Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1214
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1214, 396 aa
1>>>pF1KSDA1214 396 - 396 aa - 396 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3080+/-0.000848; mu= 12.3075+/- 0.051
mean_var=96.8995+/-19.370, 0's: 0 Z-trim(109.0): 92 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.130291
statistics sampled from 10503 (10605) to 10503 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.694), E-opt: 0.2 (0.326), width: 16
Scan time: 3.030
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34065.1 RNF150 gene_id:57484|Hs108|chr4 ( 438) 1363 266.5 3.3e-71
CCDS4451.1 RNF130 gene_id:55819|Hs108|chr5 ( 419) 591 121.4 1.5e-27
CCDS64340.1 RNF130 gene_id:55819|Hs108|chr5 ( 384) 588 120.8 2.1e-27
CCDS14520.1 RNF128 gene_id:79589|Hs108|chrX ( 402) 451 95.1 1.2e-19
CCDS14521.1 RNF128 gene_id:79589|Hs108|chrX ( 428) 451 95.1 1.3e-19
CCDS2051.1 RNF149 gene_id:284996|Hs108|chr2 ( 400) 398 85.1 1.2e-16
CCDS47692.1 RNF148 gene_id:378925|Hs108|chr7 ( 305) 375 80.7 2e-15
CCDS5784.1 RNF133 gene_id:168433|Hs108|chr7 ( 376) 371 80.0 3.9e-15
>>CCDS34065.1 RNF150 gene_id:57484|Hs108|chr4 (438 aa)
initn: 2654 init1: 1363 opt: 1363 Z-score: 1391.9 bits: 266.5 E(32554): 3.3e-71
Smith-Waterman score: 2505; 90.2% identity (90.2% similar) in 428 aa overlap (1-386:1-428)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAMSLIQACCSLALSTWLLSFCFVHLLCLDFTVAEKEEWYTAFVNITYAEPAPDPGAGAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MAMSLIQACCSLALSTWLLSFCFVHLLCLDFTVAEKEEWYTAFVNITYAEPAPDPGAGAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD GGGGAELHTEKTECGRYGEHSPKQDARGEVVMASSAHDRLACDPNTKFAAPTRGKNWIAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GGGGAELHTEKTECGRYGEHSPKQDARGEVVMASSAHDRLACDPNTKFAAPTRGKNWIAL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD IPKGNCTYRDKIRNAFLQNASAVVIFNVGSNTNETITMPHAGVEDIVAIMIPEPKGKEIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 IPKGNCTYRDKIRNAFLQNASAVVIFNVGSNTNETITMPHAGVEDIVAIMIPEPKGKEIV
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KSD SLLERNITVTMYITIGTRNLQKY-------------------------------------
:::::::::::::::::::::::
CCDS34 SLLERNITVTMYITIGTRNLQKYVSRTSVVFVSISFIVLMIISLAWLVFYYIQRFRYANA
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250
pF1KSD -----RRLGDAAKKAISKLQIRTIKKGDKETESDFDNCAVCIEGYKPNDVVRILPCRHLF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RDRNQRRLGDAAKKAISKLQIRTIKKGDKETESDFDNCAVCIEGYKPNDVVRILPCRHLF
250 260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KSD HKSCVDPWLLDHRTCPMCKMNILKALGIPPNADCMDDLPTDFEGSLGGPPTNQITGASDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 HKSCVDPWLLDHRTCPMCKMNILKALGIPPNADCMDDLPTDFEGSLGGPPTNQITGASDT
310 320 330 340 350 360
320 330 340 350 360 370
pF1KSD TVNESSVTLDPAVRTVGALQVVQDTDPIPQEGDVIFTTNSEQEPAVSSDSDISLIMAMEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TVNESSVTLDPAVRTVGALQVVQDTDPIPQEGDVIFTTNSEQEPAVSSDSDISLIMAMEV
370 380 390 400 410 420
380 390
pF1KSD GLSDVELSTDQDCEEVKS
::::::::
CCDS34 GLSDVELSTDQDCEEVKS
430
>>CCDS4451.1 RNF130 gene_id:55819|Hs108|chr5 (419 aa)
initn: 980 init1: 545 opt: 591 Z-score: 607.9 bits: 121.4 E(32554): 1.5e-27
Smith-Waterman score: 955; 45.4% identity (64.9% similar) in 368 aa overlap (37-359:32-385)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD QACCSLALSTWLLSFCFVHLLCLDFTVAEKEEWYTAFVNITYAEPAPDPGAGAAGGGGAE
.:.:::..:.: :: : ::
CCDS44 SCAGRAGPARLAALALLTCSLWPARADNASQEYYTALINVTVQEP----------GRGAP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LHTEKTECGRYGEHSPKQDARGEVVMASSAH---DRLACDPNTKFAAPTRGKNWIALIPK
: : . . :::: ::: ..::.:. : :.:.:::.:.: .: :.::::. .
CCDS44 L-TFRIDRGRYGLDSPKAEVRGQVLAPLPLHGVADHLGCDPQTRFFVPPNIKQWIALLQR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GNCTYRDKIRNAFLQNASAVVIFNVGSNTNETITMPHAGVEDIVAIMIPEPKGKEIVSLL
::::...:: : ..:: ::::.: :. .: .:: : :. ::.:.:: : .::.:.: :
CCDS44 GNCTFKEKISRAAFHNAVAVVIYNNKSK-EEPVTMTHPGTGDIIAVMITELRGKDILSYL
120 130 140 150 160
190 200
pF1KSD ERNITVTMYITIGTRN--------------------------------LQKYR-------
:.::.: : :..::: .:: :
CCDS44 EKNISVQMTIAVGTRMPPKNFSRGSLVFVSISFIVLMIISSAWLIFYFIQKIRYTNARDR
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KSD ---RLGDAAKKAISKLQIRTIKKGDKETESDFDNCAVCIEGYKPNDVVRILPCRHLFHKS
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CCDS44 NQRRLGDAAKKAISKLTTRTVKKGDKETDPDFDHCAVCIESYKQNDVVRILPCKHVFHKS
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KSD CVDPWLLDHRTCPMCKMNILKALGIPPNADCMDDLPTDFEGSLGGPPTNQITGASDTTVN
:::::: .: ::::::.:::::::: :: : :.. :.: .:. .. .: . .
CCDS44 CVDPWLSEHCTCPMCKLNILKALGIVPNLPCTDNVAFDMERLTRTQAVNRRSALGDLA-G
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KSD ESSVTLDPAVRTVGALQVVQDTDPIPQEGDVIFTTNSEQEPAVSSDSDISLIMAMEVGLS
..:. :.: .:: : . :: . :. :.. .....:
CCDS44 DNSLGLEP-LRTSGISPLPQDGELTPRTGEINIAVTKEWFIIASFGLLSALTLCYMIIRA
350 360 370 380 390 400
390
pF1KSD DVELSTDQDCEEVKS
CCDS44 TASLNANEVEWF
410
>>CCDS64340.1 RNF130 gene_id:55819|Hs108|chr5 (384 aa)
initn: 980 init1: 545 opt: 588 Z-score: 605.4 bits: 120.8 E(32554): 2.1e-27
Smith-Waterman score: 952; 45.7% identity (64.8% similar) in 361 aa overlap (37-352:32-378)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD QACCSLALSTWLLSFCFVHLLCLDFTVAEKEEWYTAFVNITYAEPAPDPGAGAAGGGGAE
.:.:::..:.: :: : ::
CCDS64 SCAGRAGPARLAALALLTCSLWPARADNASQEYYTALINVTVQEP----------GRGAP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LHTEKTECGRYGEHSPKQDARGEVVMASSAH---DRLACDPNTKFAAPTRGKNWIALIPK
: : . . :::: ::: ..::.:. : :.:.:::.:.: .: :.::::. .
CCDS64 L-TFRIDRGRYGLDSPKAEVRGQVLAPLPLHGVADHLGCDPQTRFFVPPNIKQWIALLQR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GNCTYRDKIRNAFLQNASAVVIFNVGSNTNETITMPHAGVEDIVAIMIPEPKGKEIVSLL
::::...:: : ..:: ::::.: ... .: .:: : :. ::.:.:: : .::.:.: :
CCDS64 GNCTFKEKISRAAFHNAVAVVIYN-NKSKEEPVTMTHPGTGDIIAVMITELRGKDILSYL
120 130 140 150 160
190 200
pF1KSD ERNITVTMYITIGTRN--------------------------------LQKYR-------
:.::.: : :..::: .:: :
CCDS64 EKNISVQMTIAVGTRMPPKNFSRGSLVFVSISFIVLMIISSAWLIFYFIQKIRYTNARDR
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250 260
pF1KSD ---RLGDAAKKAISKLQIRTIKKGDKETESDFDNCAVCIEGYKPNDVVRILPCRHLFHKS
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CCDS64 NQRRLGDAAKKAISKLTTRTVKKGDKETDPDFDHCAVCIESYKQNDVVRILPCKHVFHKS
230 240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KSD CVDPWLLDHRTCPMCKMNILKALGIPPNADCMDDLPTDFEGSLGGPPTNQITGASDTTVN
:::::: .: ::::::.:::::::: :: : :.. :.: .:. .. .: . .
CCDS64 CVDPWLSEHCTCPMCKLNILKALGIVPNLPCTDNVAFDMERLTRTQAVNRRSALGDLA-G
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KSD ESSVTLDPAVRTVGALQVVQDTDPIPQEGDVIFTTNSEQEPAVSSDSDISLIMAMEVGLS
..:. :.: .:: : . :: . :. :..
CCDS64 DNSLGLEP-LRTSGISPLPQDGELTPRTGEINIAVTR
350 360 370 380
390
pF1KSD DVELSTDQDCEEVKS
>>CCDS14520.1 RNF128 gene_id:79589|Hs108|chrX (402 aa)
initn: 750 init1: 429 opt: 451 Z-score: 466.0 bits: 95.1 E(32554): 1.2e-19
Smith-Waterman score: 715; 39.4% identity (58.5% similar) in 386 aa overlap (17-360:11-363)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAMSLIQACCSLALSTWLLS-FCFVHLLCLDFTVAEKEEWYTAFVNITYAEPAPDPGAGA
::: : :. . .:.. .:.:..:: . . . :
CCDS14 MNQENRSSFFWLLVIFTFLLKITASFSM-------SAYVTVTYYNETSNYTA--
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KSD AGGGGAELHTEKTECGRYGEHSPKQDARGEVVMASSAHDRLACDPNTKFAAPTRGKNWIA
: ::: :: :: .: : :: . .. ::: ::.:. : :::
CCDS14 ---------IETCECGVYGLASPVANAMG-VVGIPKNNNYQACDHNTEFSNTK--KPWIA
50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KSD LIPKGNCTYRDKIRNAFLQNASAVVIFNVGSNTNETITMPHAGVEDIVAIMIPEPKGKEI
:: .::::. .::..: .::.::::.:. . :.:: : . :. ::::::: . :: .:
CCDS14 LIERGNCTFSEKIQTAGRRNADAVVIYNAPETGNQTIQMANFGAVDIVAIMIGNLKGTKI
100 110 120 130 140 150
180 190 200
pF1KSD VSLLERNITVTMYITIGTRN---LQKY-------------------------RRLGDA--
.. ..:.: ::: : .: .. ...: ::: .:
CCDS14 LQSIQRGIQVTMVIEVGKKHGPWVNHYSIFFVSVSFFIITAATVGYFIFYSARRLRNARA
160 170 180 190 200 210
210 220 230 240 250
pF1KSD -----------AKKAISKLQIRTIKKGDKETESDFDNCAVCIEGYKPNDVVRILPCRHLF
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CCDS14 QSRKQRQLKADAKKAIGRLQLRTLKQGDKEIGPDGDSCAVCIELYKPNDLVRILTCNHIF
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290 300 310
pF1KSD HKSCVDPWLLDHRTCPMCKMNILKALGIPPNADCMDDLPTDFEGSLGGPPTNQITGASDT
::.:::::::.:::::::: .::::::: ... : :: : .:.:......
CCDS14 HKTCVDPWLLEHRTCPMCKCDILKALGIEVDVE-------DGSVSLQVPVSNEISNSASS
280 290 300 310 320
320 330 340 350 360 370
pF1KSD TVNESSVTLDPAVRTVGALQVVQDTDPIPQEGDVIFTTNSEQEPAVSSDSDISLIMAMEV
.: . . : .. :: :: : : : :..: :
CCDS14 --HEEDNRSETASSGYAS---VQGTDEPPLEEHVQSTNESLQLVNHEANSVAVDVIPHVD
330 340 350 360 370 380
380 390
pF1KSD GLSDVELSTDQDCEEVKS
CCDS14 NPTFEEDETPNQETAVREIKS
390 400
>>CCDS14521.1 RNF128 gene_id:79589|Hs108|chrX (428 aa)
initn: 744 init1: 429 opt: 451 Z-score: 465.6 bits: 95.1 E(32554): 1.3e-19
Smith-Waterman score: 695; 38.3% identity (59.4% similar) in 392 aa overlap (18-360:20-389)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAMSLIQACCSLALSTWLLSFCFVHLLCLDFTVAEKEE--WYTAFVNITYAEPAPDPG
::..::. : . .. : : ::..:... :
CCDS14 MGPPPGAGVSCRGGCGFSRLLAWCFLLALSPQAPGSRGAEAVW-TAYLNVSWRVPHT---
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD AGAAGGGGAELHTEKTECGRYGEHSPKQDARGEVVMASSAHDRLACDPNTKFAAPTR-GK
: . : .: : ::. :: . . : .: .. ::.:.:.:..:: :.
CCDS14 ------GVNRTVWELSEEGVYGQDSPLEPVAGVLVPPDGPGALNACNPHTNFTVPTVWGS
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD ----NWIALIPKGN-CTYRDKIRNAFLQNASAVVIFNVGSNTNETITMPHAGVEDIVAIM
.:.::: .:. ::. :::. :. ..::..:::: .. ::.: : : :. ::::::
CCDS14 TVQVSWLALIQRGGGCTFADKIHLAYERGASGAVIFNFPGTRNEVIPMSHPGAVDIVAIM
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KSD IPEPKGKEIVSLLERNITVTMYITIGTRN---LQKY------------------------
: . :: .:.. ..:.: ::: : .: .. ...:
CCDS14 IGNLKGTKILQSIQRGIQVTMVIEVGKKHGPWVNHYSIFFVSVSFFIITAATVGYFIFYS
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240
pF1KSD -RRLGDA-------------AKKAISKLQIRTIKKGDKETESDFDNCAVCIEGYKPNDVV
::: .: :::::..::.::.:.:::: : :.:::::: :::::.:
CCDS14 ARRLRNARAQSRKQRQLKADAKKAIGRLQLRTLKQGDKEIGPDGDSCAVCIELYKPNDLV
240 250 260 270 280 290
250 260 270 280 290 300
pF1KSD RILPCRHLFHKSCVDPWLLDHRTCPMCKMNILKALGIPPNADCMDDLPTDFEGSLGGPPT
::: : :.:::.:::::::.:::::::: .::::::: ... : :: : .
CCDS14 RILTCNHIFHKTCVDPWLLEHRTCPMCKCDILKALGIEVDVE-------DGSVSLQVPVS
300 310 320 330 340
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NQITGASDTTVNESSVTLDPAVRTVGALQVVQDTDPIPQEGDVIFTTNSEQEPAVSSDSD
:.:...... .: . . : .. :: :: : : : :..: :
CCDS14 NEISNSASS--HEEDNRSETASSGYAS---VQGTDEPPLEEHVQSTNESLQLVNHEANSV
350 360 370 380 390
370 380 390
pF1KSD ISLIMAMEVGLSDVELSTDQDCEEVKS
CCDS14 AVDVIPHVDNPTFEEDETPNQETAVREIKS
400 410 420
>>CCDS2051.1 RNF149 gene_id:284996|Hs108|chr2 (400 aa)
initn: 763 init1: 382 opt: 398 Z-score: 412.2 bits: 85.1 E(32554): 1.2e-16
Smith-Waterman score: 711; 35.7% identity (61.5% similar) in 353 aa overlap (27-330:25-365)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAMSLIQACCSLALSTWLLSFCFVHLLCLDFTVAEKEEWYTAFVNITYAEPAPDPGAGAA
::. . .. ::..: ::: :..: . . ..
CCDS20 MAWRRREASVGARGVLALALLALALCVPGARGRALEWFSAVVNIEYVDPQTNLTVWSV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KSD GGGGAELHTEKTECGRYGEHSPKQDARGEV-VMASSAHDRLACDPNTKFAAPT---RGKN
.: ::.:. :::. :.: : : . . : .: :.:.: .: ::
CCDS20 -----------SESGRFGDSSPKEGAHGLVGVPWAPGGDLEGCAPDTRFFVPEPGGRGAA
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KSD -WIALIPKGNCTYRDKIRNAFLQNASAVVIFNVGSNTNETITMPHAGVEDIVAIMIPEPK
:.::. .:.::..::. : .::::::..: : :. : :::. .::.::: ::
CCDS20 PWVALVARGGCTFKDKVLVAARRNASAVVLYNEERYGNITLPMSHAGTGNIVVIMISYPK
110 120 130 140 150 160
180 190 200
pF1KSD GKEIVSLLERNITVTMYITIGTRNLQKY--------------------------------
:.::. :....: ::: : .:::..:..
CCDS20 GREILELVQKGIPVTMTIGVGTRHVQEFISGQSVVFVAIAFITMMIISLAWLIFYYIQRF
170 180 190 200 210 220
210 220 230 240 250
pF1KSD ----RRLGDAA-----KKAISKLQIRTIKKGDKETESDFDNCAVCIEGYKPNDVVRILPC
..:. . ::.:..: ..:.:.:.: . : .:::::::..: .:..:::::
CCDS20 LYTGSQIGSQSHRKETKKVIGQLLLHTVKHGEKGIDVDAENCAVCIENFKVKDIIRILPC
230 240 250 260 270 280
260 270 280 290 300 310
pF1KSD RHLFHKSCVDPWLLDHRTCPMCKMNILKALGIPPNADCMDDLPTDFEGSLGGPPTNQITG
.:.::. :.::::::::::::::....:::: . ....:. :. : :. ...
CCDS20 KHIFHRICIDPWLLDHRTCPMCKLDVIKALGYWGEPGDVQEMPAP-ESPPGRDPAANLSL
290 300 310 320 330 340
320 330 340 350 360 370
pF1KSD A---SDTTVNESSVTLDPAVRTVGALQVVQDTDPIPQEGDVIFTTNSEQEPAVSSDSDIS
: .: . . : . .::
CCDS20 ALPDDDGSDDSSPPSASPAESEPQCDPSFKGDAGENTALLEAGRSDSRHGGPIS
350 360 370 380 390 400
>>CCDS47692.1 RNF148 gene_id:378925|Hs108|chr7 (305 aa)
initn: 624 init1: 375 opt: 375 Z-score: 390.5 bits: 80.7 E(32554): 2e-15
Smith-Waterman score: 608; 36.0% identity (61.4% similar) in 308 aa overlap (13-282:13-304)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAMSLIQACCSLALSTWLLSFCFVHLLCLDFTVAEKEEWYTAFVNITYAEPAPDPGAGAA
..:. :: . . .: :.: .. . .:: .:::.
CCDS47 MSFLRITPSTHSSVSSGLLRLSI--FLLLSFPDSNGKAIWTAHLNITFQV----------
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KSD GGGGAELHTEKTECGRYGEHSPKQDARGEVVMASSAHDRLACDPNTKFAAPTRGKNWIAL
: :. .: : : .:.::: . . : :: . .. :: : :.:. : .. .:.::
CCDS47 ---GNEITSELGESGVFGNHSPLERVSG-VVALPEGWNQNACHPLTNFSRPKQADSWLAL
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KSD IPKGNCTYRDKIRNAFLQNASAVVIFNVGSNTNETITMPHAGVEDIVAIMIPEPKGKEIV
: .:.::. :: : ..:..:.:.: .. .... : : :.:.:::.:: . :: ::.
CCDS47 IERGGCTFTHKINVAAEKGANGVIIYNYQGTGSKVFPMSHQGTENIVAVMISNLKGMEIL
110 120 130 140 150 160
190 200
pF1KSD SLLERNITVTMYITIGTRNLQ---KY--------------------------------RR
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