FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1215, 521 aa
  1>>>pF1KSDA1215 521 - 521 aa - 521 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9379+/-0.00099; mu= 10.1935+/- 0.059
 mean_var=90.9453+/-17.872, 0's: 0 Z-trim(106.0): 12  B-trim: 11 in 1/47
 Lambda= 0.134488
 statistics sampled from 8705 (8711) to 8705 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.628), E-opt: 0.2 (0.268), width:  16
 Scan time:  2.250

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS30915.1 VANGL2 gene_id:57216|Hs108|chr1        ( 521) 3408 671.6 5.8e-193
CCDS883.1 VANGL1 gene_id:81839|Hs108|chr1          ( 524) 2544 504.0 1.7e-142
CCDS53350.1 VANGL1 gene_id:81839|Hs108|chr1        ( 522) 2543 503.8  2e-142


>>CCDS30915.1 VANGL2 gene_id:57216|Hs108|chr1             (521 aa)
 initn: 3408 init1: 3408 opt: 3408  Z-score: 3577.7  bits: 671.6 E(32554): 5.8e-193
Smith-Waterman score: 3408; 100.0% identity (100.0% similar) in 521 aa overlap (1-521:1-521)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDRRDRHRSKSRDGGRGDKSVTIQAPGEPLLDNESTR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDRRDRHRSKSRDGGRGDKSVTIQAPGEPLLDNESTR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLALLSF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLALLSF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD LTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLPRVFV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLPRVFV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD LRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVLLELR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVLLELR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD QLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKSVLAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 QLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKSVLAK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD KVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRRARLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 KVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRRARLV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD VAVEEAFTHIKRLQEEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYHTMESI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 VAVEEAFTHIKRLQEEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYHTMESI
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD LQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDGIVFLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDGIVFLL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520 
pF1KSD KRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 KRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
              490       500       510       520 

>>CCDS883.1 VANGL1 gene_id:81839|Hs108|chr1               (524 aa)
 initn: 1741 init1: 1271 opt: 2544  Z-score: 2671.7  bits: 504.0 E(32554): 1.7e-142
Smith-Waterman score: 2544; 72.8% identity (90.7% similar) in 526 aa overlap (1-521:1-524)

               10        20         30        40          50       
pF1KSD MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDR-RDRHRSKSRDGGRG-DKSVTIQAP-GEPLLDNE
       ::::: :::::: :.::..:... .: :.::.:     ::: .:::::: : ::::: :.
CCDS88 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND
               10        20        30        40        50        60

        60         70        80        90       100       110      
pF1KSD STRGDE-RDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLA
       ::: .: .:::::::::..:::::::::..:..::.::::::: :::.:.::..... :.
CCDS88 STRTEEVQDDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLG
               70        80        90       100       110       120

        120       130       140       150       160       170      
pF1KSD LLSFLTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLP
       :: ::::.::.::::.:::.::::::: :::::::.::::::::.:.::::::. .:..:
CCDS88 LLVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMP
              130       140       150       160       170       180

        180       190       200       210       220       230      
pF1KSD RVFVLRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVL
       ::::.::::.::.::.::::::::::::::.:.:.:::.::.::::::::::.::::.::
CCDS88 RVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVL
              190       200       210       220       230       240

        240       250       260       270       280       290      
pF1KSD LELRQLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKS
       ::::::::.:::.::::::: ::::..:::::::.:. .::.::.:: .::: ::.  : 
CCDS88 LELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKF
              250       260       270       280       290       300

        300       310       320       330       340       350      
pF1KSD VLAKKVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRR
         ::...:.:::..  .. .::.::::::.:::::::::.:::: :::::::::::.::.
CCDS88 RAAKHMAGLKVYNV--DGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRK
              310         320       330       340       350        

        360       370        380       390       400       410     
pF1KSD ARLVVAVEEAFTHIKRLQ-EEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYH
       ::::::::::: ::.::: ::.:: : ::::::::::::: :::::.::::: :.:: ::
CCDS88 ARLVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYH
      360       370       380       390       400       410        

         420       430       440       450       460       470     
pF1KSD TMESILQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDG
       .:::::::: ::::. :::::::::::.::::.:: :.:::. :: :::.: :::::.::
CCDS88 SMESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDG
      420       430       440       450       460       470        

         480       490       500       510       520 
pF1KSD IVFLLKRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
       :::.::  ::::::..::.::. :::::.::::::::.::::::::
CCDS88 IVFVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV
      480       490       500       510       520    

>>CCDS53350.1 VANGL1 gene_id:81839|Hs108|chr1             (522 aa)
 initn: 1749 init1: 1319 opt: 2543  Z-score: 2670.7  bits: 503.8 E(32554): 2e-142
Smith-Waterman score: 2543; 73.0% identity (90.7% similar) in 525 aa overlap (1-521:1-522)

               10        20         30        40          50       
pF1KSD MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDR-RDRHRSKSRDGGRG-DKSVTIQAP-GEPLLDNE
       ::::: :::::: :.::..:... .: :.::.:     ::: .:::::: : ::::: :.
CCDS53 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND
               10        20        30        40        50        60

        60        70        80        90       100       110       
pF1KSD STRGDERDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLAL
       ::: .: :::::::::..:::::::::..:..::.::::::: :::.:.::..... :.:
CCDS53 STRTEE-DDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLGL
                70        80        90       100       110         

       120       130       140       150       160       170       
pF1KSD LSFLTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLPR
       : ::::.::.::::.:::.::::::: :::::::.::::::::.:.::::::. .:..::
CCDS53 LVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMPR
     120       130       140       150       160       170         

       180       190       200       210       220       230       
pF1KSD VFVLRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVLL
       :::.::::.::.::.::::::::::::::.:.:.:::.::.::::::::::.::::.:::
CCDS53 VFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVLL
     180       190       200       210       220       230         

       240       250       260       270       280       290       
pF1KSD ELRQLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKSV
       :::::::.:::.::::::: ::::..:::::::.:. .::.::.:: .::: ::.  :  
CCDS53 ELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKFR
     240       250       260       270       280       290         

       300       310       320       330       340       350       
pF1KSD LAKKVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRRA
        ::...:.:::..  .. .::.::::::.:::::::::.:::: :::::::::::.::.:
CCDS53 AAKHMAGLKVYNV--DGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRKA
     300       310         320       330       340       350       

       360       370        380       390       400       410      
pF1KSD RLVVAVEEAFTHIKRLQ-EEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYHT
       :::::::::: ::.::: ::.:: : ::::::::::::: :::::.::::: :.:: ::.
CCDS53 RLVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYHS
       360       370       380       390       400       410       

        420       430       440       450       460       470      
pF1KSD MESILQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDGI
       :::::::: ::::. :::::::::::.::::.:: :.:::. :: :::.: :::::.:::
CCDS53 MESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDGI
       420       430       440       450       460       470       

        480       490       500       510       520 
pF1KSD VFLLKRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV
       ::.::  ::::::..::.::. :::::.::::::::.::::::::
CCDS53 VFVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV
       480       490       500       510       520  




521 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 05:24:54 2016 done: Thu Nov  3 05:24:55 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]