Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1363
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1363, 408 aa
1>>>pF1KSDA1363 408 - 408 aa - 408 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2133+/-0.000924; mu= 17.1535+/- 0.056
mean_var=61.0538+/-12.196, 0's: 0 Z-trim(105.2): 28 B-trim: 5 in 1/48
Lambda= 0.164141
statistics sampled from 8295 (8315) to 8295 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.627), E-opt: 0.2 (0.255), width: 16
Scan time: 2.620
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33893.1 NCEH1 gene_id:57552|Hs108|chr3 ( 440) 2695 646.9 1.1e-185
CCDS54682.1 NCEH1 gene_id:57552|Hs108|chr3 ( 448) 2664 639.5 1.8e-183
CCDS54681.1 NCEH1 gene_id:57552|Hs108|chr3 ( 275) 1817 438.9 2.8e-123
CCDS33877.1 AADAC gene_id:13|Hs108|chr3 ( 399) 1132 276.7 2.6e-74
CCDS3161.2 AADACL2 gene_id:344752|Hs108|chr3 ( 401) 977 240.0 3e-63
CCDS30590.1 AADACL4 gene_id:343066|Hs108|chr1 ( 407) 645 161.4 1.4e-39
CCDS41253.2 AADACL3 gene_id:126767|Hs108|chr1 ( 407) 614 154.1 2.3e-37
>>CCDS33893.1 NCEH1 gene_id:57552|Hs108|chr3 (440 aa)
initn: 2695 init1: 2695 opt: 2695 Z-score: 3447.2 bits: 646.9 E(32554): 1.1e-185
Smith-Waterman score: 2695; 99.8% identity (100.0% similar) in 408 aa overlap (1-408:33-440)
10 20 30
pF1KSD MRSSCVLLTALVALATYYVYIPLPGSVSDP
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CCDS33 SCRGQKVAGGLRVVSPFPLCQPAGEPSQGKMRSSCVLLTALVALAAYYVYIPLPGSVSDP
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KSD WKLMLLDATFRGAQQVSNLIHYLGLSHHLLALNFIIVSFGKKSAWSSAQVKVTDTDFDGV
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CCDS33 WKLMLLDATFRGAQQVSNLIHYLGLSHHLLALNFIIVSFGKKSAWSSAQVKVTDTDFDGV
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KSD EVRVFEGPPKPEEPLKRSVVYIHGGGWALASAKIRYYDELCTAMAEELNAVIVSIEYRLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EVRVFEGPPKPEEPLKRSVVYIHGGGWALASAKIRYYDELCTAMAEELNAVIVSIEYRLV
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KSD PKVYFPEQIHDVVRATKYFLKPEVLQKYMVDPGRICISGDSAGGNLAAALGQQFTQDASL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PKVYFPEQIHDVVRATKYFLKPEVLQKYMVDPGRICISGDSAGGNLAAALGQQFTQDASL
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KSD KNKLKLQALIYPVLQALDFNTPSYQQNVNTPILPRYVMVKYWVDYFKGNYDFVQAMIVNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KNKLKLQALIYPVLQALDFNTPSYQQNVNTPILPRYVMVKYWVDYFKGNYDFVQAMIVNN
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KSD HTSLDVEEAAAVRARLNWTSLLPASFTKNYKPVVQTTGNARIVQELPQLLDARSAPLIAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 HTSLDVEEAAAVRARLNWTSLLPASFTKNYKPVVQTTGNARIVQELPQLLDARSAPLIAD
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KSD QAVLQLLPKTYILTCEHDVLRDDGIMYAKRLESAGVEVTLDHFEDGFHGCMIFTSWPTNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QAVLQLLPKTYILTCEHDVLRDDGIMYAKRLESAGVEVTLDHFEDGFHGCMIFTSWPTNF
370 380 390 400 410 420
400
pF1KSD SVGIRTRNSYIKWLDQNL
::::::::::::::::::
CCDS33 SVGIRTRNSYIKWLDQNL
430 440
>>CCDS54682.1 NCEH1 gene_id:57552|Hs108|chr3 (448 aa)
initn: 1891 init1: 1891 opt: 2664 Z-score: 3407.4 bits: 639.5 E(32554): 1.8e-183
Smith-Waterman score: 2664; 97.6% identity (98.1% similar) in 416 aa overlap (1-408:33-448)
10 20 30
pF1KSD MRSSCVLLTALVALATYYVYIPLPGSVSDP
:::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS54 SCRGQKVAGGLRVVSPFPLCQPAGEPSQGKMRSSCVLLTALVALAAYYVYIPLPGSVSDP
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KSD WKLMLLDATFRGAQQVSNLIHYLGLSHHLLALNFIIVSFGKKSAWSSAQVKVTDTDFDGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 WKLMLLDATFRGAQQVSNLIHYLGLSHHLLALNFIIVSFGKKSAWSSAQVKVTDTDFDGV
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140
pF1KSD EVRVFEGPPKPEEPLKRSVVYIHGGGWALASA--------KIRYYDELCTAMAEELNAVI
:::::::::::::::::::::::::::::::: .:::::::::::::::::::
CCDS54 EVRVFEGPPKPEEPLKRSVVYIHGGGWALASASASWSPSDEIRYYDELCTAMAEELNAVI
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KSD VSIEYRLVPKVYFPEQIHDVVRATKYFLKPEVLQKYMVDPGRICISGDSAGGNLAAALGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VSIEYRLVPKVYFPEQIHDVVRATKYFLKPEVLQKYMVDPGRICISGDSAGGNLAAALGQ
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KSD QFTQDASLKNKLKLQALIYPVLQALDFNTPSYQQNVNTPILPRYVMVKYWVDYFKGNYDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QFTQDASLKNKLKLQALIYPVLQALDFNTPSYQQNVNTPILPRYVMVKYWVDYFKGNYDF
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KSD VQAMIVNNHTSLDVEEAAAVRARLNWTSLLPASFTKNYKPVVQTTGNARIVQELPQLLDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VQAMIVNNHTSLDVEEAAAVRARLNWTSLLPASFTKNYKPVVQTTGNARIVQELPQLLDA
310 320 330 340 350 360
330 340 350 360 370 380
pF1KSD RSAPLIADQAVLQLLPKTYILTCEHDVLRDDGIMYAKRLESAGVEVTLDHFEDGFHGCMI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RSAPLIADQAVLQLLPKTYILTCEHDVLRDDGIMYAKRLESAGVEVTLDHFEDGFHGCMI
370 380 390 400 410 420
390 400
pF1KSD FTSWPTNFSVGIRTRNSYIKWLDQNL
::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 FTSWPTNFSVGIRTRNSYIKWLDQNL
430 440
>>CCDS54681.1 NCEH1 gene_id:57552|Hs108|chr3 (275 aa)
initn: 1817 init1: 1817 opt: 1817 Z-score: 2326.6 bits: 438.9 E(32554): 2.8e-123
Smith-Waterman score: 1817; 100.0% identity (100.0% similar) in 275 aa overlap (134-408:1-275)
110 120 130 140 150 160
pF1KSD PLKRSVVYIHGGGWALASAKIRYYDELCTAMAEELNAVIVSIEYRLVPKVYFPEQIHDVV
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MAEELNAVIVSIEYRLVPKVYFPEQIHDVV
10 20 30
170 180 190 200 210 220
pF1KSD RATKYFLKPEVLQKYMVDPGRICISGDSAGGNLAAALGQQFTQDASLKNKLKLQALIYPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RATKYFLKPEVLQKYMVDPGRICISGDSAGGNLAAALGQQFTQDASLKNKLKLQALIYPV
40 50 60 70 80 90
230 240 250 260 270 280
pF1KSD LQALDFNTPSYQQNVNTPILPRYVMVKYWVDYFKGNYDFVQAMIVNNHTSLDVEEAAAVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LQALDFNTPSYQQNVNTPILPRYVMVKYWVDYFKGNYDFVQAMIVNNHTSLDVEEAAAVR
100 110 120 130 140 150
290 300 310 320 330 340
pF1KSD ARLNWTSLLPASFTKNYKPVVQTTGNARIVQELPQLLDARSAPLIADQAVLQLLPKTYIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ARLNWTSLLPASFTKNYKPVVQTTGNARIVQELPQLLDARSAPLIADQAVLQLLPKTYIL
160 170 180 190 200 210
350 360 370 380 390 400
pF1KSD TCEHDVLRDDGIMYAKRLESAGVEVTLDHFEDGFHGCMIFTSWPTNFSVGIRTRNSYIKW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TCEHDVLRDDGIMYAKRLESAGVEVTLDHFEDGFHGCMIFTSWPTNFSVGIRTRNSYIKW
220 230 240 250 260 270
pF1KSD LDQNL
:::::
CCDS54 LDQNL
>>CCDS33877.1 AADAC gene_id:13|Hs108|chr3 (399 aa)
initn: 1049 init1: 552 opt: 1132 Z-score: 1447.5 bits: 276.7 E(32554): 2.6e-74
Smith-Waterman score: 1132; 43.2% identity (72.5% similar) in 407 aa overlap (2-408:3-399)
10 20 30 40 50
pF1KSD MRSSCVLLTALVALATYYVYIPLPGSVSDPWKLMLLDATFRGAQQVSNLIHYLGLSHHL
:.: :: . . .: ::.: ::: .: .::..: ..: .. :....... ::: ::.
CCDS33 MGRKSLYLLIVGILIA-YYIYTPLPDNVEEPWRMMWINAHLKTIQNLATFVELLGL-HHF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD LALNFIIVSFGKKSAWSSAQVKVTDTDFDGVEVRVFEGPPKPEEPLKRSVVYIHGGGWAL
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CCDS33 MDSFKVVGSFDEVPPTSDENVTVTETKFNNILVRVYV-PKRKSEALRRGLFYIHGGGWCV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD ASAKIRYYDELCTAMAEELNAVIVSIEYRLVPKVYFPEQIHDVVRATKYFLKPEVLQKYM
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CCDS33 GSAALSGYDLLSRWTADRLDAVVVSTNYRLAPKYHFPIQFEDVYNALRWFLRKKVLAKYG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD VDPGRICISGDSAGGNLAAALGQQFTQDASLKNKLKLQALIYPVLQALDFNTPSYQQNVN
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CCDS33 VNPERIGISGDSAGGNLAAAVTQQLLDDPDVKIKLKIQSLIYPALQPLDVDLPSYQENSN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD TPILPRYVMVKYWVDYFKGNYDFVQAMIVNNHTSLDVEEAAAVRARLNWTSLLPASFTKN
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CCDS33 FLFLSKSLMVRFWSEYFTTDRSLEKAMLSRQHVPV---ESSHLFKFVNWSSLLPERFIKG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD YKPVVQTTGNARIVQELPQLLDARSAPLIADQAVLQLLPKTYILTCEHDVLRDDGIMYAK
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CCDS33 HVYNNPNYGSSELAKKYPGFLDVRAAPLLADDNKLRGLPLTYVITCQYDLLRDDGLMYVT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KSD RLESAGVEVTLDHFEDGFHGCMIFTSWPTNFSVGIRTRNSYIKWLDQNL
::...::.:: .: :::::: . : ..... : :.::.:: .::
CCDS33 RLRNTGVQVTHNHVEDGFHGAFSFL----GLKISHRLINQYIEWLKENL
360 370 380 390
>>CCDS3161.2 AADACL2 gene_id:344752|Hs108|chr3 (401 aa)
initn: 946 init1: 490 opt: 977 Z-score: 1249.1 bits: 240.0 E(32554): 3e-63
Smith-Waterman score: 977; 38.7% identity (66.7% similar) in 408 aa overlap (1-408:3-401)
10 20 30 40 50
pF1KSD MRSSCVLLTALVALATYYVYIPLPGSVSDPWKLMLLDATFRGAQQVSNLIHYLGLSHH
... :. : : .: . . : :.: .. . ::.: ::: . .. .. . . ..
CCDS31 MGLKALCLGL--LCVLFVSHFYTPMPDNIEESWKIMALDAIAKTCTFTAMCFENMRIMRY
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD LLALNFIIVSFGKKSAWSSAQVKVTDTDFDGVEVRVFEGPPKPEEPLKRSVVYIHGGGWA
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CCDS31 EEFIS-MIFRLDYTQPLSDEYITVTDTTFVDIPVRLYL-PKRKSETRRRAVIYFHGGGFC
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD LASAKIRYYDELCTAMAEELNAVIVSIEYRLVPKVYFPEQIHDVVRATKYFLKPEVLQKY
..:.: : .: : :. :.::.:...:::.:. .:: :..: . :.:.:: ..: ::
CCDS31 FGSSKQRAFDFLNRWTANTLDAVVVGVDYRLAPQHHFPAQFEDGLAAVKFFLLEKILTKY
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD MVDPGRICISGDSAGGNLAAALGQQFTQDASLKNKLKLQALIYPVLQALDFNTPSYQQNV
::: ::::.:::.:::::.:. :: .:: .:.:.:.:.:.:: :: : ::...:
CCDS31 GVDPTRICIAGDSSGGNLATAVTQQVQNDAEIKHKIKMQVLLYPGLQITDSYLPSHRENE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD NTPILPRYVMVKYWVDYFKGNYDFVQAMIVNNHTSLDVEEAAAVRARLNWTSLLPASFTK
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CCDS31 HGIVLTRDVAIKLVSLYFTKDEALPWAMRRNQHMPL---ESRHLFKFVNWSILLPEKYRK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD NYKPVVQTTGNARIVQELPQLLDARSAPLIADQAVLQLLPKTYILTCEHDVLRDDGIMYA
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CCDS31 DYVYTEPILGG--LSYSLPGLTDSRALPLLANDSQLQNLPLTYILTCQHDLLRDDGLMYV
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KSD KRLESAGVEVTLDHFEDGFHGCMIFTSWPTNFSVGIRTRNSYIKWLDQNL
::...::.:. .:.:::.:: . : . : . .:.: :. :..:::.::
CCDS31 TRLRNVGVQVVHEHIEDGIHGALSFMTSPFYLRLGLRIRDMYVSWLDKNL
360 370 380 390 400
>>CCDS30590.1 AADACL4 gene_id:343066|Hs108|chr1 (407 aa)
initn: 597 init1: 261 opt: 645 Z-score: 824.1 bits: 161.4 E(32554): 1.4e-39
Smith-Waterman score: 679; 32.2% identity (62.8% similar) in 398 aa overlap (13-402:23-405)
10 20 30 40 50
pF1KSD MRSSCVLLTALVALATYYVYIPLPGSVSDPWKLMLLDATFRGAQQVSNLI
:. ... .:.... : :: .: : ..:..
CCDS30 MAVPWLVLLLALPIFFLGVFVWAVFEHFLTTDIPATLQHPAKLRFLHCIFLYLVTLGNIF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD HYLGLSHHLLALNFIIVSFGKKSAWSSAQVKVTDTDFDGVEVRVFEGPPKPEEPLKRSVV
. ::. . :. : : .. .. ::: : . ::.:. .: .:...
CCDS30 EKLGICSMPKFIRFLHDSVRIK---KDPELVVTDLRFGTIPVRLFQPKAASSRP-RRGII
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD YIHGGGWALASAKIRYYDELCTAMAEELNAVIVSIEYRLVPKVYFPEQIHDVVRATKYFL
. :::. ...: . : ::. .:.: ..:.. : :: .: . : ..: . :. .::
CCDS30 FYHGGATVFGS--LDCYHGLCNYLARETESVLLMIGYRKLPDHHSPALFQDCMNASIHFL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD KPEVLQKYMVDPGRICISGDSAGGNLAAALGQQFTQDASLKNKLKLQALIYPVLQALDFN
: .:. : :::.:. . :.:.:: .::. : .. ..: ... :.:::::.::. ..
CCDS30 K--ALETYGVDPSRVVVCGESVGGAAVAAITQALVGRSDLP-RIRAQVLIYPVVQAFCLQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD TPSYQQNVNTPILPRYVMVKYWVDYFKGNYDFVQAMIVNNHTSLDVEEAAAVRARLNWTS
::.::: :.:.: : :: .:. . .. .:.. .. . :: : .: :
CCDS30 LPSFQQNQNVPLLSRKFMVTSLCNYLAIDLSWRDAILNGTCVPPDVW-----RKYEKWLS
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340
pF1KSD L--LPASF-TKNYKPVVQTTGNARIVQELPQLLDARSAPLIADQAVLQLLPKTYILTCEH
.: .: ...:.: : : ..::....:::::. :. ::......::.
CCDS30 PDNIPKKFKNRGYQPWSPGPFNEAAYLEAKHMLDVENSPLIADDEVIAQLPEAFLVSCEN
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KSD DVLRDDGIMYAKRLESAGVEVTLDHFEDGFHGCMIF-----TSWPTNFSVGIRTRNSYIK
:.::::...: ::::. ::.:: :. ::::: .:: :.: .... . . ::::
CCDS30 DILRDDSLLYKKRLEDQGVRVTWYHLYDGFHGSIIFFDKKALSFPCSLKI-VNAVVSYIK
350 360 370 380 390 400
pF1KSD WLDQNL
CCDS30 GI
>>CCDS41253.2 AADACL3 gene_id:126767|Hs108|chr1 (407 aa)
initn: 520 init1: 229 opt: 614 Z-score: 784.4 bits: 154.1 E(32554): 2.3e-37
Smith-Waterman score: 632; 31.8% identity (60.2% similar) in 402 aa overlap (1-392:9-396)
10 20 30 40 50
pF1KSD MRSSCV--LLTALVALATYYVYIPLPGSVSDPWKLMLLDATFRGAQQVSNLI
. ..:: : ..: .. ... . .:..:. : :: .: :. . ..
CCDS41 MWDLALIFLAAACVFSLGVTLWVICSHFFTVHIPAAVGHPVKLRVLHCIFQLLLTWGMIF
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD HYLGLSHHLLALNFIIVSFGKKSAWSSAQVKVTDTDFDGVEVRVFEGPPKPEEPLKRSVV
. : . . :. : . .: ::: : . :.... : :: ..:
CCDS41 EKLRICSMPQFFCFMQDLPPLKY---DPDVVVTDFRFGTIPVKLYQ-PKASTCTLKPGIV
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD YIHGGGWALASAKIRYYDELCTAMAEELNAVIVSIEYRLVPKVYFPEQIHDVVRATKYFL
: :::: ...: : .. .:. . .: ..:.... :: .:: :: ..: . :: .::
CCDS41 YYHGGGGVMGSLKTHH--GICSRLCKESDSVVLAVGYRKLPKHKFPVPVRDCLVATIHFL
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD KPEVLQKYMVDPGRICISGDSAGGNLAAALGQQFTQDASLKNKLKLQALIYPVLQALDFN
: :. : :::.:. . ::: :: .::.. ::... .: ... : ::: .:::::..
CCDS41 KS--LDAYGVDPARVVVCGDSFGGAIAAVVCQQLVDRPDLP-RIRAQILIYAILQALDLQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KSD TPSYQQNVNTPILPRYVMVKYWVDYFKGNYDFVQAM--IVNNHTSLDVEEAAAVRARLNW
:::.:: : :.: . .. : .: : :: .. .. . . : .: : :.
CCDS41 TPSFQQRKNIPLLT-WSFICY---FFFQNLDFSSSWQEVIMKGAHLPAEVWEKYRKWLGP
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