Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1436
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1436, 879 aa
1>>>pF1KSDA1436 879 - 879 aa - 879 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7866+/-0.00104; mu= 18.8996+/- 0.063
mean_var=88.2647+/-17.714, 0's: 0 Z-trim(104.4): 50 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.136515
statistics sampled from 7847 (7882) to 7847 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.602), E-opt: 0.2 (0.242), width: 16
Scan time: 4.300
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS890.1 PTGFRN gene_id:5738|Hs108|chr1 ( 879) 5903 1173.6 0
CCDS30813.1 IGSF3 gene_id:3321|Hs108|chr1 (1194) 776 163.9 1.5e-39
CCDS891.1 CD101 gene_id:9398|Hs108|chr1 (1021) 717 152.2 4.3e-36
CCDS30814.1 IGSF3 gene_id:3321|Hs108|chr1 (1214) 652 139.5 3.5e-32
CCDS1195.1 IGSF8 gene_id:93185|Hs108|chr1 ( 613) 503 109.9 1.4e-23
>>CCDS890.1 PTGFRN gene_id:5738|Hs108|chr1 (879 aa)
initn: 5903 init1: 5903 opt: 5903 Z-score: 6282.4 bits: 1173.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5903; 100.0% identity (100.0% similar) in 879 aa overlap (1-879:1-879)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGRLASRPLLLALLSLALCRGRVVRVPTATLVRVVGTELVIPCNVSDYDGPSEQNFDWSF
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CCDS89 MGRLASRPLLLALLSLALCRGRVVRVPTATLVRVVGTELVIPCNVSDYDGPSEQNFDWSF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SSLGSSFVELASTWEVGFPAQLYQERLQRGEILLRRTANDAVELHIKNVQPSDQGHYKCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 SSLGSSFVELASTWEVGFPAQLYQERLQRGEILLRRTANDAVELHIKNVQPSDQGHYKCS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TPSTDATVQGNYEDTVQVKVLADSLHVGPSARPPPSLSLREGEPFELRCTAASASPLHTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 TPSTDATVQGNYEDTVQVKVLADSLHVGPSARPPPSLSLREGEPFELRCTAASASPLHTH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LALLWEVHRGPARRSVLALTHEGRFHPGLGYEQRYHSGDVRLDTVGSDAYRLSVSRALSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 LALLWEVHRGPARRSVLALTHEGRFHPGLGYEQRYHSGDVRLDTVGSDAYRLSVSRALSA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DQGSYRCIVSEWIAEQGNWQEIQEKAVEVATVVIQPSVLRAAVPKNVSVAEGKELDLTCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 DQGSYRCIVSEWIAEQGNWQEIQEKAVEVATVVIQPSVLRAAVPKNVSVAEGKELDLTCN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ITTDRADDVRPEVTWSFSRMPDSTLPGSRVLARLDRDSLVHSSPHVALSHVDARSYHLLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 ITTDRADDVRPEVTWSFSRMPDSTLPGSRVLARLDRDSLVHSSPHVALSHVDARSYHLLV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD RDVSKENSGYYYCHVSLWAPGHNRSWHKVAEAVSSPAGVGVTWLEPDYQVYLNASKVPGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 RDVSKENSGYYYCHVSLWAPGHNRSWHKVAEAVSSPAGVGVTWLEPDYQVYLNASKVPGF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ADDPTELACRVVDTKSGEANVRFTVSWYYRMNRRSDNVVTSELLAVMDGDWTLKYGERSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 ADDPTELACRVVDTKSGEANVRFTVSWYYRMNRRSDNVVTSELLAVMDGDWTLKYGERSK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD QRAQDGDFIFSKEHTDTFNFRIQRTTEEDRGNYYCVVSAWTKQRNNSWVKSKDVFSKPVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 QRAQDGDFIFSKEHTDTFNFRIQRTTEEDRGNYYCVVSAWTKQRNNSWVKSKDVFSKPVN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD IFWALEDSVLVVKARQPKPFFAAGNTFEMTCKVSSKNIKSPRYSVLIMAEKPVGDLSSPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 IFWALEDSVLVVKARQPKPFFAAGNTFEMTCKVSSKNIKSPRYSVLIMAEKPVGDLSSPN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD ETKYIISLDQDSVVKLENWTDASRVDGVVLEKVQEDEFRYRMYQTQVSDAGLYRCMVTAW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 ETKYIISLDQDSVVKLENWTDASRVDGVVLEKVQEDEFRYRMYQTQVSDAGLYRCMVTAW
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD SPVRGSLWREAATSLSNPIEIDFQTSGPIFNASVHSDTPSVIRGDLIKLFCIITVEGAAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 SPVRGSLWREAATSLSNPIEIDFQTSGPIFNASVHSDTPSVIRGDLIKLFCIITVEGAAL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD DPDDMAFDVSWFAVHSFGLDKAPVLLSSLDRKGIVTTSRRDWKSDLSLERVSVLEFLLQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 DPDDMAFDVSWFAVHSFGLDKAPVLLSSLDRKGIVTTSRRDWKSDLSLERVSVLEFLLQV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD HGSEDQDFGNYYCSVTPWVKSPTGSWQKEAEIHSKPVFITVKMDVLNAFKYPLLIGVGLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 HGSEDQDFGNYYCSVTPWVKSPTGSWQKEAEIHSKPVFITVKMDVLNAFKYPLLIGVGLS
790 800 810 820 830 840
850 860 870
pF1KSD TVIGLLSCLIGYCSSHWCCKKEVQETRRERRRLMSMEMD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 TVIGLLSCLIGYCSSHWCCKKEVQETRRERRRLMSMEMD
850 860 870
>>CCDS30813.1 IGSF3 gene_id:3321|Hs108|chr1 (1194 aa)
initn: 537 init1: 190 opt: 776 Z-score: 823.3 bits: 163.9 E(32554): 1.5e-39
Smith-Waterman score: 975; 26.3% identity (57.4% similar) in 843 aa overlap (8-822:6-811)
10 20 30 40 50
pF1KSD MGRLASRPLLLALLSLALCRG-RVVRVPTATLVRVVGTELVIPCNVSDYDGPSEQNFDWS
:.: : :.. . : : : . : :. :....: :::: :.:::::::.::
CCDS30 MKCFFPVLSCLAVLGVVSAQRQVTVQEGPLYRTEGSHITIWCNVSGYQGPSEQNFQWS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD --FSSLGSSFVELASTWEVGFPAQLYQERLQRGEILLRRTANDAVELHIKNVQPSDQGHY
. : :...:: . .:: .: .:.. :.:...:. .... ::: ..: : :.:
CCDS30 IYLPSSPEREVQIVSTMDSSFPYAIYTQRVRGGKIFIERVQGNSTLLHITDLQARDAGEY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD KCSTPSTDATVQGNYEDTVQVKVLADSLHVGPSARPPPSLSLREGEPFELRCTAASASPL
.: ::::: :.: ... :. :::. .. : .: : .:.:: : .:: .
CCDS30 ECHTPSTDKQYFGSYSAKMNLVVIPDSLQ---TTAMPQTLHRVEQDPLELTCEVASETIQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD HTHLALLWEVHR-GPARRSVLALTHEGRFHPGLGYEQRYHSGDVRLDTVGSDAYRLSVSR
:.::.. : .. : :..:... .: . : :: :.:::: .: ..::.. .
CCDS30 HSHLSVAWLRQKVGEKPVEVISLSRDFMLHSSSEYAQRQSLGEVRLDKLGRTTFRLTIFH
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD ALSADQGSYRCIVSEWIAE-QGNWQEIQEKAVEVATVVIQPS----VLRAAVPKNVSVAE
.::: . : ..::: . .:.: . .: : :.: .::. ..: . : . ..
CCDS30 LQPSDQGEFYCEAAEWIQDPDGSWYAMTRKRSEGAVVNVQPTDKEFTVRLETEKRLHTV-
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KSD GKELDLTCNITTDRADDVRPEVTWSFSRMPDSTLPGSRVLARLDRDSLVH--SSPHVALS
:. ... : . .. . : :.:.:. .:. : .. :. . ..: . .. ..
CCDS30 GEPVEFRCILEAQNVPDRYFAVSWAFNSSLIATM-GPNAVPVLNSE-FAHREARGQLKVA
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD HVDARSYHLLVRDVSKENSGYYYCHVSLWAPGHNRSWHKVAEAVSSPAGVGVTWLEP---
. . . : . . .:.:: : :.:. .. . . . . . : .. . : :
CCDS30 KESDSVFVLKIYHLRQEDSGKYNCRVT--EREKTVTGEFIDKESKRPKNIPIIVL-PLKS
360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KSD --DYQVYLNASKVPGFADDPTELACRVVDTKSGEANVRFTVSWYY--RMNRRSDNVVTSE
. .: ::: . . . ...: : .:. . ::.: : :.::::.
CCDS30 SISVEVASNASVI--LEGEDLRFSCSV--RTAGRPQGRFSVIWQLVDRQNRRSN------
410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KSD LLAVMDGDWTLKYGERSKQRAQDGDFIFSKEHTDTFNFRIQRTTEEDRGNYYCVVSAWTK
. .: : :.. : .:.. : . . . ..:.. : . .::.:.: : :. :..
CCDS30 -IMWLDRDGTVQPGSSYWERSSFGGVQMEQVQPNSFSLGIFNSRKEDEGQYECHVTEWVR
460 470 480 490 500 510
530 540 550 560 570 580
pF1KSD QRNNSW-VKSKDVFSKPVNIFWALEDSVLVVKARQPKPFFAAGNTFEMTCKVSSKNIKSP
.. : . .. : :..: ::: . ..: : . : . ...:.. : : .:
CCDS30 AVDGEWQIVGERRASTPISIT-ALEMG-FAVTAISRTPGVTYSDSFDLQC------IIKP
520 530 540 550 560 570
590 600 610 620 630
pF1KSD RYSVLIMAE-----KPVGDLSSPNETKYIISLDQDSVVKLENWTDASRVDGVVLEKVQED
.: . . . .::: . : . .... .:. :. . ... :. .. . . .
CCDS30 HYPAWVPVSVTWRFQPVGTV----EFHDLVTFTRDGGVQWGDRSSSFRTRTAIEKAESSN
580 590 600 610 620
640 650 660 670 680 690
pF1KSD EFRYRMYQTQVSDAGLYRCMVTAWSPVRGSLWREAATSLSNPIEIDFQTSGPIFNASVHS
. : . ... ..:: :.:.. : .. : . : :: .:: ...: .
CCDS30 NVRLSISRASDTEAGKYQCVAELWRKNYNNTWTRLAERTSNLLEIRVLQPVTKLQVSKSK
630 640 650 660 670 680
700 710 720 730 740 750
pF1KSD DTPSVIRGDLIKLFCIITVEGAALDPDDMAFDVSWFAVHSFGLDKAPVLLSSLDRKGI--
: ..... :.: : . . . .. : : :. ::. . . ..:.. ...
CCDS30 RTLTLVENKPIQLNCSVKSQTS----QNSHFAVLWY-VHKPSDADGKLILKTTHNSAFEY
690 700 710 720 730 740
760 770 780 790 800 810
pF1KSD -VTTSRRDWKSDLSLER-VSVLEFLLQVHGSEDQDFGNYYCSVTPWVKSPTGSWQKEAEI
. . .. .. :..:: :: : : :. .: .: :.::: : :. ::. .: : ::
CCDS30 GTYAEEEGLRARLQFERHVSGGLFSLTVQRAEVSDSGSYYCHVEEWLLSPNYAWYKLAEE
750 760 770 780 790 800
820 830 840 850 860 870
pF1KSD HSKPVFITVKMDVLNAFKYPLLIGVGLSTVIGLLSCLIGYCSSHWCCKKEVQETRRERRR
: . .:::
CCDS30 VSGRTEVTVKQPDSRLRLSQAQGNLSVLETRQVQLECVVLNRTSITSQLMVEWFVWKPNH
810 820 830 840 850 860
>>CCDS891.1 CD101 gene_id:9398|Hs108|chr1 (1021 aa)
initn: 517 init1: 220 opt: 717 Z-score: 761.4 bits: 152.2 E(32554): 4.3e-36
Smith-Waterman score: 894; 25.6% identity (58.6% similar) in 839 aa overlap (1-814:4-799)
10 20 30 40 50
pF1KSD MGRLASRPLLLALLSLALCRGRVVRVPTATLVRVVGTELVIPCNVSDYDGPSEQNFD
.. .:: :::. ::.. : : : . : :. : . : :::. ..:::::.:.
CCDS89 MAGISYVASFFLLLTKLSIGQ---REVTVQKGPLFRAEGYPVSIGCNVTGHQGPSEQHFQ
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD WS--FSSLGSSFVELASTWEVGFPAQLYQERLQRGEILLRRTANDAVELHIKNVQPSDQG
:: . . .. :.. :: ...: .: .:.. :.. ..:. ...: :::...: .: :
CCDS89 WSVYLPTNPTQEVQIISTKDAAFSYAVYTQRVRSGDVYVERVQGNSVLLHISKLQMKDAG
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD HYKCSTPSTDATVQGNYEDTVQVKVLADSLHVGPSARPPPSLSLREGEPFELRCTAASAS
.:.: ::.:: :.: ... :. :.: . :.. .:. .::::. : : :..:.
CCDS89 EYECHTPNTDEKYYGSYSAKTNLIVIPDTLSATMSSQ---TLGKEEGEPLALTCEASKAT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD PLHTHLALLWEVHR---GPARRSVLALTHEGRFHPGLGYEQRYHSGDVRLDTVGSDAYRL
::::.. : . . : ...:... . :: : .:. ..::.:. .: ..::
CCDS89 AQHTHLSVTWYLTQDGGGSQATEIISLSKDFILVPGPLYTERFAASDVQLNKLGPTTFRL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KSD SVSRALSADQGSYRCIVSEWIAEQGN-WQEIQEKAVEVATVVIQPSV--LRAAVPKNVSV
:. : :.:::. : ..::: . . :. : .: .. .:. :::.: ... . .
CCDS89 SIERLQSSDQGQLFCEATEWIQDPDETWMFITKKQTDQTTLRIQPAVKDFQVNITADSLF
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD AEGKELDLTCNITTDRADDVRPEVTWSFSRMPDSTLPGSRVLARLDRDSLVHSSPHVALS
:::: :.:.: .... . : . . : :. . . .. ::. . . :. .. .:
CCDS89 AEGKPLELVCLVVSS-GRDPQLQGIWFFNGTEIAHIDAGGVLGLKNDYKERASQGELQVS
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD HVDARSYHLLVRDVSKENSGYYYCHVSLWAPGHNRSWHKVAEAVSSPAGVGVTWLEPDYQ
.. ... : . ... :. : : : :. .. :: .: . .:: . : .: .
CCDS89 KLGPKAFSLKIFSLGPEDEGAYRCVVAEVMKTRTGSW-QVLQRKQSPDS-HVHLRKPAAR
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KSD VYLNASKVPG---FADDPTELACRVVDTKSGEANVRFTVSWYYRMNRRSDNVVTSELLAV
. ..: . . . : :.: :. ..:::.. . : . . :..:
CCDS89 SVVMSTKNKQQVVWEGETLAFLC-----KAGGAESPLSVSWWH-IPR---DQTQPEFVAG
420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KSD MDGDWTLKYGERSKQRAQDGDFIFSKEHTDTFNFRIQRTTEEDRGNYYCVVSAWTKQ--R
: : .. : . :. . : ::...: :. : :.: : :: ... :
CCDS89 MGQDGIVQLGASYGVPSYHGNTRLEKMDWATFQLEITFTAITDSGTYECRVSEKSRNQAR
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KSD NNSWVKSKDVFSKPVNIFWALEDSVLV-VKARQPKPFFAAGNTFEMTCKVSS--KNIKSP
. ::... .: : .::.:. : . .:::. ... :::...: : . ...: :
CCDS89 DLSWTQKISVTVK------SLESSLQVSLMSRQPQVMLT--NTFDLSCVVRAGYSDLKVP
530 540 550 560 570
590 600 610 620 630 640
pF1KSD RYSVLIMAEKPVGDLSSPNETKYIISLDQDSVVKLENWTDASRVDGVVLEKVQEDEFRYR
.. .: .: . . .: . ...... :. :: . . ::... :: .
CCDS89 L--TVTWQFQP----ASSHIFHQLIRITHNGTIEWGNFL--SRFQKKT--KVSQSLFRSQ
580 590 600 610 620
650 660 670 680 690
pF1KSD M--YQTQVSDAGLYRCMVTAWSPVRGSLWREA---ATSLSNPIEIDFQTSGPIFNASVHS
. ... ..:.:.: : ... :.::. . :...:.:..: .... .:
CCDS89 LLVHDATEEETGVYQCEVEVYD--RNSLYNNRPPRASAISHPLRIAVTLPESKLKVNSRS
630 640 650 660 670 680
700 710 720 730 740 750
pF1KSD DTPSVIRGDLIKLFCIITVEGAALDPDDMAFDVSWFAVHSFGLDKAPVLLSSLDRKGIVT
.. . .. . : : .. . .. . . :. . . . . . .:. ...
CCDS89 QVQELSINSNTDIECSILSRSNG----NLQLAIIWY-FSPVSTNASWLKILEMDQTNVIK
690 700 710 720 730
760 770 780 790 800 810
pF1KSD TSRR----DWKSDLSLERVSVLEFLLQVHGSEDQDFGNYYCSVTPWVKSPTGSWQKEAEI
:. . . :. . :.:: : :.. . ::.: :.:.:.: :. : .:.:.: .:
CCDS89 TGDEFHTPQRKQKFHTEKVSQDLFQLHILNVEDSDRGKYHCAVEEWLLSTNGTWHKLGEK
740 750 760 770 780 790
820 830 840 850 860 870
pF1KSD HSKPVFITVKMDVLNAFKYPLLIGVGLSTVIGLLSCLIGYCSSHWCCKKEVQETRRERRR
.:
CCDS89 KSGLTELKLKPTGSKVRVSKVYWTENVTEHREVAIRCSLESVGSSATLYSVMWYWNRENS
800 810 820 830 840 850
>>CCDS30814.1 IGSF3 gene_id:3321|Hs108|chr1 (1214 aa)
initn: 537 init1: 190 opt: 652 Z-score: 691.2 bits: 139.5 E(32554): 3.5e-32
Smith-Waterman score: 946; 25.6% identity (56.4% similar) in 860 aa overlap (8-822:6-831)
10 20 30 40 50
pF1KSD MGRLASRPLLLALLSLALCRG-RVVRVPTATLVRVVGTELVIPCNVSDYDGPSEQNFDWS
:.: : :.. . : : : . : :. :....: :::: :.:::::::.::
CCDS30 MKCFFPVLSCLAVLGVVSAQRQVTVQEGPLYRTEGSHITIWCNVSGYQGPSEQNFQWS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD --FSSLGSSFVELASTWEVGFPAQLYQERLQRGEILLRRTANDAVELHIKNVQPSDQGHY
. : :...:: . .:: .: .:.. :.:...:. .... ::: ..: : :.:
CCDS30 IYLPSSPEREVQIVSTMDSSFPYAIYTQRVRGGKIFIERVQGNSTLLHITDLQARDAGEY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD KCSTPSTDATVQGNYEDTVQVKVLADSLHVGPSARPPPSLSLREGEPFELRCTAASASPL
.: ::::: :.: ... :. :::. .. : .: : .:.:: : .:: .
CCDS30 ECHTPSTDKQYFGSYSAKMNLVVIPDSLQ---TTAMPQTLHRVEQDPLELTCEVASETIQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD HTHLALLWEVHR-GPARRSVLALTHEGRFHPGLGYEQRYHSGDVRLDTVGSDAYRLSVSR
:.::.. : .. : :..:... .: . : :: :.:::: .: ..::.. .
CCDS30 HSHLSVAWLRQKVGEKPVEVISLSRDFMLHSSSEYAQRQSLGEVRLDKLGRTTFRLTIFH
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