Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA0883
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0883, 364 aa
1>>>pF1KSDA0883 364 - 364 aa - 364 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6221+/-0.000319; mu= 15.8456+/- 0.020
mean_var=83.4234+/-16.749, 0's: 0 Z-trim(117.1): 22 B-trim: 1584 in 1/54
Lambda= 0.140420
statistics sampled from 28717 (28739) to 28717 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.709), E-opt: 0.2 (0.337), width: 16
Scan time: 7.860
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011542667 (OMIM: 603970) PREDICTED: paraneoplas ( 364) 2386 492.9 4.9e-139
NP_009188 (OMIM: 603970) paraneoplastic antigen Ma ( 364) 2386 492.9 4.9e-139
NP_006020 (OMIM: 604010) paraneoplastic antigen Ma ( 353) 1098 231.9 1.7e-60
NP_001269464 (OMIM: 300675) paraneoplastic antigen ( 455) 1097 231.8 2.4e-60
NP_037496 (OMIM: 300675) paraneoplastic antigen Ma ( 463) 1097 231.8 2.4e-60
NP_443158 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-li ( 448) 1047 221.7 2.6e-57
NP_001096620 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen ( 448) 1047 221.7 2.6e-57
XP_016884742 (OMIM: 300916) PREDICTED: paraneoplas ( 448) 1047 221.7 2.6e-57
XP_016884741 (OMIM: 300916) PREDICTED: paraneoplas ( 448) 1047 221.7 2.6e-57
NP_001171853 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen ( 448) 1047 221.7 2.6e-57
NP_001096621 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen ( 448) 1047 221.7 2.6e-57
NP_071434 (OMIM: 609485) modulator of apoptosis 1 ( 351) 1022 216.5 7.2e-56
NP_116271 (OMIM: 300917) paraneoplastic antigen-li ( 399) 552 121.3 3.7e-27
NP_776159 (OMIM: 300701) zinc finger CCHC domain-c ( 402) 492 109.2 1.7e-23
NP_001299820 (OMIM: 300701) zinc finger CCHC domai ( 402) 492 109.2 1.7e-23
NP_114429 (OMIM: 614145,614205) coiled-coil domain ( 538) 183 46.7 0.00015
>>XP_011542667 (OMIM: 603970) PREDICTED: paraneoplastic (364 aa)
initn: 2386 init1: 2386 opt: 2386 Z-score: 2617.2 bits: 492.9 E(85289): 4.9e-139
Smith-Waterman score: 2386; 100.0% identity (100.0% similar) in 364 aa overlap (1-364:1-364)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLPMRYRKLRVFSGSAVPAPEEES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLPMRYRKLRVFSGSAVPAPEEES
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD FGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVMA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD GATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEERDGYGRWNH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEERDGYGRWNH
310 320 330 340 350 360
pF1KSD EGDD
::::
XP_011 EGDD
>>NP_009188 (OMIM: 603970) paraneoplastic antigen Ma2 [H (364 aa)
initn: 2386 init1: 2386 opt: 2386 Z-score: 2617.2 bits: 492.9 E(85289): 4.9e-139
Smith-Waterman score: 2386; 100.0% identity (100.0% similar) in 364 aa overlap (1-364:1-364)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLPMRYRKLRVFSGSAVPAPEEES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLPMRYRKLRVFSGSAVPAPEEES
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 FEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD FGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 FGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVMA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD GATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEERDGYGRWNH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 GATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEERDGYGRWNH
310 320 330 340 350 360
pF1KSD EGDD
::::
NP_009 EGDD
>>NP_006020 (OMIM: 604010) paraneoplastic antigen Ma1 [H (353 aa)
initn: 952 init1: 546 opt: 1098 Z-score: 1207.2 bits: 231.9 E(85289): 1.7e-60
Smith-Waterman score: 1098; 48.6% identity (79.4% similar) in 350 aa overlap (1-345:1-342)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
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NP_006 MAMTLLEDWCRGMDVNSQRALLVWGIPVNCDEAEIEETLQAAMPQVS-YRMLGRMFWREE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
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NP_006 NAKAALLELTGAVDYAAIPREMPGKGGVWKVLFKPPTSDAEFLERLHLFLAREGWTVQDV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP-MRYRKLRVFSGSAVPAPEEE
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NP_006 ARVLGFQ--NPTPTP--GPEMPAEMLNYILDNVIQPLVESIWYKRLTLFSGRDIPGPGEE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD SFEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQ
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NP_006 TFDPWLEHTNEVLEEWQVSDVEKRRRLMESLRGPAADVIRILKSNNPAITTAECLKALEQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD VFGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVM
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NP_006 VFGSVESSRDAQIKFLNTYQNPGEKLSAYVIRLEPLLQKVVEKGAIDKDNVNQARLEQVI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD AGAT----LNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEERDGY
:::. . ..:: .:: :....:. ::::: .: : :.
NP_006 AGANHSGAIRRQLWLTG---AGEGPAPNLFQLLVQIREEEAKEEEEEAEATLLQLGLEGH
300 310 320 330 340 350
360
pF1KSD GRWNHEGDD
NP_006 F
>>NP_001269464 (OMIM: 300675) paraneoplastic antigen Ma3 (455 aa)
initn: 1090 init1: 613 opt: 1097 Z-score: 1204.5 bits: 231.8 E(85289): 2.4e-60
Smith-Waterman score: 1097; 49.7% identity (76.9% similar) in 350 aa overlap (1-347:1-348)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
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NP_001 MPLTLLQDWCRGEHLNTRRCMLILGIPEDCGEDEFEETLQEACRHLGRYRVIGRMFRREE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
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NP_001 NAQAILLELAQDIDYALLPREIPGKGGPWEVIVKPRNSDGEFLNRLNRFLEEERRTVSDM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP-MRYRKLRVFSGSAVPAPEEE
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NP_001 NRVLGSDTNCSAPRVTISPEFWT--WAQTLGAAVQPLLEQMLYRELRVFSGNTISIPGAL
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD SFEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQ
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NP_001 AFDAWLEHTTEMLQMWQVPEGEKRRRLMECLRGPALQVVSGLRASNASITVEECLAALQQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD VFGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVM
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NP_001 VFGPVESHKIAQVKLCKAYQEAGEKVSSFVLRLEPLLQRAVENNVVSRRNVNQTRLKRVL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD AGATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASF--ENESIEEPEERDGYGR
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NP_001 SGATLPDKLRDKLKLMKQRRKPPGFLALVKLLREEEEWEATLGPDRESLEGLEVAPRPPA
300 310 320 330 340 350
360
pF1KSD WNHEGDD
NP_001 RITGVGAVPLPASGNSFDARPSQGYRRRRGRGQHRRGGVARAGSRGSRKRKRHTFCYSCG
360 370 380 390 400 410
>>NP_037496 (OMIM: 300675) paraneoplastic antigen Ma3 is (463 aa)
initn: 1090 init1: 613 opt: 1097 Z-score: 1204.4 bits: 231.8 E(85289): 2.4e-60
Smith-Waterman score: 1097; 49.7% identity (76.9% similar) in 350 aa overlap (1-347:1-348)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
: :.::.:::: .. .. ... ::: : : :..:.:::. . :::::..:..::..:
NP_037 MPLTLLQDWCRGEHLNTRRCMLILGIPEDCGEDEFEETLQEACRHLGRYRVIGRMFRREE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
::.:.:::: .: : . .: :. :::: :.:: : :.: :::.::: :::.: .::: :
NP_037 NAQAILLELAQDIDYALLPREIPGKGGPWEVIVKPRNSDGEFLNRLNRFLEEERRTVSDM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP-MRYRKLRVFSGSAVPAPEEE
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NP_037 NRVLGSDTNCSAPRVTISPEFWT--WAQTLGAAVQPLLEQMLYRELRVFSGNTISIPGAL
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD SFEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQ
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NP_037 AFDAWLEHTTEMLQMWQVPEGEKRRRLMECLRGPALQVVSGLRASNASITVEECLAALQQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD VFGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVM
::: .::.. :::. :.::: :::::..::::: ::.::::. .. :: ..:.::..:.
NP_037 VFGPVESHKIAQVKLCKAYQEAGEKVSSFVLRLEPLLQRAVENNVVSRRNVNQTRLKRVL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD AGATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASF--ENESIEEPEERDGYGR
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NP_037 SGATLPDKLRDKLKLMKQRRKPPGFLALVKLLREEEEWEATLGPDRESLEGLEVAPRPPA
300 310 320 330 340 350
360
pF1KSD WNHEGDD
NP_037 RITGVGAVPLPASGNSFDARPSQGYRRRRGRGQHRRGGVARAGSRGSRKRKRHTFCYSCG
360 370 380 390 400 410
>>NP_443158 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-like p (448 aa)
initn: 1038 init1: 624 opt: 1047 Z-score: 1149.9 bits: 221.7 E(85289): 2.6e-57
Smith-Waterman score: 1047; 46.7% identity (76.5% similar) in 362 aa overlap (1-357:1-349)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
:::.::::::. :..: .:.:...::: . :.:::.... :. : ::.::..::...
NP_443 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
::.::..:: . .. ...::.. :::: :.:. : : : ::: ::: ::. ::.... .
NP_443 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLSRLNYFLKDEGRSMTDV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP----MRYRKLRVFSGSAVPAP
:::: ..: : : :... :. ..: :: : : ::::.::::.: :.:
NP_443 ARALGC-----CSLPAES--LDAEVMPQV--RSP-PLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSP
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD EEESFEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEA
::.:: ::::.:::. : :.:.::.: : ::::::::..:...::.: ::.::.::.:
NP_443 GEETFEDWLEQVTEIMPIWQVSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD FKQVFGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLE
.::.::. :. :..: :.:.: . :::::...:::: ::..::.: . : .:..::.
NP_443 LKQIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD QVMAGATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEER-DGY
...: .... : .:. : ..: ::.::::::.::.::: : . :.. . .:. .:
NP_443 HLLARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENT---EAVMKNKEKPSGR
300 310 320 330 340
360
pF1KSD GRWNHEGDD
::
NP_443 GRGASGRQARAEASVSAPQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSESTRGEDHG
350 360 370 380 390 400
>>NP_001096620 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-lik (448 aa)
initn: 1038 init1: 624 opt: 1047 Z-score: 1149.9 bits: 221.7 E(85289): 2.6e-57
Smith-Waterman score: 1047; 46.7% identity (76.5% similar) in 362 aa overlap (1-357:1-349)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
:::.::::::. :..: .:.:...::: . :.:::.... :. : ::.::..::...
NP_001 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
::.::..:: . .. ...::.. :::: :.:. : : : ::: ::: ::. ::.... .
NP_001 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLSRLNYFLKDEGRSMTDV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP----MRYRKLRVFSGSAVPAP
:::: ..: : : :... :. ..: :: : : ::::.::::.: :.:
NP_001 ARALGC-----CSLPAES--LDAEVMPQV--RSP-PLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSP
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]