Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0955
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0955, 431 aa
1>>>pF1KSDA0955 431 - 431 aa - 431 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8504+/-0.000913; mu= 14.4015+/- 0.055
mean_var=71.9600+/-13.968, 0's: 0 Z-trim(106.1): 26 B-trim: 0 in 0/49
Lambda= 0.151192
statistics sampled from 8774 (8793) to 8774 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.644), E-opt: 0.2 (0.27), width: 16
Scan time: 3.020
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12712.2 CARD8 gene_id:22900|Hs108|chr19 ( 487) 2686 595.2 4.5e-170
CCDS54289.1 CARD8 gene_id:22900|Hs108|chr19 ( 537) 2686 595.3 4.9e-170
CCDS54288.1 CARD8 gene_id:22900|Hs108|chr19 ( 392) 1719 384.3 1.1e-106
CCDS42244.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1443) 945 215.7 2.4e-55
CCDS42246.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1473) 945 215.7 2.5e-55
CCDS32537.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1375) 924 211.1 5.5e-54
CCDS58508.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1399) 632 147.4 8.4e-35
CCDS42245.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1429) 632 147.4 8.5e-35
>>CCDS12712.2 CARD8 gene_id:22900|Hs108|chr19 (487 aa)
initn: 2683 init1: 1823 opt: 2686 Z-score: 3166.9 bits: 595.2 E(32554): 4.5e-170
Smith-Waterman score: 2686; 99.0% identity (99.0% similar) in 411 aa overlap (22-431:77-487)
10 20 30 40 50
pF1KSD MMRQRQSHYCSVLFLSVNYLGGTFPGDICSEENQIVSSYASKVCFEIEEDY
: ::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AEPLLFRAVPECQLSGGDIPSVSEEQESSEGQDSGDICSEENQIVSSYASKVCFEIEEDY
50 60 70 80 90 100
60 70 80 90 100 110
pF1KSD KNRQFLGPEGNVDVELIDKSTNRYSVWFPTAGWYLWSATGLGFLVRDEVTVTIAFGSWSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KNRQFLGPEGNVDVELIDKSTNRYSVWFPTAGWYLWSATGLGFLVRDEVTVTIAFGSWSQ
110 120 130 140 150 160
120 130 140 150 160 170
pF1KSD HLALDLQHHEQWLVGGPLFDVTAEPEEAVAEIHLPHFISLQ-GEVDVSWFLVAHFKNEGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS12 HLALDLQHHEQWLVGGPLFDVTAEPEEAVAEIHLPHFISLQAGEVDVSWFLVAHFKNEGM
170 180 190 200 210 220
180 190 200 210 220 230
pF1KSD VLEHPARVEPFYAVLESPSFSLMGILLRIASGTRLSIPITSNTLIYYHPHPEDIKFHLYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VLEHPARVEPFYAVLESPSFSLMGILLRIASGTRLSIPITSNTLIYYHPHPEDIKFHLYL
230 240 250 260 270 280
240 250 260 270 280 290
pF1KSD VPSDALLTKAIDDEEDRFHGVRLQTSPPMEPLNFGSSYIVSNSANLKVMPKELKLSYRSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VPSDALLTKAIDDEEDRFHGVRLQTSPPMEPLNFGSSYIVSNSANLKVMPKELKLSYRSP
290 300 310 320 330 340
300 310 320 330 340 350
pF1KSD GEIQHFSKFYAGQMKEPIQLEITEKRHGTLVWDTEVKPVDLQLVAASAPPPFSGAAFVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GEIQHFSKFYAGQMKEPIQLEITEKRHGTLVWDTEVKPVDLQLVAASAPPPFSGAAFVKE
350 360 370 380 390 400
360 370 380 390 400 410
pF1KSD NHRQLQARMGDLKGVLDDLQDNEVLTENEKELVEQEKTRQSKNEALLSMVEKKGDLALDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NHRQLQARMGDLKGVLDDLQDNEVLTENEKELVEQEKTRQSKNEALLSMVEKKGDLALDV
410 420 430 440 450 460
420 430
pF1KSD LFRSISERDPYLVSYLRQQNL
:::::::::::::::::::::
CCDS12 LFRSISERDPYLVSYLRQQNL
470 480
>>CCDS54289.1 CARD8 gene_id:22900|Hs108|chr19 (537 aa)
initn: 2683 init1: 1823 opt: 2686 Z-score: 3166.2 bits: 595.3 E(32554): 4.9e-170
Smith-Waterman score: 2686; 99.0% identity (99.0% similar) in 411 aa overlap (22-431:127-537)
10 20 30 40 50
pF1KSD MMRQRQSHYCSVLFLSVNYLGGTFPGDICSEENQIVSSYASKVCFEIEEDY
: ::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 AEPLLFRAVPECQLSGGDIPSVSEEQESSEGQDSGDICSEENQIVSSYASKVCFEIEEDY
100 110 120 130 140 150
60 70 80 90 100 110
pF1KSD KNRQFLGPEGNVDVELIDKSTNRYSVWFPTAGWYLWSATGLGFLVRDEVTVTIAFGSWSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KNRQFLGPEGNVDVELIDKSTNRYSVWFPTAGWYLWSATGLGFLVRDEVTVTIAFGSWSQ
160 170 180 190 200 210
120 130 140 150 160 170
pF1KSD HLALDLQHHEQWLVGGPLFDVTAEPEEAVAEIHLPHFISLQ-GEVDVSWFLVAHFKNEGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS54 HLALDLQHHEQWLVGGPLFDVTAEPEEAVAEIHLPHFISLQAGEVDVSWFLVAHFKNEGM
220 230 240 250 260 270
180 190 200 210 220 230
pF1KSD VLEHPARVEPFYAVLESPSFSLMGILLRIASGTRLSIPITSNTLIYYHPHPEDIKFHLYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VLEHPARVEPFYAVLESPSFSLMGILLRIASGTRLSIPITSNTLIYYHPHPEDIKFHLYL
280 290 300 310 320 330
240 250 260 270 280 290
pF1KSD VPSDALLTKAIDDEEDRFHGVRLQTSPPMEPLNFGSSYIVSNSANLKVMPKELKLSYRSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VPSDALLTKAIDDEEDRFHGVRLQTSPPMEPLNFGSSYIVSNSANLKVMPKELKLSYRSP
340 350 360 370 380 390
300 310 320 330 340 350
pF1KSD GEIQHFSKFYAGQMKEPIQLEITEKRHGTLVWDTEVKPVDLQLVAASAPPPFSGAAFVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GEIQHFSKFYAGQMKEPIQLEITEKRHGTLVWDTEVKPVDLQLVAASAPPPFSGAAFVKE
400 410 420 430 440 450
360 370 380 390 400 410
pF1KSD NHRQLQARMGDLKGVLDDLQDNEVLTENEKELVEQEKTRQSKNEALLSMVEKKGDLALDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NHRQLQARMGDLKGVLDDLQDNEVLTENEKELVEQEKTRQSKNEALLSMVEKKGDLALDV
460 470 480 490 500 510
420 430
pF1KSD LFRSISERDPYLVSYLRQQNL
:::::::::::::::::::::
CCDS54 LFRSISERDPYLVSYLRQQNL
520 530
>>CCDS54288.1 CARD8 gene_id:22900|Hs108|chr19 (392 aa)
initn: 1716 init1: 874 opt: 1719 Z-score: 2028.5 bits: 384.3 E(32554): 1.1e-106
Smith-Waterman score: 1719; 98.5% identity (98.5% similar) in 261 aa overlap (22-281:127-387)
10 20 30 40 50
pF1KSD MMRQRQSHYCSVLFLSVNYLGGTFPGDICSEENQIVSSYASKVCFEIEEDY
: ::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 AEPLLFRAVPECQLSGGDIPSVSEEQESSEGQDSGDICSEENQIVSSYASKVCFEIEEDY
100 110 120 130 140 150
60 70 80 90 100 110
pF1KSD KNRQFLGPEGNVDVELIDKSTNRYSVWFPTAGWYLWSATGLGFLVRDEVTVTIAFGSWSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KNRQFLGPEGNVDVELIDKSTNRYSVWFPTAGWYLWSATGLGFLVRDEVTVTIAFGSWSQ
160 170 180 190 200 210
120 130 140 150 160 170
pF1KSD HLALDLQHHEQWLVGGPLFDVTAEPEEAVAEIHLPHFISLQ-GEVDVSWFLVAHFKNEGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::
CCDS54 HLALDLQHHEQWLVGGPLFDVTAEPEEAVAEIHLPHFISLQAGEVDVSWFLVAHFKNEGM
220 230 240 250 260 270
180 190 200 210 220 230
pF1KSD VLEHPARVEPFYAVLESPSFSLMGILLRIASGTRLSIPITSNTLIYYHPHPEDIKFHLYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VLEHPARVEPFYAVLESPSFSLMGILLRIASGTRLSIPITSNTLIYYHPHPEDIKFHLYL
280 290 300 310 320 330
240 250 260 270 280 290
pF1KSD VPSDALLTKAIDDEEDRFHGVRLQTSPPMEPLNFGSSYIVSNSANLKVMPKELKLSYRSP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VPSDALLTKAIDDEEDRFHGVRLQTSPPMEPLNFGSSYIVSNSANLKVMPKWISSL
340 350 360 370 380 390
300 310 320 330 340 350
pF1KSD GEIQHFSKFYAGQMKEPIQLEITEKRHGTLVWDTEVKPVDLQLVAASAPPPFSGAAFVKE
>>CCDS42244.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1443 aa)
initn: 720 init1: 457 opt: 945 Z-score: 1107.1 bits: 215.7 E(32554): 2.4e-55
Smith-Waterman score: 1041; 43.0% identity (70.5% similar) in 407 aa overlap (36-429:1029-1432)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD QSHYCSVLFLSVNYLGGTFPGDICSEENQIVSSYASKVCFEIEEDYKNRQFLGPEGNVDV
: : ::. .. . . .: :: : : .
CCDS42 LKLLDVSKIFPIAEIAEESSPEVVPVELLCVPSPASQGDLHTKPLGTDDDFWGPTGPVAT
1000 1010 1020 1030 1040 1050
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ELIDKSTNRYSVWFPTAGWYLWSATGLGFLVRDEVTVTIAFGSWSQHLALDLQHHEQWLV
:..:: : : : ::.:: : : ::: :..:. ::: : : :.: :. ... ...:.:
CCDS42 EVVDKEKNLYRVHFPVAGSYRWPNTGLCFVMREAVTVEIEFCVWDQFLG-EINPQHSWMV
1060 1070 1080 1090 1100 1110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GGPLFDVTAEPEEAVAEIHLPHFISLQG-EVDVSWFLVAHFKNEGMVLEHPARVEPFYAV
.:::.:. ::: :: .:::::..::: .::.: : .::::.:::.::.::::: . :
CCDS42 AGPLLDIKAEPG-AVEAVHLPHFVALQGGHVDTSLFQMAHFKEEGMLLEKPARVELHHIV
1120 1130 1140 1150 1160 1170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LESPSFSLMGILLRIASGTRLSIPITSNTLIYYHPHPEDIKFHLYLVPSDALLTKAIDDE
::.:::: .:.::.. .. ::.:: .:.:.. :::.. :::::.::: . :::::
CCDS42 LENPSFSPLGVLLKMIHNALRFIPVTSVVLLYHRVHPEEVTFHLYLIPSDCSIRKAIDDL
1180 1190 1200 1210 1220 1230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD EDRFHGVRLQTSPPMEPLNFGSSYIVSNSAN--LKVMPKELKLSYRSPGEIQHFSKFYAG
: .:. ::.. ::. :: .: : ::.:.. :...::::.: :::::: : ::.::.:
CCDS42 EMKFQFVRIHKPPPLTPLYMGCRYTVSGSGSGMLEILPKELELCYRSPGEDQLFSEFYVG
1240 1250 1260 1270 1280 1290
310 320 330 340 350
pF1KSD QMKEPIQLEITEKRHGTLVWDTEVKPVDLQLVAASAPP-------PFSGAA---FVKENH
.. :.:.. .:. ::::.. ::: ::. ... :: :... :: . .
CCDS42 HLGSGIRLQVKDKKDETLVWEALVKPGDLMPATTLIPPARIAVPSPLDAPQLLHFVDQYR
1300 1310 1320 1330 1340 1350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD RQLQARMGDLKGVLDDLQDNEVLTENEKELVEQEKTRQSKNEALLSMVEKKGDLALDVLF
.:: ::. ... ::: :. ..::.... : : :.:: :. . :.:. .. : :.
CCDS42 EQLIARVTSVEVVLDKLH-GQVLSQEQYERVLAENTRPSQMRKLFSLSQSWDRKCKDGLY
1360 1370 1380 1390 1400 1410
420 430
pF1KSD RSISERDPYLVSYLRQQNL
....: :.:. : ..
CCDS42 QALKETHPHLIMELWEKGSKKGLLPLSS
1420 1430 1440
>>CCDS42246.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1473 aa)
initn: 720 init1: 457 opt: 945 Z-score: 1106.9 bits: 215.7 E(32554): 2.5e-55
Smith-Waterman score: 1041; 43.0% identity (70.5% similar) in 407 aa overlap (36-429:1059-1462)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD QSHYCSVLFLSVNYLGGTFPGDICSEENQIVSSYASKVCFEIEEDYKNRQFLGPEGNVDV
: : ::. .. . . .: :: : : .
CCDS42 LKLLDVSKIFPIAEIAEESSPEVVPVELLCVPSPASQGDLHTKPLGTDDDFWGPTGPVAT
1030 1040 1050 1060 1070 1080
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ELIDKSTNRYSVWFPTAGWYLWSATGLGFLVRDEVTVTIAFGSWSQHLALDLQHHEQWLV
:..:: : : : ::.:: : : ::: :..:. ::: : : :.: :. ... ...:.:
CCDS42 EVVDKEKNLYRVHFPVAGSYRWPNTGLCFVMREAVTVEIEFCVWDQFLG-EINPQHSWMV
1090 1100 1110 1120 1130 1140
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GGPLFDVTAEPEEAVAEIHLPHFISLQG-EVDVSWFLVAHFKNEGMVLEHPARVEPFYAV
.:::.:. ::: :: .:::::..::: .::.: : .::::.:::.::.::::: . :
CCDS42 AGPLLDIKAEPG-AVEAVHLPHFVALQGGHVDTSLFQMAHFKEEGMLLEKPARVELHHIV
1150 1160 1170 1180 1190 1200
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LESPSFSLMGILLRIASGTRLSIPITSNTLIYYHPHPEDIKFHLYLVPSDALLTKAIDDE
::.:::: .:.::.. .. ::.:: .:.:.. :::.. :::::.::: . :::::
CCDS42 LENPSFSPLGVLLKMIHNALRFIPVTSVVLLYHRVHPEEVTFHLYLIPSDCSIRKAIDDL
1210 1220 1230 1240 1250 1260
250 260 270 280 290 300
pF1KSD EDRFHGVRLQTSPPMEPLNFGSSYIVSNSAN--LKVMPKELKLSYRSPGEIQHFSKFYAG
: .:. ::.. ::. :: .: : ::.:.. :...::::.: :::::: : ::.::.:
CCDS42 EMKFQFVRIHKPPPLTPLYMGCRYTVSGSGSGMLEILPKELELCYRSPGEDQLFSEFYVG
1270 1280 1290 1300 1310 1320
310 320 330 340 350
pF1KSD QMKEPIQLEITEKRHGTLVWDTEVKPVDLQLVAASAPP-------PFSGAA---FVKENH
.. :.:.. .:. ::::.. ::: ::. ... :: :... :: . .
CCDS42 HLGSGIRLQVKDKKDETLVWEALVKPGDLMPATTLIPPARIAVPSPLDAPQLLHFVDQYR
1330 1340 1350 1360 1370 1380
360 370 380 390 400 410
pF1KSD RQLQARMGDLKGVLDDLQDNEVLTENEKELVEQEKTRQSKNEALLSMVEKKGDLALDVLF
.:: ::. ... ::: :. ..::.... : : :.:: :. . :.:. .. : :.
CCDS42 EQLIARVTSVEVVLDKLH-GQVLSQEQYERVLAENTRPSQMRKLFSLSQSWDRKCKDGLY
1390 1400 1410 1420 1430 1440
420 430
pF1KSD RSISERDPYLVSYLRQQNL
....: :.:. : ..
CCDS42 QALKETHPHLIMELWEKGSKKGLLPLSS
1450 1460 1470
>>CCDS32537.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1375 aa)
initn: 681 init1: 457 opt: 924 Z-score: 1082.6 bits: 211.1 E(32554): 5.5e-54
Smith-Waterman score: 924; 48.6% identity (74.0% similar) in 296 aa overlap (36-328:1063-1356)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD QSHYCSVLFLSVNYLGGTFPGDICSEENQIVSSYASKVCFEIEEDYKNRQFLGPEGNVDV
: : ::. .. . . .: :: : : .
CCDS32 DVSKIFPIAEIAGKSHEESSPEVVPVELLCVPSPASQGDLHTKPLGTDDDFWGPTGPVAT
1040 1050 1060 1070 1080 1090
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ELIDKSTNRYSVWFPTAGWYLWSATGLGFLVRDEVTVTIAFGSWSQHLALDLQHHEQWLV
:..:: : : : ::.:: : : ::: :..:. ::: : : :.: :. ... ...:.:
CCDS32 EVVDKEKNLYRVHFPVAGSYRWPNTGLCFVMREAVTVEIEFCVWDQFLG-EINPQHSWMV
1100 1110 1120 1130 1140 1150
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GGPLFDVTAEPEEAVAEIHLPHFISLQG-EVDVSWFLVAHFKNEGMVLEHPARVEPFYAV
.:::.:. ::: :: .:::::..::: .::.: : .::::.:::.::.::::: . :
CCDS32 AGPLLDIKAEPG-AVEAVHLPHFVALQGGHVDTSLFQMAHFKEEGMLLEKPARVELHHIV
1160 1170 1180 1190 1200 1210
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LESPSFSLMGILLRIASGTRLSIPITSNTLIYYHPHPEDIKFHLYLVPSDALLTKAIDDE
::.:::: .:.::.. .. ::.:: .:.:.. :::.. :::::.::: . :::::
CCDS32 LENPSFSPLGVLLKMIHNALRFIPVTSVVLLYHRVHPEEVTFHLYLIPSDCSIRKAIDDL
1220 1230 1240 1250 1260 1270
250 260 270 280 290 300
pF1KSD EDRFHGVRLQTSPPMEPLNFGSSYIVSNSAN--LKVMPKELKLSYRSPGEIQHFSKFYAG
: .:. ::.. ::. :: .: : ::.:.. :...::::.: :::::: : ::.::.:
CCDS32 EMKFQFVRIHKPPPLTPLYMGCRYTVSGSGSGMLEILPKELELCYRSPGEDQLFSEFYVG
1280 1290 1300 1310 1320 1330
310 320 330 340 350 360
pF1KSD QMKEPIQLEITEKRHGTLVWDTEVKPVDLQLVAASAPPPFSGAAFVKENHRQLQARMGDL
.. :.:.. .:. ::::.. :::
CCDS32 HLGSGIRLQVKDKKDETLVWEALVKPGRNTSQPWNLRCNRDARRY
1340 1350 1360 1370
>>CCDS58508.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1399 aa)
initn: 613 init1: 350 opt: 632 Z-score: 738.3 bits: 147.4 E(32554): 8.4e-35
Smith-Waterman score: 825; 38.5% identity (63.5% similar) in 405 aa overlap (36-429:1029-1388)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD QSHYCSVLFLSVNYLGGTFPGDICSEENQIVSSYASKVCFEIEEDYKNRQFLGPEGNVDV
: : ::. .. . . .: :: : : .
CCDS58 LKLLDVSKIFPIAEIAEESSPEVVPVELLCVPSPASQGDLHTKPLGTDDDFWGPTGPVAT
1000 1010 1020 1030 1040 1050
70 80 90 100 110 120
pF1KSD ELIDKSTNRYSVWFPTAGWYLWSATGLGFLVRDEVTVTIAFGSWSQHLALDLQHHEQWLV
:..:: : : : ::.:: : : ::: :..:. ::: : : :.: :. ... ...:.:
CCDS58 EVVDKEKNLYRVHFPVAGSYRWPNTGLCFVMREAVTVEIEFCVWDQFLG-EINPQHSWMV
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130 140 150 160 170 180
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