Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1733
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1733, 484 aa
1>>>pF1KSDA1733 484 - 484 aa - 484 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1303+/-0.000813; mu= 6.4422+/- 0.049
mean_var=156.9271+/-31.664, 0's: 0 Z-trim(113.7): 15 B-trim: 182 in 1/51
Lambda= 0.102382
statistics sampled from 14342 (14354) to 14342 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.771), E-opt: 0.2 (0.441), width: 16
Scan time: 3.850
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS75401.1 PHACTR1 gene_id:221692|Hs108|chr6 ( 580) 3209 485.5 6.4e-137
CCDS43512.1 PHACTR2 gene_id:9749|Hs108|chr6 ( 554) 406 71.5 2.7e-12
CCDS47494.1 PHACTR2 gene_id:9749|Hs108|chr6 ( 565) 406 71.5 2.7e-12
CCDS47492.1 PHACTR2 gene_id:9749|Hs108|chr6 ( 634) 406 71.5 3e-12
CCDS47493.1 PHACTR2 gene_id:9749|Hs108|chr6 ( 645) 406 71.5 3e-12
CCDS42895.1 PHACTR3 gene_id:116154|Hs108|chr20 ( 518) 393 69.5 9.5e-12
CCDS13481.1 PHACTR3 gene_id:116154|Hs108|chr20 ( 448) 382 67.9 2.6e-11
CCDS41294.1 PHACTR4 gene_id:65979|Hs108|chr1 ( 712) 379 67.6 5.2e-11
CCDS41293.1 PHACTR4 gene_id:65979|Hs108|chr1 ( 702) 375 67.0 7.7e-11
CCDS13480.1 PHACTR3 gene_id:116154|Hs108|chr20 ( 559) 371 66.3 9.6e-11
>>CCDS75401.1 PHACTR1 gene_id:221692|Hs108|chr6 (580 aa)
initn: 3380 init1: 3209 opt: 3209 Z-score: 2571.6 bits: 485.5 E(32554): 6.4e-137
Smith-Waterman score: 3209; 100.0% identity (100.0% similar) in 482 aa overlap (1-482:1-482)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MDYPKMDYFLDVESAHRLLDVESAQRFFYSQGAQARRATLLLPPTLMAASSEDDIDRRPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MDYPKMDYFLDVESAHRLLDVESAQRFFYSQGAQARRATLLLPPTLMAASSEDDIDRRPI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD RRVRSKSDTPYLAEARISFNLGAAEEVERLAAMRSDSLVPGTHTPPIRRRSKFANLGRIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RRVRSKSDTPYLAEARISFNLGAAEEVERLAAMRSDSLVPGTHTPPIRRRSKFANLGRIF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD KPWKWRKKKSEKFKHTSAALERKISMRQSREELIKRGVLKEIYDKDGELSISNEEDSLEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KPWKWRKKKSEKFKHTSAALERKISMRQSREELIKRGVLKEIYDKDGELSISNEEDSLEN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD GQSLSSSQLSLPALSEMEPVPMPRDPCSYEVLQPSDIMDGPDPGAPVKLPCLPVKLSPPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GQSLSSSQLSLPALSEMEPVPMPRDPCSYEVLQPSDIMDGPDPGAPVKLPCLPVKLSPPL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD PPKKVMICMPVGGPDLSLVSYTAQKSGQQGVAQHHHTVLPSQIQHQLQYGSHGQHLPSTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PPKKVMICMPVGGPDLSLVSYTAQKSGQQGVAQHHHTVLPSQIQHQLQYGSHGQHLPSTT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD GSLPMHPSGCRMIDELNKTLAMTMQRLESSEQRVPCSTSYHSSGLHSGDGVTKAGPMGLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GSLPMHPSGCRMIDELNKTLAMTMQRLESSEQRVPCSTSYHSSGLHSGDGVTKAGPMGLP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD EIRQVPTVVIECDDNKENVPHESDYEDSSCLYTREEEEEEEDEDDDSSLYTSSLAMKVCR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EIRQVPTVVIECDDNKENVPHESDYEDSSCLYTREEEEEEEDEDDDSSLYTSSLAMKVCR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD KDSLAIKLSNRPSKRELEEKNILPRQTDEERLELRQQIGTKLTRRLSQRPTAEELEQRNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KDSLAIKLSNRPSKRELEEKNILPRQTDEERLELRQQIGTKLTRRLSQRPTAEELEQRNI
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LKRK
::
CCDS75 LKPRNEQEEQEEKREIKRRLTRKLSQRPTVEELRERKILIRFSDYVEVADAQDYDRRADK
490 500 510 520 530 540
>>CCDS43512.1 PHACTR2 gene_id:9749|Hs108|chr6 (554 aa)
initn: 800 init1: 371 opt: 406 Z-score: 334.3 bits: 71.5 E(32554): 2.7e-12
Smith-Waterman score: 663; 34.6% identity (58.5% similar) in 463 aa overlap (83-484:4-459)
60 70 80 90 100 110
pF1KSD DDIDRRPIRRVRSKSDTPYLAEARISFNLGAAEEVERLAAMRSDSLVPGTHTPPIRRRSK
:.. ... . ::. . :..:::..:..:
CCDS43 MDNAVDGLDKASIANSDGPTAGSQTPPFKRKGK
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KSD FANLGRIFKPWKWRKKK-SEKFKHTSAALERKISMRQSREELIKRGVLKEIYDKDGELSI
....:.::::::::::: :.::..:::.:::::: ::::::::.::::::. :.::....
CCDS43 LSTIGKIFKPWKWRKKKTSDKFRETSAVLERKISTRQSREELIRRGVLKELPDQDGDVTV
40 50 60 70 80 90
180 190 200
pF1KSD ----SN------------EEDSLENGQSLSSSQLSLPALSEMEP------VPMPRDPCSY
:: ::. ... .. .: . . : : :. . :
CCDS43 NFENSNGHMIPIGEESTREENVVKSEEGNGSVSEKTPPLEEQAEDKKAGSSHSKKTTGSK
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KSD EVLQPSDIMDGPDPGAPVKLPCLPVKLSPPLPPKKVMICMPVGGPDLSLVSYTAQKSGQQ
.:: . : : . . :. .:. . :: . :. : .
CCDS43 ASASPSTSSTSSRPKASKETVSSKAGTVGTTKGKRKTDKQPITS-HLSSDTTTSGTSDLK
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310
pF1KSD GVAQH--------HHTVLPSQIQHQLQYGSHGQHLPSTTGSLPMHP-----SGCRMIDEL
: . ..:: .. :. .. : : . . :. : . : ..
CCDS43 GEPAETRVESFKLEQTVPGAEEQNTGKFKSMVPPPPVAPAPSPLAPPLPLEDQCITASDT
220 230 240 250 260 270
320 330 340 350 360
pF1KSD NKTL----------AMTMQRLESSEQRVPCSTSYHSSGL----HSGDGVTKAGPMG--LP
.: :. ..: .:. . .: : ..:: ... : .: .:
CCDS43 PVVLVSVGADLPVSALDPSQLLWAEEPTNRTTLYSGTGLSVNRENAKCFTTKEELGKTVP
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410
pF1KSD EIRQVPTVVIECDDN---------KENVPHESDYEDSSCLYTREEEEEEEDEDDDSSLYT
.. .: .. : ... .: ..:: :. ::: ..:.::::.:.:
CCDS43 QL-LTPGLMGESSESFSASEDEGHREYQANDSD-SDGPILYT---DDEDEDEDEDGS-GE
340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KSD SSLAMKVCRKDSLAIKLSNRPSKRELEEKNILPRQTDEERLELRQQIGTKLTRRLSQRPT
:.:: :. :.:.:::::.:::::.:::.:::: : ..::: :.::::::::.::::::::
CCDS43 SALASKIRRRDTLAIKLGNRPSKKELEDKNILQRTSEEERQEIRQQIGTKLVRRLSQRPT
390 400 410 420 430 440
480
pF1KSD AEELEQRNILKRK
.::::::::::.:
CCDS43 TEELEQRNILKQKNEEEEQEAKMELKRRLSRKLSLRPTVAELQARRILRFNEYVEVTDSP
450 460 470 480 490 500
>>CCDS47494.1 PHACTR2 gene_id:9749|Hs108|chr6 (565 aa)
initn: 800 init1: 371 opt: 406 Z-score: 334.2 bits: 71.5 E(32554): 2.7e-12
Smith-Waterman score: 667; 34.5% identity (58.6% similar) in 464 aa overlap (82-484:14-470)
60 70 80 90 100 110
pF1KSD EDDIDRRPIRRVRSKSDTPYLAEARISFNLGAAEEVERLAAMRSDSLVPGTHTPPIRRRS
:... ... . ::. . :..:::..:..
CCDS47 MGQTSVSTLSPQPGSVDGLDKASIANSDGPTAGSQTPPFKRKG
10 20 30 40
120 130 140 150 160 170
pF1KSD KFANLGRIFKPWKWRKKK-SEKFKHTSAALERKISMRQSREELIKRGVLKEIYDKDGELS
:....:.::::::::::: :.::..:::.:::::: ::::::::.::::::. :.::...
CCDS47 KLSTIGKIFKPWKWRKKKTSDKFRETSAVLERKISTRQSREELIRRGVLKELPDQDGDVT
50 60 70 80 90 100
180 190 200
pF1KSD I----SN------------EEDSLENGQSLSSSQLSLPALSEMEP------VPMPRDPCS
. :: ::. ... .. .: . . : : :. . :
CCDS47 VNFENSNGHMIPIGEESTREENVVKSEEGNGSVSEKTPPLEEQAEDKKAGSSHSKKTTGS
110 120 130 140 150 160
210 220 230 240 250 260
pF1KSD YEVLQPSDIMDGPDPGAPVKLPCLPVKLSPPLPPKKVMICMPVGGPDLSLVSYTAQKSGQ
.:: . : : . . :. .:. . :: . :. :
CCDS47 KASASPSTSSTSSRPKASKETVSSKAGTVGTTKGKRKTDKQPITS-HLSSDTTTSGTSDL
170 180 190 200 210 220
270 280 290 300 310
pF1KSD QGVAQH--------HHTVLPSQIQHQLQYGSHGQHLPSTTGSLPMHP-----SGCRMIDE
.: . ..:: .. :. .. : : . . :. : . : ..
CCDS47 KGEPAETRVESFKLEQTVPGAEEQNTGKFKSMVPPPPVAPAPSPLAPPLPLEDQCITASD
230 240 250 260 270 280
320 330 340 350
pF1KSD LNKTL----------AMTMQRLESSEQRVPCSTSYHSSGL----HSGDGVTKAGPMG--L
.: :. ..: .:. . .: : ..:: ... : .: .
CCDS47 TPVVLVSVGADLPVSALDPSQLLWAEEPTNRTTLYSGTGLSVNRENAKCFTTKEELGKTV
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KSD PEIRQVPTVVIECDDN---------KENVPHESDYEDSSCLYTREEEEEEEDEDDDSSLY
:.. .: .. : ... .: ..:: :. ::: ..:.::::.:.:
CCDS47 PQL-LTPGLMGESSESFSASEDEGHREYQANDSD-SDGPILYT---DDEDEDEDEDGS-G
350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KSD TSSLAMKVCRKDSLAIKLSNRPSKRELEEKNILPRQTDEERLELRQQIGTKLTRRLSQRP
:.:: :. :.:.:::::.:::::.:::.:::: : ..::: :.::::::::.:::::::
CCDS47 ESALASKIRRRDTLAIKLGNRPSKKELEDKNILQRTSEEERQEIRQQIGTKLVRRLSQRP
400 410 420 430 440 450
480
pF1KSD TAEELEQRNILKRK
:.::::::::::.:
CCDS47 TTEELEQRNILKQKNEEEEQEAKMELKRRLSRKLSLRPTVAELQARRILRFNEYVEVTDS
460 470 480 490 500 510
>>CCDS47492.1 PHACTR2 gene_id:9749|Hs108|chr6 (634 aa)
initn: 620 init1: 371 opt: 406 Z-score: 333.5 bits: 71.5 E(32554): 3e-12
Smith-Waterman score: 578; 32.4% identity (53.6% similar) in 522 aa overlap (103-484:24-539)
80 90 100 110 120 130
pF1KSD AEARISFNLGAAEEVERLAAMRSDSLVPGTHTPPIRRRSKFANLGRIFKPWKWRKKK-SE
.:::..:..:....:.::::::::::: :.
CCDS47 MDNAVDGLDKASIANSDGPTAGSQTPPFKRKGKLSTIGKIFKPWKWRKKKTSD
10 20 30 40 50
140 150 160 170 180
pF1KSD KFKHTSAALERKISMRQSREELIKRGVLKEIYDKDGELSISNE----------EDSLENG
::..:::.:::::: ::::::::.::::::. :.::..... : :.: ..
CCDS47 KFRETSAVLERKISTRQSREELIRRGVLKELPDQDGDVTVNFENSNGHMIPIGEESTRE-
60 70 80 90 100 110
190 200 210 220 230
pF1KSD QSLSSSQLSLPALSEMEPVPMPRDPCSYEVLQPSDIMDGPDPGAPVKLPCLPVKLSP---
... .:. . ..:: : :. .. : . . . :.::. : : : :
CCDS47 ENVVKSEEGNGSVSEKTP-PLEEQA---EDKKENTENHSETPAAPALPPSAPPKPRPKPK
120 130 140 150 160
240 250 260 270 280
pF1KSD ----PLPPKKVMICMPVGGPDLSLVSYTAQKSGQQGV------AQHHHTVLPSQIQHQLQ
:.::: . : .. .. ... :.:. :... : . .:. .
CCDS47 PKKSPVPPKGATAGASHKGDEVPPIKKNTKAPGKQAPVPPPKPASRNTTREAAGSSHSKK
170 180 190 200 210 220
290 300 310 320
pF1KSD Y-GSHGQHLPST--TGSLPMHPS--------------GCRMIDELNKTLAMTMQ------
::... ::: :.: : . : : :. : .. .
CCDS47 TTGSKASASPSTSSTSSRPKASKETVSSKAGTVGTTKGKRKTDKQPITSHLSSDTTTSGT
230 240 250 260 270 280
330 340 350 360
pF1KSD ----------RLESS--EQRVPCSTSYHSSGLHS---GDGVTKA-GPMG--LPEIRQ---
:.:: :: :: . ... ..: :. : .:.. :: :
CCDS47 SDLKGEPAETRVESFKLEQTVPGAEEQNTGKFKSMVPPPPVAPAPSPLAPPLPLEDQCIT
290 300 310 320 330 340
370 380 390
pF1KSD ---VPTVVI-------------------ECDDNKENVPHES----DYEDSSCLYTREE--
.:.:.. : :. .. . . :...:. :.::
CCDS47 ASDTPVVLVSVGADLPVSALDPSQLLWAEEPTNRTTLYSGTGLSVNRENAKCFTTKEELG
350 360 370 380 390 400
400 410
pF1KSD --------------------------------------------EEEEEDEDDDSSLYTS
..:.::::.:.: :
CCDS47 KTVPQLLTPGLMGESSESFSASEDEGHREYQANDSDSDGPILYTDDEDEDEDEDGS-GES
410 420 430 440 450 460
420 430 440 450 460 470
pF1KSD SLAMKVCRKDSLAIKLSNRPSKRELEEKNILPRQTDEERLELRQQIGTKLTRRLSQRPTA
.:: :. :.:.:::::.:::::.:::.:::: : ..::: :.::::::::.::::::::.
CCDS47 ALASKIRRRDTLAIKLGNRPSKKELEDKNILQRTSEEERQEIRQQIGTKLVRRLSQRPTT
470 480 490 500 510 520
480
pF1KSD EELEQRNILKRK
::::::::::.:
CCDS47 EELEQRNILKQKNEEEEQEAKMELKRRLSRKLSLRPTVAELQARRILRFNEYVEVTDSPD
530 540 550 560 570 580
>>CCDS47493.1 PHACTR2 gene_id:9749|Hs108|chr6 (645 aa)
initn: 620 init1: 371 opt: 406 Z-score: 333.4 bits: 71.5 E(32554): 3e-12
Smith-Waterman score: 578; 32.4% identity (53.6% similar) in 522 aa overlap (103-484:35-550)
80 90 100 110 120 130
pF1KSD AEARISFNLGAAEEVERLAAMRSDSLVPGTHTPPIRRRSKFANLGRIFKPWKWRKKK-SE
.:::..:..:....:.::::::::::: :.
CCDS47 SVSTLSPQPGSVDGLDKASIANSDGPTAGSQTPPFKRKGKLSTIGKIFKPWKWRKKKTSD
10 20 30 40 50 60
140 150 160 170 180
pF1KSD KFKHTSAALERKISMRQSREELIKRGVLKEIYDKDGELSISNE----------EDSLENG
::..:::.:::::: ::::::::.::::::. :.::..... : :.: ..
CCDS47 KFRETSAVLERKISTRQSREELIRRGVLKELPDQDGDVTVNFENSNGHMIPIGEESTRE-
70 80 90 100 110 120
190 200 210 220 230
pF1KSD QSLSSSQLSLPALSEMEPVPMPRDPCSYEVLQPSDIMDGPDPGAPVKLPCLPVKLSP---
... .:. . ..:: : :. .. : . . . :.::. : : : :
CCDS47 ENVVKSEEGNGSVSEKTP-PLEEQA---EDKKENTENHSETPAAPALPPSAPPKPRPKPK
130 140 150 160 170
240 250 260 270 280
pF1KSD ----PLPPKKVMICMPVGGPDLSLVSYTAQKSGQQGV------AQHHHTVLPSQIQHQLQ
:.::: . : .. .. ... :.:. :... : . .:. .
CCDS47 PKKSPVPPKGATAGASHKGDEVPPIKKNTKAPGKQAPVPPPKPASRNTTREAAGSSHSKK
180 190 200 210 220 230
290 300 310 320
pF1KSD Y-GSHGQHLPST--TGSLPMHPS--------------GCRMIDELNKTLAMTMQ------
::... ::: :.: : . : : :. : .. .
CCDS47 TTGSKASASPSTSSTSSRPKASKETVSSKAGTVGTTKGKRKTDKQPITSHLSSDTTTSGT
240 250 260 270 280 290
330 340 350 360
pF1KSD ----------RLESS--EQRVPCSTSYHSSGLHS---GDGVTKA-GPMG--LPEIRQ---
:.:: :: :: . ... ..: :. : .:.. :: :
CCDS47 SDLKGEPAETRVESFKLEQTVPGAEEQNTGKFKSMVPPPPVAPAPSPLAPPLPLEDQCIT
300 310 320 330 340 350
370 380 390
pF1KSD ---VPTVVI-------------------ECDDNKENVPHES----DYEDSSCLYTREE--
.:.:.. : :. .. . . :...:. :.::
CCDS47 ASDTPVVLVSVGADLPVSALDPSQLLWAEEPTNRTTLYSGTGLSVNRENAKCFTTKEELG
360 370 380 390 400 410
400 410
pF1KSD --------------------------------------------EEEEEDEDDDSSLYTS
..:.::::.:.: :
CCDS47 KTVPQLLTPGLMGESSESFSASEDEGHREYQANDSDSDGPILYTDDEDEDEDEDGS-GES
420 430 440 450 460 470
420 430 440 450 460 470
pF1KSD SLAMKVCRKDSLAIKLSNRPSKRELEEKNILPRQTDEERLELRQQIGTKLTRRLSQRPTA
.:: :. :.:.:::::.:::::.:::.:::: : ..::: :.::::::::.::::::::.
CCDS47 ALASKIRRRDTLAIKLGNRPSKKELEDKNILQRTSEEERQEIRQQIGTKLVRRLSQRPTT
480 490 500 510 520 530
480
pF1KSD EELEQRNILKRK
::::::::::.:
CCDS47 EELEQRNILKQKNEEEEQEAKMELKRRLSRKLSLRPTVAELQARRILRFNEYVEVTDSPD
540 550 560 570 580 590
>>CCDS42895.1 PHACTR3 gene_id:116154|Hs108|chr20 (518 aa)
initn: 907 init1: 314 opt: 393 Z-score: 324.4 bits: 69.5 E(32554): 9.5e-12
Smith-Waterman score: 690; 38.0% identity (62.7% similar) in 432 aa overlap (94-484:8-422)
70 80 90 100 110 120
pF1KSD RSKSDTPYLAEARISFNLGAAEEVERLAAMRSDSLVPGTHTPPIRRRSKFANLGRIFKPW
: . :: : .:::.:: ::.:.::::::::
CCDS42 MDQTPPARPEYLVSGIRTPPVRRNSKLATLGRIFKPW
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KSD KWRKKKSEKFKHTSAALERKISMRQSREELIKRGVLKEIYDKDGELSISNEEDSLENGQS
::::::.::.:.:..:::.:.. ::.::::::.:.: :....:.: . : . . .. ::
CCDS42 KWRKKKNEKLKQTTSALEKKMAGRQGREELIKKGLL-EMMEQDAESKTCNPDGGPRSVQS
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220
pF1KSD ---------LSS--SQLSLPALSEMEPVPMPRDPCSYEVLQPSDIM----DGPDPGAPVK
:.: .: . : . . : . . : :. . : .: . :
CCDS42 EPPTPKSETLTSEDAQPGSPLATGTDQVSLDKPLSSAAHLDDAAKMPSASSGEEADAGSL
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270
pF1KSD LPC---LPVKL-------SPPLPPKKVMICMP----VGGPDLSLVSYTAQK-SGQQGV--
:: : : ::: : .. . .: . : . : :... .:: .
CCDS42 LPTTNELSQALAGADSLDSPPRPLERSVGQLPSPPLLPTPPPKASSKTTKNVTGQATLFQ
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320
pF1KSD AQHHHTVLPSQIQHQLQYGSHGQHLPSTTGSLPMHPSGCRMIDELNKTLAM-----TMQR
:. ... :: .. ::. . . :: :: :. :: :.:.::...:: ..:
CCDS42 ASSMKSADPS-LRGQLSTPTGSPHL--TTVHRPLPPS--RVIEELHRALATKHRQDSFQG
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KSD LESS---EQRVPCSTSYHSSGLHSGDGVTKAGPM-GLPEIRQVPTVVIECDDNKENVPHE
::. ..:. : :: .. : .: . : : .. :.. : ..::::. .
CCDS42 RESKGSPKKRLDVRLSRTSS-VERGKEREEAWSFDGALENKR--TAAKESEENKENLIIN
280 290 300 310 320
390 400 410 420 430 440
pF1KSD SDYEDSSCLYTREEEEEEEDEDDDSSLYTSSLAMKVCRKDSLAIKLSNRPSKRELEEKNI
:. .:. :: ..:: .: :. ...: : :.:. ::.:: :::::.:::..::
CCDS42 SELKDDLLLY-----QDEEALND--SIISGTLPRK-CKKELLAVKLRNRPSKQELEDRNI
330 340 350 360 370 380
450 460 470 480
pF1KSD LPRQTDEERLELRQQIGTKLTRRLSQRPTAEELEQRNILKRK
.::.::::: :.:::: ::..::::::..::::.:::::..
CCDS42 FPRRTDEERQEIRQQIEMKLSKRLSQRPAVEELERRNILKQRNDQTEQEERREIKQRLTR
390 400 410 420 430 440
CCDS42 KLNQRPTVDELRDRKILIRFSDYVEVAKAQDYDRRADKPWTRLSAADKAAIRKELNEYKS
450 460 470 480 490 500
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70 80 90 100 110 120
pF1KSD RSKSDTPYLAEARISFNLGAAEEVERLAAMRSDSLVPGTHTPPIRRRSKFANLGRIFKPW
: . :: : .:::.:: ::.:.::::::::
CCDS13 MDQTPPARPEYLVSGIRTPPVRRNSKLATLGRIFKPW
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KSD KWRKKKSEKFKHTSAALERKISMRQSREELIKRGVLKEIYDKDGELSISNEEDSLENGQS
::::::.::.:.:..:::.:.. ::.::::::.:.: :....:.: . : . . .. ::
CCDS13 KWRKKKNEKLKQTTSALEKKMAGRQGREELIKKGLL-EMMEQDAESKTCNPDGGPRSVQS
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LSSSQLSLPALSEMEPVPMPRDPCSYEVLQPSDIMDGPDPGAPVKLPCLPVKLSPPLPPK
:: : :.. :.: : .::.:. :.:. ::
CCDS13 --------------EP-PTPKS----ETLTSEDA----QPGSPLATGTDQVSLDKPLSS-
100 110 120 130
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KVMICMPVGGPDLSLVSYTAQKSGQQGVAQHHHTVLPSQIQHQLQYGSHGQHLPSTTGSL
. .: . .: . ...::.. :: .. ::. . . :: ::
CCDS13 --AAHLDDAG-QATLFQASSMKSAD-----------PS-LRGQLSTPTGSPHL--TTVHR
140 150 160 170
310 320 330 340 350
pF1KSD PMHPSGCRMIDELNKTLAM-----TMQRLESS---EQRVPCSTSYHSSGLHSGDGVTKAG
:. :: :.:.::...:: ..: ::. ..:. : :: .. : .:
CCDS13 PLPPS--RVIEELHRALATKHRQDSFQGRESKGSPKKRLDVRLSRTSS-VERGKEREEAW
180 190 200 210 220 230
360 370 380 390 400 410
pF1KSD PM-GLPEIRQVPTVVIECDDNKENVPHESDYEDSSCLYTREEEEEEEDEDDDSSLYTSSL
. : : .. :.. : ..::::. .:. .:. :: ..:: .: :. ...:
CCDS13 SFDGALENKR--TAAKESEENKENLIINSELKDDLLLY-----QDEEALND--SIISGTL
240 250 260 270 280
420 430 440 450 460 470
pF1KSD AMKVCRKDSLAIKLSNRPSKRELEEKNILPRQTDEERLELRQQIGTKLTRRLSQRPTAEE
: :.:. ::.:: :::::.:::..::.::.::::: :.:::: ::..::::::..::
CCDS13 PRK-CKKELLAVKLRNRPSKQELEDRNIFPRRTDEERQEIRQQIEMKLSKRLSQRPAVEE
290 300 310 320 330 340
480
pF1KSD LEQRNILKRK
::.:::::..
CCDS13 LERRNILKQRNDQTEQEERREIKQRLTRKLNQRPTVDELRDRKILIRFSDYVEVAKAQDY
350 360 370 380 390 400
>>CCDS41294.1 PHACTR4 gene_id:65979|Hs108|chr1 (712 aa)
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Smith-Waterman score: 389; 29.3% identity (55.7% similar) in 348 aa overlap (72-390:1-338)
50 60 70 80 90
pF1KSD LPPTLMAASSEDDIDRRPIRRVRSKSDTPYLAEARIS--FNLGAAEEVERLAA---MRSD
...: .: : :.::... .. : :
CCDS41 MGQADVSRPVNPDAVEEADQPTTEPGMVLD
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KSD SLVPGTHTPPIRRRSKFANLGRIFKPWKWRKKKS-EKFKHTSAALERKISMRQSREELIK
:. : ::: .:.:::...:.:::::::::::: .:::.:: .::::::::. ::::.:
CCDS41 SVEAGDTTPPTKRKSKFSGFGKIFKPWKWRKKKSSDKFKETSEVLERKISMRKPREELVK
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KSD RGVLKEIYDKDGELSISNEEDSLENGQS--LSSSQLSLPALSEMEPVPMP--RDPCSYEV
:::: : .. :: . . :.::.. ..... : :. : ::: . : :
CCDS41 RGVLLEDPEQGGEDPGKPSDAMLKNGHTTPIGNARSSSPVQVEEEPVRLASLRKAIPEED
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KSD LQPSDIMDGPDPGAPVKLPCLPVKLSPPLPPKKVMICMPVGGPDLSLVSYTAQKSGQQGV
:. : .:.. .. : : ::::. :... . . . . ... :.
CCDS41 LKKRLGSTGSQPNSEAESVPENVPKPPLLPPKR-----PLSSSHEASEGQAKDATSSGGT
160 170 180 190 200
280 290 300 310 320
pF1KSD AQHHHTVLPSQIQHQLQYGSHGQHLPSTTGSLPMHPSGC-RMIDE----LNKTLAMTMQR
:. .. ..: . . : .:. .: . :: : . : : . .. .
CCDS41 ARF---IISTSITTAPAATTAATSLAKTV-NLSVTPSPAPRTLPAAPASTNTTATPSLTH
210 220 230 240 250 260
330 340 350 360 370
pF1KSD LESSEQR-VPCSTSYH----------SSGLHSGDGVTKAGPMGLPEIRQVPTVVIECDDN
. ..: .: : :....:: ..: .: :: : .:.. . ..
CCDS41 MVPAKQPPIPPPKPAHRNSNPVIAELSQAINSGTLLSKPSP-PLPPKRGIPSTSVPTLES
270 280 290 300 310 320
380 390 400 410 420 430
pF1KSD KENVPHES---DYEDSSCLYTREEEEEEEDEDDDSSLYTSSLAMKVCRKDSLAIKLSNRP
. .. . : :.:
CCDS41 AAAITTKTPSDEREKSTCSMGSELLPMISPRSPSPPLPTHIPPEPPRTPPFPAKTFQVVP
330 340 350 360 370 380
>>CCDS41293.1 PHACTR4 gene_id:65979|Hs108|chr1 (702 aa)
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70 80 90 100 110 120
pF1KSD VRSKSDTPYLAEARISFNLGAAEEVERLAAMRSDSLVPGTHTPPIRRRSKFANLGRIFKP
: ::. : ::: .:.:::...:.::::
CCDS41 MEDPFEEADQPTTEPGMVLDSVEAGDTTPPTKRKSKFSGFGKIFKP
10 20 30 40
130 140 150 160 170 180
pF1KSD WKWRKKKS-EKFKHTSAALERKISMRQSREELIKRGVLKEIYDKDGELSISNEEDSLENG
:::::::: .:::.:: .::::::::. ::::.::::: : .. :: . . :.::
CCDS41 WKWRKKKSSDKFKETSEVLERKISMRKPREELVKRGVLLEDPEQGGEDPGKPSDAMLKNG
50 60 70 80 90 100
190 200 210 220 230
pF1KSD QS--LSSSQLSLPALSEMEPVPMP--RDPCSYEVLQPSDIMDGPDPGAPVKLPCLPVKLS
.. ..... : :. : ::: . : : :. : .:.. .. :
CCDS41 HTTPIGNARSSSPVQVEEEPVRLASLRKAIPEEDLKKRLGSTGSQPNSEAESVPENVPKP
110 120 130 140 150 160
240 250 260 270 280 290
pF1KSD PPLPPKKVMICMPVGGPDLSLVSYTAQKSGQQGVAQHHHTVLPSQIQHQLQYGSHGQHLP
: ::::. :... . . . . ... :.:. .. ..: . . :
CCDS41 PLLPPKR-----PLSSSHEASEGQAKDATSSGGTARF---IISTSITTAPAATTAATSLA
170 180 190 200 210
300 310 320 330 340
pF1KSD STTGSLPMHPSGC-RMIDE----LNKTLAMTMQRLESSEQR-VPCSTSYH----------
.:. .: . :: : . : : . .. .. ..: .: :
CCDS41 KTV-NLSVTPSPAPRTLPAAPASTNTTATPSLTHMVPAKQPPIPPPKPAHRNSNPVIAEL
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390
pF1KSD SSGLHSGDGVTKAGPMGLPEIRQVPTVVIECDDNKENVPHES---DYEDSSCLYTREEEE
:....:: ..: .: :: : .:.. . .. . .. . : :.:
CCDS41 SQAINSGTLLSKPSP-PLPPKRGIPSTSVPTLESAAAITTKTPSDEREKSTCSMGSELLP
280 290 300 310 320 330
400 410 420 430 440 450
pF1KSD EEEDEDDDSSLYTSSLAMKVCRKDSLAIKLSNRPSKRELEEKNILPRQTDEERLELRQQI
CCDS41 MISPRSPSPPLPTHIPPEPPRTPPFPAKTFQVVPEIEFPPSLDLHQEIPQQEDQKKEVPK
340 350 360 370 380 390
>>CCDS13480.1 PHACTR3 gene_id:116154|Hs108|chr20 (559 aa)
initn: 915 init1: 320 opt: 371 Z-score: 306.3 bits: 66.3 E(32554): 9.6e-11
Smith-Waterman score: 727; 36.7% identity (62.2% similar) in 482 aa overlap (47-484:1-463)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD RLLDVESAQRFFYSQGAQARRATLLLPPTLMAASSEDDIDRRPIRRVRSKSDTPYLAEAR
:::: .: . . : ::.:: :...
CCDS13 MAAS--EDGSGCLVSRGRSQSDPSVLTDSS
10 20
80 90 100 110 120 130
pF1KSD ISFNLGAAE---EVERLAAMRSDSLVPGTHTPPIRRRSKFANLGRIFKPWKWRKKKSEKF
. . :.: :... : . :: : .:::.:: ::.:.::::::::::::::.::.
CCDS13 ATSSADAGENPDEMDQTPPARPEYLVSGIRTPPVRRNSKLATLGRIFKPWKWRKKKNEKL
30 40 50 60 70 80
140 150 160 170 180
pF1KSD KHTSAALERKISMRQSREELIKRGVLKEIYDKDGELSISNEEDSLENGQS---------L
:.:..:::.:.. ::.::::::.:.: :....:.: . : . . .. :: :
CCDS13 KQTTSALEKKMAGRQGREELIKKGLL-EMMEQDAESKTCNPDGGPRSVQSEPPTPKSETL
90 100 110 120 130 140
190 200 210 220 230
pF1KSD SS--SQLSLPALSEMEPVPMPRDPCSYEVLQPSDIM----DGPDPGAPVKLPC---LPVK
.: .: . : . . : . . : :. . : .: . : :: :
CCDS13 TSEDAQPGSPLATGTDQVSLDKPLSSAAHLDDAAKMPSASSGEEADAGSLLPTTNELSQA
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270 280
pF1KSD L-------SPPLPPKKVMICMP----VGGPDLSLVSYTAQK-SGQQGV--AQHHHTVLPS
: ::: : .. . .: . : . : :... .:: . :. ... ::
CCDS13 LAGADSLDSPPRPLERSVGQLPSPPLLPTPPPKASSKTTKNVTGQATLFQASSMKSADPS
210 220 230 240 250 260
290 300 310 320 330
pF1KSD QIQHQLQYGSHGQHLPSTTGSLPMHPSGCRMIDELNKTLAM-----TMQRLESS---EQR
.. ::. . . :: :: :. :: :.:.::...:: ..: ::. ..:
CCDS13 -LRGQLSTPTGSPHL--TTVHRPLPPS--RVIEELHRALATKHRQDSFQGRESKGSPKKR
270 280 290 300 310 320
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pF1KSD VPCSTSYHSSGLHSGDGVTKAGPM-GLPEIRQVPTVVIECDDNKENVPHESDYEDSSCLY
. : ..:... : .: . : : .. :.. : ..::::. .:. .:. ::
CCDS13 LDVRLS-RTSSVERGKEREEAWSFDGALENKR--TAAKESEENKENLIINSELKDDLLLY
330 340 350 360 370
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pF1KSD TREEEEEEEDEDDDSSLYTSSLAMKVCRKDSLAIKLSNRPSKRELEEKNILPRQTDEERL
..:: .: :. ...: : :.:. ::.:: :::::.:::..::.::.:::::
CCDS13 -----QDEEALND--SIISGTLPRK-CKKELLAVKLRNRPSKQELEDRNIFPRRTDEERQ
380 390 400 410 420 430
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pF1KSD ELRQQIGTKLTRRLSQRPTAEELEQRNILKRK
:.:::: ::..::::::..::::.:::::..
CCDS13 EIRQQIEMKLSKRLSQRPAVEELERRNILKQRNDQTEQEERREIKQRLTRKLNQRPTVDE
440 450 460 470 480 490
CCDS13 LRDRKILIRFSDYVEVAKAQDYDRRADKPWTRLSAADKAAIRKELNEYKSNEMEVHASSK
500 510 520 530 540 550
484 residues in 1 query sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]