Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1318
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1318, 1388 aa
1>>>pF1KSDA1318 1388 - 1388 aa - 1388 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.7293+/-0.000688; mu= -11.4133+/- 0.042
mean_var=454.0731+/-97.162, 0's: 0 Z-trim(115.5): 133 B-trim: 426 in 1/53
Lambda= 0.060188
statistics sampled from 25953 (26063) to 25953 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.62), E-opt: 0.2 (0.306), width: 16
Scan time: 18.390
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011529300 (OMIM: 300965) PREDICTED: retrotransp (1388) 8922 791.1 0
XP_011529301 (OMIM: 300965) PREDICTED: retrotransp (1388) 8922 791.1 0
XP_016885184 (OMIM: 300965) PREDICTED: retrotransp (1388) 8922 791.1 0
XP_016885183 (OMIM: 300965) PREDICTED: retrotransp (1388) 8922 791.1 0
NP_065820 (OMIM: 300965) retrotransposon gag domai (1388) 8922 791.1 0
NP_001035194 (OMIM: 608424) mucin-17 precursor [Ho (4493) 615 70.2 3.9e-10
NP_001291288 (OMIM: 158373) mucin-5AC precursor [H (5654) 539 63.7 4.5e-08
NP_060876 (OMIM: 158372) mucin-4 isoform a precurs (5412) 515 61.6 1.8e-07
XP_011514552 (OMIM: 158371) PREDICTED: mucin-3A is (3076) 369 48.7 0.00078
XP_016867720 (OMIM: 158371) PREDICTED: mucin-3A is (3143) 369 48.7 0.0008
XP_011514551 (OMIM: 158371) PREDICTED: mucin-3A is (3245) 369 48.7 0.00082
XP_011514549 (OMIM: 158371) PREDICTED: mucin-3A is (3296) 369 48.7 0.00083
XP_011514548 (OMIM: 158371) PREDICTED: mucin-3A is (3313) 369 48.7 0.00083
NP_005951 (OMIM: 158371) mucin-3A precursor [Homo (3323) 369 48.8 0.00083
XP_016882989 (OMIM: 606154) PREDICTED: mucin-16 is (11159) 363 48.6 0.003
XP_016882988 (OMIM: 606154) PREDICTED: mucin-16 is (11186) 363 48.6 0.003
XP_011536691 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2078) 330 45.2 0.0061
XP_006719476 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 330 45.2 0.0061
XP_006719477 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 330 45.2 0.0061
XP_006719475 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 330 45.2 0.0061
NP_001157934 (OMIM: 604609) mucin-12 precursor [Ho (5335) 338 46.2 0.0077
>>XP_011529300 (OMIM: 300965) PREDICTED: retrotransposon (1388 aa)
initn: 8922 init1: 8922 opt: 8922 Z-score: 4208.3 bits: 791.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 8922; 100.0% identity (100.0% similar) in 1388 aa overlap (1-1388:1-1388)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSIPLHSLRFNNTMREENVEPQNKQMAFCRPMTETRADVQILHSHVQLPIVSTSASDPGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MSIPLHSLRFNNTMREENVEPQNKQMAFCRPMTETRADVQILHSHVQLPIVSTSASDPGG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD TSTQLMTSPVFDTMSAPLMGVPNSGALSPPLMPASDSGALSPLLMPASDSGALSPLLMPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TSTQLMTSPVFDTMSAPLMGVPNSGALSPPLMPASDSGALSPLLMPASDSGALSPLLMPA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LDSGTLSPLLSTSEYGVMSPGMMTIPDFGTMSATLMVAPDSAEISPLAMPAPSSGVVCTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LDSGTLSPLLSTSEYGVMSPGMMTIPDFGTMSATLMVAPDSAEISPLAMPAPSSGVVCTP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD IMSTSSSEAMSTPLMLAPDSGELSPILMQDMNPGVMSTQPVPAPSSEAMSPLQITDEDTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IMSTSSSEAMSTPLMLAPDSGELSPILMQDMNPGVMSTQPVPAPSSEAMSPLQITDEDTE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD AMSKVLMTALASGEISSLLMSGTDSEAISSLIMSAVASGGTSPQPTSTQNSGGIPTPLMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AMSKVLMTALASGEISSLLMSGTDSEAISSLIMSAVASGGTSPQPTSTQNSGGIPTPLMS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD DLDSGIMSSLLMSSPGSEVMSTPLLSVPDAGEMSTLPKPAPDAEAMSPALMTALPSGVMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DLDSGIMSSLLMSSPGSEVMSTPLLSVPDAGEMSTLPKPAPDAEAMSPALMTALPSGVMP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD TQTMPAPGSGAMSPWSTQNVDSEMMSNPPVRATASGVMSAPPVRALDSGAMSTPLMGAPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TQTMPAPGSGAMSPWSTQNVDSEMMSNPPVRATASGVMSAPPVRALDSGAMSTPLMGAPA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SGNMSTLQKTVPASGAMTTSLMTVPSSGVMSTEQMSATASRVMSAQLTMAKTSGAMPTGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SGNMSTLQKTVPASGAMTTSLMTVPSSGVMSTEQMSATASRVMSAQLTMAKTSGAMPTGS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD MKAVAKQYKRATASGKMSTPLRRAPTSGAMSTQPVTATASETMSMPQLTVPASGSMSMLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MKAVAKQYKRATASGKMSTPLRRAPTSGAMSTQPVTATASETMSMPQLTVPASGSMSMLQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD MRAPVSEAMSMPQMRTMASGLTSAAQMKAMTSGAMSTPLMTAQTSGSTSTLLMRDTASGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MRAPVSEAMSMPQMRTMASGLTSAAQMKAMTSGAMSTPLMTAQTSGSTSTLLMRDTASGV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD MSCPQMRSLASGALSKPLMTPKASGTMFTEKMTTTASEAMPTLLMRDTVSGALSMPQMTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MSCPQMRSLASGALSKPLMTPKASGTMFTEKMTTTASEAMPTLLMRDTVSGALSMPQMTD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD TASGGLSASLMRDTASGAMSTSQMTATVSGGMSMPLMRAQDPGVMPASLMRAKVSGKMLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TASGGLSASLMRDTASGAMSTSQMTATVSGGMSMPLMRAQDPGVMPASLMRAKVSGKMLS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD QPMSTQDPGGMSMSPMKSMTAGGMQMNSPTSDVMSTPTVRAWTSETMSTPLMRTSDPGER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QPMSTQDPGGMSMSPMKSMTAGGMQMNSPTSDVMSTPTVRAWTSETMSTPLMRTSDPGER
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD PSLLTRASSSGEMSLPLMRAPASGEIATPLRSPAYGAMSAPQMTATASGMMSSMPQVKAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PSLLTRASSSGEMSLPLMRAPASGEIATPLRSPAYGAMSAPQMTATASGMMSSMPQVKAP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD ISGAMSMPLTRSTASGGMSMPLMRAPDSRVTSTSQMMPTASGDMCTLPVRAPASGGVSSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ISGAMSMPLTRSTASGGMSMPLMRAPDSRVTSTSQMMPTASGDMCTLPVRAPASGGVSSP
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD LVRAPASGTMSTPLRRPSACETVSTELMRASASGHMSTAQTTAMVSGGMSKPLMRAPASG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LVRAPASGTMSTPLRRPSACETVSTELMRASASGHMSTAQTTAMVSGGMSKPLMRAPASG
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD TMPMPLMSAMASGEMSMPLMETMASGATSTLQTSVANSRSMSLSQTTYTVSGRMATAPIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TMPMPLMSAMASGEMSMPLMETMASGATSTLQTSVANSRSMSLSQTTYTVSGRMATAPIR
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD ASASGARSTSFMRASVSGSMPMPLPRATASGCGMGMSMPQMTATDSRGMSTPLMRASGPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ASASGARSTSFMRASVSGSMPMPLPRATASGCGMGMSMPQMTATDSRGMSTPLMRASGPG
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1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD TMSTPQTAFGVMSTPEIKATDSGEASTSHINITASGSKPTSHMTATTPETAKPPPKEVPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TMSTPQTAFGVMSTPEIKATDSGEASTSHINITASGSKPTSHMTATTPETAKPPPKEVPS
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD FGMLTPALCYLLEEQEAARGSCSVEEEMEIDEEKQMKGFLDDSERMAFLVSLHLGAAERW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FGMLTPALCYLLEEQEAARGSCSVEEEMEIDEEKQMKGFLDDSERMAFLVSLHLGAAERW
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD FILQMEVGEPLSHENKSFLRRSQGIYDSLSEIDILSAVLCHPKQGQKSVRQYATDFLLLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FILQMEVGEPLSHENKSFLRRSQGIYDSLSEIDILSAVLCHPKQGQKSVRQYATDFLLLA
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD RHLSWSDAILRTRFLEGLSEAVTTKMGRIFLKVAGSLKELIDRSLYTECQLAEEKDSPGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RHLSWSDAILRTRFLEGLSEAVTTKMGRIFLKVAGSLKELIDRSLYTECQLAEEKDSPGN
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD SSQVLPTACKRNNEEAMGNELSSQQQTEEHQHVSKRCYYLKEHGDPQEGLHDHLGQSTGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SSQVLPTACKRNNEEAMGNELSSQQQTEEHQHVSKRCYYLKEHGDPQEGLHDHLGQSTGH
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD HQKAHTNK
::::::::
XP_011 HQKAHTNK
>>XP_011529301 (OMIM: 300965) PREDICTED: retrotransposon (1388 aa)
initn: 8922 init1: 8922 opt: 8922 Z-score: 4208.3 bits: 791.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 8922; 100.0% identity (100.0% similar) in 1388 aa overlap (1-1388:1-1388)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSIPLHSLRFNNTMREENVEPQNKQMAFCRPMTETRADVQILHSHVQLPIVSTSASDPGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MSIPLHSLRFNNTMREENVEPQNKQMAFCRPMTETRADVQILHSHVQLPIVSTSASDPGG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD TSTQLMTSPVFDTMSAPLMGVPNSGALSPPLMPASDSGALSPLLMPASDSGALSPLLMPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TSTQLMTSPVFDTMSAPLMGVPNSGALSPPLMPASDSGALSPLLMPASDSGALSPLLMPA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LDSGTLSPLLSTSEYGVMSPGMMTIPDFGTMSATLMVAPDSAEISPLAMPAPSSGVVCTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LDSGTLSPLLSTSEYGVMSPGMMTIPDFGTMSATLMVAPDSAEISPLAMPAPSSGVVCTP
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190 200 210 220 230 240
pF1KSD IMSTSSSEAMSTPLMLAPDSGELSPILMQDMNPGVMSTQPVPAPSSEAMSPLQITDEDTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IMSTSSSEAMSTPLMLAPDSGELSPILMQDMNPGVMSTQPVPAPSSEAMSPLQITDEDTE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD AMSKVLMTALASGEISSLLMSGTDSEAISSLIMSAVASGGTSPQPTSTQNSGGIPTPLMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AMSKVLMTALASGEISSLLMSGTDSEAISSLIMSAVASGGTSPQPTSTQNSGGIPTPLMS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD DLDSGIMSSLLMSSPGSEVMSTPLLSVPDAGEMSTLPKPAPDAEAMSPALMTALPSGVMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DLDSGIMSSLLMSSPGSEVMSTPLLSVPDAGEMSTLPKPAPDAEAMSPALMTALPSGVMP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD TQTMPAPGSGAMSPWSTQNVDSEMMSNPPVRATASGVMSAPPVRALDSGAMSTPLMGAPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TQTMPAPGSGAMSPWSTQNVDSEMMSNPPVRATASGVMSAPPVRALDSGAMSTPLMGAPA
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430 440 450 460 470 480
pF1KSD SGNMSTLQKTVPASGAMTTSLMTVPSSGVMSTEQMSATASRVMSAQLTMAKTSGAMPTGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SGNMSTLQKTVPASGAMTTSLMTVPSSGVMSTEQMSATASRVMSAQLTMAKTSGAMPTGS
430 440 450 460 470 480
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pF1KSD MKAVAKQYKRATASGKMSTPLRRAPTSGAMSTQPVTATASETMSMPQLTVPASGSMSMLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MKAVAKQYKRATASGKMSTPLRRAPTSGAMSTQPVTATASETMSMPQLTVPASGSMSMLQ
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pF1KSD MRAPVSEAMSMPQMRTMASGLTSAAQMKAMTSGAMSTPLMTAQTSGSTSTLLMRDTASGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MRAPVSEAMSMPQMRTMASGLTSAAQMKAMTSGAMSTPLMTAQTSGSTSTLLMRDTASGV
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pF1KSD MSCPQMRSLASGALSKPLMTPKASGTMFTEKMTTTASEAMPTLLMRDTVSGALSMPQMTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MSCPQMRSLASGALSKPLMTPKASGTMFTEKMTTTASEAMPTLLMRDTVSGALSMPQMTD
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pF1KSD TASGGLSASLMRDTASGAMSTSQMTATVSGGMSMPLMRAQDPGVMPASLMRAKVSGKMLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TASGGLSASLMRDTASGAMSTSQMTATVSGGMSMPLMRAQDPGVMPASLMRAKVSGKMLS
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pF1KSD QPMSTQDPGGMSMSPMKSMTAGGMQMNSPTSDVMSTPTVRAWTSETMSTPLMRTSDPGER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QPMSTQDPGGMSMSPMKSMTAGGMQMNSPTSDVMSTPTVRAWTSETMSTPLMRTSDPGER
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pF1KSD PSLLTRASSSGEMSLPLMRAPASGEIATPLRSPAYGAMSAPQMTATASGMMSSMPQVKAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PSLLTRASSSGEMSLPLMRAPASGEIATPLRSPAYGAMSAPQMTATASGMMSSMPQVKAP
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pF1KSD ISGAMSMPLTRSTASGGMSMPLMRAPDSRVTSTSQMMPTASGDMCTLPVRAPASGGVSSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ISGAMSMPLTRSTASGGMSMPLMRAPDSRVTSTSQMMPTASGDMCTLPVRAPASGGVSSP
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910 920 930 940 950 960
pF1KSD LVRAPASGTMSTPLRRPSACETVSTELMRASASGHMSTAQTTAMVSGGMSKPLMRAPASG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LVRAPASGTMSTPLRRPSACETVSTELMRASASGHMSTAQTTAMVSGGMSKPLMRAPASG
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD TMPMPLMSAMASGEMSMPLMETMASGATSTLQTSVANSRSMSLSQTTYTVSGRMATAPIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TMPMPLMSAMASGEMSMPLMETMASGATSTLQTSVANSRSMSLSQTTYTVSGRMATAPIR
970 980 990 1000 1010 1020
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pF1KSD ASASGARSTSFMRASVSGSMPMPLPRATASGCGMGMSMPQMTATDSRGMSTPLMRASGPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ASASGARSTSFMRASVSGSMPMPLPRATASGCGMGMSMPQMTATDSRGMSTPLMRASGPG
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pF1KSD TMSTPQTAFGVMSTPEIKATDSGEASTSHINITASGSKPTSHMTATTPETAKPPPKEVPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TMSTPQTAFGVMSTPEIKATDSGEASTSHINITASGSKPTSHMTATTPETAKPPPKEVPS
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD FGMLTPALCYLLEEQEAARGSCSVEEEMEIDEEKQMKGFLDDSERMAFLVSLHLGAAERW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FGMLTPALCYLLEEQEAARGSCSVEEEMEIDEEKQMKGFLDDSERMAFLVSLHLGAAERW
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD FILQMEVGEPLSHENKSFLRRSQGIYDSLSEIDILSAVLCHPKQGQKSVRQYATDFLLLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FILQMEVGEPLSHENKSFLRRSQGIYDSLSEIDILSAVLCHPKQGQKSVRQYATDFLLLA
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD RHLSWSDAILRTRFLEGLSEAVTTKMGRIFLKVAGSLKELIDRSLYTECQLAEEKDSPGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RHLSWSDAILRTRFLEGLSEAVTTKMGRIFLKVAGSLKELIDRSLYTECQLAEEKDSPGN
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD SSQVLPTACKRNNEEAMGNELSSQQQTEEHQHVSKRCYYLKEHGDPQEGLHDHLGQSTGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SSQVLPTACKRNNEEAMGNELSSQQQTEEHQHVSKRCYYLKEHGDPQEGLHDHLGQSTGH
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD HQKAHTNK
::::::::
XP_011 HQKAHTNK
>>XP_016885184 (OMIM: 300965) PREDICTED: retrotransposon (1388 aa)
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XP_016 HQKAHTNK
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NP_065 IMSTSSSEAMSTPLMLAPDSGELSPILMQDMNPGVMSTQPVPAPSSEAMSPLQITDEDTE
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NP_065 DLDSGIMSSLLMSSPGSEVMSTPLLSVPDAGEMSTLPKPAPDAEAMSPALMTALPSGVMP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SGNMSTLQKTVPASGAMTTSLMTVPSSGVMSTEQMSATASRVMSAQLTMAKTSGAMPTGS
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NP_065 MRAPVSEAMSMPQMRTMASGLTSAAQMKAMTSGAMSTPLMTAQTSGSTSTLLMRDTASGV
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pF1KSD MSCPQMRSLASGALSKPLMTPKASGTMFTEKMTTTASEAMPTLLMRDTVSGALSMPQMTD
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NP_065 MSCPQMRSLASGALSKPLMTPKASGTMFTEKMTTTASEAMPTLLMRDTVSGALSMPQMTD
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pF1KSD TASGGLSASLMRDTASGAMSTSQMTATVSGGMSMPLMRAQDPGVMPASLMRAKVSGKMLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TASGGLSASLMRDTASGAMSTSQMTATVSGGMSMPLMRAQDPGVMPASLMRAKVSGKMLS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD QPMSTQDPGGMSMSPMKSMTAGGMQMNSPTSDVMSTPTVRAWTSETMSTPLMRTSDPGER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 QPMSTQDPGGMSMSPMKSMTAGGMQMNSPTSDVMSTPTVRAWTSETMSTPLMRTSDPGER
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 PSLLTRASSSGEMSLPLMRAPASGEIATPLRSPAYGAMSAPQMTATASGMMSSMPQVKAP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LVRAPASGTMSTPLRRPSACETVSTELMRASASGHMSTAQTTAMVSGGMSKPLMRAPASG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TMPMPLMSAMASGEMSMPLMETMASGATSTLQTSVANSRSMSLSQTTYTVSGRMATAPIR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 ASASGARSTSFMRASVSGSMPMPLPRATASGCGMGMSMPQMTATDSRGMSTPLMRASGPG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TMSTPQTAFGVMSTPEIKATDSGEASTSHINITASGSKPTSHMTATTPETAKPPPKEVPS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 FGMLTPALCYLLEEQEAARGSCSVEEEMEIDEEKQMKGFLDDSERMAFLVSLHLGAAERW
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 FILQMEVGEPLSHENKSFLRRSQGIYDSLSEIDILSAVLCHPKQGQKSVRQYATDFLLLA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 RHLSWSDAILRTRFLEGLSEAVTTKMGRIFLKVAGSLKELIDRSLYTECQLAEEKDSPGN
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NP_065 SSQVLPTACKRNNEEAMGNELSSQQQTEEHQHVSKRCYYLKEHGDPQEGLHDHLGQSTGH
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pF1KSD HQKAHTNK
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NP_065 HQKAHTNK
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: . .:: .. . ::.:: . .. : : : : : . .: : .: . .::
NP_001 PLPSFEAYTSLTYKVDMSTPL--TTSTQASSSPTTPESTT-------IPKSTNSEGSTPL
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::: .:.. : . . .: .. : :.:: .: .:: :. :::.:
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::. . .:. :... ... :: : . ::. .:.. :. : : .
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: . .... ... :..:.:.: .. .:. :.:. :: .:.: ..
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. . : : :. : . . :. :: .: . . :. : : :.: :. : :
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:. : : . : ::..: :. .: : : :: :::. . . ..:..:
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pF1KSD APPVRALDSGAMSTPLMGAPASGNMSTLQKTVPASGAMTTSLMTVP---SSGVMSTEQMS
::. ..: ::: :. .::. .:.:.... ...: :.: :. : .. . :
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.... .... : . . :. : .: . .. . :: .:: . :
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..:..: ::: : :. .. .: . .. . : . :... ... . .. :
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pF1KSD STPLMTAQTSGSTSTLLMRDTASGVMSCPQMRSLASGALSKPL-MTPKASGTMFTEKMTT
:. . :: ::: . . .. . : : .:.... .. : :: ..: : :.
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670 680 690 700 710 720
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: . . :: :..:: ::: :.: : : :. : .: .. ::. ..:.: .
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:: : .. .. .:. : :.:.:: . : ::. :. .. ..::
NP_001 PL----DTSTHITTSTEASCSPTTTEGTSMPISTPSEG----SPLLTSIPVSITPVTSPE
780 790 800 810 820
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....:: : . . : :: . . :.: :. : . : :. :: :.: .: .
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. : ...:. . ... :. . . : . ::: ... : : :: :::
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:.: .. . .. : : :: . .. ..::: . .: ::: . : . ::
NP_001 PVVSSEARTLSATPVDTST-PV-TTSTEATSSPTTAEGTSIPTSTPSEGTTPLTSTPVSH
940 950 960 970 980 990
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pF1KSD ELMRASASGHMSTAQTTAMVSGGMSKPLMRAP--ASGT-MPMPLMSAMASGEMSMPLMET
:. : .. .::. . . . : : : :: :: : .. ::. :
NP_001 TLVANSEASTLSTTPVDSNTPLTTSTEASSPPPTAEGTSMPTSTPSEGSTPLTRMPVSTT
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pF1KSD M-ASGATSTLQTSVANSRS--MSLSQ-TTYTVSGRMATAPIRASASGARSTSFMRASVSG
: ::. ::::.:. :.. . . :: .. .... .. : . . : :: . . ::
NP_001 MVASSETSTLSTTPADTSTPVTTYSQASSSSTTADGTSMPTSTYSEG--STPLTSVPVST
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pF1KSD SMPMPLPRATASGCGMGMSMPQMTATDS-------RGMSTPLMRASGPGTMSTPQTAFGV
. . .: : . :.: :.:.. .: : : .: :. .:: ... :
NP_001 RLVVSSEASTLSTTPVDTSIPVTTSTEASSSPTTAEGTSIP---TSPPSEGTTPLASMPV
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pF1KSD MSTPEIKATDSGEASTSHINITASGSKPTSHMTATTPETAKPPPK-EVPSFGMLTPALCY
.: . :.::.: .. : :: ..::. :...::: :: :. ::
NP_001 STTLVV----SSEANT--LSTTPVDSKT---QVATSTEASSPPPTAEVTSMPTSTPGERS
1170 1180 1190 1200 1210
1160 1170 1180 1190 1200 1210
pF1KSD LLEEQEAARGSCSVEEEMEIDEEKQMKGFLDDSERMAFLVSLHLGAAERWFILQMEVGEP
NP_001 TPLTSMPVRHTPVASSEASTLSTSPVDTSTPVTTSAETSSSPTTAEGTSLPTSTTSEGST
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: . : .: : .:. .: ...: .
NP_001 LSTSPVDTSTPVTTSAETSSSPTTAEGTSLPTSTTSEGSTLLTS---IPVSTTLVTSPEA
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pF1KSD TSTQLMTSPVFDTMSAPLMGVPNSGALSPPLMPASDSGALSPLLMPASD-SGALSPLLMP
.. :.:.:: :: ..: : .:. .: :: .. ::.: : . .::
NP_001 ST--LLTTPV-DT-KGP---VVTSNEVSSSPTPAEGTS------MPTSTYSEGRTPLTSI
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pF1KSD ALDSGTLSPLLSTSEYGVMSPGMMTIPDFGTMSATLMVAPDSAEISPLAMPAPSSGVVCT
... :...: ...: . : :. .: ..: . . :: :. :
NP_001 PVNT----TLVASSAISILSTTPVDNSTPVTTSTEACSSPTTSEGTSMPNSNPSEGT--T
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pF1KSD PIMSTSSSEAMSTPLMLAPDSGELSPILMQDMNPGVMSTQPVPAPSS-EAMS-PLQITDE
:. : : .::.. . ... :: .. .::. :.. . .:.. :..: : . .:
NP_001 PLTSIPVS---TTPVV-SSEASTLSATPVDTSTPGTTSAEATSSPTTAEGISIPTSTPSE
1400 1410 1420 1430 1440 1450
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pF1KSD DTEAMSKVLM--TALASGEISSLLMSGTDSEAISSLIMSAVASGGTSPQPT-STQNSGGI
.... . : .:..: :.: . .::. : .. :...: .:: :. .:. . .
NP_001 GKTPLKSIPVSNTPVANSEASTLSTTPVDSN--SPVVTSTAVS--SSPTPAEGTSIAIST
1460 1470 1480 1490 1500
300 310 320 330 340 350
pF1KSD PTPLMSDLDS-GIMSSLLMSSPGSEVMSTP-LLSVP--DAGEMSTLPKPAPDAEAMSPAL
:. . : : . .. . :: . . .:: . :.: .. :. : : :. .:. .
NP_001 PSEGSTALTSIPVSTTTVASSEINSLSTTPAVTSTPVTTYSQASSSPTTA-DGTSMQTST
1510 1520 1530 1540 1550 1560
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pF1KSD MT--ALPSGVMPTQTMPAPGSGAMSPWSTQNVDSEMMSNPPVRATASGVMSAPPVRALDS
.. . : .:..:: . .: : . :: .::. ...::: :. . .:
NP_001 YSEGSTPLTSLPVSTMLVVSSEA-NTLSTTPIDSK------TQVTASTEASSSTTAEGSS
1570 1580 1590 1600 1610 1620
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pF1KSD GAMSTPLMGAPASGNMSTLQKTVPASGAMTTSLMTVP---SSGVMSTEQMSATASRVMSA
..::: :.: .. . .:.:... ...: :.: .: :... ..:.. . . ..
NP_001 MTISTPSEGSPLLTSIPV--STTPVASPEASTLSTTPVDSNSPVITSTEVSSSPTPAEGT
1630 1640 1650 1660 1670
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pF1KSD QL-TMAKTSGAMPTGSMKAVAKQYKRATASGKMSTPLRRAPTSGAMSTQPVTATASETMS
.. : . : : : :. . . .. : .::. . . . . :.:: :
NP_001 SMPTSTYTEGRTPLTSITVRTTPVASSAISTLSTTPVDNSTPVTTSTEARSSPTTSEGTS
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pF1KSD MPQLTVPASGSMSMLQMRAPVSEAMSMPQMRTMASGLTSAAQMKAMTSGAMSTPLMTAQT
::. ..:. :. . .. . .. ..: :. . ... . . : : :.: . :
NP_001 MPN-STPSEGTTPLTSIPVSTTPVLSSEASTLSATPIDTSTPVTTSTE-ATSSPTTAEGT
1740 1750 1760 1770 1780 1790
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pF1KSD SGSTSTLLMRDTASGVMSCPQMRSLASGALSKPLMTPKASGTMFTEKMTTTASEAMPTLL
: :::: . . . : : ..:.... .. : : .... . .:.:: . ::
NP_001 SIPTSTL--SEGMTPLTSTPVSHTLVANSEASTLSTTPVDSN--SPVVTSTAVSSSPT--
1800 1810 1820 1830 1840 1850
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pF1KSD MRDTVSGALSMPQMTDTASGGLSASLMRDTASGAMSTSQMTATVSGGMSMPLMRAQDPGV
. .: : : :. .:: .. .: :.. : : .. .:. . : :. . .
NP_001 PAEGTSIATSTPSEGSTALTSIPVS----TTTVASSETNTLSTTPAVTSTPVTTYAQVSS
1860 1870 1880 1890 1900
710 720 730 740 750 760
pF1KSD MPASLMRAKVSGKMLSQPMSTQDPGGMSMSPMKSMTAGGMQMNSPTSDVMSTPTVRAWTS
:.. : :. : : . : .. :... :... ..:. .. . .: : . :
NP_001 SPTT---ADGSSMPTSTPREGRPP--LTSIPVSTTTVASSEINTLSTTLADTRTPVTTYS
1910 1920 1930 1940 1950 1960
770 780 790 800 810
pF1KSD ETMSTPLMRTSDPGERPSLLTRASSSGEMSLPL-----MRAPASGEIATPL--RSPAYGA
.. :.: :.: :. .:. :.:: . . :: .::. .:: .
NP_001 QASSSPT--TADGTSMPTPAYSEGSTPLTSMPLSTTLVVSSEASTLSTTPVDTSTPATTS
1970 1980 1990 2000 2010
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pF1KSD MSAPQMTATASG--MMSSMPQVKA-PISGAMSMPLTRSTASGGMSMPLMRAP-DSR--VT
. . .::.: ...: :. .. :..: ::.. . . .. . : .: ::. ::
NP_001 TEGSSSPTTAGGTSIQTSTPSERTTPLAG---MPVSTTLVVSSEGNTLSTTPVDSKTQVT
2020 2030 2040 2050 2060 2070
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pF1KSD STSQMMPTASGDMCTLPVRAPASGGVSSPLVRA-PASGTMSTPLRRPSACETVSTELMRA
.... .:... .. . ::. : :::. . : : .::. : : :.:: . .
NP_001 NSTEASSSATAEGSSMTISAPSEG---SPLLTSIPLS---TTPVASPEAS-TLSTTPVDS
2080 2090 2100 2110 2120
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pF1KSD SASGHMSTAQTTAMVSGGMSKPLMRAPASGT-MPMPLMSAMASGEMSMPLMETM-ASGAT
. : . :.. :: :.:. :. :: : .: . :::. :. ::.:
NP_001 N-----SPVITSTEVS---SSPI---PTEGTSMQTSTYSDRRTPLTSMPVSTTVVASSAI
2130 2140 2150 2160 2170
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pF1KSD STLQTSVANSRSMSLSQT---TYTVSGRMATAPIRASASGARSTSFMRASVSGSMPMPLP
:::.:. ... . ..: . .... .. : . . : :: : :: .::.
NP_001 STLSTTPVDTSTPVTNSTEARSSPTTSEGTSMPTSTPSEG--STPFTSMPVS-TMPVVTS
2180 2190 2200 2210 2220 2230
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pF1KSD RA-TASGCGMGMSMPQMTATDSRGMSTPLMRASGPGTMSTPQTAFGVMSTPEIKATDSGE
.: : :. . : : :.:.. :.: ... :: : : .... .:: . . ..
NP_001 EASTLSATPVDTSTPVTTSTEA--TSSP---TTAEGT-SIPTSTLSEGTTP-LTSIPVSH
2240 2250 2260 2270 2280
1110 1120 1130 1140 1150 1160
pF1KSD ASTSHINITASGSKPTSHMT--ATTPETAKPPPKEVPSFGMLTPALCYLLEEQEAARGSC
. ... .... .. :.. : .:. :...:::
NP_001 TLVANSEVSTLSTTPVDSNTPFTTSTEASSPPPTAEGTSMPTSTSSEGNTPLTRMPVSTT
2290 2300 2310 2320 2330 2340
1170 1180 1190 1200 1210 1220
pF1KSD SVEEEMEIDEEKQMKGFLDDSERMAFLVSLHLGAAERWFILQMEVGEPLSHENKSFLRRS
NP_001 MVASFETSTLSTTPADTSTPVTTYSQAGSSPTTADDTSMPTSTYSEGSTPLTSVPVSTMP
2350 2360 2370 2380 2390 2400
>>NP_001291288 (OMIM: 158373) mucin-5AC precursor [Homo (5654 aa)
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. . :. .: ... . : : .: ::. .. :. . : .: :
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: .:. :. . .: . .. : ... :. .:. :.: . ..: : .: : :
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..: ..:: ::. ... .: : .. :. :.: . . :.: :. .:
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::. :. .. .. . :. :.. :.. : .. . . :: . .. : :. .
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::: .. .... . : :. : . .. :. : . .. :
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: :... :. : .... . . .. . .... . . . :: . .
NP_001 GEKICRRPEEITRLQCRAESHPEVSIEHLGQVVQCSREEGLVCRNQDQQGPFKMCLNYEV
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: ..: . ... :::: .. . . : :.... : . :. . . . : ::
NP_001 RVLCCETPKGCPVTSTPVTAPSTPS---GRATSPTQSTSSWQKSRTTTLVTTSTTSTPQT
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: .. ::. .. :..: .: .: :...::. : :.:: . . .: .
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: : . ... : : . .::.. . :: . . .:.. : :: . : :. . ..:
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: : . .:: .:.... : : . . ::. :. . ..... .. .:. :
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. : : .:::.: ::. ::. . .. : :: :: :: :: . .:.
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. : :. . .:: .:: :. .. ::: ..:... :. ...: . .:
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: .:. :: .:.::.: :.:: : : .:... .:.: .:. :::
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.: : : :: :.:: .... . :..::. :.:: . : .:...:
NP_001 ASTTSGPGTTPSPVPTTSTTSASTTSTISLPTTSTTSAPITSMTSGPGTTP-SPVPTTST
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: :. ... : . . . : .:. : . : . ..:. :.:: .. .:.
NP_001 TSAPTTSTTSASTASTTSGPGTTPSPVPTTSTTSAPTTSTTSASTASTTSGPGTSLSPVP
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.:...: .:: .: :. : :.: .... : : ..: :::
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:: .: .: ..: ...::::.... .. :.:..
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.. . . : :.. . . :.. . . :: . ..: ::. .:: ..
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. .. . : .: :: . .. .: :.:..... .: ::.:. . :: :
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:. .. . :. :.... ::.:.:. : .. . :: .. .. .: .: :
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:. :. .. .. .: :: . . : : :. ::. : . :.: ... : .
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:..... . :. . ::.... :.: . : . .: .::.... : :.: :..
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:::. ..:.... :. .:.:.: . ..... .:. . .::.: ... .:.::
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.:: . . :..: .:. ..:... : : : : ::.... :
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::.. . : : :... ::... : :... :.: .. .:::. :.. .
NP_001 APTTSTTSAPTTSTISAPTTSTTS--ATTTSTTSAPTPRRTSAPTTSTISASTTSTTSAT
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. : .....: : . : : : . : :.. . : .:.. : :: . :
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.. :.. :.:. . .:: .: ... : : :. . .:.: . .. . :
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: .: .: : : :. .::. . :.::. . .. : :: :: :
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: : :.... .:.: . .: .:: :. ...:.: ..:... :. ...:
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. .: : .:. :: . .::. ::.: . ::... :.:
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. ::...: :.: .. : :: .: . ..:.::...:: . : .:
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...: : : : ... .: : : .. .::: ..:.: :.. .:. : .
NP_001 TTSTTSAPTTSTTSAATTSTISAPTTSTTSAPTTSTTSASTA-SKTSGLGTTPSPIPTTS
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.:.: .:...: ..: ..: :. : :.: ... . :. ..:.. ::
NP_001 TTSPPTTSTTSASTAS--KTSGPGTTPSPVPTTST------IFAPRTSTTSASTTST---
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. :::: .: .: .... ...::::.
NP_001 -TPGPGTTPSP--------VPTTSTASVSKTSTSHVSISKTTHSQPVTRDCHLRCTWTKW
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:. .::: . ..:: .::.. : : :. ::. .: .:: :..:.
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: . . .... .:: . :::. . ::.. :..: ..:: .:. :.. .
NP_060 TPLPVTSLSSVSTGDTTPLPVTNPSSASTGHATPLLVTDAS-SISTGHATSLLVTDASSV
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: ..: . . .:: . .: : . :: . . :: . . .....:. .::
NP_060 STGHATALHDTDASSLSTGDTTPLPVT---SPSSTSTGDTTPLPVTETSSVSTGHATSLP
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.. :.: . .:: . :....: ..: : ::. ..: . : :. : . ..:
NP_060 VTDTSSASTGHATSLPVTDTSSASTGHATPLPVTDTSSASTGQATPLPVTSPSSASTGHA
2170 2180 2190 2200 2210 2220
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pF1KSD SSLLMS--SPGSEVMSTPL--LSVPDAGEMSTLPKPAPDAEAMSPALMTALP----SGVM
::.. : .: ..::: :. .:. .: : :. :: ..: . :.:: :.:
NP_060 IPLLVTDTSSASTGQATPLPVTSLSSASTGDTTPLPVTDASSVSTGHATSLPVTSLSSVS
2230 2240 2250 2260 2270 2280
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.: : : . :: :... . . . ....: . :: .:.:.. .::: .
NP_060 TGDTTPLP---VTSPSSASTGHATPLHVTDASSASTGHATPLPVTSLSSASTGDTTPLPV
2290 2300 2310 2320 2330
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.:.: :. . :. : ::.. : . .: .. :..:: .. : .. .:
NP_060 TSPSSASTGHATPLHVT-DASSVSTGDTTPLPVTS-------SSSASSGHTTPLPVTDAS
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.: ::. . ....:. . :. . ..: . ::: ..:: . : :
NP_060 SA-STGDTTPLPVTDTSSASTGHATHLPVTGLSSASTGDTTRLPVTNVSSASTGHATP-L
2400 2410 2420 2430 2440
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: ...: : . : ... :. .: .:.:..... . . . .. ..:
NP_060 PVTSTSSASTGDTTPLPGTDTSSVSTGHTTPLLVTDASSVSTGDTTRLPVTSPSSASTGH
2450 2460 2470 2480 2490 2500
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pF1KSD TSTLLMRDTASGVMSCPQMRSLASGALSKPLMTPKASGTMFTEKMTTTASEA--MPTLLM
:. : . :: :. : . : :. : : .:.. : ......: .:.
NP_060 TTPLPVTDTPSA--STGDTTPLPVTNASS-LSTRHATSLHVTSPSSASTGHATSLPVTDT
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pF1KSD RDTVSG-ALSMP-QMTDTASGGLSASL-MRDTASGAMSTSQMT-------ATVSGGMSMP
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NP_060 SAASTGHATPLPVTSTSSASTGDTTPLPVTDTYSA--STGQATPLPVTSLSSVSTGDTTP
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. .:. ..: .: . . . .....: . .: .. . .: . . :: . :.:
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: : . :: . : :.. :: . :: : .::: : ::.: ..:: .
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::.. : :. :. : .: : ..:: :: . :.. :: : . ::
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. ..: . :.:. .:....:. . .:. .: ..: ...: .. ..: :
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. ..:. . .:. . :. .::: ...::. .:.: . :: .. :.
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: : .. .:: . ... . . . : : :: .: .: .:. :: : :
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: : ... :. . : :. : .:: :. : .:... :. .. : :..
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::.:: . . . : : .. .: :. .:...:. :: . . . : :
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:. ..:. : :.. .: . .. ..... . .::: : . .::.. :.:
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: . . ..: .: :. . .. ::.. :.:: :: : :.. : :
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: . : : ... .. . . . : ..: :: .: . . .. . . :...:
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.. : . ..:. .: .:.. : . . ::. . .. :.: . . .:
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. .. .: ...: .....:... ..: ::.. :: :: :: : .:::
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:. . ::. . .::: .: .: .:: : : ..: . ..: ..
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...: . ...:.. ::.: : .:. : : ::: . ::.:. . :. . .
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:... :.. . . .. .... . .. :: : : ..: . :..::.. . ..
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:. . .: . : ...... : ...:. :.: :: .: :. : :
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. .: . .: . ...:: : ..:. . .. . .. .:.: . .
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::: . .: : .: ..: . :. : : .. :: :. : ..:. :. .:..
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