Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1138
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1138, 1221 aa
1>>>pF1KSDA1138 1221 - 1221 aa - 1221 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.5349+/-0.000444; mu= -15.8066+/- 0.028
mean_var=467.0050+/-98.539, 0's: 0 Z-trim(123.6): 97 B-trim: 1429 in 2/56
Lambda= 0.059349
statistics sampled from 43708 (43846) to 43708 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.783), E-opt: 0.2 (0.514), width: 16
Scan time: 18.630
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_065746 (OMIM: 609614) RNA exonuclease 1 homolog (1221) 8234 720.4 1.7e-206
XP_016882517 (OMIM: 609614) PREDICTED: RNA exonucl (1373) 8035 703.4 2.5e-201
XP_016882518 (OMIM: 609614) PREDICTED: RNA exonucl (1230) 6530 574.5 1.4e-162
XP_011526446 (OMIM: 609614) PREDICTED: RNA exonucl (1382) 6530 574.6 1.6e-162
XP_011526448 (OMIM: 609614) PREDICTED: RNA exonucl (1347) 6137 540.9 2.1e-152
XP_016882519 (OMIM: 609614) PREDICTED: RNA exonucl ( 843) 5719 505.0 8.5e-142
XP_011536691 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2078) 386 48.6 0.0005
XP_006719477 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 386 48.6 0.0005
XP_006719476 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 386 48.6 0.0005
XP_006719475 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 386 48.6 0.0005
>>NP_065746 (OMIM: 609614) RNA exonuclease 1 homolog [Ho (1221 aa)
initn: 8234 init1: 8234 opt: 8234 Z-score: 3828.2 bits: 720.4 E(85289): 1.7e-206
Smith-Waterman score: 8234; 99.8% identity (99.8% similar) in 1221 aa overlap (1-1221:1-1221)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLRSTGFFRAIDCPYWSGAPGGPCRRPYCHFRHRGARGPGAPGDGGEAPPAAGLGYDPYN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::
NP_065 MLRSTGFFRAIDCPYWSGAPGGPCRRPYCHFRHRGARGSGAPGDGGEAPPAAGLGYDPYN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PELPKPPAQRENGTLGLGEEPRPDVLELELVNQAIEAVRSEVELEQRRYRELLETTREHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 PELPKPPAQRENGTLGLGEEPRPDVLELELVNQAIEAVRSEVELEQRRYRELLETTREHR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SAEAPALAPRGPNASPTVGPDEDAFPLAFDYSPGSHGLLSPDAGYQPTPLAAPAEPGSKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SAEAPALAPRGPNASPTVGPDEDAFPLAFDYSPGSHGLLSPDAGYQPTPLAAPAEPGSKY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SLASLDRGQGRGGGGGGALEYVPKAVSQPRRHSRPVPSGKYVVDNSRPPTDLEYDPLSNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SLASLDRGQGRGGGGGGALEYVPKAVSQPRRHSRPVPSGKYVVDNSRPPTDLEYDPLSNY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SARHLSRASSRDERAAKRPRGSRGSEPYTPAPKKLCDPFGSCDARFSDSEDEAATVPGNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SARHLSRASSRDERAAKRPRGSRGSEPYTPAPKKLCDPFGSCDARFSDSEDEAATVPGNE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PTTASTPKARADPEIKATGQPPSKEGLEAEGGGLRETKETAVQCDVGDLQPPPAKPASPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 PTTASTPKARADPEIKATGQPPSKEGLEAEGGGLRETKETAVQCDVGDLQPPPAKPASPA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD QVQSSQDGGCPKEGKPKKKKTGAPPAPSCKDGAQGKDKTKDKGRGRPVEKPRADKKGPQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 QVQSSQDGGCPKEGKPKKKKTGAPPAPSCKDGAQGKDKTKDKGRGRPVEKPRADKKGPQA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SSPRRKAERPEGTKKKPSSATPVATSGKGRPDRPARRPSPTSGDSRPAAGRGPPRPLQLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SSPRRKAERPEGTKKKPSSATPVATSGKGRPDRPARRPSPTSGDSRPAAGRGPPRPLQLP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD DRKSTKAPSGKLVERKARSLDEGASQDAPKLKKRALSHADLFGDESEDEAAGPGVPSVWP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 DRKSTKAPSGKLVERKARSLDEGASQDAPKLKKRALSHADLFGDESEDEAAGPGVPSVWP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD SALPSLSSDSDSDSDSSLGFPEAQGPPKRLKASPPPSPAPSSSSSSSSSTSSAGADVDYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SALPSLSSDSDSDSDSSLGFPEAQGPPKRLKASPPPSPAPSSSSSSSSSTSSAGADVDYS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD ALEKEVDFDSDPMEECLRIFNESTSVKTEDRGRLARQPPKEEKSEEKGLSGLTTLFPGQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 ALEKEVDFDSDPMEECLRIFNESTSVKTEDRGRLARQPPKEEKSEEKGLSGLTTLFPGQK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD RRISHLSKQGQEVEPPRRGPAVPPARPPTAQEVCYLRAQQAQRASASLLQAPARLAEKSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 RRISHLSKQGQEVEPPRRGPAVPPARPPTAQEVCYLRAQQAQRASASLLQAPARLAEKSP
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD SVHISAPGEKRRIAHIPNPRLAAAPTGAKRTLAASGSQPSNGPEPGGQQLKTRTLSGMAS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::
NP_065 SVHISAPGEKRRIAHIPNPRLAAAPTGAKRTLAASGSQSSNGPEPGGQQLKTRTLSGMAS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD KTTTTIIPKRIAHSPSLQSLKKPIIPKEFGGKVPTVIRQRYLNLFIEECLKFCTSNQEAI
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NP_065 KTTTTIIPKRIAHSPSLQSLKKPIIPKEFGGKVPTVIRQRYLNLFIEECLKFCTSNQEAI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD EKALNEEKVAYDRSPSKNIYLNVAVNTLKKLRGLAPSAVPGLSKTSGRRVVSHEVVLGGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 EKALNEEKVAYDRSPSKNIYLNVAVNTLKKLRGLAPSAVPGLSKTSGRRVVSHEVVLGGR
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD LAAKTSFSLSRPSSPRVEDLKGAALYSRLREYLLTQDQLKENGYPFPHPERPGGAIIFTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LAAKTSFSLSRPSSPRVEDLKGAALYSRLREYLLTQDQLKENGYPFPHPERPGGAIIFTA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD EEKRPKDSSCRTCCRCGTEYLVSSSGRCIRDEECYYHWGRLRRNRVAGGWETQYMCCSAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 EEKRPKDSSCRTCCRCGTEYLVSSSGRCIRDEECYYHWGRLRRNRVAGGWETQYMCCSAA
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD AGSVGCQVAKQHVQDGRKERLEGFVKTFEKELSGDTHPGIYALDCEMSYTTYGLELTRVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 AGSVGCQVAKQHVQDGRKERLEGFVKTFEKELSGDTHPGIYALDCEMSYTTYGLELTRVT
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD VVDTDVHVVYDTFVKPDNEIVDYNTRFSGVTEADLADTSVTLRDVQAVLLSMFSADTILI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 VVDTDVHVVYDTFVKPDNEIVDYNTRFSGVTEADLADTSVTLRDVQAVLLSMFSADTILI
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD GHSLESDLLALKVIHSTVVDTSVLFPHRLGLPYKRSLRNLMADYLRQIIQDNVDGHSSSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 GHSLESDLLALKVIHSTVVDTSVLFPHRLGLPYKRSLRNLMADYLRQIIQDNVDGHSSSE
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220
pF1KSD DAGACMHLVIWKVREDAKTKR
:::::::::::::::::::::
NP_065 DAGACMHLVIWKVREDAKTKR
1210 1220
>>XP_016882517 (OMIM: 609614) PREDICTED: RNA exonuclease (1373 aa)
initn: 8035 init1: 8035 opt: 8035 Z-score: 3735.4 bits: 703.4 E(85289): 2.5e-201
Smith-Waterman score: 8035; 99.8% identity (99.8% similar) in 1192 aa overlap (1-1192:1-1192)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLRSTGFFRAIDCPYWSGAPGGPCRRPYCHFRHRGARGPGAPGDGGEAPPAAGLGYDPYN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::
XP_016 MLRSTGFFRAIDCPYWSGAPGGPCRRPYCHFRHRGARGSGAPGDGGEAPPAAGLGYDPYN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PELPKPPAQRENGTLGLGEEPRPDVLELELVNQAIEAVRSEVELEQRRYRELLETTREHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PELPKPPAQRENGTLGLGEEPRPDVLELELVNQAIEAVRSEVELEQRRYRELLETTREHR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SAEAPALAPRGPNASPTVGPDEDAFPLAFDYSPGSHGLLSPDAGYQPTPLAAPAEPGSKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SAEAPALAPRGPNASPTVGPDEDAFPLAFDYSPGSHGLLSPDAGYQPTPLAAPAEPGSKY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SLASLDRGQGRGGGGGGALEYVPKAVSQPRRHSRPVPSGKYVVDNSRPPTDLEYDPLSNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SLASLDRGQGRGGGGGGALEYVPKAVSQPRRHSRPVPSGKYVVDNSRPPTDLEYDPLSNY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SARHLSRASSRDERAAKRPRGSRGSEPYTPAPKKLCDPFGSCDARFSDSEDEAATVPGNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SARHLSRASSRDERAAKRPRGSRGSEPYTPAPKKLCDPFGSCDARFSDSEDEAATVPGNE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PTTASTPKARADPEIKATGQPPSKEGLEAEGGGLRETKETAVQCDVGDLQPPPAKPASPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PTTASTPKARADPEIKATGQPPSKEGLEAEGGGLRETKETAVQCDVGDLQPPPAKPASPA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD QVQSSQDGGCPKEGKPKKKKTGAPPAPSCKDGAQGKDKTKDKGRGRPVEKPRADKKGPQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QVQSSQDGGCPKEGKPKKKKTGAPPAPSCKDGAQGKDKTKDKGRGRPVEKPRADKKGPQA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SSPRRKAERPEGTKKKPSSATPVATSGKGRPDRPARRPSPTSGDSRPAAGRGPPRPLQLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SSPRRKAERPEGTKKKPSSATPVATSGKGRPDRPARRPSPTSGDSRPAAGRGPPRPLQLP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD DRKSTKAPSGKLVERKARSLDEGASQDAPKLKKRALSHADLFGDESEDEAAGPGVPSVWP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DRKSTKAPSGKLVERKARSLDEGASQDAPKLKKRALSHADLFGDESEDEAAGPGVPSVWP
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550 560 570 580 590 600
pF1KSD SALPSLSSDSDSDSDSSLGFPEAQGPPKRLKASPPPSPAPSSSSSSSSSTSSAGADVDYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SALPSLSSDSDSDSDSSLGFPEAQGPPKRLKASPPPSPAPSSSSSSSSSTSSAGADVDYS
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pF1KSD ALEKEVDFDSDPMEECLRIFNESTSVKTEDRGRLARQPPKEEKSEEKGLSGLTTLFPGQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ALEKEVDFDSDPMEECLRIFNESTSVKTEDRGRLARQPPKEEKSEEKGLSGLTTLFPGQK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD RRISHLSKQGQEVEPPRRGPAVPPARPPTAQEVCYLRAQQAQRASASLLQAPARLAEKSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RRISHLSKQGQEVEPPRRGPAVPPARPPTAQEVCYLRAQQAQRASASLLQAPARLAEKSP
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD SVHISAPGEKRRIAHIPNPRLAAAPTGAKRTLAASGSQPSNGPEPGGQQLKTRTLSGMAS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::
XP_016 SVHISAPGEKRRIAHIPNPRLAAAPTGAKRTLAASGSQSSNGPEPGGQQLKTRTLSGMAS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD KTTTTIIPKRIAHSPSLQSLKKPIIPKEFGGKVPTVIRQRYLNLFIEECLKFCTSNQEAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KTTTTIIPKRIAHSPSLQSLKKPIIPKEFGGKVPTVIRQRYLNLFIEECLKFCTSNQEAI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD EKALNEEKVAYDRSPSKNIYLNVAVNTLKKLRGLAPSAVPGLSKTSGRRVVSHEVVLGGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EKALNEEKVAYDRSPSKNIYLNVAVNTLKKLRGLAPSAVPGLSKTSGRRVVSHEVVLGGR
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD LAAKTSFSLSRPSSPRVEDLKGAALYSRLREYLLTQDQLKENGYPFPHPERPGGAIIFTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LAAKTSFSLSRPSSPRVEDLKGAALYSRLREYLLTQDQLKENGYPFPHPERPGGAIIFTA
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD EEKRPKDSSCRTCCRCGTEYLVSSSGRCIRDEECYYHWGRLRRNRVAGGWETQYMCCSAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EEKRPKDSSCRTCCRCGTEYLVSSSGRCIRDEECYYHWGRLRRNRVAGGWETQYMCCSAA
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD AGSVGCQVAKQHVQDGRKERLEGFVKTFEKELSGDTHPGIYALDCEMSYTTYGLELTRVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AGSVGCQVAKQHVQDGRKERLEGFVKTFEKELSGDTHPGIYALDCEMSYTTYGLELTRVT
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD VVDTDVHVVYDTFVKPDNEIVDYNTRFSGVTEADLADTSVTLRDVQAVLLSMFSADTILI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VVDTDVHVVYDTFVKPDNEIVDYNTRFSGVTEADLADTSVTLRDVQAVLLSMFSADTILI
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD GHSLESDLLALKVIHSTVVDTSVLFPHRLGLPYKRSLRNLMADYLRQIIQDNVDGHSSSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GHSLESDLLALKVIHSTVVDTSVLFPHRLGLPYKRSLRNLMADYLRQIIQDNGECRCLPW
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220
pF1KSD DAGACMHLVIWKVREDAKTKR
XP_016 GRPCAGAGCSPHLPRSGWAQLQRGRRRLHAPGDLEGSRRRQDQAMTPARLPPASPAVPLV
1210 1220 1230 1240 1250 1260
>>XP_016882518 (OMIM: 609614) PREDICTED: RNA exonuclease (1230 aa)
initn: 8216 init1: 6522 opt: 6530 Z-score: 3039.6 bits: 574.5 E(85289): 1.4e-162
Smith-Waterman score: 8202; 99.0% identity (99.1% similar) in 1230 aa overlap (1-1221:1-1230)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLRSTGFFRAIDCPYWSGAPGGPCRRPYCHFRHRGARGPGAPGDGGEAPPAAGLGYDPYN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::
XP_016 MLRSTGFFRAIDCPYWSGAPGGPCRRPYCHFRHRGARGSGAPGDGGEAPPAAGLGYDPYN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PELPKPPAQRENGTLGLGEEPRPDVLELELVNQAIEAVRSEVELEQRRYRELLETTREHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PELPKPPAQRENGTLGLGEEPRPDVLELELVNQAIEAVRSEVELEQRRYRELLETTREHR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SAEAPALAPRGPNASPTVGPDEDAFPLAFDYSPGSHGLLSPDAGYQPTPLAAPAEPGSKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SAEAPALAPRGPNASPTVGPDEDAFPLAFDYSPGSHGLLSPDAGYQPTPLAAPAEPGSKY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SLASLDRGQGRGGGGGGALEYVPKAVSQPRRHSRPVPSGKYVVDNSRPPTDLEYDPLSNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SLASLDRGQGRGGGGGGALEYVPKAVSQPRRHSRPVPSGKYVVDNSRPPTDLEYDPLSNY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SARHLSRASSRDERAAKRPRGSRGSEPYTPAPKKLCDPFGSCDARFSDSEDEAATVPGNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SARHLSRASSRDERAAKRPRGSRGSEPYTPAPKKLCDPFGSCDARFSDSEDEAATVPGNE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD PTTASTPKARADPEIKATGQPPSKEGLEAEGGGLRETKETAVQCDVGDLQPPPAKPASPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PTTASTPKARADPEIKATGQPPSKEGLEAEGGGLRETKETAVQCDVGDLQPPPAKPASPA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD QVQSSQDGGCPKEGKPKKKKTGAPPAPSCKDGAQGKDKTKDKGRGRPVEKPRADKKGPQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 QVQSSQDGGCPKEGKPKKKKTGAPPAPSCKDGAQGKDKTKDKGRGRPVEKPRADKKGPQA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SSPRRKAERPEGTKKKPSSATPVATSGKGRPDRPARRPSPTSGDSRPAAGRGPPRPLQLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SSPRRKAERPEGTKKKPSSATPVATSGKGRPDRPARRPSPTSGDSRPAAGRGPPRPLQLP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD DRKSTKAPSGKLVERKARSLDEGASQDAPKLKKRALSHADLFGDESEDEAAGPGVPSVWP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DRKSTKAPSGKLVERKARSLDEGASQDAPKLKKRALSHADLFGDESEDEAAGPGVPSVWP
490 500 510 520 530 540
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pF1KSD SALPSLSSDSDSDSDSSLGFPEAQGPPKRLKASPPPSPAPSSSSSSSSSTSSAGADVDYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SALPSLSSDSDSDSDSSLGFPEAQGPPKRLKASPPPSPAPSSSSSSSSSTSSAGADVDYS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD ALEKEVDFDSDPMEECLRIFNESTSVKTEDRGRLARQPPKEEKSEEKGLSGLTTLFPGQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ALEKEVDFDSDPMEECLRIFNESTSVKTEDRGRLARQPPKEEKSEEKGLSGLTTLFPGQK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RRISHLSKQGQEVEPPRRGPAVPPARPPTAQEVCYLRAQQAQRASASLLQAPARLAEKSP
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::
XP_016 SVHISAPGEKRRIAHIPNPRLAAAPTGAKRTLAASGSQSSNGPEPGGQQLKTRTLSGMAS
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pF1KSD KTTTTIIPKRIAHSPSLQSLKKPIIPKEFGGKVPTVIRQRYLNLFIEECLKFCTSNQEAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KTTTTIIPKRIAHSPSLQSLKKPIIPKEFGGKVPTVIRQRYLNLFIEECLKFCTSNQEAI
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pF1KSD EKALNEEKVAYDRSPSKNIYLNVAVNTLKKLRGLAPSAVPGLSKTSGRRVVSHEVVLGGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EKALNEEKVAYDRSPSKNIYLNVAVNTLKKLRGLAPSAVPGLSKTSGRRVVSHEVVLGGR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LAAKTSFSLSRPSSPRVEDLKGAALYSRLREYLLTQDQLKENGYPFPHPERPGGAIIFTA
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::::::: .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EEKRPKDCESLACDGLASCRTCCRCGTEYLVSSSGRCIRDEECYYHWGRLRRNRVAGGWE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TQYMCCSAAAGSVGCQVAKQHVQDGRKERLEGFVKTFEKELSGDTHPGIYALDCEMSYTT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YGLELTRVTVVDTDVHVVYDTFVKPDNEIVDYNTRFSGVTEADLADTSVTLRDVQAVLLS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MFSADTILIGHSLESDLLALKVIHSTVVDTSVLFPHRLGLPYKRSLRNLMADYLRQIIQD
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::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NVDGHSSSEDAGACMHLVIWKVREDAKTKR
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Smith-Waterman score: 8003; 99.0% identity (99.1% similar) in 1201 aa overlap (1-1192:1-1201)
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::
XP_011 MLRSTGFFRAIDCPYWSGAPGGPCRRPYCHFRHRGARGSGAPGDGGEAPPAAGLGYDPYN
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pF1KSD PELPKPPAQRENGTLGLGEEPRPDVLELELVNQAIEAVRSEVELEQRRYRELLETTREHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PELPKPPAQRENGTLGLGEEPRPDVLELELVNQAIEAVRSEVELEQRRYRELLETTREHR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SAEAPALAPRGPNASPTVGPDEDAFPLAFDYSPGSHGLLSPDAGYQPTPLAAPAEPGSKY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SLASLDRGQGRGGGGGGALEYVPKAVSQPRRHSRPVPSGKYVVDNSRPPTDLEYDPLSNY
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SARHLSRASSRDERAAKRPRGSRGSEPYTPAPKKLCDPFGSCDARFSDSEDEAATVPGNE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PTTASTPKARADPEIKATGQPPSKEGLEAEGGGLRETKETAVQCDVGDLQPPPAKPASPA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QVQSSQDGGCPKEGKPKKKKTGAPPAPSCKDGAQGKDKTKDKGRGRPVEKPRADKKGPQA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SSPRRKAERPEGTKKKPSSATPVATSGKGRPDRPARRPSPTSGDSRPAAGRGPPRPLQLP
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pF1KSD DRKSTKAPSGKLVERKARSLDEGASQDAPKLKKRALSHADLFGDESEDEAAGPGVPSVWP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DRKSTKAPSGKLVERKARSLDEGASQDAPKLKKRALSHADLFGDESEDEAAGPGVPSVWP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SALPSLSSDSDSDSDSSLGFPEAQGPPKRLKASPPPSPAPSSSSSSSSSTSSAGADVDYS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KSD RRISHLSKQGQEVEPPRRGPAVPPARPPTAQEVCYLRAQQAQRASASLLQAPARLAEKSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RRISHLSKQGQEVEPPRRGPAVPPARPPTAQEVCYLRAQQAQRASASLLQAPARLAEKSP
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pF1KSD SVHISAPGEKRRIAHIPNPRLAAAPTGAKRTLAASGSQPSNGPEPGGQQLKTRTLSGMAS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::
XP_011 SVHISAPGEKRRIAHIPNPRLAAAPTGAKRTLAASGSQSSNGPEPGGQQLKTRTLSGMAS
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pF1KSD KTTTTIIPKRIAHSPSLQSLKKPIIPKEFGGKVPTVIRQRYLNLFIEECLKFCTSNQEAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KTTTTIIPKRIAHSPSLQSLKKPIIPKEFGGKVPTVIRQRYLNLFIEECLKFCTSNQEAI
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pF1KSD EKALNEEKVAYDRSPSKNIYLNVAVNTLKKLRGLAPSAVPGLSKTSGRRVVSHEVVLGGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EKALNEEKVAYDRSPSKNIYLNVAVNTLKKLRGLAPSAVPGLSKTSGRRVVSHEVVLGGR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LAAKTSFSLSRPSSPRVEDLKGAALYSRLREYLLTQDQLKENGYPFPHPERPGGAIIFTA
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::::::: .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EEKRPKDCESLACDGLASCRTCCRCGTEYLVSSSGRCIRDEECYYHWGRLRRNRVAGGWE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TQYMCCSAAAGSVGCQVAKQHVQDGRKERLEGFVKTFEKELSGDTHPGIYALDCEMSYTT
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pF1KSD YGLELTRVTVVDTDVHVVYDTFVKPDNEIVDYNTRFSGVTEADLADTSVTLRDVQAVLLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YGLELTRVTVVDTDVHVVYDTFVKPDNEIVDYNTRFSGVTEADLADTSVTLRDVQAVLLS
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pF1KSD MFSADTILIGHSLESDLLALKVIHSTVVDTSVLFPHRLGLPYKRSLRNLMADYLRQIIQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MFSADTILIGHSLESDLLALKVIHSTVVDTSVLFPHRLGLPYKRSLRNLMADYLRQIIQD
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1200 1210 1220
pF1KSD NVDGHSSSEDAGACMHLVIWKVREDAKTKR
:
XP_011 NGECRCLPWGRPCAGAGCSPHLPRSGWAQLQRGRRRLHAPGDLEGSRRRQDQAMTPARLP
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>>XP_011526448 (OMIM: 609614) PREDICTED: RNA exonuclease (1347 aa)
initn: 7624 init1: 6129 opt: 6137 Z-score: 2857.2 bits: 540.9 E(85289): 2.1e-152
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20 30 40 50 60 70
pF1KSD PGGPCRRPYCHFRHRGARGPGAPGDGGEAPPAAGLGYDPYNPELPKPPAQRENGTLGLGE
:. :::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MACTQLGTPEPWRAPVRGLGYDPYNPELPKPPAQRENGTLGLGE
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pF1KSD EPRPDVLELELVNQAIEAVRSEVELEQRRYRELLETTREHRSAEAPALAPRGPNASPTVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EPRPDVLELELVNQAIEAVRSEVELEQRRYRELLETTREHRSAEAPALAPRGPNASPTVG
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pF1KSD PDEDAFPLAFDYSPGSHGLLSPDAGYQPTPLAAPAEPGSKYSLASLDRGQGRGGGGGGAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PDEDAFPLAFDYSPGSHGLLSPDAGYQPTPLAAPAEPGSKYSLASLDRGQGRGGGGGGAL
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pF1KSD EYVPKAVSQPRRHSRPVPSGKYVVDNSRPPTDLEYDPLSNYSARHLSRASSRDERAAKRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EYVPKAVSQPRRHSRPVPSGKYVVDNSRPPTDLEYDPLSNYSARHLSRASSRDERAAKRP
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pF1KSD RGSRGSEPYTPAPKKLCDPFGSCDARFSDSEDEAATVPGNEPTTASTPKARADPEIKATG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RGSRGSEPYTPAPKKLCDPFGSCDARFSDSEDEAATVPGNEPTTASTPKARADPEIKATG
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pF1KSD QPPSKEGLEAEGGGLRETKETAVQCDVGDLQPPPAKPASPAQVQSSQDGGCPKEGKPKKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QPPSKEGLEAEGGGLRETKETAVQCDVGDLQPPPAKPASPAQVQSSQDGGCPKEGKPKKK
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pF1KSD KTGAPPAPSCKDGAQGKDKTKDKGRGRPVEKPRADKKGPQASSPRRKAERPEGTKKKPSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KTGAPPAPSCKDGAQGKDKTKDKGRGRPVEKPRADKKGPQASSPRRKAERPEGTKKKPSS
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pF1KSD ATPVATSGKGRPDRPARRPSPTSGDSRPAAGRGPPRPLQLPDRKSTKAPSGKLVERKARS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ATPVATSGKGRPDRPARRPSPTSGDSRPAAGRGPPRPLQLPDRKSTKAPSGKLVERKARS
410 420 430 440 450 460
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pF1KSD LDEGASQDAPKLKKRALSHADLFGDESEDEAAGPGVPSVWPSALPSLSSDSDSDSDSSLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LDEGASQDAPKLKKRALSHADLFGDESEDEAAGPGVPSVWPSALPSLSSDSDSDSDSSLG
470 480 490 500 510 520
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pF1KSD FPEAQGPPKRLKASPPPSPAPSSSSSSSSSTSSAGADVDYSALEKEVDFDSDPMEECLRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FPEAQGPPKRLKASPPPSPAPSSSSSSSSSTSSAGADVDYSALEKEVDFDSDPMEECLRI
530 540 550 560 570 580
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pF1KSD FNESTSVKTEDRGRLARQPPKEEKSEEKGLSGLTTLFPGQKRRISHLSKQGQEVEPPRRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FNESTSVKTEDRGRLARQPPKEEKSEEKGLSGLTTLFPGQKRRISHLSKQGQEVEPPRRG
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pF1KSD PAVPPARPPTAQEVCYLRAQQAQRASASLLQAPARLAEKSPSVHISAPGEKRRIAHIPNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PAVPPARPPTAQEVCYLRAQQAQRASASLLQAPARLAEKSPSVHISAPGEKRRIAHIPNP
650 660 670 680 690 700
740 750 760 770 780 790
pF1KSD RLAAAPTGAKRTLAASGSQPSNGPEPGGQQLKTRTLSGMASKTTTTIIPKRIAHSPSLQS
::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RLAAAPTGAKRTLAASGSQSSNGPEPGGQQLKTRTLSGMASKTTTTIIPKRIAHSPSLQS
710 720 730 740 750 760
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pF1KSD LKKPIIPKEFGGKVPTVIRQRYLNLFIEECLKFCTSNQEAIEKALNEEKVAYDRSPSKNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LKKPIIPKEFGGKVPTVIRQRYLNLFIEECLKFCTSNQEAIEKALNEEKVAYDRSPSKNI
770 780 790 800 810 820
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pF1KSD YLNVAVNTLKKLRGLAPSAVPGLSKTSGRRVVSHEVVLGGRLAAKTSFSLSRPSSPRVED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YLNVAVNTLKKLRGLAPSAVPGLSKTSGRRVVSHEVVLGGRLAAKTSFSLSRPSSPRVED
830 840 850 860 870 880
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pF1KSD LKGAALYSRLREYLLTQDQLKENGYPFPHPERPGGAIIFTAEEKRPKD---------SSC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .::
XP_011 LKGAALYSRLREYLLTQDQLKENGYPFPHPERPGGAIIFTAEEKRPKDCESLACDGLASC
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pF1KSD RTCCRCGTEYLVSSSGRCIRDEECYYHWGRLRRNRVAGGWETQYMCCSAAAGSVGCQVAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RTCCRCGTEYLVSSSGRCIRDEECYYHWGRLRRNRVAGGWETQYMCCSAAAGSVGCQVAK
950 960 970 980 990 1000
1040 1050 1060 1070 1080 1090
pF1KSD QHVQDGRKERLEGFVKTFEKELSGDTHPGIYALDCEMSYTTYGLELTRVTVVDTDVHVVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QHVQDGRKERLEGFVKTFEKELSGDTHPGIYALDCEMSYTTYGLELTRVTVVDTDVHVVY
1010 1020 1030 1040 1050 1060
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pF1KSD DTFVKPDNEIVDYNTRFSGVTEADLADTSVTLRDVQAVLLSMFSADTILIGHSLESDLLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DTFVKPDNEIVDYNTRFSGVTEADLADTSVTLRDVQAVLLSMFSADTILIGHSLESDLLA
1070 1080 1090 1100 1110 1120
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pF1KSD LKVIHSTVVDTSVLFPHRLGLPYKRSLRNLMADYLRQIIQDNVDGHSSSEDAGACMHLVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LKVIHSTVVDTSVLFPHRLGLPYKRSLRNLMADYLRQIIQDNGECRCLPWGRPCAGAGCS
1130 1140 1150 1160 1170 1180
1220
pF1KSD WKVREDAKTKR
XP_011 PHLPRSGWAQLQRGRRRLHAPGDLEGSRRRQDQAMTPARLPPASPAVPLVLSPMPLPKQC
1190 1200 1210 1220 1230 1240
>>XP_016882519 (OMIM: 609614) PREDICTED: RNA exonuclease (843 aa)
initn: 5719 init1: 5719 opt: 5719 Z-score: 2666.7 bits: 505.0 E(85289): 8.5e-142
Smith-Waterman score: 5719; 99.8% identity (99.8% similar) in 842 aa overlap (1-842:1-842)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLRSTGFFRAIDCPYWSGAPGGPCRRPYCHFRHRGARGPGAPGDGGEAPPAAGLGYDPYN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::
XP_016 MLRSTGFFRAIDCPYWSGAPGGPCRRPYCHFRHRGARGSGAPGDGGEAPPAAGLGYDPYN
10 20 30 40 50 60
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pF1KSD PELPKPPAQRENGTLGLGEEPRPDVLELELVNQAIEAVRSEVELEQRRYRELLETTREHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PELPKPPAQRENGTLGLGEEPRPDVLELELVNQAIEAVRSEVELEQRRYRELLETTREHR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SAEAPALAPRGPNASPTVGPDEDAFPLAFDYSPGSHGLLSPDAGYQPTPLAAPAEPGSKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SAEAPALAPRGPNASPTVGPDEDAFPLAFDYSPGSHGLLSPDAGYQPTPLAAPAEPGSKY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SLASLDRGQGRGGGGGGALEYVPKAVSQPRRHSRPVPSGKYVVDNSRPPTDLEYDPLSNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SLASLDRGQGRGGGGGGALEYVPKAVSQPRRHSRPVPSGKYVVDNSRPPTDLEYDPLSNY
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XP_016 SARHLSRASSRDERAAKRPRGSRGSEPYTPAPKKLCDPFGSCDARFSDSEDEAATVPGNE
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XP_016 PTTASTPKARADPEIKATGQPPSKEGLEAEGGGLRETKETAVQCDVGDLQPPPAKPASPA
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XP_016 SSPRRKAERPEGTKKKPSSATPVATSGKGRPDRPARRPSPTSGDSRPAAGRGPPRPLQLP
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XP_016 RRISHLSKQGQEVEPPRRGPAVPPARPPTAQEVCYLRAQQAQRASASLLQAPARLAEKSP
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XP_016 SVHISAPGEKRRIAHIPNPRLAAAPTGAKRTLAASGSQSSNGPEPGGQQLKTRTLSGMAS
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XP_016 KTTTTIIPKRIAHSPSLQSLKKPIIPKEFGGKVPTVIRQRYLNLFIEECLKFCTSNQEAI
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XP_016 EKL
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. :. . . . .: : : .: : : :::: .. . ... :: :. . :.
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pF1KSD RISHLSKQGQEVEPPRRGPAVPPARPPTA-QEVCYLRAQQAQRASASLLQAPARLAEKSP
. ....: . : .: .::: :.. ... : .. :. : :. : :
XP_006 PATPVTREG--AATPSKGDLTPPAVTPVSLKKAPATSAPKGGPATPSSKGDPTLPAVTPP
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: . : ...: .:. : : : :: :. :.:.. : :.... :
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XP_006 PPPKGAPTTP-AATPPSPK-----GGLATPPPKGAPTTPAATPPSPKGGLATPSPKGAPT
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XP_006 PSPKGGPATPPPKGAPTPPAATPPSLKG-GLATPPHKGAPNPAVVTPPSPKGGPATSPPK
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pF1KSD ALPSLSSDSDSDSDSSLGFPEAQGPPKRLKASPPPSPAPSSSSSSSSSTSSAGADVDYSA
. :. . . . .: : : .: : : :::: .. . ... :: :. . :.
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pF1KSD RISHLSKQGQEVEPPRRGPAVPPARPPTA-QEVCYLRAQQAQRASASLLQAPARLAEKSP
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XP_006 PATPVTREG--AATPSKGDLTPPAVTPVSLKKAPATSAPKGGPATPSSKGDPTLPAVTPP
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: . : ...: .:. : : : :: :. :.:.. : :.... :
XP_006 SP--KEPPAPKQVATSSSPKKAPATPAPMGAPTLPAVIPSSPKEVPATPSSRRDPIAPTA
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pF1KSD SGMASKTTTTIIPKRIAHSPSLQ--SLKK-PIIPKEFGGKVPTVIRQRYLNLFIEECLKF
. ...:: .:. ::. :.. : :: : ::
XP_006 TLLSKKTPATLAPKEALIPPAMTVPSPKKTPAIPTPKEAPATPSSKEASSPPAVTPSTYK
1540 1550 1560 1570 1580 1590
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pF1KSD CTSNQEAIEKALNEEKVAYDRSPSKNIYLNVAVNTLKKLRGLAPSAVPGLSKTSGRRVVS
XP_006 GAPSPKELLIPPAVTSPSPKEAPTPPAVTPPSPEKGPATPAPKGTPTSPPVTPSSLKDSP
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>>XP_006719475 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent polypep (2082 aa)
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