Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1785
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1785, 617 aa
1>>>pF1KSDA1785 617 - 617 aa - 617 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0834+/-0.00145; mu= 9.0530+/- 0.085
mean_var=129.6240+/-26.934, 0's: 0 Z-trim(102.0): 230 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.112650
statistics sampled from 6471 (6738) to 6471 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.557), E-opt: 0.2 (0.207), width: 16
Scan time: 2.820
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4118.1 FEM1C gene_id:56929|Hs108|chr5 ( 617) 4047 670.5 1.8e-192
CCDS12135.1 FEM1A gene_id:55527|Hs108|chr19 ( 669) 1702 289.4 1e-77
CCDS10228.1 FEM1B gene_id:10116|Hs108|chr15 ( 627) 1387 238.2 2.5e-62
CCDS54802.1 ANKRD50 gene_id:57182|Hs108|chr4 (1250) 369 73.0 2.7e-12
CCDS34060.1 ANKRD50 gene_id:57182|Hs108|chr4 (1429) 369 73.0 3.1e-12
>>CCDS4118.1 FEM1C gene_id:56929|Hs108|chr5 (617 aa)
initn: 4047 init1: 4047 opt: 4047 Z-score: 3569.0 bits: 670.5 E(32554): 1.8e-192
Smith-Waterman score: 4047; 100.0% identity (100.0% similar) in 617 aa overlap (1-617:1-617)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDLKTAVFNAARDGKLRLLTKLLASKSKEEVSSLISEKTNGATPLLMAARYGHLDMVEFL
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CCDS41 MDLKTAVFNAARDGKLRLLTKLLASKSKEEVSSLISEKTNGATPLLMAARYGHLDMVEFL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LEQCSASIEVGGSVNFDGETIEGAPPLWAASAAGHLKVVQSLLNHGASVNNTTLTNSTPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LEQCSASIEVGGSVNFDGETIEGAPPLWAASAAGHLKVVQSLLNHGASVNNTTLTNSTPL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RAACFDGHLEIVKYLVEHKADLEVSNRHGHTCLMISCYKGHKEIAQYLLEKGADVNRKSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 RAACFDGHLEIVKYLVEHKADLEVSNRHGHTCLMISCYKGHKEIAQYLLEKGADVNRKSV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD KGNTALHDCAESGSLDIMKMLLMYCAKMEKDGYGMTPLLSASVTGHTNIVDFLTHHAQTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KGNTALHDCAESGSLDIMKMLLMYCAKMEKDGYGMTPLLSASVTGHTNIVDFLTHHAQTS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KTERINALELLGATFVDKKRDLLGALKYWKKAMNMRYSDRTNIISKPVPQTLIMAYDYAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KTERINALELLGATFVDKKRDLLGALKYWKKAMNMRYSDRTNIISKPVPQTLIMAYDYAK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD EVNSAEELEGLIADPDEMRMQALLIRERILGPSHPDTSYYIRYRGAVYADSGNFKRCINL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EVNSAEELEGLIADPDEMRMQALLIRERILGPSHPDTSYYIRYRGAVYADSGNFKRCINL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD WKYALDMQQSNLDPLSPMTASSLLSFAELFSFMLQDRAKGLLGTTVTFDDLMGILCKSVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 WKYALDMQQSNLDPLSPMTASSLLSFAELFSFMLQDRAKGLLGTTVTFDDLMGILCKSVL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD EIERAIKQTQCPADPLQLNKALSIILHLICLLEKVPCTLEQDHFKKQTIYRFLKLHPRGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EIERAIKQTQCPADPLQLNKALSIILHLICLLEKVPCTLEQDHFKKQTIYRFLKLHPRGK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD NNFSPLHLAVDKNTTCVGRYPVCKFPSLQVTAILIECGADVNVRDSDDNSPLHIAALNNH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NNFSPLHLAVDKNTTCVGRYPVCKFPSLQVTAILIECGADVNVRDSDDNSPLHIAALNNH
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PDIMNLLIKSGAHFDATNLHKQTASDLLDEKEIAKNLIQPINHTTLQCLAARVIVNHRIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 PDIMNLLIKSGAHFDATNLHKQTASDLLDEKEIAKNLIQPINHTTLQCLAARVIVNHRIY
550 560 570 580 590 600
610
pF1KSD YKGHIPEKLETFVSLHR
:::::::::::::::::
CCDS41 YKGHIPEKLETFVSLHR
610
>>CCDS12135.1 FEM1A gene_id:55527|Hs108|chr19 (669 aa)
initn: 2238 init1: 969 opt: 1702 Z-score: 1508.8 bits: 289.4 E(32554): 1e-77
Smith-Waterman score: 2682; 64.3% identity (82.4% similar) in 649 aa overlap (22-616:22-669)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDLKTAVFNAARDGKLRLLTKLLASKSKEEVSSLISEKTNGATPLLMAARYGHLDMVEFL
::...:.::.. : .: ..:.::::.::::::::.::.:
CCDS12 MDLRTAVYNAARDGKLQLLQKLLSGRSREELDELTGEVAGGGTPLLIAARYGHLDVVEYL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LEQCSASIEVGGSVNFDGETIEGAPPLWAASAAGHLKVVQSLLNHGASVNNTTLTNSTPL
...:.::.:.::::.::::::::::::::::::::: ::.::: .::::: :: ::::::
CCDS12 VDRCGASVEAGGSVHFDGETIEGAPPLWAASAAGHLDVVRSLLRRGASVNRTTRTNSTPL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KSD RAACFDGHLEIVKYLV-EHKADLEVSNRHGHTCLMISCYKGHKEIAQYLLEKGADVNRKS
::::::::::.:.::: ::.:::::.::::::::::::::::.:::.::::.::.:::.:
CCDS12 RAACFDGHLEVVRYLVGEHQADLEVANRHGHTCLMISCYKGHREIARYLLEQGAQVNRRS
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD VKGNTALHDCAESGSLDIMKMLLMYCAKMEKDGYGMTPLLSASVTGHTNIVDFLTHH---
.:::::::::::::::.:...:: :.::.:::::::::.::::::::::..: ..
CCDS12 AKGNTALHDCAESGSLEILQLLLGCKARMERDGYGMTPLLAASVTGHTNIVEYLIQEQPG
190 200 210 220 230 240
240
pF1KSD --------AQ-----------------------------------------TSKTERINA
:: ::. ..:
CCDS12 QEQVAGGEAQPGLPQEDPSTSQGCAQPQGAPCCSSSPEEPLNGESYESCCPTSREAAVEA
250 260 270 280 290 300
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LELLGATFVDKKRDLLGALKYWKKAMNMRYSDRTNIISKPVPQTLIMAYDYAKEVNSAEE
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CCDS12 LELLGATYVDKKRDLLGALKHWRRAMELRHQG-GEYLPKPEPPQLVLAYDYSREVNTTEE
310 320 330 340 350
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LEGLIADPDEMRMQALLIRERILGPSHPDTSYYIRYRGAVYADSGNFKRCINLWKYALDM
::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::: ::::::::
CCDS12 LEALITDPDEMRMQALLIRERILGPSHPDTSYYIRYRGAVYADSGNFERCIRLWKYALDM
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410 420
pF1KSD QQSNLDPLSPMTASSLLSFAELFSFMLQDRA-KGLLGTTVTFDDLMGILCKSVLEIERAI
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CCDS12 QQSNLEPLSPMTASSFLSFAELFSYVLQDRAAKGSLGTQIGFADLMGVLTKGVREVERAL
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460 470 480
pF1KSD KQTQCPADPLQLNKALSIILHLICLLEKVPCTLEQDHFKKQTIYRFLKLHPRGKNNFSPL
. . :.: :..:::.:::::. ::::: :: :.:.:.::.::.:: :::::.:.::
CCDS12 QLPREPGDSAQFTKALAIILHLLYLLEKVECTPSQEHLKHQTVYRLLKCAPRGKNGFTPL
480 490 500 510 520 530
490 500 510 520 530 540
pF1KSD HLAVDKNTTCVGRYPVCKFPSLQVTAILIECGADVNVRDSDDNSPLHIAALNNHPDIMNL
:.::::.:: :::::: .::::.:. .:..:::: . :: :.:.:::::: :: : :::
CCDS12 HMAVDKDTTNVGRYPVGRFPSLHVVKVLLDCGADPDSRDFDNNTPLHIAAQNNCPAIMNA
540 550 560 570 580 590
550 560 570 580 590 600
pF1KSD LIKSGAHFDATNLHKQTASDLLDEKEIAKNLIQPINHTTLQCLAARVIVNHRIYYKGHIP
::..:::.:::: :.:: .::::: .:.. .::.:..::::::::.. ...: ::: ::
CCDS12 LIEAGAHMDATNAFKKTAYELLDEKLLARGTMQPFNYVTLQCLAARALDKNKIPYKGFIP
600 610 620 630 640 650
610
pF1KSD EKLETFVSLHR
: ::.:. ::
CCDS12 EDLEAFIELH
660
>>CCDS10228.1 FEM1B gene_id:10116|Hs108|chr15 (627 aa)
initn: 1212 init1: 725 opt: 1387 Z-score: 1232.5 bits: 238.2 E(32554): 2.5e-62
Smith-Waterman score: 1438; 40.7% identity (70.0% similar) in 634 aa overlap (7-616:8-627)
10 20 30 40 50
pF1KSD MDLKTAVFNAARDGKLRLLTKLLASKSKEEVSSLIS--EKTNG--ATPLLMAARYGHLD
:..:: .::. :. :: ..:. .. :.. . .: .:::..::: ::
CCDS10 MEGLAGYVYKAASEGKVLTLAALLLNRSESDIRYLLGYVSQQGGQRSTPLIIAARNGHAK
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD MVEFLLEQCSASIEVGGSVNFDGETIEGAPPLWAASAAGHLKVVQSLLNHGASVNNTTLT
.:..:::. .. . :.: ::: .:.:: :: :..:::..::. :..:::.::.::.:
CCDS10 VVRLLLEHYRVQTQQTGTVRFDGYVIDGATALWCAAGAGHFEVVKLLVSHGANVNHTTVT
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD NSTPLRAACFDGHLEIVKYLVEHKADLEVSNRHGHTCLMISCYKGHKEIAQYLLEKGADV
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CCDS10 NSTPLRAACFDGRLDIVKYLVENNANISIANKYDNTCLMIAAYKGHTDVVRYLLEQRADP
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD NRKSVKGNTALHDCAESGSLDIMKMLLMYCAKMEKDGYGMTPLLSASVTGHTNIVDFLTH
: :. : :::: ::.: .::.: :. . : . .:.::::: :. . ....:..:
CCDS10 NAKAHCGATALHFAAEAGHIDIVKELIKWRAAIVVNGHGMTPLKVAAESCKADVVELLLS
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD HAQTSKTERINALELLGATFVDKKR--DLLGALKYWKKAMNMRYSDRTNIISKPV-PQTL
::. .. ::.:::::::.:.. .. :.. . .: :: :..: ::. : : :
CCDS10 HADCDRRSRIEALELLGASFANDRENYDIIKTYHYLYLAMLERFQDGDNILEKEVLPP--
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD IMAYDYAKEVNSAEELEGLIADPDEMRMQALLIRERILGPSHPDTSYYIRYRGAVYADSG
: :: : . .:::.. : : ..:..:..:::::: .. :.:. : ::::::::.
CCDS10 IHAYGNRTECRNPQELESIRQDRDALHMEGLIVRERILGADNIDVSHPIIYRGAVYADNM
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD NFKRCINLWKYALDMQQSNLDPLSPMTASSLLSFAELFSFMLQDRAKGLLGTTVTFDDLM
.:..::.:: .:: ..:.. . : ..:: ::..:: :.. :. :: :.
CCDS10 EFEQCIKLWLHALHLRQKG----NRNTHKDLLRFAQVFSQMIH------LNETVKAPDIE
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460
pF1KSD GILCKSVLEIERAIKQTQCPADPLQLNKA------LSIILHLICLLEKVPCTLEQDHFK-
.: ::::::....... .: : : .:.:.:. :. :. :.:. :
CCDS10 CVLRCSVLEIEQSMNRVKNISDADVHNAMDNYECNLYTFLYLVCISTKTQCS-EEDQCKI
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KSD KQTIYRFLKLHPRGKNNFSPLHLAVDKNTTCVGRYP--VCKFPSLQVTAILIECGADVNV
.. :: ...: :: ...:. :::::..:: . ::.::. :: .:..:::.::.
CCDS10 NKQIYNLIHLDPRTREGFTLLHLAVNSNTPVDDFHTNDVCSFPNALVTKLLLDCGAEVNA
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570
pF1KSD RDSDDNSPLHIAALNNHP--DIMNL------LIKSGAHFDATNLHKQTASDLLDEKEIAK
:.. :: ::: . :.: :...: :...::: : :: ...: : . ...
CCDS10 VDNEGNSALHIIVQYNRPISDFLTLHSIIISLVEAGAHTDMTNKQNKTPLDK-STTGVSE
530 540 550 560 570 580
580 590 600 610
pF1KSD NLIQPINHTTLQCLAARVIVNHRIYYKGHIPEKLETFVSLHR
:.. . .:.:::::.. . : :. .::. :: ::..:
CCDS10 ILLKTQMKMSLKCLAARAVRANDINYQDQIPRTLEEFVGFH
590 600 610 620
>>CCDS54802.1 ANKRD50 gene_id:57182|Hs108|chr4 (1250 aa)
initn: 447 init1: 246 opt: 369 Z-score: 334.1 bits: 73.0 E(32554): 2.7e-12
Smith-Waterman score: 463; 25.9% identity (55.0% similar) in 587 aa overlap (4-552:367-923)
10 20 30
pF1KSD MDLKTAVFNAARDGKLRLLTKLLASKSKEEVSS
.: . ::: .:.: ... :.. . :.
CCDS54 CIVRQALEREDSIRTLLDNGASVNQCDSNGRTLLANAAYSGSLDVVNLLVSRGADLEI--
340 350 360 370 380 390
40 50 60 70 80 90
pF1KSD LISEKTNGATPLLMAARYGHLDMVEFLLEQCSASIEVGGSVNFDGETIEGAPPLWAASAA
: ..: ::: .::: :: .:. :. :.:.: . .. :: : : .:. .
CCDS54 ---EDAHGHTPLTLAARQGHTKVVNCLI-GCGANI---NHTDQDGWTA-----LRSAAWG
400 410 420 430 440
100 110 120 130 140 150
pF1KSD GHLKVVQSLLNHGASVNNTTLTNSTPLRAACFDGHLEIVKYLVEHKADLEVSNRHGHTCL
:: .::..:: :..:. . . : :::: . :: .:: :..: :... .. .:.: :
CCDS54 GHTEVVSALLYAGVKVDCADADSRTALRAAAWGGHEDIVLNLLQHGAEVNKADNEGRTAL
450 460 470 480 490 500
160 170 180 190 200
pF1KSD MISCYKGHKEIAQYLLEKGADVNRKSVKGNTALHD---C--AESGSLDIMKMLLMYCAKM
. . : ::.::...::..::.::...: : ::: : : .: .....:. :..
CCDS54 IAAAYMGHREIVEHLLDHGAEVNHEDVDGRTALSVAALCVPASKGHASVVSLLIDRGAEV
510 520 530 540 550 560
210 220 230 240 250 260
pF1KSD EK-DGYGMTPLLSASVTGHTNIVDFLTHH-AQTSKTERINALELLGATFVDKKRDLLGAL
.. : :::::: :. ::...::.: . :....:. . ::.:. . . .....:
CCDS54 DHCDKDGMTPLLVAAYEGHVDVVDLLLEGGADVDHTDNNGRTPLLAAASMGHA-SVVNTL
570 580 590 600 610 620
270 280 290 300 310 320
pF1KSD KYWKKAMNMRYSDRTNIISKPVPQTLIMAY----DYAKEVNSAEELEGLIADPDEMRMQA
.: :.. :. ...: : . . : . . : .. : ..: :
CCDS54 LFWGAAVDSIDSEGRTVLSIASAQGNVEVVRTLLDRGLDENHRDD-----AGWTPLHMAA
630 640 650 660 670
330 340 350 360 370
pF1KSD L----LIRERIL--GPSHPDTSYYIRYRGAVYADSGNFKRCIN-LWKYALDMQQSNLDPL
. :: : .. : . . : . .. :.. :.. : . ...: . :
CCDS54 FEGHRLICEALIEQGARTNEIDNDGRIPFILASQEGHYD-CVQILLENKSNIDQRGYDGR
680 690 700 710 720 730
380 390 400 410 420 430
pF1KSD SPMTASSLLSFAELFSFMLQDRAKGLLGTTVTFDDLMGILCKSVLEIERAIKQTQ----C
. . ...: . .. .... :. :. : : .: .: . ...
CCDS54 NALRVAALEGHRDIVELLFSH------GADVNCKDADGRPTLYILALENQLTMAEYFLEN
740 750 760 770 780
440 450 460 470 480
pF1KSD PADPLQLNKALSIILHLICL---LEKVPCTLEQ-------DHFKKQTIYRFLKLHPRGKN
:. . ::. : .: : . :. :.... . .:.
CCDS54 GANVEASDAEGRTALHVSCWQGHMEMVQVLIAYHADVNAADNEKRSALQ---SAAWQGHV
790 800 810 820 830 840
490 500 510 520 530
pF1KSD NFSPL---HLAVDKNTTCVGRYPVC---KFPSLQVTAILIECGADVNVRDSDDNSPLHIA
. : : :: .: : .: . ..:. .:.: ::: : :. . ...:
CCDS54 KVVQLLIEHGAVVDHTCNQGATALCIAAQEGHIDVVQVLLEHGADPNHADQFGRTAMRVA
850 860 870 880 890 900
540 550 560 570 580 590
pF1KSD ALNNHPDIMNLLIKSGAHFDATNLHKQTASDLLDEKEIAKNLIQPINHTTLQCLAARVIV
: :.: .:..:: : ::
CCDS54 AKNGHSQIIKLLEKYGASSLNGCSPSPVHTMEQKPLQSLSSKVQSLTIKSNSSGSTGGGD
910 920 930 940 950 960
>>CCDS34060.1 ANKRD50 gene_id:57182|Hs108|chr4 (1429 aa)
initn: 447 init1: 246 opt: 369 Z-score: 333.2 bits: 73.0 E(32554): 3.1e-12
Smith-Waterman score: 463; 25.9% identity (55.0% similar) in 587 aa overlap (4-552:546-1102)
10 20 30
pF1KSD MDLKTAVFNAARDGKLRLLTKLLASKSKEEVSS
.: . ::: .:.: ... :.. . :.
CCDS34 CIVRQALEREDSIRTLLDNGASVNQCDSNGRTLLANAAYSGSLDVVNLLVSRGADLEI--
520 530 540 550 560 570
40 50 60 70 80 90
pF1KSD LISEKTNGATPLLMAARYGHLDMVEFLLEQCSASIEVGGSVNFDGETIEGAPPLWAASAA
: ..: ::: .::: :: .:. :. :.:.: . .. :: : : .:. .
CCDS34 ---EDAHGHTPLTLAARQGHTKVVNCLI-GCGANI---NHTDQDGWTA-----LRSAAWG
580 590 600 610 620
100 110 120 130 140 150
pF1KSD GHLKVVQSLLNHGASVNNTTLTNSTPLRAACFDGHLEIVKYLVEHKADLEVSNRHGHTCL
:: .::..:: :..:. . . : :::: . :: .:: :..: :... .. .:.: :
CCDS34 GHTEVVSALLYAGVKVDCADADSRTALRAAAWGGHEDIVLNLLQHGAEVNKADNEGRTAL
630 640 650 660 670 680
160 170 180 190 200
pF1KSD MISCYKGHKEIAQYLLEKGADVNRKSVKGNTALHD---C--AESGSLDIMKMLLMYCAKM
. . : ::.::...::..::.::...: : ::: : : .: .....:. :..
CCDS34 IAAAYMGHREIVEHLLDHGAEVNHEDVDGRTALSVAALCVPASKGHASVVSLLIDRGAEV
690 700 710 720 730 740
210 220 230 240 250 260
pF1KSD EK-DGYGMTPLLSASVTGHTNIVDFLTHH-AQTSKTERINALELLGATFVDKKRDLLGAL
.. : :::::: :. ::...::.: . :....:. . ::.:. . . .....:
CCDS34 DHCDKDGMTPLLVAAYEGHVDVVDLLLEGGADVDHTDNNGRTPLLAAASMGHA-SVVNTL
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