Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1580
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1580, 640 aa
1>>>pF1KSDA1580 640 - 640 aa - 640 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.7459+/-0.00151; mu= 1.7166+/- 0.089
mean_var=222.8387+/-46.106, 0's: 0 Z-trim(103.7): 210 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.085917
statistics sampled from 7296 (7516) to 7296 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.573), E-opt: 0.2 (0.231), width: 16
Scan time: 3.370
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31464.1 LRRC4C gene_id:57689|Hs108|chr11 ( 640) 4243 540.3 3e-153
CCDS5799.1 LRRC4 gene_id:64101|Hs108|chr7 ( 653) 2295 298.9 1.5e-80
CCDS42595.1 LRRC4B gene_id:94030|Hs108|chr19 ( 713) 2167 283.0 9.4e-76
CCDS73766.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15 ( 614) 529 79.9 1.1e-14
CCDS45313.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15 ( 620) 529 79.9 1.1e-14
CCDS30808.1 LRIG2 gene_id:9860|Hs108|chr1 (1065) 476 73.6 1.6e-12
CCDS6524.1 LINGO2 gene_id:158038|Hs108|chr9 ( 606) 460 71.4 4.1e-12
CCDS11568.1 CHAD gene_id:1101|Hs108|chr17 ( 359) 454 70.4 4.7e-12
CCDS33783.1 LRIG1 gene_id:26018|Hs108|chr3 (1093) 462 71.8 5.4e-12
CCDS45905.1 LINGO3 gene_id:645191|Hs108|chr19 ( 592) 453 70.5 7.4e-12
CCDS44933.1 LRIG3 gene_id:121227|Hs108|chr12 (1059) 441 69.2 3.2e-11
CCDS8960.1 LRIG3 gene_id:121227|Hs108|chr12 (1119) 441 69.2 3.4e-11
CCDS30855.1 LINGO4 gene_id:339398|Hs108|chr1 ( 593) 435 68.3 3.5e-11
CCDS8057.1 FLRT1 gene_id:23769|Hs108|chr11 ( 674) 427 67.3 7.6e-11
>>CCDS31464.1 LRRC4C gene_id:57689|Hs108|chr11 (640 aa)
initn: 4243 init1: 4243 opt: 4243 Z-score: 2864.8 bits: 540.3 E(32554): 3e-153
Smith-Waterman score: 4243; 100.0% identity (100.0% similar) in 640 aa overlap (1-640:1-640)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLNKMTLHPQQIMIGPRFNRALFDPLLVVLLALQLLVVAGLVRAQTCPSVCSCSNQFSKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MLNKMTLHPQQIMIGPRFNRALFDPLLVVLLALQLLVVAGLVRAQTCPSVCSCSNQFSKV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ICVRKNLREVPDGISTNTRLLNLHENQIQIIKVNSFKHLRHLEILQLSRNHIRTIEIGAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ICVRKNLREVPDGISTNTRLLNLHENQIQIIKVNSFKHLRHLEILQLSRNHIRTIEIGAF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD NGLANLNTLELFDNRLTTIPNGAFVYLSKLKELWLRNNPIESIPSYAFNRIPSLRRLDLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 NGLANLNTLELFDNRLTTIPNGAFVYLSKLKELWLRNNPIESIPSYAFNRIPSLRRLDLG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD ELKRLSYISEGAFEGLSNLRYLNLAMCNLREIPNLTPLIKLDELDLSGNHLSAIRPGSFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ELKRLSYISEGAFEGLSNLRYLNLAMCNLREIPNLTPLIKLDELDLSGNHLSAIRPGSFQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GLMHLQKLWMIQSQIQVIERNAFDNLQSLVEINLAHNNLTLLPHDLFTPLHHLERIHLHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 GLMHLQKLWMIQSQIQVIERNAFDNLQSLVEINLAHNNLTLLPHDLFTPLHHLERIHLHH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NPWNCNCDILWLSWWIKDMAPSNTACCARCNTPPNLKGRYIGELDQNYFTCYAPVIVEPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 NPWNCNCDILWLSWWIKDMAPSNTACCARCNTPPNLKGRYIGELDQNYFTCYAPVIVEPP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD ADLNVTEGMAAELKCRASTSLTSVSWITPNGTVMTHGAYKVRIAVLSDGTLNFTNVTVQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ADLNVTEGMAAELKCRASTSLTSVSWITPNGTVMTHGAYKVRIAVLSDGTLNFTNVTVQD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD TGMYTCMVSNSVGNTTASATLNVTAATTTPFSYFSTVTVETMEPSQDEARTTDNNVGPTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 TGMYTCMVSNSVGNTTASATLNVTAATTTPFSYFSTVTVETMEPSQDEARTTDNNVGPTP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD VVDWETTNVTTSLTPQSTRSTEKTFTIPVTDINSGIPGIDEVMKTTKIIIGCFVAITLMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VVDWETTNVTTSLTPQSTRSTEKTFTIPVTDINSGIPGIDEVMKTTKIIIGCFVAITLMA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD AVMLVIFYKMRKQHHRQNHHAPTRTVEIINVDDEITGDTPMESHLPMPAIEHEHLNHYNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 AVMLVIFYKMRKQHHRQNHHAPTRTVEIINVDDEITGDTPMESHLPMPAIEHEHLNHYNS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640
pF1KSD YKSPFNHTTTVNTINSIHSSVHEPLLIRMNSKDNVQETQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 YKSPFNHTTTVNTINSIHSSVHEPLLIRMNSKDNVQETQI
610 620 630 640
>>CCDS5799.1 LRRC4 gene_id:64101|Hs108|chr7 (653 aa)
initn: 2312 init1: 1702 opt: 2295 Z-score: 1559.7 bits: 298.9 E(32554): 1.5e-80
Smith-Waterman score: 2399; 55.3% identity (81.0% similar) in 653 aa overlap (11-640:6-653)
10 20 30 40 50
pF1KSD MLNKMTLHPQQIMIGPRFNRALFDPLLVVLLALQLLVVAGLVRA----QTCPSVCSCSNQ
:. . . :.. :.. . . .: .: . : :.::::::::::
CCDS57 MKLLWQVTVHHHTWNAILLPFVYLTAQVWILCAAIAAAASAGPQNCPSVCSCSNQ
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD FSKVICVRKNLREVPDGISTNTRLLNLHENQIQIIKVNSFKHLRHLEILQLSRNHIRTIE
::::.:.:..: :::.:: .::: ::: ::.::.:....:.::.:::.:::.:: :: ::
CCDS57 FSKVVCTRRGLSEVPQGIPSNTRYLNLMENNIQMIQADTFRHLHHLEVLQLGRNSIRQIE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD IGAFNGLANLNTLELFDNRLTTIPNGAFVYLSKLKELWLRNNPIESIPSYAFNRIPSLRR
.:::::::.::::::::: ::.::.::: :::::.:::::::::::::::::::.::: :
CCDS57 VGAFNGLASLNTLELFDNWLTVIPSGAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLMR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD LDLGELKRLSYISEGAFEGLSNLRYLNLAMCNLREIPNLTPLIKLDELDLSGNHLSAIRP
:::::::.: :::::::::: ::.::::.:::....::::::. :.::..::::. :::
CCDS57 LDLGELKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMSGNHFPEIRP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD GSFQGLMHLQKLWMIQSQIQVIERNAFDNLQSLVEINLAHNNLTLLPHDLFTPLHHLERI
:::.:: :.:::...::...:::::::.: ::::.:::::::. :::::::::..: ..
CCDS57 GSFHGLSSLKKLWVMNSQVSLIERNAFDGLASLVELNLAHNNLSSLPHDLFTPLRYLVEL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD HLHHNPWNCNCDILWLSWWIKDMAPSNTACCARCNTPPNLKGRYIGELDQNYFTCYAPVI
:::::::::.::::::.::.... :.:..::.::..: ...:::. :.:: : : :: :
CCDS57 HLHHNPWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGRCHAPMHMRGRYLVEVDQASFQCSAPFI
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD VEPPADLNVTEGMAAELKCRASTSLTSVSWITPNGTVMTHGAYKVRIAVLSDGTLNFTNV
.. : :::..:: :::::: . ..::.:. :::::..:.. . ::.::.::::::..:
CCDS57 MDAPRDLNISEGRMAELKCR-TPPMSSVKWLLPNGTVLSHASRHPRISVLNDGTLNFSHV
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD TVQDTGMYTCMVSNSVGNTTASATLNVTAA--TTTPFSYFSTVTVETMEPSQDEARTTDN
..:::.:::::.: .::..::: :::..: .:. .:.:.:::::: : : ... .
CCDS57 LLSDTGVYTCMVTNVAGNSNASAYLNVSTAELNTSNYSFFTTVTVETTEISPEDTTRKYK
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KSD NVGPTPVVDWETTNVT-TSLTPQSTRSTEKTFTIPVTDINSGIP-GIDEVMKTTKIIIGC
: :: . .. . .: :.. :.:: . : ..:.:: .. . ..:::::::::::::
CCDS57 PV-PTTSTGYQPAYTTSTTVLIQTTR-VPKQVAVPATDTTDKMQTSLDEVMKTTKIIIGC
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580
pF1KSD FVAITLMAAVMLVIFYKMRKQHHRQNHHAPTRTVEIINVDDEITGDTPM-----------
:::.::.::.::..:::.::.:.... . .::::::.::..: . :
CCDS57 FVAVTLLAAAMLIVFYKLRKRHQQRSTVTAARTVEIIQVDEDIPAATSAAATAAPSGVSG
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630
pF1KSD ESHLPMPAIEHEHLNHYNSYKSPFNHTTTVNTI-NSIH---SSVHEPLLIRMNSKDNVQE
:. . .:.: :.:.: ::.:: . : :.. ::.: ... :: .:. ..::.:::
CCDS57 EGAVVLPTI-HDHIN-YNTYKPAHGAHWTENSLGNSLHPTVTTISEPYIIQTHTKDKVQE
600 610 620 630 640 650
640
pF1KSD TQI
:::
CCDS57 TQI
>>CCDS42595.1 LRRC4B gene_id:94030|Hs108|chr19 (713 aa)
initn: 2685 init1: 2167 opt: 2167 Z-score: 1473.4 bits: 283.0 E(32554): 9.4e-76
Smith-Waterman score: 2589; 62.9% identity (82.4% similar) in 625 aa overlap (44-612:54-677)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD IGPRFNRALFDPLLVVLLALQLLVVAGLVRAQTCPSVCSCSNQFSKVICVRKNLREVPDG
: .:: .:::::: :.:::.:..: ::: .
CCDS42 LLFLWLFSPPLGAGGGGVAVTSAAGGGSPPATSCPVACSCSNQASRVICTRRDLAEVPAS
30 40 50 60 70 80
80 90 100 110 120 130
pF1KSD ISTNTRLLNLHENQIQIIKVNSFKHLRHLEILQLSRNHIRTIEIGAFNGLANLNTLELFD
: .::: :::.:: ::.:....:::::::::::::.: .: ::.:::::: .::::::::
CCDS42 IPVNTRYLNLQENGIQVIRTDTFKHLRHLEILQLSKNLVRKIEVGAFNGLPSLNTLELFD
90 100 110 120 130 140
140 150 160 170 180 190
pF1KSD NRLTTIPNGAFVYLSKLKELWLRNNPIESIPSYAFNRIPSLRRLDLGELKRLSYISEGAF
:::::.:. :: :::::.:::::::::::::::::::.:::::::::::::: ::::.::
CCDS42 NRLTTVPTQAFEYLSKLRELWLRNNPIESIPSYAFNRVPSLRRLDLGELKRLEYISEAAF
150 160 170 180 190 200
200 210 220 230 240 250
pF1KSD EGLSNLRYLNLAMCNLREIPNLTPLIKLDELDLSGNHLSAIRPGSFQGLMHLQKLWMIQS
::: :::::::.::::..::::: :..:.::.::::.:. ::::::::: :.:::....
CCDS42 EGLVNLRYLNLGMCNLKDIPNLTALVRLEELELSGNRLDLIRPGSFQGLTSLRKLWLMHA
210 220 230 240 250 260
260 270 280 290 300 310
pF1KSD QIQVIERNAFDNLQSLVEINLAHNNLTLLPHDLFTPLHHLERIHLHHNPWNCNCDILWLS
:. .:::::::.:.:: :.::.:::: ::::::::::.:::.::.::::.::::.::::
CCDS42 QVATIERNAFDDLKSLEELNLSHNNLMSLPHDLFTPLHRLERVHLNHNPWHCNCDVLWLS
270 280 290 300 310 320
320 330 340 350 360 370
pF1KSD WWIKDMAPSNTACCARCNTPPNLKGRYIGELDQNYFTCYAPVIVEPPADLNVTEGMAAEL
::.:. .::::.:::::..: .:::::::::::..::::::::::::.::::::::::::
CCDS42 WWLKETVPSNTTCCARCHAPAGLKGRYIGELDQSHFTCYAPVIVEPPTDLNVTEGMAAEL
330 340 350 360 370 380
380 390 400 410 420 430
pF1KSD KCRASTSLTSVSWITPNGTVMTHGAYKVRIAVLSDGTLNFTNVTVQDTGMYTCMVSNSVG
:::..::.:::.:.:::::.::::.:.:::.:: :::::::::::::::.:::::.::.:
CCDS42 KCRTGTSMTSVNWLTPNGTLMTHGSYRVRISVLHDGTLNFTNVTVQDTGQYTCMVTNSAG
390 400 410 420 430 440
440 450 460
pF1KSD NTTASATLNVTAATTT-----------P------------FSYFSTVTVETME--PSQD-
::::::::::.:. . : ..::.::::::.: :...
CCDS42 NTTASATLNVSAVDPVAAGGTGSGGGGPGGSGGVGGGSGGYTYFTTVTVETLETQPGEEA
450 460 470 480 490 500
470 480 490 500 510
pF1KSD -EARTTDNNVGPTPVVD--W----------ETTNVTTSLTPQSTRSTEKTFTIPVTDIN-
. : :... : :..: : ... ::. .:.:.: :::.::.:.::..
CCDS42 LQPRGTEKE-PPGPTTDGVWGGGRPGDAAGPASSSTTAPAPRSSRPTEKAFTVPITDVTE
510 520 530 540 550 560
520 530 540 550 560 570
pF1KSD SGIPGIDEVMKTTKIIIGCFVAITLMAAVMLVIFYKMRKQHHRQNHHAPTRTVEIINVDD
... .:.::::::::::::::::.::::::: :::.::::. ..::.::::::::::.:
CCDS42 NALKDLDDVMKTTKIIIGCFVAITFMAAVMLVAFYKLRKQHQLHKHHGPTRTVEIINVED
570 580 590 600 610 620
580 590 600 610
pF1KSD EIT----------------GDTPMESHLPMPAIEHEHLNHYNSYKSPFNHTTTVNTINSI
:. : . .::: .::.:..::::.. . :. . :
CCDS42 ELPAASAVSVAAAAAVASGGGVGGDSHLALPALERDHLNHHHYVAAAFKAHYSSNPSGGG
630 640 650 660 670 680
620 630 640
pF1KSD HSSVHEPLLIRMNSKDNVQETQI
CCDS42 CGGKGPPGLNSIHEPLLFKSGSKENVQETQI
690 700 710
>>CCDS73766.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15 (614 aa)
initn: 783 init1: 346 opt: 529 Z-score: 377.0 bits: 79.9 E(32554): 1.1e-14
Smith-Waterman score: 694; 30.0% identity (55.2% similar) in 560 aa overlap (20-493:7-557)
10 20 30 40 50
pF1KSD MLNKMTLHPQQIMIGPRFNRALFDPLLVVLLALQLLVVAGLVR--AQTCPSVCSCSNQFS
:.. .:::. . :::..... : :: : :: :
CCDS73 MLAGGVRSMPSPLLACWQPILLLVLGSVLSGSATGCPPRCECSAQDR
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KSD KVICVRKNLREVPDGISTNTRLLNLHENQIQIIKVNSFKHLRHLEILQLSRNHIRTIEIG
:.: :: . ::.:: :.::::.: .:.:. .. . : . ::: :.:..: . ..: :
CCDS73 AVLCHRKRFVAVPEGIPTETRLLDLGKNRIKTLNQDEFASFPHLEELELNENIVSAVEPG
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KSD AFNGLANLNTLELFDNRLTTIPNGAFVYLSKLKELWLRNNPIESIPSYAFNRIPSLRRLD
:::.: :: :: : .::: :: :.:. ::.: .: . .: : . .: :. . .:. :.
CCDS73 AFNNLFNLRTLGLRSNRLKLIPLGVFTGLSNLTKLDISENKIVILLDYMFQDLYNLKSLE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210
pF1KSD LGELKRLSYISEGAFEGLSNLRYLNLAMCNLREIPN------------------------
.:. . : :::. :: ::..:. :.: ::: ::.
CCDS73 VGD-NDLVYISHRAFSGLNSLEQLTLEKCNLTSIPTEALSHLHGLIVLRLRHLNINAIRD
170 180 190 200 210 220
220
pF1KSD ----------------------LTP----------------------------LIKLDEL
.:: :. : :
CCDS73 YSFKRLYRLKVLEISHWPYLDTMTPNCLYGLNLTSLSITHCNLTAVPYLAVRHLVYLRFL
230 240 250 260 270 280
230 240 250 260 270 280
pF1KSD DLSGNHLSAIRPGSFQGLMHLQKLWMIQSQIQVIERNAFDNLQSLVEINLAHNNLTLLPH
.:: : .:.:. . .. :..::.. .. .:. :.: :: .:. : .:.. :.:: : .
CCDS73 NLSYNPISTIEGSMLHELLRLQEIQLVGGQLAVVEPYAFRGLNYLRVLNVSGNQLTTLEE
290 300 310 320 330 340
290 300 310 320 330 340
pF1KSD DLFTPLHHLERIHLHHNPWNCNCDILWL---SWWIKDMAPSNTACCARCNTPPNLKGRYI
..: . .:: . : :: :.: .::. : .. . : : :: ..:. .
CCDS73 SVFHSVGNLETLILDSNPLACDCRLLWVFRRRWRLNFNRQQPT-----CATPEFVQGKEF
350 360 370 380 390 400
350 360 370 380 390
pF1KSD GELDQ----NYFTCYAPVIVEPPAD-LNVTEGMAAELKCRASTSLT-SVSWITPNGTVMT
.. . ::::: : . :. . : :: .... :::. . .. :..: ...
CCDS73 KDFPDVLLPNYFTCRRARIRDRKAQQVFVDEGHTVQFVCRADGDPPPAILWLSPRKHLVS
410 420 430 440 450 460
400 410 420 430 440 450
pF1KSD HGAYKVRIAVLSDGTLNFTNVTVQDTGMYTCMVSNSVGNTTASATLNVTAATTT-PFSYF
. . :..:. ::::. . :::.: : :...:. :: . : :.: . . : .
CCDS73 -AKSNGRLTVFPDGTLEVRYAQVQDNGTYLCIAANAGGNDSMPAHLHVRSYSPDWPHQPN
470 480 490 500 510 520
460 470 480 490 500 510
pF1KSD STVTVETMEPSQDEARTTDNNVGPTPVVDWETTNVTTSLTPQSTRSTEKTFTIPVTDINS
.: . . .:.. :: .: .: : : : .: ..:..
CCDS73 KTFAFISNQPGEGEANSTRATV-PFPF-DIKTLIIATTMGFISFLGVVLFCLVLLFLWSR
530 540 550 560 570
520 530 540 550 560 570
pF1KSD GIPGIDEVMKTTKIIIGCFVAITLMAAVMLVIFYKMRKQHHRQNHHAPTRTVEIINVDDE
CCDS73 GKGNTKHNIEIEYVPRKSDAGISSADAPRKFNMKMI
580 590 600 610
>>CCDS45313.1 LINGO1 gene_id:84894|Hs108|chr15 (620 aa)
initn: 783 init1: 346 opt: 529 Z-score: 377.0 bits: 79.9 E(32554): 1.1e-14
Smith-Waterman score: 694; 30.0% identity (55.2% similar) in 560 aa overlap (20-493:13-563)
10 20 30 40 50
pF1KSD MLNKMTLHPQQIMIGPRFNRALFDPLLVVLLALQLLVVAGLVR--AQTCPSVCSCSNQFS
:.. .:::. . :::..... : :: : :: :
CCDS45 MQVSKRMLAGGVRSMPSPLLACWQPILLLVLGSVLSGSATGCPPRCECSAQDR
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD KVICVRKNLREVPDGISTNTRLLNLHENQIQIIKVNSFKHLRHLEILQLSRNHIRTIEIG
:.: :: . ::.:: :.::::.: .:.:. .. . : . ::: :.:..: . ..: :
CCDS45 AVLCHRKRFVAVPEGIPTETRLLDLGKNRIKTLNQDEFASFPHLEELELNENIVSAVEPG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD AFNGLANLNTLELFDNRLTTIPNGAFVYLSKLKELWLRNNPIESIPSYAFNRIPSLRRLD
:::.: :: :: : .::: :: :.:. ::.: .: . .: : . .: :. . .:. :.
CCDS45 AFNNLFNLRTLGLRSNRLKLIPLGVFTGLSNLTKLDISENKIVILLDYMFQDLYNLKSLE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KSD LGELKRLSYISEGAFEGLSNLRYLNLAMCNLREIPN------------------------
.:. . : :::. :: ::..:. :.: ::: ::.
CCDS45 VGD-NDLVYISHRAFSGLNSLEQLTLEKCNLTSIPTEALSHLHGLIVLRLRHLNINAIRD
180 190 200 210 220 230
220
pF1KSD ----------------------LTP----------------------------LIKLDEL
.:: :. : :
CCDS45 YSFKRLYRLKVLEISHWPYLDTMTPNCLYGLNLTSLSITHCNLTAVPYLAVRHLVYLRFL
240 250 260 270 280 290
230 240 250 260 270 280
pF1KSD DLSGNHLSAIRPGSFQGLMHLQKLWMIQSQIQVIERNAFDNLQSLVEINLAHNNLTLLPH
.:: : .:.:. . .. :..::.. .. .:. :.: :: .:. : .:.. :.:: : .
CCDS45 NLSYNPISTIEGSMLHELLRLQEIQLVGGQLAVVEPYAFRGLNYLRVLNVSGNQLTTLEE
300 310 320 330 340 350
290 300 310 320 330 340
pF1KSD DLFTPLHHLERIHLHHNPWNCNCDILWL---SWWIKDMAPSNTACCARCNTPPNLKGRYI
..: . .:: . : :: :.: .::. : .. . : : :: ..:. .
CCDS45 SVFHSVGNLETLILDSNPLACDCRLLWVFRRRWRLNFNRQQPT-----CATPEFVQGKEF
360 370 380 390 400
350 360 370 380 390
pF1KSD GELDQ----NYFTCYAPVIVEPPAD-LNVTEGMAAELKCRASTSLT-SVSWITPNGTVMT
.. . ::::: : . :. . : :: .... :::. . .. :..: ...
CCDS45 KDFPDVLLPNYFTCRRARIRDRKAQQVFVDEGHTVQFVCRADGDPPPAILWLSPRKHLVS
410 420 430 440 450 460
400 410 420 430 440 450
pF1KSD HGAYKVRIAVLSDGTLNFTNVTVQDTGMYTCMVSNSVGNTTASATLNVTAATTT-PFSYF
. . :..:. ::::. . :::.: : :...:. :: . : :.: . . : .
CCDS45 -AKSNGRLTVFPDGTLEVRYAQVQDNGTYLCIAANAGGNDSMPAHLHVRSYSPDWPHQPN
470 480 490 500 510 520
460 470 480 490 500 510
pF1KSD STVTVETMEPSQDEARTTDNNVGPTPVVDWETTNVTTSLTPQSTRSTEKTFTIPVTDINS
.: . . .:.. :: .: .: : : : .: ..:..
CCDS45 KTFAFISNQPGEGEANSTRATV-PFPF-DIKTLIIATTMGFISFLGVVLFCLVLLFLWSR
530 540 550 560 570 580
520 530 540 550 560 570
pF1KSD GIPGIDEVMKTTKIIIGCFVAITLMAAVMLVIFYKMRKQHHRQNHHAPTRTVEIINVDDE
CCDS45 GKGNTKHNIEIEYVPRKSDAGISSADAPRKFNMKMI
590 600 610 620
>>CCDS30808.1 LRIG2 gene_id:9860|Hs108|chr1 (1065 aa)
initn: 650 init1: 162 opt: 476 Z-score: 338.3 bits: 73.6 E(32554): 1.6e-12
Smith-Waterman score: 524; 29.8% identity (57.5% similar) in 459 aa overlap (53-485:186-636)
30 40 50 60 70
pF1KSD FDPLLVVLLALQLLVVAGLVRAQTCPSVCSCSNQFSKVICV----RKNLREVPDGIST--
: ...:. . : :. . .: :
CCDS30 ISEIKTSSFPRMQLKYLNLSNNRITTLEAGCFDNLSSSLLVVKLNRNRMSMIPPKIFKLP
160 170 180 190 200 210
80 90 100 110 120 130
pF1KSD NTRLLNLHENQIQIIKVNSFKHLRHLEILQLSRNHIRTIEIGAFNGLANLNTLELFDNRL
. ..:.:..:.:.:.. .:. : :. :...:: : .. ::: :: :.. ::: : :
CCDS30 HLQFLELKRNRIKIVEGLTFQGLDSLRSLKMQRNGISKLKDGAFFGLNNMEELELEHNNL
220 230 240 250 260 270
140 150 160 170 180 190
pF1KSD TTIPNGAFVYLSKLKELWLRNNPIESIPSYAFNRIPSLRRLDLGELKRLSYISEGAFEGL
: . .: . : :..:.. .: :: : :.. : .:::. ..:. ..:.:: ::
CCDS30 TRVNKGWLYGLRMLQQLYVSQNAIERISPDAWEFCQRLSELDLS-YNQLTRLDESAFVGL
280 290 300 310 320 330
200 210 220 230 240 250
pF1KSD SNLRYLNLAMCNLREIPN--LTPLIKLDELDLSGNHLS-AIRPGS--FQGLMHLQKLWMI
: :. :::. . .: . . : .:. ::: .:..: ::. .: : :: : :: .
CCDS30 SLLERLNLGDNRVTHIADGVFRFLSNLQTLDLRNNEISWAIEDASEAFAGLTSLTKLILQ
340 350 360 370 380 390
260 270 280 290 300 310
pF1KSD QSQIQVIERNAFDNLQSLVEINLAHNNLTLLPHDLFTPLHHLERIHLHHNPWNCNCDILW
.::. : ..:: .:.:: ...: .: . . .. :. : :... :. . :.: . :
CCDS30 GNQIKSITKKAFIGLESLEHLDLNNNAIMSIQENAFSQTH-LKELILNTSSLLCDCHLKW
400 410 420 430 440 450
320 330 340 350 360
pF1KSD LSWWIKDMAPSNTACCARCNTPPNLKGRYIGELDQNYFTC---YAPVIVEPPADLNVTEG
: :. : .... . : : : :. : ..: . :.: : : : . . .:
CCDS30 LLQWLVDNNFQHSVNVS-CAHPEWLAGQSILNVDLKDFVCDDFLKPQIRTHPETIIALRG
460 470 480 490 500 510
370 380 390 400 410
pF1KSD MAAELKCRA-STSLTSVSWITPNGTVMTHGAYK---VRI------AVLSDGTLNFTNVTV
: . : : : :.: . .: . . . . . . :: :. . :.. ::.
CCDS30 MNVTLTCTAVSSSDSPMSTVWRKDSEILYDVDTENFVRYWQQAGEALEYTSILHLFNVNF
520 530 540 550 560 570
420 430 440 450 460 470
pF1KSD QDTGMYTCMVSNSVG-NTTASATLNVTAATTTPFSYFSTVTVETMEPSQDEARTTDNNVG
: : : :.:.: : : . .: :.:. : :...: :.. . :: :
CCDS30 TDEGKYQCIVTNHFGSNYSQKAKLTVNEM---P-SFLKTPMDLTIR-TGAMARLECAAEG
580 590 600 610 620
480 490 500 510 520 530
pF1KSD -PTPVVDWETTNVTTSLTPQSTRSTEKTFTIPVTDINSGIPGIDEVMKTTKIIIGCFVAI
:.: ..:.
CCDS30 HPAPQISWQKDGGTDFPAARERRMHVMPEDDVFFIANVKIEDMGIYSCMAQNTAGGLSAN
630 640 650 660 670 680
>>CCDS6524.1 LINGO2 gene_id:158038|Hs108|chr9 (606 aa)
initn: 792 init1: 304 opt: 460 Z-score: 330.9 bits: 71.4 E(32554): 4.1e-12
Smith-Waterman score: 651; 30.2% identity (55.2% similar) in 527 aa overlap (47-493:28-547)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD RFNRALFDPLLVVLLALQLLVVAGLVRAQTCPSVCSCSNQFSKVICVRKNLREVPDGIST
::. : :: : ..: : :. : .:.::
CCDS65 MLHTAISCWQPFLGLAVVLIFMGSTIGCPARCECSAQNKSVSCHRRRLIAIPEGIPI
10 20 30 40 50
80 90 100 110 120 130
pF1KSD NTRLLNLHENQIQIIKVNSFKHLRHLEILQLSRNHIRTIEIGAFNGLANLNTLELFDNRL
.:..:.: .:... .. . : :: ..:: : : ..: ::::.: :: .:.: :::
CCDS65 ETKILDLSKNRLKSVNPEEFISYPLLEEIDLSDNIIANVEPGAFNNLFNLRSLRLKGNRL
60 70 80 90 100 110
140 150 160 170 180 190
pF1KSD TTIPNGAFVYLSKLKELWLRNNPIESIPSYAFNRIPSLRRLDLGELKRLSYISEGAFEGL
.: :.:. ::.: .: . .: : . .: :. . .:. :..:. . : :::. :: ::
CCDS65 KLVPLGVFTGLSNLTKLDISENKIVILLDYMFQDLHNLKSLEVGD-NDLVYISHRAFSGL
120 130 140 150 160 170
200 210
pF1KSD SNLRYLNLAMCNLREIP-------------------------------------------
.:. :.: ::: .:
CCDS65 LSLEQLTLEKCNLTAVPTEALSHLRSLISLHLKHLNINNMPVYAFKRLFHLKHLEIDYWP
180 190 200 210 220 230
220 230 240
pF1KSD -------------NLT------------P------LIKLDELDLSGNHLSAIRPGSFQGL
::: : :. : .:.:: : .:.:. : :. :
CCDS65 LLDMMPANSLYGLNLTSLSVTNTNLSTVPFLAFKHLVYLTHLNLSYNPISTIEAGMFSDL
240 250 260 270 280 290
250 260 270 280 290 300
pF1KSD MHLQKLWMIQSQIQVIERNAFDNLQSLVEINLAHNNLTLLPHDLFTPLHHLERIHLHHNP
..::.: .. .:...:: ..:..:. : .:...: : : ...:. . :: . ...::
CCDS65 IRLQELHIVGAQLRTIEPHSFQGLRFLRVLNVSQNLLETLEENVFSSPRALEVLSINNNP
300 310 320 330 340 350
310 320 330 340 350
pF1KSD WNCNCDILWLSWWIKDMAPSNTACCARCNTPPNLKGRYIGELDQN----YFTCYAPVIVE
:.: .::. . .. : : ... : . .. .. :::: : : :
CCDS65 LACDCRLLWILQRQPTLQFGGQQ--PMCAGPDTIRERSFKDFHSTALSFYFTCKKPKIRE
360 370 380 390 400 410
360 370 380 390 400 410
pF1KSD PPAD-LNVTEGMAAELKCRASTSLTSV-SWITPNGTVMTHGAYKVRIAVLSDGTLNFTNV
. : : ::....:.: :. . : ::.:: .: . : .::.::::.. .
CCDS65 KKLQHLLVDEGQTVQLECSADGDPQPVISWVTPRRRFITTKSNG-RATVLGDGTLEIRFA
420 430 440 450 460 470
420 430 440 450 460 470
pF1KSD TVQDTGMYTCMVSNSVGNTTASATLNVTAATTTPFSYFSTVTVETMEPSQDEARTTDNNV
::.:::.:..::..:: : .:.:.: . .. : : .. : : :.: . :
CCDS65 QDQDSGMYVCIASNAAGNDTFTASLTVKGFASDRFLY-ANRTPMYMTDSNDTISNGTN--
480 490 500 510 520 530
480 490 500 510 520 530
pF1KSD GPTPVVDWETTNVTTSLTPQSTRSTEKTFTIPVTDINSGIPGIDEVMKTTKIIIGCFVAI
. : .: .: :.:..
CCDS65 ANTFSLDLKTILVSTAMGCFTFLGVVLFCFLLLFVWSRGKGKHKNSIDLEYVPRKNNGAV
540 550 560 570 580 590
>>CCDS11568.1 CHAD gene_id:1101|Hs108|chr17 (359 aa)
initn: 570 init1: 176 opt: 454 Z-score: 329.9 bits: 70.4 E(32554): 4.7e-12
Smith-Waterman score: 538; 32.0% identity (62.0% similar) in 353 aa overlap (30-354:5-349)
10 20 30 40 50
pF1KSD MLNKMTLHPQQIMIGPRFNRALFDPLLVVLLALQLLVVAGLVRA-QTCPSVCSCSNQFSK
.: :.: ..:::. : .::. : : .....
CCDS11 MVRPMLLLSLGLLAGLLPALAACPQNCHCHSDLQH
10 20 30
60 70 80 90 100
pF1KSD VICVRKNLREVPDGISTNTRLLNLHENQIQIIKVNSFK--------HLRHLEI-------
::: . .:...: .: .:.::::..:.. .. .:::. ::.: .:
CCDS11 VICDKVGLQKIPK-VSEKTKLLNLQRNNFPVLAANSFRAMPNLVSLHLQHCQIREVAAGA
40 50 60 70 80 90
110 120 130 140 150
pF1KSD ---------LQLSRNHIRTIEIGAFNGLANLNTLELFDNRLTTIPNGAFVYLSKLKELWL
: ::.: ::... :::. :..:. : : :..: .: : . : .: : :
CCDS11 FRGLKQLIYLYLSHNDIRVLRAGAFDDLTELTYLYLDHNKVTELPRGLLSPLVNLFILQL
100 110 120 130 140 150
160 170 180 190 200 210
pF1KSD RNNPIESIPSYAFNRIPSLRRLDLGELKRLSYISEGAFEGLSNLRYLNLAMCNLREIPN-
:: :. . . ::. .:: : :.: . :: .. ::.. . :: ... .: :.
CCDS11 NNNKIRELRAGAFQGAKDLRWLYLSE-NALSSLQPGALDDVENLAKFHVDRNQLSSYPSA
160 170 180 190 200 210
220 230 240 250 260 270
pF1KSD -LTPLIKLDELDLSGNHLSAIRPGSFQGL-MHLQKLWMIQSQIQVIERNAFDNLQSLVEI
:. : ..:: :: : :..: ..::.. .:. ::. ..... . .:: .. .: ..
CCDS11 ALSKLRVVEELKLSHNPLKSIPDNAFQSFGRYLETLWLDNTNLEKFSDGAFLGVTTLKHV
220 230 240 250 260 270
280 290 300 310 320 330
pF1KSD NLAHNNLTLLPHDLFTPLHHLERIHLHHNPWNCNCDILWLSWWIKDMAPSNTACCARCNT
.: .: :. :: .. :. :: . : .:::.:.:.. : :.. : : :: .
CCDS11 HLENNRLNQLPSNF--PFDSLETLALTNNPWKCTCQLRGLRRWLEAKASRPDATCA---S
280 290 300 310 320
340 350 360 370 380 390
pF1KSD PPNLKGRYIGELDQNYFTCYAPVIVEPPADLNVTEGMAAELKCRASTSLTSVSWITPNGT
: ..::..: . : . .: :
CCDS11 PAKFKGQHIRDTDA-FRSCKFPTKRSKKAGRH
330 340 350
>>CCDS33783.1 LRIG1 gene_id:26018|Hs108|chr3 (1093 aa)
initn: 539 init1: 140 opt: 462 Z-score: 328.8 bits: 71.8 E(32554): 5.4e-12
Smith-Waterman score: 520; 28.6% identity (58.8% similar) in 430 aa overlap (81-485:216-633)
60 70 80 90 100 110
pF1KSD CSCSNQFSKVICVRKNLREVPDGISTNTRLLNLHENQIQIIKVNSFKHLRHLEILQLSRN
:.:..:.:..:. .:. : ::.:.:.::
CCDS33 LSRSLLTLRLSKNRITQLPVRAFKLPRLTQLDLNRNRIRLIEGLTFQGLNSLEVLKLQRN
190 200 210 220 230 240
120 130 140 150 160 170
pF1KSD HIRTIEIGAFNGLANLNTLELFDNRLTTIPNGAFVYLSKLKELWLRNNPIESIPSYAFNR
.: . ::: ::.....:.: : :. . .:.. :. :..: : :: : : ...
CCDS33 NISKLTDGAFWGLSKMHVLHLEYNSLVEVNSGSLYGLTALHQLHLSNNSIARIHRKGWSF
250 260 270 280 290 300
180 190 200 210 220
pF1KSD IPSLRRLDLGELKRLSYISEGAFEGLSNLRYLNLAMCNLREIPN--LTPLIKLDELDLSG
.:..: :. .. :. ..: .. ::.: : :. .. .: . . : .: :::.
CCDS33 CQKLHELVLS-FNNLTRLDEESLAELSSLSVLRLSHNSISHIAEGAFKGLRSLRVLDLDH
310 320 330 340 350 360
230 240 250 260 270 280
pF1KSD NHLSAI---RPGSFQGLMHLQKLWMIQSQIQVIERNAFDNLQSLVEINLAHNNLTLLPHD
:..:. :.:.:: :.:: .. ..:. . . ::..:..: ..::. : . . :
CCDS33 NEISGTIEDTSGAFSGLDSLSKLTLFGNKIKSVAKRAFSGLEGLEHLNLGGNAIRSVQFD
370 380 390 400 410 420
290 300 310 320 330 340
pF1KSD LFTPLHHLERIHLHHNPWNCNCDILWLSWWI--KDMAPSNTACCARCNTPPNLKGRYIGE
:. ...:...:. . . :.:.. :: :. . . :: ::. : .:::. :
CCDS33 AFVKMKNLKELHISSDSFLCDCQLKWLPPWLIGRMLQAFVTATCAH---PESLKGQSIFS
430 440 450 460 470 480
350 360 370 380 390
pF1KSD LDQNYFTC---YAPVIVEPPADLNVTEGMAAELKCRASTSLTS---VSWITPNGTVMTHG
. . :.: : :. : . : .. : :..: .: .: : :.:..
CCDS33 VPPESFVCDDFLKPQIITQPETTMAMVGKDIRFTCSAASSSSSPMTFAWKKDN-EVLTNA
490 500 510 520 530 540
400 410 420 430 440
pF1KSD AYKVRIAVLS-DGT-------LNFTNVTVQDTGMYTCMVSNSVGNT---TASATLNVTAA
.. . : . :: :.. .:: : : :...: :.: : :.:: .
CCDS33 DMENFVHVHAQDGEVMEYTTILHLRQVTFGHEGRYQCVITNHFGSTYSHKARLTVNVLPS
550 560 570 580 590 600
450 460 470 480 490 500
pF1KSD -TTTPFSYFSTVTVETMEPSQDEARTTDNNVGPTPVVDWETTNVTTSLTPQSTRSTEKTF
: :: . .:..: .. : .: . :.: . :.
CCDS33 FTKTPHD----ITIRTTTMARLECAATGH---PNPQIAWQKDGGTDFPAARERRMHVMPD
610 620 630 640 650
510 520 530 540 550 560
pF1KSD TIPVTDINSGIPGIDEVMKTTKIIIGCFVAITLMAAVMLVIFYKMRKQHHRQNHHAPTRT
CCDS33 DDVFFITDVKIDDAGVYSCTAQNSAGSISANATLTVLETPSLVVPLEDRVVSVGETVALQ
660 670 680 690 700 710
>>CCDS45905.1 LINGO3 gene_id:645191|Hs108|chr19 (592 aa)
initn: 984 init1: 324 opt: 453 Z-score: 326.3 bits: 70.5 E(32554): 7.4e-12
Smith-Waterman score: 618; 31.1% identity (54.9% similar) in 505 aa overlap (30-450:7-507)
10 20 30 40 50
pF1KSD MLNKMTLHPQQIMIGPRFNRALFDPLLVVLLALQLLVV-AGLVRAQTCPSVCSCSNQFSK
.:.: ::.. :. : ::. : :. :
CCDS45 MTCWLCVLSLPLLLLPAAPPPAGGCPARCECTVQTRA
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KSD VICVRKNLREVPDGISTNTRLLNLHENQIQIIKVNSFKHLRHLEILQLSRNHIRTIEIGA
: :.:. : ::::: ..::::.: .:.:. .. ... : :: :.::.: : .: ::
CCDS45 VACTRRRLTAVPDGIPAETRLLELSRNRIRCLNPGDLAALPALEELDLSENAIAHVEPGA
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KSD FNGLANLNTLELFDNRLTTIPNGAFVYLSKLKELWLRNNPIESIPSYAFNRIPSLRRLDL
: .: : .:.: :.: :: :.:. :..: : : .: . . .:.:. . :::::..
CCDS45 FANLPRLRVLRLRGNQLKLIPPGVFTRLDNLTLLDLSENKLVILLDYTFQDLHSLRRLEV
100 110 120 130 140 150
180 190 200
pF1KSD GELKRLSYISEGAFEGLSNLRYLNLAMCNL------------------------------
:. . : ..:. :: :: :. :.: :::
CCDS45 GD-NDLVFVSRRAFAGLLALEELTLERCNLTALSGESLGHLRSLGALRLRHLAIASLEDQ
160 170 180 190 200 210
210 220
pF1KSD --REIPNLT-------PLIK-----------------------------------LDELD
:..:.: ::.. : :.
CCDS45 NFRRLPGLLHLEIDNWPLLEEVAAGSLRGLNLTSLSVTHTNITAVPAAALRHQAHLTCLN
220 230 240 250 260 270
230 240 250 260 270 280
pF1KSD LSGNHLSAIRPGSFQGLMHLQKLWMIQSQIQVIERNAFDNLQSLVEINLAHNNLTLLPHD
:: : .:.. :::. :..:..: . . . :.: .:: .:... .::..: :. : ..
CCDS45 LSHNPISTVPRGSFRDLVRLRELHLAGALLAVVEPQAFLGLRQIRLLNLSNNLLSTLEES
280 290 300 310 320 330
290 300 310 320 330 340
pF1KSD LFTPLHHLERIHLHHNPWNCNCDILWLSWWIKDMAPSNTACCARCNTPPNLKGRYIGELD
: .. :: ... :: :.: .::. : . .. : :: ...: . .:
CCDS45 TFHSVNTLETLRVDGNPLACDCRLLWIVQRRKTLNFDGR--LPACATPAEVRGDALRNLP
340 350 360 370 380 390
350 360 370 380 390
pF1KSD QN----YFTCYAPVIVEPPAD-LNVTEGMAAELKCRA-STSLTSVSWITPNGTVMTHGAY
.. ::.: : : : . ...: : ... ::: . .:.:.::. .: ..
CCDS45 DSVLFEYFVCRKPKIRERRLQRVTATAGEDVRFLCRAEGEPAPTVAWVTPQHRPVT-ATS
400 410 420 430 440 450
400 410 420 430 440 450
pF1KSD KVRIAVLSDGTLNFTNVTVQDTGMYTCMVSNSVGNTTASATLNVT---AATTTPFSYFST
: :: :::.. .. ::.: :::..::. :: : :::.: ::. ::
CCDS45 AGRARVLPGGTLEIQDARPQDSGTYTCVASNAGGNDTYFATLTVRPEPAANRTPGEAHNE
460 470 480 490 500 510
460 470 480 490 500 510
pF1KSD VTVETMEPSQDEARTTDNNVGPTPVVDWETTNVTTSLTPQSTRSTEKTFTIPVTDINSGI
CCDS45 TLAALRAPLDLTTILVSTAMGCITFLGVVLFCFVLLFVWSRGRGQHKNNFSVEYSFRKVD
520 530 540 550 560 570
640 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 06:42:09 2016 done: Thu Nov 3 06:42:09 2016
Total Scan time: 3.370 Total Display time: 0.150
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]