Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0967
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0967, 1578 aa
1>>>pF1KSDA0967 1578 - 1578 aa - 1578 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0738+/- 0.001; mu= 6.9498+/- 0.060
mean_var=180.3527+/-36.727, 0's: 0 Z-trim(111.1): 16 B-trim: 334 in 1/53
Lambda= 0.095502
statistics sampled from 12071 (12081) to 12071 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.697), E-opt: 0.2 (0.371), width: 16
Scan time: 4.850
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6612.1 FRMPD1 gene_id:22844|Hs108|chr9 (1578) 10506 1460.9 0
CCDS35201.1 FRMPD4 gene_id:9758|Hs108|chrX (1322) 1515 222.1 9.7e-57
CCDS76006.1 FRMPD3 gene_id:84443|Hs108|chrX (1810) 1158 172.9 8.2e-42
>>CCDS6612.1 FRMPD1 gene_id:22844|Hs108|chr9 (1578 aa)
initn: 10506 init1: 10506 opt: 10506 Z-score: 7825.8 bits: 1460.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 10506; 99.9% identity (99.9% similar) in 1578 aa overlap (1-1578:1-1578)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEELETSLFQTRKAHRIEQMVARWLRRSRDSSARAKVAAADGPARNPTQTLIPVRHTVKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 MEELETSLFQTRKAHRIEQMVARWLRRSRDSSARAKVAAADGPARNPTQTLIPVRHTVKI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD DKDTLLQDYGFHISESLPLTVVAVTAGGSAHGKLFPGDQILQMNNEPAEDLSWERAVDIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 DKDTLLQDYGFHISESLPLTVVAVTAGGSAHGKLFPGDQILQMNNEPAEDLSWERAVDIL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD REAEDSLSITVVRCTSGVPKSSFLTEEKRARLKTNPVKVHFAEEVLISGHSQGNSLLCMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 REAEDSLSITVVRCTSGVPKSSFLTEEKRARLKTNPVKVHFAEEVLISGHSQGNSLLCMP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD NVLKLYLENGQTKAFKFEANTTVKDIILTVKEKLSIRSIEYFALALEEQYSISRLHLLHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 NVLKLYLENGQTKAFKFEANTTVKDIILTVKEKLSIRSIEYFALALEEQYSISRLHLLHE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD EELIQQVVEREESHDYRCLFRVCFVPKDPLDLLKEDPVAFEYLYLQSCSDVLQERFAVEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 EELIQQVVEREESHDYRCLFRVCFVPKDPLDLLKEDPVAFEYLYLQSCSDVLQERFAVEM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD KCSSALRLAALHIQERIYACAQPQKISLKYIEKDWGIENFISPTLLRNMKGKDIKKAISF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 KCSSALRLAALHIQERIYACAQPQKISLKYIEKDWGIENFISPTLLRNMKGKDIKKAISF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD HMKRNQNLLEPRQKQLISAAQLRLNYLQILGELKTYGGRIFNATLMLQDRESYIALLVGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 HMKRNQNLLEPRQKQLISAAQLRLNYLQILGELKTYGGRIFNATLMLQDRESYIALLVGA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD KYGISQVINSKLNIMSTLAEFANISRVELTEESEKVSVVKVYLQDVKVLTLLLESNSAKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 KYGISQVINSKLNIMSTLAEFANISRVELTEESEKVSVVKVYLQDVKVLTLLLESNSAKD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD LACLIAGYYRLLVDPVTSIFLWPGNKQQAHRVSAEEGYESRACSDSEESSEVDCVLEPLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LACLIAGYYRLLVDPVTSIFLWPGNKQQAHRVSAEEGYESRACSDSEESSEVDCVLEPLS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD DRRLVKLAPCRSLIKEEQPPGNSPTPEVARRGPSTCGASSTTDSAESEASDSANTESRGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 DRRLVKLAPCRSLIKEEQPPGNSPTPEVARRGPSTCGASSTTDSAESEASDSANTESRGY
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD RTSGSSESMDALEEDDLDTCSSSRSTFFHFGSPGLAESIDSDSQEERSGIETSGFLCLLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 RTSGSSESMDALEEDDLDTCSSSRSTFFHFGSPGLAESIDSDSQEERSGIETSGFLCLLD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD LAQRANPQCQKTEFSESAALETFGWAPELSTVRLDPRLYEGSHADYYSLCSSVSPASYLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LAQRANPQCQKTEFSESAALETFGWAPELSTVRLDPRLYEGSHADYYSLCSSVSPASYLS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD DSSESTASRQGGAPPAWGQQGWTEAQPSSMLEPLALHPPLAFEDGSSDEEYYDAADKLTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 DSSESTASRQGGAPPAWGQQGWTEAQPSSMLEPLALHPPLAFEDGSSDEEYYDAADKLTP
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD PGPPSGPRDVSTAEPSATSLQNKASTSSPENSLPCGPDGRQPSRRGGVKKYAKTLRKRRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 PGPPSGPRDVSTAEPSATSLQNKASTSSPENSLPCGPDGRQPSRRGGVKKYAKTLRKRRS
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD FLQTDYTSQVSFPLVPSASLESVDDVCYYDREPYLALGAPSPTVSSLQDMQGEPGLLETK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 FLQTDYTSQVSFPLVPSASLESVDDVCYYDREPYLALGAPSPTVSSLQDMQGEPGLLETK
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD ALGLLAPLRETKSTNPASRVMEMEPETMETKSVIDSRVSSISAIRFRIDPNNKENSGVVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 ALGLLAPLRETKSTNPASRVMEMEPETMETKSVIDSRVSSISAIRFRIDPNNKENSGVVP
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD AASSSASTPHCSNPGSSGPDTAQARPSQILPLSQDLDGIAPKEPTIEHGDSSFSLSSGDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 AASSSASTPHCSNPGSSGPDTAQARPSQILPLSQDLDGIAPKEPTIEHGDSSFSLSSGDP
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD NPDRACLASNPGLNNVSQGDTLELQLEPHVQLEMGLESFCTNHIQETAPKYTEPLLSPRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 NPDRACLASNPGLNNVSQGDTLELQLEPHVQLEMGLESFCTNHIQETAPKYTEPLLSPRD
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD EPRSDECGINPGEKIASIPTKEEPQGQLSLERDREVTNKNGTNVFQEESRKDSGDSPGDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 EPRSDECGINPGEKIASIPTKEEPQGQLSLERDREVTNKNGTNVFQEESRKDSGDSPGDV
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD SNNVSQTLDISSPAGKIVTSLSLDAPVTGTEQIPPHPPRDPQGQSREPPGQGCQAQEQKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 SNNVSQTLDISSPAGKIVTSLSLDAPVTGTEQIPPHPPRDPQGQSREPPGQGCQAQEQKL
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KSD FVELDLDPDFFLGKQTVSPAVPPEGIKAEAPNHVTGQDIAPRDSPEWVCFNPEPSLPEPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 FVELDLDPDFFLGKQTVSPAVPPEGIKAEAPNHVTGQDIAPRDSPEWVCFNPEPSLPEPL
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD PCPQEDPHLETSNHCLLLEGKSDSSSICLSAEKSFLCFAPESHPEVSASLRVATSLGFAG
::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 PCPQEDPHLETSNHCLLSEGKSDSSSICLSAEKSFLCFAPESHPEVSASLRVATSLGFAG
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD MNEMVAPRIGMDQCSCQFSYATCFRGPQPETEEEDRDLEAHPMAPLTSPPSAGSPVVLPW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 MNEMVAPRIGMDQCSCQFSYATCFRGPQPETEEEDRDLEAHPMAPLTSPPSAGSPVVLPW
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KSD RPARAHSCTTAPLSRKSHIWPEYCSRALRQLKATPASTPEGFIQLMESLLELQDILETSW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 RPARAHSCTTAPLSRKSHIWPEYCSRALRQLKATPASTPEGFIQLMESLLELQDILETSW
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KSD GVGNKHPPEKCTWHFTESRSRLCMGSQKLLSSCRHVIRMDQSPEEMQGAVRDTFQHLVQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 GVGNKHPPEKCTWHFTESRSRLCMGSQKLLSSCRHVIRMDQSPEEMQGAVRDTFQHLVQL
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KSD AGLCFQFTDCSRCSARHREAAGNLRDVVYTYHQFIEAAKSTCERGYHDLSVKLLARQCTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 AGLCFQFTDCSRCSARHREAAGNLRDVVYTYHQFIEAAKSTCERGYHDLSVKLLARQCTA
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570
pF1KSD LTAAVFCLTQKFRASTAL
::::::::::::::::::
CCDS66 LTAAVFCLTQKFRASTAL
1570
>>CCDS35201.1 FRMPD4 gene_id:9758|Hs108|chrX (1322 aa)
initn: 927 init1: 557 opt: 1515 Z-score: 1132.1 bits: 222.1 E(32554): 9.7e-57
Smith-Waterman score: 1538; 30.3% identity (58.9% similar) in 1295 aa overlap (41-1257:62-1292)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD TRKAHRIEQMVARWLRRSRDSSARAKVAAADGPARNPTQTLIPVRHTVKIDKDTLLQDYG
: : . : . :. . :.. .: .: .:
CCDS35 SQVPPYGWEMTANRDGRDYFINHMTQAIPFDDPRLESCQIIPPAPRKVEMRRDPVL-GFG
40 50 60 70 80 90
80 90 100 110 120 130
pF1KSD FHISESLPLTVVAVTAGGSAHGKLFPGDQILQMNNEPAEDLSWERAVDILREAEDSLSIT
: . :..: .:: :: ..:::.:::::...:.::. ::..:..: ..:. .:
CCDS35 FVAGSEKPVVVRSVTPGGPSEGKLIPGDQIVMINDEPVSAAPRERVIDLVRSCKESILLT
100 110 120 130 140 150
140 150 160 170 180
pF1KSD VVRCTSGVPKSSFLTEEKRARLKTNPVKVHFAEEVLISGHS----QGNSLLCMPNVLKLY
:.. :::.:.. :.::::.:::::.:.:::.:.:. . :::: ::::::.:
CCDS35 VIQ-PYPSPKSAFISAAKKARLKSNPVKVRFSEEVIINGQVSETVKDNSLLFMPNVLKVY
160 170 180 190 200
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LENGQTKAFKFEANTTVKDIILTVKEKLSIRSIEYFALALEEQY--SISRLHLLHEEELI
:::::::.:.:. .:..::.:::..:::::..::.:.: ::.. . ..: ::::.: .
CCDS35 LENGQTKSFRFDCSTSIKDVILTLQEKLSIKGIEHFSLMLEQRTEGAGTKLLLLHEQETL
210 220 230 240 250 260
250 260 270 280 290 300
pF1KSD QQVVEREESHDYRCLFRVCFVPKDPLDLLKEDPVAFEYLYLQSCSDVLQERFAVEMKCSS
::..: :: .:::::. ::::::.:::..:::::::::.:::.::.::::. :.: .
CCDS35 TQVTQRPSSHKMRCLFRISFVPKDPIDLLRRDPVAFEYLYVQSCNDVVQERFGPELKYDI
270 280 290 300 310 320
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ALRLAALHIQERIYACAQPQKISLKYIEKDWGIENFISPTLLRNMKGKDIKKAISFHMKR
:::::::.. . : ::::::::::.::.:.:. ..:..:: :.::::.: .:
CCDS35 ALRLAALQMYIATVTTKQTQKISLKYIEKEWGLETFLPSAVLQSMKEKNIKKALSHLVKA
330 340 350 360 370 380
370 380 390 400 410 420
pF1KSD NQNLLEPRQKQLISAAQLRLNYLQILGELKTYGGRIFNATLMLQDRESYIALLVGAKYGI
::::. : .: .:: : ...::..:..:. ::::.:.:::. ...: ..:::: .:::
CCDS35 NQNLVPPGKK--LSALQAKVHYLKFLSDLRLYGGRVFKATLVQAEKRSEVTLLVGPRYGI
390 400 410 420 430 440
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SQVINSKLNIMSTLAEFANISRVELTEESEKVSVVKVYLQDVKVLTLLLESNSAKDLACL
:.:::.: :... ::.:....:.:. : :.. :.... ::: .:::.::..: .::::
CCDS35 SHVINTKTNLVALLADFSHVNRIEMFSEEESLVRVELHVLDVKPITLLMESSDAMNLACL
450 460 470 480 490 500
490 500 510 520 530 540
pF1KSD IAGYYRLLVDPVTSIFLWPGNKQQAHRVSAEEGYESRACSDSEESSEVDCVLEPLS----
::::::::: ::: ..:. : . : : :... . . . . .:. . .
CCDS35 TAGYYRLLVDSRRSIFNMANKKNTA---TQETGPENKG-KHNLLGPDWNCIPQMTTFIGE
510 520 530 540 550 560
550 560 570 580 590
pF1KSD DRRLVKLAPCRSLIKEEQPPGNSPTPEVARR-----GPSTCGASSTTDSAESEASDSANT
.. .... : : . .. :. :. . :. : .. : .:: :.
CCDS35 GEQEAQITYIDSKQKTVEITDSTMCPKEHRHLYIDNAYSSDGLNQQL-SQPGEAPCEADY
570 580 590 600 610 620
600 610 620 630 640 650
pF1KSD ESRGYRTSGSSESMDALEEDDLDTCSSSRSTFFHFGSPGLAESIDSDSQEERSGIETSGF
.: . :. . . ..:.. . .. ... .:. ::. .: ..:. : :.
CCDS35 RSLAQRSLLTLSGPETLKKAQ-ESPRGAKVSFI-FGDFALDDGISPP---------TLGY
630 640 650 660 670
660 670 680 690 700
pF1KSD LCLLDLAQRANPQCQKTEFSESAALETFGWAPELSTVRL----------DPRLYEGSHAD
::: . . . .. .. . .. . .:: ... : . ......
CCDS35 ETLLDEGPEMLEKQRNLYIGSANDMKGLDLTPEAEGIQFVENSVYANIGDVKSFQAAEGI
680 690 700 710 720 730
710 720 730 740 750 760
pF1KSD YYSLCSSVSPASYLSDSSES--TASRQGGAPPAWGQQGWTEAQPSS--MLEPLALHPPLA
: .. : .:. . .. .. . .: . . . :: ... .: ::
CCDS35 EEPLLHDICYAENTDDAEDEDEVSCEEDLVVGEMNQPAILNLSGSSDDIIDLTSLPPP--
740 750 760 770 780
770 780 790 800
pF1KSD FEDGSSDEEYYDAADKLTPPGPPSGPRDVSTAEPS-------------ATSLQNKASTSS
: ...... . ... .:: : :: : : : ..:::: :
CCDS35 -EGDDNEDDFLLRSLNMAIAAPPPGFRDSSDEEDSQSQAASFPEDKEKGSSLQNDEIPVS
790 800 810 820 830 840
810 820 830 840 850 860
pF1KSD PENSLPCGPDGRQPSRRGGVKKYAKTLRKRRSF-----LQTDYTSQVSF--PLVPSASLE
...: . .:. ..: . ..:: ... ::. .: :.. : .: .
CCDS35 LIDAVPTSAEGK--CEKGLDNAVVSTLGALEALSVSEEQQTSDNSGVAILRAYSPESSSD
850 860 870 880 890 900
870 880 890 900 910 920
pF1KSD SVDDVCYYDREPYLALGAPSPTVSSLQDMQGEPGLLETKALGLLAPLRETKSTNPASRV-
: ... . :.. . .:. : .: :. : :: : .. :::..
CCDS35 SGNETNSSEMTESSELATAQKQSENLSRM-----FLATHE-GY-HPLAEEQTEFPASKTP
910 920 930 940 950
930 940 950 960
pF1KSD -----------MEMEPETMETKSVIDSRVSSISAIRFRIDPNNKENSGVVPAASSSASTP
. .: : .:. :. . . . .....:.. :...: .. :
CCDS35 AGGLPPKSSHALAARPATDLPPKVVPSK-QLLHSDHMEMEPETMETKSV----TDYFSKL
960 970 980 990 1000 1010
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD HCSNPGSSGPDTAQARPSQILPLSQDLDGIAPKEPTIEHGDSSFSLSSGDPNPDRACLAS
: :: . . .. : :.. : .: :: : .:... . ..: . . ::
CCDS35 HM---GSVAYSCTSKRKSKL----ADGEGKAP--P---NGNTTGKKQQGTKTAEMEEEAS
1020 1030 1040 1050 1060
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD NPGLNNVSQGDTLELQ---LEPHVQLEMGLESFCTNHIQETAPKYTEPLLSPRDEPRSDE
. ...::. :. .:. :: .. .. . . . : : . . ::..
CCDS35 GK-FGTVSSRDSQHLSTFNLE-RTAFRKDSQRWYVATEGGMAEKSGLEAATGKTFPRASG
1070 1080 1090 1100 1110 1120
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD CGINPGE-KIASIPTKEEPQGQLSLERDREVTNKNGTNVFQEESRKDSGDSPGDVSNNVS
: .: : . : : .:. . :: .:. : : :: :.: :.....
CCDS35 LGAREAEGKEEGAPDGETSDGSGLGQGDRFLTD-----VTCASSAKDL-DNPEDADSSTC
1130 1140 1150 1160 1170
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD QTLDISSPAGKIVTSLSLD---APVTGTEQIPPHPP-RDPQGQSREPP-GQGCQAQEQKL
. . : . :. : : : .. : : .. ::.: . : : ...
CCDS35 DHPSKLPEADESVARLC-DYHLAKRMSSLQSEGHFSLQSSQGSSVDAGCGTGSSGSACAT
1180 1190 1200 1210 1220 1230
1210 1220 1230 1240 1250
pF1KSD FVELDLDPDFFLGKQTVSPA-------VPPEGIKAEAPNH-VTGQDIAPRDSPEWVCFNP
:: : :. :::. . : .: : ::: .: ... :. : .: :
CCDS35 PVESPLCPS--LGKHLIPDASGKGVNYIPSEERAPGLPNHGATFKELHPQ--TEGMC--P
1240 1250 1260 1270 1280
1260 1270 1280 1290 1300 1310
pF1KSD EPSLPEPLPCPQEDPHLETSNHCLLLEGKSDSSSICLSAEKSFLCFAPESHPEVSASLRV
. ..:
CCDS35 RMTVPALHTAINTEPLFGTLRDGCHRLPKIKETTV
1290 1300 1310 1320
>>CCDS76006.1 FRMPD3 gene_id:84443|Hs108|chrX (1810 aa)
initn: 1304 init1: 422 opt: 1158 Z-score: 864.1 bits: 172.9 E(32554): 8.2e-42
Smith-Waterman score: 1197; 27.5% identity (55.8% similar) in 1406 aa overlap (58-1376:55-1350)
30 40 50 60 70 80
pF1KSD SRDSSARAKVAAADGPARNPTQTLIPVRHTVKIDKDTLLQDYGFHISESLPLTVVAVTAG
: . .: . .:: . :..: .: :
CCDS76 QQELFSSHVMQEESANDMECEQLPAEILRQVTVHRDPIY-GFGFVAGSERPVVVRSVRPG
30 40 50 60 70 80
90 100 110 120 130 140
pF1KSD GSAHGKLFPGDQILQMNNEPAEDLSWERAVDILREAEDSLSITVVRCTSGVPKSSFLTEE
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CCDS76 GPSENKLLAGDQIVAINEEDVSEAPRERLIELIRSAKEFIVLTVLH-THQSPKSAFISAA
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