Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1730
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1730, 744 aa
1>>>pF1KSDA1730 744 - 744 aa - 744 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1549+/-0.0012; mu= 15.3425+/- 0.072
mean_var=76.7275+/-15.509, 0's: 0 Z-trim(102.0): 42 B-trim: 0 in 0/48
Lambda= 0.146419
statistics sampled from 6730 (6744) to 6730 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.557), E-opt: 0.2 (0.207), width: 16
Scan time: 3.730
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS30717.1 ZYG11B gene_id:79699|Hs108|chr1 ( 744) 4900 1045.4 0
CCDS44148.1 ZYG11A gene_id:440590|Hs108|chr1 ( 759) 2949 633.3 4.2e-181
CCDS76166.1 ZYG11A gene_id:440590|Hs108|chr1 ( 417) 1653 359.4 6.3e-99
CCDS6910.1 ZER1 gene_id:10444|Hs108|chr9 ( 766) 816 182.7 1.8e-45
>>CCDS30717.1 ZYG11B gene_id:79699|Hs108|chr1 (744 aa)
initn: 4900 init1: 4900 opt: 4900 Z-score: 5592.3 bits: 1045.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4900; 100.0% identity (100.0% similar) in 744 aa overlap (1-744:1-744)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MPEDQAGAAMEEASPYSLLDICLNFLTTHLEKFCSARQDGTLCLQEPGVFPQEVADRLLR
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CCDS30 MPEDQAGAAMEEASPYSLLDICLNFLTTHLEKFCSARQDGTLCLQEPGVFPQEVADRLLR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD TMAFHGLLNDGTVGIFRGNQMRLKRACIRKAKISAVAFRKAFCHHKLVELDATGVNADIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 TMAFHGLLNDGTVGIFRGNQMRLKRACIRKAKISAVAFRKAFCHHKLVELDATGVNADIT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD ITDIISGLGSNKWIQQNLQCLVLNSLTLSLEDPYERCFSRLSGLRALSITNVLFYNEDLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ITDIISGLGSNKWIQQNLQCLVLNSLTLSLEDPYERCFSRLSGLRALSITNVLFYNEDLA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD EVASLPRLESLDISNTSITDITALLACKDRLKSLTMHHLKCLKMTTTQILDVVRELKHLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 EVASLPRLESLDISNTSITDITALLACKDRLKSLTMHHLKCLKMTTTQILDVVRELKHLN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD HLDISDDKQFTSDIALRLLEQKDILPNLVSLDVSGRKHVTDKAVEAFIQQRPSMQFVGLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 HLDISDDKQFTSDIALRLLEQKDILPNLVSLDVSGRKHVTDKAVEAFIQQRPSMQFVGLL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ATDAGYSEFLTGEGHLKVSGEANETQIAEALKRYSERAFFVREALFHLFSLTHVMEKTKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ATDAGYSEFLTGEGHLKVSGEANETQIAEALKRYSERAFFVREALFHLFSLTHVMEKTKP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD EILKLVVTGMRNHPMNLPVQLAASACVFNLTKQDLAAGMPVRLLADVTHLLLKAMEHFPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 EILKLVVTGMRNHPMNLPVQLAASACVFNLTKQDLAAGMPVRLLADVTHLLLKAMEHFPN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD HQQLQKNCLLSLCSDRILQDVPFNRFEAAKLVMQWLCNHEDQNMQRMAVAIISILAAKLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 HQQLQKNCLLSLCSDRILQDVPFNRFEAAKLVMQWLCNHEDQNMQRMAVAIISILAAKLS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD TEQTAQLGTELFIVRQLLQIVKQKTNQNSVDTTLKFTLSALWNLTDESPTTCRHFIENQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 TEQTAQLGTELFIVRQLLQIVKQKTNQNSVDTTLKFTLSALWNLTDESPTTCRHFIENQG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD LELFMRVLESFPTESSIQQKVLGLLNNIAEVQELHSELMWKDFIDHISSLLHSVEVEVSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LELFMRVLESFPTESSIQQKVLGLLNNIAEVQELHSELMWKDFIDHISSLLHSVEVEVSY
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD FAAGIIAHLISRGEQAWTLSRSQRNSLLDDLHSAILKWPTPECEMVAYRSFNPFFPLLGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 FAAGIIAHLISRGEQAWTLSRSQRNSLLDDLHSAILKWPTPECEMVAYRSFNPFFPLLGC
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD FTTPGVQLWAVWAMQHVCSKNPSRYCSMLIEEGGLQHLYNIKDHEHTDPHVQQIAVAILD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 FTTPGVQLWAVWAMQHVCSKNPSRYCSMLIEEGGLQHLYNIKDHEHTDPHVQQIAVAILD
670 680 690 700 710 720
730 740
pF1KSD SLEKHIVRHGRPPPCKKQPQARLN
::::::::::::::::::::::::
CCDS30 SLEKHIVRHGRPPPCKKQPQARLN
730 740
>>CCDS44148.1 ZYG11A gene_id:440590|Hs108|chr1 (759 aa)
initn: 2509 init1: 1665 opt: 2949 Z-score: 3364.8 bits: 633.3 E(32554): 4.2e-181
Smith-Waterman score: 2949; 62.9% identity (85.1% similar) in 731 aa overlap (11-736:31-756)
10 20 30 40
pF1KSD MPEDQAGAAMEEASPYSLLDICLNFLTTHLEKFCSARQDG
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CCDS44 MVHFLHPGHTPRNIVPPDAQKDALGCCVVQEEASPYTLVNICLNVLIANLEKLCSERPDG
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KSD TLCLQEPGVFPQEVADRLLRTMAFHGLLNDGTVGIFRGNQMRLKRACIRKAKISAVAFRK
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CCDS44 TLCLPEHWSFPQEVAERFLRVMTWQGKLTDRTASIFRGNQMKLKLVNIQKAKISTAAFIK
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KSD AFCHHKLVELDATGVNADITITDIISGLGSNKWIQQNLQCLVLNSLTLSLEDPYERCFSR
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CCDS44 AFCRHKLIELNATAVHADLPVPDIISGLCSNRWIQQNLQCLLLDSTSIP-QNSRLLFFSQ
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KSD LSGLRALSITNVLFYNEDLAEVASLPRLESLDISNTSITDITALLACKDRLKSLTMHHLK
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CCDS44 LTGLRILSVFNVCFHTEDLANVSQLPRLESLDISNTLVTDISALLTCKDRLKSLTMHYLK
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KSD CLKMTTTQILDVVRELKHLNHLDISDDKQFTSDIALRLLEQKDILPNLVSLDVSGRKHVT
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CCDS44 CLAMTKSQILAVIRELKCLLHLDISDHRQLKSDLAFHLLQQKDILPNVVSLDISGGNCIT
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD DKAVEAFIQQRPSMQFVGLLATDAGYSEFLTGEGHLKVSGEANETQIAEALKRYSERAFF
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CCDS44 DEAVELFIRLRPAMQFVGLLATDAGSSDFFTTKQGLRVAGGASMSQISEALSRYRNRSCF
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD VREALFHLFSLTHVMEKTKPEILKLVVTGMRNHPMNLPVQLAASACVFNLTKQDLAAGMP
:.::: .::. : :: : : :::::. ::::::..: ::..::::..:::.: :: :::
CCDS44 VKEALHRLFTETFSMEVTMPAILKLVAIGMRNHPLDLRVQFTASACALNLTRQGLAKGMP
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KSD VRLLADVTHLLLKAMEHFPNHQQLQKNCLLSLCSDRILQDVPFNRFEAAKLVMQWLCNHE
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CCDS44 VRLLSEVTCLLFKALKNFPHYQQLQKNCLLSLTNSRILVDVPFDRFDAAKFVMRWLCKHE
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510
pF1KSD DQNMQRMAVAIISILAAKLSTEQTAQLGTELFI-VRQLLQIVKQKTNQNSVDTTLKFTLS
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CCDS44 NPKMQTMAVSVTSILALQLSPEQTAQL-EELFMAVKELLAIVKQKTTENLDDVTFLFTLK
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560 570
pF1KSD ALWNLTDESPTTCRHFIENQGLELFMRVLESFPTESSIQQKVLGLLNNIAEVQELHSELM
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CCDS44 ALWNLTDGSPAACKHFIENQGLQIFIQVLETF-SESAIQSKVLGLLNNIAEVRELSSKLV
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KSD WKDFIDHISSLLHSVEVEVSYFAAGIIAHLISRGEQAWTLSRS-QRNSLLDDLHSAILKW
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CCDS44 TEDVLKHINSLLCSREMEVSYFAAGIIAHLTS-DRQLW-ISRDFQRRTLLQDLHATIQNW
600 610 620 630 640 650
640 650 660 670 680 690
pF1KSD PTPECEMVA---YRSFNPFFPLLGCFTTPGVQLWAVWAMQHVCSKNPSRYCSMLIEEGGL
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CCDS44 PSSSCKMTALVTYRSFKTFFPLLGNFSQPEVQLWALWAMYHVCSKNPSKYCKMLVEEEGL
660 670 680 690 700 710
700 710 720 730 740
pF1KSD QHLYNIKDHEHTDPHVQQIAVAILDSLEKHIVRHGRPPPCKKQPQARLN
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CCDS44 QLLCDIQEHSEATPKAQQIAASILDDFRMHFMNYQRPTLCQMPF
720 730 740 750
>>CCDS76166.1 ZYG11A gene_id:440590|Hs108|chr1 (417 aa)
initn: 1547 init1: 945 opt: 1653 Z-score: 1889.5 bits: 359.4 E(32554): 6.3e-99
Smith-Waterman score: 1653; 61.9% identity (84.7% similar) in 417 aa overlap (325-736:2-414)
300 310 320 330 340 350
pF1KSD QFVGLLATDAGYSEFLTGEGHLKVSGEANETQIAEALKRYSERAFFVREALFHLFSLTHV
.::.:::.:: .:. ::.::: .::. :
CCDS76 MSQISEALSRYRNRSCFVKEALHRLFTETFS
10 20 30
360 370 380 390 400 410
pF1KSD MEKTKPEILKLVVTGMRNHPMNLPVQLAASACVFNLTKQDLAAGMPVRLLADVTHLLLKA
:: : : :::::. ::::::..: ::..::::..:::.: :: :::::::..:: ::.::
CCDS76 MEVTMPAILKLVAIGMRNHPLDLRVQFTASACALNLTRQGLAKGMPVRLLSEVTCLLFKA
40 50 60 70 80 90
420 430 440 450 460 470
pF1KSD MEHFPNHQQLQKNCLLSLCSDRILQDVPFNRFEAAKLVMQWLCNHEDQNMQRMAVAIISI
...::..::::::::::: ..::: ::::.::.:::.::.:::.::. .:: :::.. ::
CCDS76 LKNFPHYQQLQKNCLLSLTNSRILVDVPFDRFDAAKFVMRWLCKHENPKMQTMAVSVTSI
100 110 120 130 140 150
480 490 500 510 520 530
pF1KSD LAAKLSTEQTAQLGTELFI-VRQLLQIVKQKTNQNSVDTTLKFTLSALWNLTDESPTTCR
:: .:: :::::: :::. :..:: ::::::..: :.:. :::.::::::: ::..:.
CCDS76 LALQLSPEQTAQL-EELFMAVKELLAIVKQKTTENLDDVTFLFTLKALWNLTDGSPAACK
160 170 180 190 200 210
540 550 560 570 580 590
pF1KSD HFIENQGLELFMRVLESFPTESSIQQKVLGLLNNIAEVQELHSELMWKDFIDHISSLLHS
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CCDS76 HFIENQGLQIFIQVLETF-SESAIQSKVLGLLNNIAEVRELSSKLVTEDVLKHINSLLCS
220 230 240 250 260
600 610 620 630 640
pF1KSD VEVEVSYFAAGIIAHLISRGEQAWTLSRS-QRNSLLDDLHSAILKWPTPECEMVA---YR
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CCDS76 REMEVSYFAAGIIAHLTS-DRQLW-ISRDFQRRTLLQDLHATIQNWPSSSCKMTALVTYR
270 280 290 300 310 320
650 660 670 680 690 700
pF1KSD SFNPFFPLLGCFTTPGVQLWAVWAMQHVCSKNPSRYCSMLIEEGGLQHLYNIKDHEHTDP
::. :::::: :. : :::::.::: ::::::::.::.::.:: ::: : .:..: .. :
CCDS76 SFKTFFPLLGNFSQPEVQLWALWAMYHVCSKNPSKYCKMLVEEEGLQLLCDIQEHSEATP
330 340 350 360 370 380
710 720 730 740
pF1KSD HVQQIAVAILDSLEKHIVRHGRPPPCKKQPQARLN
..::::..:::... :.. . :: :.
CCDS76 KAQQIAASILDDFRMHFMNYQRPTLCQMPF
390 400 410
>>CCDS6910.1 ZER1 gene_id:10444|Hs108|chr9 (766 aa)
initn: 732 init1: 269 opt: 816 Z-score: 929.7 bits: 182.7 E(32554): 1.8e-45
Smith-Waterman score: 931; 28.6% identity (60.3% similar) in 773 aa overlap (10-720:1-752)
10 20 30 40 50
pF1KSD MPEDQAGAAMEEASPYSLLDICLNFLTTHLEKFCSARQDGTLCLQEPGVF-PQEVADRL-
: .: ::. .: .: .:. . : .: .: :.:. :::
CCDS69 MASDTPESLMALCTDFCLRNLDGTLGYLLDKETLRLHPDIFLPSEICDRLV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD -----LRTMAFHGLLNDGTVGIFRGNQ-MRLKRACIRKAKISAVAFRKAFCHHKLVELDA
: . : . ... ..: . :: : .:. .. . .:. .. ::::
CCDS69 NEYVELVNAACNFEPHESFFSLFSDPRSTRLTRIHLREDLVQDQDL-EAIRKQDLVELYL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150
pF1KSD TGVNADITITDIISGLGSNKWIQQNLQCLVLNSLTLSLEDP------Y---ERC------
: : . . .. : : . .:. . ... :.: : :
CCDS69 T--NCEKLSAKSLQTLRSFSHTLVSLSLFGCTNIFYEEENPGGCEDEYLVNPTCQVLVKD
120 130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KSD --FSRLSGLRALSITNVLFYNEDLAEVASLPR----LESLDISNTSITDITALLACKDRL
: .: :: :.. .. : . : :: : : .::.:. . .: . : :: :
CCDS69 FTFEGFSRLRFLNLGRMI----DWVPVESLLRPLNSLAALDLSGIQTSDAAFLTQWKDSL
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260
pF1KSD KSLTMHHLKCLKMTTTQILDVVRELKHLNHLDISDDK-------QFTSDIALRLLEQKDI
::..... .. .: :. .:..: ::::: :. ..: .. : :. ::
CCDS69 VSLVLYNMD---LSDDHI-RVIVQLHKLRHLDISRDRLSSYYKFKLTREV-LSLFVQK--
230 240 250 260 270
270 280 290 300
pF1KSD LPNLVSLDVSGR--------KHVTDKAVEAFIQ------------QRPSMQFVGLLATDA
: ::.:::.::. ... ..: .. :. .:: .::.::. ..
CCDS69 LGNLMSLDISGHMILENCSISKMEEEAGQTSIEPSKSSIIPFRALKRP-LQFLGLFENSL
280 290 300 310 320 330
310 320 330 340 350 360
pF1KSD GYSEFLTGEGHLKVSGEANETQIAEALKRYSE-RAFFVREALFHLFSLTHVMEKTKPEI-
:: ::::. :: :. .:.. :.: : .. .:. ::..... :. . .
CCDS69 CR---LTHIPAYKVSGDKNEEQVLNAIEAYTEHRPEITSRAINLLFDIARI-ERCNQLLR
340 350 360 370 380 390
370 380 390 400 410 420
pF1KSD -LKLVVTGMRNHPMNLPVQLAASACVFNLTKQDLAAGMPVRLLADVTHLLLKAMEHFPNH
::::.:... : .. .:...:: .: ::... . . :.: .: ...:..:: . ..
CCDS69 ALKLVITALKCHKYDRNIQVTGSAALFYLTNSEYRSEQSVKLRRQVIQVVLNGMESY-QE
400 410 420 430 440 450
430 440 450 460 470 480
pF1KSD QQLQKNCLLSLCSDRILQDVPFNRFEAAKLVMQWLC-NHEDQNMQRMAVAIISILAAKLS
.:.:: :.::. : ... :. .. .:... : ...:...::.:: . . :. ...
CCDS69 VTVQRNCCLTLCNFSIPEELEFQYRRVNELLLSILNPTRQDESIQRIAVHLCNALVCQVD
460 470 480 490 500 510
490 500 510 520 530 540
pF1KSD TEQTAQLGTELFIVRQLLQIVKQKTNQNSVDTTLKFTLSALWNLTDESPTTCRHFIENQG
... .: :.: .:.....: ... : ...:. :::::.:::.: .:. :.. .:
CCDS69 NDHKEAVGKMGFVVT-MLKLIQKKLLDKTCDQVMEFSWSALWNITDETPDNCEMFLNFNG
520 530 540 550 560 570
550 560 570 580 590
pF1KSD LELFMRVLESFPTESSIQQKVLGLLNNIAEVQELHSELMWKDFIDHISSLLHSVE--VEV
..::. :. :: .. .....::::.:.:::.::. .:: ..::. .:.::.: .::
CCDS69 MKLFLDCLKEFPEKQELHRNMLGLLGNVAEVKELRPQLMTSQFISVFSNLLESKADGIEV
580 590 600 610 620 630
600 610 620 630 640 650
pF1KSD SYFAAGIIAHLISRGEQAWTLSRSQRNSLLDDLHSAILKWPTPECEMVAYRSFNPFFPLL
:: : :...:.. : .:: . . ::. . . . .:: .: . . ::::.:.. ::
CCDS69 SYNACGVLSHIMFDGPEAWGVCEPQREEVEERMWAAIQSWDINSRRNINYRSFEPILRLL
640 650 660 670 680 690
660 670 680 690 700 710
pF1KSD GCFTTPGVQLWAVWAMQHVCSKNPSRYCSMLIEEGGLQHLYNIKDHEHTDPHVQQIAVAI
.: : ::.::. .. : :..:: .::.:::. : .: . .....: .
CCDS69 PQGISPVSQHWATWALYNLVSVYPDKYCPLLIKEGGMPLLRDIIKMATARQETKEMARKV
700 710 720 730 740 750
720 730 740
pF1KSD LDSLEKHIVRHGRPPPCKKQPQARLN
..
CCDS69 IEHCSNFKEENMDTSR
760
744 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 19:08:09 2016 done: Thu Nov 3 19:08:09 2016
Total Scan time: 3.730 Total Display time: 0.060
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]