FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1348, 529 aa
  1>>>pF1KSDA1348 529 - 529 aa - 529 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7676+/-0.000927; mu= 15.3605+/- 0.056
 mean_var=64.7080+/-12.697, 0's: 0 Z-trim(104.7): 32  B-trim: 0 in 0/49
 Lambda= 0.159439
 statistics sampled from 8017 (8042) to 8017 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.623), E-opt: 0.2 (0.247), width:  16
 Scan time:  2.800

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS10822.1 PDP2 gene_id:57546|Hs108|chr16         ( 529) 3545 824.5       0
CCDS6259.1 PDP1 gene_id:54704|Hs108|chr8           ( 537) 1715 403.6  3e-112
CCDS55262.1 PDP1 gene_id:54704|Hs108|chr8          ( 562) 1715 403.6 3.1e-112


>>CCDS10822.1 PDP2 gene_id:57546|Hs108|chr16              (529 aa)
 initn: 3545 init1: 3545 opt: 3545  Z-score: 4403.8  bits: 824.5 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 3545; 100.0% identity (100.0% similar) in 529 aa overlap (1-529:1-529)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSSTVSYWILNSTRNSIATLQGGRRLYSRYVSNRNKLKWRLFSRVPPTLNSSPCGGFTLC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MSSTVSYWILNSTRNSIATLQGGRRLYSRYVSNRNKLKWRLFSRVPPTLNSSPCGGFTLC
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD KAYRHTSTEEDDFHLQLSPEQINEVLRAGETTHKILDLESRVPNSVLRFESNQLAANSPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KAYRHTSTEEDDFHLQLSPEQINEVLRAGETTHKILDLESRVPNSVLRFESNQLAANSPV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD EDRRGVASCLQTNGLMFGIFDGHGGHACAQAVSERLFYYVAVSLMSHQTLEHMEGAMESM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EDRRGVASCLQTNGLMFGIFDGHGGHACAQAVSERLFYYVAVSLMSHQTLEHMEGAMESM
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD KPLLPILHWLKHPGDSIYKDVTSVHLDHLRVYWQELLDLHMEMGLSIEEALMYSFQRLDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KPLLPILHWLKHPGDSIYKDVTSVHLDHLRVYWQELLDLHMEMGLSIEEALMYSFQRLDS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD DISLEIQAPLEDEVTRNLSLQVAFSGATACMAHVDGIHLHVANAGDCRAILGVQEDNGMW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DISLEIQAPLEDEVTRNLSLQVAFSGATACMAHVDGIHLHVANAGDCRAILGVQEDNGMW
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SCLPLTRDHNAWNQAELSRLKREHPESEDRTIIMEDRLLGVLIPCRAFGDVQLKWSKELQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SCLPLTRDHNAWNQAELSRLKREHPESEDRTIIMEDRLLGVLIPCRAFGDVQLKWSKELQ
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD RSILERGFNTEALNIYQFTPPHYYTPPYLTAEPEVTYHRLRPQDKFLVLASDGLWDMLSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RSILERGFNTEALNIYQFTPPHYYTPPYLTAEPEVTYHRLRPQDKFLVLASDGLWDMLSN
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD EDVVRLVVGHLAEADWHKTDLAQRPANLGLMQSLLLQRKASGLHEADQNAATRLIRHAIG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EDVVRLVVGHLAEADWHKTDLAQRPANLGLMQSLLLQRKASGLHEADQNAATRLIRHAIG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520         
pF1KSD NNEYGEMEAERLAAMLTLPEDLARMYRDDITVTVVYFNSESIGAYYKGG
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NNEYGEMEAERLAAMLTLPEDLARMYRDDITVTVVYFNSESIGAYYKGG
              490       500       510       520         

>>CCDS6259.1 PDP1 gene_id:54704|Hs108|chr8                (537 aa)
 initn: 1357 init1: 586 opt: 1715  Z-score: 2128.7  bits: 403.6 E(32554): 3e-112
Smith-Waterman score: 1715; 54.4% identity (79.9% similar) in 472 aa overlap (61-525:67-533)

               40        50        60        70        80        90
pF1KSD VSNRNKLKWRLFSRVPPTLNSSPCGGFTLCKAYRHTSTEEDDFHLQLSPEQINEVLRAGE
                                     .. :..:: .   .. :.: :.: .:.:.:
CCDS62 SYIPQSRLRYTPHPAYATFCRPKENWWQYTQGRRYASTPQ---KFYLTPPQVNSILKANE
         40        50        60        70           80        90   

              100       110       120       130       140       150
pF1KSD TTHKILDLESRVPNSVLRFESNQLAANSPVEDRRGVASCLQTNGLMFGIFDGHGGHACAQ
        . :. .....  .:.: :.:::: ::.:.::::..:.:::: :...:.::::.: ::.:
CCDS62 YSFKVPEFDGKNVSSILGFDSNQLPANAPIEDRRSAATCLQTRGMLLGVFDGHAGCACSQ
           100       110       120       130       140       150   

              160       170       180       190       200       210
pF1KSD AVSERLFYYVAVSLMSHQTLEHMEGAMESMKPLLPILHWLKHPGDSIYKDVTSVHLDHLR
       :::::::::.::::. :.:: ..:.:.:: . :::::.: :::.: . :........ ::
CCDS62 AVSERLFYYIAVSLLPHETLLEIENAVESGRALLPILQWHKHPNDYFSKEASKLYFNSLR
           160       170       180       190       200       210   

              220         230       240       250       260        
pF1KSD VYWQELLDLHM--EMGLSIEEALMYSFQRLDSDISLEIQAPLEDEVTRNLSLQVAFSGAT
       .:::::.::.      ....:::. .:.:::.::::: :.   .     : :.:::::::
CCDS62 TYWQELIDLNTGESTDIDVKEALINAFKRLDNDISLEAQVGDPNSFLNYLVLRVAFSGAT
           220       230       240       250       260       270   

      270       280       290       300       310       320        
pF1KSD ACMAHVDGIHLHVANAGDCRAILGVQEDNGMWSCLPLTRDHNAWNQAELSRLKREHPESE
       ::.:::::. :::::.:: ::.:::::..: :: . :. :::: :. :: ::: :::.::
CCDS62 ACVAHVDGVDLHVANTGDSRAMLGVQEEDGSWSAVTLSNDHNAQNERELERLKLEHPKSE
           280       290       300       310       320       330   

      330       340       350       360       370        380       
pF1KSD DRTIIMEDRLLGVLIPCRAFGDVQLKWSKELQRSILERGFNTEALNIY-QFTPPHYYTPP
        .... .:::::.:.: ::::::..::: .::. ..: : .    : : .: ::.:.:::
CCDS62 AKSVVKQDRLLGLLMPFRAFGDVKFKWSIDLQKRVIESGPDQLNDNEYTKFIPPNYHTPP
           340       350       360       370       380       390   

       390       400       410       420       430       440       
pF1KSD YLTAEPEVTYHRLRPQDKFLVLASDGLWDMLSNEDVVRLVVGHLAEADWHKTDLA--QRP
       :::::::::::::::::::::::.::::. .  .:::: .::.   .  :.  .:     
CCDS62 YLTAEPEVTYHRLRPQDKFLVLATDGLWETMHRQDVVR-IVGEYLTGMHHQQPIAVGGYK
           400       410       420       430        440       450  

         450         460       470       480       490       500   
pF1KSD ANLGLMQSLLLQR--KASGLHEADQNAATRLIRHAIGNNEYGEMEAERLAAMLTLPEDLA
       ..:: :..:: .:  : :.. : ::::::.:::::.::::.: .. :::. ::.:::.::
CCDS62 VTLGQMHGLLTERRTKMSSVFE-DQNAATHLIRHAVGNNEFGTVDHERLSKMLSLPEELA
            460       470        480       490       500       510 

           510       520         
pF1KSD RMYRDDITVTVVYFNSESIGAYYKGG
       ::::::::. :: :::. .:::    
CCDS62 RMYRDDITIIVVQFNSHVVGAYQNQE
             520       530       

>>CCDS55262.1 PDP1 gene_id:54704|Hs108|chr8               (562 aa)
 initn: 1357 init1: 586 opt: 1715  Z-score: 2128.4  bits: 403.6 E(32554): 3.1e-112
Smith-Waterman score: 1715; 54.4% identity (79.9% similar) in 472 aa overlap (61-525:92-558)

               40        50        60        70        80        90
pF1KSD VSNRNKLKWRLFSRVPPTLNSSPCGGFTLCKAYRHTSTEEDDFHLQLSPEQINEVLRAGE
                                     .. :..:: .   .. :.: :.: .:.:.:
CCDS55 SYIPQSRLRYTPHPAYATFCRPKENWWQYTQGRRYASTPQ---KFYLTPPQVNSILKANE
              70        80        90       100          110        

              100       110       120       130       140       150
pF1KSD TTHKILDLESRVPNSVLRFESNQLAANSPVEDRRGVASCLQTNGLMFGIFDGHGGHACAQ
        . :. .....  .:.: :.:::: ::.:.::::..:.:::: :...:.::::.: ::.:
CCDS55 YSFKVPEFDGKNVSSILGFDSNQLPANAPIEDRRSAATCLQTRGMLLGVFDGHAGCACSQ
      120       130       140       150       160       170        

              160       170       180       190       200       210
pF1KSD AVSERLFYYVAVSLMSHQTLEHMEGAMESMKPLLPILHWLKHPGDSIYKDVTSVHLDHLR
       :::::::::.::::. :.:: ..:.:.:: . :::::.: :::.: . :........ ::
CCDS55 AVSERLFYYIAVSLLPHETLLEIENAVESGRALLPILQWHKHPNDYFSKEASKLYFNSLR
      180       190       200       210       220       230        

              220         230       240       250       260        
pF1KSD VYWQELLDLHM--EMGLSIEEALMYSFQRLDSDISLEIQAPLEDEVTRNLSLQVAFSGAT
       .:::::.::.      ....:::. .:.:::.::::: :.   .     : :.:::::::
CCDS55 TYWQELIDLNTGESTDIDVKEALINAFKRLDNDISLEAQVGDPNSFLNYLVLRVAFSGAT
      240       250       260       270       280       290        

      270       280       290       300       310       320        
pF1KSD ACMAHVDGIHLHVANAGDCRAILGVQEDNGMWSCLPLTRDHNAWNQAELSRLKREHPESE
       ::.:::::. :::::.:: ::.:::::..: :: . :. :::: :. :: ::: :::.::
CCDS55 ACVAHVDGVDLHVANTGDSRAMLGVQEEDGSWSAVTLSNDHNAQNERELERLKLEHPKSE
      300       310       320       330       340       350        

      330       340       350       360       370        380       
pF1KSD DRTIIMEDRLLGVLIPCRAFGDVQLKWSKELQRSILERGFNTEALNIY-QFTPPHYYTPP
        .... .:::::.:.: ::::::..::: .::. ..: : .    : : .: ::.:.:::
CCDS55 AKSVVKQDRLLGLLMPFRAFGDVKFKWSIDLQKRVIESGPDQLNDNEYTKFIPPNYHTPP
      360       370       380       390       400       410        

       390       400       410       420       430       440       
pF1KSD YLTAEPEVTYHRLRPQDKFLVLASDGLWDMLSNEDVVRLVVGHLAEADWHKTDLA--QRP
       :::::::::::::::::::::::.::::. .  .:::: .::.   .  :.  .:     
CCDS55 YLTAEPEVTYHRLRPQDKFLVLATDGLWETMHRQDVVR-IVGEYLTGMHHQQPIAVGGYK
      420       430       440       450        460       470       

         450         460       470       480       490       500   
pF1KSD ANLGLMQSLLLQR--KASGLHEADQNAATRLIRHAIGNNEYGEMEAERLAAMLTLPEDLA
       ..:: :..:: .:  : :.. : ::::::.:::::.::::.: .. :::. ::.:::.::
CCDS55 VTLGQMHGLLTERRTKMSSVFE-DQNAATHLIRHAVGNNEFGTVDHERLSKMLSLPEELA
       480       490        500       510       520       530      

           510       520         
pF1KSD RMYRDDITVTVVYFNSESIGAYYKGG
       ::::::::. :: :::. .:::    
CCDS55 RMYRDDITIIVVQFNSHVVGAYQNQE
        540       550       560  




529 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 05:55:28 2016 done: Thu Nov  3 05:55:28 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]