Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1098
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1098, 493 aa
1>>>pF1KSDA1098 493 - 493 aa - 493 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8295+/-0.00105; mu= 11.8808+/- 0.062
mean_var=178.7034+/-38.774, 0's: 0 Z-trim(110.3): 147 B-trim: 450 in 1/50
Lambda= 0.095942
statistics sampled from 11319 (11489) to 11319 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.718), E-opt: 0.2 (0.353), width: 16
Scan time: 3.230
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6056.2 TRIM35 gene_id:23087|Hs108|chr8 ( 493) 3451 490.4 1.9e-138
CCDS78322.1 TRIM35 gene_id:23087|Hs108|chr8 ( 266) 1087 162.9 4e-40
CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 488) 670 105.5 1.4e-22
CCDS376.1 TRIM62 gene_id:55223|Hs108|chr1 ( 475) 663 104.5 2.7e-22
CCDS32220.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 500) 643 101.7 1.9e-21
CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 ( 468) 642 101.6 2e-21
CCDS34654.1 TRIM50 gene_id:135892|Hs108|chr7 ( 487) 596 95.2 1.7e-19
CCDS1571.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 477) 572 91.9 1.7e-18
CCDS31356.1 TRIM68 gene_id:55128|Hs108|chr11 ( 485) 568 91.3 2.5e-18
CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 ( 475) 557 89.8 7.1e-18
CCDS5678.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 474) 544 88.0 2.5e-17
CCDS3808.1 TRIM60 gene_id:166655|Hs108|chr4 ( 471) 541 87.6 3.3e-17
CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 ( 486) 526 85.5 1.4e-16
CCDS4568.1 TRIM38 gene_id:10475|Hs108|chr6 ( 465) 505 82.6 1e-15
CCDS78121.1 RPP21 gene_id:202658|Hs108|chr6 ( 503) 498 81.7 2.1e-15
CCDS32437.1 TRIM72 gene_id:493829|Hs108|chr16 ( 477) 464 76.9 5.3e-14
CCDS34375.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 481) 448 74.7 2.5e-13
CCDS31390.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 488) 438 73.3 6.5e-13
CCDS31389.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 516) 438 73.4 6.8e-13
CCDS53693.1 TRIM64B gene_id:642446|Hs108|chr11 ( 449) 434 72.7 9.1e-13
CCDS4466.1 TRIM41 gene_id:90933|Hs108|chr5 ( 630) 432 72.6 1.4e-12
CCDS73363.1 TRIM64 gene_id:120146|Hs108|chr11 ( 449) 424 71.4 2.4e-12
CCDS41612.1 TRIM22 gene_id:10346|Hs108|chr11 ( 498) 416 70.3 5.5e-12
CCDS2015.1 TRIM43 gene_id:129868|Hs108|chr2 ( 446) 409 69.3 1e-11
CCDS73287.1 TRIM64C gene_id:646754|Hs108|chr11 ( 450) 407 69.0 1.2e-11
CCDS10114.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 341) 404 68.5 1.4e-11
CCDS4676.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 395) 398 67.7 2.6e-11
CCDS81297.1 TRIM62 gene_id:55223|Hs108|chr1 ( 354) 394 67.1 3.6e-11
CCDS34377.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 518) 392 67.0 5.6e-11
CCDS44327.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 343) 385 65.8 8.4e-11
>>CCDS6056.2 TRIM35 gene_id:23087|Hs108|chr8 (493 aa)
initn: 3451 init1: 3451 opt: 3451 Z-score: 2599.1 bits: 490.4 E(32554): 1.9e-138
Smith-Waterman score: 3451; 100.0% identity (100.0% similar) in 493 aa overlap (1-493:1-493)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MERSPDVSPGPSRSFKEELLCAVCYDPFRDAVTLRCGHNFCRGCVSRCWEVQVSPTCPVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 MERSPDVSPGPSRSFKEELLCAVCYDPFRDAVTLRCGHNFCRGCVSRCWEVQVSPTCPVC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD KDRASPADLRTNHTLNNLVEKLLREEAEGARWTSYRFSRVCRLHRGQLSLFCLEDKELLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 KDRASPADLRTNHTLNNLVEKLLREEAEGARWTSYRFSRVCRLHRGQLSLFCLEDKELLC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD CSCQADPRHQGHRVQPVKDTAHDFRAKCRNMEHALREKAKAFWAMRRSYEAIAKHNQVEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 CSCQADPRHQGHRVQPVKDTAHDFRAKCRNMEHALREKAKAFWAMRRSYEAIAKHNQVEA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD AWLEGRIRQEFDKLREFLRVEEQAILDAMAEETRQKQLLADEKMKQLTEETEVLAHEIER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 AWLEGRIRQEFDKLREFLRVEEQAILDAMAEETRQKQLLADEKMKQLTEETEVLAHEIER
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LQMEMKEDDVSFLMKHKSRKRRLFCTMEPEPVQPGMLIDVCKYLGSLQYRVWKKMLASVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 LQMEMKEDDVSFLMKHKSRKRRLFCTMEPEPVQPGMLIDVCKYLGSLQYRVWKKMLASVE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SVPFSFDPNTAAGWLSVSDDLTSVTNHGYRVQVENPERFSSAPCLLGSRVFSQGSHAWEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 SVPFSFDPNTAAGWLSVSDDLTSVTNHGYRVQVENPERFSSAPCLLGSRVFSQGSHAWEV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD ALGGLQSWRVGVVRVRQDSGAEGHSHSCYHDTRSGFWYVCRTQGVEGDHCVTSDPATSPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 ALGGLQSWRVGVVRVRQDSGAEGHSHSCYHDTRSGFWYVCRTQGVEGDHCVTSDPATSPL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD VLAIPRRLRVELECEEGELSFYDAERHCHLYTFHARFGEVRPYFYLGGARGAGPPEPLRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 VLAIPRRLRVELECEEGELSFYDAERHCHLYTFHARFGEVRPYFYLGGARGAGPPEPLRI
430 440 450 460 470 480
490
pF1KSD CPLHISVKEELDG
:::::::::::::
CCDS60 CPLHISVKEELDG
490
>>CCDS78322.1 TRIM35 gene_id:23087|Hs108|chr8 (266 aa)
initn: 1073 init1: 1073 opt: 1087 Z-score: 833.8 bits: 162.9 E(32554): 4e-40
Smith-Waterman score: 1485; 79.9% identity (82.7% similar) in 289 aa overlap (1-281:1-257)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MERSPDVSPGPSRSFKEELLCAVCYDPFRDAVTLRCGHNFCRGCVSRCWEVQVSPTCPVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 MERSPDVSPGPSRSFKEELLCAVCYDPFRDAVTLRCGHNFCRGCVSRCWEVQVSPTCPVC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD KDRASPADLRTNHTLNNLVEKLLREEAEGARWTSYRFSRVCRLHRGQLSLFCLEDKELLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 KDRASPADLRTNHTLNNLVEKLLREEAEGARWTSYRFSRVCRLHRGQLSLFCLEDKELLC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD CSCQADPRHQGHRVQPVKDTAHDFRAKCRNMEHALREKAKAFWAMRRSYEAIAKHNQVEA
::::::::::::::::::::::::: :::
CCDS78 CSCQADPRHQGHRVQPVKDTAHDFR--------------------------------VEA
130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KSD AWLEGRIRQEFDKLREFLRVEEQAILDAMAEETRQKQLLADEKMKQLTEETEVLAHEIER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 AWLEGRIRQEFDKLREFLRVEEQAILDAMAEETRQKQLLADEKMKQLTEETEVLAHEIER
150 160 170 180 190 200
250 260 270 280 290
pF1KSD LQMEMKEDDVSFLM---KHKSRK---RRLF-CTMEPE-PVQPGMLIDVCKYLGSLQYRVW
:::::::::::::: .: .: :. . : . : :. : . :.:
CCDS78 LQMEMKEDDVSFLMTLLHHGARASPARHAYRCLQVPGLPAVPRLEEDACICGICTLQL
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KSD KKMLASVESVPFSFDPNTAAGWLSVSDDLTSVTNHGYRVQVENPERFSSAPCLLGSRVFS
>>CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 (488 aa)
initn: 570 init1: 186 opt: 670 Z-score: 518.8 bits: 105.5 E(32554): 1.4e-22
Smith-Waterman score: 670; 30.7% identity (58.8% similar) in 486 aa overlap (14-482:22-483)
10 20 30 40 50
pF1KSD MERSPDVSPGPSRSFKEELLCAVCYDPFRDAVTLRCGHNFCRGCVSRCWE-V
... : :.:: . ... : ..::::::..:..: :: .
CCDS34 MAETSLLEAGASAASTAAALENLQVEASCSVCLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWEDL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD QVSPTCPVCKDRASPADLRTNHTLNNLVEKLLREEAEGARWTSYRFSRVCRLHRGQLSLF
. . ::::. . .:: :. :...:: . .. .... . : .: :. ::::
CCDS34 ERDFPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVE--IAKQLQAVK-RKIRDESLCPQHHEALSLF
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD CLEDKELLCCSCQADPRHQGHRVQPVKDTAHDFRAKCRNMEHALREKAKAFWAMRRSYEA
: ::.: .: : . :..: : :. :...... : .. . :..: . . . : :
CCDS34 CYEDQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEEK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KSD IAKHNQVEAAWLEGRIRQ---EFDKLREFLRVEEQAILDAMAEETRQKQLLADEKMKQLT
: .... .:.: .: ::..:.. : :.:..:. . :: .. :. .:
CCDS34 --KPGELKRL-VESRRQQILREFEELHRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRLRENAAHLG
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KSD EETEVLAH---EIER--LQ--MEMKEDDVSFLMKHKSRKRRLFCTMEPEPVQPGMLIDVC
.. . ::: :.: :: .:: .: : : : .. : ::: :. :..
CCDS34 DKRRDLAHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEKCEKVK-----TMEVTSVS----IELE
240 250 260 270 280
290 300 310 320 330
pF1KSD KYLGSL--QYRVWKKMLASVESVPFSFDPNTAAGWLSVSDDLTSVTNHGYRVQ--VENPE
: .... :: . .:.: .. . ..::.:: : .:.: :: :.. ..:.
CCDS34 KNFSNFPRQYFALRKILKQLIA-DVTLDPETAHPNLVLSEDRKSVKFVETRLRDLPDTPR
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KSD RFSSAPCLLGSRVFSQGSHAWEVALGGLQSWRVGVVRVRQDSGAEGHSHSCYHDTRSGFW
::. ::.:... :..: : ::: .: : ::: : :: .. . .: :.:
CCDS34 RFTFYPCVLATEGFTSGRHYWEVEVGDKTHWAVGVCR---DSVSRKGELTPLPET--GYW
350 360 370 380 390
400 410 420 430 440 450
pF1KSD YVCRTQGVEGDHCVTSDPATSPLVLAI-PRRLRVELECEEGELSFYDAERHCHLYTFHAR
:.. .::. ... .:: . . :.:. . :. : : ::::.. . :.:::
CCDS34 ---RVRLWNGDKYAATTTPFTPLHIKVKPKRVGIFLDYEAGTLSFYNVTDRSHIYTFTDT
400 410 420 430 440 450
460 470 480 490
pF1KSD FGE-VRPYFYLGGARGAGPPEPLRICPLHISVKEELDG
: : . : :: : : :: : :
CCDS34 FTEKLWPLFYPGIRAGRKNAAPLTIRPPTDWE
460 470 480
>>CCDS376.1 TRIM62 gene_id:55223|Hs108|chr1 (475 aa)
initn: 486 init1: 219 opt: 663 Z-score: 513.7 bits: 104.5 E(32554): 2.7e-22
Smith-Waterman score: 663; 29.0% identity (58.5% similar) in 487 aa overlap (14-485:4-475)
10 20 30 40 50
pF1KSD MERSPDVSPGPSRSFKEELLCAVCYDPFRDAVTLRCGHNFCRGCVSRCW---EVQVSPTC
:.:.::::..: . ..: :.: : : ::: :... : :.: . :
CCDS37 MACSLKDELLCSICLSIYQDPVSLGCEHYFCRRCITEHWVRQEAQGARDC
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD PVCKDR-ASPADLRTNHTLNNLVEKLLREEAEGARWTSYRFSRVCRLHRGQLSLFCLEDK
: :. : :: : . : :.::. . : .. : .: :. : ...:::: :.
CCDS37 PECRRTFAEPA-LAPSLKLANIVERYSSFPLD-AILNARRAARPCQAH-DKVKLFCLTDR
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KSD ELLCCSCQADPRHQGHRVQPVKDTAHDFRAKCRNMEHAL----REKAKAFWAMRRSYEAI
::: :. :. :.: . :. ... . ... .:: ::...:. ..:.
CCDS37 ALLCFFCDEPALHEQHQVTGIDDAFDELQRELKDQLQALQDSEREHTEALQLLKRQLAET
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KSD AKHNQVEAAWLEGRIRQEFDKLREFLRVEEQAILDAMAEETRQKQLLADEKMKQLTEETE
. .. :. : . :..:...:: ...:.:. . .: . ..:... ... .
CCDS37 KSSTKS----LRTTIGEAFERLHRLLRERQKAMLEELEADTARTLTDIEQKVQRYSQQLR
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KSD VLAHEIERLQMEMKEDDV-SFLMKHKSRKRRLFCTMEPEPVQPGMLIDVCKYLGSLQYRV
. . . :: .. : : .:: : ..:: .. : . . :: : ::: .
CCDS37 KVQEGAQILQERLAETDRHTFLAGVASLSERLKGKIH-ETNLTYEDFPTSKYTGPLQYTI
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340
pF1KSD WKKMLASVESVP--FSFDPNTAAGWLSVSDDLTSVTNHGYRVQV--ENPERFSSAPCLLG
::... ... :: ...::.:: : .::: : :. . . : ..:.::. .::
CCDS37 WKSLFQDIHPVPAALTLDPGTAHQRLILSDDCTIVAYGNLHPQPLQDSPKRFDVEVSVLG
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KSD SRVFSQGSHAWEVALGGLQSWRVGVVRVRQDSGAEGHSHSCYHDTRSGFWYVCRTQGVEG
:..::.: : :::... .: .:... : ... : . ::. . .: .
CCDS37 SEAFSSGVHYWEVVVAEKTQWVIGLAHE-----AASRKGSIQIQPSRGFYCIVMHDGNQY
350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KSD DHCVTSDPATSPLVLAIPRRLRVELECEEGELSFYDAERHCHLYTFHARF-GEVRPYFYL
. : ..: : : .. : :. ..: : ::.:. ::::. .: :.. ::
CCDS37 SAC--TEPWTRLNVRDKLDKVGVFLDYDQGLLIFYNADDMSWLYTFREKFPGKLCSYFSP
400 410 420 430 440 450
470 480 490
pF1KSD GGARGAGPP-EPLRICPLHISVKEELDG
: ... : .:::: ..:
CCDS37 GQSHANGKNVQPLRINTVRI
460 470
>>CCDS32220.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 (500 aa)
initn: 541 init1: 161 opt: 643 Z-score: 498.5 bits: 101.7 E(32554): 1.9e-21
Smith-Waterman score: 643; 29.3% identity (56.2% similar) in 505 aa overlap (1-484:17-498)
10 20 30 40
pF1KSD MERSPDVSPGPSR----SFKEELLCAVCYDPFRDAVTLRCGHNF
.: . ... ::. .. :: : .: : ::: . : :::::
CCDS32 MEVSTNPSSNIDPGDYVEMNDSITHLPSKVVIQDITMELHCPLCNDWFRDPLMLSCGHNF
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KSD CRGCVSRCWEVQVSPT-CPVCKDRASPADLRTNHTLNNLVEKLLREEAEGARWTSYRFSR
:..:.. :..:.. : :: :: . . : .:..::::. . .
CCDS32 CEACIQDFWRLQAKETFCPECKMLCQYNNCTFNPVLDKLVEKI-------KKLPLLKGHP
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KSD VCRLHRGQLSLFCLEDKELLCCSCQADPR---HQGHRVQPVKDTAHDFRAKCRNMEHALR
: : .:.:: : .:.: .:. : : :... ..:..: : . .. :.
CCDS32 QCPEHGENLKLFSKPDGKLICFQCK-DARLSVGQSKEFLQISDAVHFFTEELAIQQGQLE
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KSD EKAKAFWAMRR-SYEAIAKHNQVEAAWLEGRIRQEFDKLREFLRVEEQAILDAMAEETRQ
: . ..: . :::: :.. . :. .. .:: ::..::. .:. :: . :: .
CCDS32 TTLKELQTLRNMQKEAIAAHKENKLH-LQQHVSMEFLKLHQFLHSKEKDILTELREEGKA
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260
pF1KSD KQLLADEKMKQLTEETEVLAHEIERLQMEMKED-------DVSFLMKHKSRKRRLFCTME
. . ...:: :. . . .: . ... :.. :.. . ... : :
CCDS32 LNEEMELNLSQLQEQCLLAKDMLVSIQAKTEQQNSFDFLKDITTLLHSLEQGMKVLATRE
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KSD PEPVQPGMLIDVCKYLGSLQYRVWKKMLASVES--VPFSFDPNTAAGWLSVSDDLTSVTN
. ... .: : .:: ::..: .. :...::.:: : .: . :::
CCDS32 ----LISRKLNLGQYKGPIQYMVWREMQDTLCPGLSPLTLDPKTAHPNLVLSKSQTSVW-
300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KSD HG--YRVQVENPERFSSAPCLLGSRVFSQGSHAWEVALGGLQSWRVGVVRVRQDSGAEGH
:: ... ..::::.:. .:::: :..:. ::: .. .: ::::: .. .:
CCDS32 HGDIKKIMPDDPERFDSSVAVLGSRGFTSGKWYWEVEVAKKTKWTVGVVR--ESIIRKG-
350 360 370 380 390 400
390 400 410 420 430 440
pF1KSD SHSCYHDTRSGFWYVCRTQGVEGDHCVTSDPATSPLVLAIPRRLRVELECEEGELSFYDA
:: ..::: . : .. . : . . :. : . .. . :. : :.::::.:
CCDS32 --SCPLTPEQGFWLL-RLRN-QTDLKALDLPSFSLTLTNNLDKVGIYLDYEGGQLSFYNA
410 420 430 440 450
450 460 470 480 490
pF1KSD ERHCHLYTFHARFGE-VRPYFYLGGARGAGPPEPLRICPLHISVKEELDG
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: .:. . .: .:::.:..:.:.:..:: ...:: .. :. . .. :. . ...
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::. . . ::..::..: ::: .:. . :: . : .: ... ::.
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: .:. . . ...:. :. ::. ..: : : : ::. : .. . ...
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..: ..::.:: : .:.: :: : . ..::::. .::.::.. :..:
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: ::: .: :: .:: : . .:. .. .::: . :.. .:.
CCDS31 HYWEVEVGDRTSWALGVCRENVNRKEKGEL-----SAGNGFWILVFL----GSYYNSSER
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: .:: :::. . :. : :.::::.: :. : . : : .:: : . ..
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: :. ::
CCDS31 SPTPMTICRPKGGSGDTLAPQ
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CCDS34 CRQAVDGSSSLPNVSLARVIEAL--------RLPGDPEPKVCVHHRNPLSLFCEKDQELI
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CCDS34 CGLCGLLGSHQHHPVTPVSTVYSRMKEELAALISELKQEQKKVDELIAKLVNNRTRIVNE
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CCDS34 SDVFS-WV---IRREFQELHHLVDEEKARCLEGIGGHTRGLVASLDMQLEQAQGTRERLA
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CCDS34 QAECVLEQFGNEDHHKFIRKFHSMASRAEMPQARPLEGAFSPISFKPGL------HQADI
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CCDS34 CVLASRGFSCGRHYWEVVVGSKSDWRLGVIK-----GTASRKGKLNRSPEHGVWLIGLKE
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CCDS34 GRVYEAFAC----PRV-PLPVAGHPHRIGLYLHYEQGELTFFDADRPDDLRPLYTFQADF
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pF1KSD -GEVRPYFYLGGARGAGPPEPLRICPLHISVKEELDG
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CCDS34 QGKLYPILDTCWHERGSNSLPMVLPPPSGPGPLSPEQPTKL
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. : :: :.. . .: :. :....: . .. : . . .:. :. :.:
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CCDS15 FCQKDQSPICVVCRESREHRLHRVLPAEEAVQGYKLKLEEDMEY-LREQ------ITRTG
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CCDS15 NLQAREEQSLAEW-QGKVKERRERIVLEFEKMNLYLVEEEQRLLQALETEEEETASRLRE
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CCDS15 SVACLDRQGHSL--ELLLLQLEERSTQGPLQMLQDMKEPLSRKNNVSVQCPEVAPPTRPR
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::. : : .: . .: .: :: : ..: .: . .. .: . :.
CCDS15 TVCRVPG--QIEVLRGFLEDV--VP---DATSAYPYLLLYESRQRRYLGSSPEGSGF---
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. .:: . :: .:. .::.: : :::... : : .:: : .. . . . .:
CCDS15 -CSKDRFVAYPCAVGQTAFSSGRHYWEVGMNITGDALWALGVCR--DNVSRKDRVPKC--
330 340 350 360 370 380
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..::: : : .: . ... : .:..: : .. . :. : ::.:::.. :
CCDS15 -PENGFWVV---QLSKGTKYLSTFSALTPVMLMEPPSHMGIFLDFEAGEVSFYSVSDGSH
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CCDS15 LHTYSQATFPGPLQPFFCLGAPKSGQMVISTVTMWVKG
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CCDS31 MDPTALVEAIVEEVACPICMTFLREPMSIDCGHSFCHSCLSGLWEIPGESQNWGY
10 20 30 40 50
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CCDS31 RTATWKIQVETRKQSIVWEFEKYQRLLEKKQPPHRQLGAEVAAALASLQREAAETMQKLE
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CCDS31 LNHSELIQQSQVLWRMIAELK-ERSQRPVRWMLQDIQEVLNRSKSWSLQQPEPISLELKT
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CCDS31 ERFYRYNIVLGSQCISSGRHYWEVEVGDRSEWGLGVCKQNVD-----RKEVVYLSPHYGF
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CCDS31 WVIRLRKGNEYRAGTDEYPILS---LPVPPRRVGIFVDYEAHDISFYNVT-DCGSHIFTF
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CCDS44 RQRFLLKNLRPNRQLANMVNNL-KEISQEAREGTQ--GERCAVHGERLHLFCEKDGKALC
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CCDS44 WVCAQSRKHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGELRRKQE--LAEKLEVEIAIKRADWKK
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CCDS44 TVETQKSRIHAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELI
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CCDS44 SELDRRCHSSALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPE------LRSVCHVPG------
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CCDS44 LKKMLRTC-AVHITLDPDTANPWLILSEDRRQVRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQH
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CCDS44 FHSGKHYWEVDVTGKEAWDLGVCRDSVRR----KGH---FLLSSKSGFWTIWLWNKQKYE
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CCDS44 AG----TYPQT-PLHLQVPPCQVGIFLDYEAGMVSFYNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRP
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]