Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0990
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0990, 802 aa
1>>>pF1KSDA0990 802 - 802 aa - 802 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8690+/-0.000949; mu= 18.4172+/- 0.057
mean_var=87.6029+/-17.741, 0's: 0 Z-trim(106.8): 34 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.137030
statistics sampled from 9187 (9210) to 9187 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.644), E-opt: 0.2 (0.283), width: 16
Scan time: 3.890
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10390.1 CHSY1 gene_id:22856|Hs108|chr15 ( 802) 5423 1082.6 0
CCDS34223.1 CHSY3 gene_id:337876|Hs108|chr5 ( 882) 3625 727.2 2.8e-209
CCDS6010.1 CSGALNACT1 gene_id:55790|Hs108|chr8 ( 532) 676 144.1 5.9e-34
CCDS7201.1 CSGALNACT2 gene_id:55454|Hs108|chr10 ( 542) 643 137.6 5.5e-32
CCDS34779.1 CHPF2 gene_id:54480|Hs108|chr7 ( 772) 486 106.6 1.6e-22
CCDS64803.1 CHPF2 gene_id:54480|Hs108|chr7 ( 764) 482 105.8 2.8e-22
CCDS2443.1 CHPF gene_id:79586|Hs108|chr2 ( 775) 471 103.7 1.3e-21
CCDS56169.1 CHPF gene_id:79586|Hs108|chr2 ( 613) 427 94.9 4.4e-19
>>CCDS10390.1 CHSY1 gene_id:22856|Hs108|chr15 (802 aa)
initn: 5423 init1: 5423 opt: 5423 Z-score: 5792.3 bits: 1082.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5423; 99.9% identity (99.9% similar) in 802 aa overlap (1-802:1-802)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAARGRRAWLSVLLGLVLGFVLASRLVLPRASELKRAGPRRRASPEGCRSGQAAASQAGG
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CCDS10 MAARGRRAWLSVLLGLVLGFVLASRLVLPRASELKRAGPRRRASPEGCRSGQAAASQAGG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ARGDARGAQLWPPGSDPDGGPRDRNFLFVGVMTAQKYLQTRAVAAYRTWSKTIPGKVQFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ARGDARGAQLWPPGSDPDGGPRDRNFLFVGVMTAQKYLQTRAVAAYRTWSKTIPGKVQFF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SSEGSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMMLKYMHDHYLDKYEWFMRADDDVYIKGDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SSEGSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMMLKYMHDHYLDKYEWFMRADDDVYIKGDR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LENFLRSLNSSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPGENFCMGGPGVIMSREVLRRMVPHIG
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CCDS10 LENFLRSLNSSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPGENFCMGGPGVIMSREVLRRMVPHIG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KCLREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQLFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQA
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CCDS10 KCLREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQLFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ITLHPNKNPPYQYRLHSYMLSRKISELRHRTIQLHREIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ITLHPNKNPPYQYRLHSYMLSRKISELRHRTIQLHREIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SFMRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRRGMDSAQREALDDIVMQVMEMINANA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SFMRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRRGMDSAQREALDDIVMQVMEMINANA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD KTRGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYKKHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKI
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CCDS10 KTRGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYKKHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD QFVEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVPFQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QFVEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVPFQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD SGRFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLFNSDSNPDKAKQVELMTDYRIKYPKADMQ
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CCDS10 SGRFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLFNSDSNPDKAKQVELMRDYRIKYPKADMQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD ILPVSGEFSRALALEVGSSQFNNESLLFFCDVDLVFTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ILPVSGEFSRALALEVGSSQFNNESLLFFCDVDLVFTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIF
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD SQYDPKIVYSGKVPSDNHFAFTQKTGFWRNYGFGITCIYKGDLVRVGGFDVSIQGWGLED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SQYDPKIVYSGKVPSDNHFAFTQKTGFWRNYGFGITCIYKGDLVRVGGFDVSIQGWGLED
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD VDLFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCDPNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VDLFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCDPNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEM
730 740 750 760 770 780
790 800
pF1KSD WLEKNDPSYSKSSNNNGSVRTA
::::::::::::::::::::::
CCDS10 WLEKNDPSYSKSSNNNGSVRTA
790 800
>>CCDS34223.1 CHSY3 gene_id:337876|Hs108|chr5 (882 aa)
initn: 3732 init1: 2151 opt: 3625 Z-score: 3870.7 bits: 727.2 E(32554): 2.8e-209
Smith-Waterman score: 3642; 68.6% identity (86.4% similar) in 780 aa overlap (30-785:99-872)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAARGRRAWLSVLLGLVLGFVLASRLVLPRASELKRAGP---RRRAS-PEGCRS--GQA
:.: .. : :::. ::: . :
CCDS34 RPRQEQSPPPARQDLQGPPLPEAAPGITSFRSSPWQQPPPLQQRRRGREPEGATGLPGAP
70 80 90 100 110 120
60 70 80 90
pF1KSD AAS-----QAGGARGDARGAQLWPPGSDP----DGG---P--RDRNFLFVGVMTAQKYLQ
:: . ::: :. : .. :::. ::: : : :.::.::::::::::
CCDS34 AAEGEPEEEDGGAAGQRRDGR---PGSSHNGSGDGGAAAPSARPRDFLYVGVMTAQKYLG
130 140 150 160 170 180
100 110 120 130 140 150
pF1KSD TRAVAAYRTWSKTIPGKVQFFSSE----GSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMMLKY
.::.:: :::.. :::.:.::::. ... :.::. : :::::::::::::::.::
CCDS34 SRALAAQRTWARFIPGRVEFFSSQQPPNAGQPPPPLPVIALPGVDDSYPPQKKSFMMIKY
190 200 210 220 230 240
160 170 180 190 200 210
pF1KSD MHDHYLDKYEWFMRADDDVYIKGDRLENFLRSLNSSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPG
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CCDS34 MHDHYLDKYEWFMRADDDVYIKGDKLEEFLRSLNSSKPLYLGQTGLGNIEELGKLGLEPG
250 260 270 280 290 300
220 230 240 250 260 270
pF1KSD ENFCMGGPGVIMSREVLRRMVPHIGKCLREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQ
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CCDS34 ENFCMGGPGMIFSREVLRRMVPHIGECLREMYTTHEDVEVGRCVRRFGGTQCVWSYEMQQ
310 320 330 340 350 360
280 290 300 310 320 330
pF1KSD LFYENYEQNKKGYIRDLHNSKIHQAITLHPNKNPPYQYRLHSYMLSRKISELRHRTIQLH
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CCDS34 LFHENYEHNRKGYIQDLHNSKIHAAITLHPNKRPAYQYRLHNYMLSRKISELRYRTIQLH
370 380 390 400 410 420
340 350 360 370 380 390
pF1KSD REIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPPSFMRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRR
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CCDS34 RESALMSKLSNTEVSKEDQQLGVIPSFNHFQPRERNEVIEWEFLTGKLLYSAAENQPPRQ
430 440 450 460 470 480
400 410 420 430 440 450
pF1KSD GMDSAQREALDDIVMQVMEMINANAKTRGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLY
...: : :::: :.::::::: :::.:::.::::::::::::::::.:.::::::::::
CCDS34 SLSSILRTALDDTVLQVMEMINENAKSRGRLIDFKEIQYGYRRVNPMHGVEYILDLLLLY
490 500 510 520 530 540
460 470 480 490 500 510
pF1KSD KKHKGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKIQFVEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLV
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CCDS34 KRHKGRKLTVPVRRHAYLQQLFSKPFFRETEELDVNSLVESINSETQSFSFISNSLKILS
550 560 570 580 590 600
520 530 540 550 560 570
pF1KSD PFQLPGSKSEHKEPKDKKINILIPLSGRFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLFNSD
:: :.: : ..::..::.:: ::.:.:.::: :::. ::::.::::::..::. :
CCDS34 SFQ--GAK-EMGGHNEKKVHILVPLIGRYDIFLRFMENFENMCLIPKQNVKLVIILFSRD
610 620 630 640 650 660
580 590 600 610 620 630
pF1KSD SNPDKAKQVELMTDYRIKYPKADMQILPVSGEFSRALALEVGSSQFNNESLLFFCDVDLV
:. :..:..::. :. :::::.: ..:..:::::.:.::..:.::.:..::.::::::.
CCDS34 SGQDSSKHIELIKGYQNKYPKAEMTLIPMKGEFSRGLGLEMASAQFDNDTLLLFCDVDLI
670 680 690 700 710 720
640 650 660 670 680 690
pF1KSD FTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIFSQYDPKIVYSGKVPSDNHFAFTQKTGFWRNYGFGI
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CCDS34 FREDFLQRCRDNTIQGQQVYYPIIFSQYDPKVTNGGNPPTDDYFIFSKKTGFWRDYGYGI
730 740 750 760 770 780
700 710 720 730 740 750
pF1KSD TCIYKGDLVRVGGFDVSIQGWGLEDVDLFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCDPNL
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CCDS34 TCIYKSDLLGAGGFDTSIQGWGLEDVDLYNKVILSGLRPFRSQEVGVVHIFHPVHCDPNL
790 800 810 820 830 840
760 770 780 790 800
pF1KSD DPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEMWLEKNDPSYSKSSNNNGSVRTA
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CCDS34 DPKQYKMCLGSKASTFASTMQLAELWLEKHLGVRYNRTLS
850 860 870 880
>>CCDS6010.1 CSGALNACT1 gene_id:55790|Hs108|chr8 (532 aa)
initn: 650 init1: 331 opt: 676 Z-score: 723.1 bits: 144.1 E(32554): 5.9e-34
Smith-Waterman score: 681; 35.9% identity (69.0% similar) in 306 aa overlap (489-780:208-510)
460 470 480 490 500 510
pF1KSD KGKKMTVPVRRHAYLQQTFSKIQFVEHEELDAQELAKRINQESGSLSFLS------NSLK
: : : ....:.: :. . .:
CCDS60 DELVEAIESALETLNSPAENSPNHRPYTASDFIEGIYRTERDKGTLYELTFKGDHKHEFK
180 190 200 210 220 230
520 530 540 550 560
pF1KSD KLVPFQLPGS----KSEHKEPKDKKINILIPLSGRFDMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLV
.:. :. : :.:. . . ::...::. : : : .:: ::.. :. . :.:.
CCDS60 RLILFRPFGPIMKVKNEKLNMANTLINVIVPLAKRVDKFRQFMQNFREMCIEQDGRVHLT
240 250 260 270 280 290
570 580 590 600 610 620
pF1KSD VLLFNSDSNPDKAKQVELMTDYRIKYPKADMQILPVSGEFSRALALEVGSSQFNNES-LL
:. :... . ...: . :. .. .. .. ..:::::. .:.::. ... . ::
CCDS60 VVYFGKE-EINEVKGILENTSKAANF--RNFTFIQLNGEFSRGKGLDVGARFWKGSNVLL
300 310 320 330 340 350
630 640 650 660 670 680
pF1KSD FFCDVDLVFTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIFSQYDPKIVYSGK--VPS-DNHFAFTQK
::::::. ::.:::. :: :: :.....:..::::.: :.:. . :: ...... ..
CCDS60 FFCDVDIYFTSEFLNTCRLNTQPGKKVFYPVLFSQYNPGIIYGHHDAVPPLEQQLVIKKE
360 370 380 390 400 410
690 700 710 720 730 740
pF1KSD TGFWRNYGFGITCIYKGDLVRVGGFDVSIQGWGLEDVDLFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVH
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CCDS60 TGFWRDFGFGMTCQYRSDFINIGGFDLDIKGWGGEDVHLYRKYLHSNLIVVRTPVRGLFH
420 430 440 450 460 470
750 760 770 780 790 800
pF1KSD VHHPVFCDPNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEMWLEKNDPSYSKSSNNNGSVRTA
. : : .: :.:::::. ::: . .: ::. .
CCDS60 LWHEKRCMDELTPEQYKMCMQSKAMNEASHGQLGMLVFRHEIEAHLRKQKQKTSSKKT
480 490 500 510 520 530
>>CCDS7201.1 CSGALNACT2 gene_id:55454|Hs108|chr10 (542 aa)
initn: 580 init1: 314 opt: 643 Z-score: 687.7 bits: 137.6 E(32554): 5.5e-32
Smith-Waterman score: 643; 35.2% identity (70.7% similar) in 270 aa overlap (516-780:253-519)
490 500 510 520 530 540
pF1KSD EELDAQELAKRINQESGSLSFLSNSLKKLVPF-QLPGSKSEHKEPKDKKINILIPLSGRF
:: : ::: . . :::..::. :
CCDS72 YRTERDKGTQYELFFKKADLTEYRHVTLFRPFGPLMKVKSEMIDITRSIINIIVPLAERT
230 240 250 260 270 280
550 560 570 580 590 600
pF1KSD DMFVRFMGNFEKTCLIPNQNVKLVVLLFNSDSNPDKAKQVELMTDYRIKYPKADMQILPV
. ::.:: ::. .:. .....:.:. :.... .:.:.. . . . .. .. .
CCDS72 EAFVQFMQNFRDVCIHQDKKIHLTVVYFGKEGL-SKVKSI--LESVTSESNFHNYTLVSL
290 300 310 320 330
610 620 630 640 650 660
pF1KSD SGEFSRALALEVGSSQFNN-ESLLFFCDVDLVFTTEFLQRCRANTVLGQQIYFPIIFSQY
. ::.:. .:.::. ... : :.::::::. :..:::. :: :. :.....:..:: :
CCDS72 NEEFNRGRGLNVGARAWDKGEVLMFFCDVDIYFSAEFLNSCRLNAEPGKKVFYPVVFSLY
340 350 360 370 380 390
670 680 690 700 710 720
pF1KSD DPKIVYSGKV---PSDNHFAFTQKTGFWRNYGFGITCIYKGDLVRVGGFDVSIQGWGLED
.: :::... : ..... . .::::..:::.:: :..:.. .::::. ..::: ::
CCDS72 NPAIVYANQEVPPPVEQQLVHKKDSGFWRDFGFGMTCQYRSDFLTIGGFDMEVKGWGGED
400 410 420 430 440 450
730 740 750 760 770 780
pF1KSD VDLFNKVVQAGLKTFRSQEVGVVHVHHPVFCDPNLDPKQYKMCLGSKASTYGSTQQLAEM
: :. : ... : ..:. :. :. : : .: :.::.::. ::: . .: ..:. .
CCDS72 VHLYRKYLHGDLIVIRTPVPGLFHLWHEKRCADELTPEQYRMCIQSKAMNEASHSHLGML
460 470 480 490 500 510
790 800
pF1KSD WLEKNDPSYSKSSNNNGSVRTA
CCDS72 VFREEIETHLHKQAYRTNSEAVG
520 530 540
>>CCDS34779.1 CHPF2 gene_id:54480|Hs108|chr7 (772 aa)
initn: 328 init1: 152 opt: 486 Z-score: 517.7 bits: 106.6 E(32554): 1.6e-22
Smith-Waterman score: 676; 24.9% identity (53.1% similar) in 830 aa overlap (8-784:8-766)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAARGRRAWLSVLLGLVLGFVLASRLVLPRASELKRAGPRRRASPEGCRSG-QAAASQAG
: : : :.::. :. : : :.: .. : . : :.: : :.:
CCDS34 MRLSSLLALLRPALPLILGLSLGCSLSLLRVSWIQGEGEDPCVEAVGERGGPQNPDSRAR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KSD GARGDAR-GAQLWPPGSDPDG---------------GPRDRNFLFVGVMTAQKYLQTRAV
..: .. : ::. : :.: :.:.:.:.. :.: ::
CCDS34 LDQSDEDFKPRIVPYYRDPNKPYKKVLRTRYIQTELGSRER--LLVAVLTSRATLSTLAV
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KSD AAYRTWSKTIPGKVQFFSSEGSDTSVPIPVVPLRGVDDSYPPQKKSFMM---LKYMHDHY
:. :: .. .: . : ...:. . . . :: :. .. ...: :...: :.
CCDS34 AVNRTVAHHFPRLLYFTGQRGARAPAGMQVV-------SHGDERPAWLMSETLRHLHTHF
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KSD LDKYEWFMRADDDVYIKGDRLENFLRSLNSSEPLFLGQTGLGTTEEMGKLALEPGENFCM
:.::. .::.:... :: . :. .. :.::.. : .: : : .. .:
CCDS34 GADYDWFFIMQDDTYVQAPRLAALAGHLSINQDLYLGRA----EEFIG--AGEQAR-YCH
180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KSD GGPGVIMSREVLRRMVPHIGKCLREMYTTHEDVEVGRCVRRFAGVQCVWSYEMQQLFYEN
:: : ..:: .: :. ::. : .. ... : .:::. :: :: ... :: :..
CCDS34 GGFGYLLSRSLLLRLRPHLDGCRGDILSARPDEWLGRCLIDSLGVGCVSQHQGQQ--YRS
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330
pF1KSD YEQNKKGYIRDLHNSKIHQAITLHPNKNPPYQYRLHSYM----LSRKISELRHRTIQLHR
.: :. . .: . .:...:: .. .::::. . : : ::... :. :
CCDS34 FELAKNRDPEKEGSSAFLSAFAVHPVSEGTLMYRLHKRFSALELERAYSEIEQLQAQI-R
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KSD EIVLMSKYSNTEIHKEDLQLGIPPSFMRFQPRQREEILEWEFLTGKYLYSAVDGQPPRRG
...... ... . . .:.: : :..: :.: :...: .. .: .:: : .
CCDS34 NLTVLTPEGEAGL---SWPVGLPAP---FTPHSRFEVLGWDYFTEQHTFSCADGAP-KCP
350 360 370 380 390
400 410 420 430 440 450
pF1KSD MDSAQREALDDIVMQVMEMINANAKTRGRIIDFKEIQYGYRRVNPMYGAEYILDLLLLYK
...:.: . : . ..:..: . : :. ... :::: .: : :: :::::
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..:.. .. :.. : . .:..... . ..... . :
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520 530 540 550 560 570
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. :: .:. .. :.. : . : : ... :..::
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.. . :: :. . . . .:: . . : : .: :.. ..: :.. ..:.:.
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.. : . . . :.:..: . :..: ... : ::: .:.: .
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CCDS34 NST
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CCDS64 RALA--RRVSLLRPLSRVEILP-------------------MPYVTEATR--VQLVLP--
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.:. .. :.. : . : : ... :..:: .. .
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:: :. . . . .:: . . : : .: :.. ..: :.. ..:.:. :
CCDS64 PDPFLGVKAAAAELERRYPGTRLAWLAVRAEAPSQVRLMDVVSKKHPVDTLFFLTTVWTR
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: :.::: :.. : : .::. :....: . .: : . : ..
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CCDS64 LFRAVEPGLVQKFSLRDCSPRLSEELYHRCRLSNLEGLGGRAQLAMALFEQEQANST
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CCDS24 R--PLTRRVQLLRPLSRVEILPVPYVTE---ASRLT----VLLPLAAAERDLAPGFLEAF
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. .:: ..: : . : :. : : .. :.. ..:... : :.: .:
CCDS24 HVAELER----RFPGARVPWLSVQTAAPSPLRLMDLLSKKHPLDTLFLLAGPDTVLTPDF
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CCDS24 NSDYVAARGRLAAASEQEEELLESLDVYELFLHFSSLHVLRAVEPALLQRYRAQTCSARL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]