FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1783, 3096 aa
1>>>pF1KSDA1783 3096 - 3096 aa - 3096 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.2752+/-0.000479; mu= -8.2379+/- 0.030
mean_var=546.0915+/-111.220, 0's: 0 Z-trim(122.6): 245 B-trim: 0 in 0/61
Lambda= 0.054883
statistics sampled from 40602 (40867) to 40602 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.744), E-opt: 0.2 (0.479), width: 16
Scan time: 30.130
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016880203 (OMIM: 600316,602666) PREDICTED: unco (3510) 2756 235.6 1.1e-59
XP_011522220 (OMIM: 600316,602666) PREDICTED: unco (2117) 2112 184.4 1.8e-44
NP_057323 (OMIM: 600316,602666) unconventional myo (3530) 1850 163.8 4.5e-38
XP_016880204 (OMIM: 600316,602666) PREDICTED: unco (3531) 1846 163.5 5.6e-38
NP_001120651 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) u (1178) 1277 118.0 9.2e-25
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XP_016873275 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2154) 1277 118.3 1.4e-24
NP_001120652 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) u (2175) 1277 118.3 1.4e-24
XP_016873273 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2206) 1277 118.3 1.5e-24
XP_016873277 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2207) 1277 118.3 1.5e-24
NP_000251 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) unco (2215) 1277 118.3 1.5e-24
XP_016873272 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2219) 1277 118.3 1.5e-24
XP_016873271 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2220) 1277 118.3 1.5e-24
XP_016873270 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2226) 1277 118.3 1.5e-24
XP_011543346 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2228) 1277 118.3 1.5e-24
XP_016873269 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2245) 1277 118.3 1.5e-24
XP_016873268 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2255) 1277 118.3 1.5e-24
XP_016873267 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2256) 1277 118.3 1.5e-24
XP_011543348 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2258) 1277 118.3 1.5e-24
XP_011543352 (OMIM: 276900,276903,600060,601317) P (2140) 1235 114.9 1.4e-23
NP_036467 (OMIM: 601480) unconventional myosin-If (1098) 1168 109.4 3.5e-22
NP_004989 (OMIM: 601479,614131) unconventional myo (1108) 1160 108.7 5.4e-22
XP_016882310 (OMIM: 601480) PREDICTED: unconventio (1094) 1137 106.9 1.9e-21
NP_001094891 (OMIM: 614636) unconventional myosin- (1022) 1076 102.1 5.1e-20
XP_016874696 (OMIM: 614636) PREDICTED: unconventio (1027) 1076 102.1 5.1e-20
XP_011526326 (OMIM: 601480) PREDICTED: unconventio (1119) 1069 101.5 8e-20
NP_001073996 (OMIM: 606541) unconventional myosin- (2116) 1052 100.4 3.3e-19
XP_006712602 (OMIM: 606541) PREDICTED: unconventio (2142) 1052 100.4 3.3e-19
XP_011509520 (OMIM: 606541) PREDICTED: unconventio (2145) 1052 100.4 3.3e-19
XP_016859658 (OMIM: 606541) PREDICTED: unconventio (2164) 1052 100.4 3.3e-19
XP_011526327 (OMIM: 601480) PREDICTED: unconventio (1115) 1038 99.1 4.4e-19
NP_036466 (OMIM: 601481) unconventional myosin-X [ (2058) 1038 99.3 6.9e-19
NP_203693 (OMIM: 606538) unconventional myosin-Ic (1028) 1025 98.0 8.5e-19
NP_001074419 (OMIM: 606538) unconventional myosin- (1044) 1025 98.0 8.6e-19
NP_001074248 (OMIM: 606538) unconventional myosin- (1063) 1025 98.0 8.7e-19
XP_016877719 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2547) 1033 99.0 1.1e-18
XP_011519922 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2618) 1033 99.0 1.1e-18
XP_011519921 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2619) 1033 99.0 1.1e-18
XP_016877717 (OMIM: 604875) PREDICTED: unconventio (2619) 1033 99.0 1.1e-18
XP_011536525 (OMIM: 614636) PREDICTED: unconventio (1044) 1019 97.5 1.2e-18
NP_001123537 (OMIM: 602129,609753) unconventional (2022) 1017 97.6 2.1e-18
NP_004136 (OMIM: 602129,609753) unconventional myo (2157) 1017 97.7 2.3e-18
XP_011528499 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 1012 97.2 2.8e-18
XP_016884294 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 1012 97.2 2.8e-18
XP_016884295 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 1012 97.2 2.8e-18
XP_016884292 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 1012 97.2 2.8e-18
XP_016884293 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60 (1960) 1012 97.2 2.8e-18
NP_002464 (OMIM: 153640,153650,155100,160775,60020 (1960) 1012 97.2 2.8e-18
XP_016880171 (OMIM: 160776) PREDICTED: myosin-10 i (1976) 1004 96.6 4.3e-18
XP_016880170 (OMIM: 160776) PREDICTED: myosin-10 i (1976) 1004 96.6 4.3e-18
>>XP_016880203 (OMIM: 600316,602666) PREDICTED: unconven (3510 aa)
initn: 2320 init1: 756 opt: 2756 Z-score: 1192.2 bits: 235.6 E(85289): 1.1e-59
Smith-Waterman score: 4716; 33.7% identity (58.8% similar) in 3043 aa overlap (198-3091:725-3497)
170 180 190 200 210 220
pF1KSD QESGSQRGTARELRPTPEPTDMGSEGTKTGPESALEPSSDGLDSDWPHADTRG-REGSSG
: . : : : :. . :: :. ...
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pF1KSD TGPLGASEHSGGDSDSSPLGT-------GPGRGSRAAMASRTFEDSSRAPRDTGPAKDAS
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760 770 780 790 800 810
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:.: :...: : : :: .:.:.. : :. ..:. :.: :.
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820 830 840 850
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920 930 940 950 960
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.:. : .::.:. : : .: :: :: .. :. . . : : :. :
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pF1KSD PTGEGRGWPRAGVGGHSEGCRTSGEGVSGLRRGSLLAPTAPDG-----PSLDESGSSSEA
. : : :. .. . . .. : .:. .:: : ... .: ...
XP_016 TRATWPPWHRWGTLPQAAAPLAPIRAPEPLPKGGERRQAAPGRFAVVMPRVQKLSSFQRV
1080 1090 1100 1110 1120 1130
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pF1KSD ELETLNDEPPVRWAQGSGPHEGP--------RLGAAVLLPRLSLETRLQQEGDPG-----
:: .: :. : :. : : ::. . . . : ::
XP_016 GPATL--KPQVQPIQDPKPRACSLRWSCLWLRADAYGPWPRVHTHPQSCHLG-PGAACLS
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pF1KSD LRGSLRELWEPEDEDEAVLERDLELSLRPGLEAPPFPGAKGRSLGDGLEDMEDLARLRLV
:::: .:. : ... :.: :.: : .:. ::.::: .: :.
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pF1KSD CDSSVLLCLKKRFHLGRIYTFGGPVLLVLNPHRSLPLFSPEVQASYHPRKALSTTPHIFA
...:: :: ::. . :::. : .:. .::.. . ...:: .:. : . ::.::
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.. :. .. :. ::.. ::.::::::::.: :...:....: .:: :
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..: :::: : :..:::: : :.: :: . ..... .:.:: :: ..: .
XP_016 --ILDIYGFEDLSFNSFEQLCINYANENLQYLFNKIVFQEEQEEYIREQIDWQEITFADN
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. :..:. .:...: ::: : . :::::::::: ::::: .: :.::..::: ::..:
XP_016 QPCINLISLKPYGILRILDDQCCFPQATDHTFLQKCHYHHGANPLYSKPKMPLPEFTIKH
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::: :::::::::..:.::. :.... .:. ..:. ::. ::. : :..
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:.:..:::.: ::. .. : . :..:: :: : ::::. : ::. ...::
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..:.:. .: :: .:.. . : . :.: .. . ..: . .:.: ::. ::.
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:: . : .: .. ... . ..::. : . : . . .:.::.:::
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:: .:... . : . ... :.. :.: .::: ::. .:...:: :.::..
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:: ::::: ... .:..: :..::..:: :.. ...:.: :.:..: : ::.:
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...::. :.:.: . ....::: :.:. ::.: : : ..: ::::::: . :. :.:::
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.:. :. ..: .:::.:. ::::::: : .... ::::: :. . .: :.::.:::.
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.:: ::. ::: :::.:.... : .::: :.::::.:. : : : : .:: :.
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NP_001 QLCINFANEHLQQFFVRHVFKLEQEEYDLESIDWLHIEFTDNQDALDMIANKPMNIISLI
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: .. . ..:: :.:.: . .: . .: :. . : . :.:: : :... ::..::
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.. :: : ... ::
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: ::..:... . :: ::. .. .. :.. .. .:. : .: . ::
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XP_016 EMPPHIFAIADNCYFNMKRNSRDQCCII-----SGESGAGKTESTKLILQFLAAI-SGQH
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pF1KSD PECLEGAVTRRVTETPYGQVSRSLPVESAVDARDALAKALYSRLFHRLLRRTNARL-APP
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XP_016 PPDLMSCLTSRTLITRGETVSTPLSREQALDVRDAFVKGIYGRLFVWIVDKINAAIYKPP
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XP_016 SQDVKNSRRSIGLLDIFGFENFAVNSFEQLCINFANEHLQQFFVRHVFKLEQEEYDLESI
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XP_016 DWLHIEFTDNQDALDMIANKPMNIISLIDEESKFPKGTDTTMLHKLNSQHKLNANYIPPK
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XP_016 TRKRSPTLSSQFKRSLELLMRTLGACQPFFVRCIKPNEFKKPMLFDRHLCVRQLRYSGMM
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XP_016 ETIRIRRAGYPIRYSFVEFVERYRVLLPGVKPAYKQGDLRGTCQRMAEAVLGTHDD-WQI
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pF1KSD GATKVLLQEQGWQRLEELRDQQRSQALVDLHRSFHTCISRQRVLPRMQARMRGFQARKRY
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XP_016 GKTKIFLKDHHDMLLEVERDK----AITD------------RVI-LLQKVIRGFKDRSNF
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. . :... :: . :.. :: . ..... : ... : .. :: :
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: . ::... : : :. . : : . .. . . : . .: .
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. . : .. . : ..: .. : . . : . :.:: :...
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]