Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1379
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1379, 444 aa
1>>>pF1KSDA1379 444 - 444 aa - 444 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8478+/-0.00124; mu= -3.4487+/- 0.072
mean_var=264.6131+/-55.969, 0's: 0 Z-trim(109.0): 77 B-trim: 104 in 1/52
Lambda= 0.078844
statistics sampled from 10560 (10604) to 10560 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.689), E-opt: 0.2 (0.326), width: 16
Scan time: 3.190
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4793.1 PACSIN1 gene_id:29993|Hs108|chr6 ( 444) 3010 356.0 4.4e-98
CCDS54536.1 PACSIN2 gene_id:11252|Hs108|chr22 ( 445) 2155 258.7 8.4e-69
CCDS43023.1 PACSIN2 gene_id:11252|Hs108|chr22 ( 486) 1690 205.9 7.5e-53
CCDS31481.1 PACSIN3 gene_id:29763|Hs108|chr11 ( 424) 1318 163.5 3.7e-40
>>CCDS4793.1 PACSIN1 gene_id:29993|Hs108|chr6 (444 aa)
initn: 3010 init1: 3010 opt: 3010 Z-score: 1874.3 bits: 356.0 E(32554): 4.4e-98
Smith-Waterman score: 3010; 100.0% identity (100.0% similar) in 444 aa overlap (1-444:1-444)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSSSYDEASLAPEETTDSFWEVGNYKRTVKRIDDGHRLCNDLMNCVQERAKIEKAYGQQL
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CCDS47 MSSSYDEASLAPEETTDSFWEVGNYKRTVKRIDDGHRLCNDLMNCVQERAKIEKAYGQQL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD TDWAKRWRQLIEKGPQYGSLERAWGAIMTEADKVSELHQEVKNNLLNEDLEKVKNWQKDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TDWAKRWRQLIEKGPQYGSLERAWGAIMTEADKVSELHQEVKNNLLNEDLEKVKNWQKDA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD YHKQIMGGFKETKEAEDGFRKAQKPWAKKMKELEAAKKAYHLACKEEKLAMTREMNSKTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 YHKQIMGGFKETKEAEDGFRKAQKPWAKKMKELEAAKKAYHLACKEEKLAMTREMNSKTE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QSVTPEQQKKLQDKVDKCKQDVQKTQEKYEKVLEDVGKTTPQYMENMEQVFEQCQQFEEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QSVTPEQQKKLQDKVDKCKQDVQKTQEKYEKVLEDVGKTTPQYMENMEQVFEQCQQFEEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD RLVFLKEVLLDIKRHLNLAENSSYIHVYRELEQAIRGADAQEDLRWFRSTSGPGMPMNWP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RLVFLKEVLLDIKRHLNLAENSSYIHVYRELEQAIRGADAQEDLRWFRSTSGPGMPMNWP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD QFEEWNPDLPHTTTKKEKQPKKAEGVALTNATGAVESTSQAGDRGSVSSYDRGQPYATEW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QFEEWNPDLPHTTTKKEKQPKKAEGVALTNATGAVESTSQAGDRGSVSSYDRGQPYATEW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SDDESGNPFGGSETNGGANPFEDDSKGVRVRALYDYDGQEQDELSFKAGDELTKLGEEDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SDDESGNPFGGSETNGGANPFEDDSKGVRVRALYDYDGQEQDELSFKAGDELTKLGEEDE
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KSD QGWCRGRLDSGQLGLYPANYVEAI
::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QGWCRGRLDSGQLGLYPANYVEAI
430 440
>>CCDS54536.1 PACSIN2 gene_id:11252|Hs108|chr22 (445 aa)
initn: 2144 init1: 1606 opt: 2155 Z-score: 1348.7 bits: 258.7 E(32554): 8.4e-69
Smith-Waterman score: 2155; 68.4% identity (89.5% similar) in 449 aa overlap (1-444:1-444)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSSSYDEASLAPEETTDSFWEVGNYKRTVKRIDDGHRLCNDLMNCVQERAKIEKAYGQQL
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CCDS54 MSVTYDD-SVGVEVSSDSFWEVGNYKRTVKRIDDGHRLCSDLMNCLHERARIEKAYAQQL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD TDWAKRWRQLIEKGPQYGSLERAWGAIMTEADKVSELHQEVKNNLLNEDLEKVKNWQKDA
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CCDS54 TEWARRWRQLVEKGPQYGTVEKAWMAFMSEAERVSELHLEVKASLMNDDFEKIKNWQKEA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD YHKQIMGGFKETKEAEDGFRKAQKPWAKKMKELEAAKKAYHLACKEEKLAMTREMNSKTE
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CCDS54 FHKQMMGGFKETKEAEDGFRKAQKPWAKKLKEVEAAKKAHHAACKEEKLAISREANSKAD
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QSVTPEQQKKLQDKVDKCKQDVQKTQEKYEKVLEDVGKTTPQYMENMEQVFEQCQQFEEK
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CCDS54 PSLNPEQLKKLQDKIEKCKQDVLKTKEKYEKSLKELDQGTPQYMENMEQVFEQCQQFEEK
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD RLVFLKEVLLDIKRHLNLAENSSYIHVYRELEQAIRGADAQEDLRWFRSTSGPGMPMNWP
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CCDS54 RLRFFREVLLEVQKHLDLSNVAGYKAIYHDLEQSIRAADAVEDLRWFRANHGPGMAMNWP
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KSD QFEEWNPDLPHTTTKKEKQPKKAEGVALT--NATGAVESTSQAGDRGSVSSYDRGQPYAT
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CCDS54 QFEEWSADLNRTLSRREKK-KATDGVTLTGINQTG---DQSLPSKPSSVSSYEKTQSYPT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD EWSDDESGNPFGGSETNGGANPFEDDSKG---VRVRALYDYDGQEQDELSFKAGDELTKL
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CCDS54 DWSDDESNNPFSSTDANGDSNPFDDDATSGTEVRVRALYDYEGQEHDELSFKAGDELTKM
360 370 380 390 400 410
420 430 440
pF1KSD GEEDEQGWCRGRLDSGQLGLYPANYVEAI
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CCDS54 EDEDEQGWCKGRLDNGQVGLYPANYVEAIQ
420 430 440
>>CCDS43023.1 PACSIN2 gene_id:11252|Hs108|chr22 (486 aa)
initn: 2200 init1: 1616 opt: 1690 Z-score: 1062.3 bits: 205.9 E(32554): 7.5e-53
Smith-Waterman score: 2033; 63.1% identity (83.0% similar) in 477 aa overlap (1-434:1-475)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSSSYDEASLAPEETTDSFWEVGNYKRTVKRIDDGHRLCNDLMNCVQERAKIEKAYGQQL
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CCDS43 MSVTYDD-SVGVEVSSDSFWEVGNYKRTVKRIDDGHRLCSDLMNCLHERARIEKAYAQQL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD TDWAKRWRQLIEKGPQYGSLERAWGAIMTEADKVSELHQEVKNNLLNEDLEKVKNWQKDA
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CCDS43 TEWARRWRQLVEKGPQYGTVEKAWMAFMSEAERVSELHLEVKASLMNDDFEKIKNWQKEA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD YHKQIMGGFKETKEAEDGFRKAQKPWAKKMKELEAAKKAYHLACKEEKLAMTREMNSKTE
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CCDS43 FHKQMMGGFKETKEAEDGFRKAQKPWAKKLKEVEAAKKAHHAACKEEKLAISREANSKAD
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QSVTPEQQKKLQDKVDKCKQDVQKTQEKYEKVLEDVGKTTPQYMENMEQVFEQCQQFEEK
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CCDS43 PSLNPEQLKKLQDKIEKCKQDVLKTKEKYEKSLKELDQGTPQYMENMEQVFEQCQQFEEK
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD RLVFLKEVLLDIKRHLNLAENSSYIHVYRELEQAIRGADAQEDLRWFRSTSGPGMPMNWP
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CCDS43 RLRFFREVLLEVQKHLDLSNVAGYKAIYHDLEQSIRAADAVEDLRWFRANHGPGMAMNWP
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340
pF1KSD QFEEWNPDLPHTTTKKEKQPKKAEGVALT--NATG------------------AVESTSQ
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CCDS43 QFEEWSADLNRTLSRREKK-KATDGVTLTGINQTGDQSLPSKPSSTLNVPSNPAQSAQSQ
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380
pF1KSD AG--------DRGS------------VSSYDRGQPYATEWSDDESGNPFGGSETNGGANP
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CCDS43 SSYNPFEDEDDTGSTVSEKDDTKAKNVSSYEKTQSYPTDWSDDESNNPFSSTDANGDSNP
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430
pF1KSD FEDDSKG---VRVRALYDYDGQEQDELSFKAGDELTKLGEEDEQGWCRGRLDSGQLGLYP
:.::. . :::::::::.:::.:::::::::::::. .:::::::.::::.::.:
CCDS43 FDDDATSGTEVRVRALYDYEGQEHDELSFKAGDELTKMEDEDEQGWCKGRLDNGQVGLYP
420 430 440 450 460 470
440
pF1KSD ANYVEAI
CCDS43 ANYVEAIQ
480
>>CCDS31481.1 PACSIN3 gene_id:29763|Hs108|chr11 (424 aa)
initn: 1658 init1: 1280 opt: 1318 Z-score: 834.5 bits: 163.5 E(32554): 3.7e-40
Smith-Waterman score: 1593; 51.7% identity (79.6% similar) in 441 aa overlap (10-444:1-422)
10 20 30 40 50
pF1KSD MSSSYDEASLAPEETTD------SFWEVGNYKRTVKRIDDGHRLCNDLMNCVQERAKIEK
.:::: . ::::.:::.:::.:..::::::.::..: ::::.:::
CCDS31 MAPEEDAGGEALGGSFWEAGNYRRTVQRVEDGHRLCGDLVSCFQERARIEK
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD AYGQQLTDWAKRWRQLIEKGPQYGSLERAWGAIMTEADKVSELHQEVKNNLLNEDLEKVK
::.:::.:::..:: .:::::::.::.:: :..: :...: :: ::...: ..: :.:.
CCDS31 AYAQQLADWARKWRGTVEKGPQYGTLEKAWHAFFTAAERLSALHLEVREKLQGQDSERVR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD NWQKDAYHKQIMGGFKETKEAEDGFRKAQKPWAKKMKELEAAKKAYHLACKEEKLAMTRE
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CCDS31 AWQRGAFHRPVLGGFRESRAAEDGFRKAQKPWLKRLKEVEASKKSYHAARKDEKTAQTRE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD MNSKTEQSVTPEQQKKLQDKVDKCKQDVQKTQEKYEKVLEDVGKTTPQYMENMEQVFEQC
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CCDS31 SHAKADSAVSQEQLRKLQERVERCAKEAEKTKAQYEQTLAELHRYTPRYMEDMEQAFETC
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD QQFEEKRLVFLKEVLLDIKRHLNLAENSSYIHVYRELEQAIRGADAQEDLRWFRSTSGPG
: :..::.:.:..:: ...::.:. . .. ...:.:.:.:..:. .:::::.::: :::
CCDS31 QAAERQRLLFFKDMLLTLHQHLDLSSSEKFHELHRDLHQGIEAASDEEDLRWWRSTHGPG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD MPMNWPQFEEWNPDLPHTTTKKEKQPKKAEGVALTNATGAVESTSQAGDRGSVSSYDRGQ
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CCDS31 MAMNWPQFEEWSLDTQRTISRKEKGGRSPDEVTLTSIVPTRDGT--APPPQSPGSPGTGQ
300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KSD PYATEWSDDESGNPFGGSETNGGANPFEDDSKGVRVRALYDYDGQEQDELSFKAGDELTK
::::.:: : . . :::::::::: ::: :::::.::.:: :
CCDS31 D--EEWSDEES--P-------------RKAATGVRVRALYDYAGQEADELSFRAGEELLK
350 360 370 380 390
420 430 440
pF1KSD LGEEDEQGWCRGRLDSGQLGLYPANYVEAI
..::::::::.:.:.::..::::::::: .
CCDS31 MSEEDEQGWCQGQLQSGRIGLYPANYVECVGA
400 410 420
444 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 19:03:23 2016 done: Thu Nov 3 19:03:23 2016
Total Scan time: 3.190 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]