Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0940
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0940, 684 aa
1>>>pF1KSDA0940 684 - 684 aa - 684 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.3898+/-0.00113; mu= -14.3101+/- 0.068
mean_var=535.5637+/-109.861, 0's: 0 Z-trim(116.5): 23 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.055420
statistics sampled from 17138 (17156) to 17138 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.793), E-opt: 0.2 (0.527), width: 16
Scan time: 4.720
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS53553.1 CPEB3 gene_id:22849|Hs108|chr10 ( 684) 4791 397.8 2.7e-110
CCDS31246.1 CPEB3 gene_id:22849|Hs108|chr10 ( 698) 2556 219.1 1.7e-56
CCDS56326.1 CPEB2 gene_id:132864|Hs108|chr4 (1007) 2320 200.4 1.1e-50
CCDS4390.1 CPEB4 gene_id:80315|Hs108|chr5 ( 729) 2309 199.4 1.5e-50
CCDS56325.1 CPEB2 gene_id:132864|Hs108|chr4 (1034) 2180 189.2 2.5e-47
CCDS83043.1 CPEB4 gene_id:80315|Hs108|chr5 ( 339) 2093 181.8 1.4e-45
CCDS78086.1 CPEB4 gene_id:80315|Hs108|chr5 ( 712) 1981 173.2 1.2e-42
CCDS83044.1 CPEB4 gene_id:80315|Hs108|chr5 ( 322) 1970 172.0 1.2e-42
CCDS78087.1 CPEB4 gene_id:80315|Hs108|chr5 ( 704) 1979 173.0 1.3e-42
CCDS45330.2 CPEB1 gene_id:64506|Hs108|chr15 ( 486) 744 74.1 5.3e-13
CCDS45329.2 CPEB1 gene_id:64506|Hs108|chr15 ( 561) 744 74.2 5.9e-13
>>CCDS53553.1 CPEB3 gene_id:22849|Hs108|chr10 (684 aa)
initn: 4791 init1: 4791 opt: 4791 Z-score: 2093.6 bits: 397.8 E(32554): 2.7e-110
Smith-Waterman score: 4791; 100.0% identity (100.0% similar) in 684 aa overlap (1-684:1-684)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MQDDLLMDKSKTQPQPQQQQRQQQQPQPESSVSEAPSTPLSSETPKPEENSAVPALSPAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MQDDLLMDKSKTQPQPQQQQRQQQQPQPESSVSEAPSTPLSSETPKPEENSAVPALSPAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD APPAPNGPDKMQMESPLLPGLSFHQPPQQPPPPQEPAAPGASLSPSFGSTWSTGTTNAVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 APPAPNGPDKMQMESPLLPGLSFHQPPQQPPPPQEPAAPGASLSPSFGSTWSTGTTNAVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 DSFFQGITPVNGTMLFQNFPHHVNPVFGGTFSPQIGLAQTQHHQQPPPPAPAPQPAQPAQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD PPQAQPPQQRRSPASPSQAPYAQRSAAAAYGHQPIMTSKPSSSSAVAAAAAAAAASSASS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 PPQAQPPQQRRSPASPSQAPYAQRSAAAAYGHQPIMTSKPSSSSAVAAAAAAAAASSASS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SWNTHQSVNAAWSAPSNPWGGLQAGRDPRRAVGVGVGVGVGVPSPLNPISPLKKPFSSNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SWNTHQSVNAAWSAPSNPWGGLQAGRDPRRAVGVGVGVGVGVPSPLNPISPLKKPFSSNV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD IAPPKFPRAAPLTSKSWMEDNAFRTDNGNNLLPFQDRSRPYDTFNLHSLENSLMDMIRTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 IAPPKFPRAAPLTSKSWMEDNAFRTDNGNNLLPFQDRSRPYDTFNLHSLENSLMDMIRTD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD HEPLKGRMGINFHHPGTDNIMALNSRSSLFPFEDAFLDDSHGDQALSSGLSSPTRCQNGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 HEPLKGRMGINFHHPGTDNIMALNSRSSLFPFEDAFLDDSHGDQALSSGLSSPTRCQNGE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD RVERYSRKVFVGGLPPDIDEDEITASFRRFGPLVVDWPHKAESKSYFPPKGYAFLLFQEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RVERYSRKVFVGGLPPDIDEDEITASFRRFGPLVVDWPHKAESKSYFPPKGYAFLLFQEE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SSVQALIDACLEEDGKLYLCVSSPTIKDKPVQIRPWNLSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 SSVQALIDACLEEDGKLYLCVSSPTIKDKPVQIRPWNLSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD GVPRPLRAVELAMIMDRLYGGVCYAGIDTDPELKYPKGAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GVPRPLRAVELAMIMDRLYGGVCYAGIDTDPELKYPKGAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD LQHNDIDKRVEVKPYVLDDQMCDECQGTRCGGKFAPFFCANVTCLQYYCEYCWASIHSRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LQHNDIDKRVEVKPYVLDDQMCDECQGTRCGGKFAPFFCANVTCLQYYCEYCWASIHSRA
610 620 630 640 650 660
670 680
pF1KSD GREFHKPLVKEGGDRPRHVPFRWS
::::::::::::::::::::::::
CCDS53 GREFHKPLVKEGGDRPRHVPFRWS
670 680
>>CCDS31246.1 CPEB3 gene_id:22849|Hs108|chr10 (698 aa)
initn: 4589 init1: 2551 opt: 2556 Z-score: 1127.8 bits: 219.1 E(32554): 1.7e-56
Smith-Waterman score: 4642; 95.3% identity (95.5% similar) in 707 aa overlap (1-684:1-698)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MQDDLLMDKSKTQPQPQQQQRQQQQPQPESSVSEAPSTPLSSETPKPEENSAVPALSPAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MQDDLLMDKSKTQPQPQQQQRQQQQPQPESSVSEAPSTPLSSETPKPEENSAVPALSPAA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD APPAPNGPDKMQMESPLLPGLSFHQPPQQPPPPQEPAAPGASLSPSFGSTWSTGTTNAVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 APPAPNGPDKMQMESPLLPGLSFHQPPQQPPPPQEPAAPGASLSPSFGSTWSTGTTNAVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DSFFQGITPVNGTMLFQNFPHHVNPVFGGTFSPQIGLAQTQHHQQPPPPAPAPQPAQPAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DSFFQGITPVNGTMLFQNFPHHVNPVFGGTFSPQIGLAQTQHHQQPPPPAPAPQPAQPAQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD PPQAQPPQQRRSPASPSQAPYAQRSAAAAYGHQPIMTSKPSSSSAVAAAAAAAAASSASS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PPQAQPPQQRRSPASPSQAPYAQRSAAAAYGHQPIMTSKPSSSSAVAAAAAAAAASSASS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD SWNTHQSVNAAWSAPSNPWGGLQAGRDPRRAVGVGVGVGVGVPSPLNPISPLKKPFSSNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SWNTHQSVNAAWSAPSNPWGGLQAGRDPRRAVGVGVGVGVGVPSPLNPISPLKKPFSSNV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD IAPPKFPRAAPLTSKSWMEDNAFRTDNGNNLLPFQDRSRPYDTFNLHSLENSLMDMIRTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 IAPPKFPRAAPLTSKSWMEDNAFRTDNGNNLLPFQDRSRPYDTFNLHSLENSLMDMIRTD
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KSD HEPLKG-----------------------RMGINFHHPGTDNIMALNSRSSLFPFEDAFL
:::::: :::::::::::::::::: .:::
CCDS31 HEPLKGKHYPPSGPPMSFADIMWRNHFAGRMGINFHHPGTDNIMALN---------NAFL
370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KSD DDSHGDQALSSGLSSPTRCQNGERVERYSRKVFVGGLPPDIDEDEITASFRRFGPLVVDW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DDSHGDQALSSGLSSPTRCQNGERVERYSRKVFVGGLPPDIDEDEITASFRRFGPLVVDW
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KSD PHKAESKSYFPPKGYAFLLFQEESSVQALIDACLEEDGKLYLCVSSPTIKDKPVQIRPWN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PHKAESKSYFPPKGYAFLLFQEESSVQALIDACLEEDGKLYLCVSSPTIKDKPVQIRPWN
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560 570
pF1KSD LSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVGGVPRPLRAVELAMIMDRLYGGVCYAGIDTDPELKYPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVGGVPRPLRAVELAMIMDRLYGGVCYAGIDTDPELKYPK
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KSD GAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQLQHNDIDKRVEVKPYVLDDQMCDECQGTRCGGKFAPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 GAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQLQHNDIDKRVEVKPYVLDDQMCDECQGTRCGGKFAPF
600 610 620 630 640 650
640 650 660 670 680
pF1KSD FCANVTCLQYYCEYCWASIHSRAGREFHKPLVKEGGDRPRHVPFRWS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 FCANVTCLQYYCEYCWASIHSRAGREFHKPLVKEGGDRPRHVPFRWS
660 670 680 690
>>CCDS56326.1 CPEB2 gene_id:132864|Hs108|chr4 (1007 aa)
initn: 2413 init1: 1835 opt: 2320 Z-score: 1023.7 bits: 200.4 E(32554): 1.1e-50
Smith-Waterman score: 2675; 62.1% identity (76.4% similar) in 686 aa overlap (42-684:370-1007)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD TQPQPQQQQRQQQQPQPESSVSEAPSTPLSSETPKPEENSAVP-ALSPAAAPPAPNGPDK
: .: : . ..: ... :. :: :. :
CCDS56 SSLQSPDLPHPGGGGGGGGGGPPGGGGGGGSASPPPLPGFGTPWSVQTASPPPQPQQPPP
340 350 360 370 380 390
80 90 100 110 120
pF1KSD MQ-MESPLLPGLSFHQPPQQPPPPQEPAAPGAS-LSPSFGSTWSTGT----TNAVEDSFF
: ...: : :::::: :: : ::.: .:. :: : .. . :..:.
CCDS56 TQPQQQP--P------PPQQPPQPQ-PQPPGSSATTPGGGSGGSLSAMPPPSPDSENGFY
400 410 420 430 440 450
130 140 150 160 170
pF1KSD QGITPVNGTMLFQNF----PHHVN----PVFGGTFSPQIGLAQTQHHQQPPPPA---PAP
:. . .: .: :: . :. :: . : .. ::::: :
CCDS56 PGLPSSMNPAFFPSFSPVSPHGCTGLSVPTSGGGGGGFGGPFSATAVPPPPPPAMNIPQQ
460 470 480 490 500 510
180 190 200 210 220
pF1KSD QPAQPAQPPQAQPPQQRRSPASPSQAPYAQRSAAAAY--------GHQPIMTSKPSSSSA
:: :: : : ::.::::.:: : ...::::. :::.. ..:
CCDS56 QPPPPAAPQQ---PQSRRSPVSP-QLQQQHQAAAAAFLQQRNSYNHHQPLLKQSP-----
520 530 540 550 560
230 240 250 260 270 280
pF1KSD VAAAAAAAAASSASSSWNTHQSVNAAWSAPSNPWGGLQAGRDPRRAVGVGVGVGVGVPSP
:..::: ..:.. : ::... ::: ::. : ..:.:.
CCDS56 ----------------WSNHQS--SGWGTGSMSWGAMH-GRDHRRT-----G-NMGIPGT
570 580 590
290 300 310 320 330 340
pF1KSD LNPISPLKKPFSSNVIAPPKFPRAAP-LTSKSWMEDNAFRTDNGNN-LLPFQ---DRSRP
.: :::::::::.:::::::: :..: :: :::.:::.:::::..: :::.: ::::
CCDS56 MNQISPLKKPFSGNVIAPPKFTRSTPSLTPKSWIEDNVFRTDNNSNTLLPLQVRMDRSRM
600 610 620 630 640 650
350 360 370 380 390
pF1KSD YDTFNLHSLENSLMDMIRTDHEPLKGRMGINFHHPGTDNIMALNSRS--------SLFPF
::..:.:::::::.:..:..:.:::::. .. ::::::.. ::.:: ::::.
CCDS56 YDSLNMHSLENSLIDIMRAEHDPLKGRL--SYPHPGTDNLLMLNARSYGRRRGRSSLFPI
660 670 680 690 700 710
400 410 420 430 440
pF1KSD EDAFLDDSHGDQALSSGLSSPTRC----QNGERVERYSRKVFVGGLPPDIDEDEITASFR
.:..:::.:.::. . :.::: : :::::.::.:::::::::::::::::::::::
CCDS56 DDGLLDDGHSDQV--GVLNSPT-CYSAHQNGERIERFSRKVFVGGLPPDIDEDEITASFR
720 730 740 750 760 770
450 460 470 480 490 500
pF1KSD RFGPLVVDWPHKAESKSYFPPKGYAFLLFQEESSVQALIDACLEEDGKLYLCVSSPTIKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
CCDS56 RFGPLVVDWPHKAESKSYFPPKGYAFLLFQEESSVQALIDACIEEDGKLYLCVSSPTIKD
780 790 800 810 820 830
510 520 530 540 550 560
pF1KSD KPVQIRPWNLSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVGGVPRPLRAVELAMIMDRLYGGVCYAGID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KPVQIRPWNLSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVGGVPRPLRAVELAMIMDRLYGGVCYAGID
840 850 860 870 880 890
570 580 590 600 610 620
pF1KSD TDPELKYPKGAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQLQHNDIDKRVEVKPYVLDDQMCDECQGT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.
CCDS56 TDPELKYPKGAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQLQHGDIDKRVEVKPYVLDDQMCDECQGA
900 910 920 930 940 950
630 640 650 660 670 680
pF1KSD RCGGKFAPFFCANVTCLQYYCEYCWASIHSRAGREFHKPLVKEGGDRPRHVPFRWS
::::::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::::::.::::.. :::.
CCDS56 RCGGKFAPFFCANVTCLQYYCEFCWANIHSRAGREFHKPLVKEGADRPRQIHFRWN
960 970 980 990 1000
>>CCDS4390.1 CPEB4 gene_id:80315|Hs108|chr5 (729 aa)
initn: 2334 init1: 1847 opt: 2309 Z-score: 1020.8 bits: 199.4 E(32554): 1.5e-50
Smith-Waterman score: 2664; 60.6% identity (75.6% similar) in 709 aa overlap (1-684:70-729)
10 20
pF1KSD MQDDLL-MDKSKTQPQPQQQQRQQQQPQPE
.::..: .:.:.: : ::. ..:: .:
CCDS43 SPAAFINNNTAANGSSAGSAWLFPAPATHNIQDEILGSEKAKSQQQEQQDPLEKQQLSP-
40 50 60 70 80 90
30 40 50 60 70 80
pF1KSD SSVSEAPSTPLSSETPKPEENSAVPALSPAAAPPAPNGPDKMQMESPLLPGLSFHQPPQQ
: .:: : .: : :::.. . :: .:...:::.: :.....
CCDS43 SPGQEAGILP-ETEKAKSEENQG------DNSSENGNGKEKIRIESPVLTGFDYQEATGL
100 110 120 130 140 150
90 100 110 120 130
pF1KSD PPPPQEPAAPGASLSPSFGSTWS-----TGTTNAVED-SFF-QGITPV----NGTMLFQN
: : . .:: .: :.:: ...: :: ::: :: .:. ::..::::
CCDS43 GTSTQ-PLTSSASSLTGF-SNWSAAIAPSSSTIINEDASFFHQGGVPAASANNGALLFQN
160 170 180 190 200
140 150 160 170 180 190
pF1KSD FPHHVNPVFGGTFSPQIGLAQTQHHQQPPPPAPAPQPAQPAQPPQAQPPQQRRSPASPSQ
:::::.: :::.:::::: .::: . : : ..: :::::::::
CCDS43 FPHHVSPGFGGSFSPQIG-PLSQHHPHHPH----------FQHHHSQHQQQRRSPASPHP
210 220 230 240 250
200 210 220 230 240 250
pF1KSD APYAQRSAA-AAYGHQPIMTSKPSSSSAVAAAAAAAAASSASSSWNTHQSVNAAWSAPSN
:...:.:: : .:: : .. . . . ::::. .. .
CCDS43 PPFTHRNAAFNQLPHLANNLNKPPSP----WSSYQSPSPTPSSSWSPG-------GGGYG
260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KSD PWGGLQAGRDPRRAVGVGVGVGVGVPSPLNPISPLKKPFSSNVIAPPKFPR-AAPLTSKS
::: : ::: ::... :. .::: :::::: :.:: : :. : .. .. ::
CCDS43 GWGGSQ-GRDHRRGLNGGI-------TPLNSISPLKKNFASNHIQLQKYARPSSAFAPKS
310 320 330 340 350
320 330 340 350 360 370
pF1KSD WMEDNAFRTDNGNNLLPFQDRSRPYDTFNLHSLENSLMDMIRTDHEPLKGRMGINFHHPG
::::. :.:: ..:: :: : ::..::::.::.:..:.... .:::. :. .::
CCDS43 WMEDSLNRADN---IFPFPDRPR---TFDMHSLESSLIDIMRAENDTIKGRL--NYSYPG
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410 420
pF1KSD TDNIMALNSR--------SSLFPFEDAFLDDSHGDQALSSGLSSPTRC---QNGERVERY
.:. . .:.: :::::.::.::::..::: : :::.:: .: :::::::::
CCDS43 SDSSLLINARTYGRRRGQSSLFPMEDGFLDDGRGDQPLHSGLGSP-HCFSHQNGERVERY
420 430 440 450 460 470
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SRKVFVGGLPPDIDEDEITASFRRFGPLVVDWPHKAESKSYFPPKGYAFLLFQEESSVQA
::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.::::::
CCDS43 SRKVFVGGLPPDIDEDEITASFRRFGPLIVDWPHKAESKSYFPPKGYAFLLFQDESSVQA
480 490 500 510 520 530
490 500 510 520 530 540
pF1KSD LIDACLEEDGKLYLCVSSPTIKDKPVQIRPWNLSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVGGVPRP
:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LIDACIEEDGKLYLCVSSPTIKDKPVQIRPWNLSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVGGVPRP
540 550 560 570 580 590
550 560 570 580 590 600
pF1KSD LRAVELAMIMDRLYGGVCYAGIDTDPELKYPKGAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQLQHND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::..
CCDS43 LRAVELAMIMDRLYGGVCYAGIDTDPELKYPKGAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQLQHGE
600 610 620 630 640 650
610 620 630 640 650 660
pF1KSD IDKRVEVKPYVLDDQMCDECQGTRCGGKFAPFFCANVTCLQYYCEYCWASIHSRAGREFH
:::::::::::::::.::::::.::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS43 IDKRVEVKPYVLDDQLCDECQGARCGGKFAPFFCANVTCLQYYCEYCWAAIHSRAGREFH
660 670 680 690 700 710
670 680
pF1KSD KPLVKEGGDRPRHVPFRWS
:::::::::::::. :::.
CCDS43 KPLVKEGGDRPRHISFRWN
720
>>CCDS56325.1 CPEB2 gene_id:132864|Hs108|chr4 (1034 aa)
initn: 2420 init1: 1835 opt: 2180 Z-score: 963.0 bits: 189.2 E(32554): 2.5e-47
Smith-Waterman score: 2621; 59.7% identity (73.5% similar) in 713 aa overlap (42-684:370-1034)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD TQPQPQQQQRQQQQPQPESSVSEAPSTPLSSETPKPEENSAVP-ALSPAAAPPAPNGPDK
: .: : . ..: ... :. :: :. :
CCDS56 SSLQSPDLPHPGGGGGGGGGGPPGGGGGGGSASPPPLPGFGTPWSVQTASPPPQPQQPPP
340 350 360 370 380 390
80 90 100 110 120
pF1KSD MQ-MESPLLPGLSFHQPPQQPPPPQEPAAPGAS-LSPSFGSTWSTGT----TNAVEDSFF
: ...: : :::::: :: : ::.: .:. :: : .. . :..:.
CCDS56 TQPQQQP--P------PPQQPPQPQ-PQPPGSSATTPGGGSGGSLSAMPPPSPDSENGFY
400 410 420 430 440 450
130 140 150 160 170
pF1KSD QGITPVNGTMLFQNF----PHHVN----PVFGGTFSPQIGLAQTQHHQQPPPPA---PAP
:. . .: .: :: . :. :: . : .. ::::: :
CCDS56 PGLPSSMNPAFFPSFSPVSPHGCTGLSVPTSGGGGGGFGGPFSATAVPPPPPPAMNIPQQ
460 470 480 490 500 510
180 190 200 210 220
pF1KSD QPAQPAQPPQAQPPQQRRSPASPSQAPYAQRSAAAAY--------GHQPIMTSKPSSSSA
:: :: : : ::.::::.:: : ...::::. :::.. ..:
CCDS56 QPPPPAAPQQ---PQSRRSPVSP-QLQQQHQAAAAAFLQQRNSYNHHQPLLKQSP-----
520 530 540 550 560
230 240 250 260 270 280
pF1KSD VAAAAAAAAASSASSSWNTHQSVNAAWSAPSNPWGGLQAGRDPRRAVGVGVGVGVGVPSP
:..::: ..:.. : ::... ::: ::. : ..:.:.
CCDS56 ----------------WSNHQS--SGWGTGSMSWGAMH-GRDHRRT-----G-NMGIPGT
570 580 590
290 300 310 320 330
pF1KSD LNPISPLKKPFSSNVIAPPKFPRAAP-LTSKSWMEDNAFRTDNGNN-LLPFQ--------
.: :::::::::.:::::::: :..: :: :::.:::.:::::..: :::.:
CCDS56 MNQISPLKKPFSGNVIAPPKFTRSTPSLTPKSWIEDNVFRTDNNSNTLLPLQVRSSLQLP
600 610 620 630 640 650
340 350 360 370
pF1KSD ----------------------DRSRPYDTFNLHSLENSLMDMIRTDHEPLKGRMGINFH
:::: ::..:.:::::::.:..:..:.:::::. ..
CCDS56 AWGSDSLQDSWCTAAGTSRIDQDRSRMYDSLNMHSLENSLIDIMRAEHDPLKGRL--SYP
660 670 680 690 700 710
380 390 400 410 420
pF1KSD HPGTDNIMALNSRS--------SLFPFEDAFLDDSHGDQALSSGLSSPTRC----QNGER
::::::.. ::.:: ::::..:..:::.:.::. . :.::: : :::::
CCDS56 HPGTDNLLMLNARSYGRRRGRSSLFPIDDGLLDDGHSDQV--GVLNSPT-CYSAHQNGER
720 730 740 750 760 770
430 440 450 460 470 480
pF1KSD VERYSRKVFVGGLPPDIDEDEITASFRRFGPLVVDWPHKAESKSYFPPKGYAFLLFQEES
.::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 IERFSRKVFVGGLPPDIDEDEITASFRRFGPLVVDWPHKAESKSYFPPKGYAFLLFQEES
780 790 800 810 820 830
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SVQALIDACLEEDGKLYLCVSSPTIKDKPVQIRPWNLSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVGG
:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SVQALIDACIEEDGKLYLCVSSPTIKDKPVQIRPWNLSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVGG
840 850 860 870 880 890
550 560 570 580 590 600
pF1KSD VPRPLRAVELAMIMDRLYGGVCYAGIDTDPELKYPKGAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VPRPLRAVELAMIMDRLYGGVCYAGIDTDPELKYPKGAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQL
900 910 920 930 940 950
610 620 630 640 650 660
pF1KSD QHNDIDKRVEVKPYVLDDQMCDECQGTRCGGKFAPFFCANVTCLQYYCEYCWASIHSRAG
::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::.:::.::::::
CCDS56 QHGDIDKRVEVKPYVLDDQMCDECQGARCGGKFAPFFCANVTCLQYYCEFCWANIHSRAG
960 970 980 990 1000 1010
670 680
pF1KSD REFHKPLVKEGGDRPRHVPFRWS
:::::::::::.::::.. :::.
CCDS56 REFHKPLVKEGADRPRQIHFRWN
1020 1030
>>CCDS83043.1 CPEB4 gene_id:80315|Hs108|chr5 (339 aa)
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320 330 340 350 360 370
pF1KSD SWMEDNAFRTDNGNNLLPFQDRSRPYDTFNLHSLENSLMDMIRTDHEPLKGRMGINFHHP
.::::.::.:..:.... .:::. :. .:
CCDS83 MHSLESSLIDIMRAENDTIKGRL--NYSYP
10 20
380 390 400 410 420 430
pF1KSD GTDNIMALNSRSSLFPFEDAFLDDSHGDQALSSGLSSPTRC---QNGERVERYSRKVFVG
:.:. . .:..:::::.::.::::..::: : :::.:: .: ::::::::::::::::
CCDS83 GSDSSLLINGQSSLFPMEDGFLDDGRGDQPLHSGLGSP-HCFSHQNGERVERYSRKVFVG
30 40 50 60 70 80
440 450 460 470 480 490
pF1KSD GLPPDIDEDEITASFRRFGPLVVDWPHKAESKSYFPPKGYAFLLFQEESSVQALIDACLE
:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::::::.:
CCDS83 GLPPDIDEDEITASFRRFGPLIVDWPHKAESKSYFPPKGYAFLLFQDESSVQALIDACIE
90 100 110 120 130 140
500 510 520 530 540 550
pF1KSD EDGKLYLCVSSPTIKDKPVQIRPWNLSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVGGVPRPLRAVELA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 EDGKLYLCVSSPTIKDKPVQIRPWNLSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVGGVPRPLRAVELA
150 160 170 180 190 200
560 570 580 590 600 610
pF1KSD MIMDRLYGGVCYAGIDTDPELKYPKGAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQLQHNDIDKRVEV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::..:::::::
CCDS83 MIMDRLYGGVCYAGIDTDPELKYPKGAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQLQHGEIDKRVEV
210 220 230 240 250 260
620 630 640 650 660 670
pF1KSD KPYVLDDQMCDECQGTRCGGKFAPFFCANVTCLQYYCEYCWASIHSRAGREFHKPLVKEG
::::::::.::::::.::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
CCDS83 KPYVLDDQLCDECQGARCGGKFAPFFCANVTCLQYYCEYCWAAIHSRAGREFHKPLVKEG
270 280 290 300 310 320
680
pF1KSD GDRPRHVPFRWS
::::::. :::.
CCDS83 GDRPRHISFRWN
330
>>CCDS78086.1 CPEB4 gene_id:80315|Hs108|chr5 (712 aa)
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10 20
pF1KSD MQDDLL-MDKSKTQPQPQQQQRQQQQPQPE
.::..: .:.:.: : ::. ..:: .:
CCDS78 SPAAFINNNTAANGSSAGSAWLFPAPATHNIQDEILGSEKAKSQQQEQQDPLEKQQLSP-
40 50 60 70 80 90
30 40 50 60 70 80
pF1KSD SSVSEAPSTPLSSETPKPEENSAVPALSPAAAPPAPNGPDKMQMESPLLPGLSFHQPPQQ
: .:: : .: : :::.. . :: .:...:::.: :.....
CCDS78 SPGQEAGILP-ETEKAKSEENQG------DNSSENGNGKEKIRIESPVLTGFDYQEATGL
100 110 120 130 140 150
90 100 110 120 130
pF1KSD PPPPQEPAAPGASLSPSFGSTWS-----TGTTNAVED-SFF-QGITPV----NGTMLFQN
: : . .:: .: :.:: ...: :: ::: :: .:. ::..::::
CCDS78 GTSTQ-PLTSSASSLTGF-SNWSAAIAPSSSTIINEDASFFHQGGVPAASANNGALLFQN
160 170 180 190 200
140 150 160 170 180 190
pF1KSD FPHHVNPVFGGTFSPQIGLAQTQHHQQPPPPAPAPQPAQPAQPPQAQPPQQRRSPASPSQ
:::::.: :::.:::::: .::: . : : ..: :::::::::
CCDS78 FPHHVSPGFGGSFSPQIG-PLSQHHPHHPH----------FQHHHSQHQQQRRSPASPHP
210 220 230 240 250
200 210 220 230 240 250
pF1KSD APYAQRSAA-AAYGHQPIMTSKPSSSSAVAAAAAAAAASSASSSWNTHQSVNAAWSAPSN
:...:.:: : .:: : .. . . . ::::. .. .
CCDS78 PPFTHRNAAFNQLPHLANNLNKPPSP----WSSYQSPSPTPSSSWSPG-------GGGYG
260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KSD PWGGLQAGRDPRRAVGVGVGVGVGVPSPLNPISPLKKPFSSNVIAPPKFPR-AAPLTSKS
::: : ::: ::... :. .::: :::::: :.:: : :. : .. .. ::
CCDS78 GWGGSQ-GRDHRRGLNGGI-------TPLNSISPLKKNFASNHIQLQKYARPSSAFAPKS
310 320 330 340 350
320 330 340 350 360 370
pF1KSD WMEDNAFRTDNGNNLLPFQDRSRPYDTFNLHSLENSLMDMIRTDHEPLKGRMGINFHHPG
::::. :.:: ..:: :: : ::..::::.::.:..:.... .:.: :
CCDS78 WMEDSLNRADN---IFPFPDRPR---TFDMHSLESSLIDIMRAENDTIKARTY------G
360 370 380 390 400
380 390 400 410 420 430
pF1KSD TDNIMALNSRSSLFPFEDAFLDDSHGDQALSSGLSSPTRC---QNGERVERYSRKVFVGG
..:::::.::.::::..::: : :::.:: .: :::::::::::::::::
CCDS78 RRR-----GQSSLFPMEDGFLDDGRGDQPLHSGLGSP-HCFSHQNGERVERYSRKVFVGG
410 420 430 440 450 460
440 450 460 470 480 490
pF1KSD LPPDIDEDEITASFRRFGPLVVDWPHKAESKSYFPPKGYAFLLFQEESSVQALIDACLEE
::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::::::.::
CCDS78 LPPDIDEDEITASFRRFGPLIVDWPHKAESKSYFPPKGYAFLLFQDESSVQALIDACIEE
470 480 490 500 510 520
500 510 520 530 540 550
pF1KSD DGKLYLCVSSPTIKDKPVQIRPWNLSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVGGVPRPLRAVELAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 DGKLYLCVSSPTIKDKPVQIRPWNLSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVGGVPRPLRAVELAM
530 540 550 560 570 580
560 570 580 590 600 610
pF1KSD IMDRLYGGVCYAGIDTDPELKYPKGAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQLQHNDIDKRVEVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::..::::::::
CCDS78 IMDRLYGGVCYAGIDTDPELKYPKGAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQLQHGEIDKRVEVK
590 600 610 620 630 640
620 630 640 650 660 670
pF1KSD PYVLDDQMCDECQGTRCGGKFAPFFCANVTCLQYYCEYCWASIHSRAGREFHKPLVKEGG
:::::::.::::::.::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
CCDS78 PYVLDDQLCDECQGARCGGKFAPFFCANVTCLQYYCEYCWAAIHSRAGREFHKPLVKEGG
650 660 670 680 690 700
680
pF1KSD DRPRHVPFRWS
:::::. :::.
CCDS78 DRPRHISFRWN
710
>>CCDS83044.1 CPEB4 gene_id:80315|Hs108|chr5 (322 aa)
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320 330 340 350 360 370
pF1KSD SWMEDNAFRTDNGNNLLPFQDRSRPYDTFNLHSLENSLMDMIRTDHEPLKGRMGINFHHP
.::::.::.:..:.... .::.
CCDS83 MHSLESSLIDIMRAENDTIKGQ--------
10 20
380 390 400 410 420 430
pF1KSD GTDNIMALNSRSSLFPFEDAFLDDSHGDQALSSGLSSPTRC---QNGERVERYSRKVFVG
:::::.::.::::..::: : :::.:: .: ::::::::::::::::
CCDS83 -----------SSLFPMEDGFLDDGRGDQPLHSGLGSP-HCFSHQNGERVERYSRKVFVG
30 40 50 60 70
440 450 460 470 480 490
pF1KSD GLPPDIDEDEITASFRRFGPLVVDWPHKAESKSYFPPKGYAFLLFQEESSVQALIDACLE
:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::::::.:
CCDS83 GLPPDIDEDEITASFRRFGPLIVDWPHKAESKSYFPPKGYAFLLFQDESSVQALIDACIE
80 90 100 110 120 130
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pF1KSD EDGKLYLCVSSPTIKDKPVQIRPWNLSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVGGVPRPLRAVELA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 EDGKLYLCVSSPTIKDKPVQIRPWNLSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVGGVPRPLRAVELA
140 150 160 170 180 190
560 570 580 590 600 610
pF1KSD MIMDRLYGGVCYAGIDTDPELKYPKGAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQLQHNDIDKRVEV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::..:::::::
CCDS83 MIMDRLYGGVCYAGIDTDPELKYPKGAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQLQHGEIDKRVEV
200 210 220 230 240 250
620 630 640 650 660 670
pF1KSD KPYVLDDQMCDECQGTRCGGKFAPFFCANVTCLQYYCEYCWASIHSRAGREFHKPLVKEG
::::::::.::::::.::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::
CCDS83 KPYVLDDQLCDECQGARCGGKFAPFFCANVTCLQYYCEYCWAAIHSRAGREFHKPLVKEG
260 270 280 290 300 310
680
pF1KSD GDRPRHVPFRWS
::::::. :::.
CCDS83 GDRPRHISFRWN
320
>>CCDS78087.1 CPEB4 gene_id:80315|Hs108|chr5 (704 aa)
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.::..: .:.:.: : ::. ..:: .:
CCDS78 SPAAFINNNTAANGSSAGSAWLFPAPATHNIQDEILGSEKAKSQQQEQQDPLEKQQLSP-
40 50 60 70 80 90
30 40 50 60 70 80
pF1KSD SSVSEAPSTPLSSETPKPEENSAVPALSPAAAPPAPNGPDKMQMESPLLPGLSFHQPPQQ
: .:: : .: : :::.. . :: .:...:::.: :.....
CCDS78 SPGQEAGILP-ETEKAKSEENQG------DNSSENGNGKEKIRIESPVLTGFDYQEATGL
100 110 120 130 140 150
90 100 110 120 130
pF1KSD PPPPQEPAAPGASLSPSFGSTWS-----TGTTNAVED-SFF-QGITPV----NGTMLFQN
: : . .:: .: :.:: ...: :: ::: :: .:. ::..::::
CCDS78 GTSTQ-PLTSSASSLTGF-SNWSAAIAPSSSTIINEDASFFHQGGVPAASANNGALLFQN
160 170 180 190 200
140 150 160 170 180 190
pF1KSD FPHHVNPVFGGTFSPQIGLAQTQHHQQPPPPAPAPQPAQPAQPPQAQPPQQRRSPASPSQ
:::::.: :::.:::::: .::: . : : ..: :::::::::
CCDS78 FPHHVSPGFGGSFSPQIG-PLSQHHPHHPH----------FQHHHSQHQQQRRSPASPHP
210 220 230 240 250
200 210 220 230 240 250
pF1KSD APYAQRSAA-AAYGHQPIMTSKPSSSSAVAAAAAAAAASSASSSWNTHQSVNAAWSAPSN
:...:.:: : .:: : .. . . . ::::. .. .
CCDS78 PPFTHRNAAFNQLPHLANNLNKPPSP----WSSYQSPSPTPSSSWSPG-------GGGYG
260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KSD PWGGLQAGRDPRRAVGVGVGVGVGVPSPLNPISPLKKPFSSNVIAPPKFPR-AAPLTSKS
::: : ::: ::... :. .::: :::::: :.:: : :. : .. .. ::
CCDS78 GWGGSQ-GRDHRRGLNGGI-------TPLNSISPLKKNFASNHIQLQKYARPSSAFAPKS
310 320 330 340 350
320 330 340 350 360 370
pF1KSD WMEDNAFRTDNGNNLLPFQDRSRPYDTFNLHSLENSLMDMIRTDHEPLKGRMGINFHHPG
::::. :.:: ..:: :: : ::..::::.::.:..:.... .::.
CCDS78 WMEDSLNRADN---IFPFPDRPR---TFDMHSLESSLIDIMRAENDTIKGQ---------
360 370 380 390 400
380 390 400 410 420 430
pF1KSD TDNIMALNSRSSLFPFEDAFLDDSHGDQALSSGLSSPTRC---QNGERVERYSRKVFVGG
:::::.::.::::..::: : :::.:: .: :::::::::::::::::
CCDS78 ----------SSLFPMEDGFLDDGRGDQPLHSGLGSP-HCFSHQNGERVERYSRKVFVGG
410 420 430 440 450
440 450 460 470 480 490
pF1KSD LPPDIDEDEITASFRRFGPLVVDWPHKAESKSYFPPKGYAFLLFQEESSVQALIDACLEE
::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::::::.::
CCDS78 LPPDIDEDEITASFRRFGPLIVDWPHKAESKSYFPPKGYAFLLFQDESSVQALIDACIEE
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500 510 520 530 540 550
pF1KSD DGKLYLCVSSPTIKDKPVQIRPWNLSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVGGVPRPLRAVELAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 DGKLYLCVSSPTIKDKPVQIRPWNLSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVGGVPRPLRAVELAM
520 530 540 550 560 570
560 570 580 590 600 610
pF1KSD IMDRLYGGVCYAGIDTDPELKYPKGAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQLQHNDIDKRVEVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::..::::::::
CCDS78 IMDRLYGGVCYAGIDTDPELKYPKGAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQLQHGEIDKRVEVK
580 590 600 610 620 630
620 630 640 650 660 670
pF1KSD PYVLDDQMCDECQGTRCGGKFAPFFCANVTCLQYYCEYCWASIHSRAGREFHKPLVKEGG
:::::::.::::::.::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
CCDS78 PYVLDDQLCDECQGARCGGKFAPFFCANVTCLQYYCEYCWAAIHSRAGREFHKPLVKEGG
640 650 660 670 680 690
680
pF1KSD DRPRHVPFRWS
:::::. :::.
CCDS78 DRPRHISFRWN
700
>>CCDS45330.2 CPEB1 gene_id:64506|Hs108|chr15 (486 aa)
initn: 729 init1: 238 opt: 744 Z-score: 346.9 bits: 74.1 E(32554): 5.3e-13
Smith-Waterman score: 744; 44.7% identity (70.8% similar) in 257 aa overlap (425-675:234-483)
400 410 420 430 440 450
pF1KSD AFLDDSHGDQALSSGLSSPTRCQNGERVERYSRKVFVGGLPPDIDEDEITASFRRFGPLV
:: :::.::.: :: : .. .:: :: :
CCDS45 ARLHRQAAAVNEATCTWSGQLPPRNYKNPIYSCKVFLGGVPWDITEAGLVNTFRVFGSLS
210 220 230 240 250 260
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pF1KSD VDWPHKAESKSYFPPKGYAFLLFQEESSVQALIDAC----LEEDG--KLYLCVSSPTIKD
:.:: : .. :::::..:.:. :.::..:..:: : :: . :. .:: ..
CCDS45 VEWPGKDGKHPRCPPKGYVYLVFELEKSVRSLLQACSHDPLSPDGLSEYYFKMSSRRMRC
270 280 290 300 310 320
510 520 530 540 550 560
pF1KSD KPVQIRPWNLSDSDFVMDGSQPLDPRKTIFVGGVPRPLRAVELAMIMDRLYGGVCYAGID
: ::. :: :.::.:: . :: ::: .:.:::.. : : :: :.. :.::: :::::
CCDS45 KEVQVIPWVLADSNFVRSPSQRLDPSRTVFVGALHGMLNAEALAAILNDLFGGVVYAGID
330 340 350 360 370 380
570 580 590 600 610 620
pF1KSD TDPELKYPKGAGRVAFSNQQSYIAAISARFVQLQHNDIDKRVEVKPYVLDDQMCDECQGT
:: . ::: :.:::.:.::.::. :.:: ::... . . :.:.. :: :.:..: :..
CCDS45 TDKH-KYPIGSGRVTFNNQRSYLKAVSAAFVEIKTTKFTKKVQIDPY-LEDSLCHICSS-
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