Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1388
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1388, 582 aa
1>>>pF1KSDA1388 582 - 582 aa - 582 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2213+/-0.000426; mu= 4.5688+/- 0.027
mean_var=381.0381+/-76.597, 0's: 0 Z-trim(122.7): 1877 B-trim: 0 in 0/59
Lambda= 0.065704
statistics sampled from 39021 (41203) to 39021 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.769), E-opt: 0.2 (0.483), width: 16
Scan time: 11.220
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001243583 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 744) 1167 125.0 8.6e-28
NP_001243580 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 744) 1167 125.0 8.6e-28
XP_011526559 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1167 125.1 9e-28
XP_011526561 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1167 125.1 9e-28
XP_016882701 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1167 125.1 9e-28
XP_016882696 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1167 125.1 9e-28
NP_001243577 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 1167 125.1 9e-28
NP_001243579 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 1167 125.1 9e-28
XP_016882698 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1167 125.1 9e-28
XP_016882700 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1167 125.1 9e-28
XP_016882699 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1167 125.1 9e-28
XP_016882702 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1167 125.1 9e-28
XP_016882704 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1167 125.1 9e-28
XP_016882703 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1167 125.1 9e-28
XP_016882705 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1167 125.1 9e-28
NP_001243578 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 1167 125.1 9e-28
XP_016882697 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 1167 125.1 9e-28
NP_003414 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 is ( 809) 1167 125.1 9e-28
NP_001243582 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 818) 1167 125.1 9.1e-28
XP_011526568 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 1167 125.2 1.1e-27
XP_006722943 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 1167 125.2 1.1e-27
XP_016882725 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1118) 1167 125.2 1.1e-27
XP_016882724 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 1167 125.3 1.1e-27
XP_011526567 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 1167 125.3 1.1e-27
NP_001287880 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 (1159) 1167 125.3 1.1e-27
NP_003421 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 is (1191) 1167 125.3 1.1e-27
XP_016882717 (OMIM: 194554) PREDICTED: zinc finger ( 646) 1153 123.6 2e-27
XP_016882718 (OMIM: 194554) PREDICTED: zinc finger ( 646) 1153 123.6 2e-27
XP_016882719 (OMIM: 194554) PREDICTED: zinc finger ( 646) 1153 123.6 2e-27
XP_011525575 (OMIM: 194554) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1153 123.6 2e-27
XP_016882712 (OMIM: 194554) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1153 123.6 2e-27
XP_011525569 (OMIM: 194554) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1153 123.6 2e-27
XP_011525571 (OMIM: 194554) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1153 123.6 2e-27
XP_016882711 (OMIM: 194554) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1153 123.6 2e-27
XP_016882707 (OMIM: 194554) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1153 123.6 2e-27
XP_016882714 (OMIM: 194554) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1153 123.6 2e-27
XP_011525573 (OMIM: 194554) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1153 123.6 2e-27
XP_016882706 (OMIM: 194554) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1153 123.6 2e-27
XP_016882708 (OMIM: 194554) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1153 123.6 2e-27
NP_003416 (OMIM: 194554) zinc finger protein 45 [H ( 682) 1153 123.6 2e-27
XP_016882709 (OMIM: 194554) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1153 123.6 2e-27
XP_016882715 (OMIM: 194554) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1153 123.6 2e-27
XP_016882710 (OMIM: 194554) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1153 123.6 2e-27
XP_016882716 (OMIM: 194554) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1153 123.6 2e-27
XP_016882713 (OMIM: 194554) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1153 123.6 2e-27
XP_011526007 (OMIM: 603980) PREDICTED: zinc finger ( 531) 1117 120.1 1.9e-26
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1118 120.3 1.9e-26
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1118 120.3 1.9e-26
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1118 120.3 1.9e-26
NP_001092096 (OMIM: 603980) zinc finger protein 98 ( 572) 1117 120.1 2e-26
>>NP_001243583 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 iso (744 aa)
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pF1KSD AAAAEGAYQVAACLP
NP_001 KLYKPEDVTVILTTPQTFSNIK
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pF1KSD ENPLGCAVYGILLQPDPGLQPPQHAPLQAAGEPGPKCGVCGHDLAHLSSPHEHQCLAGHD
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pF1KSD CSICEKTY-KPAEAAEPATTAAPSLP--------AAPAPSTVTP---AEQADKPYSCPIC
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pF1KSD KHRSHLVRHMYAHSGEHHLFRCNVCELHFKESSELLQHPCTPSGERPFRCGECQKAFKRP
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pF1KSD AAAAEGAYQVAACLP
NP_001 KLYKPEDVTVILTTPQTFSNIK
730 740
>>XP_011526559 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger pro (803 aa)
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Smith-Waterman score: 1301; 36.8% identity (64.4% similar) in 508 aa overlap (72-565:276-779)
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pF1KSD ENPLGCAVYGILLQPDPGLQPPQHAPLQAAGEPGPKCGVCGHDLAHLSSPHEHQCLAGHD
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XP_011 KPYKCEECGKAFNWPSTLTKHKRIHTGEKPYTCEECGKAFNQFSNLTTHKRIHTAEKFYK
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pF1KSD CSICEKTY-KPAEAAEPATTAAPSLP--------AAPAPSTVTP---AEQADKPYSCPIC
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XP_011 CTECGEAFSRSSNLTKHKKIHTEKKPYKCEECGKAFKWSSKLTEHKLTHTGEKPYKCEEC
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pF1KSD QKPFKHLSELSRHERIHTGEKPYKCTLCDKSFSQSSHLVHHKRTHSSERPYKCAVCEKTF
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pF1KSD HTGEKPYKCPNCDKAFKQREHLNKHQGVHAREQQFKCVWCGERFLDVALLQEHSAQHSAA
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XP_011 HTGEQPYKCEECGKAFNYSSHLNTHKRIHTKEQPYKCKECGKAFNQYSNLTTHNKIHTGE
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pF1KSD AAAAEGAYQVAACLP
XP_011 KLYKPEDVTVILTTPQTFSNIK
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>>XP_011526561 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger pro (803 aa)
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Smith-Waterman score: 1301; 36.8% identity (64.4% similar) in 508 aa overlap (72-565:276-779)
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pF1KSD ENPLGCAVYGILLQPDPGLQPPQHAPLQAAGEPGPKCGVCGHDLAHLSSPHEHQCLAGHD
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XP_011 YTRYKLYKCEECGKAFNKSSILTTHKIIRTGEKFYKCKECAKAFNQSSNLTEHKKIHPGE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]