Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1206
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1206, 1909 aa
1>>>pF1KSDA1206 1909 - 1909 aa - 1909 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4448+/-0.000383; mu= 19.7358+/- 0.024
mean_var=105.9367+/-20.854, 0's: 0 Z-trim(116.0): 159 B-trim: 19 in 1/49
Lambda= 0.124609
statistics sampled from 26715 (26887) to 26715 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.653), E-opt: 0.2 (0.315), width: 16
Scan time: 21.560
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005384 (OMIM: 300214) plexin-B3 isoform 1 precu (1909) 13063 2360.4 0
NP_001156729 (OMIM: 300214) plexin-B3 isoform 2 [H (1932) 12950 2340.1 0
XP_011532137 (OMIM: 601053) PREDICTED: plexin-B1 i (2136) 3928 718.2 2.2e-205
XP_011532139 (OMIM: 601053) PREDICTED: plexin-B1 i (2136) 3928 718.2 2.2e-205
XP_016862119 (OMIM: 601053) PREDICTED: plexin-B1 i (2136) 3928 718.2 2.2e-205
XP_011532138 (OMIM: 601053) PREDICTED: plexin-B1 i (2136) 3928 718.2 2.2e-205
XP_011532136 (OMIM: 601053) PREDICTED: plexin-B1 i (2136) 3928 718.2 2.2e-205
XP_011532135 (OMIM: 601053) PREDICTED: plexin-B1 i (2136) 3928 718.2 2.2e-205
NP_001123554 (OMIM: 601053) plexin-B1 precursor [H (2135) 3067 563.4 8.8e-159
XP_016862120 (OMIM: 601053) PREDICTED: plexin-B1 i (2135) 3067 563.4 8.8e-159
NP_002664 (OMIM: 601053) plexin-B1 precursor [Homo (2135) 3067 563.4 8.8e-159
XP_016868268 (OMIM: 604280) PREDICTED: plexin-A4 i (1827) 1653 309.1 2.6e-82
NP_065962 (OMIM: 604280) plexin-A4 isoform 1 precu (1894) 1653 309.2 2.6e-82
XP_005250743 (OMIM: 604280) PREDICTED: plexin-A4 i (1894) 1653 309.2 2.6e-82
XP_006716234 (OMIM: 604280) PREDICTED: plexin-A4 i (1894) 1653 309.2 2.6e-82
NP_079455 (OMIM: 601054) plexin-A2 precursor [Homo (1894) 1623 303.8 1.1e-80
NP_115618 (OMIM: 601055) plexin-A1 precursor [Homo (1896) 1531 287.2 1.1e-75
XP_011511211 (OMIM: 601055) PREDICTED: plexin-A1 i (1914) 1531 287.2 1.1e-75
XP_011511210 (OMIM: 601055) PREDICTED: plexin-A1 i (1914) 1531 287.2 1.1e-75
XP_011529485 (OMIM: 300022) PREDICTED: plexin-A3 i (1684) 1477 277.5 8.1e-73
XP_005274763 (OMIM: 300022) PREDICTED: plexin-A3 i (1789) 1477 277.5 8.5e-73
XP_006724892 (OMIM: 300022) PREDICTED: plexin-A3 i (1841) 1477 277.5 8.7e-73
XP_005274762 (OMIM: 300022) PREDICTED: plexin-A3 i (1853) 1477 277.5 8.7e-73
NP_059984 (OMIM: 300022) plexin-A3 precursor [Homo (1871) 1477 277.5 8.8e-73
XP_005273222 (OMIM: 601054) PREDICTED: plexin-A2 i (1823) 1141 217.1 1.3e-54
NP_055918 (OMIM: 604282) plexin-D1 precursor [Homo (1925) 1008 193.2 2.2e-47
NP_036533 (OMIM: 604293) plexin-B2 precursor [Homo (1838) 1005 192.7 3e-47
XP_006724476 (OMIM: 604293) PREDICTED: plexin-B2 i (1838) 1005 192.7 3e-47
XP_005261966 (OMIM: 604293) PREDICTED: plexin-B2 i (1838) 1005 192.7 3e-47
XP_005261968 (OMIM: 604293) PREDICTED: plexin-B2 i (1838) 1005 192.7 3e-47
XP_016884193 (OMIM: 604293) PREDICTED: plexin-B2 i (1838) 1005 192.7 3e-47
XP_016884192 (OMIM: 604293) PREDICTED: plexin-B2 i (1838) 1005 192.7 3e-47
XP_005261967 (OMIM: 604293) PREDICTED: plexin-B2 i (1838) 1005 192.7 3e-47
XP_011528984 (OMIM: 604293) PREDICTED: plexin-B2 i (1901) 1005 192.7 3.1e-47
XP_011510894 (OMIM: 604282) PREDICTED: plexin-D1 i ( 981) 960 184.4 5e-45
XP_011510891 (OMIM: 604282) PREDICTED: plexin-D1 i (1795) 960 184.6 8.1e-45
XP_011510890 (OMIM: 604282) PREDICTED: plexin-D1 i (1894) 928 178.8 4.6e-43
XP_016874161 (OMIM: 604259) PREDICTED: plexin-C1 i (1315) 729 142.9 2e-32
XP_016874160 (OMIM: 604259) PREDICTED: plexin-C1 i (1323) 706 138.8 3.5e-31
XP_011536032 (OMIM: 604259) PREDICTED: plexin-C1 i (1322) 704 138.5 4.5e-31
XP_005273221 (OMIM: 601054) PREDICTED: plexin-A2 i (1974) 697 137.3 1.5e-30
XP_011510892 (OMIM: 604282) PREDICTED: plexin-D1 i (1467) 640 127.0 1.4e-27
XP_006719249 (OMIM: 604259) PREDICTED: plexin-C1 i (1555) 593 118.5 5.2e-25
NP_005752 (OMIM: 604259) plexin-C1 precursor [Homo (1568) 593 118.5 5.3e-25
NP_001311330 (OMIM: 114550,164860,605074,607278,61 ( 934) 383 80.6 8e-14
XP_006716053 (OMIM: 114550,164860,605074,607278,61 ( 960) 383 80.7 8.2e-14
NP_001311331 (OMIM: 114550,164860,605074,607278,61 ( 960) 383 80.7 8.2e-14
NP_000236 (OMIM: 114550,164860,605074,607278,61670 (1390) 383 80.8 1.1e-13
XP_011514525 (OMIM: 114550,164860,605074,607278,61 (1409) 383 80.8 1.1e-13
NP_001120972 (OMIM: 114550,164860,605074,607278,61 (1408) 349 74.6 7.7e-12
>>NP_005384 (OMIM: 300214) plexin-B3 isoform 1 precursor (1909 aa)
initn: 13063 init1: 13063 opt: 13063 Z-score: 12684.2 bits: 2360.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 13063; 100.0% identity (100.0% similar) in 1909 aa overlap (1-1909:1-1909)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MCHAAQETPLLHHFMAPVMARWPPFGLCLLLLLLSPPPLPLTGAHRFSAPNTTLNHLALA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MCHAAQETPLLHHFMAPVMARWPPFGLCLLLLLLSPPPLPLTGAHRFSAPNTTLNHLALA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PGRGTLYVGAVNRLFQLSPELQLEAVAVTGPVIDSPDCVPFRDPAECPQAQLTDNANQLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 PGRGTLYVGAVNRLFQLSPELQLEAVAVTGPVIDSPDCVPFRDPAECPQAQLTDNANQLL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LVSSRAQELVACGQVRQGVCETRRLGDVAEVLYQAEDPGDGQFVAANTPGVATVGLVVPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LVSSRAQELVACGQVRQGVCETRRLGDVAEVLYQAEDPGDGQFVAANTPGVATVGLVVPL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD PGRDLLLVARGLAGKLSAGVPPLAIRQLAGSQPFSSEGLGRLVVGDFSDYNNSYVGAFAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 PGRDLLLVARGLAGKLSAGVPPLAIRQLAGSQPFSSEGLGRLVVGDFSDYNNSYVGAFAD
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250 260 270 280 290 300
pF1KSD ARSAYFVFRRRGARAQAEYRSYVARVCLGDTNLYSYVEVPLACQGQGLIQAAFLAPGTLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 ARSAYFVFRRRGARAQAEYRSYVARVCLGDTNLYSYVEVPLACQGQGLIQAAFLAPGTLL
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pF1KSD GVFAAGPRGTQAALCAFPMVELGASMEQARRLCYTAGGRGPSGAEEATVEYGVTSRCVTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GVFAAGPRGTQAALCAFPMVELGASMEQARRLCYTAGGRGPSGAEEATVEYGVTSRCVTL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PLDSPESYPCGDEHTPSPIAGRQPLEVQPLLKLGQPVSAVAALQADGHMIAFLGDTQGQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 PLDSPESYPCGDEHTPSPIAGRQPLEVQPLLKLGQPVSAVAALQADGHMIAFLGDTQGQL
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pF1KSD YKVFLHGSQGQVYHSQQVGPPGSAISPDLLLDSSGSHLYVLTAHQVDRIPVAACPQFPDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 YKVFLHGSQGQVYHSQQVGPPGSAISPDLLLDSSGSHLYVLTAHQVDRIPVAACPQFPDC
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pF1KSD ASCLQAQDPLCGWCVLQGRCTRKGQCGRAGQLNQWLWSYEEDSHCLHIQSLLPGHHPRQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 ASCLQAQDPLCGWCVLQGRCTRKGQCGRAGQLNQWLWSYEEDSHCLHIQSLLPGHHPRQE
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pF1KSD QGQVTLSVPRLPILDADEYFHCAFGDYDSLAHVEGPHVACVTPPQDQVPLNPPGTDHVTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 QGQVTLSVPRLPILDADEYFHCAFGDYDSLAHVEGPHVACVTPPQDQVPLNPPGTDHVTV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KSD GERTIYSAQEVDIQVRGPGACPQVEGLAGPHLVPVGWESHLALRVRNLQHFRGLPASFHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 WLELPGELRGLPATLEETAGDSGLIHCQAHQFYPSMSQRELPVPIYVTQGEAQRLDNTHA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EPLTGPPEGGLALTILGSNLGRAFADVQYAVSVASRPCNPEPSLYRTSARIVCVTSPAPN
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KSD FVGGQPCPILEPVCPEAIVCRTRPQAAPGEAAVLVVFGHAQRTLLASPFRYTANPQLVAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SDLEGSGIPFLDYRTYAERAFFPGHGGCPLQPKPEGPGEDGHCATVRQGLTQLSNLLNSK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KSD LNDSRLLREDVEFQPLTLMVLVGPGAGGAAGSSEMQRVPARVLDTDTITQVKEKVLDQVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LNDSRLLREDVEFQPLTLMVLVGPGAGGAAGSSEMQRVPARVLDTDTITQVKEKVLDQVY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KGTPFSQRPSVHALDLEWRSGLAGHLTLSDEDLTSVTQNHWKRLNTLQHYKVPDGATVGL
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pF1KSD VPQLHRGSTISQSLAQRCPLGENIPTLEDGEEGGVCLWHLVKATEEPEGAKVRCSSLRER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 VPQLHRGSTISQSLAQRCPLGENIPTLEDGEEGGVCLWHLVKATEEPEGAKVRCSSLRER
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pF1KSD EPARAKAIPEIYLTRLLSMKGTLQKFVDDTFQAILSVNRPIPIAVKYLFDLLDELAEKHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EPARAKAIPEIYLTRLLSMKGTLQKFVDDTFQAILSVNRPIPIAVKYLFDLLDELAEKHG
1690 1700 1710 1720 1730 1740
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pF1KSD IEDPGTLHIWKTNSLLLRFWVNALKNPQLIFDVRVSDNVDAILAVIAQTFIDSCTTSEHK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 IEDPGTLHIWKTNSLLLRFWVNALKNPQLIFDVRVSDNVDAILAVIAQTFIDSCTTSEHK
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pF1KSD VGRDSPVNKLLYAREIPRYKQMVERYYADIRQSSPASYQEMNSALAELSGNYTSAPHCLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 VGRDSPVNKLLYAREIPRYKQMVERYYADIRQSSPASYQEMNSALAELSGNYTSAPHCLE
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900
pF1KSD ALQELYNHIHRYYDQIISALEEDPVGQKLQLACRLQQVAALVENKVTDL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 ALQELYNHIHRYYDQIISALEEDPVGQKLQLACRLQQVAALVENKVTDL
1870 1880 1890 1900
>>NP_001156729 (OMIM: 300214) plexin-B3 isoform 2 [Homo (1932 aa)
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: : .: ...:. : :.:.:.: . : : :..: :..::::: :: :. .: :.:::
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::
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:.:....:.:.::::..:: :::.::.: . ::.:: .: : : . ::
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:::: : .::::::: .:: .:: :::::. :: :.::. :: . . :..:.
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.::.:. . . ..: . : . .. :.: . :.:::: . :. : ::.::::.::. :.
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.: :: . . :: ::: .: : . :.: :. .:. : : :: ..: : .
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:.:: .:....: :. :: .::: : ::: .::::: : . : : . ::..
XP_011 FKYTLDPNITSAGPTKSFLSGGREICVRGQNLDVVQTPRIRV------TVVSRMLQPSQG
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:::: : .::::::: .:: .:: :::::. :: :.::. :: . . :..:.
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.::.:. . . ..: . : . .. :.: . :.:::: . :. : ::.::::.::. :.
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.: :: . . :: ::: .: : . :.: :. .:. : : :: ..: : .
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:.:: .:....: :. :: .::: : ::: .::::: : . : : . ::..
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:: .: . :: .:: . : : ::::.:. ::.::.: . : :: :
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:::. :::. . : :. .: : ::. : :. :.: ::: :..::::.:.:..:::
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:::..: : .:::: ::.:.:.:...: .:....::::.:::::::::.:: .:::.::
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.:. :.::::::::: :::::::.::: : . . . . : :: : ::: .:::.
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::::: ..::: . : .::: : :::::::::::::::::::::::::: ::.::
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::
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::
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:::.: . ..:::.: : :::::: .:: :::::: :::.:...:.:. .::::
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:.. . ::.. .. :.. :.: .: :::: :: : : . : ::...: : . :
NP_001 SFQPELGCLQVAAMSPANISREETREVFLSVPDLPPLWPGESYSCHFGEHQSPALLTGSG
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: : .: ...:. : :.:.:.: . : : :..: :..::::: :: :. .: :.:::
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.: : :.:: . :.. :
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::
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:. .:.. .
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: : :: .:: ::.. : :.:: : .. : :::. :.
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:.. .: .:: : . : .: : :. . :: ::. : :: : ... ..
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:.:....:.:.::::..:: :::.::.: . ::.:: .: : : . ::
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:::: : .::::::: .:: .:: :::::. :: :.::. :: . . :..:.
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.::.:. . . ..: . : . .. :.: . :.:::: . :. : ::.::::.::. :.
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.: :: . . :: ::: .: : . :.: :. .:. : : :: ..: : .
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:.:: .:....: :. :: .::: : ::: .::::: : . : : . ::..
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:: .: . :: .:: . : : ::::.:. ::.::.: . : :: :
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:::. :::. . : :. .: : ::. : :. :.: ::: :..::::.:.:..:::
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:: . :: : :.:::::: :::::::.. : : . . .::.:.:::::....::
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:::..: : .:::: ::.:.:.:...: .:....::::.:::::::::.:: .:::.::
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..: :.:.:::::::::::::.::: :::::::::..:::: ::::: ::. . :
NP_001 SSVRDRCKKEFTDLMTEMTDLTSDLLGSGIPFLDYKVYAERIFFPGHRESPLH-RDLGVP
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:. . ::.::: :::::::::::: .::::: : .:: ::: .:::::..::::::::
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.:::.::::.::.:.:: .:::::::::::.::::::::.:::::.:.:. .::::::::
NP_001 FTDILRTLLSDLVAQYVAKNPKLMLRRTETVVEKLLTNWMSICLYTFVRDSVGEPLYMLF
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:.:..::::::::.:::::: ::::.::::::::..:::: .: :::::: : :
NP_001 RGIKHQVDKGPVDSVTGKAKYTLNDNRLLREDVEYRPLTLNALLAVGPGAGEAQG-----
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::..::: :::.:.:::.:::.:::.:..:::. ..::.:::::.:::: :::::.::
NP_001 -VPVKVLDCDTISQAKEKMLDQLYKGVPLTQRPDPRTLDVEWRSGVAGHLILSDEDVTSE
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.:. :.::::::::::::::::.::: : . . . . : :: : ::: .:::.
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::::: ..::: . : .::: : :::::::::::::::::::::::::: ::.:::
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..::.:.::::.:::::: :..::: : :.:::::::: ::::.: .::::..:::..:
NP_001 TSRPVPLAVKYFFDLLDEQAQQHGISDQDTIHIWKTNSLPLRFWINIIKNPQFVFDVQTS
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::.::.: ::::::.:.:: ..::.:::::.:::::::.:::::.:::::::::::. ::
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>--
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:::.: :: .::.. .:.::.:::: : . :::::.::::.: :::::: .: .
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.: : :.:: . :.. :
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]