Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1691
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1691, 523 aa
1>>>pF1KSDA1691 523 - 523 aa - 523 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5979+/-0.000782; mu= 17.6554+/- 0.047
mean_var=81.9740+/-16.079, 0's: 0 Z-trim(109.8): 13 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.141656
statistics sampled from 11117 (11125) to 11117 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.713), E-opt: 0.2 (0.342), width: 16
Scan time: 3.610
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34588.1 TTYH3 gene_id:80727|Hs108|chr7 ( 523) 3535 732.1 3.6e-211
CCDS32717.1 TTYH2 gene_id:94015|Hs108|chr17 ( 534) 1385 292.7 6.9e-79
CCDS82195.1 TTYH2 gene_id:94015|Hs108|chr17 ( 513) 1246 264.3 2.4e-70
CCDS12893.1 TTYH1 gene_id:57348|Hs108|chr19 ( 450) 1032 220.5 3.1e-57
CCDS56102.1 TTYH1 gene_id:57348|Hs108|chr19 ( 451) 1030 220.1 4.2e-57
CCDS33106.1 TTYH1 gene_id:57348|Hs108|chr19 ( 460) 1022 218.5 1.3e-56
CCDS45770.1 TTYH2 gene_id:94015|Hs108|chr17 ( 213) 583 128.6 7.3e-30
>>CCDS34588.1 TTYH3 gene_id:80727|Hs108|chr7 (523 aa)
initn: 3535 init1: 3535 opt: 3535 Z-score: 3904.5 bits: 732.1 E(32554): 3.6e-211
Smith-Waterman score: 3535; 100.0% identity (100.0% similar) in 523 aa overlap (1-523:1-523)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAGVSYAAPWWVSLLHRLPHFDLSWEATSSQFRPEDTDYQQALLLLGAAALACLALDLLF
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CCDS34 MAGVSYAAPWWVSLLHRLPHFDLSWEATSSQFRPEDTDYQQALLLLGAAALACLALDLLF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LLFYSFWLCCRRRKSEEHLDADCCCTAWCVIIATLVCSAGIAVGFYGNGETSDGIHRATY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LLFYSFWLCCRRRKSEEHLDADCCCTAWCVIIATLVCSAGIAVGFYGNGETSDGIHRATY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SLRHANRTVAGVQDRVWDTAVGLNHTAEPSLQTLERQLAGRPEPLRAVQRLQGLLETLLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SLRHANRTVAGVQDRVWDTAVGLNHTAEPSLQTLERQLAGRPEPLRAVQRLQGLLETLLG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD YTAAIPFWRNTAVSLEVLAEQVDLYDWYRWLGYLGLLLLDVIICLLVLVGLIRSSKGILV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 YTAAIPFWRNTAVSLEVLAEQVDLYDWYRWLGYLGLLLLDVIICLLVLVGLIRSSKGILV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GVCLLGVLALVISWGALGLELAVSVGSSDFCVDPDAYVTKMVEEYSVLSGDILQYYLACS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GVCLLGVLALVISWGALGLELAVSVGSSDFCVDPDAYVTKMVEEYSVLSGDILQYYLACS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PRAANPFQQKLSGSHKALVEMQDVVAELLRTVPWEQPATKDPLLRVQEVLNGTEVNLQHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PRAANPFQQKLSGSHKALVEMQDVVAELLRTVPWEQPATKDPLLRVQEVLNGTEVNLQHL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD TALVDCRSLHLDYVQALTGFCYDGVEGLIYLALFSFVTALMFSSIVCSVPHTWQQKRGPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TALVDCRSLHLDYVQALTGFCYDGVEGLIYLALFSFVTALMFSSIVCSVPHTWQQKRGPD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD EDGEEEAAPGPRQAHDSLYRVHMPSLYSCGSSYGSETSIPAAAHTVSNAPVTEYMSQNAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EDGEEEAAPGPRQAHDSLYRVHMPSLYSCGSSYGSETSIPAAAHTVSNAPVTEYMSQNAN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KSD FQNPRCENTPLIGRESPPPSYTSSMRAKYLATSQPRPDSSGSH
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FQNPRCENTPLIGRESPPPSYTSSMRAKYLATSQPRPDSSGSH
490 500 510 520
>>CCDS32717.1 TTYH2 gene_id:94015|Hs108|chr17 (534 aa)
initn: 1144 init1: 519 opt: 1385 Z-score: 1529.8 bits: 292.7 E(32554): 6.9e-79
Smith-Waterman score: 1385; 41.8% identity (72.6% similar) in 521 aa overlap (2-513:4-521)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAGVSYAAPWWVSLLHRLPHFDLSWEATSSQFRPEDTDYQQALLLLGAAALACLALDL
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CCDS32 MQAARVDYIAPWWVVWLHSVPHVGLRLQPVNSTFSPGDESYQESLLFLGLVAAVCLGLNL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD LFLLFYSFWLC-CRRRKSEEHLDADCCCTAWCVIIATLVCSAGIAVGFYGNGETSDGIHR
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CCDS32 IFLVAYLVCACHCRRDDAVQTKQHHSCCITWTAVVAGLICCAAVGVGFYGNSETNDGAYQ
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD ATYSLRHANRTVAGVQDRVWDTAVGLNHTAEPSLQTLERQLAGRPEPLRAVQRLQGLLET
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CCDS32 LMYSLDDANHTFSGIDALVSGTTQKMKVDLEQHLARLSEIFAARGDYLQTLKFIQQMAGS
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD LLGYTAAIPFWRNTAVSLEVLAEQVDLYDWYRWLGYLGLLLLDVIICLLVLVGLIRSSKG
.. ...: ::.... : :..:. ..::::.:: :..::..:::.. .:: . ::
CCDS32 VVVQLSGLPVWREVTMELTKLSDQTGYVEYYRWLSYLLLFILDLVICLIACLGLAKRSKC
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD ILVGVCLLGVLALVISWGALGLELAVSVGSSDFCVDPDAYVTKMVEEYSVLSGDILQYYL
.:... :.:.:..::..:. . ...:..::::: ::... ...: . .: .. .:::
CCDS32 LLASMLCCGALSLLLSWASLAADGSAAVATSDFCVAPDTFILNVTE--GQISTEVTRYYL
250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD ACSPRAANPFQQKLSGSHKALVEMQDVVAELLR-TVPWEQPATKDPLLRVQEVLNGTEVN
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CCDS32 YCSQSGSSPFQQTLTTFQRALTTMQIQVAGLLQFAVPLFSTAEED-LLAIQLLLNSSESS
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD LQHLTALVDCRSLHLDYVQALTGFCYDGVEGLIYLALFSFVTALMFSSIVCSVPHTWQQ-
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CCDS32 LHQLTAMVDCRGLHKDYLDALAGICYDGLQGLLYLGLFSFLAALAFSTMICAGPRAWKHF
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD -KRGPDEDGEEEAAP-GP---RQAHDSLYRVHMPSLYSCGSSYGSETSIPAAAHTVSNAP
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CCDS32 TTRNRDYDDIDDDDPFNPQAWRMAAHSPPRGQLHSFCSYSSGLGSQTSLQPPAQTISNAP
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520
pF1KSD VTEYMSQNANF-QNPRCENTPLIGRESPPPSYTSSMRAKYLATSQPRPDSSGSH
:.:::.: : .::: ::.::::: ::::.:. :::: ::...
CCDS32 VSEYMNQAMLFGRNPRYENVPLIGRASPPPTYSPSMRATYLSVADEHLRHYGNQFPA
480 490 500 510 520 530
>>CCDS82195.1 TTYH2 gene_id:94015|Hs108|chr17 (513 aa)
initn: 1144 init1: 519 opt: 1246 Z-score: 1376.5 bits: 264.3 E(32554): 2.4e-70
Smith-Waterman score: 1246; 41.4% identity (73.2% similar) in 481 aa overlap (42-513:23-500)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD VSLLHRLPHFDLSWEATSSQFRPEDTDYQQALLLLGAAALACLALDLLFLLFYSFWLC-C
.::.:: .: .::.:.:.::. : : :
CCDS82 MSVVGQDRKSGSGCYLRWLLFLSLLFLGLVAAVCLGLNLIFLVAYLVCACHC
10 20 30 40 50
80 90 100 110 120 130
pF1KSD RRRKSEEHLDADCCCTAWCVIIATLVCSAGIAVGFYGNGETSDGIHRATYSLRHANRTVA
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CCDS82 RRDDAVQTKQHHSCCITWTAVVAGLICCAAVGVGFYGNSETNDGAYQLMYSLDDANHTFS
60 70 80 90 100 110
140 150 160 170 180 190
pF1KSD GVQDRVWDTAVGLNHTAEPSLQTLERQLAGRPEPLRAVQRLQGLLETLLGYTAAIPFWRN
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CCDS82 GIDALVSGTTQKMKVDLEQHLARLSEIFAARGDYLQTLKFIQQMAGSVVVQLSGLPVWRE
120 130 140 150 160 170
200 210 220 230 240 250
pF1KSD TAVSLEVLAEQVDLYDWYRWLGYLGLLLLDVIICLLVLVGLIRSSKGILVGVCLLGVLAL
... : :..:. ..::::.:: :..::..:::.. .:: . :: .:... :.:.:
CCDS82 VTMELTKLSDQTGYVEYYRWLSYLLLFILDLVICLIACLGLAKRSKCLLASMLCCGALSL
180 190 200 210 220 230
260 270 280 290 300 310
pF1KSD VISWGALGLELAVSVGSSDFCVDPDAYVTKMVEEYSVLSGDILQYYLACSPRAANPFQQK
..::..:. . ...:..::::: ::... ...: . .: .. .::: :: ...::::
CCDS82 LLSWASLAADGSAAVATSDFCVAPDTFILNVTE--GQISTEVTRYYLYCSQSGSSPFQQT
240 250 260 270 280 290
320 330 340 350 360
pF1KSD LSGSHKALVEMQDVVAELLR-TVPWEQPATKDPLLRVQEVLNGTEVNLQHLTALVDCRSL
:. ..::. :: :: ::. .:: . : .: :: .: .::..: .:..:::.::::.:
CCDS82 LTTFQRALTTMQIQVAGLLQFAVPLFSTAEED-LLAIQLLLNSSESSLHQLTAMVDCRGL
300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KSD HLDYVQALTGFCYDGVEGLIYLALFSFVTALMFSSIVCSVPHTWQQ--KRGPDEDGEEEA
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CCDS82 HKDYLDALAGICYDGLQGLLYLGLFSFLAALAFSTMICAGPRAWKHFTTRNRDYDDIDDD
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KSD AP-GP---RQAHDSLYRVHMPSLYSCGSSYGSETSIPAAAHTVSNAPVTEYMSQNANF-Q
: .: :.: : : .. :. : .:. ::.::. :.:.:::::.:::.: : .
CCDS82 DPFNPQAWRMAAHSPPRGQLHSFCSYSSGLGSQTSLQPPAQTISNAPVSEYMNQAMLFGR
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520
pF1KSD NPRCENTPLIGRESPPPSYTSSMRAKYLATSQPRPDSSGSH
::: ::.::::: ::::.:. :::: ::...
CCDS82 NPRYENVPLIGRASPPPTYSPSMRATYLSVADEHLRHYGNQFPA
470 480 490 500 510
>>CCDS12893.1 TTYH1 gene_id:57348|Hs108|chr19 (450 aa)
initn: 1039 init1: 838 opt: 1032 Z-score: 1140.9 bits: 220.5 E(32554): 3.1e-57
Smith-Waterman score: 1032; 38.1% identity (69.8% similar) in 443 aa overlap (6-445:7-448)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAGVSYAAPWWVSLLHRLPHFDLSWEATSSQFRPEDTDYQQALLLLGAAALACLALDLL
: :: :::.::. :.. . . : : :.. .:::::::..: : :.:.:.
CCDS12 MGAPPGYRPSAWVHLLHQLPRADFQLRPVPSVFAPQEQEYQQALLLVAALAGLGLGLSLI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD FLLFYSFWLCCRRRKSEEHLDADC---CCTAWCVIIATLVCSAGIAVGFYGNGETSDGIH
:. : . .:: : :..: :.: :. .::..:::::.:::::.
CCDS12 FIAVYLIRFCCCRPPEPPGSKIPSPGGGCVTWSCIVALLAGCTGIGIGFYGNSETSDGVS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD RATYSLRHANRTVAGVQDRVWDTAVGLNHTAEPSLQTLERQLAGRPEPLRAVQRLQGLLE
. . .: :::.:.. .. : .:. :..... : :::. : : : . :.. . :
CCDS12 QLSSALLHANHTLSTIDHLVLETVERLGEAVRTELTTLEEVLEPRTELVAAARGARRQAE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD TLLGYTAAIPFWRNTAVSLEVLAEQVDLYDWYRWLGYLGLLLLDVIICLLVLVGLIRSSK
. .. ::... .: .::.:.. . ::::.:. ::::....::..:.:: ..::
CCDS12 AAAQQLQGLAFWQGVPLSPLQVAENVSFVEEYRWLAYVLLLLLELLVCLFTLLGLAKQSK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD GILVGVCLLGVLALVISWGALGLELAVSVGSSDFCVDPDAYVTKMVEEYSVLSGDILQYY
... . ....:.::.:::..::: :..:: :::: .:: :: ....: . ::.:::.::
CCDS12 WLVIVMTVMSLLVLVLSWGSMGLEAATAVGLSDFCSNPDPYVLNLTQEETGLSSDILSYY
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KSD LACSPRAANPFQQKLSGSHKALVEMQDVVAELLRTVPWEQPATKDPLLRVQEVLNGTEVN
: :. ..:::::.:. :..::..... . : : . . :... ::: ..:.:: :: :
CCDS12 LLCNRAVSNPFQQRLTLSQRALANIHSQLLGLEREAVPQFPSAQKPLLSLEETLNVTEGN
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KSD LQHLTALVDCRSLHLDYVQALTGFCYDGVEGLIYLALFSFVTALMFSSIVCSVPHTWQQK
...:.::. ::::: :: :: :.: :..:::..: :::...: ... .::.:..:
CCDS12 FHQLVALLHCRSLHKDYGAALRGLCEDALEGLLFLLLFSLLSAGALATALCSLPRAWAL-
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD RGPDEDGEEEAAPGPRQAHDSLYRVHMPSLYSCGSSYGSETSIPAAAHTVSNAPVTEYMS
:..: .. : . ..: :. :
CCDS12 FPPSDDYDDTDDDDPFNPQESKRFVQWQSSI
420 430 440 450
>>CCDS56102.1 TTYH1 gene_id:57348|Hs108|chr19 (451 aa)
initn: 1039 init1: 838 opt: 1030 Z-score: 1138.7 bits: 220.1 E(32554): 4.2e-57
Smith-Waterman score: 1030; 38.8% identity (70.4% similar) in 433 aa overlap (6-433:7-439)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAGVSYAAPWWVSLLHRLPHFDLSWEATSSQFRPEDTDYQQALLLLGAAALACLALDLL
: :: :::.::. :.. . . : : :.. .:::::::..: : :.:.:.
CCDS56 MGAPPGYRPSAWVHLLHQLPRADFQLRPVPSVFAPQEQEYQQALLLVAALAGLGLGLSLI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD FLLFYSFWLCCRRRKSEEHLDADC---CCTAWCVIIATLVCSAGIAVGFYGNGETSDGIH
:. : . .:: : :..: :.: :. .::..:::::.:::::.
CCDS56 FIAVYLIRFCCCRPPEPPGSKIPSPGGGCVTWSCIVALLAGCTGIGIGFYGNSETSDGVS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD RATYSLRHANRTVAGVQDRVWDTAVGLNHTAEPSLQTLERQLAGRPEPLRAVQRLQGLLE
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CCDS56 QLSSALLHANHTLSTIDHLVLETVERLGEAVRTELTTLEEVLEPRTELVAAARGARRQAE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD TLLGYTAAIPFWRNTAVSLEVLAEQVDLYDWYRWLGYLGLLLLDVIICLLVLVGLIRSSK
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CCDS56 AAAQQLQGLAFWQGVPLSPLQVAENVSFVEEYRWLAYVLLLLLELLVCLFTLLGLAKQSK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD GILVGVCLLGVLALVISWGALGLELAVSVGSSDFCVDPDAYVTKMVEEYSVLSGDILQYY
... . ....:.::.:::..::: :..:: :::: .:: :: ....: . ::.:::.::
CCDS56 WLVIVMTVMSLLVLVLSWGSMGLEAATAVGLSDFCSNPDPYVLNLTQEETGLSSDILSYY
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KSD LACSPRAANPFQQKLSGSHKALVEMQDVVAELLRTVPWEQPATKDPLLRVQEVLNGTEVN
: :. ..:::::.:. :..::..... . : : . . :... ::: ..:.:: :: :
CCDS56 LLCNRAVSNPFQQRLTLSQRALANIHSQLLGLEREAVPQFPSAQKPLLSLEETLNVTEGN
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KSD LQHLTALVDCRSLHLDYVQALTGFCYDGVEGLIYLALFSFVTALMFSSIVCSVPHTWQQ-
...:.::. ::::: :: :: :.: :..:::..: :::...: ... .::.:..:
CCDS56 FHQLVALLHCRSLHKDYGAALRGLCEDALEGLLFLLLFSLLSAGALATALCSLPRAWALF
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KSD KRGPDEDGEEEAAP-GPRQAHDSLYRVHMPSLYSCGSSYGSETSIPAAAHTVSNAPVTEY
. : : .. : .:.:
CCDS56 PPSDDYDDTDDDDPFNPQQESKRFVQWQSSI
430 440 450
>>CCDS33106.1 TTYH1 gene_id:57348|Hs108|chr19 (460 aa)
initn: 1039 init1: 838 opt: 1022 Z-score: 1129.8 bits: 218.5 E(32554): 1.3e-56
Smith-Waterman score: 1022; 39.7% identity (71.8% similar) in 411 aa overlap (6-413:7-417)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAGVSYAAPWWVSLLHRLPHFDLSWEATSSQFRPEDTDYQQALLLLGAAALACLALDLL
: :: :::.::. :.. . . : : :.. .:::::::..: : :.:.:.
CCDS33 MGAPPGYRPSAWVHLLHQLPRADFQLRPVPSVFAPQEQEYQQALLLVAALAGLGLGLSLI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD FLLFYSFWLCCRRRKSEEHLDADC---CCTAWCVIIATLVCSAGIAVGFYGNGETSDGIH
:. : . .:: : :..: :.: :. .::..:::::.:::::.
CCDS33 FIAVYLIRFCCCRPPEPPGSKIPSPGGGCVTWSCIVALLAGCTGIGIGFYGNSETSDGVS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD RATYSLRHANRTVAGVQDRVWDTAVGLNHTAEPSLQTLERQLAGRPEPLRAVQRLQGLLE
. . .: :::.:.. .. : .:. :..... : :::. : : : . :.. . :
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