Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA0883
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA0883, 364 aa
1>>>pF1KSDA0883 364 - 364 aa - 364 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0720+/-0.000741; mu= 13.4335+/- 0.045
mean_var=83.3278+/-16.642, 0's: 0 Z-trim(110.0): 17 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.140501
statistics sampled from 11237 (11253) to 11237 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.721), E-opt: 0.2 (0.346), width: 16
Scan time: 3.020
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34868.1 PNMA2 gene_id:10687|Hs108|chr8 ( 364) 2386 493.0 1.6e-139
CCDS9818.1 PNMA1 gene_id:9240|Hs108|chr14 ( 353) 1098 232.0 6.2e-61
CCDS65344.1 PNMA3 gene_id:29944|Hs108|chrX ( 455) 1097 231.8 8.9e-61
CCDS35435.2 PNMA3 gene_id:29944|Hs108|chrX ( 463) 1097 231.8 9.1e-61
CCDS14718.1 PNMA5 gene_id:114824|Hs108|chrX ( 448) 1047 221.7 9.9e-58
CCDS9908.1 MOAP1 gene_id:64112|Hs108|chr14 ( 351) 1022 216.6 2.7e-56
CCDS14719.1 PNMA6A gene_id:84968|Hs108|chrX ( 399) 552 121.3 1.4e-27
CCDS65304.1 ZCCHC18 gene_id:644353|Hs108|chrX ( 403) 509 112.6 6.1e-25
CCDS14574.1 ZCCHC12 gene_id:170261|Hs108|chrX ( 402) 492 109.1 6.6e-24
CCDS46124.1 PNMAL1 gene_id:55228|Hs108|chr19 ( 378) 463 103.3 3.7e-22
CCDS33059.1 PNMAL1 gene_id:55228|Hs108|chr19 ( 439) 463 103.3 4.2e-22
CCDS59400.1 PNMAL2 gene_id:57469|Hs108|chr19 ( 635) 356 81.7 1.9e-15
>>CCDS34868.1 PNMA2 gene_id:10687|Hs108|chr8 (364 aa)
initn: 2386 init1: 2386 opt: 2386 Z-score: 2618.2 bits: 493.0 E(32554): 1.6e-139
Smith-Waterman score: 2386; 100.0% identity (100.0% similar) in 364 aa overlap (1-364:1-364)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
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CCDS34 MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLPMRYRKLRVFSGSAVPAPEEES
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CCDS34 FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLPMRYRKLRVFSGSAVPAPEEES
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQV
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CCDS34 FEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD FGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVMA
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CCDS34 FGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVMA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD GATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEERDGYGRWNH
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CCDS34 GATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEERDGYGRWNH
310 320 330 340 350 360
pF1KSD EGDD
::::
CCDS34 EGDD
>>CCDS9818.1 PNMA1 gene_id:9240|Hs108|chr14 (353 aa)
initn: 952 init1: 546 opt: 1098 Z-score: 1207.4 bits: 232.0 E(32554): 6.2e-61
Smith-Waterman score: 1098; 48.6% identity (79.4% similar) in 350 aa overlap (1-345:1-342)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
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CCDS98 MAMTLLEDWCRGMDVNSQRALLVWGIPVNCDEAEIEETLQAAMPQVS-YRMLGRMFWREE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
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CCDS98 NAKAALLELTGAVDYAAIPREMPGKGGVWKVLFKPPTSDAEFLERLHLFLAREGWTVQDV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP-MRYRKLRVFSGSAVPAPEEE
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CCDS98 ARVLGFQ--NPTPTP--GPEMPAEMLNYILDNVIQPLVESIWYKRLTLFSGRDIPGPGEE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD SFEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQ
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CCDS98 TFDPWLEHTNEVLEEWQVSDVEKRRRLMESLRGPAADVIRILKSNNPAITTAECLKALEQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD VFGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVM
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CCDS98 VFGSVESSRDAQIKFLNTYQNPGEKLSAYVIRLEPLLQKVVEKGAIDKDNVNQARLEQVI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD AGAT----LNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEERDGY
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CCDS98 AGANHSGAIRRQLWLTG---AGEGPAPNLFQLLVQIREEEAKEEEEEAEATLLQLGLEGH
300 310 320 330 340 350
360
pF1KSD GRWNHEGDD
CCDS98 F
>>CCDS65344.1 PNMA3 gene_id:29944|Hs108|chrX (455 aa)
initn: 1090 init1: 613 opt: 1097 Z-score: 1204.6 bits: 231.8 E(32554): 8.9e-61
Smith-Waterman score: 1097; 49.7% identity (76.9% similar) in 350 aa overlap (1-347:1-348)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
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CCDS65 MPLTLLQDWCRGEHLNTRRCMLILGIPEDCGEDEFEETLQEACRHLGRYRVIGRMFRREE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
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CCDS65 NAQAILLELAQDIDYALLPREIPGKGGPWEVIVKPRNSDGEFLNRLNRFLEEERRTVSDM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP-MRYRKLRVFSGSAVPAPEEE
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CCDS65 NRVLGSDTNCSAPRVTISPEFWT--WAQTLGAAVQPLLEQMLYRELRVFSGNTISIPGAL
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD SFEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQ
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CCDS65 AFDAWLEHTTEMLQMWQVPEGEKRRRLMECLRGPALQVVSGLRASNASITVEECLAALQQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD VFGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVM
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CCDS65 VFGPVESHKIAQVKLCKAYQEAGEKVSSFVLRLEPLLQRAVENNVVSRRNVNQTRLKRVL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD AGATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASF--ENESIEEPEERDGYGR
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CCDS65 SGATLPDKLRDKLKLMKQRRKPPGFLALVKLLREEEEWEATLGPDRESLEGLEVAPRPPA
300 310 320 330 340 350
360
pF1KSD WNHEGDD
CCDS65 RITGVGAVPLPASGNSFDARPSQGYRRRRGRGQHRRGGVARAGSRGSRKRKRHTFCYSCG
360 370 380 390 400 410
>>CCDS35435.2 PNMA3 gene_id:29944|Hs108|chrX (463 aa)
initn: 1090 init1: 613 opt: 1097 Z-score: 1204.5 bits: 231.8 E(32554): 9.1e-61
Smith-Waterman score: 1097; 49.7% identity (76.9% similar) in 350 aa overlap (1-347:1-348)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
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CCDS35 MPLTLLQDWCRGEHLNTRRCMLILGIPEDCGEDEFEETLQEACRHLGRYRVIGRMFRREE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
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CCDS35 NAQAILLELAQDIDYALLPREIPGKGGPWEVIVKPRNSDGEFLNRLNRFLEEERRTVSDM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP-MRYRKLRVFSGSAVPAPEEE
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CCDS35 NRVLGSDTNCSAPRVTISPEFWT--WAQTLGAAVQPLLEQMLYRELRVFSGNTISIPGAL
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD SFEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQ
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CCDS35 AFDAWLEHTTEMLQMWQVPEGEKRRRLMECLRGPALQVVSGLRASNASITVEECLAALQQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD VFGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVM
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CCDS35 VFGPVESHKIAQVKLCKAYQEAGEKVSSFVLRLEPLLQRAVENNVVSRRNVNQTRLKRVL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD AGATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASF--ENESIEEPEERDGYGR
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CCDS35 SGATLPDKLRDKLKLMKQRRKPPGFLALVKLLREEEEWEATLGPDRESLEGLEVAPRPPA
300 310 320 330 340 350
360
pF1KSD WNHEGDD
CCDS35 RITGVGAVPLPASGNSFDARPSQGYRRRRGRGQHRRGGVARAGSRGSRKRKRHTFCYSCG
360 370 380 390 400 410
>>CCDS14718.1 PNMA5 gene_id:114824|Hs108|chrX (448 aa)
initn: 1038 init1: 624 opt: 1047 Z-score: 1149.9 bits: 221.7 E(32554): 9.9e-58
Smith-Waterman score: 1047; 46.7% identity (76.5% similar) in 362 aa overlap (1-357:1-349)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
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CCDS14 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
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CCDS14 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLSRLNYFLKDEGRSMTDV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP----MRYRKLRVFSGSAVPAP
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CCDS14 ARALGC-----CSLPAES--LDAEVMPQV--RSP-PLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSP
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD EEESFEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEA
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CCDS14 GEETFEDWLEQVTEIMPIWQVSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD FKQVFGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLE
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CCDS14 LKQIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD QVMAGATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEER-DGY
...: .... : .:. : ..: ::.::::::.::.::: : . :.. . .:. .:
CCDS14 HLLARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENT---EAVMKNKEKPSGR
300 310 320 330 340
360
pF1KSD GRWNHEGDD
::
CCDS14 GRGASGRQARAEASVSAPQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSESTRGEDHG
350 360 370 380 390 400
>>CCDS9908.1 MOAP1 gene_id:64112|Hs108|chr14 (351 aa)
initn: 1011 init1: 959 opt: 1022 Z-score: 1124.2 bits: 216.6 E(32554): 2.7e-56
Smith-Waterman score: 1022; 47.5% identity (74.9% similar) in 343 aa overlap (1-339:1-340)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
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CCDS99 MTLRLLEDWCRGMDMNPRKALLIAGISQSCSVAEIEEALQAGLAPLGEYRLLGRMFRRDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
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CCDS99 NRKVALVGLTAETSHALVPKEIPGKGGIWRVIFKPPDPDNTFLSRLNEFLAGEGMTVGEL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KSD FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP-MRYRKLRVFSGSAVPAPEEE
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CCDS99 SRALGHENGSLDPEQGMIPEMWAPMLAQAL-EALQPALQCLKYKKLRVFSGRESPEPGEE
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD SFEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQ
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CCDS99 EFGRWMFHTTQMIKAWQVPDVEKRRRLLESLRGPALDVIRVLKINNPLITVDECLQALEE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD VFGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLEQVM
::: .. : ::.:: :::.. ::.:::::::: ::.. :.. :: : ..:.::.::.
CCDS99 VFGVTDNPRELQVKYLTTYQKDEEKLSAYVLRLEPLLQKLVQRGAIERDAVNQARLDQVI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD AGATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIRE---EEEEEASFENESIEEPEERDGYG
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CCDS99 AGAVHKTIR--RELNLPEDGPAPGFLQLLVLIKDYEAAEEEEALLQAILEGNFT
300 310 320 330 340 350
360
pF1KSD RWNHEGDD
>>CCDS14719.1 PNMA6A gene_id:84968|Hs108|chrX (399 aa)
initn: 865 init1: 382 opt: 552 Z-score: 608.4 bits: 121.3 E(32554): 1.4e-27
Smith-Waterman score: 869; 42.5% identity (70.4% similar) in 358 aa overlap (1-354:1-345)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
::...:.:::: :.:. ...:.. ::: : ..::.:: :. .:. .:.. .::: ::...
CCDS14 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KSD NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLE--RLNLFLEKEGQTVS
::.:.:.:: .... . .: :. : :: :.:.: . ::: :. : :.::: :
CCDS14 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD GMFRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP-MRYRKLRVFSGSAVPAPE
.. ::: :. : : . .:::. :: . .: ..: :::: :::
CCDS14 SVAGALG---VGLRRV-C-----WLRSIGQAV----QPWVEAVRCQSLGVFSGRDQPAPG
130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KSD EESFEVWLEQATEIVKEWP-VTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEA
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CCDS14 EESFEVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAA
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KSD FKQVFGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLE
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:... : :.. : ::.:. : :::::.. ..:: : :::. . .: :
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360
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CCDS14 AGAQAVARASTKVEAVPGGPGREPEGLLQAGGQEAEELLQEGLKPVLEECDN
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CCDS14 VVPAQGEETFENWLTQVNGVLPDWNMSEEEKLKRLMKTLRGPAREVMRVLQATNPNLSVA
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CCDS14 RTRLQQLLLGGELSRDLRLRLKDFLRMYANEQERLPNFLELIRMVREEEDWDDAFIKRKR
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]