FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA1246, 789 aa 1>>>pF1KSDA1246 789 - 789 aa - 789 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1282+/-0.000989; mu= 4.4544+/- 0.060 mean_var=256.1571+/-52.196, 0's: 0 Z-trim(113.8): 132 B-trim: 5 in 2/52 Lambda= 0.080135 statistics sampled from 14234 (14373) to 14234 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.741), E-opt: 0.2 (0.442), width: 16 Scan time: 5.020 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS34443.1 LRFN2 gene_id:57497|Hs108|chr6 ( 789) 5259 621.7 1.4e-177 CCDS9678.1 LRFN5 gene_id:145581|Hs108|chr14 ( 719) 2368 287.4 5.5e-77 CCDS12483.1 LRFN3 gene_id:79414|Hs108|chr19 ( 628) 2056 251.3 3.6e-66 CCDS81800.1 LRFN5 gene_id:145581|Hs108|chr14 ( 466) 1843 226.6 7.5e-59 CCDS8153.1 LRFN4 gene_id:78999|Hs108|chr11 ( 635) 1642 203.5 9.3e-52 CCDS46071.1 LRFN1 gene_id:57622|Hs108|chr19 ( 771) 1585 196.9 1e-49 CCDS42595.1 LRRC4B gene_id:94030|Hs108|chr19 ( 713) 525 74.4 7.5e-13 >>CCDS34443.1 LRFN2 gene_id:57497|Hs108|chr6 (789 aa) initn: 5259 init1: 5259 opt: 5259 Z-score: 3301.4 bits: 621.7 E(32554): 1.4e-177 Smith-Waterman score: 5259; 100.0% identity (100.0% similar) in 789 aa overlap (1-789:1-789) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KSD GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KSD RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KSD DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KSD GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KSD LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KSD AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KSD PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KSD LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KSD IIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPSKMAAAVSNVYSQTNGAQPPPPSSAPAGAPPQGPP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 IIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPSKMAAAVSNVYSQTNGAQPPPPSSAPAGAPPQGPP 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KSD KVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPSAPRPKPSLDRLMGAF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 KVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPSAPRPKPSLDRLMGAF 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 pF1KSD ASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAGTSARGHHSDREPLLGPPAARARSLLPLPLEGKAKR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 ASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAGTSARGHHSDREPLLGPPAARARSLLPLPLEGKAKR 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 pF1KSD SHSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRSLSVNGMLLPFEESDLVGARGTFGS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 SHSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRSLSVNGMLLPFEESDLVGARGTFGS 730 740 750 760 770 780 pF1KSD SEWVMESTV ::::::::: CCDS34 SEWVMESTV >>CCDS9678.1 LRFN5 gene_id:145581|Hs108|chr14 (719 aa) initn: 1809 init1: 1182 opt: 2368 Z-score: 1495.6 bits: 287.4 E(32554): 5.5e-77 Smith-Waterman score: 2368; 51.7% identity (77.9% similar) in 702 aa overlap (1-691:1-696) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG :: .: :. .:.: . . ::: :::: :: .:.::: .::::::::.::::::::::. 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CCDS96 IIVASVLVFIIILMIRYKVCNNNGQHKVTK-VSNVYSQTNGAQIQGCSVTLPQSVSKQAV 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KSD GAPPQGPPKVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSG--EAAGLGRAPWRIPPSAPRPK : .. .. ..... . . . ..:...:.: . ...... : . : . CCDS96 GHEENAQCCKATSDNVIQSSETCSSQDSSTTTSALPPSWTSSTSVSQKQKRKTGTKPSTE 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 pF1KSD PSLDRLMGAFASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAG-TSARGHHSDREPLLGPPAARARSL :. . . .. .. ... : :: : . : :: :.: CCDS96 PQNEAVTNVESQNTNRNNSTALQLASRPPDSVTEGPTSKRAHIKPNALLTNVDQIVQETQ 660 670 680 690 700 710 710 720 730 740 750 760 pF1KSD LPLPLEGKAKRSHSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRSLSVNGMLLPFEES CCDS96 RLELI >>CCDS12483.1 LRFN3 gene_id:79414|Hs108|chr19 (628 aa) initn: 1939 init1: 1459 opt: 2056 Z-score: 1301.5 bits: 251.3 E(32554): 3.6e-66 Smith-Waterman score: 2056; 53.5% identity (76.7% similar) in 589 aa overlap (16-596:23-603) 10 20 30 40 50 pF1KSD METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRR :. . ::. : ::. : :..:::. :::::::..::: CCDS12 MAILPLLLCLLPLAPASSPPQSATPSPCPRRCRCQTQSLPLSVLCPGAGLLFVPPSLDRR 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KSD TVELRLGGNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLP ..::::. ::: . :.:.::::::. :.:::::: :. .: ::..::.::::.::: CCDS12 AAELRLADNFIASVRRRDLANMTGLLHLSLSRNTIRHVAAGAFADLRALRALHLDGNRLT 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KSD SLGEDTLRGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMV :::: :::::::.:::..::::...: :..: ::::::::::::. :::... :. CCDS12 SLGEGQLRGLVNLRHLILSNNQLAALAAGALDDCAETLEDLDLSYNNLEQLPWEALGRLG 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KSD NLHQLSLDHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAP :.. :.:::::: . :.:. :.::::::.::::: .::::.:.: : : : . CCDS12 NVNTLGLDHNLLASVPAGAFSRLHKLARLDMTSNRLTTIPPDPLFSR---LPLLARPRGS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KSD PLS---FSFGGNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPL : : ..::::::::::::.::::: :.::::.:.:: .: ::::: : :::::::::. CCDS12 PASALVLAFGGNPLHCNCELVWLRRLAREDDLEACASPPALGGRYFWAVGEEEFVCEPPV 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KSD ITQHTHKLLVLEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITT .:... : : :. :.:.:.:.::: : ..::.:. ::.:::::. .. ::::....: CCDS12 VTHRSPPLAVPAGRPAALRCRAVGDPEPRVRWVSPQGRLLGNSSRARAFPNGTLELLVTE 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KSD SQDSGAFTCIAANAAGEATAMVEVSI--VQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSD-ITGSSKTSR :.: :::::::::::::: ::... :.:.:::: ::.. : .: : .: CCDS12 PGDGGIFTCIAANAAGEATAAVELTVGPPPPPQLANSTS-CDPPRDGDPDALTPPSAASA 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KSD GGGGSGGGEPPKSPPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYR .. . : :: .:.: :.: .:.:::.: .. : ..:::.::: : :..:.:: CCDS12 SAKVADTG-PPT---DRGVQVTEHGATAALVQWPDQRPIPGIRMYQIQYNSSADDILVYR 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KSD MIPASNKAFVVNNLVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHS :::: ...:....:.:: :::::::...:.:: :::: ::::.: :. : . :. CCDS12 MIPAESRSFLLTDLASGRTYDLCVLAVYEDSATGLTATRPVGCARFSTEPALRPCGAPHA 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KSD QILGGTMILVIGGIIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAP--SKMAAAVSNVYSQTNGAQPP .::::::...::.:::..:::: .:..:::: . . : .:. : ::.: :::::: : CCDS12 PFLGGTMIIALGGVIVASVLVFIFVLLMRYKVHGGQPPGKAKIPAPVSSVCSQTNGALGP 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 640 pF1KSD PPSSAPAGAPPQGPPKVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPS :. :: . : CCDS12 TPTPAPPAPEPAALRAHTVVQLDCEPWGPGHEPVGP 600 610 620 >>CCDS81800.1 LRFN5 gene_id:145581|Hs108|chr14 (466 aa) initn: 1836 init1: 1173 opt: 1843 Z-score: 1170.1 bits: 226.6 E(32554): 7.5e-59 Smith-Waterman score: 1843; 57.6% identity (82.7% similar) in 467 aa overlap (1-467:1-462) 10 20 30 40 50 60 pF1KSD METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLG :: .: :. .:.: . . ::: :::: :: .:.::: .::::::::.::::::::::. CCDS81 MEKILFYLFLIGIAVKA-QICPKRCVCQILSPNLATLCAKKGLLFVPPNIDRRTVELRLA 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KSD GNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTL ::. .:.:.::::::.:::::::::::: : : .: ::..::.:::.:::: .. .: . CCDS81 DNFVTNIKRKDFANMTSLVDLTLSRNTISFITPHAFADLRNLRALHLNSNRLTKITNDMF 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KSD RGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSL :: ::.:::.::::: :.. ::.: ...::.::::::::. .:::.:..::.:: ::: CCDS81 SGLSNLHHLILNNNQLTLISSTAFDD-VFALEELDLSYNNLETIPWDAVEKMVSLHTLSL 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KSD DHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFG :::..:.: .:::. :.:..:::.:::.::::::::.: :.:. : .. ...::: CCDS81 DHNMIDNIPKGTFSHLHKMTRLDVTSNKLQKLPPDPLFQRAQVLATSGIISPSTFALSFG 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KSD GNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLV :::::::::::::::: :.::::::.:: : ::::: . ::::.:::::::.:::.. : CCDS81 GNPLHCNCELLWLRRLSREDDLETCASPPLLTGRYFWSIPEEEFLCEPPLITRHTHEMRV 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KSD LEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCI :::: :::.::: ::: : :::..:. .:..:..:. :::::::::.::: .:.:::::: CCDS81 LEGQRATLRCKARGDPEPAIHWISPEGKLISNATRSLVYDNGTLDILITTVKDTGAFTCI 300 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 420 pF1KSD AANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKS :.: ::::: .:.. :..:::: :::.. : :::. :.:.. . ..:.: : CCDS81 ASNPAGEATQIVDLHIIKLPHLLNSTNHIHEPDPGSSDISTSTKSGSNTSSSNGDT--KL 360 370 380 390 400 410 430 440 450 460 470 480 pF1KSD PPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNN .. ..:.:.:...::.:.. ... : ..:.:.::: . :..:.:: CCDS81 SQDK-IVVAEATSSTALLKFNFQRNIPGIRMFQIQYNGTYDDTLVYRCFAD 420 430 440 450 460 490 500 510 520 530 540 pF1KSD LVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGG >>CCDS8153.1 LRFN4 gene_id:78999|Hs108|chr11 (635 aa) initn: 1454 init1: 868 opt: 1642 Z-score: 1042.7 bits: 203.5 E(32554): 9.3e-52 Smith-Waterman score: 2133; 53.5% identity (74.2% similar) in 656 aa overlap (4-645:5-633) 10 20 30 40 50 pF1KSD METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRL :: ::: : : ::: ::::::::::.::: .:::::::..::::::::: CCDS81 MAPPLLLLLLASGAA-----ACPLPCVCQNLSESLSTLCAHRGLLFVPPNVDRRTVELRL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KSD GGNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDT . ::: .. :: :::::::::::::.:..: .: :::::::::::.::: :: . CCDS81 ADNFIQALGPPDFRNMTGLVDLTLSRNAITRIGARAFGDLESLRSLHLDGNRLVELGTGS 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KSD LRGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLS ::: :::::::...:::: :: ::.::: .:::::::::::. .:: .. : :: :. CCDS81 LRGPVNLQHLILSGNQLGRIAPGAFDDFLESLEDLDLSYNNLRQVPWAGIGAMPALHTLN 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KSD LDHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSF :::::.: . :.::.: .:.::::::::: : :::.:.:.. . :.: :: .:: CCDS81 LDHNLIDALPPGAFAQLGQLSRLDLTSNRLATLAPDPLFSRGRDAE--ASP--APLVLSF 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KSD GGNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLL .:::::::::::::::: : ::::::.:: :: ::::: : : :: ::::::..::..: CCDS81 SGNPLHCNCELLWLRRLARPDDLETCASPPGLAGRYFWAVPEGEFSCEPPLIARHTQRLW 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KSD VLEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTC ::::: :::.:.:.:::.: .:::.:::::::::::. .. ::::.: .: . :.:..:: CCDS81 VLEGQRATLRCRALGDPAPTMHWVGPDDRLVGNSSRARAFPNGTLEIGVTGAGDAGGYTC 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KSD IAANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPK ::.: :::::: ::. .. ::: .::... . : :::..:..:. : :. .:: CCDS81 IATNPAGEATARVELRVLALPHGGNSSAEGGRPGP--SDIAASARTAAEGEGTLESEP-- 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KSD SPPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVN :: :.:::.::.::.:. .. : : :.:.::: :.::.::::..:::.. :... CCDS81 -----AVQVTEVTATSGLVSWGPGRPADPVWMFQIQYNSSEDETLIYRIVPASSHHFLLK 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KSD NLVSGTGYDLCVLAMWDDTATT-LTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVI .:: :. ::::.::. .. . :::: ..:::.: : : :.......::::. ... CCDS81 HLVPGADYDLCLLALSPAAGPSDLTATRLLGCAHFSTLPASPLCHALQAHVLGGTLTVAV 470 480 490 500 510 520 540 550 560 570 580 590 pF1KSD GGIIVATLLVFIVILMVRYK-VCNHEAPSKMAAAVSNVYSQTNGAQPPPPSSAPAGAPPQ ::..::.:::: : :.:: . . : . : :. :.: :::::. :: .: . ::. CCDS81 GGVLVAALLVFTVALLVRGRGAGNGRLPLKL----SHVQSQTNGG----PSPTPKAHPPR 530 540 550 560 570 600 610 620 630 640 pF1KSD GPPKVVVRNELLDFT------------ASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPS .:: :. ::. .. :: : : .. ::.: :.: . :. : CCDS81 SPPPRPQRSCSLDLGDAGCYGYARRLGGAWARRSHSVHGGLLGAG-CRGVGGSAERLEES 580 590 600 610 620 630 650 660 670 680 690 700 pF1KSD APRPKPSLDRLMGAFASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAGTSARGHHSDREPLLGPPAAR CCDS81 VV >>CCDS46071.1 LRFN1 gene_id:57622|Hs108|chr19 (771 aa) initn: 1807 init1: 854 opt: 1585 Z-score: 1006.0 bits: 196.9 E(32554): 1e-49 Smith-Waterman score: 2186; 48.5% identity (71.1% similar) in 788 aa overlap (21-789:34-771) 10 20 30 40 50 pF1KSD METLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDI :: :.:::.. .: :: . ::::::: : CCDS46 GPFSSALLSPPPAALPFLLLLWAGASRGQPCPGRCICQNVAPTLTMLCAKTGLLFVPPAI 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KSD DRRTVELRLGGNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSN :::.::::: ::: . :.::::::.:: ::::::::... .: ::..::.:::::: CCDS46 DRRVVELRLTDNFIAAVRRRDFANMTSLVHLTLSRNTIGQVAAGAFADLRALRALHLDSN 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KSD RLPSLGEDTLRGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVR :: . : :::: ::.:::..:::. . . ::. :: :.::::::::::..:::..: CCDS46 RLAEVRGDQLRGLGNLRHLILGNNQIRRVESAAFDAFLSTVEDLDLSYNNLEALPWEAVG 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KSD RMVNLHQLSLDHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATP .::::. :.:::::.::::::::..:.::.:::.:::::.::::: .: :::... : CCDS46 QMVNLNTLTLDHNLIDHIAEGTFVQLHKLVRLDMTSNRLHKLPPDGLFLRSQGTG----P 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KSD FAP-PLSFSFGGNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPP : ::. ::::::::::::::::::: :.::::::..: : :::: . ::::.:::: CCDS46 KPPTPLTVSFGGNPLHCNCELLWLRRLTREDDLETCATPEHLTDRYFWSIPEEEFLCEPP 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KSD LIT-QHTHKLLVLEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFI ::: : . ::.::::..:.:.:.::: :..:::::: ::.:::::: : .::::. : CCDS46 LITRQAGGRALVVEGQAVSLRCRAVGDPEPVVHWVAPDGRLLGNSSRTRVRGDGTLDVTI 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KSD TTSQDSGAFTCIAANAAGEATAMVEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRG :: .:::.:::::.:::::::: ::: .: :: .. . ::: :.. ::: . CCDS46 TTLRDSGTFTCIASNAAGEATAPVEVCVVPLPLMAPPPA--APPP--LTE-PGSSDIATP 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KSD GGGSGGGEPPKSPPERAVLVSEVTTTSALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRM : :... : :: ....:.:..:.:..: ... .: ..:::.::: : :. :.::: CCDS46 GR-PGAND---SAAERRLVAAELTSNSVLIRWPAQRPVPGIRMYQVQYNSSVDDSLVYRM 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KSD IPASNKAFVVNNLVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATNIVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQ ::.....:.::.:..: .:::::::..:: ::.: :: .:::.:: : .: :. .... CCDS46 IPSTSQTFLVNDLAAGRAYDLCVLAVYDDGATALPATRVVGCVQFTTAGDPAPCRPLRAH 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KSD ILGGTMILVIGGIIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPSKMAAA-----VSNVYSQTNGAQ .::::::..:::.:::..:::::.::.:::: . .. .. ::.: :::::: CCDS46 FLGGTMIIAIGGVIVASVLVFIVLLMIRYKVYGDGDSRRVKGSRSLPRVSHVCSQTNGAG 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 640 pF1KSD PPPPSSAPAGAPPQGPPKVVVRNELLDFTASLARASDSSSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIP ..::: : : : .: : .:... ... :: .. . CCDS46 TGA-AQAPA-LPAQ------------DHYEAL-REVESQAAPAVAV-EAKAM-----EAE 600 610 620 650 660 670 680 690 700 pF1KSD PSAPRPKPSLDRLMGAFASLDLKSQRKEELLDSRTPAGRGAGTSARGHHSDREPLLGPPA .. .:. : : .:. :. . :: :. .:. . .: : . .: : ::. CCDS46 TASAEPEVVLGRSLGGSAT-------SLCLLPSEETSGE-ESRAAVGPRRSRSGALEPPT 630 640 650 660 670 680 710 720 730 740 750 pF1KSD ARARSLLPLPLEGKAKRS-----HSFDMGDFAAAAAGGVVPGGYSPPRKVSNIWTKRS-- . .: .: : : : .::: ::. :.. ..: ::.. .:: CCDS46 SAPPTLALVP-GGAAARPRPQQRYSFD-GDY------GALFQSHSYPRRARRTKRHRSTP 690 700 710 720 730 760 770 780 pF1KSD -LSVNGMLLPFEESDL-VG-ARG--TFGSSEWVMESTV :. : :..:: .: ::. .: :.::..:::: CCDS46 HLDGAGGGAAGEDGDLGLGSARACLAFTSTEWMLESTV 740 750 760 770 >>CCDS42595.1 LRRC4B gene_id:94030|Hs108|chr19 (713 aa) initn: 376 init1: 124 opt: 525 Z-score: 344.1 bits: 74.4 E(32554): 7.5e-13 Smith-Waterman score: 525; 33.0% identity (59.5% similar) in 370 aa overlap (57-414:139-483) 30 40 50 60 70 80 pF1KSD CQNLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLGGNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRN :.: : . . : : .. : .: : : CCDS42 LRHLEILQLSKNLVRKIEVGAFNGLPSLNTLELFDNRLTTVPTQAFEYLSKLRELWLRNN 110 120 130 140 150 160 90 100 110 120 130 140 pF1KSD TISHIQPFSFLDLESLRSLHL-DSNRLPSLGEDTLRGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFE : : ..: . ::: : : . .:: ..: ...:::::..: .. .: : . . CCDS42 PIESIPSYAFNRVPSLRRLDLGELKRLEYISEAAFEGLVNLRYLNLGMCNLKDIPNLTA- 170 180 190 200 210 220 150 160 170 180 190 200 pF1KSD DFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSLDHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLT :. ::.:.:: : : . : . ...:..: : : . : ...: ::..: .:.:. CCDS42 --LVRLEELELSGNRLDLIRPGSFQGLTSLRKLWLMHAQVATIERNAFDDLKSLEELNLS 230 240 250 260 270 280 210 220 230 240 250 260 pF1KSD SNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFGGNPLHCNCELLWLRR-LERDDDLET : :..:: : .: ::. .. :: ::::..::: :.. .: CCDS42 HNNLMSLPHD-LF----------TPLHRLERVHLNHNPWHCNCDVLWLSWWLKETVPSNT 290 300 310 320 330 270 280 290 300 310 pF1KSD -----CGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLVLEGQAATLKCKAIGDPSPL : .:.::::::. .. . .:.: :.:.. : : ::.:: :::.. : CCDS42 TCCARCHAPAGLKGRYIGELDQSHFTCYAPVIVEPPTDLNVTEGMAAELKCRT-GTSMTS 340 350 360 370 380 390 320 330 340 350 360 370 pF1KSD IHWVAPDDRLVGNSS---RTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCIAANAAGE--ATAMVEV ..:..:. :. ..: : .: .:::.. .: ::.: .::...:.::. :.: ..: CCDS42 VNWLTPNGTLMTHGSYRVRISVLHDGTLNFTNVTVQDTGQYTCMVTNSAGNTTASATLNV 400 410 420 430 440 450 380 390 400 410 420 430 pF1KSD SIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGSGGGEPPKSPPERAVLVSEVTTT : :. : ...:. : : . .. :::::: CCDS42 SAVD-PVAAGGTG---------SGGGGPGGSGGVGGGSGGYTYFTTVTVETLETQPGEEA 460 470 480 490 500 440 450 460 470 480 490 pF1KSD SALVKWSVSKSAPRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNNLVSGTGYDLCVLAM CCDS42 LQPRGTEKEPPGPTTDGVWGGGRPGDAAGPASSSTTAPAPRSSRPTEKAFTVPITDVTEN 510 520 530 540 550 560 789 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Thu Nov 3 05:32:22 2016 done: Thu Nov 3 05:32:23 2016 Total Scan time: 5.020 Total Display time: 0.150 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]