIPSVSPGPWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RRPAPAVSPGSWKPGPPGSPRPWKSNPSASSGPWKPAKPAPSVSPGPWKPIPSVSPGPWK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PTPSVSSASWKSSSVSPSSWKSPPASPESWKSGPPELRKTAPTLSPEHWKAVPPVSPELR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PTPSVSSASWKSSSVSPSSWKSPPASPESWKSGPPELRKTAPTLSPEHWKAVPPVSPELR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD KPGPPLSPEIRSPAGSPELRKPSGSPDLWKLSPDQRKTSPASLDFPESQKSSRGGSPDLW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KPGPPLSPEIRSPAGSPELRKPSGSPDLWKLSPDQRKTSPASLDFPESQKSSRGGSPDLW
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD KSSFFIEPQKPVFPETRKPGPSGPSESPKAASDIWKPVLSIDTEPRKPALFPEPAKTAPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KSSFFIEPQKPVFPETRKPGPSGPSESPKAASDIWKPVLSIDTEPRKPALFPEPAKTAPP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ASPEARKRALFPEPRKHALFPELPKSALFSESQKAVELGDELQIDAIDDQKCDILVQEEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ASPEARKRALFPEPRKHALFPELPKSALFSESQKAVELGDELQIDAIDDQKCDILVQEEL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD LASPKKLLEDTLFPSSKKLKKDNQESSDAELSSSEYIKTDLDAMDIKGQESSSDQEQVDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LASPKKLLEDTLFPSSKKLKKDNQESSDAELSSSEYIKTDLDAMDIKGQESSSDQEQVDV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD ESIDFSKENKMDMTSPEQSRNVLQFTEEKEAFISEEEIAKYMKRGKGKYYCKICCCRAMK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ESIDFSKENKMDMTSPEQSRNVLQFTEEKEAFISEEEIAKYMKRGKGKYYCKICCCRAMK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD KGAVLHHLVNKHNVHSPYKCTICGKAFLLESLLKNHVAAHGQSLLKCPRCNFESNFPRGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KGAVLHHLVNKHNVHSPYKCTICGKAFLLESLLKNHVAAHGQSLLKCPRCNFESNFPRGF
730 740 750 760 770 780
790 800 810
pF1KSD KKHLTHCQSRHNEEANKKLMEALEPPLEEQQI
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KKHLTHCQSRHNEEANKKLMEALEPPLEEQQI
790 800 810
>>XP_016855492 (OMIM: 208250,604283) PREDICTED: proteogl (1270 aa)
initn: 327 init1: 174 opt: 525 Z-score: 187.5 bits: 46.2 E(85289): 0.0011
Smith-Waterman score: 595; 24.7% identity (49.6% similar) in 645 aa overlap (82-679:266-870)
60 70 80 90 100 110
pF1KSD MIFYQKSAKLFHCHKCFFTSKMYSNVYYHITSKHASPDKWNDKPKNQLNKETDPVKSPPL
:.:. .: .: .:: :. .
XP_016 TIKSAPTTPKEPAPTTTKSAPTTPKEPAPTTTKEPAPTT-PKEPAPTTTKEPAPTTTKSA
240 250 260 270 280 290
120 130 140 150 160 170
pF1KSD PEHQKIPCNSAEPKSIPALSMETQKLGSVLSPESPK-PTPLTPLEPQKPGSVVSPELQTP
: : : .. : :. : .: .:: ::: :: :: : .. : ::
XP_016 PTTPKEPAPTTPKKPAPTTPKEP-------APTTPKEPTPTTPKEPA-P-TTKEPAPTTP
300 310 320 330 340
180 190 200 210 220
pF1KSD L-PSPE-PSKPASVSSPEPPKSVPVCESQKLAPVPSPE-PQKPAPVSPESVKATLSNPKP
:.: :.::: .. :: ..: . . ::: :..:::.. .:. .: ..: :
XP_016 KEPAPTAPKKPAPTTPKEPAPTTPKEPAPTTTKEPSPTTPKEPAPTTTKSAPTTTKEPAP
350 360 370 380 390 400
230 240 250 260 270 280
pF1KSD QKQSHFPETLGPPSASSPE--SPVLAASPEPWGPSPAASPESRKSARTTSPEP-----RK
. : : :: .. . .:. : : :. : .. : :: :: .:
XP_016 TTTKSAPTTPKEPSPTTTKEPAPTTPKEPAPTTPKKPAPTTPKEPAPTTPKEPAPTTTKK
410 420 430 440 450 460
290 300 310
pF1KSD PSPSESPEPWKPFPA------------VSPE------PRRPAPA----VSPGSWKPGPPG
:.:. :: : ..:: :..:::. ..: . . :
XP_016 PAPTTPKEPAPTTPKETAPTTPKKLTPTTPEKLAPTTPEKPAPTTPEELAPTTPEEPTPT
470 480 490 500 510 520
320 330 340 350 360 370
pF1KSD SPR-PWKSNPSASSGPWKPAKPAPSVSPGPWKPIPSVSPGPWKPTPSVSSASWKSSSVSP
.:. : ..:.:.. : : .:::.. : .: :.. : ::. .: ....:
XP_016 TPEEPAPTTPKAAA-PNTPKEPAPTT---PKEPAPTTPKEPAPTTPK-ETAPTTPKGTAP
530 540 550 560 570 580
380 390 400 410 420
pF1KSD SSWKSP-PASPESWKSGPPELRKTA---PTLS------PEHWKAVPPVSPELRKPGPPLS
.. : : :..:. : .: :: :. :: . : :.. :..:. : :
XP_016 TTLKEPAPTTPK--KPAPKELAPTTTKEPTSTTSDKPAPTTPKGTAPTTPKEPAPTTPKE
590 600 610 620 630
430 440 450 460 470 480
pF1KSD PEIRSPAGS-PE-LRKPSGSPDLWKLSPDQRKTSPASLDFPESQKSSRGGSPDLWKSSFF
: .: :. : :..: .: : .: .. .:.. : : :.. .: : .
XP_016 PAPTTPKGTAPTTLKEP--APTTPK-KPAPKELAPTTTKGPTSTTSDKP-APTTPKETAP
640 650 660 670 680 690
490 500 510 520 530 540
pF1KSD IEPQKPVFPETRKPGPSGPSESPKAASDIWKPVLSIDTEPRKPALFPEPAKTAPPASPEA
:..:. .::.:. : : ..:.. :. . :: .. : ...: : :
XP_016 TTPKEPAPTTPKKPAPTTPETPPPTTSEVSTPTTT--KEPT--TIHKSPDESTPELSAEP
700 710 720 730 740 750
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RKRALFPEPRKHALFPELPKSALFSESQKAVELGDELQIDAIDDQ-KCDILVQEELLASP
.:: :.. : .: . . .. :. : : . :. . : ..
XP_016 TPKALENSPKE----PGVPTTKTPAATKP------EMTTTAKDKTTERDLRTTPETTTAA
760 770 780 790 800
610 620 630 640 650 660
pF1KSD KKLLEDTLFPSSKKLKKDNQESSDAELSSSEYIKTDLDAMDIKGQESSSDQEQVDVESID
:. ..: ...: ... .. ....:. : . : .... .: . .
XP_016 PKMTKETA-TTTEKTTESKITATTTQVTST--TTQDTTPFKITTLKTTTLAPKVTTTKKT
810 820 830 840 850
670 680 690 700 710 720
pF1KSD FSKENKMDMTSPEQSRNVLQFTEEKEAFISEEEIAKYMKRGKGKYYCKICCCRAMKKGAV
.. . :. .::..
XP_016 ITTTEIMN--KPEETAKPKDRATNSKATTPKPQKPTKAPKKPTSTKKPKTMPRVRKPKTT
860 870 880 890 900 910
>>NP_001121182 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 isof (1270 aa)
initn: 327 init1: 174 opt: 525 Z-score: 187.5 bits: 46.2 E(85289): 0.0011
Smith-Waterman score: 595; 24.7% identity (49.6% similar) in 645 aa overlap (82-679:266-870)
60 70 80 90 100 110
pF1KSD MIFYQKSAKLFHCHKCFFTSKMYSNVYYHITSKHASPDKWNDKPKNQLNKETDPVKSPPL
:.:. .: .: .:: :. .
NP_001 TIKSAPTTPKEPAPTTTKSAPTTPKEPAPTTTKEPAPTT-PKEPAPTTTKEPAPTTTKSA
240 250 260 270 280 290
120 130 140 150 160 170
pF1KSD PEHQKIPCNSAEPKSIPALSMETQKLGSVLSPESPK-PTPLTPLEPQKPGSVVSPELQTP
: : : .. : :. : .: .:: ::: :: :: : .. : ::
NP_001 PTTPKEPAPTTPKKPAPTTPKEP-------APTTPKEPTPTTPKEPA-P-TTKEPAPTTP
300 310 320 330 340
180 190 200 210 220
pF1KSD L-PSPE-PSKPASVSSPEPPKSVPVCESQKLAPVPSPE-PQKPAPVSPESVKATLSNPKP
:.: :.::: .. :: ..: . . ::: :..:::.. .:. .: ..: :
NP_001 KEPAPTAPKKPAPTTPKEPAPTTPKEPAPTTTKEPSPTTPKEPAPTTTKSAPTTTKEPAP
350 360 370 380 390 400
230 240 250 260 270 280
pF1KSD QKQSHFPETLGPPSASSPE--SPVLAASPEPWGPSPAASPESRKSARTTSPEP-----RK
. : : :: .. . .:. : : :. : .. : :: :: .:
NP_001 TTTKSAPTTPKEPSPTTTKEPAPTTPKEPAPTTPKKPAPTTPKEPAPTTPKEPAPTTTKK
410 420 430 440 450 460
290 300 310
pF1KSD PSPSESPEPWKPFPA------------VSPE------PRRPAPA----VSPGSWKPGPPG
:.:. :: : ..:: :..:::. ..: . . :
NP_001 PAPTTPKEPAPTTPKETAPTTPKKLTPTTPEKLAPTTPEKPAPTTPEELAPTTPEEPTPT
470 480 490 500 510 520
320 330 340 350 360 370
pF1KSD SPR-PWKSNPSASSGPWKPAKPAPSVSPGPWKPIPSVSPGPWKPTPSVSSASWKSSSVSP
.:. : ..:.:.. : : .:::.. : .: :.. : ::. .: ....:
NP_001 TPEEPAPTTPKAAA-PNTPKEPAPTT---PKEPAPTTPKEPAPTTPK-ETAPTTPKGTAP
530 540 550 560 570 580
380 390 400 410 420
pF1KSD SSWKSP-PASPESWKSGPPELRKTA---PTLS------PEHWKAVPPVSPELRKPGPPLS
.. : : :..:. : .: :: :. :: . : :.. :..:. : :
NP_001 TTLKEPAPTTPK--KPAPKELAPTTTKEPTSTTSDKPAPTTPKGTAPTTPKEPAPTTPKE
590 600 610 620 630
430 440 450 460 470 480
pF1KSD PEIRSPAGS-PE-LRKPSGSPDLWKLSPDQRKTSPASLDFPESQKSSRGGSPDLWKSSFF
: .: :. : :..: .: : .: .. .:.. : : :.. .: : .
NP_001 PAPTTPKGTAPTTLKEP--APTTPK-KPAPKELAPTTTKGPTSTTSDKP-APTTPKETAP
640 650 660 670 680 690
490 500 510 520 530 540
pF1KSD IEPQKPVFPETRKPGPSGPSESPKAASDIWKPVLSIDTEPRKPALFPEPAKTAPPASPEA
:..:. .::.:. : : ..:.. :. . :: .. : ...: : :
NP_001 TTPKEPAPTTPKKPAPTTPETPPPTTSEVSTPTTT--KEPT--TIHKSPDESTPELSAEP
700 710 720 730 740 750
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RKRALFPEPRKHALFPELPKSALFSESQKAVELGDELQIDAIDDQ-KCDILVQEELLASP
.:: :.. : .: . . .. :. : : . :. . : ..
NP_001 TPKALENSPKE----PGVPTTKTPAATKP------EMTTTAKDKTTERDLRTTPETTTAA
760 770 780 790 800
610 620 630 640 650 660
pF1KSD KKLLEDTLFPSSKKLKKDNQESSDAELSSSEYIKTDLDAMDIKGQESSSDQEQVDVESID
:. ..: ...: ... .. ....:. : . : .... .: . .
NP_001 PKMTKETA-TTTEKTTESKITATTTQVTST--TTQDTTPFKITTLKTTTLAPKVTTTKKT
810 820 830 840 850
670 680 690 700 710 720
pF1KSD FSKENKMDMTSPEQSRNVLQFTEEKEAFISEEEIAKYMKRGKGKYYCKICCCRAMKKGAV
.. . :. .::..
NP_001 ITTTEIMN--KPEETAKPKDRATNSKATTPKPQKPTKAPKKPTSTKKPKTMPRVRKPKTT
860 870 880 890 900 910
>>NP_001121181 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 isof (1311 aa)
initn: 327 init1: 174 opt: 525 Z-score: 187.3 bits: 46.3 E(85289): 0.0011
Smith-Waterman score: 595; 24.7% identity (49.6% similar) in 645 aa overlap (82-679:307-911)
60 70 80 90 100 110
pF1KSD MIFYQKSAKLFHCHKCFFTSKMYSNVYYHITSKHASPDKWNDKPKNQLNKETDPVKSPPL
:.:. .: .: .:: :. .
NP_001 TIKSAPTTPKEPAPTTTKSAPTTPKEPAPTTTKEPAPTT-PKEPAPTTTKEPAPTTTKSA
280 290 300 310 320 330
120 130 140 150 160 170
pF1KSD PEHQKIPCNSAEPKSIPALSMETQKLGSVLSPESPK-PTPLTPLEPQKPGSVVSPELQTP
: : : .. : :. : .: .:: ::: :: :: : .. : ::
NP_001 PTTPKEPAPTTPKKPAPTTPKEP-------APTTPKEPTPTTPKEPA-P-TTKEPAPTTP
340 350 360 370 380
180 190 200 210 220
pF1KSD L-PSPE-PSKPASVSSPEPPKSVPVCESQKLAPVPSPE-PQKPAPVSPESVKATLSNPKP
:.: :.::: .. :: ..: . . ::: :..:::.. .:. .: ..: :
NP_001 KEPAPTAPKKPAPTTPKEPAPTTPKEPAPTTTKEPSPTTPKEPAPTTTKSAPTTTKEPAP
390 400 410 420 430 440
230 240 250 260 270 280
pF1KSD QKQSHFPETLGPPSASSPE--SPVLAASPEPWGPSPAASPESRKSARTTSPEP-----RK
. : : :: .. . .:. : : :. : .. : :: :: .:
NP_001 TTTKSAPTTPKEPSPTTTKEPAPTTPKEPAPTTPKKPAPTTPKEPAPTTPKEPAPTTTKK
450 460 470 480 490 500
290 300 310
pF1KSD PSPSESPEPWKPFPA------------VSPE------PRRPAPA----VSPGSWKPGPPG
:.:. :: : ..:: :..:::. ..: . . :
NP_001 PAPTTPKEPAPTTPKETAPTTPKKLTPTTPEKLAPTTPEKPAPTTPEELAPTTPEEPTPT
510 520 530 540 550 560
320 330 340 350 360 370
pF1KSD SPR-PWKSNPSASSGPWKPAKPAPSVSPGPWKPIPSVSPGPWKPTPSVSSASWKSSSVSP
.:. : ..:.:.. : : .:::.. : .: :.. : ::. .: ....:
NP_001 TPEEPAPTTPKAAA-PNTPKEPAPTT---PKEPAPTTPKEPAPTTPK-ETAPTTPKGTAP
570 580 590 600 610 620
380 390 400 410 420
pF1KSD SSWKSP-PASPESWKSGPPELRKTA---PTLS------PEHWKAVPPVSPELRKPGPPLS
.. : : :..:. : .: :: :. :: . : :.. :..:. : :
NP_001 TTLKEPAPTTPK--KPAPKELAPTTTKEPTSTTSDKPAPTTPKGTAPTTPKEPAPTTPKE
630 640 650 660 670
430 440 450 460 470 480
pF1KSD PEIRSPAGS-PE-LRKPSGSPDLWKLSPDQRKTSPASLDFPESQKSSRGGSPDLWKSSFF
: .: :. : :..: .: : .: .. .:.. : : :.. .: : .
NP_001 PAPTTPKGTAPTTLKEP--APTTPK-KPAPKELAPTTTKGPTSTTSDKP-APTTPKETAP
680 690 700 710 720 730
490 500 510 520 530 540
pF1KSD IEPQKPVFPETRKPGPSGPSESPKAASDIWKPVLSIDTEPRKPALFPEPAKTAPPASPEA
:..:. .::.:. : : ..:.. :. . :: .. : ...: : :
NP_001 TTPKEPAPTTPKKPAPTTPETPPPTTSEVSTPTTT--KEPT--TIHKSPDESTPELSAEP
740 750 760 770 780 790
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RKRALFPEPRKHALFPELPKSALFSESQKAVELGDELQIDAIDDQ-KCDILVQEELLASP
.:: :.. : .: . . .. :. : : . :. . : ..
NP_001 TPKALENSPKE----PGVPTTKTPAATKP------EMTTTAKDKTTERDLRTTPETTTAA
800 810 820 830 840
610 620 630 640 650 660
pF1KSD KKLLEDTLFPSSKKLKKDNQESSDAELSSSEYIKTDLDAMDIKGQESSSDQEQVDVESID
:. ..: ...: ... .. ....:. : . : .... .: . .
NP_001 PKMTKETA-TTTEKTTESKITATTTQVTST--TTQDTTPFKITTLKTTTLAPKVTTTKKT
850 860 870 880 890
670 680 690 700 710 720
pF1KSD FSKENKMDMTSPEQSRNVLQFTEEKEAFISEEEIAKYMKRGKGKYYCKICCCRAMKKGAV
.. . :. .::..
NP_001 ITTTEIMN--KPEETAKPKDRATNSKATTPKPQKPTKAPKKPTSTKKPKTMPRVRKPKTT
900 910 920 930 940 950
>>XP_016855491 (OMIM: 208250,604283) PREDICTED: proteogl (1311 aa)
initn: 327 init1: 174 opt: 525 Z-score: 187.3 bits: 46.3 E(85289): 0.0011
Smith-Waterman score: 595; 24.7% identity (49.6% similar) in 645 aa overlap (82-679:307-911)
60 70 80 90 100 110
pF1KSD MIFYQKSAKLFHCHKCFFTSKMYSNVYYHITSKHASPDKWNDKPKNQLNKETDPVKSPPL
:.:. .: .: .:: :. .
XP_016 TIKSAPTTPKEPAPTTTKSAPTTPKEPAPTTTKEPAPTT-PKEPAPTTTKEPAPTTTKSA
280 290 300 310 320 330
120 130 140 150 160 170
pF1KSD PEHQKIPCNSAEPKSIPALSMETQKLGSVLSPESPK-PTPLTPLEPQKPGSVVSPELQTP
: : : .. : :. : .: .:: ::: :: :: : .. : ::
XP_016 PTTPKEPAPTTPKKPAPTTPKEP-------APTTPKEPTPTTPKEPA-P-TTKEPAPTTP
340 350 360 370 380
180 190 200 210 220
pF1KSD L-PSPE-PSKPASVSSPEPPKSVPVCESQKLAPVPSPE-PQKPAPVSPESVKATLSNPKP
:.: :.::: .. :: ..: . . ::: :..:::.. .:. .: ..: :
XP_016 KEPAPTAPKKPAPTTPKEPAPTTPKEPAPTTTKEPSPTTPKEPAPTTTKSAPTTTKEPAP
390 400 410 420 430 440
230 240 250 260 270 280
pF1KSD QKQSHFPETLGPPSASSPE--SPVLAASPEPWGPSPAASPESRKSARTTSPEP-----RK
. : : :: .. . .:. : : :. : .. : :: :: .:
XP_016 TTTKSAPTTPKEPSPTTTKEPAPTTPKEPAPTTPKKPAPTTPKEPAPTTPKEPAPTTTKK
450 460 470 480 490 500
290 300 310
pF1KSD PSPSESPEPWKPFPA------------VSPE------PRRPAPA----VSPGSWKPGPPG
:.:. :: : ..:: :..:::. ..: . . :
XP_016 PAPTTPKEPAPTTPKETAPTTPKKLTPTTPEKLAPTTPEKPAPTTPEELAPTTPEEPTPT
510 520 530 540 550 560
320 330 340 350 360 370
pF1KSD SPR-PWKSNPSASSGPWKPAKPAPSVSPGPWKPIPSVSPGPWKPTPSVSSASWKSSSVSP
.:. : ..:.:.. : : .:::.. : .: :.. : ::. .: ....:
XP_016 TPEEPAPTTPKAAA-PNTPKEPAPTT---PKEPAPTTPKEPAPTTPK-ETAPTTPKGTAP
570 580 590 600 610 620
380 390 400 410 420
pF1KSD SSWKSP-PASPESWKSGPPELRKTA---PTLS------PEHWKAVPPVSPELRKPGPPLS
.. : : :..:. : .: :: :. :: . : :.. :..:. : :
XP_016 TTLKEPAPTTPK--KPAPKELAPTTTKEPTSTTSDKPAPTTPKGTAPTTPKEPAPTTPKE
630 640 650 660 670
430 440 450 460 470 480
pF1KSD PEIRSPAGS-PE-LRKPSGSPDLWKLSPDQRKTSPASLDFPESQKSSRGGSPDLWKSSFF
: .: :. : :..: .: : .: .. .:.. : : :.. .: : .
XP_016 PAPTTPKGTAPTTLKEP--APTTPK-KPAPKELAPTTTKGPTSTTSDKP-APTTPKETAP
680 690 700 710 720 730
490 500 510 520 530 540
pF1KSD IEPQKPVFPETRKPGPSGPSESPKAASDIWKPVLSIDTEPRKPALFPEPAKTAPPASPEA
:..:. .::.:. : : ..:.. :. . :: .. : ...: : :
XP_016 TTPKEPAPTTPKKPAPTTPETPPPTTSEVSTPTTT--KEPT--TIHKSPDESTPELSAEP
740 750 760 770 780 790
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RKRALFPEPRKHALFPELPKSALFSESQKAVELGDELQIDAIDDQ-KCDILVQEELLASP
.:: :.. : .: . . .. :. : : . :. . : ..
XP_016 TPKALENSPKE----PGVPTTKTPAATKP------EMTTTAKDKTTERDLRTTPETTTAA
800 810 820 830 840
610 620 630 640 650 660
pF1KSD KKLLEDTLFPSSKKLKKDNQESSDAELSSSEYIKTDLDAMDIKGQESSSDQEQVDVESID
:. ..: ...: ... .. ....:. : . : .... .: . .
XP_016 PKMTKETA-TTTEKTTESKITATTTQVTST--TTQDTTPFKITTLKTTTLAPKVTTTKKT
850 860 870 880 890
670 680 690 700 710 720
pF1KSD FSKENKMDMTSPEQSRNVLQFTEEKEAFISEEEIAKYMKRGKGKYYCKICCCRAMKKGAV
.. . :. .::..
XP_016 ITTTEIMN--KPEETAKPKDRATNSKATTPKPQKPTKAPKKPTSTKKPKTMPRVRKPKTT
900 910 920 930 940 950
>>NP_001290161 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 isof (1361 aa)
initn: 327 init1: 174 opt: 525 Z-score: 187.0 bits: 46.3 E(85289): 0.0011
Smith-Waterman score: 595; 24.7% identity (49.6% similar) in 645 aa overlap (82-679:357-961)
60 70 80 90 100 110
pF1KSD MIFYQKSAKLFHCHKCFFTSKMYSNVYYHITSKHASPDKWNDKPKNQLNKETDPVKSPPL
:.:. .: .: .:: :. .
NP_001 TIKSAPTTPKEPAPTTTKSAPTTPKEPAPTTTKEPAPTT-PKEPAPTTTKEPAPTTTKSA
330 340 350 360 370 380
120 130 140 150 160 170
pF1KSD PEHQKIPCNSAEPKSIPALSMETQKLGSVLSPESPK-PTPLTPLEPQKPGSVVSPELQTP
: : : .. : :. : .: .:: ::: :: :: : .. : ::
NP_001 PTTPKEPAPTTPKKPAPTTPKEP-------APTTPKEPTPTTPKEPA-P-TTKEPAPTTP
390 400 410 420 430
180 190 200 210 220
pF1KSD L-PSPE-PSKPASVSSPEPPKSVPVCESQKLAPVPSPE-PQKPAPVSPESVKATLSNPKP
:.: :.::: .. :: ..: . . ::: :..:::.. .:. .: ..: :
NP_001 KEPAPTAPKKPAPTTPKEPAPTTPKEPAPTTTKEPSPTTPKEPAPTTTKSAPTTTKEPAP
440 450 460 470 480 490
230 240 250 260 270 280
pF1KSD QKQSHFPETLGPPSASSPE--SPVLAASPEPWGPSPAASPESRKSARTTSPEP-----RK
. : : :: .. . .:. : : :. : .. : :: :: .:
NP_001 TTTKSAPTTPKEPSPTTTKEPAPTTPKEPAPTTPKKPAPTTPKEPAPTTPKEPAPTTTKK
500 510 520 530 540 550
290 300 310
pF1KSD PSPSESPEPWKPFPA------------VSPE------PRRPAPA----VSPGSWKPGPPG
:.:. :: : ..:: :..:::. ..: . . :
NP_001 PAPTTPKEPAPTTPKETAPTTPKKLTPTTPEKLAPTTPEKPAPTTPEELAPTTPEEPTPT
560 570 580 590 600 610
320 330 340 350 360 370
pF1KSD SPR-PWKSNPSASSGPWKPAKPAPSVSPGPWKPIPSVSPGPWKPTPSVSSASWKSSSVSP
.:. : ..:.:.. : : .:::.. : .: :.. : ::. .: ....:
NP_001 TPEEPAPTTPKAAA-PNTPKEPAPTT---PKEPAPTTPKEPAPTTPK-ETAPTTPKGTAP
620 630 640 650 660 670
380 390 400 410 420
pF1KSD SSWKSP-PASPESWKSGPPELRKTA---PTLS------PEHWKAVPPVSPELRKPGPPLS
.. : : :..:. : .: :: :. :: . : :.. :..:. : :
NP_001 TTLKEPAPTTPK--KPAPKELAPTTTKEPTSTTSDKPAPTTPKGTAPTTPKEPAPTTPKE
680 690 700 710 720
430 440 450 460 470 480
pF1KSD PEIRSPAGS-PE-LRKPSGSPDLWKLSPDQRKTSPASLDFPESQKSSRGGSPDLWKSSFF
: .: :. : :..: .: : .: .. .:.. : : :.. .: : .
NP_001 PAPTTPKGTAPTTLKEP--APTTPK-KPAPKELAPTTTKGPTSTTSDKP-APTTPKETAP
730 740 750 760 770 780
490 500 510 520 530 540
pF1KSD IEPQKPVFPETRKPGPSGPSESPKAASDIWKPVLSIDTEPRKPALFPEPAKTAPPASPEA
:..:. .::.:. : : ..:.. :. . :: .. : ...: : :
NP_001 TTPKEPAPTTPKKPAPTTPETPPPTTSEVSTPTTT--KEPT--TIHKSPDESTPELSAEP
790 800 810 820 830 840
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RKRALFPEPRKHALFPELPKSALFSESQKAVELGDELQIDAIDDQ-KCDILVQEELLASP
.:: :.. : .: . . .. :. : : . :. . : ..
NP_001 TPKALENSPKE----PGVPTTKTPAATKP------EMTTTAKDKTTERDLRTTPETTTAA
850 860 870 880 890
610 620 630 640 650 660
pF1KSD KKLLEDTLFPSSKKLKKDNQESSDAELSSSEYIKTDLDAMDIKGQESSSDQEQVDVESID
:. ..: ...: ... .. ....:. : . : .... .: . .
NP_001 PKMTKETA-TTTEKTTESKITATTTQVTST--TTQDTTPFKITTLKTTTLAPKVTTTKKT
900 910 920 930 940
670 680 690 700 710 720
pF1KSD FSKENKMDMTSPEQSRNVLQFTEEKEAFISEEEIAKYMKRGKGKYYCKICCCRAMKKGAV
.. . :. .::..
NP_001 ITTTEIMN--KPEETAKPKDRATNSKATTPKPQKPTKAPKKPTSTKKPKTMPRVRKPKTT
950 960 970 980 990 1000
>>NP_001121180 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 isof (1363 aa)
initn: 327 init1: 174 opt: 525 Z-score: 187.0 bits: 46.3 E(85289): 0.0011
Smith-Waterman score: 595; 24.7% identity (49.6% similar) in 645 aa overlap (82-679:359-963)
60 70 80 90 100 110
pF1KSD MIFYQKSAKLFHCHKCFFTSKMYSNVYYHITSKHASPDKWNDKPKNQLNKETDPVKSPPL
:.:. .: .: .:: :. .
NP_001 TIKSAPTTPKEPAPTTTKSAPTTPKEPAPTTTKEPAPTT-PKEPAPTTTKEPAPTTTKSA
330 340 350 360 370 380
120 130 140 150 160 170
pF1KSD PEHQKIPCNSAEPKSIPALSMETQKLGSVLSPESPK-PTPLTPLEPQKPGSVVSPELQTP
: : : .. : :. : .: .:: ::: :: :: : .. : ::
NP_001 PTTPKEPAPTTPKKPAPTTPKEP-------APTTPKEPTPTTPKEPA-P-TTKEPAPTTP
390 400 410 420 430
180 190 200 210 220
pF1KSD L-PSPE-PSKPASVSSPEPPKSVPVCESQKLAPVPSPE-PQKPAPVSPESVKATLSNPKP
:.: :.::: .. :: ..: . . ::: :..:::.. .:. .: ..: :
NP_001 KEPAPTAPKKPAPTTPKEPAPTTPKEPAPTTTKEPSPTTPKEPAPTTTKSAPTTTKEPAP
440 450 460 470 480 490
230 240 250 260 270 280
pF1KSD QKQSHFPETLGPPSASSPE--SPVLAASPEPWGPSPAASPESRKSARTTSPEP-----RK
. : : :: .. . .:. : : :. : .. : :: :: .:
NP_001 TTTKSAPTTPKEPSPTTTKEPAPTTPKEPAPTTPKKPAPTTPKEPAPTTPKEPAPTTTKK
500 510 520 530 540 550
290 300 310
pF1KSD PSPSESPEPWKPFPA------------VSPE------PRRPAPA----VSPGSWKPGPPG
:.:. :: : ..:: :..:::. ..: . . :
NP_001 PAPTTPKEPAPTTPKETAPTTPKKLTPTTPEKLAPTTPEKPAPTTPEELAPTTPEEPTPT
560 570 580 590 600 610
320 330 340 350 360 370
pF1KSD SPR-PWKSNPSASSGPWKPAKPAPSVSPGPWKPIPSVSPGPWKPTPSVSSASWKSSSVSP
.:. : ..:.:.. : : .:::.. : .: :.. : ::. .: ....:
NP_001 TPEEPAPTTPKAAA-PNTPKEPAPTT---PKEPAPTTPKEPAPTTPK-ETAPTTPKGTAP
620 630 640 650 660 670
380 390 400 410 420
pF1KSD SSWKSP-PASPESWKSGPPELRKTA---PTLS------PEHWKAVPPVSPELRKPGPPLS
.. : : :..:. : .: :: :. :: . : :.. :..:. : :
NP_001 TTLKEPAPTTPK--KPAPKELAPTTTKEPTSTTSDKPAPTTPKGTAPTTPKEPAPTTPKE
680 690 700 710 720 730
430 440 450 460 470 480
pF1KSD PEIRSPAGS-PE-LRKPSGSPDLWKLSPDQRKTSPASLDFPESQKSSRGGSPDLWKSSFF
: .: :. : :..: .: : .: .. .:.. : : :.. .: : .
NP_001 PAPTTPKGTAPTTLKEP--APTTPK-KPAPKELAPTTTKGPTSTTSDKP-APTTPKETAP
740 750 760 770 780
490 500 510 520 530 540
pF1KSD IEPQKPVFPETRKPGPSGPSESPKAASDIWKPVLSIDTEPRKPALFPEPAKTAPPASPEA
:..:. .::.:. : : ..:.. :. . :: .. : ...: : :
NP_001 TTPKEPAPTTPKKPAPTTPETPPPTTSEVSTPTTT--KEPT--TIHKSPDESTPELSAEP
790 800 810 820 830 840
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RKRALFPEPRKHALFPELPKSALFSESQKAVELGDELQIDAIDDQ-KCDILVQEELLASP
.:: :.. : .: . . .. :. : : . :. . : ..
NP_001 TPKALENSPKE----PGVPTTKTPAATKP------EMTTTAKDKTTERDLRTTPETTTAA
850 860 870 880 890
610 620 630 640 650 660
pF1KSD KKLLEDTLFPSSKKLKKDNQESSDAELSSSEYIKTDLDAMDIKGQESSSDQEQVDVESID
:. ..: ...: ... .. ....:. : . : .... .: . .
NP_001 PKMTKETA-TTTEKTTESKITATTTQVTST--TTQDTTPFKITTLKTTTLAPKVTTTKKT
900 910 920 930 940 950
670 680 690 700 710 720
pF1KSD FSKENKMDMTSPEQSRNVLQFTEEKEAFISEEEIAKYMKRGKGKYYCKICCCRAMKKGAV
.. . :. .::..
NP_001 ITTTEIMN--KPEETAKPKDRATNSKATTPKPQKPTKAPKKPTSTKKPKTMPRVRKPKTT
960 970 980 990 1000
>>NP_005798 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 isoform (1404 aa)
initn: 327 init1: 174 opt: 525 Z-score: 186.8 bits: 46.3 E(85289): 0.0011
Smith-Waterman score: 595; 24.7% identity (49.6% similar) in 645 aa overlap (82-679:400-1004)
60 70 80 90 100 110
pF1KSD MIFYQKSAKLFHCHKCFFTSKMYSNVYYHITSKHASPDKWNDKPKNQLNKETDPVKSPPL
:.:. .: .: .:: :. .
NP_005 TIKSAPTTPKEPAPTTTKSAPTTPKEPAPTTTKEPAPTT-PKEPAPTTTKEPAPTTTKSA
370 380 390 400 410 420
120 130 140 150 160 170
pF1KSD PEHQKIPCNSAEPKSIPALSMETQKLGSVLSPESPK-PTPLTPLEPQKPGSVVSPELQTP
: : : .. : :. : .: .:: ::: :: :: : .. : ::
NP_005 PTTPKEPAPTTPKKPAPTTPKEP-------APTTPKEPTPTTPKEPA-P-TTKEPAPTTP
430 440 450 460 470
180 190 200 210 220
pF1KSD L-PSPE-PSKPASVSSPEPPKSVPVCESQKLAPVPSPE-PQKPAPVSPESVKATLSNPKP
:.: :.::: .. :: ..: . . ::: :..:::.. .:. .: ..: :
NP_005 KEPAPTAPKKPAPTTPKEPAPTTPKEPAPTTTKEPSPTTPKEPAPTTTKSAPTTTKEPAP
480 490 500 510 520 530
230 240 250 260 270 280
pF1KSD QKQSHFPETLGPPSASSPE--SPVLAASPEPWGPSPAASPESRKSARTTSPEP-----RK
. : : :: .. . .:. : : :. : .. : :: :: .:
NP_005 TTTKSAPTTPKEPSPTTTKEPAPTTPKEPAPTTPKKPAPTTPKEPAPTTPKEPAPTTTKK
540 550 560 570 580 590
290 300 310
pF1KSD PSPSESPEPWKPFPA------------VSPE------PRRPAPA----VSPGSWKPGPPG
:.:. :: : ..:: :..:::. ..: . . :
NP_005 PAPTTPKEPAPTTPKETAPTTPKKLTPTTPEKLAPTTPEKPAPTTPEELAPTTPEEPTPT
600 610 620 630 640 650
320 330 340 350 360 370
pF1KSD SPR-PWKSNPSASSGPWKPAKPAPSVSPGPWKPIPSVSPGPWKPTPSVSSASWKSSSVSP
.:. : ..:.:.. : : .:::.. : .: :.. : ::. .: ....:
NP_005 TPEEPAPTTPKAAA-PNTPKEPAPTT---PKEPAPTTPKEPAPTTPK-ETAPTTPKGTAP
660 670 680 690 700 710
380 390 400 410 420
pF1KSD SSWKSP-PASPESWKSGPPELRKTA---PTLS------PEHWKAVPPVSPELRKPGPPLS
.. : : :..:. : .: :: :. :: . : :.. :..:. : :
NP_005 TTLKEPAPTTPK--KPAPKELAPTTTKEPTSTTSDKPAPTTPKGTAPTTPKEPAPTTPKE
720 730 740 750 760 770
430 440 450 460 470 480
pF1KSD PEIRSPAGS-PE-LRKPSGSPDLWKLSPDQRKTSPASLDFPESQKSSRGGSPDLWKSSFF
: .: :. : :..: .: : .: .. .:.. : : :.. .: : .
NP_005 PAPTTPKGTAPTTLKEP--APTTPK-KPAPKELAPTTTKGPTSTTSDKP-APTTPKETAP
780 790 800 810 820
490 500 510 520 530 540
pF1KSD IEPQKPVFPETRKPGPSGPSESPKAASDIWKPVLSIDTEPRKPALFPEPAKTAPPASPEA
:..:. .::.:. : : ..:.. :. . :: .. : ...: : :
NP_005 TTPKEPAPTTPKKPAPTTPETPPPTTSEVSTPTTT--KEPT--TIHKSPDESTPELSAEP
830 840 850 860 870 880
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RKRALFPEPRKHALFPELPKSALFSESQKAVELGDELQIDAIDDQ-KCDILVQEELLASP
.:: :.. : .: . . .. :. : : . :. . : ..
NP_005 TPKALENSPKE----PGVPTTKTPAATKP------EMTTTAKDKTTERDLRTTPETTTAA
890 900 910 920 930
610 620 630 640 650 660
pF1KSD KKLLEDTLFPSSKKLKKDNQESSDAELSSSEYIKTDLDAMDIKGQESSSDQEQVDVESID
:. ..: ...: ... .. ....:. : . : .... .: . .
NP_005 PKMTKETA-TTTEKTTESKITATTTQVTST--TTQDTTPFKITTLKTTTLAPKVTTTKKT
940 950 960 970 980 990
670 680 690 700 710 720
pF1KSD FSKENKMDMTSPEQSRNVLQFTEEKEAFISEEEIAKYMKRGKGKYYCKICCCRAMKKGAV
.. . :. .::..
NP_005 ITTTEIMN--KPEETAKPKDRATNSKATTPKPQKPTKAPKKPTSTKKPKTMPRVRKPKTT
1000 1010 1020 1030 1040
812 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 07:23:37 2016 done: Thu Nov 3 07:23:39 2016
Total Scan time: 17.650 Total Display time: 0.160
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]