FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1587, 957 aa
  1>>>pF1KSDA1587 957 - 957 aa - 957 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 17.1484+/-0.00143; mu= -34.8746+/- 0.085
 mean_var=677.0838+/-143.195, 0's: 0 Z-trim(113.2): 94  B-trim: 0 in 0/53
 Lambda= 0.049289
 statistics sampled from 13760 (13836) to 13760 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.716), E-opt: 0.2 (0.425), width:  16
 Scan time:  5.450

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS14433.1 MAGEE1 gene_id:57692|Hs108|chrX        ( 957) 6416 472.2 2.1e-132
CCDS3269.1 MAGEF1 gene_id:64110|Hs108|chr3         ( 307)  755 69.4 1.2e-11
CCDS10023.1 NSMCE3 gene_id:56160|Hs108|chr15       ( 304)  743 68.6 2.2e-11


>>CCDS14433.1 MAGEE1 gene_id:57692|Hs108|chrX             (957 aa)
 initn: 6416 init1: 6416 opt: 6416  Z-score: 2490.6  bits: 472.2 E(32554): 2.1e-132
Smith-Waterman score: 6416; 100.0% identity (100.0% similar) in 957 aa overlap (1-957:1-957)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSLVSQNSRRRRRRVAKATAHNSSWGEMQAPNAPGLPADVPGSDVPQGPSDSQILQGLCA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MSLVSQNSRRRRRRVAKATAHNSSWGEMQAPNAPGLPADVPGSDVPQGPSDSQILQGLCA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD SEGPSTSVLPTSAEGPSTFVPPTISEASSASGQPTISEGPGTSVLPTPSEGLSTSGPPTI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SEGPSTSVLPTSAEGPSTFVPPTISEASSASGQPTISEGPGTSVLPTPSEGLSTSGPPTI
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD SKGLCTSVTLAASEGRNTSRPPTSSEEPSTSVPPTASEVPSTSLPPTPGEGTSTSVPPTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SKGLCTSVTLAASEGRNTSRPPTSSEEPSTSVPPTASEVPSTSLPPTPGEGTSTSVPPTA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD YEGPSTSVVPTPDEGPSTSVLPTPGEGPGTSVPLAATEGLSTSVQATPDEGPSTSVPPTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 YEGPSTSVVPTPDEGPSTSVLPTPGEGPGTSVPLAATEGLSTSVQATPDEGPSTSVPPTA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD TEGLSTPVPPTRDEGPSTSVPATPGEGPSTSVLPAASDGQSISLVPTRGKGSSTSVPPTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TEGLSTPVPPTRDEGPSTSVPATPGEGPSTSVLPAASDGQSISLVPTRGKGSSTSVPPTA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD TEGLSTSVQPTAGEGSSTSVPPTPGGGLSTSVPPTATEELSTSVPPTPGEGPSTSVLPIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TEGLSTSVQPTAGEGSSTSVPPTPGGGLSTSVPPTATEELSTSVPPTPGEGPSTSVLPIP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD GEGLSTSVPPTASDGSDTSVPPTPGEGASTLVQPTAPDGPGSSVLPNPGEGPSTLFSSSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GEGLSTSVPPTASDGSDTSVPPTPGEGASTLVQPTAPDGPGSSVLPNPGEGPSTLFSSSA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD SVDRNPSKCSLVLPSPRVTKASVDSDSEGPKGAEGPIEFEVLRDCESPNSISIMGLNTSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 SVDRNPSKCSLVLPSPRVTKASVDSDSEGPKGAEGPIEFEVLRDCESPNSISIMGLNTSR
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD VAITLKPQDPMEQNVAELLQFLLVKDQSKYPIRESEMREYIVKEYRNQFPEILRRAAAHL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VAITLKPQDPMEQNVAELLQFLLVKDQSKYPIRESEMREYIVKEYRNQFPEILRRAAAHL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD ECIFRFELRELDPEAHTYILLNKLGPVPFEGLEESPNGPKMGLLMMILGQIFLNGNQAKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ECIFRFELRELDPEAHTYILLNKLGPVPFEGLEESPNGPKMGLLMMILGQIFLNGNQAKE
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD AEIWEMLWRMGVQRERRLSIFGNPKRLLSVEFVWQRYLDYRPVTDCKPVEYEFFWGPRSH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AEIWEMLWRMGVQRERRLSIFGNPKRLLSVEFVWQRYLDYRPVTDCKPVEYEFFWGPRSH
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD LETTKMKILKFMAKIYNKDPMDWPEKYNEALEEDAARAFAEGWQALPHFRRPFFEEAAAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LETTKMKILKFMAKIYNKDPMDWPEKYNEALEEDAARAFAEGWQALPHFRRPFFEEAAAE
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD VPSPDSEVSSYSSKYAPHSWPESRLESKARKLVQLFLLMDSTKLPIPKKGILYYIGRECS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VPSPDSEVSSYSSKYAPHSWPESRLESKARKLVQLFLLMDSTKLPIPKKGILYYIGRECS
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD KVFPDLLNRAARTLNHVYGTELVVLDPRNHSYTLYNRREMEETEEIVDSPNRPGNNFLMQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KVFPDLLNRAARTLNHVYGTELVVLDPRNHSYTLYNRREMEETEEIVDSPNRPGNNFLMQ
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD VLSFIFIMGNHARESAVWAFLRGLGVQAGRKHVITCRYLSQRYIDSLRVPDSDPVQYEFV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VLSFIFIMGNHARESAVWAFLRGLGVQAGRKHVITCRYLSQRYIDSLRVPDSDPVQYEFV
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       
pF1KSD WGPRARLETSKMKALRYVARIHRKEPQDWPQQYREAMEDEANRADVGHRQIFVHNFR
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 WGPRARLETSKMKALRYVARIHRKEPQDWPQQYREAMEDEANRADVGHRQIFVHNFR
              910       920       930       940       950       

>>CCDS3269.1 MAGEF1 gene_id:64110|Hs108|chr3              (307 aa)
 initn: 747 init1: 491 opt: 755  Z-score: 322.5  bits: 69.4 E(32554): 1.2e-11
Smith-Waterman score: 755; 52.4% identity (78.3% similar) in 212 aa overlap (491-701:76-287)

              470       480       490       500       510       520
pF1KSD VLRDCESPNSISIMGLNTSRVAITLKPQDPMEQNVAELLQFLLVKDQSKYPIRESEMREY
                                     ....::::.:::::::..: :: .::: .:
CCDS32 EEGAAEPALTRKGARALAAKALARRRAYRRLNRTVAELVQFLLVKDKKKSPITRSEMVKY
          50        60        70        80        90       100     

              530       540       550       560       570          
pF1KSD IVKEYRNQFPEILRRAAAHLECIFRFELRELDPEAHTYILLNKLGPVPFEGLEE-SPNGP
       .. . .  ::.:. ::: ::. .: :::...: . :::::.::: :.  :  :. . .::
CCDS32 VIGDLKILFPDIIARAAEHLRYVFGFELKQFDRKHHTYILINKLKPLEEEEEEDLGGDGP
         110       120       130       140       150       160     

     580       590       600       610       620       630         
pF1KSD KMGLLMMILGQIFLNGNQAKEAEIWEMLWRMGVQRERRLSIFGNPKRLLSVEFVWQRYLD
       ..:::::::: :.. ::.:.::..:::: :.:::  .   .:: ::::.  .:: ::::.
CCDS32 RLGLLMMILGLIYMRGNSAREAQVWEMLRRLGVQPSKYHFLFGYPKRLIMEDFVQQRYLS
         170       180       190       200       210       220     

     640       650       660       670       680       690         
pF1KSD YRPVTDCKPVEYEFFWGPRSHLETTKMKILKFMAKIYNKDPMDWPEKYNEALEEDAARAF
       :: :   .: :::: :::::.:: .::..: :.::...:.:. :: .: ::: ..: :: 
CCDS32 YRRVPHTNPPEYEFSWGPRSNLEISKMEVLGFVAKLHKKEPQHWPVQYREALADEADRAR
         230       240       250       260       270       280     

     700       710       720       730       740       750         
pF1KSD AEGWQALPHFRRPFFEEAAAEVPSPDSEVSSYSSKYAPHSWPESRLESKARKLVQLFLLM
       :.                                                          
CCDS32 AKARAEASMRARASARAGIHLW                                      
         290       300                                             

>>CCDS10023.1 NSMCE3 gene_id:56160|Hs108|chr15            (304 aa)
 initn: 621 init1: 484 opt: 743  Z-score: 317.9  bits: 68.6 E(32554): 2.2e-11
Smith-Waterman score: 750; 43.6% identity (73.5% similar) in 257 aa overlap (445-698:49-293)

          420       430       440       450       460       470    
pF1KSD LFSSSASVDRNPSKCSLVLPSPRVTKASVDSDSEGPKGAEGPIEFEVLRDCESPNSISIM
                                     : :.:: :..:          ..:   : .
CCDS10 RDWSHSGNPGASRAGEDARVLRDGFAEEAPSTSRGPGGSQGS---------QGP---SPQ
       20        30        40        50        60                  

          480         490       500       510       520       530  
pF1KSD GLNTSRVAITLKP--QDPMEQNVAELLQFLLVKDQSKYPIRESEMREYIVKEYRNQFPEI
       :   ...: .. :  :  .: .:.::.::::.:::.: ::..... .... .:.. ::..
CCDS10 GARRAQAAPAVGPRSQKQLELKVSELVQFLLIKDQKKIPIKRADILKHVIGDYKDIFPDL
         70        80        90       100       110       120      

            540       550       560       570        580       590 
pF1KSD LRRAAAHLECIFRFELRELDPEAHTYILLNKLGPVPFEGLEESPNG-PKMGLLMMILGQI
       ..::: .:. .: ..: ::.:...::::.: : ::  ..  .. .: :  ::::..:: :
CCDS10 FKRAAERLQYVFGYKLVELEPKSNTYILINTLEPVEEDAEMRGDQGTPTTGLLMIVLGLI
        130       140       150       160       170       180      

             600       610       620       630       640       650 
pF1KSD FLNGNQAKEAEIWEMLWRMGVQRERRLSIFGNPKRLLSVEFVWQRYLDYRPVTDCKPVEY
       :..::  ::.: :..: :.::   ..  :::.::.:.. .:: ::::.:: .    ::.:
CCDS10 FMKGNTIKETEAWDFLRRLGVYPTKKHLIFGDPKKLITEDFVRQRYLEYRRIPHTDPVDY
        190       200       210       220       230       240      

             660       670       680       690       700       710 
pF1KSD EFFWGPRSHLETTKMKILKFMAKIYNKDPMDWPEKYNEALEEDAARAFAEGWQALPHFRR
       :: ::::..:::.:::.:::.::..:.:: ::: .: ::: ..  ::             
CCDS10 EFQWGPRTNLETSKMKVLKFVAKVHNQDPKDWPAQYCEALADEENRARPQPSGPAPSS  
        250       260       270       280       290       300      

             720       730       740       750       760       770 
pF1KSD PFFEEAAAEVPSPDSEVSSYSSKYAPHSWPESRLESKARKLVQLFLLMDSTKLPIPKKGI




957 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]