Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0965
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0965, 464 aa
1>>>pF1KSDA0965 464 - 464 aa - 464 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.6582+/-0.0014; mu= -20.4837+/- 0.079
mean_var=394.9941+/-90.912, 0's: 0 Z-trim(105.9): 417 B-trim: 98 in 1/50
Lambda= 0.064533
statistics sampled from 8234 (8698) to 8234 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.624), E-opt: 0.2 (0.267), width: 16
Scan time: 2.780
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31761.1 STK38L gene_id:23012|Hs108|chr12 ( 464) 3101 303.8 2.4e-82
CCDS4822.1 STK38 gene_id:11329|Hs108|chr6 ( 465) 2707 267.1 2.7e-71
CCDS34551.1 LATS1 gene_id:9113|Hs108|chr6 (1130) 792 89.1 2.6e-17
CCDS9294.1 LATS2 gene_id:26524|Hs108|chr13 (1088) 787 88.6 3.5e-17
CCDS31601.1 CDC42BPG gene_id:55561|Hs108|chr11 (1551) 629 74.0 1.2e-12
CCDS74400.1 DMPK gene_id:1760|Hs108|chr19 ( 530) 612 72.1 1.5e-12
CCDS46118.1 DMPK gene_id:1760|Hs108|chr19 ( 624) 612 72.2 1.8e-12
CCDS46117.1 DMPK gene_id:1760|Hs108|chr19 ( 625) 612 72.2 1.8e-12
CCDS12674.1 DMPK gene_id:1760|Hs108|chr19 ( 629) 612 72.2 1.8e-12
CCDS46119.1 DMPK gene_id:1760|Hs108|chr19 ( 639) 612 72.2 1.8e-12
CCDS11870.2 ROCK1 gene_id:6093|Hs108|chr18 (1354) 606 71.8 4.9e-12
CCDS1559.1 CDC42BPA gene_id:8476|Hs108|chr1 (1638) 603 71.6 6.9e-12
CCDS1558.1 CDC42BPA gene_id:8476|Hs108|chr1 (1719) 603 71.6 7.2e-12
CCDS9978.1 CDC42BPB gene_id:9578|Hs108|chr14 (1711) 602 71.5 7.7e-12
CCDS42654.1 ROCK2 gene_id:9475|Hs108|chr2 (1388) 580 69.4 2.7e-11
>>CCDS31761.1 STK38L gene_id:23012|Hs108|chr12 (464 aa)
initn: 3101 init1: 3101 opt: 3101 Z-score: 1591.8 bits: 303.8 E(32554): 2.4e-82
Smith-Waterman score: 3101; 100.0% identity (100.0% similar) in 464 aa overlap (1-464:1-464)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAMTAGTTTTFPMSNHTRERVTVAKLTLENFYSNLILQHEERETRQKKLEVAMEEEGLAD
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CCDS31 MAMTAGTTTTFPMSNHTRERVTVAKLTLENFYSNLILQHEERETRQKKLEVAMEEEGLAD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EEKKLRRSQHARKETEFLRLKRTRLGLDDFESLKVIGRGAFGEVRLVQKKDTGHIYAMKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EEKKLRRSQHARKETEFLRLKRTRLGLDDFESLKVIGRGAFGEVRLVQKKDTGHIYAMKI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LRKSDMLEKEQVAHIRAERDILVEADGAWVVKMFYSFQDKRNLYLIMEFLPGGDMMTLLM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LRKSDMLEKEQVAHIRAERDILVEADGAWVVKMFYSFQDKRNLYLIMEFLPGGDMMTLLM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD KKDTLTEEETQFYISETVLAIDAIHQLGFIHRDIKPDNLLLDAKGHVKLSDFGLCTGLKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KKDTLTEEETQFYISETVLAIDAIHQLGFIHRDIKPDNLLLDAKGHVKLSDFGLCTGLKK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD AHRTEFYRNLTHNPPSDFSFQNMNSKRKAETWKKNRRQLAYSTVGTPDYIAPEVFMQTGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 AHRTEFYRNLTHNPPSDFSFQNMNSKRKAETWKKNRRQLAYSTVGTPDYIAPEVFMQTGY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NKLCDWWSLGVIMYEMLIGYPPFCSETPQETYRKVMNWKETLVFPPEVPISEKAKDLILR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 NKLCDWWSLGVIMYEMLIGYPPFCSETPQETYRKVMNWKETLVFPPEVPISEKAKDLILR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD FCIDSENRIGNSGVEEIKGHPFFEGVDWEHIRERPAAIPIEIKSIDDTSNFDDFPESDIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 FCIDSENRIGNSGVEEIKGHPFFEGVDWEHIRERPAAIPIEIKSIDDTSNFDDFPESDIL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KSD QPVPNTTEPDYKSKDWVFLNYTYKRFEGLTQRGSIPTYMKAGKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QPVPNTTEPDYKSKDWVFLNYTYKRFEGLTQRGSIPTYMKAGKL
430 440 450 460
>>CCDS4822.1 STK38 gene_id:11329|Hs108|chr6 (465 aa)
initn: 2683 init1: 2493 opt: 2707 Z-score: 1393.5 bits: 267.1 E(32554): 2.7e-71
Smith-Waterman score: 2707; 86.9% identity (94.4% similar) in 466 aa overlap (1-463:1-465)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAMTAGTTTTFPMSNHTRERVTVAKLTLENFYSNLILQHEERETRQKKLEVAMEEEGLAD
:::: :.: :::::.::::..:.:::::::::: :::::: :::::: .:::::: :
CCDS48 MAMT-GSTPCSSMSNHTKERVTMTKVTLENFYSNLIAQHEEREMRQKKLEKVMEEEGLKD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EEKKLRRSQHARKETEFLRLKRTRLGLDDFESLKVIGRGAFGEVRLVQKKDTGHIYAMKI
:::.:::: ::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.:::::
CCDS48 EEKRLRRSAHARKETEFLRLKRTRLGLEDFESLKVIGRGAFGEVRLVQKKDTGHVYAMKI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LRKSDMLEKEQVAHIRAERDILVEADGAWVVKMFYSFQDKRNLYLIMEFLPGGDMMTLLM
:::.::::::::.:::::::::::::. :::::::::::: :::::::::::::::::::
CCDS48 LRKADMLEKEQVGHIRAERDILVEADSLWVVKMFYSFQDKLNLYLIMEFLPGGDMMTLLM
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD KKDTLTEEETQFYISETVLAIDAIHQLGFIHRDIKPDNLLLDAKGHVKLSDFGLCTGLKK
::::::::::::::.:::::::.:::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
CCDS48 KKDTLTEEETQFYIAETVLAIDSIHQLGFIHRDIKPDNLLLDSKGHVKLSDFGLCTGLKK
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD AHRTEFYRNLTHNPPSDFSFQNMNSKRKAETWKKNRRQLAYSTVGTPDYIAPEVFMQTGY
::::::::::.:. ::::.::::::::::::::.::::::.:::::::::::::::::::
CCDS48 AHRTEFYRNLNHSLPSDFTFQNMNSKRKAETWKRNRRQLAFSTVGTPDYIAPEVFMQTGY
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NKLCDWWSLGVIMYEMLIGYPPFCSETPQETYRKVMNWKETLVFPPEVPISEKAKDLILR
::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::.:::::::::::::::::
CCDS48 NKLCDWWSLGVIMYEMLIGYPPFCSETPQETYKKVMNWKETLTFPPEVPISEKAKDLILR
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KSD FCIDSENRIGNSGVEEIKGHPFFEGVDWEHIRERPAAIPIEIKSIDDTSNFDDFPESDIL
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CCDS48 FCCEWEHRIGAPGVEEIKSNSFFEGVDWEHIRERPAAISIEIKSIDDTSNFDEFPESDIL
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460
pF1KSD QPVPNTT---EPDYKSKDWVFLNYTYKRFEGLTQRGSIPTYMKAGKL
.:. :. : :::.:::::.::::::::::: ::.::.::::.:
CCDS48 KPTVATSNHPETDYKNKDWVFINYTYKRFEGLTARGAIPSYMKAAK
420 430 440 450 460
>>CCDS34551.1 LATS1 gene_id:9113|Hs108|chr6 (1130 aa)
initn: 1292 init1: 758 opt: 792 Z-score: 424.3 bits: 89.1 E(32554): 2.6e-17
Smith-Waterman score: 1298; 43.2% identity (74.1% similar) in 444 aa overlap (25-446:640-1083)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAMTAGTTTTFPMSNHTRERVTVAKLTLENFYSNLILQHEERETRQKKLEVAME
:. .:. :.. .:..: :.:.:: :
CCDS34 ITTSPITVRKNKKDEERRESRIQSYSPQAFKFFMEQHVENVLKSHQQRLHRKKQLENEMM
610 620 630 640 650 660
60 70 80 90 100 110
pF1KSD EEGLADEEKKLRRSQHARKETEFLRLKRTRLGLDDFESLKVIGRGAFGEVRLVQKKDTGH
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CCDS34 RVGLSQDAQDQMRKMLCQKESNYIRLKRAKMDKSMFVKIKTLGIGAFGEVCLARKVDTKA
670 680 690 700 710 720
120 130 140 150 160 170
pF1KSD IYAMKILRKSDMLEKEQVAHIRAERDILVEADGAWVVKMFYSFQDKRNLYLIMEFLPGGD
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CCDS34 LYATKTLRKKDVLLRNQVAHVKAERDILAEADNEWVVRLYYSFQDKDNLYFVMDYIPGGD
730 740 750 760 770 780
180 190 200 210 220 230
pF1KSD MMTLLMKKDTLTEEETQFYISETVLAIDAIHQLGFIHRDIKPDNLLLDAKGHVKLSDFGL
::.::.. . : ..:::.: . :....:..:::::::::::.:.: ::.::.::::
CCDS34 MMSLLIRMGIFPESLARFYIAELTCAVESVHKMGFIHRDIKPDNILIDRDGHIKLTDFGL
790 800 810 820 830 840
240 250 260 270 280
pF1KSD CTGLKKAHRTEFYRNLTHNPPSDFSFQNM----NSKRKAETWK--------KNRRQLAYS
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CCDS34 CTGFRWTHDSKYYQSGDHPRQDSMDFSNEWGDPSSCRCGDRLKPLERRAARQHQRCLAHS
850 860 870 880 890 900
290 300 310 320 330 340
pF1KSD TVGTPDYIAPEVFMQTGYNKLCDWWSLGVIMYEMLIGYPPFCSETPQETYRKVMNWKETL
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CCDS34 LVGTPNYIAPEVLLRTGYTQLCDWWSVGVILFEMLVGQPPFLAQTPLETQMKVINWQTSL
910 920 930 940 950 960
350 360 370 380 390 400
pF1KSD VFPPEVPISEKAKDLILRFCIDSENRIGNSGVEEIKGHPFFEGVDWEH-IRERPAAIPIE
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CCDS34 HIPPQAKLSPEASDLIIKLCRGPEDRLGKNGADEIKAHPFFKTIDFSSDLRQQSASYIPK
970 980 990 1000 1010 1020
410 420 430 440 450
pF1KSD IKSIDDTSNFD---------DFPESDILQPVPNTTEPDYKSKDWVFLNYTYKRFEGLTQR
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CCDS34 ITHPTDTSNFDPVDPDKLWSDDNEEENVNDTLNGWYKNGKHPEHAFYEFTFRRFFDDNGY
1030 1040 1050 1060 1070 1080
460
pF1KSD GSIPTYMKAGKL
CCDS34 PYNYPKPIEYEYINSQGSEQQSDEDDQNTGSEIKNRDLVYV
1090 1100 1110 1120 1130
>>CCDS9294.1 LATS2 gene_id:26524|Hs108|chr13 (1088 aa)
initn: 1281 init1: 785 opt: 787 Z-score: 422.0 bits: 88.6 E(32554): 3.5e-17
Smith-Waterman score: 1306; 42.9% identity (73.5% similar) in 464 aa overlap (25-463:603-1065)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAMTAGTTTTFPMSNHTRERVTVAKLTLENFYSNLILQHEERETRQKKLEVAME
:. .:. :.: .... .:. .:: :
CCDS92 IQTSPVPVRKNSRDEEKRESRIKSYSPYAFKFFMEQHVENVIKTYQQKVNRRLQLEQEMA
580 590 600 610 620 630
60 70 80 90 100 110
pF1KSD EEGLADEEKKLRRSQHARKETEFLRLKRTRLGLDDFESLKVIGRGAFGEVRLVQKKDTGH
. :: . :.. :. .::... ::::... . : ..:..: :::::: :. : ::
CCDS92 KAGLCEAEQEQMRKILYQKESNYNRLKRAKMDKSMFVKIKTLGIGAFGEVCLACKVDTHA
640 650 660 670 680 690
120 130 140 150 160 170
pF1KSD IYAMKILRKSDMLEKEQVAHIRAERDILVEADGAWVVKMFYSFQDKRNLYLIMEFLPGGD
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CCDS92 LYAMKTLRKKDVLNRNQVAHVKAERDILAEADNEWVVKLYYSFQDKDSLYFVMDYIPGGD
700 710 720 730 740 750
180 190 200 210 220 230
pF1KSD MMTLLMKKDTLTEEETQFYISETVLAIDAIHQLGFIHRDIKPDNLLLDAKGHVKLSDFGL
::.::.. ... :. ..:::.: .:::...:..:::::::::::.:.: ::.::.::::
CCDS92 MMSLLIRMEVFPEHLARFYIAELTLAIESVHKMGFIHRDIKPDNILIDLDGHIKLTDFGL
760 770 780 790 800 810
240 250 260 270 280
pF1KSD CTGLKKAHRTEFYRNLTH-----NPPSDFSFQNMNSKRKAETWK----KNRRQ----LAY
:::.. .: ...:.. .: :::. ...... : .. : . :.: ::.
CCDS92 CTGFRWTHNSKYYQKGSHVRQDSMEPSDL-WDDVSNCRCGDRLKTLEQRARKQHQRCLAH
820 830 840 850 860 870
290 300 310 320 330 340
pF1KSD STVGTPDYIAPEVFMQTGYNKLCDWWSLGVIMYEMLIGYPPFCSETPQETYRKVMNWKET
: ::::.::::::... ::..::::::.:::..:::.: ::: . :: :: ::.::..:
CCDS92 SLVGTPNYIAPEVLLRKGYTQLCDWWSVGVILFEMLVGQPPFLAPTPTETQLKVINWENT
880 890 900 910 920 930
350 360 370 380 390 400
pF1KSD LVFPPEVPISEKAKDLILRFCIDSENRIGNSGVEEIKGHPFFEGVDWEH-IRERPAAIPI
: .: .: .: .:.::: ..: ....:.: .:....:.:::: ..:. ::..::
CCDS92 LHIPAQVKLSPEARDLITKLCCSADHRLGRNGADDLKAHPFFSAIDFSSDIRKQPAPYVP
940 950 960 970 980 990
410 420 430 440
pF1KSD EIKSIDDTSNFD----DFPESDI----LQPVPNTTEPDYKSKDWVFLNYTYKRF---EGL
:. :::::: . : .: . . : :. : . .: ..:..:: .:
CCDS92 TISHPMDTSNFDPVDEESPWNDASEGSTKAWDTLTSPNNKHPEHAFYEFTFRRFFDDNGY
1000 1010 1020 1030 1040 1050
450 460
pF1KSD TQRGSIPTYMKAGKL
: :. .:..
CCDS92 PFRCPKPSGAEASQAESSDLESSDLVDQTEGCQPVYV
1060 1070 1080
>>CCDS31601.1 CDC42BPG gene_id:55561|Hs108|chr11 (1551 aa)
initn: 1025 init1: 388 opt: 629 Z-score: 340.3 bits: 74.0 E(32554): 1.2e-12
Smith-Waterman score: 991; 41.8% identity (67.8% similar) in 407 aa overlap (49-443:28-398)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD ERVTVAKLTLENFYSNLILQHEERETRQKKLEVAMEEEGLADEEKKLRR-SQHARKETEF
: .:...: . .. : .: . :
CCDS31 MERRLRALEQLARGEAGGCPGLDGLLDLLLALHHELSSGPLRRERSVAQFLSWASPF
10 20 30 40 50
80 90 100 110 120 130
pF1KSD L-RLKRTRLGLDDFESLKVIGRGAFGEVRLVQKKDTGHIYAMKILRKSDMLEKEQVAHIR
. ..:. :: :::: :::::::::::: .:...:::.:.:::.:.: .::.. ..: .:
CCDS31 VSKVKELRLQRDDFEILKVIGRGAFGEVTVVRQRDTGQIFAMKMLHKWEMLKRAETACFR
60 70 80 90 100 110
140 150 160 170 180 190
pF1KSD AERDILVEADGAWVVKMFYSFQDKRNLYLIMEFLPGGDMMTLLMK-KDTLTEEETQFYIS
:::.::..:. ::. . :.:::.. :::.:.. :::..::: . .: : : .:::..
CCDS31 EERDVLVKGDSRWVTTLHYAFQDEEYLYLVMDYYAGGDLLTLLSRFEDRLPPELAQFYLA
120 130 140 150 160 170
200 210 220 230 240 250
pF1KSD ETVLAIDAIHQLGFIHRDIKPDNLLLDAKGHVKLSDFGLCTGLKKAHRTEFYRNLTHNPP
: :::: ..::::..:::.::::.:::..::..:.::: : :. :. :
CCDS31 EMVLAIHSLHQLGYVHRDVKPDNVLLDVNGHIRLADFGSC--LR----------LNTNGM
180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KSD SDFSFQNMNSKRKAETWKKNRRQLAYSTVGTPDYIAPEVF--MQTG---YNKLCDWWSLG
: : .:::::::.::.. :. : :. :::::::
CCDS31 VDSSV----------------------AVGTPDYISPEILQAMEEGKGHYGPQCDWWSLG
230 240 250 260
320 330 340 350 360
pF1KSD VIMYEMLIGYPPFCSETPQETYRKVMNWKETLVFPPEVP-ISEKAKDLILRFCIDSENRI
: ::.:.: :: .:. ::: :.:: .. : :::.:: . .:.::: .. .:.:.
CCDS31 VCAYELLFGETPFYAESLVETYGKIMNHEDHLQFPPDVPDVPASAQDLIRQLLCRQEERL
270 280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KSD GNSGVEEIKGHPFFEGVDWEHIRERPAAIPIEIKSIDDTSNFDDFPESDIL-QP--VPNT
: .:......::::::::::.. : :... :::::: ..: : .: .:
CCDS31 GRGGLDDFRNHPFFEGVDWERLASSTAPYIPELRGPMDTSNFD--VDDDTLNHPGTLPPP
330 340 350 360 370 380
430 440 450 460
pF1KSD TEPDYKSKDWVFLNYTYKRFEGLTQRGSIPTYMKAGKL
.. .... :...::
CCDS31 SHGAFSGHHLPFVGFTYTSGSHSPESSSEAWAALERKLQCLEQEKVELSRKHQEALHAPT
390 400 410 420 430 440
>>CCDS74400.1 DMPK gene_id:1760|Hs108|chr19 (530 aa)
initn: 944 init1: 386 opt: 612 Z-score: 338.6 bits: 72.1 E(32554): 1.5e-12
Smith-Waterman score: 902; 41.0% identity (67.7% similar) in 344 aa overlap (78-412:59-368)
50 60 70 80 90 100
pF1KSD KLEVAMEEEGLADEEKKLRRSQHARKETEFLRLKRTRLGLDDFESLKVIGRGAFGEVRLV
.:::..:: :::: :::::::::.:: .:
CCDS74 LLGVHQELGASELAQDKYVADFLQWAEPIVVRLKEVRLQRDDFEILKVIGRGAFSEVAVV
30 40 50 60 70 80
110 120 130 140 150 160
pF1KSD QKKDTGHIYAMKILRKSDMLEKEQVAHIRAERDILVEADGAWVVKMFYSFQDKRNLYLIM
. :.::..:::::. : :::.. .:. .: :::.::..: :.... ..:::. :::.:
CCDS74 KMKQTGQVYAMKIMNKWDMLKRGEVSCFREERDVLVNGDRRWITQLHFAFQDENYLYLVM
90 100 110 120 130 140
170 180 190 200 210 220
pF1KSD EFLPGGDMMTLLMK-KDTLTEEETQFYISETVLAIDAIHQLGFIHRDIKPDNLLLDAKGH
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CCDS74 EYYVGGDLLTLLSKFGERIPAEMARFYLAEIVMAIDSVHRLGYVHRDIKPDNILLDRCGH
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]