Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0941
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0941, 512 aa
1>>>pF1KSDA0941 512 - 512 aa - 512 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0975+/-0.000435; mu= 10.3180+/- 0.027
mean_var=125.7874+/-25.606, 0's: 0 Z-trim(113.6): 132 B-trim: 105 in 1/55
Lambda= 0.114355
statistics sampled from 22822 (22984) to 22822 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.633), E-opt: 0.2 (0.269), width: 16
Scan time: 9.430
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055719 (OMIM: 608599) rab11 family-interacting ( 512) 3363 566.5 6.3e-161
XP_016871415 (OMIM: 608599) PREDICTED: rab11 famil ( 433) 2778 470.0 6.3e-132
NP_001317096 (OMIM: 608599) rab11 family-interacti ( 532) 2774 469.4 1.2e-131
NP_079427 (OMIM: 608737) rab11 family-interacting ( 649) 860 153.7 1.6e-36
XP_016869358 (OMIM: 608737) PREDICTED: rab11 famil (1175) 860 153.8 2.5e-36
NP_001002814 (OMIM: 608737) rab11 family-interacti (1283) 860 153.8 2.7e-36
XP_005264310 (OMIM: 605536) PREDICTED: rab11 famil ( 531) 473 89.8 2.2e-17
XP_011531058 (OMIM: 605536) PREDICTED: rab11 famil ( 540) 473 89.8 2.2e-17
XP_011531057 (OMIM: 605536) PREDICTED: rab11 famil ( 546) 473 89.8 2.3e-17
XP_011531056 (OMIM: 605536) PREDICTED: rab11 famil ( 574) 473 89.8 2.4e-17
NP_056285 (OMIM: 605536) rab11 family-interacting ( 653) 473 89.8 2.6e-17
XP_005264308 (OMIM: 605536) PREDICTED: rab11 famil (1218) 473 90.0 4.3e-17
XP_006712048 (OMIM: 605536) PREDICTED: rab11 famil (1249) 473 90.0 4.4e-17
XP_005264309 (OMIM: 605536) PREDICTED: rab11 famil (1324) 473 90.0 4.6e-17
XP_011531055 (OMIM: 605536) PREDICTED: rab11 famil (1118) 352 70.0 4.1e-11
XP_016859277 (OMIM: 605536) PREDICTED: rab11 famil (1073) 215 47.4 0.00025
XP_011514025 (OMIM: 607943) PREDICTED: ras GTPase- ( 682) 187 42.6 0.0043
NP_001073346 (OMIM: 607943) ras GTPase-activating ( 757) 187 42.7 0.0047
XP_016867151 (OMIM: 607943) PREDICTED: ras GTPase- ( 794) 187 42.7 0.0049
NP_008920 (OMIM: 607943) ras GTPase-activating pro ( 803) 187 42.7 0.0049
XP_016867150 (OMIM: 607943) PREDICTED: ras GTPase- ( 840) 187 42.7 0.0051
>>NP_055719 (OMIM: 608599) rab11 family-interacting prot (512 aa)
initn: 3363 init1: 3363 opt: 3363 Z-score: 3010.1 bits: 566.5 E(85289): 6.3e-161
Smith-Waterman score: 3363; 100.0% identity (100.0% similar) in 512 aa overlap (1-512:1-512)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVAEKTLEPVW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVAEKTLEPVW
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD KEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 KEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SDTSSAIIPSTHMPDANSEFSSGEIQMKSKPKKPFLLGPQRLSSAHSMSDLSGSHMSSEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SDTSSAIIPSTHMPDANSEFSSGEIQMKSKPKKPFLLGPQRLSSAHSMSDLSGSHMSSEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSLKSPHRRTLSFDTSKMNQPDSIVDEGELCFGRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSLKSPHRRTLSFDTSKMNQPDSIVDEGELCFGRQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NDPFTNVTASLPQKFATLPRKKNPFEESSETWDSSMNLFSKPIEIRKENKREKREKVSLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NDPFTNVTASLPQKFATLPRKKNPFEESSETWDSSMNLFSKPIEIRKENKREKREKVSLF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD ERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPCDLKSPNAFSENRQDYFDYESTNPFTAKFRASNIMPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPCDLKSPNAFSENRQDYFDYESTNPFTAKFRASNIMPS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SSFHMSPTSNEDLRKIPDSNPFDATAGYRSLTYEEVLQELVKHKELLRRKDTHIRELEDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SSFHMSPTSNEDLRKIPDSNPFDATAGYRSLTYEEVLQELVKHKELLRRKDTHIRELEDY
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KSD IDNLLVRVMEETPSILRVPYEPSRKAGKFSNS
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 IDNLLVRVMEETPSILRVPYEPSRKAGKFSNS
490 500 510
>>XP_016871415 (OMIM: 608599) PREDICTED: rab11 family-in (433 aa)
initn: 2807 init1: 2778 opt: 2778 Z-score: 2489.5 bits: 470.0 E(85289): 6.3e-132
Smith-Waterman score: 2778; 99.8% identity (100.0% similar) in 423 aa overlap (1-423:1-423)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVAEKTLEPVW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVAEKTLEPVW
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD KEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SDTSSAIIPSTHMPDANSEFSSGEIQMKSKPKKPFLLGPQRLSSAHSMSDLSGSHMSSEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SDTSSAIIPSTHMPDANSEFSSGEIQMKSKPKKPFLLGPQRLSSAHSMSDLSGSHMSSEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSLKSPHRRTLSFDTSKMNQPDSIVDEGELCFGRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSLKSPHRRTLSFDTSKMNQPDSIVDEGELCFGRQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NDPFTNVTASLPQKFATLPRKKNPFEESSETWDSSMNLFSKPIEIRKENKREKREKVSLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NDPFTNVTASLPQKFATLPRKKNPFEESSETWDSSMNLFSKPIEIRKENKREKREKVSLF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD ERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPCDLKSPNAFSENRQDYFDYESTNPFTAKFRASNIMPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPCDLKSPNAFSENRQDYFDYESTNPFTAKFRASNIMPS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SSFHMSPTSNEDLRKIPDSNPFDATAGYRSLTYEEVLQELVKHKELLRRKDTHIRELEDY
::.
XP_016 SSWSHGAIFYVIP
430
>>NP_001317096 (OMIM: 608599) rab11 family-interacting p (532 aa)
initn: 3344 init1: 2772 opt: 2774 Z-score: 2484.7 bits: 469.4 E(85289): 1.2e-131
Smith-Waterman score: 3307; 96.1% identity (96.1% similar) in 532 aa overlap (1-512:1-532)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVAEKTLEPVW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVAEKTLEPVW
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD KEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SDTSSAIIPSTHMPDANSEFSSGEIQMKSKPKKPFLLGPQRLSSAHSMSDLSGSHMSSEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SDTSSAIIPSTHMPDANSEFSSGEIQMKSKPKKPFLLGPQRLSSAHSMSDLSGSHMSSEK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSLKSPHRRTLSFDTSKMNQPDSIVDEGELCFGRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSLKSPHRRTLSFDTSKMNQPDSIVDEGELCFGRQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NDPFTNVTASLPQKFATLPRKKNPFEESSETWDSSMNLFSKPIEIRKENKREKREKVSLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NDPFTNVTASLPQKFATLPRKKNPFEESSETWDSSMNLFSKPIEIRKENKREKREKVSLF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD ERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPCDLKSPNAFSENRQDYFDYESTNPFTAKFRASNIMPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPCDLKSPNAFSENRQDYFDYESTNPFTAKFRASNIMPS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KSD SS--------------------FHMSPTSNEDLRKIPDSNPFDATAGYRSLTYEEVLQEL
: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SRNTLLTPAVAEWRGSLRWAELFHMSPTSNEDLRKIPDSNPFDATAGYRSLTYEEVLQEL
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510
pF1KSD VKHKELLRRKDTHIRELEDYIDNLLVRVMEETPSILRVPYEPSRKAGKFSNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VKHKELLRRKDTHIRELEDYIDNLLVRVMEETPSILRVPYEPSRKAGKFSNS
490 500 510 520 530
>>NP_079427 (OMIM: 608737) rab11 family-interacting prot (649 aa)
initn: 1062 init1: 562 opt: 860 Z-score: 776.8 bits: 153.7 E(85289): 1.6e-36
Smith-Waterman score: 860; 47.0% identity (70.1% similar) in 345 aa overlap (10-341:15-351)
10 20 30 40 50
pF1KSD MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVAEKT
: :::::::::::. :. :: .::.:.:..::.:::::.:::.:..
NP_079 MSLMVSAGRGLGAVWSPTHVQVTVLQARGLRAKGPGGTSDAYAVIQVGKEKYATSVSERS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD L-EPVWKEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAINLNDIFEDKQR
: :::.:::.::::.:: .: : : :.::.:.:::::::.. ..: :. .:. :
NP_079 LGAPVWREEATFELPSLLSSGPAAAATLQLTVLHRALLGLDKFLGRAEVDLRDLHRDQGR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD RKTEWFRLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGR
:::.:..:.:: ::. :.::::.:.::::::::::::::::::::.:.::.:::::.::
NP_079 RKTQWYKLKSKPGKKDKERGEIEVDIQFMRNNMTASMFDLSMKDKSRNPFGKLKDKIKG-
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD KNDGTFSDTSSAIIPSTHMPDANSEFSSGEIQMKSKPKKPFLLGP---QRLSSAHSMSDL
:: . :::.::::::: :...:. : . :.: : ::. :. ..::: :
NP_079 KNKDSGSDTASAIIPST-TPSVDSDDESVVKDKKKKSKIKTLLSKSNLQKTPLSQSMSVL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KSD SGSHMSSEKLKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSLKS--PHRRTLSFDTSKMNQPDSI
:. . :. : . :. : : . ::.: .. :.:: : : ...:: .
NP_079 PTSKPEKVLLRPGDF-QS-----QWDEDDNEDESSSASDVMSHKRTASTDLKQLNQVNFT
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD VDEGE-LCF-G---RQNDPFT--NVTASLPQKFATLPRKKNPFEESSETWDSSMNLFSKP
. . : : : : .:: .. :: . . . :. :. ...:: . . : . : :
NP_079 LPKKEGLSFLGGLRSKNDVLSRSNVCINGNHVYLEQPEAKGEIKDSSPSSSPSPKGFRKK
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD IEIRKENKREKREKVSLFERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPCDLKSPNAFSENRQDYFDY
NP_079 HLFSSTENLAAGSWKEPAEGGGLSSDRQLSESSTKDSLKSMTLPSYRPAPLVSGDLRENM
360 370 380 390 400 410
>--
initn: 357 init1: 258 opt: 258 Z-score: 240.1 bits: 54.3 E(85289): 1.2e-06
Smith-Waterman score: 258; 55.1% identity (85.5% similar) in 69 aa overlap (440-508:580-648)
410 420 430 440 450 460
pF1KSD AKFRASNIMPSSSFHMSPTSNEDLRKIPDSNPFDATAGYRSLTYEEVLQELVKHKELLRR
.: : . .: .::..:..: ..:.:: . .
NP_079 AMATKVANCSLGTATIISENLNNEVMMKKYSPSDPAFAYAQLTHDELIQLVLKQKETISK
550 560 570 580 590 600
470 480 490 500 510
pF1KSD KDTHIRELEDYIDNLLVRVMEETPSILRVPYEPSRKAGKFSNS
:. ..:::::::::::::::::::.:::.: . ..::::
NP_079 KEFQVRELEDYIDNLLVRVMEETPNILRIPTQVGKKAGKM
610 620 630 640
>>XP_016869358 (OMIM: 608737) PREDICTED: rab11 family-in (1175 aa)
initn: 818 init1: 562 opt: 860 Z-score: 773.1 bits: 153.8 E(85289): 2.5e-36
Smith-Waterman score: 860; 47.0% identity (70.1% similar) in 345 aa overlap (10-341:15-351)
10 20 30 40 50
pF1KSD MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVAEKT
: :::::::::::. :. :: .::.:.:..::.:::::.:::.:..
XP_016 MSLMVSAGRGLGAVWSPTHVQVTVLQARGLRAKGPGGTSDAYAVIQVGKEKYATSVSERS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD L-EPVWKEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAINLNDIFEDKQR
: :::.:::.::::.:: .: : : :.::.:.:::::::.. ..: :. .:. :
XP_016 LGAPVWREEATFELPSLLSSGPAAAATLQLTVLHRALLGLDKFLGRAEVDLRDLHRDQGR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD RKTEWFRLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGR
:::.:..:.:: ::. :.::::.:.::::::::::::::::::::.:.::.:::::.::
XP_016 RKTQWYKLKSKPGKKDKERGEIEVDIQFMRNNMTASMFDLSMKDKSRNPFGKLKDKIKG-
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD KNDGTFSDTSSAIIPSTHMPDANSEFSSGEIQMKSKPKKPFLLGP---QRLSSAHSMSDL
:: . :::.::::::: :...:. : . :.: : ::. :. ..::: :
XP_016 KNKDSGSDTASAIIPST-TPSVDSDDESVVKDKKKKSKIKTLLSKSNLQKTPLSQSMSVL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KSD SGSHMSSEKLKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSLKS--PHRRTLSFDTSKMNQPDSI
:. . :. : . :. : : . ::.: .. :.:: : : ...:: .
XP_016 PTSKPEKVLLRPGDF-QS-----QWDEDDNEDESSSASDVMSHKRTASTDLKQLNQVNFT
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD VDEGE-LCF-G---RQNDPFT--NVTASLPQKFATLPRKKNPFEESSETWDSSMNLFSKP
. . : : : : .:: .. :: . . . :. :. ...:: . . : . : :
XP_016 LPKKEGLSFLGGLRSKNDVLSRSNVCINGNHVYLEQPEAKGEIKDSSPSSSPSPKGFRKK
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD IEIRKENKREKREKVSLFERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPCDLKSPNAFSENRQDYFDY
XP_016 HLFSSTENLAAGSWKEPAEGGGLSSDRQLSESSTKDSLKSMTLPSYRPAPLVSGDLRENM
360 370 380 390 400 410
>>NP_001002814 (OMIM: 608737) rab11 family-interacting p (1283 aa)
initn: 1062 init1: 562 opt: 860 Z-score: 772.5 bits: 153.8 E(85289): 2.7e-36
Smith-Waterman score: 860; 47.0% identity (70.1% similar) in 345 aa overlap (10-341:15-351)
10 20 30 40 50
pF1KSD MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPKGKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVAEKT
: :::::::::::. :. :: .::.:.:..::.:::::.:::.:..
NP_001 MSLMVSAGRGLGAVWSPTHVQVTVLQARGLRAKGPGGTSDAYAVIQVGKEKYATSVSERS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD L-EPVWKEEASFELPGLLIQGSPEKYILFLIVMHRSLVGLDKFLGQVAINLNDIFEDKQR
: :::.:::.::::.:: .: : : :.::.:.:::::::.. ..: :. .:. :
NP_001 LGAPVWREEATFELPSLLSSGPAAAATLQLTVLHRALLGLDKFLGRAEVDLRDLHRDQGR
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD RKTEWFRLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDLSMKDKTRSPFAKLKDKMKGR
:::.:..:.:: ::. :.::::.:.::::::::::::::::::::.:.::.:::::.::
NP_001 RKTQWYKLKSKPGKKDKERGEIEVDIQFMRNNMTASMFDLSMKDKSRNPFGKLKDKIKG-
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD KNDGTFSDTSSAIIPSTHMPDANSEFSSGEIQMKSKPKKPFLLGP---QRLSSAHSMSDL
:: . :::.::::::: :...:. : . :.: : ::. :. ..::: :
NP_001 KNKDSGSDTASAIIPST-TPSVDSDDESVVKDKKKKSKIKTLLSKSNLQKTPLSQSMSVL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KSD SGSHMSSEKLKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSLKS--PHRRTLSFDTSKMNQPDSI
:. . :. : . :. : : . ::.: .. :.:: : : ...:: .
NP_001 PTSKPEKVLLRPGDF-QS-----QWDEDDNEDESSSASDVMSHKRTASTDLKQLNQVNFT
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD VDEGE-LCF-G---RQNDPFT--NVTASLPQKFATLPRKKNPFEESSETWDSSMNLFSKP
. . : : : : .:: .. :: . . . :. :. ...:: . . : . : :
NP_001 LPKKEGLSFLGGLRSKNDVLSRSNVCINGNHVYLEQPEAKGEIKDSSPSSSPSPKGFRKK
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD IEIRKENKREKREKVSLFERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPCDLKSPNAFSENRQDYFDY
NP_001 HLFSSTENLAAGSWKEPAEGGGLSSDRQLSESSTKDSLKSMTLPSYRPAPLVSGDLRENM
360 370 380 390 400 410
>--
initn: 327 init1: 258 opt: 277 Z-score: 252.7 bits: 57.7 E(85289): 2.4e-07
Smith-Waterman score: 277; 27.4% identity (56.4% similar) in 266 aa overlap (251-508:1022-1282)
230 240 250 260 270 280
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.::. : .: ..:. .: ..: :
NP_001 STLDIGALSLGLVVPCPERGKGPSGEADRLVLGEGLCDFRLQAPQASVTAPSEQTTEFGI
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pF1KSD SKMNQPDSIVDEGEL---CFGRQNDPFTNVTASLPQKFATLPRKKNPFEESSETWDSSMN
: . : . .: :... :. : . : : .: . : :: . . .
NP_001 HKPHLGKSSSLDKQLPGPSGGEEEKPMGNGSPSPPP--GTSLDNPVPSPSPSEIFPVTHS
1060 1070 1080 1090 1100
340 350 360 370 380 390
pF1KSD LFSKPIEIRKENKREKREKVSLFERVTGKKDS--RRSDKLNNGGSDS---PCDLKSPNAF
. :. .... . .: . : .:. .. .:. :. : : : . . .
NP_001 FPSSAHSDTHHTSTAESQKKATAEGSAGRVENFGKRKPLLQAWVSPSETHPVSAQPGAGT
1110 1120 1130 1140 1150 1160
400 410 420 430 440 450
pF1KSD SENRQDYFDYESTNPFTAKFRASNIMPSSSFHMSPTSNEDLRKIPDSNPFDATAGYRSLT
. .. . : ...: :. . .... .:: . : .: : . .: .::
NP_001 GSAKHRLHPVKPMNAMATKV-ANCSLGTATIISENLNNEVMMK--KYSPSDPAFAYAQLT
1170 1180 1190 1200 1210 1220
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pF1KSD YEEVLQELVKHKELLRRKDTHIRELEDYIDNLLVRVMEETPSILRVPYEPSRKAGKFSNS
..:..: ..:.:: . .:. ..:::::::::::::::::::.:::.: . ..::::
NP_001 HDELIQLVLKQKETISKKEFQVRELEDYIDNLLVRVMEETPNILRIPTQVGKKAGKM
1230 1240 1250 1260 1270 1280
>>XP_005264310 (OMIM: 605536) PREDICTED: rab11 family-in (531 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KSD MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPK--GKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVA
.:.:::::::::.:. :. : : ..:.:.::.::.:.:::::::.
XP_005 MALVRGAEPAAGPSRWLPTHVQVTVLRARGLRGKSSGAGSTSDAYTVIQVGREKYSTSVV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90
pF1KSD EKTLE-PVWKEEASFELP-----GLL----IQGSPEKYI--------LFLIVMHRSLVGL
::: : :.:: ::::: ::: ...: . : : .:::::.:.
XP_005 EKTHGCPEWREECSFELPPGALDGLLRAQEADAGPAPWAASSAAACELVLTTMHRSLIGV
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KSD DKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWFRLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDL
::::::... :...: . ..:.:..:.:: ::. :.::::.:.::: :::..::::::
XP_005 DKFLGQATVALDEVFGAGRAQHTQWYKLHSKPGKKEKERGEIEVTIQFTRNNLSASMFDL
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200
pF1KSD SMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTFSDTSSAIIPSTHM--PDANSEFSSGEIQ---MKS
::::: ::::.:..:::::.:. ...:::.::. . :: .: . :. . ...
XP_005 SMKDKPRSPFSKIRDKMKGKKKYDL--ESASAILPSSAIEDPDLGSLGKMGKAKGFFLRN
190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KSD KPKKPFLLGPQR-LSSAHSMSDLSGSHMSSEKLKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSL
: .: : . :.: ..:. ::: .. . : . .. . :.. : . :
XP_005 KLRKSSLTQSNTSLGSDSTLSSASGS-LAYQGPGAELLTRSPSRSSWLSTEGGRDSAQSP
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KSD KS-PHRRTLSFDTSKMN--QPDSIVD-EGELCFGRQNDPFTNVTASLPQKFATLPRKKNP
: :.:: : ....: : ...: .:.:
XP_005 KLFTHKRTYSDEANQMRVAPPRALLDLQGHLDAASRSSLCVNGSHIYNEEPQGPVRHRSS
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KSD FEESSETWDSSMNLFSKPIEIRKENKREKREKVSLFERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPC
XP_005 ISGSLPSSGSLQAVSSRFSEEGPRSTDDTWPRGSRSNSSSEAVLGQEELSAQAKVLAPGA
360 370 380 390 400 410
>>XP_011531058 (OMIM: 605536) PREDICTED: rab11 family-in (540 aa)
initn: 579 init1: 413 opt: 473 Z-score: 432.9 bits: 89.8 E(85289): 2.2e-17
Smith-Waterman score: 687; 42.0% identity (68.5% similar) in 317 aa overlap (9-295:15-328)
10 20 30 40 50
pF1KSD MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPK--GKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVA
.:.:::::::::.:. :. : : ..:.:.::.::.:.:::::::.
XP_011 MALVRGAEPAAGPSRWLPTHVQVTVLRARGLRGKSSGAGSTSDAYTVIQVGREKYSTSVV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90
pF1KSD EKTLE-PVWKEEASFELP-----GLL----IQGSPEKYI--------LFLIVMHRSLVGL
::: : :.:: ::::: ::: ...: . : : .:::::.:.
XP_011 EKTHGCPEWREECSFELPPGALDGLLRAQEADAGPAPWAASSAAACELVLTTMHRSLIGV
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KSD DKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWFRLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDL
::::::... :...: . ..:.:..:.:: ::. :.::::.:.::: :::..::::::
XP_011 DKFLGQATVALDEVFGAGRAQHTQWYKLHSKPGKKEKERGEIEVTIQFTRNNLSASMFDL
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200
pF1KSD SMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTFSDTSSAIIPSTHM--PDANSEFSSGEIQ---MKS
::::: ::::.:..:::::.:. ...:::.::. . :: .: . :. . ...
XP_011 SMKDKPRSPFSKIRDKMKGKKKYDL--ESASAILPSSAIEDPDLGSLGKMGKAKGFFLRN
190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KSD KPKKPFLLGPQR-LSSAHSMSDLSGSHMSSEKLKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSL
: .: : . :.: ..:. ::: .. . : . .. . :.. : . :
XP_011 KLRKSSLTQSNTSLGSDSTLSSASGS-LAYQGPGAELLTRSPSRSSWLSTEGGRDSAQSP
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KSD KS-PHRRTLSFDTSKMN--QPDSIVD-EGELCFGRQNDPFTNVTASLPQKFATLPRKKNP
: :.:: : ....: : ...: .:.:
XP_011 KLFTHKRTYSDEANQMRVAPPRALLDLQGHLDAASRSSLCVNGSHIYNEEPQGPVRHRSS
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KSD FEESSETWDSSMNLFSKPIEIRKENKREKREKVSLFERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPC
XP_011 ISGSLPSSGSLQAVSSRFSEEGPRSTDDTWPRGSRSNSSSEAVLGQEELSAQAKVLAPGA
360 370 380 390 400 410
>>XP_011531057 (OMIM: 605536) PREDICTED: rab11 family-in (546 aa)
initn: 579 init1: 413 opt: 473 Z-score: 432.9 bits: 89.8 E(85289): 2.3e-17
Smith-Waterman score: 687; 42.0% identity (68.5% similar) in 317 aa overlap (9-295:15-328)
10 20 30 40 50
pF1KSD MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPK--GKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVA
.:.:::::::::.:. :. : : ..:.:.::.::.:.:::::::.
XP_011 MALVRGAEPAAGPSRWLPTHVQVTVLRARGLRGKSSGAGSTSDAYTVIQVGREKYSTSVV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90
pF1KSD EKTLE-PVWKEEASFELP-----GLL----IQGSPEKYI--------LFLIVMHRSLVGL
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XP_011 EKTHGCPEWREECSFELPPGALDGLLRAQEADAGPAPWAASSAAACELVLTTMHRSLIGV
70 80 90 100 110 120
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pF1KSD DKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWFRLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDL
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XP_011 DKFLGQATVALDEVFGAGRAQHTQWYKLHSKPGKKEKERGEIEVTIQFTRNNLSASMFDL
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200
pF1KSD SMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTFSDTSSAIIPSTHM--PDANSEFSSGEIQ---MKS
::::: ::::.:..:::::.:. ...:::.::. . :: .: . :. . ...
XP_011 SMKDKPRSPFSKIRDKMKGKKKYDL--ESASAILPSSAIEDPDLGSLGKMGKAKGFFLRN
190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KSD KPKKPFLLGPQR-LSSAHSMSDLSGSHMSSEKLKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSL
: .: : . :.: ..:. ::: .. . : . .. . :.. : . :
XP_011 KLRKSSLTQSNTSLGSDSTLSSASGS-LAYQGPGAELLTRSPSRSSWLSTEGGRDSAQSP
240 250 260 270 280 290
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pF1KSD KS-PHRRTLSFDTSKMN--QPDSIVD-EGELCFGRQNDPFTNVTASLPQKFATLPRKKNP
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XP_011 KLFTHKRTYSDEANQMRVAPPRALLDLQGHLDAASRSSLCVNGSHIYNEEPQGPVRHRSS
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KSD FEESSETWDSSMNLFSKPIEIRKENKREKREKVSLFERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPC
XP_011 ISGSLPSSGSLQAVSSRFSEEGPRSTDDTWPRGSRSNSSSEAVLGQEELSAQAKVLAPGA
360 370 380 390 400 410
>>XP_011531056 (OMIM: 605536) PREDICTED: rab11 family-in (574 aa)
initn: 579 init1: 413 opt: 473 Z-score: 432.6 bits: 89.8 E(85289): 2.4e-17
Smith-Waterman score: 687; 42.0% identity (68.5% similar) in 317 aa overlap (9-295:15-328)
10 20 30 40 50
pF1KSD MMLSEQAQKWFPTHVQVTVLQAKDLKPK--GKSGTNDTYTIIQLGKEKYSTSVA
.:.:::::::::.:. :. : : ..:.:.::.::.:.:::::::.
XP_011 MALVRGAEPAAGPSRWLPTHVQVTVLRARGLRGKSSGAGSTSDAYTVIQVGREKYSTSVV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90
pF1KSD EKTLE-PVWKEEASFELP-----GLL----IQGSPEKYI--------LFLIVMHRSLVGL
::: : :.:: ::::: ::: ...: . : : .:::::.:.
XP_011 EKTHGCPEWREECSFELPPGALDGLLRAQEADAGPAPWAASSAAACELVLTTMHRSLIGV
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KSD DKFLGQVAINLNDIFEDKQRRKTEWFRLESKQGKRIKNRGEIKVNIQFMRNNMTASMFDL
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XP_011 DKFLGQATVALDEVFGAGRAQHTQWYKLHSKPGKKEKERGEIEVTIQFTRNNLSASMFDL
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200
pF1KSD SMKDKTRSPFAKLKDKMKGRKNDGTFSDTSSAIIPSTHM--PDANSEFSSGEIQ---MKS
::::: ::::.:..:::::.:. ...:::.::. . :: .: . :. . ...
XP_011 SMKDKPRSPFSKIRDKMKGKKKYDL--ESASAILPSSAIEDPDLGSLGKMGKAKGFFLRN
190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KSD KPKKPFLLGPQR-LSSAHSMSDLSGSHMSSEKLKAGTIGQTHLLGHQLDSFGTVPESGSL
: .: : . :.: ..:. ::: .. . : . .. . :.. : . :
XP_011 KLRKSSLTQSNTSLGSDSTLSSASGS-LAYQGPGAELLTRSPSRSSWLSTEGGRDSAQSP
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KSD KS-PHRRTLSFDTSKMN--QPDSIVD-EGELCFGRQNDPFTNVTASLPQKFATLPRKKNP
: :.:: : ....: : ...: .:.:
XP_011 KLFTHKRTYSDEANQMRVAPPRALLDLQGHLDAASRSSLCVNGSHIYNEEPQGPVRHRSS
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KSD FEESSETWDSSMNLFSKPIEIRKENKREKREKVSLFERVTGKKDSRRSDKLNNGGSDSPC
XP_011 ISGSLPSSGSLQAVSSRFSEEGPRSTDDTWPRGSRSNSSSEAVLGQEELSAQAKVLAPGA
360 370 380 390 400 410
512 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 04:20:27 2016 done: Thu Nov 3 04:20:28 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]