Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1498
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1498, 3043 aa
1>>>pF1KSDA1498 3043 - 3043 aa - 3043 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 17.1338+/-0.000553; mu= -26.5612+/- 0.035
mean_var=863.3562+/-175.695, 0's: 0 Z-trim(123.7): 260 B-trim: 0 in 0/62
Lambda= 0.043649
statistics sampled from 43789 (44105) to 43789 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.751), E-opt: 0.2 (0.517), width: 16
Scan time: 28.150
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_056224 (OMIM: 606265) E1A-binding protein p400 (3123) 9982 646.6 1.9e-183
NP_006653 (OMIM: 136140,611421) helicase SRCAP [Ho (3230) 1582 117.6 3.4e-24
XP_016885240 (OMIM: 300012) PREDICTED: probable gl (1036) 676 60.1 2.1e-07
XP_016885239 (OMIM: 300012) PREDICTED: probable gl (1042) 676 60.1 2.2e-07
XP_006724845 (OMIM: 300012) PREDICTED: probable gl (1042) 676 60.1 2.2e-07
XP_005262519 (OMIM: 300012) PREDICTED: probable gl (1048) 676 60.1 2.2e-07
XP_005262518 (OMIM: 300012) PREDICTED: probable gl (1054) 676 60.1 2.2e-07
NP_003060 (OMIM: 300012) probable global transcrip (1054) 676 60.1 2.2e-07
NP_001269804 (OMIM: 300012) probable global transc (1058) 676 60.1 2.2e-07
NP_001269803 (OMIM: 300012) probable global transc (1070) 676 60.1 2.2e-07
NP_003592 (OMIM: 603375) SWI/SNF-related matrix-as (1052) 666 59.5 3.4e-07
NP_001122320 (OMIM: 603254,613325,614609) transcri (1613) 603 55.7 7.2e-06
XP_016882657 (OMIM: 603254,613325,614609) PREDICTE (1613) 603 55.7 7.2e-06
NP_001122319 (OMIM: 603254,613325,614609) transcri (1614) 603 55.7 7.2e-06
XP_016882656 (OMIM: 603254,613325,614609) PREDICTE (1614) 603 55.7 7.2e-06
NP_001122318 (OMIM: 603254,613325,614609) transcri (1616) 603 55.7 7.2e-06
XP_016882655 (OMIM: 603254,613325,614609) PREDICTE (1616) 603 55.7 7.2e-06
XP_016882654 (OMIM: 603254,613325,614609) PREDICTE (1617) 603 55.7 7.2e-06
NP_001122317 (OMIM: 603254,613325,614609) transcri (1617) 603 55.7 7.2e-06
XP_016882653 (OMIM: 603254,613325,614609) PREDICTE (1645) 603 55.7 7.3e-06
XP_016882652 (OMIM: 603254,613325,614609) PREDICTE (1646) 603 55.7 7.3e-06
XP_016882651 (OMIM: 603254,613325,614609) PREDICTE (1646) 603 55.7 7.3e-06
NP_001122316 (OMIM: 603254,613325,614609) transcri (1647) 603 55.7 7.3e-06
NP_003063 (OMIM: 603254,613325,614609) transcripti (1647) 603 55.7 7.3e-06
XP_016882650 (OMIM: 603254,613325,614609) PREDICTE (1650) 603 55.7 7.3e-06
XP_016882649 (OMIM: 603254,613325,614609) PREDICTE (1678) 603 55.7 7.4e-06
XP_011526500 (OMIM: 603254,613325,614609) PREDICTE (1679) 603 55.7 7.4e-06
XP_006722909 (OMIM: 603254,613325,614609) PREDICTE (1679) 603 55.7 7.4e-06
NP_001122321 (OMIM: 603254,613325,614609) transcri (1679) 603 55.7 7.4e-06
XP_006722908 (OMIM: 603254,613325,614609) PREDICTE (1679) 603 55.7 7.4e-06
NP_001262 (OMIM: 602119,615369) chromodomain-helic (1828) 572 53.8 3.1e-05
XP_011519987 (OMIM: 610169) PREDICTED: DNA helicas (1209) 546 52.0 7e-05
XP_011541414 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomai (1552) 534 51.3 0.00014
NP_001261 (OMIM: 602118) chromodomain-helicase-DNA (1710) 534 51.4 0.00015
XP_005271924 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomai (1710) 534 51.4 0.00015
XP_005271923 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomai (1798) 534 51.4 0.00016
NP_004275 (OMIM: 613039) chromodomain-helicase-DNA ( 897) 489 48.3 0.00067
XP_011519988 (OMIM: 610169) PREDICTED: DNA helicas ( 906) 428 44.5 0.0097
>>NP_056224 (OMIM: 606265) E1A-binding protein p400 [Hom (3123 aa)
initn: 12545 init1: 9954 opt: 9982 Z-score: 3414.5 bits: 646.6 E(85289): 1.9e-183
Smith-Waterman score: 19695; 97.3% identity (97.3% similar) in 3076 aa overlap (1-2995:1-3075)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MHHGTGPQNVQHQLQRSRACPGSEGEEQPAHPNPPPSPAAPFAPSASPSAPQSPSYQIQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 MHHGTGPQNVQHQLQRSRACPGSEGEEQPAHPNPPPSPAAPFAPSASPSAPQSPSYQIQQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LMNRSPATGQNVNITLQSVGPVVGGNQQITLAPLPLPSPTSPGFQFSAQPRRFEHGSPSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LMNRSPATGQNVNITLQSVGPVVGGNQQITLAPLPLPSPTSPGFQFSAQPRRFEHGSPSY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD IQVTSPLSQQVQTQSPTQPSPGPGQALQNVRAGAPGPGLGLCSSSPTGGFVDASVLVRQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 IQVTSPLSQQVQTQSPTQPSPGPGQALQNVRAGAPGPGLGLCSSSPTGGFVDASVLVRQI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SLSPSSGGHFVFQDGSGLTQIAQGAQVQLQHPGTPITVRERRPSQPHTQSGGTIHHLGPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 SLSPSSGGHFVFQDGSGLTQIAQGAQVQLQHPGTPITVRERRPSQPHTQSGGTIHHLGPQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SPAAAGGAGLQPLASPSHITTANLPPQISSIIQGQLVQQQQVLQGPPLPRPLGFERTPGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 SPAAAGGAGLQPLASPSHITTANLPPQISSIIQGQLVQQQQVLQGPPLPRPLGFERTPGV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LLPGAGGAAGFGMTSPPPPTSPSRTAVPPGLSSLPLTSVGNTGMKKVPKKLEEIPPASPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LLPGAGGAAGFGMTSPPPPTSPSRTAVPPGLSSLPLTSVGNTGMKKVPKKLEEIPPASPE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD MAQMRKQCLDYHYQEMQALKEVFKEYLIELFFLQHFQGNMMDFLAFKKKHYAPLQAYLRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 MAQMRKQCLDYHYQEMQALKEVFKEYLIELFFLQHFQGNMMDFLAFKKKHYAPLQAYLRQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD NDLDIEEEEEEEEEEEEKSEVINDEQQALAGSLVAGAGSTVETDLFKRQQAMPSTGMAEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 NDLDIEEEEEEEEEEEEKSEVINDEQQALAGSLVAGAGSTVETDLFKRQQAMPSTGMAEQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SKRPRLEVGHQGVVFQHPGADAGVPLQQLMPTAQGGMPPTPQAAQLAGQRQSQQQYDPST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 SKRPRLEVGHQGVVFQHPGADAGVPLQQLMPTAQGGMPPTPQAAQLAGQRQSQQQYDPST
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD GPPVQNAASLHTPLPQLPGRLPPAGVPTAALSSALQFAQQPQVVEAQTQLQIPVKTQQPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 GPPVQNAASLHTPLPQLPGRLPPAGVPTAALSSALQFAQQPQVVEAQTQLQIPVKTQQPN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD VPIPAPPSSQLPIPPSQPAQLALHVPTPGKVQVQASQLSSLPQMVASTRLPVDPAPPCPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 VPIPAPPSSQLPIPPSQPAQLALHVPTPGKVQVQASQLSSLPQMVASTRLPVDPAPPCPR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD PLPTSSTSSLAPVSGSGPGPSPARSSPVNRPSSATNKALSPVTSRTPGVVASAPTKPQSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 PLPTSSTSSLAPVSGSGPGPSPARSSPVNRPSSATNKALSPVTSRTPGVVASAPTKPQSP
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD AQNATSSQDSSQDTLTEQITLENQVHQRIAELRKAGLWSQRRLPKLQEAPRPKSHWDYLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 AQNATSSQDSSQDTLTEQITLENQVHQRIAELRKAGLWSQRRLPKLQEAPRPKSHWDYLL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD EEMQWMATDFAQERRWKVAAAKKLVRTVVRHHEEKQLREERGKKEEQSRLRRIAASTARE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 EEMQWMATDFAQERRWKVAAAKKLVRTVVRHHEEKQLREERGKKEEQSRLRRIAASTARE
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD IECFWSNIEQVVEIKLRVELEEKRKKALNLQKVSRRGKELRPKGFDALQESSLDSGMSGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 IECFWSNIEQVVEIKLRVELEEKRKKALNLQKVSRRGKELRPKGFDALQESSLDSGMSGR
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD KRKASISLTDDEVDDEEETIEEEEANEGVVDHQTELSNLAKEAELPLLDLMKLYEGAFLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 KRKASISLTDDEVDDEEETIEEEEANEGVVDHQTELSNLAKEAELPLLDLMKLYEGAFLP
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD SSQWPRPKPDGEDTSGEEDADDCPGDRESRKDLVLIDSLFIMDQFKAAERMNIGKPNAKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 SSQWPRPKPDGEDTSGEEDADDCPGDRESRKDLVLIDSLFIMDQFKAAERMNIGKPNAKD
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD IADVTAVAEAILPKGSARVTTSVKFNAPSLLYGALRDYQKIGLDWLAKLYRKNLNGILAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 IADVTAVAEAILPKGSARVTTSVKFNAPSLLYGALRDYQKIGLDWLAKLYRKNLNGILAD
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD EAGLGKTVQIIAFFAHLACNEGNWGPHLVVVRSCNILKWELELKRWCPGLKILSYIGSHR
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NP_056 EAGLGKTVQIIAFFAHLACNEGNWGPHLVVVRSCNILKWELELKRWCPGLKILSYIGSHR
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD ELKAKRQEWAEPNSFHVCITSYTQFFRGLTAFTRVRWKCLVIDEMQRVKGMTERHWEAVF
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NP_056 ELKAKRQEWAEPNSFHVCITSYTQFFRGLTAFTRVRWKCLVIDEMQRVKGMTERHWEAVF
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD TLQSQQRLLLIDSPLHNTFLELWTMVHFLVPGISRPYLSSPLRAPSEESQDYYHKVVIRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 TLQSQQRLLLIDSPLHNTFLELWTMVHFLVPGISRPYLSSPLRAPSEESQDYYHKVVIRL
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD HRVTQPFILRRTKRDVEKQLTKKYEHVLKCRLSNRQKALYEDVILQPGTQEALKSGHFVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 HRVTQPFILRRTKRDVEKQLTKKYEHVLKCRLSNRQKALYEDVILQPGTQEALKSGHFVN
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD VLSILVRLQRICNHPGLVEPRHPGSSYVAGPLEYPSASLILKALERDFWKEADLSMFDLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 VLSILVRLQRICNHPGLVEPRHPGSSYVAGPLEYPSASLILKALERDFWKEADLSMFDLI
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD GLENKITRHEAELLSKKKIPRKLMEEISTSAAPAARPAAAKLKASRLFQPVQYGQKPEGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 GLENKITRHEAELLSKKKIPRKLMEEISTSAAPAARPAAAKLKASRLFQPVQYGQKPEGR
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480
pF1KSD TVAFPSTHPPRTAAPTTASAAPQGPLRGRPPIATFSANPEAKG-----------------
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.
NP_056 TVAFPSTHPPRTAAPTTASAAPQGPLRGRPPIATFSANPEAKAAAAPFQTSQASASAPRH
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KSD ------------------------------------------------------------
NP_056 QPASASSTAASPAHPAKLRAQTTAQASTPGQPPPQPQAPSHAAGQSALPQRLVLPSQAQA
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1490 1500 1510 1520 1530
pF1KSD ----GEVVKIAQLASITGPQSRVAQPETPVTLQFQGSKFTLSHSQLRQLTAGQPLQLQGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 RLPSGEVVKIAQLASITGPQSRVAQPETPVTLQFQGSKFTLSHSQLRQLTAGQPLQLQGS
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1540 1550 1560 1570 1580 1590
pF1KSD VLQIVSAPGQPYLRAPGPVVMQTVSQAGAVHGALGSKPPAGGPSPAPLTPQVGVPGRVAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 VLQIVSAPGQPYLRAPGPVVMQTVSQAGAVHGALGSKPPAGGPSPAPLTPQVGVPGRVAV
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1600 1610 1620 1630 1640 1650
pF1KSD NALAVGEPGTASKPASPIGGPTQEEKTRLLKERLDQIYLVNERRCSQAPVYGRDLLRICA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 NALAVGEPGTASKPASPIGGPTQEEKTRLLKERLDQIYLVNERRCSQAPVYGRDLLRICA
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1660 1670 1680 1690 1700 1710
pF1KSD LPSHGRVQWRGSLDGRRGKEAGPAHSYTSSSESPSELMLTLCRCGESLQDVIDRVAFVIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LPSHGRVQWRGSLDGRRGKEAGPAHSYTSSSESPSELMLTLCRCGESLQDVIDRVAFVIP
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1720 1730 1740 1750 1760 1770
pF1KSD PVVAAPPSLRVPRPPPLYSHRMRILRQGLREHAAPYFQQLRQTTAPRLLQFPELRLVQFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 PVVAAPPSLRVPRPPPLYSHRMRILRQGLREHAAPYFQQLRQTTAPRLLQFPELRLVQFD
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1780 1790 1800 1810 1820 1830
pF1KSD SGKLEALAILLQKLKSEGRRVLILSQMILMLDILEMFLNFHYLTYVRIDENASSEQRQEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 SGKLEALAILLQKLKSEGRRVLILSQMILMLDILEMFLNFHYLTYVRIDENASSEQRQEL
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1840 1850 1860 1870 1880 1890
pF1KSD MRSFNRDRRIFCAILSTHSRTTGINLVEADTVVFYDNDLNPVMDAKAQEWCDRIGRCKDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 MRSFNRDRRIFCAILSTHSRTTGINLVEADTVVFYDNDLNPVMDAKAQEWCDRIGRCKDI
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1900 1910 1920 1930 1940 1950
pF1KSD HIYRLVSGNSIEEKLLKNGTKDLIREVAAQGNDYSMAFLTQRTIQELFEVYSPMDDAGFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 HIYRLVSGNSIEEKLLKNGTKDLIREVAAQGNDYSMAFLTQRTIQELFEVYSPMDDAGFP
1990 2000 2010 2020 2030 2040
1960 1970 1980 1990 2000 2010
pF1KSD VKAEEFVVLSQEPSVTETIAPKIARPFIEALKSIEYLEEDAQKSAQEGVLGPHTDALSSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 VKAEEFVVLSQEPSVTETIAPKIARPFIEALKSIEYLEEDAQKSAQEGVLGPHTDALSSD
2050 2060 2070 2080 2090 2100
2020 2030 2040 2050 2060 2070
pF1KSD SENMPCDEEPSQLEELADFMEQLTPIEKYALNYLELFHTSIEQEKERNSEDAVMTAVRAW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 SENMPCDEEPSQLEELADFMEQLTPIEKYALNYLELFHTSIEQEKERNSEDAVMTAVRAW
2110 2120 2130 2140 2150 2160
2080 2090 2100 2110 2120 2130
pF1KSD EFWNLKTLQEREARLRLEQEEAELLTYTREDAYSMEYVYEDVDGQTEVMPLWTPPTPPQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 EFWNLKTLQEREARLRLEQEEAELLTYTREDAYSMEYVYEDVDGQTEVMPLWTPPTPPQD
2170 2180 2190 2200 2210 2220
2140 2150 2160 2170 2180 2190
pF1KSD DSDIYLDSVMCLMYEATPIPEAKLPPVYVRKERKRHKTDPSAAGRKKKQRHGEAVVPPRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 DSDIYLDSVMCLMYEATPIPEAKLPPVYVRKERKRHKTDPSAAGRKKKQRHGEAVVPPRS
2230 2240 2250 2260 2270 2280
2200 2210 2220 2230 2240 2250
pF1KSD LFDRATPGLLKIRREGKEQKKNILLKQQVPFAKPLPTFAKPTAEPGQDNPEWLISEDWAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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. . .:::.:.: . .. :.. :::::::....:.::. .: .... :... :..:
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. : : :.. ..: :.:. . :. . :: .: :: :..
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: .. .:: .:::: : . : : . .: . : :
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.: .:.:: : .: : :. ::.: .. . .:. . .: . ..:...:.
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: ::.::: : ::::.. .::: . :. ... : . : . :.. . :::.
NP_006 RFIFVMPPVEAPPPSLHACHPPPWLAPRQAAFQEQLASELWPRARPLHRIVCNMRTQFPD
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:::.:.: :::..::.::..::.::.::::..:: :::.::.::..: :.:.: ..
NP_006 LRLIQYDCGKLQTLAVLLRQLKAEGHRVLIFTQMTRMLDVLEQFLTYHGHLYLRLDGSTR
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pF1KSD SEQRQELMRSFNRDRRIFCAILSTHSRTTGINLVEADTVVFYDNDLNPVMDAKAQEWCDR
:::: ::. :: :.:::: ::::.: .:.::. ::::::::.: ::.:::.::. : :
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pF1KSD IGRCKDIHIYRLVSGNSIEEKLLKNGT-KDLIREVAAQGNDYSMAFLTQRTIQELFEVYS
::. .:.:::::.: ..::..::... : .. ..: .:.... :.. :.::.:::..
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: ......: ::: :. : :.: ..:::::::.::...::
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NP_006 HRRSKKAKAPERPGTRVSERLRGARAETQGANHTPVISAHQTRSTTTP-P--RCSPARER
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