Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1201
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1201, 698 aa
1>>>pF1KSDA1201 698 - 698 aa - 698 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0459+/-0.000947; mu= 17.0609+/- 0.058
mean_var=84.8975+/-16.855, 0's: 0 Z-trim(106.1): 36 B-trim: 4 in 1/53
Lambda= 0.139196
statistics sampled from 8778 (8804) to 8778 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.63), E-opt: 0.2 (0.27), width: 16
Scan time: 3.850
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS66254.1 GRAMD1B gene_id:57476|Hs108|chr11 ( 698) 4665 947.1 0
CCDS53720.1 GRAMD1B gene_id:57476|Hs108|chr11 ( 738) 4665 947.1 0
CCDS66253.1 GRAMD1B gene_id:57476|Hs108|chr11 ( 745) 4641 942.2 0
CCDS81640.1 GRAMD1B gene_id:57476|Hs108|chr11 ( 694) 4616 937.2 0
CCDS42546.1 GRAMD1A gene_id:57655|Hs108|chr19 ( 724) 1774 366.5 7.8e-101
CCDS46046.1 GRAMD1A gene_id:57655|Hs108|chr19 ( 713) 1665 344.6 3e-94
CCDS54625.1 GRAMD1C gene_id:54762|Hs108|chr3 ( 457) 770 164.8 2.6e-40
CCDS33826.1 GRAMD1C gene_id:54762|Hs108|chr3 ( 662) 731 157.0 8.1e-38
CCDS54892.1 GRAMD3 gene_id:65983|Hs108|chr5 ( 440) 322 74.8 3.1e-13
CCDS54893.1 GRAMD3 gene_id:65983|Hs108|chr5 ( 416) 316 73.6 6.7e-13
CCDS4136.1 GRAMD3 gene_id:65983|Hs108|chr5 ( 432) 316 73.6 6.9e-13
CCDS54891.1 GRAMD3 gene_id:65983|Hs108|chr5 ( 447) 316 73.6 7.1e-13
CCDS32283.1 GRAMD2 gene_id:196996|Hs108|chr15 ( 354) 298 69.9 7.2e-12
CCDS54894.1 GRAMD3 gene_id:65983|Hs108|chr5 ( 328) 297 69.7 7.7e-12
>>CCDS66254.1 GRAMD1B gene_id:57476|Hs108|chr11 (698 aa)
initn: 4665 init1: 4665 opt: 4665 Z-score: 5061.7 bits: 947.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4665; 100.0% identity (100.0% similar) in 698 aa overlap (1-698:1-698)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MVEKGSDHSSDKSPSTPEQGVQRSCSSQSGRSGGKNSKKSQSWYNVLSPTYKQRNEDFRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 MVEKGSDHSSDKSPSTPEQGVQRSCSSQSGRSGGKNSKKSQSWYNVLSPTYKQRNEDFRK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LFKQLPDTERLIVDYSCALQRDILLQGRLYLSENWICFYSNIFRWETLLTVRLKDICSMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LFKQLPDTERLIVDYSCALQRDILLQGRLYLSENWICFYSNIFRWETLLTVRLKDICSMT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD KEKTARLIPNAIQVCTDSEKHFFTSFGARDRTYMMMFRLWQNALLEKPLCPKELWHFVHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 KEKTARLIPNAIQVCTDSEKHFFTSFGARDRTYMMMFRLWQNALLEKPLCPKELWHFVHQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD CYGNELGLTSDDEDYVPPDDDFNTMGYCEEIPVEENEVNDSSSKSSIETKPDASPQLPKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 CYGNELGLTSDDEDYVPPDDDFNTMGYCEEIPVEENEVNDSSSKSSIETKPDASPQLPKK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SITNSTLTSTGSSEAPVSFDGLPLEEEALEGDGSLEKELAIDNIMGEKIEMIAPVNSPSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 SITNSTLTSTGSSEAPVSFDGLPLEEEALEGDGSLEKELAIDNIMGEKIEMIAPVNSPSL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD DFNDNEDIPTELSDSSDTHDEGEVQAFYEDLSGRQYVNEVFNFSVDKLYDLLFTNSPFQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 DFNDNEDIPTELSDSSDTHDEGEVQAFYEDLSGRQYVNEVFNFSVDKLYDLLFTNSPFQR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD DFMEQRRFSDIIFHPWKKEENGNQSRVILYTITLTNPLAPKTATVRETQTMYKASQESEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 DFMEQRRFSDIIFHPWKKEENGNQSRVILYTITLTNPLAPKTATVRETQTMYKASQESEC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD YVIDAEVLTHDVPYHDYFYTINRYTLTRVARNKSRLRVSTELRYRKQPWGLVKTFIEKNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 YVIDAEVLTHDVPYHDYFYTINRYTLTRVARNKSRLRVSTELRYRKQPWGLVKTFIEKNF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD WSGLEDYFRHLESELAKTESTYLAEMHRQSPKEKASKTTTVRRRKRPHAHLRVPHLEEVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 WSGLEDYFRHLESELAKTESTYLAEMHRQSPKEKASKTTTVRRRKRPHAHLRVPHLEEVM
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD SPVTTPTDEDVGHRIKHVAGSTQTRHIPEDTPNGFHLQSVSKLLLVISCVICFSLVLLVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 SPVTTPTDEDVGHRIKHVAGSTQTRHIPEDTPNGFHLQSVSKLLLVISCVICFSLVLLVI
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD LNMMLFYKLWMLEYTTQTLTAWQGLRLQERLPQSQTEWAQLLESQQKYHDTELQKWREII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LNMMLFYKLWMLEYTTQTLTAWQGLRLQERLPQSQTEWAQLLESQQKYHDTELQKWREII
610 620 630 640 650 660
670 680 690
pF1KSD KSSVMLLDQMKDSLINLQNGIRSRDYTSESEEKRNRYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 KSSVMLLDQMKDSLINLQNGIRSRDYTSESEEKRNRYH
670 680 690
>>CCDS53720.1 GRAMD1B gene_id:57476|Hs108|chr11 (738 aa)
initn: 4665 init1: 4665 opt: 4665 Z-score: 5061.3 bits: 947.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4665; 100.0% identity (100.0% similar) in 698 aa overlap (1-698:41-738)
10 20 30
pF1KSD MVEKGSDHSSDKSPSTPEQGVQRSCSSQSG
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SNSNRSTPACSPILRKRSRSPTPQNQDGDTMVEKGSDHSSDKSPSTPEQGVQRSCSSQSG
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KSD RSGGKNSKKSQSWYNVLSPTYKQRNEDFRKLFKQLPDTERLIVDYSCALQRDILLQGRLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RSGGKNSKKSQSWYNVLSPTYKQRNEDFRKLFKQLPDTERLIVDYSCALQRDILLQGRLY
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KSD LSENWICFYSNIFRWETLLTVRLKDICSMTKEKTARLIPNAIQVCTDSEKHFFTSFGARD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LSENWICFYSNIFRWETLLTVRLKDICSMTKEKTARLIPNAIQVCTDSEKHFFTSFGARD
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KSD RTYMMMFRLWQNALLEKPLCPKELWHFVHQCYGNELGLTSDDEDYVPPDDDFNTMGYCEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RTYMMMFRLWQNALLEKPLCPKELWHFVHQCYGNELGLTSDDEDYVPPDDDFNTMGYCEE
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KSD IPVEENEVNDSSSKSSIETKPDASPQLPKKSITNSTLTSTGSSEAPVSFDGLPLEEEALE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 IPVEENEVNDSSSKSSIETKPDASPQLPKKSITNSTLTSTGSSEAPVSFDGLPLEEEALE
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KSD GDGSLEKELAIDNIMGEKIEMIAPVNSPSLDFNDNEDIPTELSDSSDTHDEGEVQAFYED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GDGSLEKELAIDNIMGEKIEMIAPVNSPSLDFNDNEDIPTELSDSSDTHDEGEVQAFYED
320 330 340 350 360 370
340 350 360 370 380 390
pF1KSD LSGRQYVNEVFNFSVDKLYDLLFTNSPFQRDFMEQRRFSDIIFHPWKKEENGNQSRVILY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LSGRQYVNEVFNFSVDKLYDLLFTNSPFQRDFMEQRRFSDIIFHPWKKEENGNQSRVILY
380 390 400 410 420 430
400 410 420 430 440 450
pF1KSD TITLTNPLAPKTATVRETQTMYKASQESECYVIDAEVLTHDVPYHDYFYTINRYTLTRVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TITLTNPLAPKTATVRETQTMYKASQESECYVIDAEVLTHDVPYHDYFYTINRYTLTRVA
440 450 460 470 480 490
460 470 480 490 500 510
pF1KSD RNKSRLRVSTELRYRKQPWGLVKTFIEKNFWSGLEDYFRHLESELAKTESTYLAEMHRQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RNKSRLRVSTELRYRKQPWGLVKTFIEKNFWSGLEDYFRHLESELAKTESTYLAEMHRQS
500 510 520 530 540 550
520 530 540 550 560 570
pF1KSD PKEKASKTTTVRRRKRPHAHLRVPHLEEVMSPVTTPTDEDVGHRIKHVAGSTQTRHIPED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PKEKASKTTTVRRRKRPHAHLRVPHLEEVMSPVTTPTDEDVGHRIKHVAGSTQTRHIPED
560 570 580 590 600 610
580 590 600 610 620 630
pF1KSD TPNGFHLQSVSKLLLVISCVICFSLVLLVILNMMLFYKLWMLEYTTQTLTAWQGLRLQER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 TPNGFHLQSVSKLLLVISCVICFSLVLLVILNMMLFYKLWMLEYTTQTLTAWQGLRLQER
620 630 640 650 660 670
640 650 660 670 680 690
pF1KSD LPQSQTEWAQLLESQQKYHDTELQKWREIIKSSVMLLDQMKDSLINLQNGIRSRDYTSES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LPQSQTEWAQLLESQQKYHDTELQKWREIIKSSVMLLDQMKDSLINLQNGIRSRDYTSES
680 690 700 710 720 730
pF1KSD EEKRNRYH
::::::::
CCDS53 EEKRNRYH
>>CCDS66253.1 GRAMD1B gene_id:57476|Hs108|chr11 (745 aa)
initn: 4422 init1: 4422 opt: 4641 Z-score: 5035.2 bits: 942.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4641; 99.0% identity (99.0% similar) in 705 aa overlap (1-698:41-745)
10 20 30
pF1KSD MVEKGSDHSSDKSPSTPEQGVQRSCSSQSG
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 SNSNRSTPACSPILRKRSRSPTPQNQDGDTMVEKGSDHSSDKSPSTPEQGVQRSCSSQSG
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80
pF1KSD RSGGKNSK-------KSQSWYNVLSPTYKQRNEDFRKLFKQLPDTERLIVDYSCALQRDI
:::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 RSGGKNSKSHKRLSKKSQSWYNVLSPTYKQRNEDFRKLFKQLPDTERLIVDYSCALQRDI
80 90 100 110 120 130
90 100 110 120 130 140
pF1KSD LLQGRLYLSENWICFYSNIFRWETLLTVRLKDICSMTKEKTARLIPNAIQVCTDSEKHFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LLQGRLYLSENWICFYSNIFRWETLLTVRLKDICSMTKEKTARLIPNAIQVCTDSEKHFF
140 150 160 170 180 190
150 160 170 180 190 200
pF1KSD TSFGARDRTYMMMFRLWQNALLEKPLCPKELWHFVHQCYGNELGLTSDDEDYVPPDDDFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 TSFGARDRTYMMMFRLWQNALLEKPLCPKELWHFVHQCYGNELGLTSDDEDYVPPDDDFN
200 210 220 230 240 250
210 220 230 240 250 260
pF1KSD TMGYCEEIPVEENEVNDSSSKSSIETKPDASPQLPKKSITNSTLTSTGSSEAPVSFDGLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 TMGYCEEIPVEENEVNDSSSKSSIETKPDASPQLPKKSITNSTLTSTGSSEAPVSFDGLP
260 270 280 290 300 310
270 280 290 300 310 320
pF1KSD LEEEALEGDGSLEKELAIDNIMGEKIEMIAPVNSPSLDFNDNEDIPTELSDSSDTHDEGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LEEEALEGDGSLEKELAIDNIMGEKIEMIAPVNSPSLDFNDNEDIPTELSDSSDTHDEGE
320 330 340 350 360 370
330 340 350 360 370 380
pF1KSD VQAFYEDLSGRQYVNEVFNFSVDKLYDLLFTNSPFQRDFMEQRRFSDIIFHPWKKEENGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 VQAFYEDLSGRQYVNEVFNFSVDKLYDLLFTNSPFQRDFMEQRRFSDIIFHPWKKEENGN
380 390 400 410 420 430
390 400 410 420 430 440
pF1KSD QSRVILYTITLTNPLAPKTATVRETQTMYKASQESECYVIDAEVLTHDVPYHDYFYTINR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 QSRVILYTITLTNPLAPKTATVRETQTMYKASQESECYVIDAEVLTHDVPYHDYFYTINR
440 450 460 470 480 490
450 460 470 480 490 500
pF1KSD YTLTRVARNKSRLRVSTELRYRKQPWGLVKTFIEKNFWSGLEDYFRHLESELAKTESTYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 YTLTRVARNKSRLRVSTELRYRKQPWGLVKTFIEKNFWSGLEDYFRHLESELAKTESTYL
500 510 520 530 540 550
510 520 530 540 550 560
pF1KSD AEMHRQSPKEKASKTTTVRRRKRPHAHLRVPHLEEVMSPVTTPTDEDVGHRIKHVAGSTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 AEMHRQSPKEKASKTTTVRRRKRPHAHLRVPHLEEVMSPVTTPTDEDVGHRIKHVAGSTQ
560 570 580 590 600 610
570 580 590 600 610 620
pF1KSD TRHIPEDTPNGFHLQSVSKLLLVISCVICFSLVLLVILNMMLFYKLWMLEYTTQTLTAWQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 TRHIPEDTPNGFHLQSVSKLLLVISCVICFSLVLLVILNMMLFYKLWMLEYTTQTLTAWQ
620 630 640 650 660 670
630 640 650 660 670 680
pF1KSD GLRLQERLPQSQTEWAQLLESQQKYHDTELQKWREIIKSSVMLLDQMKDSLINLQNGIRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 GLRLQERLPQSQTEWAQLLESQQKYHDTELQKWREIIKSSVMLLDQMKDSLINLQNGIRS
680 690 700 710 720 730
690
pF1KSD RDYTSESEEKRNRYH
:::::::::::::::
CCDS66 RDYTSESEEKRNRYH
740
>>CCDS81640.1 GRAMD1B gene_id:57476|Hs108|chr11 (694 aa)
initn: 3967 init1: 3967 opt: 4616 Z-score: 5008.5 bits: 937.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4616; 99.4% identity (99.4% similar) in 698 aa overlap (1-698:1-694)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MVEKGSDHSSDKSPSTPEQGVQRSCSSQSGRSGGKNSKKSQSWYNVLSPTYKQRNEDFRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MVEKGSDHSSDKSPSTPEQGVQRSCSSQSGRSGGKNSKKSQSWYNVLSPTYKQRNEDFRK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LFKQLPDTERLIVDYSCALQRDILLQGRLYLSENWICFYSNIFRWETLLTVRLKDICSMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LFKQLPDTERLIVDYSCALQRDILLQGRLYLSENWICFYSNIFRWETLLTVRLKDICSMT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD KEKTARLIPNAIQVCTDSEKHFFTSFGARDRTYMMMFRLWQNALLEKPLCPKELWHFVHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 KEKTARLIPNAIQVCTDSEKHFFTSFGARDRTYMMMFRLWQNALLEKPLCPKELWHFVHQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD CYGNELGLTSDDEDYVPPDDDFNTMGYCEEIPVEENEVNDSSSKSSIETKPDASPQLPKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 CYGNELGLTSDDEDYVPPDDDFNTMGYCEEIPVEENEVNDSSSKSSIETKPDASPQLPKK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SITNSTLTSTGSSEAPVSFDGLPLEEEALEGDGSLEKELAIDNIMGEKIEMIAPVNSPSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 SITNSTLTSTGSSEAPVSFDGLPLEEEALEGDGSLEKELAIDNIMGEKIEMIAPVNSPSL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD DFNDNEDIPTELSDSSDTHDEGEVQAFYEDLSGRQYVNEVFNFSVDKLYDLLFTNSPFQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 DFNDNEDIPTELSDSSDTHDEGEVQAFYEDLSGRQYVNEVFNFSVDKLYDLLFTNSPFQR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD DFMEQRRFSDIIFHPWKKEENGNQSRVILYTITLTNPLAPKTATVRETQTMYKASQESEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 DFMEQRRFSDIIFHPWKKEENGNQSRVILYTITLTNPLAPKTATVRETQTMYKASQESEC
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD YVIDAEVLTHDVPYHDYFYTINRYTLTRVARNKSRLRVSTELRYRKQPWGLVKTFIEKNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 YVIDAEVLTHDVPYHDYFYTINRYTLTRVARNKSRLRVSTELRYRKQPWGLVKTFIEKNF
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD WSGLEDYFRHLESELAKTESTYLAEMHRQSPKEKASKTTTVRRRKRPHAHLRVPHLEEVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 WSGLEDYFRHLESELAKTESTYLAEMHRQSPKEKASKTTTVRRRKRPHAHLRVPHLEEVM
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD SPVTTPTDEDVGHRIKHVAGSTQTRHIPEDTPNGFHLQSVSKLLLVISCVICFSLVLLVI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::
CCDS81 SPVTTPTDEDVGHRIKHVAGSTQTRHIPEDTPNGFHLQSVSKLLLVISCV----LVLLVI
550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KSD LNMMLFYKLWMLEYTTQTLTAWQGLRLQERLPQSQTEWAQLLESQQKYHDTELQKWREII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 LNMMLFYKLWMLEYTTQTLTAWQGLRLQERLPQSQTEWAQLLESQQKYHDTELQKWREII
600 610 620 630 640 650
670 680 690
pF1KSD KSSVMLLDQMKDSLINLQNGIRSRDYTSESEEKRNRYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 KSSVMLLDQMKDSLINLQNGIRSRDYTSESEEKRNRYH
660 670 680 690
>>CCDS42546.1 GRAMD1A gene_id:57655|Hs108|chr19 (724 aa)
initn: 1975 init1: 1565 opt: 1774 Z-score: 1923.8 bits: 366.5 E(32554): 7.8e-101
Smith-Waterman score: 2081; 47.6% identity (74.7% similar) in 700 aa overlap (1-693:40-718)
10 20
pF1KSD MVEKGSDHSSDKS--PSTPEQGVQRSCSSQ
::::::: ::.:. :.:: : .:
CCDS42 RSTPSSSPSLRKRLQLLPPSRPPPEPEPGTMVEKGSDSSSEKGGVPGTP------STQSL
10 20 30 40 50 60
30 40 50 60 70 80
pF1KSD SGRSGGKNSKKSQSWYNVLSPTYKQRNEDFRKLFKQLPDTERLIVDYSCALQRDILLQGR
..:. .:::: ::::..::::::::::::::::..::..:::::::::::::.::::::
CCDS42 GSRNFIRNSKKMQSWYSMLSPTYKQRNEDFRKLFSKLPEAERLIVDYSCALQREILLQGR
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130 140
pF1KSD LYLSENWICFYSNIFRWETLLTVRLKDICSMTKEKTARLIPNAIQVCTDSEKHFFTSFGA
::::::::::::::::::: ....::.. . :::::.:::::::.::.:::::::::::
CCDS42 LYLSENWICFYSNIFRWETTISIQLKEVTCLKKEKTAKLIPNAIQICTESEKHFFTSFGA
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KSD RDRTYMMMFRLWQNALLEKPLCPKELWHFVHQCYGNELGLTSDDEDYVPPDDDFNTMGYC
::: ....::::::::::: : :.::::.::::::.::::::.::::: : . .: .:
CCDS42 RDRCFLLIFRLWQNALLEKTLSPRELWHLVHQCYGSELGLTSEDEDYVSPLQ-LNGLGTP
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KSD EEIPVEENEVNDSSSKSSIETKPDASPQLPKKSITNSTLTSTGSSEAPVSFDGLPLEEEA
.:. . ..: .:... . . . :: ... .. .: : .::.: . . :.
CCDS42 KEVG-DVIALSDITSSGAADRSQEPSPVGSRRGHVTPNL-SRASSDADHGAEEDKEEQVD
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KSD LEGDGSLEKELA--IDNIMGEKIEMIAPVNSPSLDFNDNEDIPTELSDSSD-THDEGEVQ
. :.: . .. . : . .:.. ::. .:.. :. :.::. : .:...
CCDS42 SQPDASSSQTVTPVAEPPSTEPTQPDGPTTLGPLDLLPSEELLTDTSNSSSSTGEEADLA
310 320 330 340 350 360
330 340 350 360 370 380
pF1KSD AFYEDLSGRQYVNEVFNFSVDKLYDLLFTNSPFQRDFMEQRRFSDIIFHPWKKEENGNQS
:. ::::: .: ::. ....: ..::..::: . :..: .:.:. . ::. . . .:
CCDS42 ALLPDLSGRLLINSVFHVGAERLQQMLFSDSPFLQGFLQQCKFTDVTLSPWSGDSKCHQR
370 380 390 400 410 420
390 400 410 420 430 440
pF1KSD RVILYTITLTNPLAPKTATVRETQTMYKASQESECYVIDAEVLTHDVPYHDYFYTINRYT
::. ::: ..:::.::.:.: ::::... . .. :.:.::::. .::.::::: .::
CCDS42 RVLTYTIPISNPLGPKSASVVETQTLFRRGPQAGGCVVDSEVLTQGIPYQDYFYTAHRYC
430 440 450 460 470 480
450 460 470 480 490 500
pF1KSD LTRVARNKSRLRVSTELRYRKQPWGLVKTFIEKNFWSGLEDYFRHLESELAKTESTYLAE
. .::::.:::::.:.:::::::.:::..:::: :::.::::.::: ::::.:. : :
CCDS42 ILGLARNKARLRVSSEIRYRKQPWSLVKSLIEKNSWSGIEDYFHHLERELAKAEKLSLEE
490 500 510 520 530 540
510 520 530 540 550 560
pF1KSD MHRQSPKEKASKTTTVRRRKRPHAHLRVPHLEEVMSPVTTPTDEDVGHRIK-HVAGSTQT
. :. . . .:::::: . :. : . . : : : : :..:: ..
CCDS42 ----GGKDARGLLSGLRRRKRPLS-WRA-HGDGPQHP-----DPDPCARAGIHTSGSLSS
550 560 570 580
570 580 590 600 610 620
pF1KSD RHIPEDTPNGFHLQSVSKLLLVISCVICFSLVLLVILNMMLFYKLWMLEYTTQTLTAWQG
: .. .: .. . :..:: ::: ::..:. ::..:::.:: :: :..:. .:..
CCDS42 RFSEPSVDQG-PGAGIPSALVLISIVICVSLIILIALNVLLFYRLWSLERTAHTFESWHS
590 600 610 620 630 640
630 640 650 660 670 680
pF1KSD LRLQE-RLPQSQTEWAQLLESQQKYHDTELQKWREIIKSSVMLLDQMKDSLINLQNGIRS
: : . ..::. ::::..: :...:..:..:::.:...:: :::.:: :: .:..::
CCDS42 LALAKGKFPQTATEWAEILALQKQFHSVEVHKWRQILRASVELLDEMKFSLEKLHQGITV
650 660 670 680 690 700
690
pF1KSD RDYTSESEEKRNRYH
: ... .
CCDS42 SDPPFDTQPRPDDSFS
710 720
>>CCDS46046.1 GRAMD1A gene_id:57655|Hs108|chr19 (713 aa)
initn: 1867 init1: 1497 opt: 1665 Z-score: 1805.6 bits: 344.6 E(32554): 3e-94
Smith-Waterman score: 1977; 46.4% identity (73.4% similar) in 700 aa overlap (1-693:40-707)
10 20
pF1KSD MVEKGSDHSSDKS--PSTPEQGVQRSCSSQ
::::::: ::.:. :.:: : .:
CCDS46 RSTPSSSPSLRKRLQLLPPSRPPPEPEPGTMVEKGSDSSSEKGGVPGTP------STQSL
10 20 30 40 50 60
30 40 50 60 70 80
pF1KSD SGRSGGKNSKKSQSWYNVLSPTYKQRNEDFRKLFKQLPDTERLIVDYSCALQRDILLQGR
..:. .::: .::::::::::::::::..::..:::::::::::::.::::::
CCDS46 GSRNFIRNSK-------MLSPTYKQRNEDFRKLFSKLPEAERLIVDYSCALQREILLQGR
70 80 90 100 110
90 100 110 120 130 140
pF1KSD LYLSENWICFYSNIFRWETLLTVRLKDICSMTKEKTARLIPNAIQVCTDSEKHFFTSFGA
::::::::::::::::::: ....::.. . :::::.:::::::.::.:::::::::::
CCDS46 LYLSENWICFYSNIFRWETTISIQLKEVTCLKKEKTAKLIPNAIQICTESEKHFFTSFGA
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150 160 170 180 190 200
pF1KSD RDRTYMMMFRLWQNALLEKPLCPKELWHFVHQCYGNELGLTSDDEDYVPPDDDFNTMGYC
::: ....::::::::::: : :.::::.::::::.::::::.::::: : . .: .:
CCDS46 RDRCFLLIFRLWQNALLEKTLSPRELWHLVHQCYGSELGLTSEDEDYVSPLQ-LNGLGTP
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KSD EEIPVEENEVNDSSSKSSIETKPDASPQLPKKSITNSTLTSTGSSEAPVSFDGLPLEEEA
.:. . ..: .:... . . . :: ... .. .: : .::.: . . :.
CCDS46 KEVG-DVIALSDITSSGAADRSQEPSPVGSRRGHVTPNL-SRASSDADHGAEEDKEEQVD
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270 280 290 300 310 320
pF1KSD LEGDGSLEKELA--IDNIMGEKIEMIAPVNSPSLDFNDNEDIPTELSDSSD-THDEGEVQ
. :.: . .. . : . .:.. ::. .:.. :. :.::. : .:...
CCDS46 SQPDASSSQTVTPVAEPPSTEPTQPDGPTTLGPLDLLPSEELLTDTSNSSSSTGEEADLA
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330 340 350 360 370 380
pF1KSD AFYEDLSGRQYVNEVFNFSVDKLYDLLFTNSPFQRDFMEQRRFSDIIFHPWKKEENGNQS
:. ::::: .: ::. ....: ..::..::: . :..: .:.:. . ::. . . .:
CCDS46 ALLPDLSGRLLINSVFHVGAERLQQMLFSDSPFLQGFLQQCKFTDVTLSPWSGDSKCHQR
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KSD RVILYTITLTNPLAPKTATVRETQTMYKASQESECYVIDAEVLTHDVPYHDYFYTINRYT
::. ::: ..:::.::.:.: ::::... . .. :.:.::::. .::.::::: .::
CCDS46 RVLTYTIPISNPLGPKSASVVETQTLFRRGPQAGGCVVDSEVLTQGIPYQDYFYTAHRYC
420 430 440 450 460 470
450 460 470 480 490 500
pF1KSD LTRVARNKSRLRVSTELRYRKQPWGLVKTFIEKNFWSGLEDYFRHLESELAKTESTYLAE
. .::::.:::::.:.:::::::.:::..:::: :::.::::.::: ::::.:. : :
CCDS46 ILGLARNKARLRVSSEIRYRKQPWSLVKSLIEKNSWSGIEDYFHHLERELAKAEKLSLEE
480 490 500 510 520 530
510 520 530 540 550 560
pF1KSD MHRQSPKEKASKTTTVRRRKRPHAHLRVPHLEEVMSPVTTPTDEDVGHRIK-HVAGSTQT
. :. . . .:::::: . :. : . . : : : : :..:: ..
CCDS46 ----GGKDARGLLSGLRRRKRPLS-WRA-HGDGPQHP-----DPDPCARAGIHTSGSLSS
540 550 560 570 580
570 580 590 600 610 620
pF1KSD RHIPEDTPNGFHLQSVSKLLLVISCVICFSLVLLVILNMMLFYKLWMLEYTTQTLTAWQG
: .. .: .. . :..:: : :..:. ::..:::.:: :: :..:. .:..
CCDS46 RFSEPSVDQG-PGAGIPSALVLISIV----LIILIALNVLLFYRLWSLERTAHTFESWHS
590 600 610 620 630
630 640 650 660 670 680
pF1KSD LRLQE-RLPQSQTEWAQLLESQQKYHDTELQKWREIIKSSVMLLDQMKDSLINLQNGIRS
: : . ..::. ::::..: :...:..:..:::.:...:: :::.:: :: .:..::
CCDS46 LALAKGKFPQTATEWAEILALQKQFHSVEVHKWRQILRASVELLDEMKFSLEKLHQGITV
640 650 660 670 680 690
690
pF1KSD RDYTSESEEKRNRYH
: ... .
CCDS46 SDPPFDTQPRPDDSFS
700 710
>>CCDS54625.1 GRAMD1C gene_id:54762|Hs108|chr3 (457 aa)
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Smith-Waterman score: 876; 36.1% identity (66.7% similar) in 463 aa overlap (221-678:15-440)
200 210 220 230 240
pF1KSD DDEDYVPPDDDFNTMGYCEEIPVEENEVNDSSSKSSIETKPDASPQLPKK-SITNSTLTS
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CCDS54 MENLSLSIEDVQPRSPGRSSLDDSGERDEKLSKSISFTSESISR
10 20 30 40
250 260 270 280 290 300
pF1KSD TGSSEAPVSFDGLPLEEEALEGDGSLEKELAIDNIMGEKIEMIAPVNSPSLDFNDNEDIP
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CCDS54 VSETE---SFDG-NSSKGGLGKEESQNEKQTKKSLLPTLEKKLTRVPSKSLDLNKNEYLS
50 60 70 80 90 100
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pF1KSD TELSDSSDTHDEGEVQAFYEDLSGRQYVNEVFNFSVDKLYDLLFTNSPFQRDFMEQRRFS
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CCDS54 LDKSSTSDSVDEENVPE--KDLHGRLFINRIFHISADRMFELLFTSSRFMQKFASSRNII
110 120 130 140 150
370 380 390 400 410 420
pF1KSD DIIFHPWKKEENGNQSRVILYTITLTNPLAPKTATVRETQTMYKASQESECYVIDAEVLT
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CCDS54 DVVSTPWTAELGGDQLRTMTYTIVLNSPLTGKCTAATEKQTLYKESREARFYLVDSEVLT
160 170 180 190 200 210
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pF1KSD HDVPYHDYFYTINRYTLTRVARNKSRLRVSTELRYRKQPWGLVKTFIEKNFWSGLEDYFR
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CCDS54 HDVPYHDYFYTVNRYCIIRSSKQKCRLRVSTDLKYRKQPWGLVKSLIEKNSWSSLEDYFK
220 230 240 250 260 270
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pF1KSD HLESELAKTESTYLAEMHRQSPKEKASKTTTVRRRKRPHAHL--RVPHLEEVMSPVTTPT
.:::.: ::. . : .: : .:::.: . ::.: . .
CCDS54 QLESDLLIEESVLNQAI------EDPGKLTGLRRRRRTFNRTAETVPKLS------SQHS
280 290 300 310 320
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pF1KSD DEDVGHRIK-HVAGSTQTRHIPEDTPNGFHLQSVSKLLLVISCVICFSLVLLVILNMMLF
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CCDS54 SGDVGLGAKGDITGKKK------------EMENYNVTLIVVMSIF---VLLLVLLNVTLF
330 340 350 360 370
610 620 630 640 650 660
pF1KSD YKLWMLEYTTQTLTAWQGLRLQERLPQS-QTEWAQLLESQQKYHDTELQKWREIIKSSVM
:: .:...:.. :::::. . .. .. :. :: .: . .. . ....:..
CCDS54 LKLSKIEHAAQSFYR---LRLQEEKSLNLASDMVSRAETIQKNKD-QAHRLKGVLRDSIV
380 390 400 410 420
670 680 690
pF1KSD LLDQMKDSLINLQNGIRSRDYTSESEEKRNRYH
.:.:.:.::: ::
CCDS54 MLEQLKSSLIMLQKTFDLLNKNKTGMAVES
430 440 450
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Smith-Waterman score: 1562; 40.9% identity (69.2% similar) in 678 aa overlap (7-678:25-645)
10 20 30 40
pF1KSD MVEKGSDHSSDKSPSTPEQGVQRSCSSQSGRSGGKNSKKSQS
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CCDS33 MEGAPTVRQVMNEGDSSLATDLQEDVEENPSPTVEENNVVVK------KQGPNLHNWSGD
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KSD W-YNVLSPTYKQRNEDFRKLFKQLPDTERLIVDYSCALQRDILLQGRLYLSENWICFYSN
: . . : :::.:::..:. : .::::::::.::.:::::::::::::::::::.:::::
CCDS33 WSFWISSSTYKDRNEEYRRQFTHLPDTERLIADYACALQRDILLQGRLYLSENWLCFYSN
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KSD IFRWETLLTVRLKDICSMTKEKTARLIPNAIQVCTDSEKHFFTSFGARDRTYMMMFRLWQ
:::::: ... ::.: :::::::::::::::. :.::: ::::::::::.:. .:::::
CCDS33 IFRWETTISIALKNITFMTKEKTARLIPNAIQIVTESEKFFFTSFGARDRSYLSIFRLWQ
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KSD NALLEKPLCPKELWHFVHQCYGNELGLTSDDEDYVPPDDDFNTMGYCEEIPVEENEVNDS
:.::.: : .:.:....: ::.::::.... . . . .:. . :
CCDS33 NVLLDKSLTRQEFWQLLQQNYGTELGLNAEEMENLS-------------LSIEDVQ-PRS
180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KSD SSKSSIETKPDASPQLPKK-SITNSTLTSTGSSEAPVSFDGLPLEEEALEGDGSLEKELA
..::.. . . . .: :. :.:. ... .. .: :::: . .: . : ... .
CCDS33 PGRSSLDDSGERDEKLSKSISFTSESISRVSETE---SFDGNS-SKGGLGKEESQNEKQT
230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KSD IDNIMGEKIEMIAPVNSPSLDFNDNEDIPTELSDSSDTHDEGEVQAFYEDLSGRQYVNEV
... . .. : : :::.: :: . . :..::. :: .: .:: :: ..:..
CCDS33 KKSLLPTLEKKLTRVPSKSLDLNKNEYLSLDKSSTSDSVDEENVPE--KDLHGRLFINRI
280 290 300 310 320 330
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pF1KSD FNFSVDKLYDLLFTNSPFQRDFMEQRRFSDIIFHPWKKEENGNQSRVILYTITLTNPLAP
:..:.:....::::.: :.. : .: . :.. :: : .:.: :.. :::.:..::.
CCDS33 FHISADRMFELLFTSSRFMQKFASSRNIIDVVSTPWTAELGGDQLRTMTYTIVLNSPLTG
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KSD KTATVRETQTMYKASQESECYVIDAEVLTHDVPYHDYFYTINRYTLTRVARNKSRLRVST
: ... : ::.:: :.:.. :..:.:::::::::::::::.::: . : ...: ::::::
CCDS33 KCTAATEKQTLYKESREARFYLVDSEVLTHDVPYHDYFYTVNRYCIIRSSKQKCRLRVST
400 410 420 430 440 450
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pF1KSD ELRYRKQPWGLVKTFIEKNFWSGLEDYFRHLESELAKTESTYLAEMHRQSPKEKASKTTT
.:.::::::::::..:::: ::.:::::..:::.: ::. .. : .: :
CCDS33 DLKYRKQPWGLVKSLIEKNSWSSLEDYFKQLESDLLIEESVL------NQAIEDPGKLTG
460 470 480 490 500
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pF1KSD VRRRKRPHAHL--RVPHLEEVMSPVTTPTDEDVGHRIK-HVAGSTQTRHIPEDTPNGFHL
.:::.: . ::.: . .. ::: : ..:. . ..
CCDS33 LRRRRRTFNRTAETVPKLS------SQHSSGDVGLGAKGDITGKKK------------EM
510 520 530 540 550
580 590 600 610 620 630
pF1KSD QSVSKLLLVISCVICFSLVLLVILNMMLFYKLWMLEYTTQTLTAWQGLRLQERLPQS-QT
.. . :.:. .. ..:::.::. :: :: .:...:.. :::::. . .
CCDS33 ENYNVTLIVVMSIF---VLLLVLLNVTLFLKLSKIEHAAQSFYR---LRLQEEKSLNLAS
560 570 580 590 600
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pF1KSD EWAQLLESQQKYHDTELQKWREIIKSSVMLLDQMKDSLINLQNGIRSRDYTSESEEKRNR
. .. :. :: .: . .. . ....:...:.:.:.::: ::
CCDS33 DMVSRAETIQKNKD-QAHRLKGVLRDSIVMLEQLKSSLIMLQKTFDLLNKNKTGMAVES
610 620 630 640 650 660
pF1KSD YH
>>CCDS54892.1 GRAMD3 gene_id:65983|Hs108|chr5 (440 aa)
initn: 284 init1: 284 opt: 322 Z-score: 351.2 bits: 74.8 E(32554): 3.1e-13
Smith-Waterman score: 322; 34.2% identity (69.9% similar) in 146 aa overlap (11-156:74-218)
10 20 30 40
pF1KSD MVEKGSDHSSDKSPSTPEQGVQRSCSSQSGRSGGKNSKKS
:. .. .:.. . .... .. .::. :.
CCDS54 LPHLWRRTPQTRRKSLAYAHIFSPNLCFIQDQESKSSFDGASLASDKNDCKTESKNDPKT
50 60 70 80 90 100
50 60 70 80 90 100
pF1KSD QSWYNVLSPTYKQRNEDFRKLFKQLPDTERLIVDYSCALQRDILLQGRLYLSENWICFYS
. . : :: : :.::: ..: : : ...::::..:: ::.:..:::::::.:
CCDS54 ERKKSSSSSQYKA-NMHFHKLFLSVPTEEPLKQSFTCALQKEILYQGKLFVSENWICFHS
110 120 130 140 150 160
110 120 130 140 150 160
pF1KSD NIFRWETLLTVRLKDICSMTKEKTARLIPNAIQVCTDSEKHFFTSFGARDRTYMMMFRLW
..: .: ... .. . : ::: :.:::. . : .....:.:. .:: :: ..
CCDS54 KVFGKDTKISIPAFSVTLIKKTKTALLVPNALIIATVTDRYIFVSLLSRDSTYKLLKSVC
170 180 190 200 210 220
170 180 190 200 210 220
pF1KSD QNALLEKPLCPKELWHFVHQCYGNELGLTSDDEDYVPPDDDFNTMGYCEEIPVEENEVND
CCDS54 GHLENTSVGNSPNPSSAENSFRADRPSSLPLDFNDEFSDLDGVVQQRRQDMEGYSSSGSQ
230 240 250 260 270 280
>>CCDS54893.1 GRAMD3 gene_id:65983|Hs108|chr5 (416 aa)
initn: 284 init1: 284 opt: 316 Z-score: 345.1 bits: 73.6 E(32554): 6.7e-13
Smith-Waterman score: 316; 37.8% identity (68.9% similar) in 135 aa overlap (22-156:66-194)
10 20 30 40 50
pF1KSD MVEKGSDHSSDKSPSTPEQGVQRSCSSQSGRSGGKNSKKSQSWYNVLSPTY
. .:...: . . :::.: : :
CCDS54 PSVEADSPDQKKIISLWSKSSFDGASLASDKNDCKTESKNDPKTERKKSSS-----SSQY
40 50 60 70 80 90
60 70 80 90 100 110
pF1KSD KQRNEDFRKLFKQLPDTERLIVDYSCALQRDILLQGRLYLSENWICFYSNIFRWETLLTV
: : :.::: ..: : : ...::::..:: ::.:..:::::::.:..: .: ...
CCDS54 KA-NMHFHKLFLSVPTEEPLKQSFTCALQKEILYQGKLFVSENWICFHSKVFGKDTKISI
100 110 120 130 140
120 130 140 150 160 170
pF1KSD RLKDICSMTKEKTARLIPNAIQVCTDSEKHFFTSFGARDRTYMMMFRLWQNALLEKPLCP
.. . : ::: :.:::. . : .....:.:. .:: :: ..
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